3OXWA

Crystal structure of hiv-1 i50v, a71v protease in complex with the protease inhibitor darunavir
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGVGGFIKVRQYDQIPVEICGHKVIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords HIV-1 Protease
publication title Structural and thermodynamic basis of amprenavir/darunavir and atazanavir resistance in HIV-1 protease with mutations at residue 50.
pubmed doi rcsb
source organism Hiv-1 m:b_arv2/sf2
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-09-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3oxwA00
5P2CA 5P14A 3K5CA 3QBFA 3MSJA 1ZP8A 1FQ6A 3S7LA 2JJJA 1GVWA 3EL0A 2I0AA 2VJ6A 1HIVA 3QAAA 4EQJA 3T3CA 5P6QA 5DR3A 5P2BA 3OQDA 5P4WA 3SA8A 2IGXA 5P7LA 5P7QA 5P18A 2OHQA 1ZLFA 3N3IA 1B11A 5P7FA 5P3NA 4DPFA 5OZIA 1D4HA 5HE7A 3AUPA 4Y43A 2QZWA 2FDEA 3IN3A 3GGXA 4DJYA 5OZMA 4Y6MA 5P04A 4DVFA 5P8SA 5P0YA 5C9DA 4LL3A 2AOJA 1C6ZA 5P4GA 4RYGA 5P44A 3ER5E 3ZL7A 3EC0A 4Y4EA 3PRSA 5I70A 5OZTA 2XFKA 4HDPA 5IVSA 4CPXA 2ZHRA 3LZVA 1BXOA 5P54A 1EPPE 5P55A 5OZRA 3LZYA 1ME6A 2VA6A 5P4TA 3NU3A 1FMXA 1G2KA 2VNNA 4DV9A 1DP5A 2V0ZC 3KT2A 2XYEA 3VV8A 2B8LA 3IVHA 5P6DA 5P74A 1KJHA 3Q4BA 4APRE 3FNTA 1B5FA 5DQ5A 1KJFA 5P2FA 3INEA 1IVPA 5P83A 2HB3A 5UPJA 5P2XA 2UY0A 4Y3GA 1MVPA 4L7HA 2ZYEA 3URJA 3HVPA 5P7KA 5P1PA 3PMUA 5P3VA 2AOHA 1B6MA 3SO9A 5P2NA 2ZE1A 1DAZC 1MEUA 4QGIA 5AHCA 4K4QA 3JVWA 5P84A 3U7SA 5P0WA 1AXAA 3SA9A 3S45A 5P4PA 3VLAA 2UPJA 2QCIA 5P19A 1FQ8A 2I4QA 4ZLSA 2O40A 1HRNA 4AA9A 3QRMA 3KFNA 5OZ3A 1EBWA 5P32A 2IEOA 5HDUA 1HWRA 3DCKA 5P4KA 2PSUA 5P75A 3KA2A 2G21A 5C9FA 1RNEA 4GJCA 5DQ1A 3BVBA 1W6IA 4Y4DA 5P6KA 5P5EA 4D85A 3FX5A 1RV7A 3Q70A 5P4HA 5OZOA 1HSIA 1HBVA 1GVXA 4J0YA 4U7QA 1T3RA 3O9GA 4Y4AA 2QI0A 5P33A 3QP0A 3SM2A 1MSMA 3UDPA 1AM5A 2BKTA 1HPXA 2NNPA 5P24A 5OZUA 