2QD7A

Hiv-1 protease mutant v82a with potent antiviral inhibitor grl-98065
Total Genus 20
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
20
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPANIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Protease
publication title Potent new antiviral compound shows similar inhibition and structural interactions with drug resistant mutants and wild type HIV-1 protease.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 20
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2007-06-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2qd7A00
2V12C 3NUJA 4J55A 3DM6A 5P62A 5P0OA 4Y3AA 3IXKA 3R4BA 4Y5PA 5P15A 1LF3A 5P5ZA 1QBUA 4Y54A 3NYGA 3UTLA 3SLZA 5P3EA 4R91A 5P3KA 2P3CA 5EZZA 3CKTA 3LITA 4LBTA 5P8UA 5P8BA 4HVPA 3PI5A 1RPIA 2F8GA 2ER0E 4Y4GA 5OZIA 5P4LA 2FNSA 5P05A 1ZPAA 5P5TA 2EWYA 3WSJA 2AOJA 5P7QA 3VV6A 3OU1A 4TRWA 5P5BA 1AIDA 5ISJA 4OD9B 2QU2A 4Z2ZA 2OHRA 5OZ7A 1EEDP 3O9GA 4N00A 3M9FA 3NU5A 3VSWA 1LEEA 4LP9A 1K6CA 3TH9A 3VLBA 4FSLA 5P8AA 5P6RA 3OUBA 4Y3QA 4HDFA 3AUPA 2FDPA 4CPUA 2WF1A 2IS0A 5OZOA 5P7OA 4CPXA 2QD7A 5UPJA 1SDVA 2AZ9A 1JLDA 5HTZA 3WZ7A 5P1ZA 5P80A 1EAGA 5HDVA 1FFFC 4JP9A 3Q70A 2PYMA 1RV7A 3OUCA 2B60A 2WHHA 5HE5A 5P5CA 3S54A 3VYDA 5P1PA 2PH8A 5P71A 1W5VA 4KE1A 1FMBA 2V16C 2JJIA 2R3TA 3ZKXA 5P0PA 2VA5A 5P4KA 4Y43A 1T7JA 3NWQA 1XDHA 3L5BA 5P78A 5P8JA 1KJGA 4R93A 3SKFA 4TVGA 5JODA 2HS2A 4K4QA 3PWWA 5HVPA 3UQUA 3PLLA 5P24A 2IKOA 4KE0A 5P4BA 3INDA 5P3JA 5P79A 5P6AA 5DPZA 2BPWA 1APTE 5TOLA 4OBDA 2PSVA 4Z22A 4FIVA 3TOGA 4CMSA 5OZ0A 3KDDA 5P57A 3EKVA 4D89A 1LYAB 2AVOA 3BGCA 5OZNA 5P0MA 1BBSA 1LS5A 4DJXA 5SY3A 5HDXA 5P7FA 4DQEA 3FX5A 3L38A 3ST5A 3L3AA 5P0KA 4FM8A 3VEUA 3OQAA 5P85A 1M43A 1GNOA 2NMZA 1KJ7A 4Y3ZA 1C6ZA 1SMRA 1EPNE 5P3XA 1APUE 4HDPA 5P63A 1DW6C 