5P2FA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 133
Total Genus 86
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
86
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 86
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p2fA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p2fA01
4ZIPA 5E5KA 5P0AA 5P8RA 3VLBA 5P25A 5OZAA 3PWRA 5P1JA 3S53A 5OZCA 2XYEA 5P8JA 5P37A 5P2WA 4DJYA 4Y4TA 1APTE 3NUJA 2ZJMA 5COKA 5P12A 2R43A 2WEZA 4OD9B 5KAOA 1PFZA 4I10A 3TL9A 2R38A 5HDUA 4IVSA 2WL0A 3INHA 2IQGA 3I7EA 1IIQA 3QRVA 5KR1A 1T6EX 3Q4BA 5P2FA 2QZLA 5P0DA 3BXRA 3UQXA 2VJ6A 2Z54A 3IA9A 1IZEA 3RTNA 4Y4JA 4HE9A 5P65A 5KR2A 3OADA 2QP8A 1T6GA 3VYDA 5AH7A 1WKRA 1ENTE 1W5WA 3O99A 5P01A 4K4QA 5P4AA 2Q15A 4DPIA 3VFBA 3ZKXA 5P4SA 4Y45A 2BKTA 1B6PA 3O9HA 5P5OA 5P5BA 3L38A 4Y51A 2ZHRA 5DGUA 4NPTA 1RNEA 3ER5E 1ODYA 5P3UA 4Y4AA 3VFAA 5P2EA 3K5CA 5OZSA 3PJ6A 5P35A 4Y3QA 5P72A 1Z1RA 4H3GA 5P74A 5P87A 3ST5A 3ZMGA 1HWRA 1LV1A 2FDDA 2I4VA 4D89A 1HTEA 2B60A 5KQFA 4QJAA 5P4ZA 3UDRA 1GVTA 3FNTA 3NLSA 2NTRA 4DJQA 5P26A 4DJUA 4XXSA 2QAKA 3L3AA 4ZEAA 5OZFA 5DQCA 5P23A 3EL9A 1XN3A 3UDYA 2ZJIA 4Y3JA 3NXEA 4CPTA 5P55A 4Y54A 1KJFA 3CKRA 5P6LA 4D8CA 2VA6A 3IXKA 5P6UA 2FXEA 4Y57A 2OHNA 4I8ZA 5P11A 4DJPA 5P1KA 4J54A 4EHCA 4R95A 4J1IA 2FGVA 5P2UA 5P2CA 5I3WA 1BDLA 5P6CA 4Y3FA 3CICA 4YD7A 5P60A 5P0FA 4NJTA 4ZSRA 5P73A 3BC4A 2QHCA 4RYGA 4CP7A 2A1EA 3R0YA 5P7BA 2Z4OA 2VIEA 4Y3GA 3WZ6A 2ZHUA 3QBHA 5DGWA 4Z4XA 5P71A 1FFFC 5P2NA 1XS7D 2AZ9A 6UPJA 4DQGA 3SM2A 6APRE 3A2OA 1XE5A 5CLMA 3SKFA 1BV7A 3O9BA 8HVPA 1APUE 5OZLA 3OQKA 3OXVA 4FAFA 3R1GB 4Y3ZA 2AOJA 3SA8A 3UDQA 1FQ8A 5P2GA 5P1VA 2FGUA 5P5XA 3VYFA 2VKMA 2PYNA 3K1WA 3BRAA 4FM8A 2RKGA 3QVCA 2B8LA 3G70A 5P0LA 4WY6A 5P75A 3LIXA 3PSUA 4Y53A 