3DJKA

Wild type hiv-1 protease with potent antiviral inhibitor grl-0255a
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Protease
publication title Flexible cyclic ethers/polyethers as novel P2-ligands for HIV-1 protease inhibitors: design, synthesis, biological evaluation, and protein-ligand X-ray studies
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus type 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2008-06-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3djkA00
3UF3A 4CPWA 5EZXA 5P7TA 5OYVA 2QI0A 1BWBA 4DJQA 3VCMA 3S7MA 1AVFA 1KZKA 5ISJA 2BPZA 4J5JA 3KFRA 1LYBA 5AH6A 1B6LA 3ZL7A 1AJVA 3SA8A 1EBZA 2OHMA 3FSMA 5P5NA 5P1VA 4OBZB 4Y4AA 5OYUA 2WECA 4FAEA 4ZPGA 5P69A 5TOLA 1M4HA 1A8KA 1EBWA 4RCDA 3CKTA 2AOHA 3KF0A 5P1HA 1C6YA 4YA8A 4B1EA 4L6BA 1BDRA 1T6GA 1MRWA 3EL4A 4DJVA 5P1GA 1K6CA 3TOGA 3SA3A 2RSPA 1FMUA 5P3MA 3ST5A 1DMPA 3G6ZA 2HB4A 4ZPEA 5P10A 1W6IA 3PB5A 3S2OA 3PBDA 4Y5NA 4J0VA 2PYNA 5P3DA 3VYFA 3PJ6A 1CMSA 3EL9A 4Z50A 5P49A 5P1AA 1APVE 2AZCA 2IQGA 5P8SA 1E82E 4BFBA 2R3WA 2XFJA 2NTRA 5P0HA 2AOJA 5AH7A 3OU1B 4Y5PA 5P4PA 1MSNA 1B5FA 1IZEA 4CP7A 1HPSA 2RMPA 1HSHA 1M43A 3LPKA 2B7FA 1SDUA 4MC6A 5HDUA 1EC3A 3CYWA 2I0AA 2PWRA 4YD3A 5P87A 5BS4A 3K5GA 5BWYA 5P5UA 2XFIA 1CZIE 3R4BA 5P83A 5P8JA 2NR6A 3ECGA 3HVGA 5P62A 1W5WA 3PMUA 5P26A 3EKVA 3UQXA 3O9IA 1BIMA 4DJOA 5P7SA 2HS1A 3TLHA 1XDHA 3HW1A 1FLHA 3HBOA 2ZYEA 5OZAA 5P04A 2UXZA 5P8AA 4UPJA 4DJYA 4NJTA 5AHCA 3INEA 5I3XA 4Y3DA 3UDJA 5P68A 4F75A 2PMAA 4K4QA 1A94A 1G6LA 5DGWA 5KR0A 3H5BA 5P5WA 5COPA 4RYCA 4DJUA 4PYVA 5JG1A 4Y3SA 3O9HA 4R95A 4FGXA 2NNKA 5IS4A 2AOGA 5JODA 1W50A 2HC0A 5P8UA 3SA9A 2BKTA 5P0UA 5P24A 4GJBA 1HVJA 2R38A 2V13A 4APRE 1B11A 5HCTA 5P3XA 2NMYA 2IL2A 3SQFA 2FDPA 4DJPA 4OBHA 3O9LB 3GI0A 3ER5E 5P6KA 4J54A 2VA7A 