4QJ2A 3UCBA 5P38A 4RVJA 1MRXA 1MERA 5P6WA 2AOIA 5ER1E 3BC4A 1EPLE 5OZJA 4Q1XA 1ZSRA 3EL5A 4Y5NA 1LYBB 3T3CA 4ACXA 2QHCA 1BV9A 4Y35A 1LF4A 1TCXA 2OHUA 4HLAA 4ZSRA 2WJOA 1EPQE 2G24A 2RKFA 4YD3A 4YDFA 4DQFA 2HC0A 2IEOA 4B05A 5P1VA 5P03A 1AAQA 5OZMA 1XE5A 3CKPA 2ER7E 4CPWA 2VNNA 5P58A 5IVTA 3VLAA 3INEA 1NH0A 3IVIA 3BUFA 5P60A 3RTMA 3TLHA 1A9MA 2VIZA 1VIKA 5OZEA 5P2IA 1DPJA 4FRIA 4I0JA 3DJKA 2QZLA 3WB5A 4APEA 5IS4A 5P5XA 2V11C 7HVPA 2ZHTA 2WEAA 5OZXA 4J0TA 3O9BA 4FCOA 5P32A 1HTEA 3EKYA 2WKZA 1ER8E 3K5GA 5P47A 4FAFA 5P37A 1SDUA 2F80A 5P1QA 5KAOA 5SZ9A 2AIDA 3NU4A 3PCZA 4Y45A 5OZLA 2WEZA 5P1GA 4H3IA 4I8ZA 3C9XA 2O40A 1FKNA 4YDGA 4Y41A 5P6VA 3EL0A 1LYAA 5P3DA 2ZE1A 5P55A 2ZJNA 4Y3JA 2J9JB 3FIVA 5OYUA 1W50A 2B8VA 1GKTA 1HVKA 3I25A 1HPXA 4KB9A 5P6LA 4DJUA 5B18A 4Y58A 4DH6A 5P5PA 5P6MA 5IVQA 4OBHA 4DJWA 4K8SA 5OYSA 2XFKA 3L58A 5P86A 5P2UA 5OZTA 1ZP8A 4RROA 3I8WA 2JJJA 1FGCC 1XN3A 2QU3A 5P5GA 1IZEA 5P65A 3OXWA 1HOSA 5P3CA 3LIQA 5P2KA 3PBDA 3UQRA 5P5RA 4Y47A 2O4PA 1LYBA 1MTRA 4J1CA 5P4AA 1M0BA 5P7MA 5P4GA 2FDDA 5P28A 3CICA 5P7CA 5P7YA 1IVQA 2AQUA 5P04A 5P6DA 5P5DA 5DR8A 1EC3A 3OGPA 8HVPA 5P3NA 5I70A 1OHRA 4NPTA 5P6EA 4EXHA 1TSUA 1HTFA 5P5OA 1FFIC 4YD4A 4ZPGA 3OHFA 5OYXA 2JYSA 5HDUA 5P2TA 1B6LA 2R3WA 4ZPEA 5P1NA 5P0QA 5OYWA 1W6HA 4RCDA 5P4MA 2NMYA 1HTGA 1FG6C 3S7MA 5P09A 4S1GA 5P1AA 5OZFA 1WKRA 5P1MA 2OF0A 5P4QA 4NKKA 1AXAA 5P1UA 5AGZA 3K1WA 4Y4TA 5DQ4A 3LIYA 4Q1YA 3DUYA 2NTRA 1FMUA 5P50A 3GGXA 5P1YA 1RL8A 1BIMA 5P8LA 4I0HA 3L5CA 5P5EA 3U6AA 5P6UA 2QI5A 1HXWA 3URLA 3PSUA 5P4IA 4PYVA 1T7IA 3ZKGA 1AZ5A 1BXOA 5P0RA 3ZLQA 5HE4A 5P23A 4F75A 1YTJA 4FRJA 2PSUA 1QDMA 2G22A 4GJBA 4I0GA 4Y39A 2WF3A 2RENA 1W5WA 1EC2A 5I3VA 4Y4EA 3S43B 1HVJA 5P51A 2NXMA 2PC0A 1A8GA 2IGXA 1MIQA 2CENA 5KR8A 5OZ3A 5P17A 5P0IA 5P07A 5P18A 5P2BA 3BUHA 3FV3A 4B78A 