5FIVA

Structural studies of hiv and fiv proteases complexed with an efficient inhibitor of fiv pr
Total Genus 27
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
27
sequence length
112
structure length
112
Chain Sequence
GTTTTLEKRPEILIFVNGYPIKFLLDTGADITILNRRDFQVKNSIENGRQNMIGIGGGKRGTNYINVHLEIRDENYKTQCIFGNVCVLEDNSLIQPLLGRDNMIKFNIRLVM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords RETROPEPSIN
publication title Structural studies of FIV and HIV-1 proteases complexed with an efficient inhibitor of FIV protease
pubmed doi rcsb
source organism Feline immunodeficiency virus
total genus 27
structure length 112
sequence length 112
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1998-12-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5fivA00
3H0BA 5HU0A 1EPOE 5BS4A 5P2SA 5P4QA 4IVSA 5P01A 4UPJA 5P32A 3LINA 2OHRA 3NWQA 5P06A 5P43A 1SBGA 5P10A 3INHA 4R92A 5OZCA 4XX3A 5SZ9A 1IDAA 5SY3A 2IL2A 2ZYEA 4JPEA 4CPXA 4DPFA 1G0VA 4XKXA 3EMYA 2P8HA 5F01A 5P5KA 4DJYA 3BXSA 3OU4A 2O40A 3KF0A 2R3WA 2AOEA 5P84A 3SA9A 3QVIA 2BPYA 3PSGA 4Y3SA 3WB5A 2G27A 4Y51A 4FCOA 1A8GA 5P1FA 3WZ8A 5IS4A 3D3TA 4EHCA 4EWOA 2VNMA 5P8GA 3KMYA 5P7MA 2BJUA 3SABA 3HD8A 1HPSA 2RENA 1A94A 3O9LB 4EXGA 4EJ8A 2UXZA 1OEWA 3HZCA 3RVIA 3SM2A 2JJJA 2HS2A 5P0VA 1AVFA 1AJXA 5OZYA 5P2FA 3BHEA 4I12A 4HDFA 3KM4A 5P48A 5HVPA 3EM6A 4AA9A 3SA3A 5P29A 4CPUA 5P27A 2UY0A 3EBZA 9HVPA 4Y4DA 1YTGA 5P34A 3WB4A 3EKXA 1RNEA 3WZ7A 3KFPA 2WEZA 3MSJA 5OZSA 4FS4A 1EC0A 5P64A 2R43A 3D20A 4DJQA 1LYWA 2AZBA 2P3BB 4J0YA 3EM4A 4RRSA 5OZZA 4ACXA 3GGUA 4DQBA 5IVQA 3IXOA 4DJPA 3EXOA 3KMXA 3PWRA 1LYAA 5P8KA 5P14A 3UPJA 1FFIC 1MIQA 3GW5A 1HVIA 3NU4A 3TPPA 2ANLA 1YT9A 5P1VA 5P05A 5P33A 3D1ZA 2I1AA 3UQXA 4LP9A 4DPIA 5P55A 5P4WA 3LZYA 3HVGA 4Y4BA 5P7PA 3INEA 3I8WA 2PWRA 4GJBA 5DQ2A 1ZPAA 4D85A 3VLAA 2I4VA 2QMFA 3NDXA 4Y5CA 5HCTA 3ZKMA 5COPA 3ZL7A 5P39A 1GVUA 3TOGA 