1FB7A

Crystal structure of an in vivo hiv-1 protease mutant in complex with saquinavir: insights into the mechanisms of drug resistance
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQVTLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIVGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLMTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
publication title Crystal structure of an in vivo HIV-1 protease mutant in complex with saquinavir: insights into the mechanisms of drug resistance.
pubmed rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2000-07-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1fb7A00
2HAHA 1GNNA 1QDMA 2BB9A 4CPQA 4YCTA 1E5OE 3LINA 1APUE 2Q11A 5P08A 3SA5A 3OHFA 2VIYA 5OZ0A 4YD3A 4FSLA 3UPJA 5P5ZA 2ZJJA 4FLGA 3GGAA 4D8CA 1SGZA 4OBDA 4CPTA 3PSGA 5P48A 4QJ7A 3L3AA 4J1EA 5P33A 7UPJA 2PSVA 4LAPA 5P1XA 3OUCA 1GVVA 5OZTA 2FLEA 2VJ7A 4ZPFA 2QMDA 4DH6A 2QI6A 5T4SA 1NH0A 5OZSA 5P69A 3NXEA 5KR0A 3NU4A 4XX3A 4YBFA 3OAGA 3DUYA 1KJGA 3URIA 4D85A 5P34A 3DJKA 5OZVA 2F8GA 4LXAA 5P4EA 5P6BA 3Q3TA 2VJ9A 2G1YA 3RSXA 5P65A 5OYTA 2B42A 5P1WA 1T7IA 1FLHA 3NR6A 1G6LA 2HPFA 5OZZA 2PWRA 2HB3A 1B11A 1XE5A 1ZSRA 5P78A 5P42A 4Z22A 5P30A 4WY6A 5P8IA 4EHCA 2JYSA 1SIPA 2Q54A 4B1EA 2O4LA 5P06A 4IVSA 3QRMA 3LPKA 5OYSA 5P6JA 5P14A 3S56A 2APRA 3UDYA 4JP9A 5P2CA 3VFAA 4EJLA 3OOTA 5P6DA 5P1AA 1A8GA 5P4GA 4H3JA 2QU3A 4DPFA 4R5NA 2QU2A 1FF0C 5P7MA 1FB7A 5P39A 5DR8A 4EP3A 2PK6A 3BGCA 4B1CA 1AIDA 4B1DA 5P5BA 4AZYA 4M8XA 1MTBA 2IKUA 5P0DA 3TPRA 3EL9A 3A2OA 5P1UA 5P2EA 4HVPA 3BVAA 4DJWA 5P6TA 3UQPA 2OHPA 2IRZA 4B00A 3SA8A 1TQFA 4Q5MA 1HPVA 2G69A 4EWOA 5P2MA 1LF2A 4CKUA 4Y39A 4HEGA 2QMGA 4TRYA 3CMSA 5DQ2A 5P1IA 5P02A 3OQ7A 5P6YA 2I4QA 3O9BA 3OTYA 5P8OA 1B6MA 2OHKA 2AZ8A 1BVGA 5P7JA 4Y5AA 4Y56A 4B72A 4RYGA 5P0IA 3H0BA 5P79A 