2UXZA 3QAAA 5DR7A 4QJ7A 4XX4A 3BXSA 5HD0A 1SDTA 4I0DA 2MIPA 4GJCA 4I0EA 2QNPA 3GI6A 1K2BA 3ZKIA 3I2LA 3MXDA 3DK1A 4U8WA 2VIYA 5P5AA 5KQFA 2AVMA 4EP2A 3T7XA 2F81A 3F9QA 3QI1A 1PPLE 3CIBA 3QVCA 3IN4A 4Y5KA 2G1RA 1YTHA 2WF2A 4J0PA 4EQ0A 2V00A 3LPIA 1MRWA 3QROA 2IGYA 3OY4A 4DPIA 3APPA 3VG1A 1HSGA 1ZPKA 5P7ZA 3PMUA 1DMPA 2FGUA 1EC0A 2UPJA 5KQYA 4YE3A 4PPHA 4Y3TA 5P48A 1FF0C 3PHVA 4D8CA 1K6VA 5P0WA 3HD8A 3TKWA 1UH9A 3SA9A 4Q5MA 5P7VA 4HZTA 1FMXA 4ZE6A 5P5YA 3ZOVA 6FIVA 5P3IA 2BPVA 2G27A 4Y6MA 2ZDZA 2SAMA 5P29A 1B6PA 2R5QA 3KF0A 2QZKA 3EMYA 5OZ5A 5OZUA 2BBBA 1W6IA 3RU1A 2Q3KA 4EQJA 5ENMA 4Y5CA 3SM2A 5P3UA 5P6TA 3TOHA 5P1CA 4GJAA 1G6LA 3UDPA 3JW2A 4Z4XA 1HTRB 5P5UA 1ODXA 2R9BA 5P3ZA 5P6JA 3UDJA 2V13A 2BKSA 1EPME 3NU6A 2WL0A 3UDKA 3D91A 1C70A 2I1AA 1MSNA 3S43A 2QHZA 2IDWA 5P0SA 2A1EA 3BRAA 2VIJA 2G26A 2A4FA 2J9KA 3EKQA 3ZPUA 4RZ1A 4AMTA 2XFIA 2HAHA 5P02A 4U7VA 1B6KA 4Y3DA 3EBZA 3D20A 3LZVA 3UQWA 4I8WA 2IENA 2O4KA 3L5DA 3ZPSA 4ACUA 3H0BA 1IVPA 1BVGA 2AOHA 2G94A 3B7VA 2QMFA 4B72A 3O9DA 3CKRA 4XXSA 2Q55A 1SGUA 3VF5A 5P69A 1BVEA 3GGAA 1AM5A 5P22A 2FNTA 2AZCA 4YD5A 4ZSQA 3PGIA 3QP0A 5EZXA 5P76A 4RCEA 5P0LA 5HU0A 5P0EA 1K1UA 3NXNA 3NU9A 2ZHVA 2G21A 2BPZA 3NXEA 3Q4BA 2HPFA 3KN0A 2P8HA 3RTNA 2OHTA 2ZGAA 4RVIA 5OYRA 3RSXA 1SP5A 1LZQA 5P52A 5P4WA 4FL8A 4AA8A 1FQ5A 2I4WA 1A30A 2RKGA 3PSYA 4EYRA 1YTIA 5P6XA 2IQGA 5OZYA 5P45A 1B6JA 1Z1RA 3CMSA 4GJ9A 2WEBA 3GGVA 5P2WA 4RLDA 4J5JA 1D4KA 1NPWA 2R43A 5KOSA 2OHMA 1G0VA 1QBSA 2O4NA 1YTGA 2QI4A 4Y51A 3VYFA 3EC0A 5P0CA 5P39A 5P7RA 3JVYA 1XL5A 1ME6A 1UPJA 2Q54A 5P5HA 2BQVA 1Z8CA 4B1DA 3R1GB 4NJTA 4YD7A 5BS4A 4LHHA 5P11A 3LZYA 1G2KA 5P36A 4H3JA 4UPJA 3LINA 1HEGE 4FAEA 5C9DA 4BELA 1LF2A 3BHEA 3PRSA 3EKWA 3QBFA 3HZCA 3KFNA 2ZJKA 3WB4A 2QI3A 4Y4JA 4GJ7A 4FLGA 2WF0A 5OZHA 5P25A 4YD6A 3PMYA 3OQDA 2AZ8A 