2VNNA 1ER8E 3LPKA 3JW2A 4EPJA 5OZRA 4A6CA 5P15A 1MEUA 2OHKA 2ZJIA 3OY4A 4B05A 1EBYA 4YD4A 4CPRA 4J0TA 3OQ7A 4Y3MA 1PSOE 5P3KA 1IZEA 5P8BA 3OAGB 5P52A 4EP3A 5P75A 5P7XA 4B1DA 5ENMA 2IRZA 1PROA 2NTRA 5P6UA 1LEEA 5P03A 4OC6B 1K6TA 4CP7A 3UFNA 5P47A 2HAHA 3K5CA 3CKPA 4FRIA 3EL4A 4MC9A 4DQGA 2ZE1A 4CPWA 4RVJA 3O9CA 3GI6A 1HWRA 2NPHA 2SAMA 5P8UA 3Q4BA 5P0BA 3EL9A 4OBFA 4Y3YA 3OU3A 5P2WA 2O4PA 5OYZA 3U6AA 5P5UA 3CMSA 3KFRA 3BVAA 5OYSA 5P0IA 2FGVA 5OYTA 2QD7A 1LF2A 4GJ7A 5P4IA 4BEKA 4DH6A 1M43A 2NXMA 3BGCA 4Y3FA 2PC0A 5P5MA 5P7RA 1FGCC 3WSJA 3QPJA 3IA9A 1EPLE 4GJ9A 2AIDA 3FKTA 5AH7A 4TVGA 4Y4GA 3QP0A 5P2OA 5P7EA 3RTHA 4BFDA 4OBZA 4RGHA 3UDHA 1TCWA 3TPJA 3NXNA 1FLHA 5P6KA 2I0AA 5I3WA 3DV1A 1GVXA 5P2KA 5P8JA 3HDKA 3PSYA 5P3UA 3OOTA 5P62A 5P73A 5P0XA 1CPIA 1E5OE 3ER3E 5P6AA 5P3JA 3OTSA 5KQXA 3G6ZA 3PSUA 2ZDZA 2QU3A 2J9JB 5P5RA 1KJGA 2VA6A 3PRSA 5P77A 2G1OA 5P3MA 5P45A 1EAGA 3BUGA 4I11A 3S43A 2VIJA 4Y5BA 5P5WA 2B7ZA 4ZSMA 3QRSA 4J1HA 5OZ2A 5P3OA 3VG1A 4FGXA 5P1ZA 5P2DA 1G2KA 2PSGA 4LBTA 5P00A 1U8GA 1HSGA 3U71A 3L5FA 1W5VA 5OZ7A 1HIHA 3LZVA 2CEJA 2IQGA 2F8GA 3Q6YA 5P1OA 2BKTA 3K5FA 2ZGAA 3KDBA 5P35A 5P51A 3NU9A 1HEFE 2HPFA 1HPXA 3OHFA 4WTUA 2O4KA 5P7YA 4Y3RA 4CPSA 4Y4ZA 4MC6A 2VIEA 2WEAA 5OZTA 1T7KA 4Y38A 5OZMA 3VFAA 3TKGA 2ZJLA 3LNKA 2VA7A 1BV9A 3GI4A 5P2CA 1OHRA 1AJVA 1FQ4A 1LZQA 3M9FA 1D4IA 3DOXA 4B00A 4CKUA 1KJ7A 5P2TA 3GGAA 3VSXA 1IVQA 4Y4AA 2BPVA 3LIXA 5P1YA 3LIYA 5C9DA 1SGZA 1HVSA 1ODWA 2AVQA 2FDEA 3R2FA 5JODA 3TNEA 2AOIA 1CZIE 5P72A 3LPJA 2VS2A 4I0ZA 4QJ7A 2QZLA 4Y3NA 5P58A 5P83A 4E43A 5P5JA 4B77A 1EEDP 5P44A 1UPJA 5DR1A 1BXOA 4ZSRA 3NU5A 5P3PA 1MPPA 3DK1A 2QZKA 5OZVA 4YCKA 5P76A 5P7KA 1LS5A 3IXJA 5P1IA 4LAPA 2I4XA 5P5DA 3UDRA 1OD1A 1Z8CA 4Y58A 5HDZA 4K9HA 1VIKA 4K4RA 5P7FA 5OYQA 5P2ZA 5P12A 3O9EA 4DFGA 5P7SA 5ENKA 2A1EA 1KJHA 5P3SA 3JVYA 4RVXA 5P53A 1E80E 4J54A 3G72A 4B70A 3GGXA 4Y5MA 3OTYA 4J0PA 2ER0E 