5P6YA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 295
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p6yA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p6yA01
4BELA 4Y45A 5B18A 5P47A 5P3XA 3MSJA 5P25A 4F74A 4FM7A 1F7AA 4ZIPA 2VS2A 5P70A 2QU2A 4Y3GA 4BFDA 2G27A 4EHCA 2JJIA 5P2RA 3ER5E 1VIJA 5OYVA 5P8DA 2F8GA 4CKUA 3NDWA 2NR6A 5KQZA 3EMYA 4PHVA 1XE5A 4I0DA 5P7CA 1DP5A 1EC1A 2QI7A 3PM4A 5P6KA 5OZAA 4QJ2A 5P7JA 1GVWA 5P81A 1CPIA 1B5FB 2QNNA 2WEDA 4ZPGA 3NU4A 5HE7A 4B70A 4EQ0A 3EKWA 3ZKXA 4Y51A 3K5CA 4X2LA 4ZPEA 1CMSA 2WF4A 1MEUA 3ST5A 3EXOA 4Y56A 5P7SA 5OZBA 4Y3TA 4Y4JA 5P73A 2R9BA 1C6ZA 3APPA 3LIVA 3DK1A 2ZJNA 4MC6A 2G1NA 4B77A 5P0RA 2QI5A 3I8WA 2V13A 1IDAA 2FDEA 1NH0A 1BV7A 3O9GA 2IQGA 2O4NA 2B60A 5E5JA 3T3CA 4J1CA 5P3OA 3L5BA 5P8UA 3EL1A 3HBOA 3AUPA 4Y4XA 1PSAA 1SMEA 4CPSA 2FXEA 4L6BA 4EP3A 4Y9WA 4RYGA 2NNKA 4K8SA 4Y57A 5P72A 5P0UA 5P14A 4U7VA 4F73A 3TLHA 1FKNA 1YTJA 3LIXA 4Y43A 5P1XA 4D8CA 5P17A 2ZJKA 5P5HA 5P4QA 3UDKA 1SBGA 4Y3RA 1JLDA 4QJ8A 1MSNA 5P6BA 5P4PA 3KT2A 5P48A 4Y5PA 3NR6A 5P50A 5DQ1A 3K1WA 1TCXA 5HDUA 2R3TA 4K4QA 2AVVA 3WZ8A 5HTZA 5P1VA 2FDPA 4B00A 5P2JA 5P37A 2HB2A 1NPVA 3D20A 1EPOE 5HDVA 5P7WA 5P8NA 2RSPA 4Y5NA 4CP7A 5OYYA 4QJAA 4LXKA 1BVEA 3OUCA 2QD8A 5OZTA 5P3VA 1FFIC 3IXKA 3SA5A 4Y3PA 5HCOA 4GJ5A 4EJKA 2FIVA 1GNNA 3OHFA 3ZLQA 5P84A 2PYMA 1APWE 3ZMGA 2F3KA 5P1ZA 4J0ZA 1B6JA 1F34A 5P4SA 4KB9A 4ZSMA 1RV7A 4WY6A 4L7HA 3O99A 5OZZA 4FM6A 5HDXA 5P00A 1HSHA 5HVPA 1GVXA 2ZDZA 4BFBA 1KJHA 4QJ7A 2JYSA 4OBDA 3SPKA 3EM6A 3VYEA 2P3AA 3HW1A 2XFJA 4B1DA 3O9IA 4RRSA 5P8CA 4FRJA 2G1YA 4EWOA 1HTEA 3DJKA 5P4NA 2JXRA 5P6CA 2O4KA 3EKXA 3OXVA 2FGVA 4APRE 1HVSA 1HIHA 5C9DA 1SDVA 3IA9A 3VG1A 5HU1A 4H3GA 1BXQA 1D4LA 5P5NA 