4GJ5A

Crystal structure of renin in complex with nvp-amq838 (compound 5)
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
340
structure length
332
Chain Sequence
LTLGNTTSSVILTNYMDTQYYGEIGIGTPPQTFKVVFDTGSSNVWVPSSKCSTACVYHKLFDASDSSSYKHNGTELTLRYSTGTVSGFLSQDIITVGGITVTQMFGEVTEMPALPFMLAEFDGVVGMGFIEQAIGRVTPIFDNIISQGVLKEDVFSFYYNRDSLGGQIVLGGSDPQHYEGNFHYINLIKTGVWQIQMKGVSVGSSTLLCEDGCLALVDTGASYISGSTSSIEKLMEALGAKKRLFDYVVKCNEGPTLPDISFHLGGKEYTLTSADYVFQESYSSKKLCTLAIHAMDIPPPTGPTWALGATFIRKFYTEFDRRNNRIGFALAR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Renin
publication title The Discovery of Novel Potent trans-3,4-Disubstituted Pyrrolidine Inhibitors of the Human Aspartic Protease Renin from in Silico Three-Dimensional (3D) Pharmacophore Searches.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 82
structure length 332
sequence length 340
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.15: Renin.
pdb deposition date 2012-08-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4gj5A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4gj5A01
2VA6A 5P59A 1AJVA 5P8JA 2V00A 3D20A 1ZJ7A 5P0FA 5P85A 4Y3TA 5OZ9A 2G22A 5P7MA 4DQEA 5P4GA 3Q3TA 3RSXA 5P0JA 5P5WA 5P2WA 1K2CA 2WEDA 1QRPE 1F34A 5P1WA 1IZEA 4EWOA 1RV7A 5JODA 5P7TA 3PM4A 5P5KA 1HTGA 2BPYA 4L1AB 3TLHA 3ZPTA 3QBFA 4U8WA 4J5JA 5P5YA 1HXWA 3GI0A 5P00A 1NPAA 1LYBA 1PSAA 1XDHA 2G27A 2NPHA 1HTEA 4OC6A 3VG1A 2VA7A 4CPQA 4ZSPA 3CICA 2WHHA 3FNTA 5P6IA 3IVHA 1MRXA 1MTBA 4HE9A 3INHA 4CPSA 1E5OE 5P04A 4FLGA 3PCWA 4IVSA 3PWMA 5P3WA 5P47A 2AZBA 5I3XA 5P7SA 1ODXA 1ER8E 3G6ZA 5P6HA 1UPJA 4LC7A 2AODA 5KOQA 4DFGA 3NDWA 1BILA 2WKZA 4ACUA 5HDXA 4F74A 2QI7A 4I0JA 1HPSA 3PWWA 1TW7A 4F75A 4Q1WA 3ZMGA 3EKTA 3T11A 4CMSA 4DPIA 4RVJA 2I4XA 3SA5A 2UXZA 5KR0A 4EQJA 2V11C 4Y37A 3NSHA 3LZUA 5P1IA 3O9GA 5C9BA 5P1UA 3L38A 4DJXA 1MESA 5P14A 2FXEA 1ZP8A 5TOLA 2QI3A 1HSGA 1HPOA 5P3SA 3UFLA 