3O9FA 5P68A 4DQGA 5P0DA 5P20A 1SIPA 5P1NA 1DMPA 5P5QA 1HHPA 2I4DA 4OD9B 3GI6A 1BDLA 4DQFA 5EZXA 1D4YA 4OC6B 2RMPA 4I8ZA 4DQBA 3L3AA 2OHUA 1TSQA 2ZJHA 1HTRB 3FSMA 1YM2A 4YA8A 2VKMA 3GI4A 2VIYA 4Y5LA 4K9HA 5P5JA 1WBKA 5P5BA 2FDPA 1FF0C 2Z54A 4ACXA 3EBZA 5P0TA 1ZPAA 5P8UA 1C6XA 2IENA 4OBZA 4Y3JA 2P8HA 5P37A 5P5UA 4FRJA 5OYXA 5P1MA 5P43A 3VF7A 5P0XA 1LYWB 1MT8A 3CYWA 3INHA 4UPJA 3L5EA 3T11A 5P1BA 2QD8A 1HEGE 5OZLA 3KYRA 1BWAA 4L6BA 5P5IA 4B00A 4RVIA 5P1HA 2PK5A 5P3IA 4I0HA 1HIHA 4PHVA 3OAGB 4Y3QA 3O99A 3S7MA 5KQFA 4I0ZA 4F75A 5P2JA 5P0BA 2ER9E 4FAEA 5P2UA 3WZ6A 4EXHA 1BV9A 1FG6C 2Q55A 1U8GA 2QNNA 5FIVA 5OZ9A 5OZYA 5P1DA 4BFDA 2IRZA 3TOHA 1SMEA 2AZCA 5P45A 2XYFA 2ZGAA 4KE1A 5DR4A 2I4UA 4J1IA 5P2QA 2ZHSA 4Y5CA 2QAKA 4YCTA 3UCBA 4YOBA 5P8GA 4CP7A 2V00A 3GI5A 5P5PA 2O4LA 1FIVA 1HPOA 1MIQA 1C70A 2QI6A 4BELA 3OGPA 3OQFA 4FRKA 2G1NA 3UQPA 3I25A 3ZLQA 3OQKA 2OHPA 5C9BA 5KR0A 1JLDA 1SP5A 3GGVA 3LIQA 5AH7A 5HDXA 5P7EA 1SDVA 3WSJA 4K4PA 3I2LA 1FFFC 2AVMA 5P8KA 4YBFA 1FG8C 2QI3A 4YD7A 2NXMA 4Y53A 4GJ6A 3OXXA 5P3FA 5P15A 4YCKA 4FAFA 3L5BA 5P8TA 5P13A 5KQYA 5P0SA 3ZPUA 2FGUA 4Y4TA 3NDTA 2HIZA 5P2MA 5OZXA 1GNNA 5P6VA 3EM3A 2B7FA 4ZEAA 3PCWA 4ZPEA 1HXBA 4ZE6A 4Z2ZA 3OQ7A 2G94A 2V13A 3VG1A 1FLHA 5APRE 4LXKA 5OZJA 4Y44A 2O4NA 3TH9A 5KR1A 4FIVA 5P79A 2FLEA 2B42A 1XDHA 1QRPE 4NJVA 4HA5A 1MT7A 3UQRA 5P56A 3G70A 4GZFA 5P3DA 3NXEA 1HOSA 1W5YA 5P8VA 4Y5KA 5P1AA 4HLAA 3VV6A 5P5WA 2J9JB 2F3FA 1BILA 5P07A 3NLSA 4J1HA 3NXNA 3LIVA 4J0PA 4FM6A 4RVXA 5OYSA 4I0EA 3NSHA 4BFBA 1PPME 5P00A 5P6SA 4MC9A 1PROA 1T7KA 2B8VA 1CPIA 3EL4A 1B5FB 3S8IA 3UF3A 1BAIA 1D4LA 1T7JA 4OD9A 5P4JA 5P3BA 2WF1A 4OC6A 3PHVA 3TPRA 3OU1B 1OEXA 2ER0E 5P4IA 1W5XA 5OZHA 5P3WA 5P7DA 2BKSA 3EL1A 4EYRA 4Y54A 1C6YA 3HAWA 5P6WA 4Y3SA 4L7JA 1BIMA 5P7XA 5DQ4A 4DI2A 3D1YA 3OQAA 5P7PA 