5DR0A 3O9DA 2J9JB 3KDCA 4H1EA 5P5VA 5P71A 1W6HA 5P81A 1AM5A 2ER9E 4K9HA 2WF2A 1SMEA 5P1YA 2J9KA 1QBTA 2RKGA 3KM4A 5P43A 5P48A 2QHZA 5P17A 5P4SA 1ZSFA 3OAGB 5P00A 4PZXA 3OADA 2P4JA 3AIDA 5P4EA 4QJAA 3I6OA 1AJXA 1RL8A 5ER2E 3L5CA 4DUSA 1IVPA 1FF0C 1XL2A 2P8HA 4ZLSA 5P1MA 3VLBA 1E80E 5OYZA 3UDMA 1LF3A 1PSAA 1EAGA 5HDZA 1K1TA 2G1RA 5P23A 3T7XA 3I8WA 5P55A 3PEPA 3KFSA 4PPHA 4EJLA 3UDQA 5ENMA 1HVRA 4YE3A 2G1YA 1MTRA 1TCWA 3S85A 1ZJ7A 2Q3KA 2QZWA 2ZHTA 3VSWA 3NSHA 1WBMA 2B42A 1HEFE 1FMBA 5KOQA 5P6NA 5P67A 2HPFA 1AIDA 4PEPA 5P8VA 5P5KA 1OEXA 4BELA 1W5VA 5P0MA 3LINA 5F01A 4AUCA 2AQUA 2VNNA 4RGHA 3KFPA 3LIXA 3APPA 4DPFA 4Z4XA 3OXCA 5P8GA 4Q5MA 1MEUA 5I3VA 4Y9WA 1FIVA 3D1YA 5P31A 3VF3A 1YX9A 5P3IA 4L1AB 5P33A 4Q1WA 5OZYA 5AHAA 3DUYA 5P66A 2WF1A 3R0WA 1SGZA 4I0FA 1KJGA 2Q11A 8HVPA 1KJFA 4MC2A 4OBZA 4U8WA 5P6BA 5OYWA 3NUOA 1HVIA 1HWRA 4QLHA 4Y3AA 3NWQA 2Q5KA 3IAWA 3PVKA 5P2VA 5P05A 2HPEA 3BGCA 3S8IA 1YT9A 2QHCA 3VLAA 2O40A 5P4UA 4IVTA 2F81A 5P5HA 1YTJA 2QMDA 3MXEA 2HAHA 2VS2A 4PZWA 3WB5A 3EL0A 4OD9B 4QJ7A 2JYSA 5KR1A 3HZCA 1A8GA 5OZKA 5P63A 5OZPA 4EXGA 3OU1A 1T6EX 4B77A 2FLEA 2G1OA 5P3TA 5P2IA 3NDXA 2VIYA 5P8NA 1BVEA 2VA6A 3NWXA 1ODYA 2PSUA 3TPPA 5P4HA 2UPJA 2JJIA 2ZJLA 4Y3PA 4ER1E 2ZJKA 1QBSA 3NU9A 5P6QA 4YOAA 1SDTA 5OZ4A 5PEPA 5P19A 4MC1A 3LZSA 3GI6A 2R5PA 4R8YA 3BUFA 5P5FA 1NSOA 1E5OE 4TRZA 2OHTA 3BC4A 3D1ZA 3IN4A 1FKNA 2O4LA 3S56A 5SXNA 3QVCA 1GVXA 1VIJA 3TOFA 3L3AA 2QHYA 3T6IA 3UDYA 1K6TA 1UH8A 5OYSA 3H0BA 4YCYA 5AH8A 5P6MA 5DR7A 4GYEA 5P28A 2B8LA 1HIVA 1KJ7A 5P0BA 1GNMA 2F3KA 5OZDA 3VV7A 1K2CA 5P8CA 1C6ZA 1TQFA 1BWAA 1BBSA 3RSXA 1MSMA 3GW5A 3OHHA 1MPPA 3T3CA 3QS1A 4CMSA 4X7IA 4Y3QA 4FM7A 3OU4B 2IKUA 4YBIA 2P3DA 4Y38A 3GI4A 5P57A 3BUHA 2R9BA 1AAQA 4ZSQA 5P6WA 2QNNA 5OZFA 3LZVA 5P5IA 3IXJA 5C9FA 1GVWA 4GJ7A 