5P0IA 2VS2A 4B00A 4EQ0A 2F3FA 2I4WA 4I0FA 2R5QA 3OQKA 5P7AA 3BUFA 4I10A 5P3JA 5P4JA 1SDVA 1IVQA 5SY2A 4D8CA 3QRVA 5P2YA 2QD6A 5P7XA 2QMGA 5P31A 1W5WA 3L5FA 5P7LA 5KQYA 5P58A 4EP3A 5P3VA 2VIJA 5P6DA 5P8PA 4ZIPA 2OHSA 4Y43A 1KJ7A 5P3OA 5P65A 3DOXA 2PC0A 1SIPA 5DR3A 5OZFA 2PH6A 3NXNA 3S85A 4Y3FA 3OXWA 3VV8A 5P6GA 5P55A 4DQFA 4Y5PA 1YTHA 1Q9PA 2QMFA 3VF7A 2G1NA 4PZWA 5P0OA 3B80A 2OHKA 1GNOA 3NU4A 3KFRA 3OADB 1EBYA 2PYNA 1BV7A 4R95A 2O4PA 2FGVA 3KM4A 5OZ4A 4LXMA 5P1VA 1RNEA 5P1MA 5P6YA 4UPJA 5HU0A 4DJOA 2EWYA 5P69A 5P2UA 1HIIA 5DQCA 3FIVA 4GJ7A 1D4HA 1EPNE 4OD9B 5P43A 2JE4A 3SFCA 5I3YA 1QBRA 5P0QA 1YM4A 4OBZA 3RSVA 3AUPA 3OQAA 1META 4H3GA 1LYWB 1BDRA 4J1HA 3UFNA 5P7QA 5HCOA 2P3DA 5P07A 1MT7A 3RTHA 2ZHRA 1HVLA 5P5TA 5P8FA 1EBZA 5OZHA 5B18A 5OZLA 2A1EA 2ANLA 4AUCA 4BFDA 5OZNA 1GVTA 3KF0A 4L7JA 4D85A 2SAMA 3BXRA 1APWE 4XX4A 4LXAA 2IGYA 2P3AA 3RTMA 3KDBA 1BVEA 3INFA 3QIHA 4Z22A 5HU1A 3PSGA 5P4SA 5OZOA 3UDHA 3EL5A 3T6IA 3LIQA 5P39A 5HD0A 3BVBA 3KDCA 2XYEA 4J17A 5P3UA 5P22A 5ISJA 4CKUA 2OHUA 3URJA 2R3TA 5KQZA 5P1GA 1OEWA 3VEUA 4F73A 4JP9A 5P84A 4M8YA 4FS4A 5P2BA 4B77A 2G1SA 2VIZA 3OQ7A 2ZE1A 2ER0E 5P45A 4FRJA 2QI4A 5OZ6A 3TOHA 4ACXA 1K6VA 5P3CA 1YTIA 4KUPA 3S43B 1RPIA 5P5AA 5P74A 2B7FA 1FMBA 5P08A 3DV5A 4ZPFA 5HE7A 5P1DA 4FM7A 5P8AA 2F3EA 2Q5KA 3DK1A 3PB5A 1PPKE 4Y57A 5P05A 1ENTE 1Z1RA 5F01A 1LV1A 1D4SA 1TSQA 3DM6A 3SM2A 3ZKGA 2BQVA 2ZJLA 5P2XA 3TH9A 5P01A 5P2RA 4DV9A 1HVHA 4FAFA 2IS0A 3NUOA 4DQCA 1D4KA 3NU9A 4FAEA 4FSEA 1MRWA 3OAGA 2G1YA 4FCOA 3IN4A 4N00A 1FIVA 1EC2A 5P76A 2I0DA 4LXKA 5P3YA 1FMUA 2VJ6A 2WF3A 3OGPA 5P3ZA 1JLDA 2P3BA 3MSLA 5F00A 2BKTA 5P06A 5P7PA 3VUCA 4JOOA 2AOCA 2WF0A 2FNTA 5P73A 4RCFA 3EKWA 1SGZA 3OUDB 3UDMA 3PGIA 3WZ8A 3MXEA 1D4IA 4I0DA 4Y3DA 4Y39A 3FX5A 3SKGA 1DPJA 5P0GA 5P75A 2Q54A 5P3HA 3GI4A 3NR6A 5P53A 2P4JA 1FFIC 5OZ5A 3KFSA 5OZ1A 5P4HA 2QZKA 5DGWA 5P11A 1K6PA 1PPME 4Y4EA 4GJDA 4NJVA 5P30A 