1A8GA

Hiv-1 protease in complex with sdz283-910
Total Genus 15
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
15
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title X-ray structure and conformational dynamics of the HIV-1 protease in complex with the inhibitor SDZ283-910: agreement of time-resolved spectroscopy and molecular dynamics simulations.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 15
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1998-03-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1a8gA00
3O9BA 1WBMA 2Q11A 2PK5A 5P2NA 5DQ5A 2AZCA 5P4QA 1FG6C 4R8YA 4Y3JA 5OZ0A 5P4FA 4B00A 4FM6A 4Y4XA 3UTLA 5P0TA 2QZKA 2F8GA 4H1EA 4ZLSA 1MTBA 2PYNA 4PYVA 2V11C 3GI5A 4LHHA 5ENKA 2AZ8A 5OZAA 2FNSA 3I8WA 2BPYA 3ZKGA 3PLDA 1HVIA 4N00A 2AOIA 2QHZA 5P8NA 5P7HA 1OEXA 2Z54A 4Z2ZA 4LC7A 1PFZA 1CMSA 2G94A 5P5LA 1E82E 2HC0A 4OBZB 6UPJA 5E5JA 5P1GA 2HPEA 5P8CA 5P4DA 2B7ZA 3IA9A 5P46A 3VSWA 4JECA 4LP9A 1SMEA 3VV7A 5P66A 1HSHA 5P5TA 4DJWA 2R43A 3KA2A 5P5BA 5HU0A 1ENTE 1ODYA 5P2XA 3O9GA 3UQWA 4EJ8A 3CYXA 3FSMA 5P0CA 5P8DA 3MXDA 1OEWA 1GNNA 4DQBA 5J25A 3GGAA 3HVPA 1B5FA 5P54A 4GB2A 4RCEA 4CKUA 4ER2E 3MSLA 2V0ZC 1EPQE 5E5KA 5P6EA 3ZKXA 3NU6A 4Y5NA 3SQFA 2AOEA 5HDXA 2RMPA 5P50A 5P3LA 4DV9A 4Y58A 3OUCA 2AQUA 5P5CA 4K8SA 2ZGAA 2JXRA 3VLAA 1HRNA 5I3VA 3CIBA 3LIXA 4I0JA 2UPJA 4CPRA 3EL4A 5P2WA 5P39A 3GGVA 2B60A 4CPTA 3UCBA 5P0DA 2QNNA 1BV7A 4TRWA 5P8OA 5P4MA 5P4XA 5P4UA 1Q9PA 2FDPA 3TOHA 1HVJA 1KJFA 4NKKA 4CP7A 4J1HA 3U6AA 2ZHSA 3T7PA 1BIMA 1RL8A 3S54A 2PH8A 1HWRA 3TKGA 2F3FA 4RVJA 1EBWA 1LV1A 5OZRA 5P2TA 5P80A 1YTGA 5P60A 2O4LA 1LYWB 2IS0A 5P0BA 1A9MA 1IZEA 5OZYA 4EPJA 5P1DA 1YTJA 4HEGA 1D4IA 3UHLA 4TVGA 5IVSA 2AOHA 3L5FA 3UDYA 5P5SA 4BFDA 3BRAA 2PSUA 4EYRA 1KZKA 5P12A 5OYYA 2FLEA 3S43A 3PBDA 1MRXA 5P24A 2WF0A 6FIVA 5P72A 3R1GB 2P8HA 1SIPA 3HLOA 4MC1A 4Y3TA 3R0YA 1T7IA 3LHGA 5P6NA 2QI0A 3OHFA 5P1LA 2Q55A 5P5OA 4OD9A 2QCIA 2HB2A 5P4RA 4LL3A 5P4NA 3TOGA 1YM4A 3OXVA 1DAZC 5P6PA 1HPXA 2P3DA 3VCMA 5EZXA 1FB7A 4R5NA 1ME6A 2R5PA 5P0UA 2BKSA 3EXOA 5SXNA 3L5BA 2NMZA 5P5GA 4Q5MA 2G24A 3URLA 5P7MA 5P2YA 1IVQA 2JYSA 