3NXNA 1N49A 4GJ9A 1XDHA 3LZUA 3KT2A 1A8GA 5HE5A 1B11A 5P8QA 1MRXA 1FQ4A 5P4NA 1YTIA 4Y39A 3TOFA 5P4VA 5P7TA 1HVLA 5OZQA 3EXOA 4J5JA 4B1EA 3KMXA 2FNSA 1QBRA 5P44A 3UPJA 5P4XA 1HVCA 5P61A 4I1CA 4J0ZA 5P2DA 4FL8A 1C6ZA 2WEAA 1T7JA 3GGVA 3DM6A 5OYYA 3OQ7A 1ODWA 4Y4EA 1D4JA 4L6BA 4R92A 4BFBA 3BUHA 1KZKA 5P5YA 1DAZC 2G27A 1D4SA 2WF3A 3TH9A 4Y4BA 2ZJJA 3Q70A 2QZWA 5P2LA 4NPUA 3PLLA 3PM4A 2G24A 5P79A 2BB9A 1VIKA 5P5AA 2BPVA 5P14A 3ER3E 5IVTA 5P8OA 3NUOA 1FB7A 1JLDA 4MC2A 5P7YA 4LC7A 1W6IA 5HE7A 3PB5A 1XL2A 1MERA 4I0EA 3HAWA 3L5CA 4K4RA 1GVVA 3NWQA 5P4YA 5P1SA 5P46A 1C6XA 1K6TA 4OBKA 5SY3A 5P09A 2BPYA 5HU0A 3D3TA 3UQWA 5OZIA 5P0YA 1HIHA 4YCKA 1HSIA 3IXJA 2PH8A 5AHBA 3EL0A 3OTSA 4B77A 2IGYA 4CPWA 1SMRA 3FKTA 5F01A 2EWYA 5P1IA 3VV8A 3MXEA 3SA4A 3ZL7A 2V10C 4ER2E 3OTYA 4DFGA 5P7FA 4DH6A 4JPCA 5OYVA 4Z2ZA 3PVKA 3FNUA 5P3YA 5P3FA 4H3JA 2VIZA 2P3BB 1B5FB 5P43A 1NPVA 4OBFA 5P3BA 1IVPA 3PLDA 4OBZA 4R93A 5KQZA 4GJ7A 5OZVA 1HVHA 4A6BA 2XFIA 1YG9A 5P2SA 5EZZA 3SA9A 2G94A 5P4FA 1OHRA 4FS4A 4YDFA 4CPRA 2R5QA 2WF0A 1HVSA 1TSUA 5COOA 3N4LA 1EC3A 3SA7A 5P8IA 1LYWB 3GGUA 3I2LA 3PCZA 2BKSA 2HS2A 3JW2A 3KFPA 3L5DA 4Y5PA 5P4UA 3OHFA 1FMXA 4D88A 1GVWA 5P0IA 4Y47A 3OU1A 5P6GA 3O9IA 3VF3A 4FRJA 1PROA 3FV3A 4M8XA 4TRYA 1TQFA 3BXSA 2AOIA 1FEJC 4CPSA 1G6LA 2P3AA 4Y5EA 3OOTA 2OF0A 2QI0A 5HDZA 4EJ8A 3EL5A 5P3DA 3IN4A 2HB4A 1QRPE 3HDKA 1AM5A 3QRSA 4Y50A 3BUFA 5C9DA 3OXXA 4NJVA 2Q3KA 1LS5A 1E5OE 4QGIA 4I0FA 3L58A 1IZHA 2APRA 4AA8A 3L5BA 1EBZA 4Q1YA 2I4XA 2SAMA 3GI5A 2PQZA 5P66A 1EBWA 4RCEA 4I12A 2JJIA 4EXGA 1SP5A 1GNMA 3H5BA 2PSUA 5ENMA 5P8AA 5P6OA 3DCRA 1SH9A 2OHTA 1HPVA 2ANLA 5CONA 3OU3A 3JVWA 4FRKA 3S85A 5OZZA 2B7ZA 3OWNA 2AVOA 5P4PA 4J0YA 3LNKA 5P1LA 3O9DA 5P8UA 5IVQA 5P3NA 2V16C 2J9JB 5OYUA 