5P18A

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 91
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 82
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p18A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p18A01
3O9BA 4NJSA 5P3FA 4B77A 3ZL7A 3DK1A 3VG1A 1DPJA 1ZSRA 2VIEA 5P6KA 3TKWA 4DUSA 2I1AA 5P5SA 2ZGAA 5P8DA 3UDHA 2I4QA 2F81A 6FIVA 5P3BA 1NPAA 3L5BA 2ZDZA 5P4LA 2QMPA 3EXOA 3FX5A 1QBSA 5P0DA 4OBKA 3CYXA 3UFLA 4QJAA 5P2LA 5P5AA 2VA7A 2OHKA 1FB7A 4DV9A 3HVPA 5P6SA 2HS1A 5AH6A 1SMEA 5P1ZA 2XYEA 5P17A 2R8NA 5P54A 4Y3QA 4F73A 7UPJA 1TQFA 5F01A 5JFPA 3OXCA 1XE6A 5E5KA 1FQ5A 5AH7A 3CYWA 4RCEA 3FNUA 3NLSA 4Y3WA 3PLLA 2CEJA 5IS4A 5P0ZA 1CMSA 4QJ8A 2AVOA 1RPIA 1XL5A 5P02A 4FRKA 3GGAA 1G6LA 4Y3RA 4J0ZA 5COKA 2BPZA 5OZZA 4ACXA 4MC2A 4B1DA 4EQ0A 3S43A 4B1EA 2RKFA 4BEKA 4DPFA 5P7CA 3UDYA 3PWRA 3JW2A 4FRIA 1MSNA 5P7EA 1OEXA 4GYEA 4RCFA 1QBTA 1FEJC 2QU2A 5P3WA 2ZHSA 2QMDA 1CZIE 5P4GA 4OD9A 5P87A 4ER4E 4GIDA 5P7WA 5UPJA 2HIZA 3NU6A 5J25A 4Y38A 5P67A 4Z22A 3FNSA 1K6CA 1E82E 3PWWA 1KJGA 3RTHA 3TOHA 1ZPAA 1FQ6A 5P0FA 4GJDA 5ENKA 5P5TA 3OAGA 3EL0A 3IVIA 5DGWA 9HVPA 3WZ7A 5P4BA 5P4VA 4L1AA 4LC7A 3EL9A 4Y6MA 5OYQA 1MIQA 5P2CA 4ACUA 4YD3A 4J1IA 1FFIC 2PK5A 5P3SA 1ZPKA 1PPKE 4EHCA 3INHA 3MSLA 4PEPA 1B11A 5P3QA 4Y4AA 4Y5CA 5ISJA 3QRMA 3H0BA 3UQUA 5AH8A 3AUPA 5P6TA 2ZJKA 3BHEA 2F8GA 1FMUA 3L5DA 2JE4A 4JP9A 2VNMA 1F7AA 2ZJHA 3OTYA 5OYUA 1SIPA 4FAEA 1SIVA 5P7VA 1BAIA 3KDBA 1C6ZA 3PBZA 1B6JA 2RMPA 3DCKA 3GW5A 5P5NA 5COPA 3CKPA 3KFPA 2O4SA 1AM5A 5OYRA 5AHBA 3APPA 2R3WA 4DQBA 3RSXA 2NMZA 4OBHA 2NNPA 2OHLA 4Q1XA 3MSKA 1ZP8A 3HAWA 5P8NA 5P55A 1ENTE 3HW1A 4MC1A 5P5BA 3OUAA 5P3CA 1LYAA 5P72A 4R93A 5ER2E 4Z2ZA 1LS5A 4BFBA 5P1AA 1OEWA 1ER8E 4F74A 4JECA 