5P5ZA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 260
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 82
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p5zA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p5zA01
3OUDB 2F3EA 3ZPUA 2PK5A 5P8FA 3KT2A 5P40A 5P8BA 1DMPA 2HIZA 3EL1A 5P3XA 5P02A 4Y3WA 5P5ZA 2NR6A 4TVHA 5P1JA 3QVIA 5P7SA 5KQXA 3IXOA 2OHMA 2ZJLA 1GNMA 4Y3SA 4H3GA 5P11A 2ZHVA 1HXBA 4FM8A 5OZ2A 3KM4A 1A9MA 1AVFA 2VKMA 2WF4A 4Z2ZA 4Y36A 3I6OA 3GW5A 1GVXA 2G24A 4K8SA 3UQXA 2JXRA 3BUHA 3EM6A 2G1OA 3CMSA 3IN4A 4Y5LA 1PPKE 1SIVA 5P03A 3WB4A 3URJA 4ACUA 1EC2A 1BILA 5DR7A 4LAPA 1BDLA 3R0WA 5P3MA 4DPFA 5P5NA 5P06A 4Y5NA 4Y51A 4LXAA 5P65A 1YM4A 5P3FA 4PPHA 5P63A 1HTFA 2XYEA 3QAAA 2ZHUA 2WF1A 5P7FA 4YD7A 5P6BA 5DQ5A 3R0YA 5P4EA 5P71A 2RKFA 5BRYA 2IQGA 5P4KA 2RMPA 5P05A 5P1RA 2HC0A 3KMXA 4DVFA 1AJXA 2ZJKA 4ER1E 5P56A 5P22A 4Y39A 5OZ3A 5AH7A 2Q11A 3BXSA 4LXKA 3S7LA 5P2KA 3H0BA 2AVMA 4ZPGA 3BHEA 4RVJA 4R92A 3SAAA 1GKTA 5OYQA 5P85A 2QHZA 4XX4A 5OYZA 5I3XA 5P0RA 3S43A 5P13A 5P6FA 2PQZA 3FNUA 4CPRA 1KJ4A 4Y50A 3PCWA 5P12A 4DJRA 2QAKA 4COEA 5I3VA 5BWYA 3SA8A 5P7PA 3DV5A 4OBJA 3EKWA 4J0TA 4I0GA 3TNEA 5P6YA 3KDBA 4QJ7A 1HVJA 1YG9A 2NTRA 1K6VA 4I0JA 5P83A 3FNTA 3RVIA 2PYNA 5OZBA 2A4FA 4JP9A 5ENKA 2QD8A 3PWMA 5DQ1A 4Y41A 1K1UA 5DR1A 4EJKA 3OU1B 3PSYA 1MSNA 3O9BA 3WB5A 4I11A 4R5NA 4PHVA 3UPJA 2I4WA 1MIQA 3OXCA 5P0YA 5P73A 4KE0A 3CIBA 1RQ9A 4CPQA 1TZSA 4Y3EA 5UPJA 3PRSA 5P75A 4DV9A 1BAIA 4Y3DA 3RTHA 1ODWA 4Y9WA 3I7EA 5P7CA 1MT7A 1TCWA 2FLEA 3QI1A 4GZFA 3IXKA 3Q6YA 3ZKMA 4CPSA 5OZXA 1IIQA 3QPJA 2AOCA 3APPA 5P0XA 1EBZA 1LYAA 4GMIA 5PEPA 4DJPA 2AODA 5P7IA 3HVGA 5P58A 4XKXA 5P5XA 2ANLA 5P4SA 5P8SA 5P82A 5P3VA 2IGYA 3UDMA 5P0LA 3JW2A 4H3JA 3NUOA 4H1EA 1DAZC 2JJIA 3HDKA 2QCIA 5ISKA 2I4DA 1K1TA 5P0PA 5P1DA 1WBKA 1XDHA 3ZKIA 4ZEAA 5P7HA 1T7KA 3EM3A 1BV9A 5P5BA 3VYFA 5P3IA 4R91A 3NU9A 4J1IA 2WEBA 3VFAA 5P7WA 2OAHA 3URLA 4F74A 2HM1A 5OZIA 5P1LA 