1K2CA 4AUCA 1FMUA 2CENA 4B0QA 5P6YA 1IZIA 2OHPA 1EPLE 5P3VA 3S43A 3GI6A 2IRZA 3UTLA 1FLHA 3HLOA 4EQ0A 5P16A 4D85A 1FQXA 1K6VA 2O4PA 2WF1A 4BFDA 4L7GA 3K5DA 2I4DA 2OHLA 1ZBGA 3KDCA 5P1ZA 5APRE 4YOBA 5P7XA 1HEFE 4B05A 2JE4A 5P83A 4Y5AA 1A8KA 3PGIA 5P6EA 4JPEA 2OAHA 5OZ8A 4L1AA 4Y3SA 2QD6A 4YCYA 1IDBA 2IKOA 3SA3A 4Y5KA 4Q5MA 2WF4A 3PSGA 1SDTA 3FNSA 3T7QA 3OQAA 1E81E 5I3XA 3UCBA 3RSXA 2Q54A 5P8SA 1HHPA 3PMYA 3URJA 5I3YA 4I0DA 2QMDA 4FM7A 3UDKA 1APVE 2NR6A 1LYBA 7UPJA 5OZWA 5ER2E 5KQYA 5P64A 2ASIA 3AIDA 2PSVA 3EKWA 3EM3A 1IVQA 5P0CA 3EL1A 4Y3NA 1HBVA 3NU4A 3PMUA 4YD5A 5OZKA 5P3HA 3QVIA 5P33A 3VV7A 1SGUA 4B1DA 3TTPA 2Q64A 4CKUA 1D4IA 3OU4A 3VSWA 3OGPA 3UFNA 4EXHA 1Z1HA 4OBHA 3ZKQA 3VCMA 2PMAA 1RV7A 1HIIA 3Q3TA 5P0RA 4AA9A 4B70A 3KMYA 4LXKA 1ZJ7A 4F74A 1G35A 4K4PA 3PBDA 3URLA 4LAPA 2AVQA 1MT8A 2P8HA 3OADB 1E82E 3UQPA 1B6MA 5P6RA 2HB2A 5I70A 2R9BA 3NU5A 3D1YA 4YCTA 2IKUA 4Y5BA 4Y5CA 4OBDA 5E5JA 2V12C 3I6OA 1QBSA 3QBFA 3ZKIA 2CEJA 2R5PA 5PEPA 3R4BA 3WB5A 3PSYA 1A9MA 5HDXA 5OZJA 3LIQA 5EZXA 2RSPA 3WSJA 4J1EA 3TNEA 4RLDA 5P5ZA 5OZ7A 2F3EA 4A6CA 5P8MA 2WKZA 1W5XA 2VIYA 5SZ9A 3INEA 5P1OA 5P8VA 1GVXA 5P2QA 1EBYA 1M43A 3DUYA 3NSHA 5P3LA 3O9AA 2FS4A 5HTZA 5P8BA 5P48A 3VEUA 2IDWA 3RTMA 1UH9A 4Y6MA 1J71A 5P45A 3NDWA 3GI4A 2I1AA 1CMSA 3DJKA 1EC1A 2I4UA 3OXWA 1Z8CA 4J0PA 5P3ZA 2I4QA 4NJUA 4DI2A 4DQBA 3O9FA 4OC6A 5P56A 3PCWA 5P3GA 5P63A 4U7VA 4QJ8A 3O9LA 3SLZA 3CMSA 2P4JA 4GJCA 4Y3XA 2H6SA 5P6AA 1B6JA 3WB4A 3HW1A 5P13A 1B6LA 2WECA 5P5WA 3RU1A 4S1GA 3SAAA 5P24A 2I4WA 5P42A 3DV1A 2NPHA 1ZSRA 5P3EA 1BDQA 2RKFA 2OHQA 5COPA 3LIVA 4KUPA 4TRWA 2IENA 4GB2A 5P51A 5P18A 4GZFA 4CPUA 3INDA 2QI7A 3URIA 4XKXA 1Q9PA 3DCKA 1MTBA 2UXZA 4ZSPA 4GYEA 3IVIA 2HPEA 3LHGA 1LYAA 5P47A 3CKTA 4X2LA 3UQRA 4QLHA 