2JE4A

Atomic-resolution crystal structure of chemically-synthesized hiv-1 protease in complex with jg-365
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
96
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVIEENLPGKWKPKIGGIGGFIKVRQYDQIPVEIGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords PROTEASE
publication title Modular Total Chemical Synthesis of a Human Immunodeficiency Virus Type 1 Protease.
pubmed doi rcsb
total genus 17
structure length 96
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2007-01-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2je4A00
3Q70A 2VS2A 3ZKQA 3UDHA 5P7DA 3I6OA 4B72A 3OUDA 1YM4A 3D20A 5P7JA 3NWXA 5P66A 3DCKA 5P3OA 1YG9A 5P39A 4EJDA 2HAHA 3NYGA 4RCEA 3KFNA 2ER6E 5B18A 5P54A 5P8OA 1IZIA 3IAWA 5P0AA 5P7WA 3TPJA 1LF2A 1PPKE 2AOFA 5P7VA 5P0NA 4KE0A 4DQBA 5JODA 4DJWA 1ME6A 1YTGA 3S53A 2XFIA 3HAUA 4OC6B 5P2CA 2RSPA 3GI4A 1EPOE 1QRPE 4BFBA 1BVEA 5P6FA 5P38A 2G1OA 2FXEA 2AOEA 4LHHA 5P12A 5P13A 4YD3A 3BVAA 4OBFA 4YDFA 3PMYA 1ER8E 1EC0A 1B6JA 5BRYA 2QZXA 5P0WA 2A1EA 2F81A 3A2OA 2F3KA 3MXDA 1W5VA 3BVBA 3WZ6A 4R92A 4J1EA 1AZ5A 1CZIE 1KJFA 3SKFA 5P7RA 3OU1B 1MTRA 4J0ZA 1B6KA 2AZ9A 2VJ6A 3KMYA 1FFFC 3UDQA 3CKTA 4Y5BA 4HDBA 3QP0A 4JPEA 5J25A 5P6AA 5P7NA 5P7AA 2FS4A 4J0YA 5P0HA 4TVHA 2OHPA 2PWRA 5P0QA 5P4HA 4GB2A 5OYXA 5P6LA 3ZOVA 5OYZA 5P7ZA 3OU1A 3NDUA 3QBHA 5IVSA 1C6YA 2G27A 5KR2A 5P32A 5P1PA 3UDNA 3S2OA 4Y48A 2WF4A 4YD4A 4Y3PA 4EPJA 5KR1A 4Y57A 5IVQA 1BV7A 2I4UA 5P8GA 2F3FA 3IVHA 3VV7A 3OXWA 1IDBA 4DJPA 4XX3A 5P1RA 4D8CA 5DQ2A 5P5MA 3MSLA 1KJGA 1HSHA 4PPHA 3T6IA 5OZRA 3ZKGA 1D4LA 5P8KA 5KQFA 3PSUA 4A6CA 3SA8A 5P3KA 1D4HA 3QRSA 4ACUA 4GJ9A 3GI5A 3DV5A 4LAPA 4Y4ZA 4GIDA 4Y3HA 3UDPA 5P44A 2G1RA 5P0GA 4M8XA 4OBKA 4FE6A 5AH6A 3BGCA 1ZPAA 3AIDA 5P2KA 3SKGA 2PSVA 2IDWA 5C9FA 