1QBSA 4ZSQA 5DGWA 5P3EA 3FKTA 3UQUA 4EJDA 1Q9PA 4EJ8A 3GGUA 5P0BA 3TPPA 4YCKA 5P0AA 4OC6B 5DR3A 1YTGA 5ER1E 2PSUA 3K1WA 2B8VA 4I0JA 4Y4AA 2BBBA 4Y4JA 5F01A 5P7LA 2WECA 3GGVA 1ZPAA 5P4XA 3IN4A 3AUPA 5P7UA 5P2HA 1D4JA 3URLA 4CPWA 1W5WA 5OZEA 2QK5A 5P3VA 5P81A 4Y4DA 3BHEA 3PBZA 1QRPE 5ENMA 2HC0A 5P3PA 3LIQA 4LXKA 2NXLA 5SY2A 2AOEA 3NUOA 5P0KA 2SAMA 4I0DA 4QJAA 3BVBA 5OZUA 1HPSA 5P3IA 3VYEA 2FNSA 2Q5KA 1T3RA 4U8WA 1IIQA 4LXMA 5P2WA 1EBYA 2HIZA 5P0YA 2P3BB 5EZZA 2WHHA 3Q5HA 2FXEA 4L1AA 1B6PA 2BPZA 5P3MA 4J0ZA 4FL8A 3WB4A 5DQ4A 4RVXA 5P4HA 5P3CA 5P8BA 2IKOA 3QVIA 5P40A 4Y3XA 4K8SA 5P5MA 3ZPTA 3GI6A 1EBWA 1BDRA 3GW5A 5P2UA 5P0TA 5BS4A 4J1IA 2B60A 3O9DA 5P5CA 2OHNA 1YG9A 3HDKA 4GYEA 4XX4A 2UY0A 3GI4A 4Y43A 5AH9A 5P4BA 3NU3A 2V10C 4FRSA 5P1DA 3SFCA 1QBUA 1YX9A 3U71A 5P58A 3UHLA 4H1EA 2FDDA 5OZHA 3OADA 4R8YA 3NUJA 2QI3A 4GJDA 5DPZA 1CPIA 4Z4XA 1MUIA 5P8VA 5OZDA 3CYXA 3S54A 4ACUA 1PSAA 5P8KA 4Y48A 2QI0A 4DUSA 1FGCC 3K5DA 4FRIA 5ISJA 5P0EA 3C9XA 1ZLFA 3ZKIA 1IVQA 3OGQA 5OZIA 4Y5BA 5P23A 1HVIA 3PWMA 2I4DA 2OHLA 3GGXA 5AGZA 2V11C 3CKPA 2H6SA 5OZYA 3KFRA 5P6ZA 4Y9WA 1T7JA 2PH6A 5P4LA 4NPUA 3INEA 5P60A 5P7HA 2QI1A 1M0BA 3UFLA 5P09A 3PCZA 2I0AA 4Y5CA 1IVPA 4YA8A 3FNTA 2R5PA 4Y4XA 5ER2E 2NR6A 3UDRA 4ACXA 2Z4OA 4R93A 3URJA 1B5FA 2BQVA 3TOGA 2V0ZC 3LITA 3ZKMA 1HPXA 4D83A 1D4KA 3QROA 1ZJ7A 1W6HA 2RSPA 3KYRA 4QJ8A 3LZUA 1C6XA 3ST5A 3PB5A 4Q1XA 3S43B 5P36A 3SM2A 5P05A 1LYAB 3NYGA 5AHAA 1AZ5A 1DP5A 3L5CA 2QI7A 5P6KA 4LC7A 4OBZA 5P57A 3CIDA 4FRKA 1FQ8A 3ZKNA 3TOFA 3SPKA 3G72A 4Y4BA 3VFBA 1T6EX 4FAEA 3SKGA 5SZ9A 4NJTA 1EPRE 2F3EA 5AH7A 5P5YA 1HTGA 3NDTA 5HDXA 1GNMA 7HVPA 5P4VA 3AIDA 4PYVA 1GKTA 3K5CA 1EC3A 4I0EA 4APEA 4DQBA 5IVSA 5P12A 5P17A 3OQFA 4YD5A 3PMUA 3I8WA 5P3LA 1HSGA 5P4KA 4TRWA 3NU9A 5P1YA 5P6WA 3NWXA 2Q55A 2QMPA 1WBKA 1FQXA 1M4HA 5P0FA 