5P2RA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 144
Total Genus 81
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
81
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 81
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p2rA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p2rA01
2ASIA 1IVQA 5P2SA 4LXMA 5P3QA 5P17A 2WEDA 1QRPE 3KFRA 5OYZA 4ZPFA 2PQZA 1YX9A 3OUBA 5P4CA 1LF4A 4HDBA 1BVGA 2I0DA 2VJ9A 4ACXA 3OU1B 5P5YA 2XYEA 5KOSA 1A9MA 1WBKA 2FDPA 2ER6E 4EQ0A 5OZOA 1CPIA 4K4QA 2V11C 4QJAA 3KM4A 1LYAA 4LC7A 3QPJA 4B00A 4DJPA 1IZEA 1QBUA 3IVIA 5OZ3A 3LZSA 4QJ2A 2F3EA 4I0JA 5P69A 4BELA 3ER3E 3OWNA 5P3OA 1A8GA 2QI1A 1W5VA 3LZVA 5P8UA 3S2OA 5P5HA 2F3KA 6FIVA 1XN2A 3SKGA 3RSVA 2QK5A 5P0DA 1RV7A 3PBZA 4Y3XA 4ZLSA 3KT2A 3RU1A 4Y51A 1BILA 1AVFA 5P3MA 5OZGA 5COKA 2G1SA 1BVEA 4JPEA 5P00A 5IVQA 5OZ2A 2O4KA 5DR3A 4DQBA 1IBQA 5P6NA 2OF0A 2G24A 5P4BA 1E80E 4QJ7A 1RNEA 3D91A 5P03A 5P0XA 5OYRA 1GVVA 2I1AA 5P8OA 1G0VA 2I4XA 3HAWA 2Q5KA 5HE7A 3DCRA 4JOOA 3UQRA 4DFGA 2XYFA 3EXOA 4Y48A 4I0HA 1EC0A 3DV1A 1IDBA 5P1CA 1Z1HA 5P7HA 4K9HA 3QRMA 4OC6A 1YTHA 1ZPKA 5P2TA 3ZKMA 3OUDA 2O4LA 3OGQA 3RTHA 5P61A 4QJ9A 3G70A 1YT9A 5P2IA 5P48A 3PLLA 2QZWA 1NH0A 3OXWA 3PEPA 3TH9A 2ZDZA 3QBFA 5DQ5A 2V0ZC 3PWWA 1HBVA 3WSJA 3S54A 3GGUA 4EJDA 4Y4WA 1VIKA 3O9LA 5OZZA 4WY1A 1GVWA 3OUCA 4GB2A 5P2GA 4U8WA 5P8BA 4TRWA 3H0BA 3KN0A 5P0KA 3NDXA 3TKWA 4H3GA 1ZBGA 5P6KA 1NSOA 3RVIA 1NPAA 5P05A 5P7BA 1RL8A 4NJUA 3PM4A 2G1RA 1LYAB 1T7KA 3RTMA 4DJRA 4YHQA 5KQXA 3LIVA 5P3KA 5P7YA 4X7IA 2ZHVA 5UPJA 2XFKA 1K6VA 1EPNE 5OZTA 5ER2E 5P6DA 2P83A 2WEAA 3EL4A 2IGYA 4K4RA 5JFUA 3O9FA 5JG1A 5P0OA 4GMIA 5EZZA 2APRA 4OBKA 5ENKA 3NU3A 3OTYA 1YG9A 3O9CA 1W6HA 4Q1YA 3R1GB 4Y4AA 5OZ5A 1MTRA 5P3XA 3CKTA 3L5FA 