4GYEA 1XL2A 1W6HA 1PFZA 4Y3SA 4B05A 4ER2E 1A94A 3O9BA 3G70A 3WB5A 4NPUA 4YD3A 2OHLA 3O99A 3EXOA 4YE3A 1EPRE 1EPQE 2QMDA 4Y35A 1ZAPA 2O4KA 5OYSA 1T7JA 5P8KA 4ZSRA 4QJ7A 2WJOA 3U71A 4OC6B 4RVIA 4H1EA 1SMEA 4Y3XA 1FFFC 4ER1E 1MSNA 3OU1B 3UCBA 4YBFA 5APRE 1HTFA 5AH6A 3EKQA 4Y5GA 4QJAA 5P3BA 5P6ZA 5P0EA 3TPRA 5P1FA 3UDYA 1IVPA 2P3CA 3CYWA 5P13A 2BPXA 4ZLSA 2Q15A 4Y4BA 5P10A 5OZUA 3BUGA 3OHFA 4RZ1A 4I0ZA 1EC3A 4Y3ZA 2WECA 1EC0A 5KQXA 5P1NA 4Y4GA 2XYFA 4J1KA 3FKTA 5P8DA 2AOEA 3IXKA 5P1RA 3NLSA 3FV3A 5P5DA 4XX3A 4Z4XA 5OZXA 4ZSQA 1KJGA 3UPJA 2H6SA 3MWSA 4Y53A 5P7HA 1PSNA 4I0EA 3OQDA 4PYVA 5P7GA 3OUCA 4PZXA 3M9FA 7HVPA 2UY0A 2VJ9A 5P38A 4I12A 4F76A 1MVPA 2O40A 2NMZA 1PPLE 2BPVA 5J25A 5ER2E 1B5FA 2G94A 1LYAA 3G72A 4HLAA 5P0UA 3TKWA 3NDUA 5PEPA 3N4LA 5P1ZA 3DCRA 2I1AA 2V12C 3VF3A 1FG6C 1A8KA 1BDLA 4FSLA 4RROA 3VYEA 1LS5A 5P5VA 2AOJA 3DV1A 3LZSA 5P3MA 2IEOA 2XFKA 4Y4AA 5SZ9A 5P1QA 3HW1A 4OBGA 5P6VA 4TVGA 3OUAA 5OZEA 2UPJA 4ZE6A 4EXGA 4QJ2A 3UF3A 3CKRA 3I8WA 1M4HA 4Y4UA 5DR8A 1ZBGA 4Y36A 2IL2A 5P2MA 3PSYA 4IVTA 5P67A 3KT2A 3SAAA 5OZIA 3IA9A 1ZLFA 1W5VA 4Z2ZA 1AIDA 4TRYA 5P8NA 3VYFA 3OQFA 3WB4A 5P57A 1M43A 5P0YA 4Y3LA 2FS4A 1SIVA 1QBTA 1HVKA 3LZYA 1BXQA 1W51A 2A4FA 5DR1A 3URLA 1HVJA 1NPVA 3NU6A 4EJKA 4ZSMA 5P3NA 5P8HA 1LEEA 4Y3PA 5P4XA 5HDUA 1HEFE 4R93A 2CENA 2FGUA 2QZXA 1DMPA 4OBZB 5AH9A 5P3LA 4I8ZA 2NTRA 4I0IA 5P5JA 3OTSA 4BFBA 2F80A 5ISKA 5P2DA 5P1SA 4OBDA 2QI5A 5P1AA 1DAZC 5P15A 3OUBA 2IRZA 4B70A 3QAAA 1SDUA 3S45A 5COPA 1FQ7A 2B8VA 1G35A 1ODWA 5P5UA 5P2GA 1D4YA 2RKGA 3PWRA 5KR8A 2Q55A 2BKSA 3L58A 4DJUA 4J55A 3OU4A 2PH8A 3I2LA 4GJCA 4GB2A 5P6PA 4COEA 4QJ9A 5P6MA 5P35A 5HTZA 5C9DA 5P6JA 3HZCA 3QI1A 1C6XA 4YCYA 3TKGA 5P1EA 3ZKIA 1D4LA 4Y5KA 4FM8A 2BB9A 2IQGA 5P77A 2XFJA 3LINA 4GJAA 2WEBA 5P7FA 2QCIA 3EL0A 3BRAA 3HVPA 2AVOA 3TOGA 2IKUA 3O9AA 4OBJA 3T7PA 4YOBA 2PWRA 1YT9A 1ZPAA 4YA8A 4Z50A 4EJ8A 5P7UA 1IZIA 2ZHSA 5P4NA 2NMYA 