1B6MA 2OHKA 3RTMA 3RVIA 3O9LA 2I0DA 3SA6A 4YD5A 1W51A 3ZKQA 2OF0A 2FIVA 5P6PA 3PLDA 3LIZA 2PH6A 4JECA 5P03A 3OXVA 2J9JA 3DV1A 1ODXA 3IVIA 2FXDA 4FSEA 1HOSA 4RCEA 5P1IA 4CPUA 4S1GA 3SA5A 3TPLA 1YTIA 1FQ7A 4Y5GA 5P8BA 5P4JA 1BV7A 2HS2A 1LEEA 3OAGA 1B6JA 3NU5A 3SKFA 2QCIA 5P8MA 5P6ZA 4I1CA 2ZJJA 1K6VA 5P7DA 2V0ZC 1ZPKA 4DQGA 1KJ4A 4LXKA 1BILA 3OXXA 1OHRA 1MIQA 4DQEA 4YOBA 2RENA 3K1WA 5DQ1A 1EC1A 2PK6A 2ER6E 4F73A 3K5CA 2ASIA 5P0AA 1FGCC 3KDDA 1AXAA 3PSUA 3TKWA 5P1JA 1MT8A 5JFUA 3VSXA 1ER8E 3R2FA 2P3AA 4TRWA 5P7GA 1XE6A 3SKGA 3VYDA 2WF0A 1D4LA 1DPJA 1OEWA 5P8HA 2ZJHA 3KT5A 4DJXA 1GVVA 2G26A 5P37A 5P45A 1HTFA 3JVYA 2OHQA 5P5YA 3EC0A 1IDBA 2CEJA 2WF4A 3G70A 4Y4JA 2WEZA 4KE1A 5KAOA 1TZSA 1D4KA 5OZ9A 5SY3A 5P41A 3UHLA 2WEBA 3TH9A 4L7HA 3UQWA 2HB3A 3OUCA 5P1QA 4K4RA 2IENA 3INDA 4I8WA 5P2ZA 2FDDA 1LYAB 2I4XA 4Y5EA 1FQ4A 5OZRA 2B7ZA 5P4OA 5P61A 1GNNA 3NDWA 4LHHA 5P11A 1D4JA 3B80A 5P0FA 3CIBA 3SA4A 5P80A 3UQPA 3QRVA 2BJUA 2ZJIA 3Q70A 4J1KA 3SPKA 1APUE 3AUPA 5P3QA 3OTYA 5P32A 5P3KA 1LF2A 4L1AA 1HIIA 5P74A 5HU0A 2BKSA 5OZJA 1HSIA 2ZHVA 1YG9A 4Z2ZA 3U7SA 3LPJA 4Q1NA 1TSQA 5P60A 4Y3EA 3JVWA 4GJ6A 4I0GA 5B18A 1YM2A 1E81E 4Y3WA 3OOTA 1KJHA 1A30A 4OBFA 5P5QA 2P83A 4Y3HA 5P2OA 1HVSA 3CICA 1D4IA 1QRPE 2VNMA 1SDVA 2JE4A 4YHQA 4FSLA 4DQHA 4L7GA 2ANLA 2O4PA 2PYMA 5P7EA 3R1GB 3L58A 3CMSA 2G1NA 2EWYA 5P29A 3S7LA 5P7UA 5P3UA 5OZ2A 3UTLA 2VIZA 5P7JA 4M8XA 4I11A 2VJ7A 4OD9A 3Q4BA 3TTPA 3ZPUA 2VJ6A 2QD6A 5P7IA 5P7VA 5P1EA 5P4AA 1LZQA 5OZMA 4AA9A 5P25A 5P5TA 4J1CA 3OQKA 4Y4ZA 1HTRB 3SACA 4J0YA 4Q1XA 5P3JA 4NJSA 5KQYA 5P7OA 2AVMA 1META 1LYWB 2Q54A 5CONA 5P2TA 1HRNA 4Y5MA 3L5DA 5OZOA 4LL3A 5EZZA 4QJ6A 2QK5A 5E5JA 1XN2A 2NMZA 1GVTA 5P6EA 2IGXA 3INHA 5HCOA 2PWCA 4Y43A 2H6SA 3NDUA 3DCRA 1N49A 3ZKMA 3Q6YA 2ZE1A 3PWRA 3LITA 4GJ9A 