4ZPEA

Bace1 in complex with 4-(cyclohexylamino)-1-(3-fluorophenyl)-8-(3-isopropoxybenzyl)-1,3,8-triazaspiro[4.5]dec-3-en-2-one
Total Genus 95
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
95
sequence length
389
structure length
369
Chain Sequence
GSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGAWAGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVESQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Methyl-substitution of an iminohydantoin spiropiperidine beta-secretase (BACE-1) inhibitor has a profound effect on its potency.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 95
structure length 369
sequence length 389
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2015-05-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4zpeA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4zpeA02
5P5LA 3FX5A 5SY3A 2BJUA 5HU1A 3EL0A 1SH9A 3JVYA 3S53A 3VSWA 2QAKA 5OZHA 5P41A 4GMIA 2Q63A 1T7KA 5HDVA 1FFIC 4RYCA 5OZ3A 2AVSA 5P85A 4DJPA 2BBBA 5SZ9A 4K4PA 1QS8A 4NPTA 5P0OA 3F9QA 3RSVA 5KQZA 1PPLE 3TOFA 4FRJA 3G70A 2I0AA 3TPLA 2QD8A 4Y5KA 5P7NA 1HTGA 3VF5A 2P3AA 3Q4BA 1UH8A 3ZKQA 4PZWA 4H3GA 3WZ7A 3NSHA 3O9EA 4GJ5A 3GGVA 5P63A 2IKOA 3VV6A 2O40A 4Y4JA 4J1CA 4EJLA 2SAMA 4JPEA 3NDWA 5P75A 5P39A 4ACXA 5P4QA 3OOZA 5P65A 3NDUA 5OYVA 3PSGA 5KQYA 5P8IA 2OHKA 5ER2E 1D4SA 3L5DA 3U71A 5P25A 3LPIA 1KJHA 5P17A 5P0TA 4I0FA 2QNNA 5P35A 3WSJA 4DPIA 2QMDA 2VNNA 3CIDA 3ZOVA 4QJ2A 4YCYA 1QBTA 2NTRA 2OHQA 2XFJA 5P6JA 2R5PA 3T7XA 3ZKGA 1C6XA 9HVPA 3BVBA 1M0BA 5P0BA 4LL3A 3NYGA 5P8HA 3NU4A 5P6KA 1MSNA 4B70A 5P5QA 4JP9A 2F80A 2VKMA 1D4YA 1QBSA 2ZHUA 1FKNA 4J1HA 5FIVA 3R4BA 2PSVA 4B0QA 5P4OA 1K6VA 5P86A 3SA5A 1HPXA 5P2FA 1BVGA 3PHVA 1HTRB 5OYSA 4TVGA 3URLA 2O4KA 4R8YA 1T6EX 5P2YA 5P7SA 1J71A 3SFCA 3L38A 4ZPFA 1KZKA 5IS4A 1ODWA 2ZHSA 3D91A 5P7HA 3KFNA 1T3RA 5DQ5A 2NXMA 