1HBVA 4Y3XA 2RMPA 5JG1A 3O9HA 1F34A 5P4RA 2AZCA 4GMIA 1BWAA 3Q5HA 3VYDA 4KUPA 2RSPA 5P0FA 4RVIA 5HDXA 3RTMA 5P65A 4Y3JA 3PWWA 3NLSA 2BBBA 5P6LA 2WEDA 5P5OA 3OQKA 5BRYA 2WF3A 2G94A 5P23A 1XDHA 3S45A 4D89A 2Q11A 5DQ1A 2HM1A 5P0EA 1HRNA 4ACUA 3R0YA 3PI5A 5KAOA 3T7QA 4PZXA 5P6WA 2FNSA 1HVCA 1Z1HA 4APRE 4YCYA 4A4QA 5P8DA 5P5XA 4BELA 3ZPSA 5P2UA 1DMPA 3VV6A 4HE9A 3PCWA 5P2IA 4GZFA 3SM1A 5KQFA 5P18A 2QMDA 3SA4A 1W51A 1TW7A 5P6MA 5P3GA 1MTRA 5P6PA 3BUFA 3GI0A 5P6JA 2FIVA 4Y48A 2ZHVA 4RYCA 4TRYA 2WL0A 3K4VA 1XE6A 1FFFC 1DP5A 4FLGA 3S2OA 2QNPA 4Y3ZA 1MRWA 2G1RA 1BDLA 2PH8A 4IVTA 5P0HA 5P1XA 5P3FA 3VCMA 4FRSA 3MXEA 1SP5A 2I4WA 2QHYA 3L5DA 2EWYA 3UQRA 5P60A 5OZNA 1SMRA 3SA6A 4RROA 1D4KA 1GKTA 2IKUA 1KJ4A 3VFBA 7HVPA 4EP2A 5P0SA 4QJ6A 5P2JA 5KOSA 4YOBA 1HXBA 1MVPA 4DJWA 4J17A 5IVRA 3I6OA 3TOFA 2F80A 3TPLA 1FB7A 1K6VA 2IENA 2ZJKA 5P7TA 5DQ4A 5P3NA 5P8RA 1T7IA 5P7NA 1HEGE 4Y3GA 3NSHA 4EQJA 3AIDA 5P2GA 1SIPA 1ZSRA 1K2CA 4YOAA 1META 1K6PA 3OU1A 1YTHA 3OADB 5P1SA 3T7XA 1BAIA 1EPQE 1Q9PA 2VIYA 2VKMA 3OQAA 2OF0A 1M0BA 5P0QA 5P5BA 1B11A 2F81A 2PH6A 2QCIA 2JYSA 4H1EA 2OAHA 3CYWA 5P6IA 4ZPEA 1K1TA 2Z54A 3LHGA 3PEPA 3KDDA 5P54A 1XL5A 1VIJA 2HB3A 5C9FA 2Q63A 1K1UA 3GI5A 2ZHSA 2HS1A 5FIVA 3QIHA 5P6XA 4Y5KA 3L38A 3O99A 5P2QA 4PZWA 5P36A 3NUJA 5P3DA 3OUCA 4F73A 3O9BA 5P22A 4RCFA 1GNMA 5P11A 1PFZA 4A6BA 2ZJHA 1HPOA 1UH9A 2G1SA 1HTRB 5P5YA 5P6FA 4K4PA 4EQ0A 5P88A 3UFLA 3I25A 3ZMGA 3VF7A 3BC4A 4Y39A 2HPEA 2Z4OA 5HD0A 4Q1XA 4GJ5A 3O9IA 4I8WA 2AODA 4EXHA 5P67A 1G6LA 4ZPGA 5OZXA 1B6JA 1QBRA 3LZSA 4I0EA 4Y41A 5P08A 2XYFA 4OD9B 1XN3A 3EL5A 2ASIA 4B1EA 3HBOA 5P2NA 1K6CA 5IE1A 4FE6A 4WY1A 5P7JA 6UPJA 5IVTA 5P81A 4JOOA 4K4QA 3KFSA 3URIA 2V13A 5P8EA 5P7GA 3KDCA 1YTIA 5P7IA 1DW6C 3EC0A 1APWE 4ZLSA 1HHPA 4I0JA 3FNTA 1EBWA 2AZ9A 5P1CA 3IVHA 4L1AA 2IEOA 4I0HA 3OUDA 1IIQA 5P6TA 3GGVA 4FSLA 5P2MA 4FL8A 3OU1B 1SGUA 3OU4B 5TOLA 2JE4A 3UQUA 