3UCBA 5KR0A 5P4XA 3L5BA 1ZJ7A 4KUPA 2ZJIA 5P0VA 3TPLA 5P4AA 1QS8A 3O9DA 1IZDA 3D20A 4FL8A 5KR2A 3LZVA 2VIEA 3ZPTA 2OHKA 5P26A 5P8DA 3WSJA 4D8CA 4R93A 3IVHA 5P5EA 1FG6C 1FQ6A 2QP8A 4Y54A 4GJ9A 4IVTA 5P3WA 4ER4E 4QJ9A 3EKTA 2XFJA 5P1CA 1K2BA 5OZDA 1G6LA 5P8UA 5P2AA 3PB5A 3UHLA 1HVHA 4MC6A 2ER7E 5E5JA 3QN8A 3EKPA 4YOBA 1HXWA 4D85A 1E80E 5OZVA 3CICA 2FDDA 3QS1A 2HS2A 5HE4A 1BDQA 3IVIA 1MERA 5HE7A 5P8MA 2JYSA 4B72A 4IVSA 2G69A 4DH6A 3UDJA 1FQ5A 3O9CA 5HD0A 3EM4A 1HEGE 2OHPA 3OXVA 5KQFA 5P3KA 5P1YA 1XN2A 5P6LA 5OZJA 5P2YA 2BB9A 2IL2A 4J55A 2PMAA 5P5RA 5P1NA 4YA8A 1BXOA 3TPRA 5P84A 2BJUA 5P8TA 2AOEA 3BXRA 5HDZA 3NWQA 4B77A 4Y37A 4J1FA 5OZSA 4BEKA 3TKGA 5P33A 1IZHA 4Y4XA 1DP5A 1HVCA 4M8XA 2J9JA 2QI4A 5P4YA 3PCZA 3O9EA 3BVBA 5P7MA 5OZ6A 3O9AA 5DR3A 3UF3A 5CONA 5P1VA 1TCXA 5P66A 4EYRA 5P0CA 1XN3A 1FEJC 5P38A 1SDTA 1META 3Q4BA 5P60A 2WL0A 5OZ4A 5P2IA 4L6BA 5OYSA 3L59A 5P78A 3KF0A 5P08A 2XYFA 1FFFC 1DW6C 3NDUA 5P51A 5IS4A 2F3KA 2O4NA 1EPQE 3PHVA 4U7QA 5HTZA 4LBTA 5P87A 5P1FA 1B6JA 2WEZA 4I0HA 4Y5CA 4Y3FA 1HPVA 1GNOA 4WY6A 3ST5A 3GI6A 4Y3LA 1MVPA 1OEXA 3MSJA 4RCDA 2AOGA 2ZJJA 5OZEA 4Y3ZA 5P0ZA 5P8EA 1OHRA 5P8KA 5P88A 1HSGA 1ZPKA 1PSOE 1A94A 3R2FA 2OHUA 5P0JA 1Z1HA 5P5SA 1YTGA 3CKRA 3FKTA 4M8YA 1T7IA 4RYCA 3O9IA 5OYRA 4FCOA 2RENA 5P6OA 1GNNA 5P8AA 5SY3A 4HDPA 1EPME 4HDBA 1HVLA 3OGQA 2BQVA 4GB2A 2OHQA 4EQ0A 1A30A 3KDDA 4YOAA 5P5WA 4NJTA 2BPWA 4I0ZA 4YBFA 5P0UA 4Y44A 3VFBA 1QDMA 2ER0E 2O4KA 5AHAA 5HDVA 4MC9A 3ER3E 5P1EA 1NPWA 4EJLA 3OWNA 5COKA 3OHHA 1D4LA 5P4HA 1BWAA 4OBZA 5P7YA 3U71A 2XFKA 4HVPA 5P8NA 5P6AA 1M4HA 3VF3A 3EBZA 1SGZA 5HCTA 5P4JA 1C6ZA 4Q1XA 5OZ0A 1LYWA 5P0FA 1ENTE 2NXMA 3K5CA 1RNEA 4Y3XA 3RU1A 1YTIA 2AVVA 5P7GA 1D4IA 2AZCA 5P24A 2HS1A 5P3YA 3O9FA 4QJ6A 1FGCC 3S43B 5P6JA 2I4UA 2O4SA 4AA9A 3GGXA 5KR8A 4AZYA 1RL8A 4I1CA 5P8HA 3TOFA 4DUSA 5BS4A 1F34A 3LZUA 5OZ1A 1CPIA 4GJ7A 5P53A 4CKUA 1JLDA 2Q5KA 2B42A 5P72A 5P7XA 3UQPA 1MUIA 4EQJA 4AUCA 4AMTA 3KFRA 