2P8HA 3NR6A 5P5DA 5P2JA 5DR0A 1N49A 2P83A 5P12A 3R1GB 3ZPSA 3SAAA 3M9FA 3O9DA 5P3IA 4L7JA 3PI0A 5P4BA 4EXGA 1YG9A 3L5FA 3UCBA 3K4VA 5P2TA 2VA6A 5OYYA 2QD7A 3TOGA 5P80A 1M4HA 1ZBGA 1MERA 4MC9A 3VLBA 5P1FA 4OC6B 4Y3SA 2HM1A 4Q1WA 5P7FA 3RTHA 4U7QA 1E82E 4RVJA 2AQUA 4Y38A 2B8LA 4RYGA 5P84A 5P4HA 3EKQA 5P5BA 1HSHA 4XXSA 2AZ9A 4U8WA 2QI6A 5P3LA 4Y51A 4J0PA 1EPME 4Q1XA 3EL4A 1HSGA 3OHFA 5P2ZA 3LITA 3OU3A 4PHVA 1G6LA 3VF7A 1WKRA 5P8NA 5P71A 1HIIA 3PGIA 1C6YA 5P4CA 1PPME 2QI0A 5HE7A 4FE6A 5P5RA 5P73A 5DR8A 2VNMA 1SDTA 5OZ9A 4A4QA 4TRWA 4OC6A 4Y57A 5P67A 4FRKA 5P3CA 4K8SA 3MSLA 5P5SA 1BXOA 1MVPA 3I8WA 5P76A 5OZGA 4DJXA 5P4AA 4I8WA 4Y41A 1NPWA 1HBVA 2V13A 3HVGA 5P8JA 4Y36A 3UDMA 5P02A 5HCTA 2WEZA 5P64A 1APVE 3OXXA 5E5KA 5CONA 2WF2A 5OYUA 2AIDA 3OQFA 1FQ6A 2B60A 4I0ZA 1BVEA 2HC0A 4Y5GA 2G69A 5P59A 5P01A 5P31A 2MIPA 2VS2A 5P6SA 2AOCA 4Y37A 4MC6A 1D4IA 3INHA 4QJ8A 3QP0A 1SP5A 3VUCA 3TH9A 2BPVA 2QI7A 3BGBA 5P4JA 4J0ZA 1BXQA 4I0JA 5P6LA 1FMBA 4DJWA 2BPWA 2QI5A 5P7IA 3NUJA 1ZSFA 3ZKSA 3EKWA 4ZIPA 3SKGA 2V10C 1IBQA 5P5HA 3T7PA 3KA2A 5DR1A 3UQUA 1FB7A 2G22A 3LIYA 1ODXA 1OHRA 5P5EA 5P4MA 3DCKA 3FIVA 2VIEA 4HEGA 2QZWA 3MWSA 3TTPA 5P6OA 4DQBA 4YBFA 3NU6A 1B6LA 3OUBA 3KDBA 4FIVA 1HVKA 4H3FA 1AVFA 2ZHTA 3QRVA 4DVFA 1W5VA 1T7JA 4DQGA 4D8CA 5P5VA 4YOBA 5SXNA 2HS1A 1LF2A 4EHCA 2JYSA 2QHYA 1PROA 2HPEA 2G26A 2OHNA 5P0NA 4B72A 4LAPA 5P6HA 5P8LA 2G1SA 4Y3JA 3B7VA 5P6VA 5OZ5A 5IVRA 1LF3A 3N4LA 2PYNA 3ZPUA 4Y4EA 3KDDA 3UDPA 3SPKA 4R93A 5OZAA 2HPFA 1HVLA 5P0PA 5P0QA 3L3AA 1TCWA 1W5YA 5P3TA 1DMPA 5P2OA 4B05A 4IVTA 2AZ8A 5P2XA 5ENMA 4GJ6A 5P0SA 1C6ZA 2IGXA 1D4KA 4Y50A 5P7VA 4MC2A 3URJA 4OBGA 4HDPA 4FSLA 5OZYA 1W6HA 2Q55A 3LIXA 3PBDA 1EPRE 1Q9PA 2ZJNA 4L7GA 1SMRA 1IDAA 1Z1HA 5P5WA 5P6PA 3HLOA 3PWMA 2FXDA 5HU0A 5P8EA 5P8MA 2ER6E 1YM2A 5F01A 4EP2A 3S8IA 1W50A 4Y3NA 4HE9A 5DPZA 4CPRA 5P09A 2ER0E 3ZKNA 