1XL2A 3CIBA 2JJJA 1LF2A 4QLHA 1AZ5A 4J1IA 5P7XA 1ZTZA 4LHHA 4EQJA 4J5JA 4KE1A 4Y3WA 4H1EA 5COOA 1K6VA 5P3JA 3LPIA 4I8WA 5P2WA 4NJVA 5C9FA 2OHPA 1OEXA 3ZKNA 3VFAA 5ISKA 2QMDA 3RSVA 5P5QA 5KR0A 4ZSRA 5P8TA 2G21A 1MTBA 2AODA 2QMGA 1FMXA 3VSWA 4GJ8A 3INDA 5P44A 3T7QA 2VJ7A 1B6KA 1PROA 3CKRA 2RKFA 3SFCA 3IXOA 3PCWA 2QHCA 4A6BA 1HVHA 1VIKA 3QS1A 1G6LA 2NPHA 3G6ZA 1SIPA 3DUYA 3TH9A 4Y50A 3NU6A 5P2EA 5P0EA 2AVOA 3K4VC 5P3AA 5P02A 5P75A 1MT8A 5P4VA 5P1DA 3SABA 3UPJA 5P59A 5DR1A 2PWCA 2FMBA 3L5FA 3KF0A 4B0QA 3PRSA 4DJXA 3L5CA 4MC9A 3BHEA 4Y3JA 2VNNA 1HPOA 3C9XA 2Q15A 5P0SA 5P38A 1IZDA 3SM2A 4YD6A 3K4VA 5P7ZA 3TPRA 3TPPA 5P6GA 3SA9A 4MC2A 2OF0A 3MXDA 3O9EA 4Y5KA 4J1HA 5OZ4A 2NTRA 2BBBA 3S54A 3QIHA 5I3VA 3BXSA 5P1BA 3OXXA 3LITA 2BPVA 3JVYA 5P63A 3BUGA 1LV1A 4GJBA 1EPPE 5P8KA 4YA8A 3UQWA 5P1WA 4OBJA 3EL5A 2I4UA 1T6GA 2BPWA 1FQ4A 1ZPAA 3GI4A 4FSLA 3U6AA 1NPAA 2AOIA 5OZ6A 3VCMA 4DUSA 5ER2E 2B8VA 4DJVA 3INHA 3S8IA 5P6XA 5P4IA 4QJ6A 1FF0C 1W6HA 1SGUA 5P46A 3OUAA 1QBSA 2NMZA 4R91A 4Y5AA 5P3UA 4U8WA 3DM6A 4TRWA 2QU3A 5P5IA 2WF1A 4Y3LA 2Q54A 5P32A 2G24A 2NXDA 3IN4A 2AIDA 5P7DA 5P76A 4HE9A 4LXMA 3S43B 1BDRA 5I3YA 1QBTA 1RPIA 2AOHA 3VLAA 4FGXA 5P6JA 2NXMA 4I10A 5P5EA 1OEWA 4FRSA 4EJ8A 3S43A 1HXBA 5P85A 5P7YA 2EWYA 4CMSA 4RVIA 5DQCA 1AIDA 3TKGA 4EJDA 2A4FA 1QBRA 5P7TA 2R5PA 4I8ZA 1W50A 5P6RA 1E82E 2V10C 4DV9A 3PCZA 5ENMA 3MSKA 3UF3A 2OHSA 3RTHA 3ZKGA 5P7MA 3FX5A 4R95A 5P45A 2V00A 5KQXA 2AOEA 3FNUA 1PPME 5P4DA 1EBYA 4JP9A 3SQFA 2XFIA 4OBHA 5P23A 2OAHA 4YCTA 5P0NA 1WKRA 4PZXA 5OZEA 1AAQA 3IAWA 5OZJA 2ER0E 2FDDA 3L3AA 5P26A 2R38A 2V11C 4FLGA 3T6IA 1EPQE 3PB5A 3SKFA 3UFNA 2VJ9A 1BBSA 2F3EA 5P0DA 4YD7A 4M8XA 2PYNA 1MUIA 5I3WA 3R0WA 2I4WA 5DPZA 5OYWA 4RYCA 3M9FA 