4ZSQA 1BIMA 1EC1A 5P4BA 4GYEA 1QBRA 5P4IA 1W6HA 1FMUA 1LF4A 3H5BA 4U7VA 3BC4A 4J0YA 3QROA 4L1AA 5OZ8A 3KA2A 4Y4EA 1BV7A 5P14A 5P1QA 3NU3A 5OZCA 3T3CA 3UFLA 3TOHA 3K5GA 5P50A 5P5AA 5P7TA 3UQWA 1D4HA 2QNPA 4K4RA 4Y4TA 3K1WA 5P6KA 4CP7A 4FRIA 4ZLSA 5P37A 3LIYA 3INEA 3LHGA 1GVWA 5P2LA 5P52A 5P1IA 2BKTA 3IAWA 5P7JA 3UDPA 3BVAA 3T7QA 4FGXA 3HVPA 1B11A 5P34A 4D88A 2O4LA 2QI7A 2UY0A 4OC6A 4I0EA 1LYAB 5P2BA 3Q5HA 3EKXA 3QRMA 5P0SA 5P23A 5P6XA 5P48A 1MTRA 4Y4AA 3OQ7A 4Y3HA 3FIVA 4DQCA 1HPSA 1G0VA 3NUJA 5APRE 3IGBA 4MC1A 5P0BA 5P67A 1HPXA 2MIPA 3VYEA 2I0AA 3HLOA 1FIVA 3S85A 3BRAA 1EPOE 5P1PA 5P4FA 4DQFA 3PEPA 2B8LA 1FB7A 5P4PA 5P5QA 1T7JA 1QBUA 4ER2E 1HTGA 1KJGA 5C9BA 2QU3A 1MRWA 1XL5A 2WJOA 2VIZA 5P5IA 1YM2A 1XS7D 3D1XA 5P3QA 4YCKA 4DJOA 5C9DA 5P8JA 2ZJHA 1PPME 3GI4A 4FRKA 3TOGA 1EBWA 3QRVA 4I10A 4CPXA 5P6CA 4Y5AA 3WZ6A 4FSEA 4J17A 4RLDA 1XE6A 5P36A 1TSUA 2AOJA 5OZMA 2V13A 5P8CA 2WF3A 4PZWA 5P70A 1K6CA 5P5MA 3LIVA 3OU4A 2UXZA 5P2RA 4WY1A 3TKWA 3D3TA 4A6BA 5P4DA 1HTEA 4Y35A 4YBIA 5P5GA 2R5QA 1M0BA 2F80A 5COPA 5JFUA 5P2XA 2G27A 3L5FA 5P09A 5P1WA 5P47A 3S53A 2QHCA 4BFDA 1HVKA 4JECA 4Y5MA 4DJUA 5P6UA 4AA8A 2PK6A 3EKVA 4Y4DA 3O9GA 4NKKA 5P0OA 5J25A 3G70A 6FIVA 4APEA 2P83A 2VA7A 2NNPA 4Y4GA 2ZHSA 4FLGA 3QIHA 5P3UA 1FFIC 3M9FA 3APRE 2B7ZA 8HVPA 4CPWA 5P16A 3KYRA 4Y5PA 4ZSMA 5IVSA 3VCMA 1N49A 5P8RA 5OZKA 2FIVA 2AOIA 5P3SA 2G1RA 3I2LA 1DIFA 5I3YA 4YHQA 4NJSA 3KFSA 2QD6A 3INHA 4Y3RA 2F81A 4TRYA 4LC7A 1SMEA 4YE3A 2VA5A 1FQ8A 2FS4A 2QZKA 5P6PA 3EC0A 4Y3YA 1K6PA 1HVIA 3SKFA 5P32A 1IVPA 4JPCA 2QMPA 2J9JB 2PH8A 2HB3A 1LF3A 2HPFA 5P64A 2PH6A 2B8VA 1HSIA 2A1EA 4NJVA 4LL3A 5P77A 4HE9A 5P2CA 1NPVA 3SO9A 2ZGAA 4A4QA 1FF0C 5AGZA 4Z22A 3OQFA 4DI2A 4EP2A 2WEAA 1TQFA 5P35A 3OK9A 1E5OE 3MSKA 2V12C 3NWXA 3TLHA 1BXQA 2PSGA 3KMYA 4J54A 4Y4WA 3JVWA 5P68A 3K4VC 3VEUA 1KZKA 1CMSA 1QBSA 4HLAA 5P29A 4Y3PA 1LYBA 1B5FA 3QP0A 3SPKA 4Z4XA 3S45A 2ZJNA 6UPJA 3PWWA 1HRNA 3OADA 5P20A 5P3LA 