1ZLFA 3FNTA 4LL3A 4Y3JA 4PHVA 1D4KA 5P73A 3U7SA 5P5RA 5P82A 3EL1A 3L58A 2I0DA 4Y4BA 3R2FA 2F3EA 2FDEA 4Y43A 5P5QA 5P8GA 3RVIA 2V12C 3IXOA 4OC6B 4YE3A 3ZKXA 2G21A 5OZUA 3O9LA 1YTIA 3TPPA 3R4BA 5P8PA 1PPME 4XX4A 3QP0A 4GJ8A 5OZ9A 2AOJA 5P5XA 3ZLQA 4ER1E 4NJUA 1EPQE 3SLZA 1TSQA 2ZJLA 4ZEAA 5P0BA 3K1WA 5OZAA 4FSEA 2P3BB 2WF2A 5P2WA 2ZE1A 3D1YA 5P4YA 5P1XA 5OZ6A 4EQJA 5P6IA 2WJOA 1W5YA 2I4UA 3INDA 2WL0A 3EKPA 4ZPEA 3VUCA 3FSMA 3SM1A 3BUGA 1HVSA 2I0AA 2IDWA 4F75A 1YX9A 4GJ7A 2QNPA 2QNQA 2ZJIA 4YCKA 3VEUA 4RVIA 1MESA 3WZ8A 2ASIA 4R92A 3I2LA 4APRE 3UDQA 5P8KA 4YCYA 3PI0A 4Y4GA 4RVJA 3F9QA 5OZJA 4J17A 4DQCA 5P4OA 2OHNA 2IGYA 5P1LA 2B8LA 3QROA 3KFSA 4GZFA 4ZSMA 3CKTA 5P4JA 5P6NA 2QCIA 3TNEA 2AVMA 1YTGA 5P3HA 3VSXA 1FFFC 4CPSA 2PSVA 5OZLA 3LIYA 5P5DA 4Y4EA 5KR2A 3LIQA 2ER6E 2EWYA 2WHHA 5B18A 2I4VA 4Y3MA 3GI4A 5OZMA 1XE5A 5P2JA 2OHRA 1RQ9A 5P43A 1GNNA 2OHQA 3S54A 4Y5PA 4Y5BA 5P7JA 5P3XA 5P7QA 2QZKA 1HVKA 2RKGA 4DJRA 2OHUA 4XXSA 5P0UA 1EC0A 2NTRA 3PEPA 1HPSA 4COEA 4FAFA 5P7RA 5P7HA 3EKWA 4YOBA 5P3AA 1TSUA 1IIQA 2G1SA 5P26A 1BVGA 4Y3DA 1FKNA 1ZAPA 3LZSA 1KZKA 2UPJA 1SMRA 1APTE 2QU3A 3QPJA 5HVPA 2G20A 5P79A 4I0JA 1M4HA 3R0WA 1E81E 1FQ8A 1BXOA 3GGXA 3QI1A 5OZGA 5OZOA 5KR1A 3BUHA 4GJBA 5OYZA 4CPXA 3IN3A 5P1TA 5P4MA 2QAKA 4Q1WA 3S43B 5P3KA 1HPOA 5P8QA 4Y4JA 1M43A 3IN4A 5P6FA 3Q6YA 3QIHA 1A9MA 5P0IA 4Y5KA 3OQKA 3KYRA 1AAQA 5P0SA 2G26A 1YM2A 5EZZA 1FLHA 3VCMA 5P31A 1HEFE 4OD9B 3T6IA 4YHQA 2PC0A 2UXZA 4GJ6A 5P4TA 2ER9E 3K5DA 4ER2E 2OAHA 2IEOA 4TRZA 4X7IA 1MSMA 1N49A 5P1WA 3OQDA 2P3DA 2VA5A 2ZJNA 3LPKA 4Y3GA 4B05A 2IKOA 4ZPFA 5P4DA 3EM6A 5P0XA 4EYRA 3G72A 4L1AB 1ODWA 4FL8A 5P5WA 3TLHA 3BC4A 1APUE 2QI7A 5P2VA 3FV3A 2R38A 3LZUA 3OGQA 3URJA 2O4LA 3C9XA 1HXBA 1WBKA 3OHFA 4Y4XA 