1IZDA 3OU1B 4BFDA 4I0GA 6UPJA 5P6IA 5OZCA 4OD9B 5P2OA 5P5GA 6APRE 5P72A 3QPJA 3UCBA 1TZSA 5HE5A 3F9QA 4PZXA 1LF4A 4A6BA 3LHGA 1AJVA 1MEUA 3PSYA 2I1AA 4Y50A 5DR1A 2I0DA 1UH7A 4Y4ZA 1W51A 2I4UA 4QJ6A 1SMEA 3R2FA 5P59A 1N49A 5OZGA 5P26A 5BWYA 3EL1A 5P7FA 4NKKA 3ZMGA 5SY3A 5P29A 4QJ9A 3B7VA 2AOIA 4YHQA 1FQ7A 3UQRA 4DJUA 2G22A 1SBGA 3Q4BA 1GVUA 3JVWA 2VA7A 5P22A 1K2BA 1RL8A 4HDBA 5P1RA 4GJ6A 4OBGA 3OUAA 4YDFA 3OU3A 5P0VA 2Q63A 2G20A 4Y35A 1YT9A 3Q6YA 3T6IA 4FRJA 2G24A 5P7KA 1QS8A 5P4PA 2O4KA 3G70A 2ZHSA 4Y3DA 5P4NA 1IZHA 1FFFC 5P71A 3UDMA 3LIZA 3VF5A 4DJPA 2OHQA 2XYFA 5P74A 2VKMA 4CPRA 3SKFA 5P7GA 1G0VA 5IE1A 3ZKXA 4Y5GA 3L58A 1ODWA 5E5KA 3VG1A 4B78A 4Y3ZA 2IQGA 5OZAA 3K4VC 5F00A 3DM6A 5P2SA 1EBKC 4K4PA 3I6OA 5P47A 4L7HA 1D4IA 5P0GA 5P4ZA 2FGVA 5P1JA 5P2YA 4K4QA 2ZJHA 1XDHA 5P2ZA 2AOGA 1BWBA 2WJOA 4FM6A 4NPTA 2AODA 5P5UA 3SAAA 5P3GA 5ENKA 4MC9A 5P7TA 5TOLA 4Y3JA 5P25A 3VLAA 4Y3TA 1HVRA 5P0WA 1Z1RA 1FEJC 3HZCA 4Y44A 2P83A 2WF0A 5P3FA 3IXJA 3O99A 4Y45A 3UQXA 3ZLQA 2JJIA 2CEMA 5P7YA 2HS1A 5P0NA 3L5EA 2ZHTA 3OHHA 4I0IA 1HSIA 4RLDA 5OYYA 1RNEA 5C9DA 1SMRA 5P6FA 3T3CA 1HPOA 1PFZA 3SA7A 4OBKA 1CZIE 2AOJA 3JVYA 4DQHA 2WEZA 2V16C 3ZKQA 2VNNA 1GVXA 5P6MA 1DW6C 5P11A 5P2FA 3IAWA 3BRAA 2QZLA 4CPSA 4Y47A 2WEAA 3LIYA 5P35A 4HLAA 2NMYA 1BDQA 5P6NA 5OYUA 4DFGA 4Y5NA 1ME6A 3SA9A 1EPLE 5P3RA 5P50A 1DIFA 1W5YA 3MSKA 3EKTA 1MSMA 4RYCA 2IGYA 5P1NA 2WF3A 5P38A 5P45A 2XFKA 5P44A 3D20A 4PEPA 4Y3GA 5P2BA 3NLSA 3PSUA 5P88A 5P4MA 1FG8C 5OZ9A 5P83A 1HHPA 5P1BA 3EBZA 4J1CA 4Y54A 4A4QA 3EKYA 3FV3A 3CKTA 5P28A 4FCOA 5P2XA 4DQCA 5J25A 3TNEA 5JFPA 4YE3A 5OZ7A 5UPJA 3IN3A 5BRYA 4X2LA 3ZPSA 4Y3YA 1GVTA 2CENA 1HVHA 5KAOA 4H3IA 5DGUA 3QBHA 1RPIA 4I0ZA 5P07A 2AVQA 4B05A 5P1TA 1BV9A 3L59A 4Y3NA 5P43A 1EC0A 2OHSA 4GIDA 5KQFA 2IENA 4EJKA 4N00A 5P2TA 4YDGA 4U7VA 2FGUA 1ZAPA 