1FMBA 4OBHA 5P41A 3SM2A 3UQUA 3NYGA 3PMUA 1T6EX 2VIJA 1D4SA 5P62A 4GJ6A 4CPTA 2QHYA 2QZWA 1CZIE 1C6XA 5OZ5A 5DQCA 5P4UA 3EXOA 3HZCA 2FGVA 5HDXA 5P39A 3UDRA 1LS5A 3LIXA 3PLDA 4YDGA 2AOFA 4R95A 3T11A 5P7OA 1YTJA 4Q5MA 3MWSA 3N4LA 3URIA 1HEFE 4N00A 5P6WA 1C70A 5P25A 4DQEA 4I0IA 3VF5A 3UDKA 2QI1A 2BPYA 1ZBGA 4J1CA 2QMDA 2Q54A 4QJ2A 1D4KA 3HBOA 1AAQA 2P3AA 3N3IA 5P00A 5P45A 5AH8A 1HIVA 1DPJA 4DPIA 2ASIA 3GGVA 1FMXA 1WKRA 3I8WA 4OBZB 5P2QA 1E82E 4EXHA 3EKYA 5P54A 4GJ5A 5P79A 3QBHA 3D1YA 2R43A 1ZSRA 2NPHA 4NPTA 2G21A 5P1XA 3ZPSA 4J0PA 5SXNA 3MSLA 4GJAA 4Y45A 1HBVA 1LYWB 2F3FA 3VSXA 2ZHTA 5DR0A 5P3OA 5P44A 1HIHA 1B6PA 5OZWA 5P4QA 4GJCA 4YD6A 4EXGA 1SBGA 1GVUA 5P1ZA 1EBKC 5JODA 4MC2A 5B18A 3UFNA 1ODXA 5P59A 4I8WA 3DJKA 4EHCA 2ER9E 2PWCA 3IN3A 4Y5EA 4Y3MA 5P2DA 2CENA 2R5PA 3PI0A 5EZZA 5KOQA 5P1SA 2HPEA 5P2OA 3WZ8A 5OZFA 2IGXA 4B00A 2CEJA 1QRPE 5P2HA 5SZ9A 2G94A 2V10C 5P7VA 1LEEA 2HB2A 5OZOA 3LNKA 3DCRA 4CMSA 1PSAA 2PC0A 2I1AA 2ZE1A 5P3GA 2R9BA 5P5PA 5P5LA 3PBZA 1IVQA 5P49A 4DJXA 4OD9A 5P0KA 5P8OA 2FXDA 4X7IA 1YTHA 4L1AB 3OTSA 2NMYA 5OYUA 3KFPA 4Q1YA 4H3IA 3SQFA 5DR4A 4RVXA 2AZ9A 2BPVA 5P42A 1UH9A 2OHLA 4EPJA 5OZZA 2BPXA 3SABA 2AVSA 4LP9A 3SA7A 4RROA 3S56A 2Q64A 4XX3A 5P5TA 1W5VA 2Q15A 4XXSA 5OZRA 1AIDA 3T7PA 4HZTA 5COOA 5C9FA 1D4JA 3O9LA 4Y38A 1PFZA 3CYXA 4L7HA 3VSWA 3B80A 4OC6B 2H6TA 3EMYA 3KN0A 1BBSA 4FAEA 3KT5A 3HAUA 4OBKA 2IRZA 5OZUA 4YD4A 5P2VA 1E81E 3HAWA 1HWRA 5P0HA 3LIQA 3LIZA 5HU0A 2VS2A 5DPZA 5CLMA 5P17A 4YCYA 2WHHA 5P1UA 3S8IA 4FAFA 4BELA 3SM1A 3HD8A 2P3BA 1HTRB 3NXEA 2QNNA 5P7NA 3TH9A 3SA4A 3BUGA 2O40A 5HCOA 3OUBA 3TPPA 2AZBA 1SDVA 3OGPA 2R38A 3B7VA 5P0TA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3OUD B;  2F3E A;  3ZPU A;  2PK5 A;  5P8F A;  3KT2 A;  5P40 A;  5P8B A;  1DMP A;  2HIZ A;  3EL1 A;  5P3X A;  5P02 A;  4Y3W A;  5P5Z A;  2NR6 A;  4TVH A;  5P1J A;  3QVI A;  5P7S A;  5KQX A;  3IXO A;  2OHM A;  2ZJL A;  1GNM A;  4Y3S A;  4H3G A;  