1ODYA 5P17A 3SPKA 5P6QA 2HC0A 1QDMA 3K5CA 5P0KA 5P2QA 4NJSA 3H0BA 1MT9A 1HEGE 2RKFA 4X2LA 3UQWA 4RGHA 1B6PA 2H6TA 5P4TA 3OXCA 4I0GA 3Q6YA 2APRA 3HD8A 5P7ZA 3PLDA 2G1RA 1XN2A 3EM6A 2R38A 9HVPA 3NWQA 5P79A 3OAGB 3ZLQA 4Y5NA 4Y48A 5DQ5A 3L3AA 3LPIA 4Y38A 3EL1A 5DQ2A 3EL4A 1W5XA 1K1TA 4EPJA 1AXAA 1IDBA 5P0DA 4ER4E 4TVHA 2IKOA 3NYGA 5P5HA 2PWCA 5HE5A 5P89A 2ZJHA 2RSPA 5OYZA 1SH9A 4Y45A 1AVFA 4Y5EA 4FIVA 3DUYA 3QPJA 3OOTA 2PK5A 3S8IA 5OZ8A 3QN8A 3CKTA 5P0LA 4HVPA 2WEAA 1TSUA 5ENKA 5OYRA 1SMRA 3LIYA 3PI5A 1GNMA 5P6LA 3ZPSA 3SABA 1FQXA 4EJDA 3LIZA 3KDDA 2FDEA 5OYYA 4Y50A 5OZ2A 3RTNA 4L1AA 2QAKA 3L5DA 4B72A 4GJ8A 4Y44A 2QI6A 4AZYA 3UDPA 5P51A 5OYUA 5P5IA 2IDWA 2ER6E 4QJ6A 4AMTA 2QNQA 2WF2A 5P7EA 2AOIA 3APPA 3EC0A 5P5EA 1MSMA 5P7VA 4LP9A 5P0TA 4Y3AA 5P4PA 4QGIA 5P8VA 1FB7A 2G26A 1B11A 2QP8A 3RU1A 2JJIA 4K4RA 3TOFA 4GIDA 5P5SA 3PMUA 2I4DA 4Y51A 4Y5BA 1GVUA 1LF2A 5HVPA 3I25A 2V0ZC 5P61A 2HB3A 5P34A 2G1OA 3NU5A 4JPEA 3PCZA 4B0QA 1LF4A 5P7WA 5P1OA 2JYSA 4NPTA 3O9DA 3OY4A 5OYTA 5P0ZA 2QI0A 4HDFA 3ECGA 3HDKA 1AM5A 5AGZA 2OF0A 3ER3E 3D1YA 3BHEA 3QVIA 3EM4A 4Y4WA 4X7IA 1MUIA 3NDXA 4L6BA 3N3IA 4I8WA 2OHNA 3TPPA 1HIVA 2WF4A 5P4VA 3OTYA 5P6OA 5JFPA 5P1XA 5P44A 5P49A 5OZRA 5P8SA 5OZBA 2ZDZA 1ZSFA 4Y3YA 4Y41A 5DR0A 5BRYA 4RCEA 5P1YA 3FNSA 3K4VA 1SDTA 5P18A 1M0BA 5P60A 4EP2A 4RVXA 3NU3A 5P66A 3U7SA 1B5FB 1LYAB 5P8MA 2BPWA 5P2AA 3K1WA 4OBFA 4WY1A 2HPEA 3ZL7A 4PPHA 2QZLA 2NNPA 4GZFA 3HLOA 5P7NA 6FIVA 5ER1E 5OZ0A 2OHMA 5OYQA 4R8YA 1RL8A 3R0WA 5P2IA 5P2LA 5P7YA 3S54A 4APRE 4Y4JA 5P2ZA 4Y5AA 4YDGA 2I4VA 8HVPA 4YCTA 5P5NA 4RYCA 4YHQA 5HDZA 3D91A 4QJ8A 1K6CA 1N49A 2HB2A 3DJKA 3K4VC 1ZSRA 1FQ4A 4B78A 3L59A 2QD8A 5P6FA 2R3WA 3PEPA 4R92A 4QLHA 5P29A 1HVRA 5IVTA 4Y3QA 5P1KA 2R9BA 5P0VA 5P4UA 3S56A 5P6RA 5JG1A 1EPOE 5DPZA 5DGUA 5P5XA 1B6LA 3PVKA 4Q1YA 2QK5A 5P40A 4B1CA 4XKXA 5IVRA 1FQ5A 3IXJA 3GI5A 5DQ4A 5P8OA 1NPWA 3S7LA 1E80E 1PSOE 4M8XA 