3NR6A 5P0IA 4B1DA 2WL0A 1E82E 5P6ZA 5P6XA 3UFLA 5P51A 5P4OA 4Y3PA 4RZ1A 1LEEA 4CPTA 1T6EX 5P0QA 4GJDA 4ER2E 1K2BA 5P7TA 3SA6A 3SLZA 1PSOE 5HE5A 5C9BA 4AUCA 3R0YA 4I0IA 1SGZA 5P8PA 3R0WA 5KAOA 5P3AA 4HA5A 3OGPA 4Q1XA 1A94A 3UQUA 3JVYA 3KA2A 4Q1WA 3DUYA 3O9HA 5P7FA 5P3JA 4H3IA 2V00A 5P7NA 4Y3SA 4Y9WA 2BPXA 1KJHA 5P0GA 5P4IA 3S7MA 3Q4BA 2QMGA 4OC6B 1BBSA 4FSLA 3OUDB 4Y5PA 1MRXA 3EKPA 4DJYA 3F9QA 2IEOA 1FIVA 3GI0A 1SP5A 3INHA 3IXJA 4J0PA 3UDNA 5P5LA 5P3LA 5P1KA 4Y4BA 3UPJA 1OD1A 4TRYA 3O9LB 4HDPA 3OUAA 2HIZA 5P86A 2AOJA 1LS5A 2FGUA 2PSGA 5P2EA 3L5DA 3K4VA 2P3CA 2RENA 3FX5A 2NTRA 4FLGA 4CMSA 5P5UA 4J5JA 1B11A 3QVCA 5P3NA 4K4PA 1EAGA 5P1AA 4Y3TA 5P6IA 5P2CA 2NMYA 5J25A 2UY0A 1XL5A 1W51A 4RVJA 5P1IA 4YA8A 1AIDA 1MVPA 5OZIA 1HPOA 3IAWA 5P4MA 3R4BA 5P1PA 3UFNA 5C9DA 1EPOE 3RTNA 1D4YA 1AAQA 3CIBA 2VA5A 4ZPGA 5P08A 5P33A 5P4HA 4CPSA 3L38A 3NXEA 3ZL7A 5P1ZA 4XX3A 2ZJLA 4A6BA 5P4AA 5AHBA 4EXGA 1M0BA 2AVSA 2O4NA 5P44A 3VV6A 2JYSA 2ZJMA 4J1EA 5P45A 5PEPA 5T4SA 3VV8A 5P4NA 2AOGA 4OBJA 3I6OA 2B8LA 4OD9B 2QHYA 3WZ6A 3OHHA 1HSHA 1YTIA 5P02A 5P0WA 2B7ZA 1RQ9A 3LIQA 3CICA 2Z54A 4EHCA 3FNTA 5P71A 5P67A 2P3AA 3D3TA 1FFFC 4RCDA 4NPUA 4RLDA 5P6TA 4Y45A 3IN4A 5P6BA 1LF3A 5P52A 3VG1A 3ER5E 1SH9A 3R2FA 3BHEA 5P8DA 4I12A 4BFBA 5OZSA 3VFBA 1APVE 3IGBA 1HTRB 2VJ7A 4A4QA 3I25A 5KOQA 3GI6A 5P04A 4D88A 3PBDA 4DQCA 5P6CA 5OYSA 5P1SA 1LZQA 4HZTA 4JECA 3HDKA 1FQ4A 5P3RA 1W6IA 4YD5A 5P4GA 2Z4OA 4RRSA 3LIXA 2P3BA 2WKZA 2I4QA 3NU5A 1MIQA 2V16C 3EM6A 1QBRA 5AH6A 5COPA 1XE5A 5P0CA 3PGIA 1B6LA 4S1GA 5P8HA 1LYWB 1W50A 4FRSA 2A1EA 1GVXA 4Z50A 3HAUA 2JXRA 4ZSMA 3DJKA 1KJGA 1HTEA 5P2DA 5HDUA 3PMUA 3ZPUA 2J9KA 3URLA 5FIVA 4OBHA 5P5RA 1APUE 3G6ZA 4I0EA 4Y50A 1DMPA 2QI4A 5OZNA 1BAIA 5DPZA 1TSQA 2WECA 3QP0A 