2UXZA 3PBDA 2HB4A 4H3GA 5P29A 1CMSA 4DJQA 5P3AA 1F34A 4Y9WA 2ZJKA 1D4KA 3NUJA 5OZ7A 1LYWA 1K1UA 4A6BA 1AVFA 5I3YA 3ER3E 4J5JA 3K4VA 5P5MA 5P8CA 2H6SA 4J1KA 2BPZA 4L7GA 3KM4A 2P3AA 4YOAA 1EPME 1APWE 5P4MA 3VV7A 2I4VA 3KT5A 5BWYA 3UTLA 3SQFA 1TZSA 2I4XA 4Y45A 4I1CA 4XKXA 4Y50A 6APRE 4JOOA 1E81E 1GVVA 5P2ZA 1KJGA 3R1GB 3OUDB 5P4LA 3TPPA 4Y5PA 5OZGA 3DCRA 4Y3WA 2QHCA 5P7TA 5DQ2A 1YG9A 2VIEA 2PH8A 3SPKA 4TRYA 3TNEA 5P8BA 5P03A 5P62A 3PWWA 3DM6A 4HVPA 4LXMA 3TTPA 4DQHA 2AQUA 1GNOA 2OF0A 1LF2A 5P1SA 2NMYA 4Y5AA 4Y3YA 1MERA 3ZKGA 1FFIC 3OUBA 3EKTA 3SABA 5P7OA 1GKTA 1BV7A 1HPSA 1TQFA 3PVKA 3EXOA 3VEUA 5OYWA 3QS1A 1AZ5A 4NPUA 5P34A 5P6LA 3T7QA 4DJWA 4OBZB 4RROA 4XX3A 5ENKA 3FIVA 1XE5A 5OZZA 5P82A 4R92A 3EL5A 5P81A 1T6EX 5OZCA 5P7UA 1VIJA 5OZFA 5KOQA 1IDBA 5OZAA 6FIVA 3PB5A 4H3JA 5P3GA 5HVPA 3EM6A 4Y4ZA 1CZIE 5P7IA 4FL8A 2F3KA 4Y3XA 2PSGA 1T6GA 2AOFA 2RKFA 3K5DA 5P49A 3L5DA 5P0KA 4CKUA 5P7SA 3NR6A 5HDZA 5SY2A 4RGHA 1HEFE 4R8YA 1BBSA 1YTIA 1W5VA 1HVHA 8HVPA 5P52A 5ENMA 3RTHA 5KR8A 3S2OA 5JG1A 5P6ZA 1LEEA 2J9JA 1DW6C 2XFIA 3LITA 2P3BB 3PSUA 3PWMA 4YD4A 5P8QA 1PPLE 3MXEA 3LIZA 3NYGA 1ZBGA 4AMTA 3OADA 5P76A 5P6FA 3QPJA 3U71A 3KMYA 1SIVA 5P1EA 5P0OA 2JJIA 5B18A 1Q9PA 3PLLA 5AGZA 3OU1A 1HTEA 4J17A 5P6PA 1HVJA 2G24A 3I6OA 5P1ZA 1K6TA 4H3FA 7HVPA 3QVCA 5P0IA 2AOCA 4B05A 5SY3A 5P58A 1IVQA 5P5XA 5TOLA 1FB7A 3R2FA 3BHEA 3K1WA 5P7JA 1MSNA 5OZ0A 5P6CA 3LZUA 3FNUA 4AZYA 5P86A 3URIA 1FMUA 1IBQA 2F8GA 2QK5A 4EJKA 2OHNA 5P64A 1A8KA 5SXNA 4QLHA 4B72A 3QRSA 5P77A 3PWRA 4B77A 3NU6A 4Y37A 4EP3A 4RVJA 3RU1A 5P4SA 5OYVA 3TOFA 5P22A 5P6XA 4ZSPA 2WL0A 3B80A 3K4VC 4AUCA 7UPJA 3QBHA 5P3XA 3KN0A 5P31A 5P10A 2WECA 5P3CA 3VFBA 1W50A 2QNPA 3LNKA 5I3WA 3SM1A 5P1OA 5P1YA 3OUDA 5P27A 2NTRA 4FLGA 3BUGA 1J71A 1ZTZA 2J9KA 5P4EA 4DJRA 5BRYA 3HDKA 4Q5MA 1EC0A 