4Y48A 3LIZA 1G35A 5OZ6A 5P37A 4HDFA 5OZ8A 5P1SA 3PRSA 2H6TA 5P1NA 1A94A 4ER2E 4I12A 3RU1A 4XX3A 5P6CA 2HIZA 5P04A 5OZEA 2WEBA 2AVQA 2NXDA 3UDRA 5P5XA 4I8ZA 4PPHA 4RCFA 4Y3MA 3GGUA 3SKFA 5KR8A 4N00A 2F8GA 4DPFA 3QROA 2AZBA 5P1HA 3PMYA 4EPJA 1RL8A 2P3BB 3BUHA 1OEWA 4B1DA 5P5FA 1PFZA 2NPHA 2VIJA 1QBUA 5JFPA 3UDYA 5P3WA 1KJGA 3CKPA 5KOQA 3O9CA 3A2OA 3TLHA 5HDXA 2FDDA 3IN4A 4NPUA 5OZXA 5OYWA 5P5JA 3DJKA 4QLHA 1ZPKA 4I0DA 5P5KA 3KMYA 5P7XA 2I4XA 2IKUA 4EYRA 3VFBA 3VV7A 4K4QA 3KM4A 3U6AA 3EKXA 8HVPA 1MSMA 2P3BA 3QIHA 5OYRA 1MUIA 1BWAA 2BPXA 5P7KA 5AH6A 5P58A 3SA8A 1IZEA 2ZJKA 5JFUA 1T7IA 5KAOA 4YCKA 1K1TA 3OHHA 4PEPA 5DGUA 1HVIA 5C9BA 5P48A 5P19A 5P3NA 5P4UA 2OHMA 4WY6A 4J0YA 3RTNA 3ZKXA 2F3FA 3O9LB 5OZ7A 3LIQA 5P0AA 1D4LA 3HAUA 3R2FA 5P3UA 3GI5A 5P0KA 5P6FA 3S7LA 3B80A 3TNEA 2ZJMA 5P0CA 3OGQA 4RCEA 4OD9B 3PWWA 5EZXA 2G1RA 2ANLA 5P4FA 4NKKA 5P1PA 4Y3EA 4J1FA 1LYBB 5B18A 2JXRA 5OZTA 5DQCA 5HE4A 2O4NA 5P89A 3OY4A 2HB3A 4Y5PA 4R95A 5P0ZA 2J9JB 5P4RA 5P8OA 3O9LA 2UY0A 3OQAA 3T11A 3UDJA 3PLDA 5P2BA 1HOSA 3Q5HA 4H3JA 5P2DA 2IQGA 5HCOA 4Y44A 4Y3PA 1A30A 5P1XA 4FAEA 5P6NA 1W51A 5P7OA 4OD9A 5P61A 1SGZA 3HDKA 3ECGA 5I3WA 3U7SA 1LYBA 2BPZA 1OD1A 5P11A 1YT9A 1RNEA 1APTE 5P54A 3DUYA 2J9JA 3SA9A 1NSOA 1RQ9A 3TPJA 3BC4A 1MESA 1Z1RA 1RPIA 4Y5LA 5COOA 2WF1A 1FIVA 3TPPA 1DP5A 2Q64A 5P7UA 1LF4A 5P49A 5P24A 3DM6A 2ZGAA 1C70A 4Z50A 1GVUA 3PVKA 2AOFA 3D1ZA 2VIYA 2OAHA 2ASIA 5P6UA 3QPJA 2FS4A 3Q70A 5KQFA 3IAWA 3TPRA 2QMGA 2VJ7A 1AIDA 5P1BA 3FNUA 5P81A 4RRSA 1D4HA 5P03A 4JPCA 5P23A 5DQ1A 5P4LA 3S2OA 3H0BA 5P8BA 4D88A 5P6QA 3NUOA 3EM3A 2OHUA 5P32A 3ER5E 5P4WA 2IGYA 5P2WA 1VIJA 1GNNA 4APEA 3MXEA 5OZSA 1UH9A 4I0HA 2CEMA 1EPQE 4Q1NA 4DJVA 3SACA 1HXBA 3T3CA 2O4PA 2PC0A 2ER7E 4ZSRA 2IS0A 5P7DA 2PH6A 4S1GA 4Y4GA 1EBWA 1LYAB 5AH9A 3SM2A 4BEKA 1XE5A 2WKZA 5APRE 5P0WA 3ZPTA 5KQXA 5KR1A 4B1CA 4RGHA 3OXWA 