1W6HA 5OZQA 1MT8A 5P3TA 4YD6A 2WF2A 3D1XA 1HTEA 4YA8A 1EPRE 5P3HA 4PEPA 3S7MA 3INFA 1E81E 2APRA 4Y43A 5P0UA 4AZYA 4QJ8A 2NXLA 4YDGA 2P83A 2VJ7A 1QS8A 2B42A 5P20A 1WBMA 2BB9A 4RYGA 3SA8A 2G22A 5P4PA 5P1EA 5P3LA 5J25A 5UPJA 1NPWA 3TL9A 1AZ5A 5OZUA 3SQFA 2ZJMA 1W5XA 3SA5A 3Q3TA 3ZOVA 4ZIPA 4LL3A 3L58A 1T3RA 1TQFA 5OZLA 5P5AA 1HTGA 4OBHA 1TSUA 5P1DA 3T11A 5P1PA 4Y4EA 3ER5E 3EL1A 1LYBA 5P1BA 3SA7A 5OYXA 5P7ZA 4FRJA 1LF4A 2R9BA 5P5IA 3SAAA 1A8KA 4I10A 5DR8A 1APVE 4LC7A 1SMEA 4B1CA 4R95A 5P0TA 1B5FA 1BDRA 2B8LA 5P2AA 1LYWB 1APTE 5AHCA 5SY2A 3VEUA 1PPKE 5P69A 3OQDA 4DJOA 5P1UA 4APEA 4Q1YA 1HXWA 4FAFA 5P7WA 5P0YA 5P19A 3K1WA 1B6MA 1W5YA 3I2LA 5P02A 1LYAB 2G1NA 2PK6A 3AUPA 4GJ8A 5P8MA 4I0FA 2H6TA 3S56A 3QRMA 2Q64A 3MSLA 1EPME 4DQHA 3PBDA 4Y44A 3PCZA 4R93A 4Y4WA 3NDWA 4TRZA 5KR1A 3OUBA 1BILA 1BVGA 5DGUA 3BGBA 1DAZC 4L1AB 3EKYA 5P3WA 1LF3A 2G24A 2AZ8A 2R3TA 3R4BA 2VIZA 3KFNA 2XFIA 1TCXA 4QGIA 3VV8A 2FS4A 5P0JA 3SO9A 5P85A 4JP9A 2FXEA 5P3RA 4NJUA 1YM2A 5P4XA 3NDUA 3FIVA 4CMSA 2QHZA 4HDPA 5P68A 2IGYA 3IGBA 2A4FA 5OZWA 1HOSA 5IVSA 2IS0A 5P57A 1QBUA 5P1TA 2CENA 4HA5A 4JPCA 1FQ8A 4Y3PA 5AGZA 4DQFA 3KT5A 1K2BA 3OWNA 1TSQA 4Z4XA 1XE5A 3NU6A 5P4NA 1D4YA 5P8QA 1MSNA 3WZ6A 5KOQA 1IVPA 4EYRA 5P3YA 1XS7D 5BWYA 2WHHA 5JFPA 4J1KA 4KE0A 5AH9A 3S7LA 3OGQA 4DJXA 4COEA 2O4NA 6FIVA 2R38A 3PMYA 4RCDA 3TKWA 4YD7A 4RCEA 3NU3A 5OZ3A 1GVWA 5P37A 4D83A 1BXQA 4RLDA 2AOFA 3QS1A 1HSIA 5P6GA 4HVPA 4U8WA 3VUCA 4Y6MA 2FMBA 3L5CA 4GJ6A 1F7AA 1W50A 1IZHA 2R8NA 4Y4TA 5OYVA 4QJAA 3EKVA 3TPRA 3RSXA 4MC2A 1DIFA 2ZHTA 4L6BA 5OZHA 5P3BA 1SDVA 6APRE 3UHLA 4YHQA 5P2XA 5P4TA 5P1JA 5P5VA 1UH8A 4Y56A 5P86A 3SACA 3QN8A 4R91A 5P5EA 4DI2A 5P7QA 2AOHA 5P66A 4GYEA 3EKTA 2FXDA 3LIZA 2BQVA 4FM8A 5P6BA 4OBZB 4LXAA 1PSAA 3OQFA 3UDYA 5P7CA 4ZSPA 5P7LA 5P4VA 1QBSA 3QAAA 4Z50A 3NDTA 2NNPA 5P8FA 5P6EA 3UDKA 4F76A 5P0NA 5P09A 1GNNA 5OZEA 2ZJJA 3Q70A 2AVVA 1A30A 1PSNA 