4Y3DA 3B7VA 4Y3LA 3BUFA 5P0LA 1EC1A 3SAAA 5P5ZA 3OU3A 2NNKA 2AZ8A 3PM4A 1W5WA 1DPJA 4HE9A 5P3RA 1XN3A 1IIQA 1AJVA 2BPVA 3GW5A 4FCOA 4JPEA 2WKZA 5P2LA 3L59A 2HS1A 4Z50A 4QJ9A 5P8OA 5DR1A 5P3LA 9HVPA 5AH6A 5P2RA 2WJOA 5P40A 1EPLE 2XFJA 5P0MA 3L5FA 1PSAA 5I3XA 3TKGA 2OHTA 4Y3FA 2I0DA 4GYEA 5P01A 3KFRA 5ER2E 3EL9A 3TPLA 3PBZA 5P1XA 4QJ7A 2A4FA 5P6NA 4ZSQA 4AA8A 3UQXA 2BBBA 4RRSA 1MTRA 4Y36A 3BXSA 4A4QA 4HEGA 2FNSA 4H3IA 3PJ6A 5KOSA 5P7HA 1LYBB 3TPJA 5OZVA 1APTE 1XL2A 1RQ9A 2HC0A 3LPKA 5P2HA 4Y3NA 4YD6A 3LPIA 1EPQE 2ZHUA 2H6TA 5AH9A 4RRNA 4D83A 4CPTA 3TOGA 5P3KA 4Y58A 5P2KA 1M4HA 3VYEA 2ZHTA 1FEJC 5P26A 3G72A 4NJUA 3KMXA 3FV3A 5KQZA 5P3SA 3GGUA 2P3BA 4YE3A 5P3YA 1D4IA 5IVQA 5P16A 3OU4B 3PI5A 2P83A 4DPIA 5P41A 2O4SA 3OY4A 3WZ7A 2BPWA 1OD1A 3QRVA 4B0QA 2IKOA 4NKKA 3UFNA 4MC6A 2QNQA 5P2DA 4TRZA 3IXOA 5DGUA 3OXCA 3ST5A 1HTGA 1ER8E 5P11A 1HVIA 1NPVA 5T4SA 1BVEA 3JW2A 3DOXA 5KR2A 4Y3MA 5COOA 3UQUA 3M9FA 3RSVA 3ZMGA 3VF5A 1G0VA 3NU9A 5P8EA 5P1KA 3IXKA 4J1CA 1QDMA 5P6GA 5P71A 5P3EA 3WB4A 4Y4WA 3NDWA 4KB9A 5P4YA 4Y5MA 5P7RA 3VYDA 1UH7A 1NPAA 4ZPFA 2VS2A 2ER6E 2ZJJA 2AOGA 3BGBA 1M43A 1BDRA 5P5LA 1ZSFA 2QMGA 3UPJA 4CPUA 3HLOA 3QN8A 5HU0A 1MUIA 3NU4A 4NPTA 5P4NA 5P6YA 4Y5GA 3S85A 5P4CA 3SA5A 2AVSA 2Q54A 4RCDA 3UDJA 3SACA 3KF0A 2JXRA 5P1UA 3VCMA 4GMIA 4F73A 3CIDA 1N49A 2AZBA 4ER4E 3IXJA 2ZJMA 5P08A 1ZPKA 1UH9A 2B60A 3KDDA 3ZPSA 5P2SA 2HPFA 5P50A 1SGZA 5EZZA 4NJTA 1EEDP 3S43B 4LHHA 5OZKA 3IA9A 2PYMA 1KJ7A 4F76A 4Y3HA 4FE6A 1TCXA 4D89A 3O9LB 1YTHA 4BEKA 5P0QA 5OZ2A 3CKRA 2VNMA 2QU2A 1TSUA 5P7WA 4PZWA 1B6KA 2NXLA 3A2OA 2R8NA 5ISJA 2ZDZA 4Y3AA 4YHQA 5P1WA 3GGAA 5P80A 3OADB 4TRWA 1TCWA 4Y5NA 5DR7A 3KDBA 2V10C 1Z8CA 5P1LA 5P0HA 1HVRA 3APRE 2PK6A 2NPHA 3EKVA 2G27A 4Y56A 2NXDA 3FNSA 4IVSA 3VF3A 1BVGA 2NMZA 2FMBA 1RL8A 3H0BA 5P39A 1QBTA 