5AH8A 2WF2A 1HXBA 4RCFA 1HEGE 5DQ2A 3LZSA 5P6QA 4NKKA 2QZKA 3CYWA 1EC0A 1EEDP 2QI3A 4F76A 3UDNA 1RPIA 2QD7A 4Y4DA 1W51A 4K9HA 4Y41A 4R8YA 2QNQA 5OZPA 2QI6A 1FGCC 5P4LA 4MC6A 5OZUA 4F73A 3EM4A 3L5EA 5JFUA 1ER8E 4DPFA 4Y3HA 5FIVA 2NXDA 5DR0A 4TVGA 4WY1A 3WZ8A 3O9CA 5P7DA 3LIZA 4EJDA 1BVGA 5BWYA 5P20A 3I25A 4Y58A 5P7RA 2QCIA 4M8YA 2BPWA 4CPXA 4KE0A 4GJBA 2NXMA 5P05A 3NDXA 3QIHA 5P84A 2AVSA 1FF0C 5P3SA 5P0PA 3UF3A 1HTFA 5P1HA 4ZPEA 1ZP8A 4Y9WA 4RRNA 5P70A 3S8IA 5DR4A 1YX9A 3LPIA 2QZXA 5P0SA 5P7NA 2F3FA 5P0MA 4RVJA 2O4LA 3D1XA 4Y5MA 3BUGA 4DQFA 4Y3PA 1SGZA 1K1UA 3FSMA 3L59A 2FNTA 2HC0A 3R0WA 3BVBA 4ACUA 3PBZA 1BIMA 2P3CA 3VSXA 5P0WA 2AZ8A 5ISJA 4DJXA 5P8HA 5P1QA 5P5NA 3ZPUA 1APWE 3S7LA 3OQDA 5P8FA 2VJ7A 1AIDA 5OZXA 5P49A 3DK1A 5P2RA 3RSVA 1D4LA 1MESA 2QI4A 4PPHA 4YD6A 1ZLFA 3OUDA 1KJ4A 2ER6E 5P7PA 5P1EA 3EKXA 4YHQA 5P6FA 5DQ1A 1NPAA 3MWSA 5P10A 2JXRA 4Q1NA 5BRYA 5P7VA 5P5DA 3NU9A 2UY0A 4GJDA 5OZGA 3N3IA 3UDMA 3HVGA 3D91A 1B6KA 2B42A 2IGXA 5P2AA 2Q63A 1XL5A 3CIBA 1DPJA 4U8WA 5P2KA 4OBZB 4OBGA 5IS4A 3EKQA 5P6TA 1HVRA 5P82A 5P0BA 2XFKA 3VYEA 1AZ5A 2ZDZA 4PZXA 5P2TA 4AZYA 1M4HA 5OZDA 5P86A 5P3PA 1K1TA 3CKPA 4FSEA 5P32A 5P1AA 4Q1WA 1MRWA 1HPSA 5P1CA 1QBTA 1KJGA 5DQ4A 5P85A 5P0KA 5HDVA 1BBSA 2FDEA 4IVTA 4QJ2A 5P0XA 5P3KA 5P3MA 5P5HA 4B72A 3KFNA 1BXOA 3VV6A 3OU1B 4MC9A 3C9XA 3QPJA 5AGZA 5P5PA 1LF2A 2JJJA 6FIVA 1RQ9A 3HBOA 5OZ5A 2G1YA 5OZNA 5P0ZA 2BPZA 1DP5A 5OYQA 2QI5A 4ZPGA 3OAGA 4I0IA 5P7LA 1F7AA 5P03A 4Y38A 2AOCA 5P2XA 3S45A 5P4CA 1W6HA 1W5VA 4F75A 4FGXA 1FIVA 1FMBA 2HPFA 5P76A 5C9BA 5OZMA 4GJ8A 3K5FA 4YOAA 5P59A 1K2BA 4YDGA 5P06A 3IN3A 3M9FA 4DV9A 5HU1A 2I0AA 1EC2A 4U7QA 1BWAA 2QK5A 5P7SA 4J0TA 3FIVA 3KA2A 4YA8A 5P5TA 2Q11A 1AJXA 3QS1A 5P53A 1PSOE 1MSNA 4J17A 1HXWA 