5COKA 3B80A 5P31A 2V11C 3PLDA 4J55A 3S53A 4Y37A 3ZKXA 3URLA 1AAQA 5P5SA 1NSOA 3S43B 2V12C 1RQ9A 2ZJNA 3ZKNA 1ZPKA 2IDWA 3SPKA 3UDQA 4Y3EA 3BVBA 5DQCA 2HB2A 2XFJA 5HE4A 1XN2A 2UPJA 5P3AA 5P2VA 5OZ6A 2QI1A 3CKRA 2V16C 5P04A 3DJKA 5P6QA 1Z1RA 4HZTA 5AHBA 2PMAA 3U7SA 2VJ6A 5P4JA 1GNOA 4Q1WA 4Y5EA 5P78A 1IBQA 4Q1NA 1NPVA 5I3VA 5P41A 3OGPA 3OK9A 4GJCA 4S1GA 3OXWA 1IZDA 5P1GA 4H3GA 2FDPA 2AQUA 4M8XA 5P4LA 4EJKA 3VLBA 4GJDA 5P8PA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3H0B A;  5HU0 A;  1EPO E;  5BS4 A;  5P2S A;  5P4Q A;  4IVS A;  5P01 A;  4UPJ A;  5P32 A;  3LIN A;  2OHR A;  3NWQ A;  5P06 A;  5P43 A;  1SBG A;  5P10 A;  3INH A;  4R92 A;  5OZC A;  4XX3 A;  5SZ9 A;  1IDA A;  5SY3 A;  2IL2 A;  2ZYE A;  4JPE A;  4CPX A;  4DPF A;  1G0V A;  4XKX A;  3EMY A;  2P8H A;  5F01 A;  5P5K A;  4DJY A;  3BXS A;  3OU4 A;  2O40 A;  3KF0 A;  2R3W A;  2AOE A;  5P84 A;  3SA9 A;  3QVI A;  2BPY A;  3PSG A;  4Y3S A;  3WB5 A;  2G27 A;  4Y51 A;  4FCO A;  1A8G A;  5P1F A;  3WZ8 A;  5IS4 A;  3D3T A;  4EHC A;  4EWO A;  2VNM A;  5P8G A;  3KMY A;  5P7M A;  2BJU A;  3SAB A;  3HD8 A;  1HPS A;  2REN A;  1A94 A;  3O9L B;  4EXG A;  4EJ8 A;  2UXZ A;  1OEW A;  3HZC A;  3RVI A;  3SM2 A;  2JJJ A;  2HS2 A;  5P0V A;  1AVF A;  1AJX A;  5OZY A;  5P2F A;  3BHE A;  4I12 A;  4HDF A;  3KM4 A;  5P48 A;  5HVP A;  3EM6 A;  4AA9 A;  3SA3 A;  5P29 A;  4CPU A;  5P27 A;  2UY0 A;  3EBZ A;  9HVP A;  4Y4D A;  1YTG A;  5P34 A;  3WB4 A;  3EKX A;  1RNE A;  3WZ7 A;  3KFP A;  2WEZ A;  3MSJ A;  5OZS A;  4FS4 A;  1EC0 A;  5P64 A;  2R43 A;  3D20 A;  4DJQ A;  1LYW A;  2AZB A;  2P3B B;  4J0Y A;  3EM4 A;  4RRS A;  5OZZ A;  4ACX A;  3GGU A;  4DQB A;  5IVQ A;  3IXO A;  4DJP A;  3EXO A;  3KMX A;  3PWR A;  1LYA A;  5P8K A;  5P14 A;  3UPJ A;  1FFI C;  1MIQ A;  3GW5 A;  1HVI A;  3NU4 A;  3TPP A;  2ANL A;  1YT9 A;  5P1V A;  5P05 A;  5P33 A;  3D1Z A;  2I1A A;  3UQX A;  