3CMSA 1ZSRA 4UPJA 2NMZA 3DCRA 4LP9A 3OUAA 5P7RA 4APRE 2NNPA 5OYTA 5P27A 4L6BA 4CPXA 2I4UA 3CIBA 4I1CA 3T7QA 3NU3A 5P1WA 5P0IA 4NJTA 2R5QA 3T6IA 1IZHA 5P00A 3OADB 7UPJA 1YTGA 1LYAA 4MC1A 5P1AA 1PSOE 4HDBA 4L7HA 5P7GA 3IA9A 4ER1E 5P2KA 1XS7D 2UPJA 4Y4BA 4I11A 2ZHRA 1ZP8A 5P1JA 1NH0A 4B77A 1HVJA 4DJUA 2AOEA 2G21A 1UPJA 3FNTA 3VFAA 5P1YA 1XN2A 5P3DA 2J9KA 4DQCA 5P1OA 7HVPA 3OADA 3NU5A 4JECA 1EAGA 2I4WA 3O9AA 1DAZC 2AVVA 4GJ7A 1IIQA 5P10A 5P4VA 4Y3DA 3BXSA 1SMEA 2BKSA 3TOHA 2B7ZA 4YD4A 1EEDP 4Y3AA 1HHPA 4E43A 4Y3ZA 5AH8A 4Y39A 4LXMA 4NJSA 4FGXA 1XE6A 1BILA 4Q1YA 4DQHA 4FM7A 3KMXA 3OQ7A 3C9XA 1ME6A 2FGVA 3AUPA 1TQFA 4WY1A 5P06A 5P6RA 1EC0A 5P7LA 3UFNA 3UDQA 1AXAA 5P0JA 1FQ8A 4J0VA 3L58A 2ZJJA 3SLZA 3BVAA 1B11A 4QGIA 4HVPA 2WHHA 3QBHA 4YA8A 2V12C 3URIA 4H3IA 3INEA 1MTBA 1YM4A 1YTJA 4FAFA 5P20A 2QZKA 5P5GA 4CMSA 3UTLA 3S7MA 4TRYA 3IVIA 3APPA 3QAAA 2F3EA 5P1DA 5P7BA 5P82A 4Z2ZA 4Y5CA 4NJUA 3EBZA 3WZ6A 1HRNA 1MT9A 5OZMA 1A8GA 4AZYA 5P2QA 1CZIE 4L1AB 5DQ4A 5UPJA 4FCOA 2QK5A 2QD6A 2HS2A 1D4JA 3CICA 5P0DA 4GZFA 5P7CA 1B6MA 5P7JA 1FG6C 3OXCA 4OBDA 2OHPA 2B42A 3OUCA 3OQDA 5P72A 5P4YA 3JW2A 5P0HA 2JJJA 3DV1A 3O99A 3AIDA 5IVSA 4AUCA 5OZFA 3LHGA 3I25A 1WBKA 5P0RA 3GW5A 2ZJLA 5P26A 3H5BA 4I0GA 1F7AA 1EPOE 4Y45A 2Q3KA 2WEAA 4J1IA 4GJAA 2QHZA 3UDKA 3EM6A 3DV5A 1HTEA 1SBGA 5P52A 5P28A 5ER1E 4F73A 1BDRA 4J55A 5P69A 1DIFA 2IL2A 3LNKA 3LINA 5P3RA 3MSJA 5P2SA 4AA9A 1EPNE 1ZAPA 4YDGA 3NXEA 5P8DA 4EQ0A 3FKTA 1GVVA 5OZCA 1E81E 2R9BA 1PSAA 3KDCA 2ZHVA 4YBIA 2JE4A 5P1LA 1CPIA 1B6PA 2WEDA 3CYXA 5OZDA 4B78A 1W5XA 3CKTA 5P7ZA 4X2LA 2FNTA 4J1KA 5P1UA 2QMFA 4FM8A 5P2CA 5P5AA 3SA6A 2WF0A 5OZ1A 5P57A 1CMSA 2QU3A 4Y3LA 5P3HA 1HWRA 1AJXA 4D89A 2XFKA 2B8VA 3QS1A 3LZYA 1HXWA 4DI2A 2A4FA 5P87A 2HB2A 5P13A 5P3XA 2ZE1A 3SA4A 4Y5AA 5P78A 4GJCA 5P4SA 5P3PA 3OK9A 2VA5A 5KR0A 5P22A 3PSYA 1A9MA 1BWBA 3SA7A 1APUE 