4GJ5A 1D4SA 1TCXA 2NXMA 5P73A 5P70A 2O4PA 4X7IA 5P4YA 5P41A 5P6GA 5B18A 4ZE6A 3TTPA 5P01A 3OAGB 5P4JA 5P6LA 2P3BA 5IVRA 1CMSA 2RKGA 5P6OA 3BXSA 1YTJA 3G6ZA 2BPWA 3SLZA 1IZIA 3S85A 2OF0A 3KF0A 4Y4EA 2BPYA 4Y3WA 4F73A 1ZP8A 1FQ4A 5P1PA 4DV9A 2PYMA 3D91A 3K4VA 5P2IA 5P16A 3HVGA 4QJ2A 3UDJA 3VV8A 2UXZA 2ZJKA 4Q1WA 3N4LA 4D89A 2JE4A 3APPA 1LF3A 3EMYA 3EM6A 5P8DA 3O9LA 2P4JA 5P76A 1K6CA 1ENTE 3LZVA 3IA9A 2JXRA 2BPVA 5P8GA 5P0PA 4R91A 1MRXA 3LPJA 2HS2A 2WL0A 2QNPA 3KT5A 4Y37A 5OZKA 2ASIA 1E81E 1T6GA 2P3DA 2A1EA 5P77A 2PWCA 2QI5A 3OUDA 1HVLA 4DJOA 3OQDA 5E5JA 1LYBA 5P61A 3PI0A 5OZXA 3ER3E 5P3SA 2ZHRA 5OZLA 3KFSA 3PGIA 5P67A 1ODYA 2V12C 2VS2A 1DMPA 2BPXA 4LHHA 5P10A 5P8JA 4HA5A 1BXQA 3R1GB 4GJCA 3NSHA 3QS1A 4BFBA 3CIBA 3L38A 5P37A 2ZDZA 4I1CA 4NJSA 2AZ9A 1FMBA 2WEBA 5P2DA 1VIJA 3OXWA 4YCYA 3VCMA 3FX5A 1WKRA 2QD7A 4I0FA 2FDEA 2I4WA 3NDXA 1W5XA 3ECGA 3FNUA 3FNSA 4DQEA 5P7QA 4YD4A 4Y3LA 1MPPA 3LIVA 1FMXA 4Y6MA 5OZMA 4Y3FA 3L5BA 1GVWA 3DK1A 4Y3PA 4GB2A 5HCOA 5P0SA 5P7BA 2NNKA 5P0OA 4HZTA 1LS5A 1PROA 3KFPA 4J0PA 5DQ1A 1KJ7A 4KE0A 1MRWA 4ZEAA 4ZSRA 4Y3HA 4L7GA 3OTSA 4J0YA 5P6UA 5P87A 4Y41A 3O9HA 4K9HA 5P4SA 1RV7A 3HVPA 2FS4A 1YTHA 5OZQA 5P5VA 2F3KA 3HAWA 3QBFA 1AAQA 1MESA 3QI1A 2Q64A 1ODXA 3FSMA 5ISKA 5FIVA 1APVE 5P20A 2G1NA 5KQXA 3TKGA 5KR8A 3EKXA 5P0HA 3SACA 3PWWA 4L1AB 5P7OA 4FE6A 4OD9A 5OZ2A 5P31A 5P7RA 4R95A 3T7QA 5P6AA 1E80E 3KA2A 2BKSA 1D4LA 2Z54A 5P2LA 4LBTA 3INDA 3TPJA 3RTNA 3PLDA 3ZKGA 2R3TA 2QD8A 1ZSFA 5JODA 3PJ6A 5P3QA 4A6CA 4Y5LA 4ER2E 5I3WA 5P5IA 1A8KA 4FM8A 5P80A 2WF2A 1HTFA 2RMPA 4J1FA 4FSEA 1UPJA 5P46A 3TLHA 5OYQA 4HE9A 1PSNA 4PHVA 5C9FA 1D4YA 1FIVA 3OADB 4Z50A 9HVPA 4NJVA 1BIMA 3KDCA 4J17A 5JG1A 4E43A 4Y5PA 1JLDA 4I8WA 1YM4A 1XS7D 1TCWA 2HPEA 4J54A 3S45A 3DV5A 4S1GA 5OYVA 3OU4B 5P5OA 5DQCA 3DCRA 4ZLSA 4PPHA 5HDZA 1LYWB 