1HVCA 2F81A 5P2VA 3U6AA 5OYRA 1G6LA 4RCFA 4Y4GA 5HE5A 2AZ9A 2VA5A 5P5DA 3LIYA 5P3TA 1MESA 4J0ZA 5P89A 2QHZA 1APVE 1E82E 2ZJNA 2JYSA 2Q64A 5OZDA 4OBHA 1HSHA 2R3TA 5E5KA 5P0ZA 4FRSA 1DIFA 2HB2A 4CPQA 5P1CA 1LV1A 2ER7E 2RSPA 1ODWA 5P06A 5P7AA 1EBKC 3UQWA 5P2OA 5KQXA 5OZPA 5P0AA 3NU5A 1PSNA 4OBFA 5P8FA 4J54A 4FM8A 1GVUA 5P42A 3IGBA 1BWBA 2CEMA 2IQGA 5OYUA 2R38A 4WY6A 2PC0A 1LYAB 4PYVA 4LAPA 3CIBA 1MRXA 4OBGA 3EKXA 1LYBA 4K8SA 4QJ6A 2B7ZA 4YDGA 5P7YA 1XS7D 3ZPTA 2NR6A 4EP2A 3SA4A 4M8XA 1K2BA 3G6ZA 3PI0A 2QP8A 3EKYA 4NJSA 1EC2A 2OHMA 3OGQA 1HTFA 5P3UA 3DK1A 3KFPA 5P6EA 1B6LA 5P1FA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P2C A;  5P14 A;  3K5C A;  3QBF A;  3MSJ A;  1ZP8 A;  1FQ6 A;  3S7L A;  2JJJ A;  1GVW A;  3EL0 A;  2I0A A;  2VJ6 A;  1HIV A;  3QAA A;  4EQJ A;  3T3C A;  5P6Q A;  5DR3 A;  5P2B A;  3OQD A;  5P4W A;  3SA8 A;  2IGX A;  5P7L A;  5P7Q A;  5P18 A;  2OHQ A;  1ZLF A;  3N3I A;  1B11 A;  5P7F A;  5P3N A;  4DPF A;  5OZI A;  1D4H A;  5HE7 A;  3AUP A;  4Y43 A;  2QZW A;  2FDE A;  3IN3 A;  3GGX A;  4DJY A;  5OZM A;  4Y6M A;  5P04 A;  4DVF A;  5P8S A;  5P0Y A;  5C9D A;  4LL3 A;  2AOJ A;  1C6Z A;  5P4G A;  4RYG A;  5P44 A;  3ER5 E;  3ZL7 A;  3EC0 A;  4Y4E A;  3PRS A;  5I70 A;  5OZT A;  2XFK A;  4HDP A;  5IVS A;  4CPX A;  2ZHR A;  3LZV A;  1BXO A;  5P54 A;  1EPP E;  5P55 A;  5OZR A;  3LZY A;  1ME6 A;  2VA6 A;  5P4T A;  3NU3 A;  1FMX A;  1G2K A;  2VNN A;  4DV9 A;  1DP5 A;  2V0Z C;  3KT2 A;  2XYE A;  3VV8 A;  2B8L A;  3IVH A;  5P6D A;  5P74 A;  1KJH A;  3Q4B A;  4APR E;  3FNT A;  1B5F A;  5DQ5 A;  1KJF A;  5P2F A;  3INE A;  1IVP A;  5P83 A;  2HB3 A;  5UPJ A;  5P2X A;  2UY0 A;  4Y3G A;  1MVP A;  4L7H A;  2ZYE A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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