1SBGA 4Y56A 1HVCA 1APWE 1PROA 3SO9A 1QBRA 3R2FA 5AH9A 4Y3XA 2NR6A 5P8MA 2Z54A 3SA3A 3UQXA 1XE6A 5P3FA 1BWBA 5OYVA 4PEPA 1IBQA 3SABA 4RRNA 2QI6A 2WECA 5P08A 4YOAA 5P77A 3TNEA 4B0QA 3R0YA 3O9CA 4DVFA 2OHKA 2QHYA 1TZSA 4OD9A 5P8DA 1ZSFA 3G70A 3VYEA 4Y4BA 4YBIA 3GI4A 5P0JA 1KJFA 5APRE 2B42A 4Y53A 5P4HA 3ECGA 3H5BA 2OHLA 3WZ6A 4COEA 5P1OA 4B00A 5P8NA 3TPRA 5P7SA 1EBYA 5P4RA 3LIVA 3ZL7A 1LYWB 5P5JA 4DQCA 2OAHA 3OUAA 4RGHA 4ZSMA 1CZIE 4DJOA 4Y5BA 1HIHA 4ZSPA 7UPJA 1C6XA 4BFDA 1T7KA 2JXRA 1E82E 4Y5AA 1W5XA 4HDBA 2P3BB 1PSNA 1HVLA 4GJ6A 5HCTA 1GVXA 5P8FA 3ZMGA 3SA8A 4FM7A 4D88A 3OU4B 3O9EA 1U8GA 4Y3SA 3SACA 3PLDA 1OEWA 4GJ5A 5P7GA 4BFBA 2Z4OA 4I10A 5E5JA 4B1CA 2BJUA 5P6IA 4TVHA 5J25A 1UH7A 5P68A 5P1IA 5DR3A 1MESA 2QAKA 5OYQA 2NXDA 4KUPA 4Y9WA 2BB9A 5P64A 3SAAA 4QJ8A 1HHPA 1GVWA 1MSMA 2OHQA 5F00A 3O9IA 5HDZA 3HVPA 3WZ8A 5ENKA 3TOFA 2BPYA 1ENTE 5P27A 5P3YA 3OHHA 5P54A 2PH6A 4R92A 3UDMA 3SA7A 1K1TA 4RRSA 3DCKA 1SMEA 2I4QA 5P8OA 2H6SA 5COKA 3INHA 4EXGA 4R5NA 4WY6A 3OU3A 4EP3A 4AA9A 1HEFE 3PCWA 4OBGA 1KZKA 2P3DA 4Z50A 3NSHA 2AOEA 4L1AB 5P7JA 1ZJ7A 2IKUA 5P2NA 1BDLA 4DPFA 4CPTA 2ZJIA 3KT2A 2NPHA 5P1DA 5P0DA 5P26A 1CPIA 2BPXA 2QI7A 3K4VA 3FNTA 3VF7A 1EPRE 3LZSA 5HCOA 3SM1A 1GNMA 2VJ7A 5P49A 1ODYA 1GVUA 4EJLA 1AVFA 5P1XA 5P43A 3PEPA 5P4OA 1ZBGA 2ZHSA 1LYWA 5P0VA 4OBFA 3NR6A 1GVTA 1TW7A 2AOFA 1FQXA 1QBTA 2QI0A 3BVBA 1EBZA 3HAWA 2AOCA 3EXOA 2WEDA 5JFPA 3OQ7A 2P3BA 3D1YA 3QVIA 5P6KA 3S7LA 5BWYA 1CMSA 1IDBA 5JFUA 4JPCA 1GVVA 3OU4A 2I4UA 4Y3EA 4R8YA 5P06A 1SH9A 3D3TA 4DI2A 4Y3WA 2AODA 5AHCA 5OZAA 5P8EA 3BVAA 3KA2A 3EM3A 1B5FB 3OOTA 4YA8A 5P1KA 5P44A 5P0YA 2AZBA 5DQ5A 5P8GA 1XS7D 4OC6B 5P7PA 4TRZA 3IGBA 3PSGA 4H3FA 1NPVA 1HRNA 3FSMA 5P6PA 4J0ZA 3QRVA 4Y5LA 5P0TA 3IN3A 1FB7A 1FQ4A 2QI1A 1K6PA 1HVSA 5P8SA 1Q9PA 5DR1A 1ZLFA 5P3LA 5P19A 1YM4A 5P8QA 