3ZOVA 3VLBA 5I3WA 3HD8A 5P4QA 1YM2A 5F01A 1K6TA 2XFIA 5P2LA 3EKYA 4Y3FA 3UTLA 5P3FA 3WB5A 3MSJA 4Y3JA 5ENMA 5OZJA 5DQ1A 1HTFA 5P5IA 2AODA 1UH9A 2ZE1A 4EP2A 5P6VA 2G94A 1U8GA 4I0GA 4LHHA 4OBZB 4YCYA 5P3CA 2QU2A 1AJVA 1QDMA 1C6XA 3ZKSA 5P31A 5OZRA 1SIPA 4AA9A 1A8KA 2AZ9A 3K5GA 3ZKGA 1EPRE 3UDRA 3NXNA 5P3TA 5B18A 2ZHRA 4CPUA 5P3IA 4EJLA 5P4EA 5KQZA 5JFPA 4ZSPA 3OQFA 4Z22A 1ODXA 4EP3A 1MEUA 5OZFA 4YBFA 3O9BA 5P15A 5P37A 2ER7E 1DW6C 1SDUA 5P4YA 5P2RA 5OZEA 4RYCA 3NUJA 3QROA 2I4UA 2R5QA 1FMBA 1NPWA 3OXXA 5P1FA 3BUFA 3GGVA 5HVPA 4H3JA 1APTE 2HC0A 3L5CA 4FCOA 1MT9A 4Y4GA 2HS1A 2P3BB 2OHRA 1HXWA 5P3WA 3PRSA 4Y35A 1IIQA 2ZJIA 3BC4A 3LPIA 5P0VA 4B1CA 3FNSA 3KDDA 2BPZA 3BUHA 2G22A 2B42A 3PWRA 1FFIC 4WTUA 4GJ5A 5P28A 3VSWA 2R3TA 3GI4A 3PSUA 4Y4DA 1N49A 1KJ7A 1ODWA 3OAGA 4Y3AA 5P60A 1G6LA 1HVCA 1MSNA 5P8SA 2I4DA 2AQUA 2RMPA 3U6AA 3IXKA 4XX4A 3EMYA 3PSYA 3EKQA 4RROA 3UF3A 1GVTA 1ZSFA 3SA9A 1F34A 3L59A 1SDTA 2FXDA 3CKRA 5P2WA 4D8CA 2PK6A 4B70A 1HVSA 5IVRA 5P0MA 4FAEA 1FQ5A 3FV3A 3SA5A 1VIJA 3BVBA 3QN8A 5P5NA 4LAPA 4NJVA 2BPVA 4APRE 5P1HA 2I4VA 2NXDA 5AH9A 4Y3HA 3OQ7A 4FL8A 5P2AA 2QI5A 2ZHTA 5KR8A 5COOA 2F8GA 5P65A 1K2CA 3B80A 3KYRA 3S56A 2JE4A 1D4LA 5OZDA 3ZKNA 2HB3A 1Z1RA 3I8WA 5P1BA 5DQ2A 5P0UA 5P3ZA 3U7SA 1M4HA 4GZFA 2WF2A 2PWRA 4CPRA 5P5WA 3AUPA 5P81A 1HVLA 2NPHA 3D1XA 3DK1A 3GGXA 3LIYA 1IZHA 1EBYA 4DH6A 2V10C 2AOCA 2PWCA 1HTGA 3D1ZA 4GJ6A 5P85A 1HSGA 1BIMA 1FMXA 2HPFA 5P5BA 2OHTA 1PROA 3OU4B 3PHVA 1XL2A 4I8ZA 4L7JA 4F75A 3SA3A 1EBKC 4YE3A 1ZJ7A 3OXCA 5TOLA 4J0VA 3UDYA 1C70A 1DAZC 3EKXA 3EC0A 1BDRA 5OZ6A 3N4LA 4Y44A 4Y4UA 2P8HA 5P57A 5P4TA 5P6GA 4YD4A 1GKTA 4I0ZA 5P4KA 2Q63A 1BWAA 2NMZA 3OK9A 4Y3RA 4HLAA 2QHCA 3S45A 3MXDA 2VS2A 1IDAA 5P0RA 4B05A 2AOHA 5P0YA 1LF2A 5P36A 3K5CA 