5P49A 4FAFA 3KN0A 2J9KA 2OHUA 5P5SA 3WZ8A 5P2KA 5P7ZA 5P1CA 4RGHA 1NPVA 2P3CA 3PCWA 4F76A 5P03A 3RVIA 4GMIA 4JECA 3VUCA 1AXAA 3DCKA 5P2RA 4Z2ZA 1MT8A 5OZRA 5IVTA 2XYEA 1MVPA 4DI2A 4Y4TA 5P13A 4FS4A 4RVIA 5P1MA 4JPCA 2MIPA 3MSJA 1SDUA 1OD1A 2J9JA 4OBJA 5P8TA 4RCDA 2VIEA 4GJAA 1YM2A 5P51A 3UDKA 3INFA 3OWNA 1B5FB 1K1TA 3LPIA 4B0QA 4ZSMA 4UPJA 1LV1A 5P63A 5HVPA 3OXVA 1NPWA 5P24A 4Y4WA 1META 3O9EA 4Q1NA 1C70A 2PH8A 4EXGA 5OZ1A 2FNTA 4CMSA 1K1UA 5P3UA 5HU1A 1IZEA 3RU1A 3NU5A 3R4BA 1C6YA 1IBQA 2P8HA 2VIZA 5P5RA 5AH8A 2I4XA 4CPXA 4DJRA 1T7KA 1K6TA 1MSNA 5DR4A 3VV6A 4OBZB 3NDUA 3SABA 2EWYA 5P8NA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2HAH A;  1GNN A;  1QDM A;  2BB9 A;  4CPQ A;  4YCT A;  1E5O E;  3LIN A;  1APU E;  2Q11 A;  5P08 A;  3SA5 A;  3OHF A;  2VIY A;  5OZ0 A;  4YD3 A;  4FSL A;  3UPJ A;  5P5Z A;  2ZJJ A;  4FLG A;  3GGA A;  4D8C A;  1SGZ A;  4OBD A;  4CPT A;  3PSG A;  5P48 A;  4QJ7 A;  3L3A A;  4J1E A;  5P33 A;  7UPJ A;  2PSV A;  4LAP A;  5P1X A;  3OUC A;  1GVV A;  5OZT A;  2FLE A;  2VJ7 A;  4ZPF A;  2QMD A;  4DH6 A;  2QI6 A;  5T4S A;  1NH0 A;  5OZS A;  5P69 A;  3NXE A;  5KR0 A;  3NU4 A;  4XX3 A;  4YBF A;  3OAG A;  3DUY A;  1KJG A;  3URI A;  4D85 A;  5P34 A;  3DJK A;  5OZV A;  2F8G A;  4LXA A;  5P4E A;  5P6B A;  3Q3T A;  2VJ9 A;  2G1Y A;  3RSX A;  5P65 A;  5OYT A;  2B42 A;  5P1W A;  1T7I A;  1FLH A;  3NR6 A;  1G6L A;  2HPF A;  5OZZ A;  2PWR A;  2HB3 A;  1B11 A;  1XE5 A;  1ZSR A;  5P78 A;  5P42 A;  4Z22 A;  5P30 A;  4WY6 A;  5P8I A;  4EHC A;  2JYS A;  1SIP A;  2Q54 A;  4B1E A;  2O4L A;  5P06 A;  4IVS A;  3QRM A;  3LPK A;  5OYS A;  5P6J A;  5P14 A;  3S56 A;  2APR A;  3UDY A;  4JP9 A;  5P2C A;  3VFA A;  4EJL A;  3OOT A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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