5P11 A;  2ZHV A;  1HXB A;  4FM8 A;  5OZ2 A;  3KM4 A;  1A9M A;  1AVF A;  2VKM A;  2WF4 A;  4Z2Z A;  4Y36 A;  3I6O A;  3GW5 A;  1GVX A;  2G24 A;  4K8S A;  3UQX A;  2JXR A;  3BUH A;  3EM6 A;  2G1O A;  3CMS A;  3IN4 A;  4Y5L A;  1PPK E;  1SIV A;  5P03 A;  3WB4 A;  3URJ A;  4ACU A;  1EC2 A;  1BIL A;  5DR7 A;  4LAP A;  1BDL A;  3R0W A;  5P3M A;  4DPF A;  5P5N A;  5P06 A;  4Y5N A;  4Y51 A;  4LXA A;  5P65 A;  1YM4 A;  5P3F A;  4PPH A;  5P63 A;  1HTF A;  2XYE A;  3QAA A;  2ZHU A;  2WF1 A;  5P7F A;  4YD7 A;  5P6B A;  5DQ5 A;  3R0Y A;  5P4E A;  5P71 A;  2RKF A;  5BRY A;  2IQG A;  5P4K A;  2RMP A;  5P05 A;  5P1R A;  2HC0 A;  3KMX A;  4DVF A;  1AJX A;  2ZJK A;  4ER1 E;  5P56 A;  5P22 A;  4Y39 A;  5OZ3 A;  5AH7 A;  2Q11 A;  3BXS A;  4LXK A;  3S7L A;  5P2K A;  3H0B A;  2AVM A;  4ZPG A;  3BHE A;  4RVJ A;  4R92 A;  3SAA A;  1GKT A;  5OYQ A;  5P85 A;  2QHZ A;  4XX4 A;  5OYZ A;  5I3X A;  5P0R A;  3S43 A;  5P13 A;  5P6F A;  2PQZ A;  3FNU A;  4CPR A;  1KJ4 A;  4Y50 A;  3PCW A;  5P12 A;  4DJR A;  2QAK A;  4COE A;  5I3V A;  5BWY A;  3SA8 A;  5P7P A;  3DV5 A;  4OBJ A;  3EKW A;  4J0T A;  4I0G A;  3TNE A;  5P6Y A;  3KDB A;  4QJ7 A;  1HVJ A;  1YG9 A;  2NTR A;  1K6V A;  4I0J A;  5P83 A;  3FNT A;  3RVI A;  2PYN A;  5OZB A;  2A4F A;  4JP9 A;  5ENK A;  2QD8 A;  3PWM A;  5DQ1 A;  4Y41 A;  1K1U A;  5DR1 A;  4EJK A;  3OU1 B;  3PSY A;  1MSN A;  3O9B A;  3WB5 A;  4I11 A;  4R5N A;  4PHV A;  3UPJ A;  2I4W A;  1MIQ A;  3OXC A;  5P0Y A;  5P73 A;  4KE0 A;  3CIB A;  1RQ9 A;  4CPQ A;  1TZS A;  4Y3E A;  5UPJ A;  3PRS A;  5P75 A;  4DV9 A;  1BAI A;  4Y3D A;  3RTH A;  1ODW A;  4Y9W A;  3I7E A;  5P7C A;  1MT7 A;  1TCW A;  2FLE A;  3QI1 A;  4GZF A;  3IXK A;  3Q6Y A;  3ZKM A;  4CPS A;  5OZX A;  1IIQ A;  3QPJ A;  2AOC A;  3APP A;  5P0X A;  1EBZ A;  1LYA A;  4GMI A;  5PEP A;  4DJP A;  2AOD A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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