3PMYA 1EPLE 3UDPA 4BFDA 1SIVA 3AIDA 4GJ8A 4J1IA 2OHPA 5OYYA 4PPHA 2VNNA 5E5JA 2QI7A 4Y37A 3OAGB 2HAHA 4I0FA 5HD0A 5DGUA 5OZ9A 2WJOA 4LL3A 4PHVA 1T6GA 3NLSA 3PCZA 2QI3A 3BXSA 3T7XA 1EPME 4XKXA 5P0JA 2AOIA 1DPJA 5P8KA 4DJOA 3HVPA 3GW5A 4KE0A 1HHPA 5OYVA 5P25A 5P3VA 3EL5A 2P3DA 4R5NA 3UDKA 2ZJJA 4LXAA 5HTZA 3PWMA 4ACUA 2Q55A 2AOFA 3JW2A 4GYEA 2PH6A 4OD9A 5P7AA 4BEKA 2AVOA 5P42A 3BRAA 5P7CA 4NJTA 3VYDA 3JVWA 4M8YA 2WF1A 4Y4EA 1CMSA 4QLHA 2EWYA 5SZ9A 2OHSA 3NUOA 4FSEA 5OZCA 2QNPA 1EC3A 2FNTA 5P78A 1TCXA 5DR8A 4B1EA 4Y5GA 2OHMA 4ZSRA 4FE6A 1ZTZA 2CEMA 5P40A 1D4KA 3Q3TA 3QIHA 1FQ7A 2WEZA 3IVHA 5P8EA 2VIEA 3O9IA 4FM8A 1OEXA 3O9EA 4XXSA 4QJ8A 2UXZA 4OBGA 1FQ6A 3OY4A 5P7RA 4DQEA 1CZIE 4COEA 5P18A 3FKTA 4KUPA 4DI2A 5P8NA 5P6QA 4EWOA 5KR1A 1AJXA 4GJ7A 2AVMA 1KJ4A 1B6JA 1Z8CA 3D20A 3M9FA 4Y3MA 5P4ZA 3OOZA 4Y3YA 5BS4A 3UDQA 3VSXA 1LYWA 1ZPAA 5P4XA 2I0AA 5I70A 2QAKA 4Y5NA 3O9DA 2R8NA 5P0NA 2QZXA 3VFAA 4FIVA 1MSMA 5P1EA 2NXLA 5OZLA 1ZSRA 5P7MA 3HW1A 4FRKA 3HZCA 5P75A 2QNQA 2HPEA 2UPJA 3G72A 1C6YA 2R38A 5ISJA 3T7QA 4FGXA 3SA4A 4Y58A 5IS4A 3ST5A 5P70A 5P84A 5P6MA 5P3UA 2QMFA 4Y3EA 4RGHA 3B7VA 3LINA 1BV9A 5P4DA 3ZPTA 4J1KA 1SDVA 1HIIA 5P3HA 3S85A 1ME6A 3NU4A 4OBZA 5HCOA 4YDFA 3INDA 3TOGA 3CIDA 3TOFA 3NWXA 2ZYEA 1SGUA 3TNEA 1PPLE 5P39A 4J0TA 3APPA 1EC1A 3L3AA 5OZXA 2IKUA 1Q9PA 2VIYA 5P7LA 1EBZA 3EKWA 1TSUA 1D4IA 4FM6A 5P1VA 5P7VA 3EBZA 4FAFA 3NU6A 5P59A 5P5XA 3EM4A 2ZJKA 4M8XA 1C6ZA 5P7SA 4Q1NA 2WF0A 3PVKA 2IDWA 4Y43A 5P2KA 5OZMA 2WEBA 4NKKA 4MC9A 1XS7D 3ZLQA 4Y3LA 2FIVA 4L7HA 3K4VC 2QP8A 3VUCA 2AZBA 5HDVA 5P74A 1YM4A 3MSKA 3NDTA 5P3PA 1META 3C9XA 3GI5A 1HVKA 4RCFA 4DJVA 3T3CA 5P7JA 5OZHA 1BDLA 1PSAA 5P58A 2V13A 5P35A 5P7EA 3UQPA 3UDJA 3TL9A 4I1CA 4R91A 4Y5LA 5P8RA 5P4JA 5P6JA 