3ZKMA 5HD0A 5P11A 2V12C 3WSJA 3EL4A 2I0AA 1A8GA 4COEA 2AVMA 4Q1WA 1MSMA 1HSIA 5P2VA 4B1CA 5PEPA 5P6FA 4DVFA 5P3HA 4Y58A 4Y5CA 3UDQA 2P3DA 1D4KA 1IZHA 4I0ZA 4U7QA 3OOTA 5I70A 1LF4A 4DQHA 5P1NA 3BGCA 3K5GA 5TOLA 2Q3KA 3HDKA 5OZWA 5P7KA 4D88A 1ODXA 3T7PA 3IXJA 4TRZA 5P0BA 1MVPA 4Y5LA 3BUFA 4I0HA 5OZ1A 4Y6MA 3ZL7A 2R8NA 5P6VA 5JFUA 1W51A 4FE6A 4DH6A 4Z50A 3KFSA 4ZSQA 5BRYA 4J0VA 5P5SA 3UHLA 4Y4DA 3RVIA 5AH6A 5P3ZA 4H3JA 4RVXA 3ER3E 3GGXA 1W5WA 1HHPA 5P8AA 4GIDA 4RCEA 4ER1E 1HTGA 5P4BA 4EP2A 5OYSA 4LBTA 1EPRE 3WZ6A 3LZSA 4RZ1A 4JPEA 3PWRA 4N00A 5P8BA 5IVTA 2P3BB 1FQXA 3INFA 1ME6A 3ZKQA 1XN3A 2G94A 5P0XA 5FIVA 5P2DA 3KDBA 5ER1E 1YM2A 4ACUA 4Z2ZA 2BPZA 1DW6C 5P6YA 5P89A 2QI1A 5KR1A 4D89A 3BVBA 2O4SA 3EL0A 2VIYA 4DJUA 1K2BA 1OHRA 5P4TA 4HEGA 5P49A 3GGUA 1W5XA 4ZEAA 1HTFA 4CPRA 2Q11A 2Q55A 4PZWA 1MRXA 5P5JA 1PPLE 5P4MA 3QI1A 2VA6A 5HDZA 5KQFA 4L7JA 1K6CA 4Y3YA 1TSQA 3LZYA 4RCDA 3TPJA 1ZPKA 4Y44A 4LXAA 5P1YA 1D4HA 5P4RA 3OWNA 4R8YA 2ZHVA 5P0KA 4YCYA 1Q9PA 1B5FA 3OOZA 5P7LA 2SAMA 5P18A 4Y4GA 1MIQA 5P8EA 3L59A 2VNMA 5COKA 3IGBA 5P8OA 5E5KA 2P83A 4YOAA 3EL9A 2ZJIA 1BIMA 1EC3A 5P68A 5P34A 1META 5AHCA 4Y35A 2NNPA 2AZCA 5SY3A 1RNEA 1MPPA 5P1AA 3EC0A 3S45A 1PFZA 2R43A 3VEUA 3OQAA 3S53A 3UDMA 1MT7A 1GKTA 4MC1A 2OHNA 1MRWA 3PSGA 2AOJA 3VYFA 5P03A 3TPLA 4ZLSA 2I4XA 4YD5A 4WTUA 3U71A 5P2MA 3TL9A 2HAHA 2PSUA 4HDBA 1APVE 2JE4A 5P29A 2QHYA 5P3BA 2OHUA 2QMFA 2NMYA 3QPJA 3O9CA 3ZPUA 4YCKA 5P1OA 1T7IA 5AHAA 2AOFA 2F80A 1IIQA 5P7EA 5P4HA 5P3SA 4I0EA 3TNEA 2QNPA 4DFGA 3FNTA 5P0VA 2B7ZA 3OHHA 4OBKA 3GW5A 5OZLA 5P8JA 2WECA 4OC6B 4DJPA 4BEKA 4EXHA 5P6PA 2NXLA 1WBMA 4EYRA 1GVTA 5OZRA 2G20A 5P2SA 4YHQA 5P2UA 4B78A 4XXSA 3NLSA 5DR0A 5P10A 4GYEA 5P4XA 2AZBA 5P66A 3SA4A 