3ZKGA 4GJ9A 5HE7A 3Q4BA 2QZLA 3LIXA 1HVCA 3CKRA 1K2BA 1MUIA 1YM4A 3VFBA 2AOIA 2IRZA 2NNKA 4U8WA 5KQFA 2APRA 2VS2A 3WSJA 1PSAA 1D4HA 1W50A 4FM7A 2QP8A 5I3YA 3K5CA 3SAAA 2G94A 3VYEA 4WY6A 5OZXA 1HIHA 1JLDA 5P1DA 4J54A 1SDVA 5P6VA 1ME6A 4Y9WA 3GI0A 1IDBA 4BELA 3NDTA 2P3BA 3NUOA 4GJAA 4CKUA 2V0ZC 4Q1YA 1VIJA 4L7JA 4Y3LA 4OBZB 5P77A 3KMYA 3OGPA 3I6OA 2QMGA 1LF4A 4RROA 3IXJA 2B7ZA 5KQXA 4I0HA 1SP5A 4EJ8A 1BWAA 2IQGA 1SBGA 1MVPA 3ER3E 3T7XA 5P0TA 5OZ1A 1MT8A 1A8KA 5P36A 3LPJA 1W51A 1WKRA 3LIVA 3I8WA 2FNSA 3PLDA 5OZWA 1LYWA 4D89A 5DQCA 4JOOA 2UY0A 3ER5E 5AGZA 2WF0A 3HBOA 1TZSA 3O9EA 4CPQA 5OYVA 5P6UA 3O9LB 5T4SA 5P6JA 2I4XA 3GGUA 2VJ7A 5I3XA 4ZPGA 5KAOA 5P5UA 1BDQA 1EPOE 2F3KA 2R5PA 4EJLA 3CICA 5P69A 2BKSA 2Z54A 3URLA 3IA9A 1HTRB 2HAHA 5P1RA 4B70A 1EBWA 3UFNA 4DJPA 5OZBA 5OYTA 5P1PA 2QHZA 2PWRA 5P03A 2PMAA 5HTZA 2Z4OA 5P85A 1ODXA 2JXRA 3MXEA 4MC6A 5P6PA 5P35A 4FLGA 1LF2A 5OZIA 2Q3KA 5P7PA 4FCOA 4AZYA 3URIA 5P40A 5PEPA 1K6TA 4Y5GA 5P16A 1HTGA 3QBFA 5P1BA 1ODYA 2FMBA 5P4SA 1PROA 1AXAA 4DI2A 1XDHA 2P8HA 1W6HA 1IZDA 4WTUA 1GKTA 4RRNA 2PYMA 1MT9A 3ZOVA 4D8CA 3NYGA 3BXRA 5P50A 2VIYA 4J1CA 5P2RA 5DR0A 1XN2A 2QZXA 2QHCA 3OXVA 3QRSA 5P2DA 2WKZA 1K2CA 5P3GA 1Z1RA 4DH6A 5P6HA 5BRYA 4YDFA 3SKGA 3UQXA 3R1GB 2OHMA 2WEZA 3INEA 3BGBA 3WZ6A 3N3IA 2AVQA 5P4EA 5P2MA 3NUJA 5IVSA 2B42A 3S7LA 3PMUA 1MPPA 5P4WA 5P0WA 2AOCA 1B6KA 3OUDB 5P52A 2HB2A 3SFCA 1PFZA 3I25A 5HDUA 4IVTA 5P7AA 5OZRA 4J1EA 4R8YA 3HVGA 4M8YA 3ZPUA 3RSVA 1AIDA 4RLDA 5P29A 3UHLA 5DR3A 1HVRA 5I3VA 4Y3EA 3OWNA 3R0YA 4J0YA 5CLMA 5P7BA 5P66A 3TH9A 5P5MA 4EPJA 1GVUA 3TPRA 5P4HA 4Y4UA 4XX3A 5P8TA 5P39A 5P6OA 5P1YA 3ZPTA 3LZYA 4OBGA 5P0GA 1RNEA 1M0BA 2HC0A 2QI0A 5P5JA 2QI1A 2WECA 5OZHA 1IVQA 1HTEA 3VF7A 1EPLE 2SAMA 