3IXJA 2PWCA 4J17A 1K6CA 2R9BA 4S1GA 5ISKA 2JE4A 3R1GB 5OYTA 4YCTA 4L6BA 1TCWA 2BPZA 5P5TA 4B77A 2Q11A 4Y5KA 1BWAA 2Z4OA 3L38A 5EZXA 3FNSA 5P4EA 9HVPA 4R95A 3APRE 5P1IA 5P72A 5P2BA 3TOHA 5P5AA 5P5HA 1XN2A 4Y3ZA 4H1EA 1W51A 1FQXA 1BDQA 5DR1A 1WKRA 1HIHA 1FQ7A 5P0RA 3KA2A 4Y3QA 3VFAA 5P4FA 5SY3A 1NPVA 2QI6A 3GGAA 1BDRA 2MIPA 4WY6A 2EWYA 3APPA 3EKPA 3PBDA 3NUJA 4LP9A 2PYNA 3EL5A 5OZOA 2WEDA 3LIZA 2R38A 3JVWA 3HVPA 1EBZA 3U6AA 4Y6MA 4Z2ZA 3O9FA 4JECA 5P1ZA 5OYQA 5P1BA 5ENKA 3INHA 4DPFA 4FM6A 5P01A 4J1FA 4I0IA 4TVGA 2QHCA 4GJBA 5P0MA 5P2MA 1MVPA 4J0VA 1AJVA 2V10C 5P22A 5OZBA 3URIA 5P7MA 4WTUA 3I2LA 4Y54A 5OYYA 2BQVA 2ZJLA 5P2IA 1ENTE 2R3TA 5HDXA 2QI4A 3O9IA 5P36A 4DJVA 8HVPA 2QMPA 4YA8A 4Y5EA 5OYWA 3LINA 5OYVA 2I0DA 2R5PA 5P3RA 3DV1A 5P1HA 1QBSA 4Y4BA 1BAIA 1EPLE 2FLEA 1W6HA 4QJ7A 1GNNA 3CIBA 5JFPA 2J9JB 4I8ZA 5P29A 3Q5HA 3VF7A 2IRZA 3MSJA 5P3GA 2V00A 3OOZA 5P6ZA 2FXDA 1MEUA 3LNKA 4ZSPA 2VJ7A 3UDKA 2BKSA 3QVCA 3OTSA 2WEAA 3MSKA 2F8GA 1NPWA 4B0QA 4Y3RA 1MRXA 5P1LA 1UPJA 3OXXA 5E5JA 4LBTA 4ER2E 3CMSA 4L7HA 3OQAA 1PPLE 1HEFE 1VIKA 5OZEA 4XX4A 1T6EX 2J9JA 3RSXA 4Z4XA 1T7IA 5P2SA 1T3RA 1TSQA 2QMDA 4QJ9A 1HVJA 2Q54A 1XS7D 3ZLQA 6FIVA 3S8IA 5P73A 1PSNA 2QCIA 4E43A 5P2WA 2J9KA 5COOA 2AVOA 4GMIA 3FSMA 4LXAA 1FLHA 2XFJA 2I4QA 2QP8A 2VKMA 3OU4B 2OHTA 3O9EA 5P2OA 5P79A 5AGZA 4X7IA 2JYSA 1BDLA 1GKTA 3N4LA 2QI1A 4GJ8A 1FG6C 3C9XA 3SABA 1FQ6A 1FQ4A 3Q3TA 2ZHUA 5P78A 3OU3A 5ENMA 3QROA 4F73A 4Y51A 5P6XA 2OHMA 3NXNA 5P4OA 2QU3A 3OU4A 5P2AA 1DMPA 5OZQA 4B1EA 3ZPTA 4DJUA 3PEPA 2ZHVA 5P2EA 3NWQA 5P08A 3I8WA 5P63A 2BPXA 1FFIC 4N00A 1LYWB 4B1CA 5P0YA 5BS4A 5P14A 4J1HA 1HVKA 3EL4A 4HLAA 5I3XA 5OZPA 5ER2E 5P07A 5OZ2A 2AOGA 1E80E 4Y3WA 1PPME 5OZYA 3VYEA 2AZ8A 5P2LA 5P4SA 4Y3FA 6UPJA 3IN4A 4R93A 4YCKA 2NXMA 1B6LA 5OZNA 1LYWA 5P0FA 4I0DA 5P7LA 3QRMA 