3NWQA 1MERA 3Q6YA 4FAFA 5P61A 4FCOA 5OZUA 5P58A 3VV6A 4XKXA 5OZDA 5P3FA 5P74A 2QD6A 5P1HA 4J55A 5KR8A 1XS7D 3VLBA 5HCTA 4YDGA 3SM1A 3VV8A 5P41A 4K4RA 2ZYEA 1SDUA 5OYUA 3PLDA 1W5YA 3KYRA 3NDUA 2WL0A 3KDCA 3QRMA 5P1RA 2QI4A 4NPTA 4WY1A 2OHKA 5P3KA 4PPHA 3UQUA 3PGIA 1FIVA 2HS2A 1EBWA 3QN8A 3RTMA 3URLA 1TQFA 1EEDP 3U7SA 1OD1A 1YG9A 1EPME 2G26A 4FS4A 3NYGA 1ENTE 5P65A 5AH8A 4D85A 5P8FA 4GJ7A 1N49A 3UTLA 5P3GA 1TW7A 3K5DA 2IS0A 4Y3MA 3SKGA 5JG1A 1BXOA 4PYVA 5P1TA 3SA8A 5DR3A 5P2LA 5P6TA 3HAUA 5OZ7A 3LIZA 3S2OA 3GGVA 4DQEA 3SLZA 1LYAB 1YM4A 2VA7A 5KOSA 4HDPA 3HLOA 5P1EA 2V0ZC 5OZKA 5P3EA 1FLHA 5P6SA 4I1CA 3Q70A 3DCRA 1LS5A 3URIA 3D3TA 3KFNA 3RU1A 5P1IA 5P2ZA 4B1EA 4D83A 4I11A 3OGQA 1M0BA 3PJ6A 1W5VA 4AA8A 4Y36A 1BWBA 3QP0A 1YT9A 3FIVA 3WB5A 4NJUA 2QK5A 2IL2A 2QAKA 3RSXA 1PSOE 1MESA 5OZGA 1G2KA 1QS8A 3PBDA 1B6PA 1EPNE 3GI5A 5P5AA 4NJSA 2RKGA 4YBIA 5P3DA 3AIDA 2G69A 4F75A 3O9LB 1BILA 2QNQA 3VSXA 5P0PA 5P8PA 1HVJA 3LIQA 5P69A 5P4AA 3O9LA 4CPQA 2CEJA 1LZQA 4TVHA 5P4LA 4Y38A 4GJ9A 3F9QA 4RVJA 5P2HA 5P4JA 1SDTA 5KOQA 3PMYA 3O9FA 3OTYA 5P2AA 3D1XA 3MWSA 2PSGA 3OUBA 2QZWA 3OK9A 1D4SA 1YX9A 1HTRB 4F76A 4YD4A 5P88A 5HE5A 5OYZA 3UDPA 1T7KA 5C9BA 3LZUA 2QP8A 5P6OA 1HPXA 2QD7A 3Q3TA 4XX4A 2OHTA 3CYXA 5OYXA 5P2FA 5P43A 2FXDA 5DGUA 2QZKA 5P28A 4GB2A 2ZJMA 4CPWA 4CPXA 1K2CA 3N4LA 5P05A 1IDBA 3OGPA 5P6AA 3G70A 2BQVA 3DV5A 9HVPA 3KMYA 1HRNA 2O4PA 1TZSA 2P4JA 4QJ9A 4TRYA 3VFBA 4Y48A 3OAGB 2RENA 3OU4B 4Q1XA 1DAZC 8HVPA 5P4ZA 2Z54A 5P80A 5P2TA 3OAGA 2Q5KA 3TOGA 5P35A 3NWXA 7HVPA 1BVGA 4LC7A 2OHMA 2ZHRA 3KN0A 1IBQA 4TVGA 1HSGA 1SH9A 3SACA 1HBVA 4FAEA 3BUHA 4XX3A 4A4QA 1BWAA 4J17A 3NDTA 5P54A 2FNTA 5P27A 4B72A 5P7OA 5P40A 3KDDA 5P6WA 3EKVA 4X7IA 5P3LA 2RMPA 5P33A 2ER7E 