5KQYA 5P83A 3QBHA 2QZLA 5P79A 2FXEA 1T3RA 5P6RA 3NYGA 5OZWA 1FKNA 5APRE 3QRVA 3LITA 5OZUA 1MTBA 5DQCA 3CMSA 1DP5A 1DIFA 3OTSA 4YCKA 1UH7A 5P5PA 1D4SA 2R5PA 1HEGE 5P32A 4GJ9A 4FS4A 2B60A 3TPPA 5P19A 5P4PA 1APWE 2PYMA 4GIDA 3MWSA 3BVAA 3OADB 5P0SA 4MC1A 5P63A 1MPPA 2PC0A 3KMXA 3PCWA 5P6OA 5HDZA 4EXHA 5AHAA 5P13A 5P0AA 3ECGA 5P2XA 5P54A 1B6KA 1XE6A 1BV7A 5P56A 5P8MA 3CYXA 5OZVA 2QMPA 5IVSA 3FIVA 4IVTA 3EKTA 1UPJA 5DR4A 5P0ZA 4E43A 1NPVA 2OHKA 5P8JA 4JPCA 1K1UA 4Y4ZA 4GJCA 5P1RA 3VF5A 5P8CA 5P47A 3KF0A 5DR0A 1J71A 3MXEA 1ER8E 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2ASI A;  1IVQ A;  5P2S A;  4LXM A;  5P3Q A;  5P17 A;  2WED A;  1QRP E;  3KFR A;  5OYZ A;  4ZPF A;  2PQZ A;  1YX9 A;  3OUB A;  5P4C A;  1LF4 A;  4HDB A;  1BVG A;  2I0D A;  2VJ9 A;  4ACX A;  3OU1 B;  5P5Y A;  2XYE A;  5KOS A;  1A9M A;  1WBK A;  2FDP A;  2ER6 E;  4EQ0 A;  5OZO A;  1CPI A;  4K4Q A;  2V11 C;  4QJA A;  3KM4 A;  1LYA A;  4LC7 A;  3QPJ A;  4B00 A;  4DJP A;  1IZE A;  1QBU A;  3IVI A;  5OZ3 A;  3LZS A;  4QJ2 A;  2F3E A;  4I0J A;  5P69 A;  4BEL A;  3ER3 E;  3OWN A;  5P3O A;  1A8G A;  2QI1 A;  1W5V A;  3LZV A;  5P8U A;  3S2O A;  5P5H A;  2F3K A;  6FIV A;  1XN2 A;  3SKG A;  3RSV A;  2QK5 A;  5P0D A;  1RV7 A;  3PBZ A;  4Y3X A;  4ZLS A;  3KT2 A;  3RU1 A;  4Y51 A;  1BIL A;  1AVF A;  5P3M A;  5OZG A;  5COK A;  2G1S A;  1BVE A;  4JPE A;  5P00 A;  5IVQ A;  5OZ2 A;  2O4K A;  5DR3 A;  4DQB A;  1IBQ A;  5P6N A;  2OF0 A;  2G24 A;  5P4B A;  1E80 E;  4QJ7 A;  1RNE A;  3D91 A;  5P03 A;  5P0X A;  5OYR A;  1GVV A;  2I1A A;  5P8O A;  1G0V A;  2I4X A;  3HAW A;  2Q5K A;  5HE7 A;  3DCR A;  4JOO A;  3UQR A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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