2P3BB 5P1ZA 5P3HA 3WB4A 2OHNA 5P6IA 5P3EA 4CKUA 5HU1A 1PPME 3DM6A 5DQ4A 4DI2A 4B0QA 2OAHA 1NPWA 3EKPA 5OZXA 2BPYA 3GGVA 3S54A 3M9FA 2R3TA 3GGXA 5P5AA 5P1SA 1SBGA 5P3CA 4JPCA 4YDGA 1T7JA 5P5XA 3OQAA 5P02A 2NXMA 3BRAA 5OZ7A 5IVRA 1FFFC 3O99A 5AGZA 3TKGA 3OXWA 5P6FA 3OU4A 1EC2A 3VF7A 2QU2A 4M8YA 2VIEA 4KB9A 3HAUA 2QP8A 4FIVA 3APRE 1PSOE 4GJ8A 3MSJA 4Z22A 3NLSA 1G0VA 2I1AA 4Y5LA 4Y54A 5P8LA 1D4HA 3Q3TA 2FS4A 5J25A 4YD6A 3QVIA 4GB2A 3SLZA 2QNQA 3A2OA 4FAFA 1RNEA 5JFPA 3IGBA 1HHPA 3L5FA 2VA5A 5P79A 4JP9A 3PI5A 2FNSA 3S53A 1EPQE 4EYRA 5P6GA 1Z1HA 3OQDA 4D85A 1T7IA 4DV9A 6APRE 2ER0E 2FNTA 3FNUA 5P4RA 1APWE 2HB2A 5P09A 4KUPA 5P5GA 3T11A 9HVPA 5P1TA 5P8QA 3FIVA 2QMFA 1HBVA 1C70A 5P64A 4DPIA 4EJDA 5P22A 2AOCA 4HEGA 2PH8A 1F34A 4AMTA 5P6LA 1QBRA 4DQCA 4DQFA 2G22A 1MRXA 3HDKA 4R92A 4ZEAA 5P50A 1YTGA 3ZOVA 3LIYA 4NPTA 2JXRA 7HVPA 2VIJA 5OYTA 3UFNA 5P6XA 2OHPA 2PSVA 1FQXA 1TSUA 2QI1A 4RVXA 1ZP8A 3ZKGA 5IVQA 3PSYA 5E5KA 3S45A 5P5RA 1XE5A 3PSGA 3BXRA 1DP5A 6FIVA 1EC0A 3RSVA 4RVIA 5P2BA 1J71A 2QI5A 2QZKA 3FNSA 5P2XA 1GKTA 4LXMA 5P2WA 2H6TA 2AVSA 3ZKNA 1K2BA 4J1HA 4A4QA 5P51A 4J0ZA 1LYAA 4H3FA 2AZBA 5KQFA 4Y3GA 4Y3RA 3OK9A 5P44A 3GI5A 3QRSA 5P76A 5FIVA 1MTBA 2VJ9A 2WEDA 5P6SA 4Y58A 1QBUA 5P6HA 5P6RA 4Y3ZA 4ZE6A 2QMPA 5P8EA 3UFLA 3ZPSA 1IVQA 2ZGAA 1YTHA 4PHVA 5KOSA 4YCKA 3O9FA 4YD7A 1FG6C 3QP0A 3I25A 1YM4A 2I4VA 2QZLA 3EKWA 4D83A 2NXDA 3D3TA 4QGIA 2ZHUA 4GJ5A 3HD8A 4I0DA 3DOXA 4Y4UA 5P4LA 5P4ZA 3WZ8A 1IZHA 5P1BA 3IA9A 3BUGA 4WY1A 2UY0A 3QIHA 3VV8A 1BAIA 3PM4A 5P52A 3OQ7A 4HLAA 3D1XA 5P4IA 3VUCA 4Y4XA 3RTHA 2G24A 3LPIA 5P0YA 5COKA 5UPJA 7UPJA 3NU3A 5P8IA 4RLDA 5P0PA 2V11C 4Y50A 5P2FA 5P07A 5P06A 5P77A 2G21A 5P3OA 4ER2E 5P7BA 2I4UA 5P0ZA 2Q55A 4ACXA 3NU4A 4J17A 2V00A 3MXDA 3INFA 5T4SA 1BDLA 2BPWA 5P75A 2BPXA 3VV6A 1PPLE 