5P2GA 3S8IA 1HPXA 2PH8A 3S2OA 1HXWA 3VLAA 5OZTA 1CPIA 3GGVA 3LHGA 4BFDA 1OHRA 3VFAA 4ZLSA 4Y3NA 1FIVA 2Q5KA 5DR8A 1VIKA 4I0FA 5SY3A 4EJKA 5P7FA 3OHHA 4Y58A 5P0PA 4N00A 3SA9A 3HD8A 4I8ZA 4OBZA 3IVHA 5P8RA 4KE0A 5P4UA 4D85A 5P86A 5C9DA 2QI6A 5OYWA 2PSGA 2AZ9A 1KJ7A 3KFRA 4DJQA 1T7IA 5HE4A 2ZHVA 3HAUA 4Q5MA 4APEA 3UDJA 1GVWA 4I0GA 5P3JA 3EM4A 4J0TA 2AOFA 1D4YA 5P62A 4U7QA 4HA5A 1FF0C 3FIVA 4Y4TA 4UPJA 2FXEA 5P1VA 1SDTA 3OK9A 1HSGA 3LZVA 5KOSA 2WF4A 2AZCA 3DCRA 5P0EA 4WY1A 2R3TA 2OHSA 1TW7A 5P0YA 3K5GA 3ZKMA 1AZ5A 5EZXA 1J71A 2A4FA 4OBJA 5P04A 3ZKNA 5P34A 5OYSA 5P4AA 1MRWA 3G6ZA 4R5NA 5P5KA 1XL2A 4GB2A 4A4QA 4Y47A 3QRVA 1FQXA 1QBRA 5P3YA 2CENA 3K5FA 3L5FA 1SGUA 1FG8C 5P25A 5OYYA 1B5FA 4FS4A 1HIIA 1T6GA 1YG9A 2PH6A 4K9HA 3KDCA 1Z8CA 3UF3A 3PRSA 5P5PA 5P6DA 3PB5A 5P2OA 1Q9PA 4LP9A 3UDKA 4YA8A 4Z4XA 2G22A 5P4XA 2G1OA 1FG6C 4DJOA 2V13A 4FM6A 4EWOA 5P47A 2V00A 4Y48A 2ER0E 3UDPA 3OQAA 4J0VA 4ZE6A 1EC2A 1LYWB 5P64A 3LNKA 4Y5MA 1YT9A 2ZHTA 3ZMGA 1AJXA 3K4VA 3QVIA 3UTLA 1HVIA 5OZEA 1K1UA 6APRE 5I3WA 1LYBB 2PSUA 4DPIA 3SACA 4TRWA 4ZIPA 2R43A 4Y4WA 2PK6A 2RENA 1UPJA 2FXDA 3KDDA 3TPLA 1LF3A 1XS7D 2VIJA 5P15A 4KUPA 2XFJA 4Y44A 3SQFA 2FIVA 2XFKA 2XFIA 4RYCA 5P8VA 4R91A 5SY2A 3NU5A 4CPWA 5P0MA 2G1NA 4PPHA 2Q63A 5HD0A 1E5OE 4I10A 3OUDA 5P78A 3OUCA 5DQ1A 1MERA 3DOXA 5P5LA 4B00A 5OZCA 4I0IA 1IDAA 3TTPA 1APWE 4J0PA 1APVE 5P44A 4Y50A 5P8BA 5DR7A 5P6ZA 5P45A 3OXXA 5AH9A 2VIZA 5P3TA 3PVKA 1PSOE 4XKXA 5P5IA 5P6QA 5P4CA 5P0LA 2QD8A 4NPUA 2QI4A 5OZ7A 3FKTA 4CPTA 5IE1A 5P2FA 1B6LA 4CPRA 5JODA 3L38A 4J1KA 3VYDA 3ZPSA 3SM2A 1U8GA 2XYFA 5P1OA 4GJ5A 5P57A 5OZFA 5OZ0A 3EKYA 3QN8A 2FDDA 4Y3ZA 1TCWA 4AUCA 5P2TA 3KFNA 1YTHA 3OQ7A 4ZSPA 1D4JA 5P5YA 2OF0A 5P84A 5P0JA 4Y3SA 1K6VA 1WBMA 