3UQUA 3CICA 1B5FB 2NMZA 2IKUA 4ER4E 1KJHA 3IVIA 5P2TA 5P6TA 2AVSA 5P7QA 2UY0A 3LIYA 3TLHA 3INFA 1IBQA 2NXDA 4LC7A 4DQCA 5P6IA 5P7PA 3JW2A 5P5DA 5P7FA 1BBSA 1XE5A 2PC0A 5P6OA 5P64A 5IVTA 5P3UA 1FF0C 4JOOA 3BHEA 3NDXA 4QJ8A 3DOXA 5P8JA 1FB7A 4CPSA 5P8AA 1Z1HA 4CPQA 1GVUA 1HVRA 2ZJKA 4J5JA 3JVYA 1C70A 3KYRA 4L7GA 5P4DA 2HPEA 2QNQA 1RL8A 1W50A 2WL0A 4ZIPA 5OZ0A 2AOHA 4Y44A 4FCOA 1K6VA 4ZSRA 3LPIA 5DR0A 3OUBA 2Z54A 4YOBA 1EPME 4RVXA 3BC4A 4RRNA 3PWMA 3EL9A 5DGWA 4Q1YA 1IZDA 1B6PA 4FL8A 1IZHA 2HS1A 4EQJA 3DJKA 3EKTA 5P3DA 5P4CA 4QGIA 5P55A 5P2FA 5P7SA 1BXOA 5P87A 2VA5A 3T3CA 5P4NA 3GGUA 3HZCA 3S85A 5P6UA 2OHUA 2O4SA 4R91A 3VLAA 1HTGA 5P70A 3WZ7A 5AH8A 5DQ1A 5OZ6A 1FQ5A 4CMSA 5P4VA 1B11A 4FLGA 3GW5A 3QS1A 3PJ6A 4F76A 3QIHA 3S43B 4HE9A 1OEXA 4I1CA 2QZWA 3LIVA 1QBUA 2Q3KA 4OBJA 1GVWA 3TKGA 1SDTA 4Y3EA 3DM6A 5P5KA 2IENA 3EM4A 3INDA 5P3PA 5P6HA 5JFUA 5P6YA 5P0OA 1RPIA 4A6BA 2B7FA 3RU1A 1IVPA 3S43A 5P4AA 4FRKA 4Q5MA 4XXSA 4L1AA 3I25A 3T7QA 4Y4JA 3RSVA 5P8SA 3HD8A 4KE1A 5P7CA 3VLBA 2H6SA 5DQCA 5P2XA 4ZSQA 5APRE 3EMYA 4XKXA 5PEPA 5P17A 3SA9A 5P7BA 3SO9A 5P4GA 1MSMA 1TW7A 3OQ7A 5P1QA 3SM1A 1HPSA 3LZUA 1HTFA 1T7KA 4ZEAA 2OAHA 4APRE 3ZMGA 3EL1A 3OXVA 2IKOA 5P8TA 1PSOE 1PSAA 3PCZA 1MERA 4PZWA 2A4FA 3G6ZA 3KF0A 3RVIA 1HPXA 4Y4XA 2QD7A 3CIDA 4OD9B 1A8KA 4J1IA 1MRWA 5P3BA 2FDEA 2HB3A 5P1GA 4YOAA 3NU9A 5P16A 3SPKA 4AUCA 4D83A 1ODWA 3PSYA 1NSOA 5P8BA 4Y3XA 4RROA 3VF5A 1ODYA 1GNMA 2O4LA 4Y3JA 3PWRA 2AZBA 5P7EA 5DR7A 1BV9A 4RLDA 1LS5A 3O99A 2UPJA 3HVGA 5P8UA 1D4SA 1SBGA 4OD9A 4R8YA 3O9LA 4YBFA 3ZPSA 5P6EA 4FSLA 1BILA 1ZSRA 2XYFA 2WEBA 3UQWA 2RMPA 3BXSA 3EKXA 5P0DA 5P4BA 4COEA 3EC0A 4J1KA 4H3JA 5P00A 5OZ7A 5KQXA 5KOQA 1LF4A 2OHLA 3UCBA 5AHCA 3LIXA 5P4YA 1SMRA 2NPHA 2G1NA 4GJCA 5P3FA 2R5QA 5P4WA 1LYBB 4Y3YA 1EBYA 4B1DA 3ZPUA 5P35A 1TCXA 4DVFA 