1BXQA 2FMBA 4CPRA 5P7WA 3FV3A 5P0GA 4B72A 4R91A 3TOHA 4GJCA 1FB7A 5P5DA 1ZPAA 3MSLA 1TW7A 3QBFA 3WSJA 4FM8A 2PC0A 5OZTA 5P30A 4DH6A 3N4LA 4J1EA 4GZFA 3KMXA 3KDBA 5P40A 4DQBA 4B1CA 2FGUA 4E43A 1M0BA 5P1XA 5I3WA 5HD0A 1LYWA 3K4VA 4U7VA 3D20A 4B78A 5P0DA 5SZ9A 1VIKA 3QI1A 3IXOA 3ZKIA 5P4DA 2OHRA 5P3BA 2QZXA 4RZ1A 1F7AA 3CIDA 5OZWA 5P16A 5P1PA 2R8NA 5P7AA 4I0EA 4OBKA 5OYYA 5P6OA 5P4QA 5IVTA 3RTNA 3QAAA 5P7ZA 2P3BA 1ME6A 5P4TA 1HPXA 4LC7A 3OUBA 5P7PA 2O4KA 1G35A 4GIDA 5P2QA 1QS8A 3NXNA 3QN8A 3OHFA 1NPVA 3EBZA 3UPJA 5IE1A 4R5NA 4WY6A 1RV7A 4FE6A 5P0KA 2A4FA 5KQXA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3UF3 A;  4CPW A;  5EZX A;  5P7T A;  5OYV A;  2QI0 A;  1BWB A;  4DJQ A;  3VCM A;  3S7M A;  1AVF A;  1KZK A;  5ISJ A;  2BPZ A;  4J5J A;  3KFR A;  1LYB A;  5AH6 A;  1B6L A;  3ZL7 A;  1AJV A;  3SA8 A;  1EBZ A;  2OHM A;  3FSM A;  5P5N A;  5P1V A;  4OBZ B;  4Y4A A;  5OYU A;  2WEC A;  4FAE A;  4ZPG A;  5P69 A;  5TOL A;  1M4H A;  1A8K A;  1EBW A;  4RCD A;  3CKT A;  2AOH A;  3KF0 A;  5P1H A;  1C6Y A;  4YA8 A;  4B1E A;  4L6B A;  1BDR A;  1T6G A;  1MRW A;  3EL4 A;  4DJV A;  5P1G A;  1K6C A;  3TOG A;  3SA3 A;  2RSP A;  1FMU A;  5P3M A;  3ST5 A;  1DMP A;  3G6Z A;  2HB4 A;  4ZPE A;  5P10 A;  1W6I A;  3PB5 A;  3S2O A;  3PBD A;  4Y5N A;  4J0V A;  2PYN A;  5P3D A;  3VYF A;  3PJ6 A;  1CMS A;  3EL9 A;  4Z50 A;  5P49 A;  5P1A A;  1APV E;  2AZC A;  2IQG A;  5P8S A;  1E82 E;  4BFB A;  2R3W A;  2XFJ A;  2NTR A;  5P0H A;  2AOJ A;  5AH7 A;  3OU1 B;  4Y5P A;  5P4P A;  1MSN A;  1B5F A;  1IZE A;  4CP7 A;  1HPS A;  2RMP A;  1HSH A;  1M43 A;  3LPK A;  2B7F A;  1SDU A;  4MC6 A;  5HDU A;  1EC3 A;  3CYW A;  2I0A A;  2PWR A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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