4Y3LA 1FG8C 2J9KA 3EMYA 5P6BA 3NU3A 2RENA 5P4BA 4HZTA 3INFA 4B78A 1FQ7A 5P8CA 1ZTZA 4B00A 3LPJA 1BXQA 3HAUA 5P0VA 5KOQA 5P7EA 1W50A 5P0GA 3SPKA 1DMPA 1MPPA 2G1RA 5P77A 3OK9A 5P07A 2G20A 3HZCA 3S43B 3T7PA 5HCTA 4FRSA 3L5FA 3U6AA 1YTHA 5DPZA 3KDBA 5OYZA 3ZPSA 1YM4A 4LXAA 4Y4UA 5P89A 1XN2A 2R8NA 2AVMA 4HDPA 5P80A 1T7IA 5P57A 3PWWA 5P3WA 5TOLA 4GJ5A 5B18A 2QU3A 4QJ9A 1GKTA 5DQ5A 4DJVA 1F34A 5P6KA 4L1AB 1IBQA 3QRMA 3TOGA 3LPKA 1AJVA 5P1WA 5P2ZA 3U71A 5P7MA 4YD3A 2QMGA 1HSGA 5P5GA 5P2VA 5P22A 1MIQA 2ZJLA 5P30A 3S2OA 5P2BA 4HDBA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4ZIP A;  5E5K A;  5P0A A;  5P8R A;  3VLB A;  5P25 A;  5OZA A;  3PWR A;  5P1J A;  3S53 A;  5OZC A;  2XYE A;  5P8J A;  5P37 A;  5P2W A;  4DJY A;  4Y4T A;  1APT E;  3NUJ A;  2ZJM A;  5COK A;  5P12 A;  2R43 A;  2WEZ A;  4OD9 B;  5KAO A;  1PFZ A;  4I10 A;  3TL9 A;  2R38 A;  5HDU A;  4IVS A;  2WL0 A;  3INH A;  2IQG A;  3I7E A;  1IIQ A;  3QRV A;  5KR1 A;  1T6E X;  3Q4B A;  5P2F A;  2QZL A;  5P0D A;  3BXR A;  3UQX A;  2VJ6 A;  2Z54 A;  3IA9 A;  1IZE A;  3RTN A;  4Y4J A;  4HE9 A;  5P65 A;  5KR2 A;  3OAD A;  2QP8 A;  1T6G A;  3VYD A;  5AH7 A;  1WKR A;  1ENT E;  1W5W A;  3O99 A;  5P01 A;  4K4Q A;  5P4A A;  2Q15 A;  4DPI A;  3VFB A;  3ZKX A;  5P4S A;  4Y45 A;  2BKT A;  1B6P A;  3O9H A;  5P5O A;  5P5B A;  3L38 A;  4Y51 A;  2ZHR A;  5DGU A;  4NPT A;  1RNE A;  3ER5 E;  1ODY A;  5P3U A;  4Y4A A;  3VFA A;  5P2E A;  3K5C A;  5OZS A;  3PJ6 A;  5P35 A;  4Y3Q A;  5P72 A;  1Z1R A;  4H3G A;  5P74 A;  5P87 A;  3ST5 A;  3ZMG A;  1HWR A;  1LV1 A;  2FDD A;  2I4V A;  4D89 A;  1HTE A;  2B60 A;  5KQF A;  4QJA A;  5P4Z A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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