5CONA 4A6CA 5P5LA 1K6TA 2ZHUA 1ZLFA 5P5BA 1C6XA 5P7GA 2XYEA 1KJFA 1B11A 1SIVA 2I1AA 3NU5A 5P0CA 5P53A 1BDQA 2FS4A 1HEGE 1HVIA 3OXWA 4H3FA 1KJ4A 5P39A 4Y39A 5OZOA 5P6MA 3DV1A 3SA7A 5CLMA 2PH6A 3EKQA 5P5DA 3URJA 3OU3A 3B80A 4AMTA 5P3WA 5P7IA 1IZIA 5P5RA 1EC2A 3R1GB 1MT9A 3D91A 1EC0A 3WZ7A 5P8GA 4Y37A 1QDMA 4HDFA 4J0TA 5OZFA 5P3MA 4K4PA 5P36A 4R5NA 2I0DA 5P06A 4K9HA 5KQYA 5P8VA 4J1KA 1HWRA 2J9JB 1FFFC 5P15A 3HZCA 5OZIA 5BS4A 3I7EA 3PBZA 4R92A 5DQ5A 4FSEA 5P77A 3TKWA 4Y4WA 4Q1NA 3HD8A 4GJCA 1Z8CA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4BEL A;  4Y45 A;  5B18 A;  5P47 A;  5P3X A;  3MSJ A;  5P25 A;  4F74 A;  4FM7 A;  1F7A A;  4ZIP A;  2VS2 A;  5P70 A;  2QU2 A;  4Y3G A;  4BFD A;  2G27 A;  4EHC A;  2JJI A;  5P2R A;  3ER5 E;  1VIJ A;  5OYV A;  5P8D A;  2F8G A;  4CKU A;  3NDW A;  2NR6 A;  5KQZ A;  3EMY A;  4PHV A;  1XE5 A;  4I0D A;  5P7C A;  1DP5 A;  1EC1 A;  2QI7 A;  3PM4 A;  5P6K A;  5OZA A;  4QJ2 A;  5P7J A;  1GVW A;  5P81 A;  1CPI A;  1B5F B;  2QNN A;  2WED A;  4ZPG A;  3NU4 A;  5HE7 A;  4B70 A;  4EQ0 A;  3EKW A;  3ZKX A;  4Y51 A;  3K5C A;  4X2L A;  4ZPE A;  1CMS A;  2WF4 A;  1MEU A;  3ST5 A;  3EXO A;  4Y56 A;  5P7S A;  5OZB A;  4Y3T A;  4Y4J A;  5P73 A;  2R9B A;  1C6Z A;  3APP A;  3LIV A;  3DK1 A;  2ZJN A;  4MC6 A;  2G1N A;  4B77 A;  5P0R A;  2QI5 A;  3I8W A;  2V13 A;  1IDA A;  2FDE A;  1NH0 A;  1BV7 A;  3O9G A;  2IQG A;  2O4N A;  2B60 A;  5E5J A;  3T3C A;  4J1C A;  5P3O A;  3L5B A;  5P8U A;  3EL1 A;  3HBO A;  3AUP A;  4Y4X A;  1PSA A;  1SME A;  4CPS A;  2FXE A;  4L6B A;  4EP3 A;  4Y9W A;  4RYG A;  2NNK A;  4K8S A;  4Y57 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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