3MSKA 5P1MA 3S54A 1B5FB 1BV9A 1FEJC 2BQVA 4GJ9A 2OHLA 3EKTA 5P6GA 3IXKA 4GB2A 3UQRA 5I3XA 5P40A 2IEOA 3R0WA 5P5IA 2FNSA 5P77A 2AVOA 5P18A 5P51A 4Y3YA 5P7QA 3OQKA 2HAHA 3KYRA 5P2UA 4Y53A 5P8VA 2NNKA 2QP8A 3VV8A 2FIVA 3DK1A 2AOHA 3PBZA 1NPVA 4LXAA 5P6TA 4AMTA 1B5FA 4Y4WA 2VA7A 3IGBA 3SO9A 3O9GA 4ZEAA 1MRXA 4TRZA 1MT7A 2FLEA 5P3SA 5ISKA 1FQ5A 3KN0A 5P4KA 3MXDA 3EL5A 5OYQA 4YD5A 5OZOA 4Y5NA 4M8YA 1EC2A 5P33A 5DGWA 5COPA 4DJRA 5HDUA 3SABA 5I3YA 5P3BA 4CPQA 2PSGA 5OZZA 4EJDA 2QMPA 5DR7A 2NXLA 1K2BA 5P5TA 3D20A 3ER3E 4CP7A 1VIKA 4PYVA 1WBMA 1QDMA 5P2HA 1AM5A 3SA3A 2FDPA 3KFRA 2JJIA 4Y3RA 1BIMA 2WECA 5P3VA 4KB9A 3TKGA 4EXHA 1FQ7A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P5L A;  3FX5 A;  5SY3 A;  2BJU A;  5HU1 A;  3EL0 A;  1SH9 A;  3JVY A;  3S53 A;  3VSW A;  2QAK A;  5OZH A;  5P41 A;  4GMI A;  2Q63 A;  1T7K A;  5HDV A;  1FFI C;  4RYC A;  5OZ3 A;  2AVS A;  5P85 A;  4DJP A;  2BBB A;  5SZ9 A;  4K4P A;  1QS8 A;  4NPT A;  5P0O A;  3F9Q A;  3RSV A;  5KQZ A;  1PPL E;  3TOF A;  4FRJ A;  3G70 A;  2I0A A;  3TPL A;  2QD8 A;  4Y5K A;  5P7N A;  1HTG A;  3VF5 A;  2P3A A;  3Q4B A;  1UH8 A;  3ZKQ A;  4PZW A;  4H3G A;  3WZ7 A;  3NSH A;  3O9E A;  4GJ5 A;  3GGV A;  5P63 A;  2IKO A;  3VV6 A;  2O40 A;  4Y4J A;  4J1C A;  4EJL A;  2SAM A;  4JPE A;  3NDW A;  5P75 A;  5P39 A;  4ACX A;  5P4Q A;  3OOZ A;  5P65 A;  3NDU A;  5OYV A;  3PSG A;  5KQY A;  5P8I A;  2OHK A;  5ER2 E;  1D4S A;  3L5D A;  3U71 A;  5P25 A;  3LPI A;  1KJH A;  5P17 A;  5P0T A;  4I0F A;  2QNN A;  5P35 A;  3WSJ A;  4DPI A;  2QMD A;  2VNN A;  3CID A;  3ZOV A;  4QJ2 A;  4YCY A;  1QBT A;  2NTR A;  2OHQ A;  2XFJ A;  5P6J A;  2R5P A;  3T7X A;  3ZKG A;  1C6X A;  9HVP A;  3BVB A;  1M0B A;  5P0B A;  4LL3 A;  3NYG A;  5P8H A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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