4NJUA 1XN3A 3SA5A 2O40A 5P86A 3OUAA 3TTPA 4HEGA 2AVQA 2VIEA 4H3FA 2QD6A 1RV7A 2ASIA 1W5YA 1A8GA 1XDHA 2RKGA 3M9FA 4FAEA 3U7SA 2R8NA 5P5JA 4MC2A 1XE6A 1HIIA 1MTBA 5P7IA 5P1YA 1LYBA 2OHQA 3O9CA 4Q1WA 5HE4A 3KFRA 2QD8A 4J1CA 2ZJJA 6APRE 5P31A 1K6PA 5AH7A 3KT2A 5P80A 3H5BA 5P0UA 4L7JA 5P28A 5P85A 3DCRA 2VIJA 4H3GA 3Q6YA 3WSJA 3BRAA 3KDBA 1HTRB 4ZSMA 4HA5A 1HPOA 1Z8CA 2FDPA 5P4XA 2ZJHA 1DAZC 5P5LA 4Y3LA 1FKNA 2I4WA 4OBHA 2FIVA 3L5EA 1SGZA 5OZ4A 4DJRA 4Y4GA 5P2HA 3O9GA 5P0LA 3ZKXA 3PB5A 2AOIA 3SA3A 2B42A 4YD7A 1HPVA 3TH9A 4Y3MA 1FIVA 1C6XA 4FRSA 2QMGA 4J54A 5HTZA 4NPTA 4Y5GA 3ZKSA 3VUCA 4BELA 5P62A 5OZJA 3Q4BA 5AHBA 3NU4A 3TKWA 2QI0A 3OY4A 1HOSA 5P0IA 3OQFA 5OZSA 5P3EA 4DQHA 3URLA 2IL2A 1SMEA 2I4VA 1FGCC 3IGBA 1B6MA 2AOJA 5P4KA 3FKTA 5HD0A 4Y4WA 1KJ4A 3LITA 3QVIA 5P1AA 4DQGA 5P11A 1AAQA 4OBGA 4Y5CA 5ISJA 4B00A 2PSGA 3O9HA 1ZSFA 1W6IA 2PMAA 3D1YA 2HIZA 1Z1RA 2VA7A 1MT8A 5P4QA 4Y3SA 3INEA 5EZZA 1PFZA 3OQKA 3TL9A 1TQFA 1OEWA 1XL5A 2R3WA 4PZXA 1ZLFA 2ZYEA 3VFBA 2PH6A 4Y3DA 5P5PA 5OZ9A 1ZTZA 2QI5A 5TOLA 3FX5A 3PM4A 5P0EA 4Y9WA 1YTHA 4F75A 5P1VA 4CPRA 4YD6A 5P8RA 2FNSA 1IIQA 1WBMA 4ZPGA 4EJKA 3R0WA 5P34A 5P58A 1A9MA 1CMSA 5OZUA 5P7UA 5P3HA 4K4RA 4MC1A 5COPA 3T7XA 3SM2A 5P53A 5P8LA 3OHHA 1HHPA 4J0TA 5P41A 4LXMA 4Y5AA 3D1ZA 3MWSA 3VYFA 1MSNA 2PK5A 3IXOA 3OADB 2ZHTA 5P8QA 5P3MA 5HU0A 5P3IA 3NUOA 4DUSA 3OTYA 5P3NA 1HTEA 3NLSA 5P27A 3RTHA 1ZPKA 5P3WA 4GZFA 2ZDZA 3HDKA 2Q5KA 4Y47A 3ST5A 4PHVA 4GJAA 4A4QA 5P8HA 1EEDP 5P06A 5P2YA 3S7MA 4RYGA 4MC6A 4FAFA 2PK6A 3OADA 5OZFA 5P25A 5P52A 4DI2A 2NMYA 4QJ2A 5SZ9A 3OXCA 2ER9E 2AZCA 5HDVA 1ZAPA 4FRIA 4Y45A 1IZEA 4FSEA 5P6MA 5P68A 2JJIA 5P84A 3ZKNA 2IGXA 3ZKIA 5OYSA 5P82A 4K9HA 1K1UA 1ZJ7A 5OZWA 3PI0A 3L58A 4ER1E 2VNMA 5OZ8A 2ZHSA 1EC3A 5P6GA 2R43A 1DP5A 5P7GA 4K4QA 3OOTA 5P48A 1SDUA 4YCYA 3KDCA 