1HXBA 4OBKA 1APUE 1K6TA 1HBVA 5P87A 1LYBB 1RQ9A 3OU3A 1GVVA 1HRNA 3ER5E 1EC1A 3R0YA 3CIBA 5OZKA 1C70A 2RMPA 1GNNA 4NKKA 5OZDA 1BV9A 1MTRA 1FEJC 1QBUA 2R5PA 5P2NA 1AJXA 1KZKA 3KFPA 2HPFA 3K5GA 3HAWA 7UPJA 1A9MA 1T6EX 4GJ6A 3GGXA 4PEPA 4R91A 5P6EA 4EXHA 5OZPA 3SA7A 4Y3EA 2Z4OA 4H3FA 3LZVA 1G0VA 3K5DA 4LBTA 2ZJMA 3QROA 3PBDA 1BXOA 4YD5A 5P6UA 2VKMA 3OXVA 1CMSA 4NJTA 4Y5MA 3INDA 3OGQA 3SA9A 2AVQA 3T3CA 3O9LA 2J9JA 4Y58A 3PRSA 4Y9WA 1HHPA 2I4QA 4FRKA 4Y56A 5OZQA 4A6BA 1B6JA 3ZKNA 5OZ7A 5P4LA 5P5CA 3BXSA 1YTJA 3O9CA 4K8SA 3OK9A 6UPJA 1YM2A 5CONA 5COKA 1MERA 2WEZA 5P27A 4NJUA 5P6TA 5OZCA 5P4WA 5P8EA 5I70A 5P0BA 5P4CA 5AHBA 5P12A 5P2EA 5IE1A 3HBOA 1OHRA 5P7IA 5P4OA 3OXXA 5DR7A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2VA6 A;  5P59 A;  1AJV A;  5P8J A;  2V00 A;  3D20 A;  1ZJ7 A;  5P0F A;  5P85 A;  4Y3T A;  5OZ9 A;  2G22 A;  5P7M A;  4DQE A;  5P4G A;  3Q3T A;  3RSX A;  5P0J A;  5P5W A;  5P2W A;  1K2C A;  2WED A;  1QRP E;  1F34 A;  5P1W A;  1IZE A;  4EWO A;  1RV7 A;  5JOD A;  5P7T A;  3PM4 A;  5P5K A;  1HTG A;  2BPY A;  4L1A B;  3TLH A;  3ZPT A;  3QBF A;  4U8W A;  4J5J A;  5P5Y A;  1HXW A;  3GI0 A;  5P00 A;  1NPA A;  1LYB A;  1PSA A;  1XDH A;  2G27 A;  2NPH A;  1HTE A;  4OC6 A;  3VG1 A;  2VA7 A;  4CPQ A;  4ZSP A;  3CIC A;  2WHH A;  3FNT A;  5P6I A;  3IVH A;  1MRX A;  1MTB A;  4HE9 A;  3INH A;  4CPS A;  1E5O E;  5P04 A;  4FLG A;  3PCW A;  4IVS A;  3PWM A;  5P3W A;  5P47 A;  2AZB A;  5I3X A;  5P7S A;  1ODX A;  1ER8 E;  3G6Z A;  5P6H A;  1UPJ A;  4LC7 A;  2AOD A;  5KOQ A;  4DFG A;  3NDW A;  1BIL A;  2WKZ A;  4ACU A;  5HDX A;  4F74 A;  2QI7 A;  4I0J A;  1HPS A;  3PWW A;  1TW7 A;  4F75 A;  4Q1W A;  3ZMG A;  3EKT A;  3T11 A;  4CMS A;  4DPI A;  4RVJ A;  2I4X A;  3SA5 A;  2UXZ A;  5KR0 A;  4EQJ A;  2V11 C;  4Y37 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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