4LP9 A;  4DPI A;  5P55 A;  5P4W A;  3LZY A;  3HVG A;  4Y4B A;  5P7P A;  3INE A;  3I8W A;  2PWR A;  4GJB A;  5DQ2 A;  1ZPA A;  4D85 A;  3VLA A;  2I4V A;  2QMF A;  3NDX A;  4Y5C A;  5HCT A;  3ZKM A;  5COP A;  3ZL7 A;  5P39 A;  1GVU A;  3TOG A;  2VNN A;  1ER8 E;  3LPK A;  3JW2 A;  4EPJ A;  5OZR A;  4A6C A;  5P15 A;  1MEU A;  2OHK A;  2ZJI A;  3OY4 A;  4B05 A;  1EBY A;  4YD4 A;  4CPR A;  4J0T A;  3OQ7 A;  4Y3M A;  1PSO E;  5P3K A;  1IZE A;  5P8B A;  3OAG B;  5P52 A;  4EP3 A;  5P75 A;  5P7X A;  4B1D A;  5ENM A;  2IRZ A;  1PRO A;  2NTR A;  5P6U A;  1LEE A;  5P03 A;  4OC6 B;  1K6T A;  4CP7 A;  3UFN A;  5P47 A;  2HAH A;  3K5C A;  3CKP A;  4FRI A;  3EL4 A;  4MC9 A; 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 4LAP A;  2I4X A;  5P5D A;  3UDR A;  1OD1 A;  1Z8C A;  4Y58 A;  5HDZ A;  4K9H A;  1VIK A;  4K4R A;  5P7F A;  5OYQ A;  5P2Z A;  5P12 A;  3O9E A;  4DFG A;  5P7S A;  5ENK A;  2A1E A;  1KJH A;  5P3S A;  3JVY A;  4RVX A;  5P53 A;  1E80 E;  4J54 A;  3G72 A;  4B70 A;  3GGX A;  4Y5M A;  3OTY A;  4J0P A;  2ER0 E;  1HBV A;  4Y3X A;  2RMP A;  5JG1 A;  3O9H A;  1F34 A;  5P4R A;  2AZC A;  4GMI A;  1BWA A;  3Q5H A;  3VYD A;  4KUP A;  2RSP A;  5P0F A;  4RVI A;  5HDX A;  3RTM A;  5P65 A;  4Y3J A;  3PWW A;  3NLS A;  2BBB A;  5P6L A;  2WED A;  5P5O A;  3OQK A;  5BRY A;  2WF3 A;  2G94 A;  5P23 A;  1XDH A;  3S45 A;  4D89 A;  2Q11 A;  5DQ1 A;  2HM1 A;  5P0E A;  1HRN A;  4ACU A;  3R0Y A;  3PI5 A;  5KAO A;  3T7Q A;  4PZX A;  5P6W A;  2FNS A;  1HVC A;  1Z1H A;  4APR E;  4YCY A;  4A4Q A;  5P8D A;  5P5X A;  4BEL A;  3ZPS A;  5P2U A;  1DMP A;  3VV6 A;  4HE9 A;  3PCW A;  5P2I A;  4GZF A;  3SM1 A;  5KQF A;  5P18 A;  2QMD A;  3SA4 A;  1W51 A;  1TW7 A;  5P6M A;  5P3G A;  1MTR A;  5P6P A;  3BUF A;  3GI0 A;  5P6J A;  2FIV A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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