3L5FA 2WF0A 2PSUA 4I0GA 3HBOA 2IGYA 5P33A 4Q1XA 1G2KA 2O4KA 3QPJA 5P46A 4DJQA 5HVPA 3SA6A 2OHKA 3NU6A 2ZJNA 4H3IA 5OZAA 3UQRA 2WHHA 3TPPA 2HB4A 5HE7A 4PYVA 2QMFA 5P43A 3GGVA 5P4MA 5P3JA 5P47A 4D88A 3S56A 1LV1A 3WZ8A 3EBZA 1OD1A 1BXQA 1E82E 5DR8A 4R5NA 4GJ5A 5P4UA 4B70A 5P5FA 4I10A 5P5VA 5P7HA 5P4LA 2Q15A 3WB4A 5P0SA 5P57A 5P7KA 4YE3A 3QN8A 4I12A 3VG1A 2QHYA 2UXZA 3VSXA 3TPRA 5P05A 4RGHA 4K4PA 4Y43A 5P6VA 4TRWA 1LF3A 3N3IA 5P7YA 4EHCA 1TZSA 3LZSA 2FMBA 4Y35A 3OGPA 2B7ZA 5P0JA 4Y5MA 4YBIA 3RTMA 5P1WA 3QAAA 5OYUA 2AIDA 5T4SA 1YM2A 5ER1E 3SQFA 2AQUA 3L5CA 4CPUA 1HVLA 2ZJMA 4DV9A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3Q70 A;  2VS2 A;  3ZKQ A;  3UDH A;  5P7D A;  3I6O A;  4B72 A;  3OUD A;  1YM4 A;  3D20 A;  5P7J A;  3NWX A;  5P66 A;  3DCK A;  5P3O A;  1YG9 A;  5P39 A;  4EJD A;  2HAH A;  3NYG A;  4RCE A;  3KFN A;  2ER6 E;  5B18 A;  5P54 A;  5P8O A;  1IZI A;  3IAW A;  5P0A A;  5P7W A;  3TPJ A;  1LF2 A;  1PPK E;  2AOF A;  5P7V A;  5P0N A;  4KE0 A;  4DQB A;  5JOD A;  4DJW A;  1ME6 A;  1YTG A;  3S53 A;  2XFI A;  3HAU A;  4OC6 B;  5P2C A;  2RSP A;  3GI4 A;  1EPO E;  1QRP E;  4BFB A;  1BVE A;  5P6F A;  5P38 A;  2G1O A;  2FXE A;  2AOE A;  4LHH A;  5P12 A;  5P13 A;  4YD3 A;  3BVA A;  4OBF A;  4YDF A;  3PMY A;  1ER8 E;  1EC0 A;  1B6J A;  5BRY A;  2QZX A;  5P0W A;  2A1E A;  2F81 A;  3A2O A;  2F3K A;  3MXD A;  1W5V A;  3BVB A;  3WZ6 A;  4R92 A;  4J1E A;  1AZ5 A;  1CZI E;  1KJF A;  3SKF A;  5P7R A;  3OU1 B;  1MTR A;  4J0Z A;  1B6K A;  2AZ9 A;  2VJ6 A;  3KMY A;  1FFF C;  3UDQ A;  3CKT A;  4Y5B A;  4HDB A;  3QP0 A;  4JPE A;  5J25 A;  5P6A A;  5P7N A;  5P7A A;  2FS4 A;  4J0Y A;  5P0H A;  4TVH A;  2OHP A;  2PWR A;  5P0Q A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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