4LAPA 4CPRA 2OHSA 3ZKSA 1MEUA 4Y5MA 5P4DA 2IL2A 5DQCA 4Y4WA 2HPEA 5P7XA 1M4HA 5P7KA 5AH7A 5P6OA 4Q1WA 2VJ6A 4L1AA 5KR0A 5P3QA 2PMAA 2J9JA 5P8IA 1MT8A 3HBOA 3O9LB 5P4XA 3L5EA 3QBHA 3TTPA 2RSPA 2VA6A 3HW1A 1N49A 5P2AA 4J1EA 5P2VA 5P8CA 2QNNA 3SFCA 4DQGA 3KDBA 5P87A 5AH6A 4CKUA 4I1CA 3IAWA 4DQHA 2UY0A 5P3TA 5P66A 4QGIA 3A2OA 3OADB 1RNEA 5DGUA 5P5QA 3D1XA 4Y3LA 3LHGA 5P20A 2H6TA 5I3YA 2Q15A 1BWAA 2HB4A 4RYCA 2OHNA 1WBKA 4F73A 4YCKA 4IVTA 5OYTA 1G35A 1EPPE 3UDRA 6UPJA 4X2LA 2QK5A 5P00A 5P33A 5P2LA 3RTHA 4LXMA 1PPME 3VFAA 2ZJLA 5SY2A 5P59A 2ANLA 4PZXA 3Q5HA 3U71A 4Y4ZA 4EJKA 3T7PA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2V12 C;  3NUJ A;  4J55 A;  3DM6 A;  5P62 A;  5P0O A;  4Y3A A;  3IXK A;  3R4B A;  4Y5P A;  5P15 A;  1LF3 A;  5P5Z A;  1QBU A;  4Y54 A;  3NYG A;  3UTL A;  3SLZ A;  5P3E A;  4R91 A;  5P3K A;  2P3C A;  5EZZ A;  3CKT A;  3LIT A;  4LBT A;  5P8U A;  5P8B A;  4HVP A;  3PI5 A;  1RPI A;  2F8G A;  2ER0 E;  4Y4G A;  5OZI A;  5P4L A;  2FNS A;  5P05 A;  1ZPA A;  5P5T A;  2EWY A;  3WSJ A;  2AOJ A;  5P7Q A;  3VV6 A;  3OU1 A;  4TRW A;  5P5B A;  1AID A;  5ISJ A;  4OD9 B;  2QU2 A;  4Z2Z A;  2OHR A;  5OZ7 A;  1EED P;  3O9G A;  4N00 A;  3M9F A;  3NU5 A;  3VSW A;  1LEE A;  4LP9 A;  1K6C A;  3TH9 A;  3VLB A;  4FSL A;  5P8A A;  5P6R A;  3OUB A;  4Y3Q A;  4HDF A;  3AUP A;  2FDP A;  4CPU A;  2WF1 A;  2IS0 A;  5OZO A;  5P7O A;  4CPX A;  2QD7 A;  5UPJ A;  1SDV A;  2AZ9 A;  1JLD A;  5HTZ A;  3WZ7 A;  5P1Z A;  5P80 A;  1EAG A;  5HDV A;  1FFF C;  4JP9 A;  3Q70 A;  2PYM A;  1RV7 A;  3OUC A;  2B60 A;  2WHH A;  5HE5 A;  5P5C A;  3S54 A;  3VYD A;  5P1P A;  2PH8 A;  5P71 A;  1W5V A;  4KE1 A;  1FMB A;  2V16 C;  2JJI A;  2R3T A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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