5P4FA 4Y3HA 3M9FA 5P05A 2NPHA 1BV9A 4QJ2A 4FRSA 2F80A 5P8LA 5P4RA 4FRJA 2ER7E 4S1GA 5P5ZA 2P3CA 2P3AA 3KT5A 4YD6A 5P12A 5P3EA 3O9DA 1EEDP 2Q64A 3DUYA 5P7SA 3D91A 5DR1A 1PSNA 3DV1A 5P7YA 2AZ8A 5P80A 2G27A 5P1SA 1EPRE 4Y3YA 3SA4A 5P1FA 1BDLA 3TPJA 4I1CA 1W6IA 5P5GA 1EBYA 1TCXA 5P5OA 3T7PA 5P14A 1ZTZA 4J5JA 2FDPA 2P83A 5P5CA 5P1KA 5P09A 5HDVA 3S7MA 3A2OA 2RSPA 1EBZA 4JPCA 5P6CA 3S56A 4CMSA 5P2SA 5HU1A 3U6AA 2I4DA 3QBHA 5HCOA 5P70A 4DQGA 3SA5A 5P8FA 3NU9A 3RTNA 3SKFA 4PYVA 4J55A 4Y37A 5AHAA 5HDZA 5P1NA 3U71A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3O9B A;  4NJS A;  5P3F A;  4B77 A;  3ZL7 A;  3DK1 A;  3VG1 A;  1DPJ A;  1ZSR A;  2VIE A;  5P6K A;  3TKW A;  4DUS A;  2I1A A;  5P5S A;  2ZGA A;  5P8D A;  3UDH A;  2I4Q A;  2F81 A;  6FIV A;  5P3B A;  1NPA A;  3L5B A;  2ZDZ A;  5P4L A;  2QMP A;  3EXO A;  3FX5 A;  1QBS A;  5P0D A;  4OBK A;  3CYX A;  3UFL A;  4QJA A;  5P2L A;  5P5A A;  2VA7 A;  2OHK A;  1FB7 A;  4DV9 A;  3HVP A;  5P6S A;  2HS1 A;  5AH6 A;  1SME A;  5P1Z A;  2XYE A;  5P17 A;  2R8N A;  5P54 A;  4Y3Q A;  4F73 A;  7UPJ A;  1TQF A;  5F01 A;  5JFP A;  3OXC A;  1XE6 A;  5E5K A;  1FQ5 A;  5AH7 A;  3CYW A;  4RCE A;  3FNU A;  3NLS A;  4Y3W A;  3PLL A;  2CEJ A;  5IS4 A;  5P0Z A;  1CMS A;  4QJ8 A;  2AVO A;  1RPI A;  1XL5 A;  5P02 A;  4FRK A;  3GGA A;  1G6L A;  4Y3R A;  4J0Z A;  5COK A;  2BPZ A;  5OZZ A;  4ACX A;  4MC2 A;  4B1D A;  4EQ0 A;  3S43 A;  4B1E A;  2RKF A;  4BEK A;  4DPF A;  5P7C A;  3UDY A;  3PWR A;  3JW2 A;  4FRI A;  1MSN A;  5P7E A;  1OEX A;  4GYE A;  4RCF A;  1QBT A;  1FEJ C;  2QU2 A;  5P3W A;  2ZHS A;  2QMD A;  1CZI E;  5P4G A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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