5P03A 4K4RA 5P2JA 5UPJA 2WJOA 3Q4BA 1UH7A 1BAIA 4Y3WA 4DJYA 3D91A 5P6OA 4GIDA 2G22A 5P56A 3Q5HA 1Z8CA 3RTMA 3VF7A 4Y5PA 4FLGA 3ZKIA 4Y57A 3PSUA 5JODA 2P3BB 3QBFA 1C70A 3OU1B 2VS2A 4Y5KA 3EMYA 2FNTA 5P7EA 4RZ1A 1LF3A 2Q64A 4Y3XA 2IQGA 1MSMA 3TPPA 1APUE 4FSLA 2QI6A 4QGIA 5P6ZA 2XFJA 4D89A 2QI1A 4Y5GA 5P36A 1ZSRA 2SAMA 3U7SA 1YM2A 3K4VA 4Y50A 4YCKA 2G1SA 4HVPA 1ZJ7A 1BBSA 3K5CA 4DJRA 2OHNA 5P6SA 4EHCA 5P5WA 3OU4A 5P4EA 4Y3SA 5P3EA 5P8AA 5P0AA 3EKXA 1SP5A 4Y48A 5P07A 5OZEA 4ER1E 5OZ9A 1Z1HA 3AIDA 1HTRB 5HD0A 4BELA 4RVXA 4B72A 2QMDA 1BILA 2VIEA 4RCDA 2G69A 5P6BA 4DH6A 5P5HA 1EBYA 3LIZA 2QK5A 1HEFE 5P2HA 2QHCA 2ZJHA 3EKWA 5OZ7A 5P8BA 3OOZA 4Y36A 4OBDA 5P1NA 2PH6A 1OD1A 5OZPA 1K6CA 4XXSA 5I3WA 4Y5MA 5KOQA 3UDJA 4FRJA 4QJ8A 5DQCA 3A2OA 5P35A 5P74A 2AOGA 2JE4A 5F01A 5P71A 5P5KA 5DR0A 3SA8A 4Y3PA 2CENA 2I0DA 3MSJA 5P01A 3VSXA 2WKZA 4CMSA 2QI3A 4DUSA 5P1JA 4YD3A 1SMRA 1HEGE 5P6QA 3UFNA 5P6UA 3WZ8A 3VFBA 2MIPA 3LZSA 5P05A 4BEKA 3F9QA 5KQZA 5P23A 2PSVA 1D4JA 5P13A 3CMSA 2OHMA 4OBJA 4AZYA 4KE0A 2XFKA 2I1AA 4EQJA 3G70A 4GJAA 2Z4OA 5P4VA 3TL9A 4B70A 5P73A 1FFIC 5P4OA 4AA8A 4D85A 1GVTA 4Y4DA 4MC9A 4H3FA 3HAWA 1MT9A 3HD8A 5OZVA 3UDQA 1RV7A 4ER4E 3ER3E 4YDGA 4GZFA 4IVSA 4LBTA 4WY1A 5P84A 1MEUA 2J9KA 3PWMA 5OZWA 1K6VA 3OAGA 5P3RA 4LXKA 1G0VA 3QPJA 3VV6A 1QBUA 1FQ4A 2WF1A 5P82A 5P19A 1AJVA 5P65A 1ZLFA 1BXOA 2VJ7A 4Y4EA 5P6RA 3N3IA 4YBIA 3T3CA 1GVUA 5DR7A 1MIQA 3GW5A 3VLBA 4B1DA 1BWAA 2RSPA 3PGIA 3OOTA 4NJSA 2ZHUA 3GI0A 3SM2A 3OWNA 4NPTA 2BJUA 3CKTA 1LYBA 5P3YA 2I4WA 4YD5A 3G72A 1FQ5A 4ZEAA 1W50A 3PSYA 4I0FA 1FIVA 2Q5KA 3N4LA 3TPJA 5P6CA 1C6ZA 3L38A 5P8FA 3PJ6A 5OYZA 5P76A 3CYWA 3LPJA 4GJCA 3TPRA 4ACUA 4EXHA 4I10A 1UH9A 3EC0A 2QD6A 2G1RA 3LITA 5P2DA 3KDBA 3KMXA 3S45A 3QIHA 4DJOA 1C6YA 3EBZA 4I0GA 2VIYA 4I0DA 2AVOA 5P1XA 1AM5A 4HA5A 3SPKA 5IE1A 5DGWA 4HDPA 5P8VA 2J9JB 3R4BA 4DVFA 1BDRA 3BGCA 5P55A 1K1TA 2QD7A 5P86A 3SABA 3EKPA 3UDPA 4J55A 4Y3NA 1HIVA 5SZ9A 4Y4BA 2OHPA 5APRE 5P3IA 5AH9A 2V10C 4Y56A 4EP2A 3K4VC 1BVEA 4UPJA 3MSKA 5P5JA 5P7OA 1EAGA 2IGXA 4TVHA 1QS8A 2BPZA 2ER9E 1TCWA 1AZ5A 4KUPA 5P0OA 1B6PA 3Q70A 4FS4A 2QZLA 4Q1YA 5HDUA 1EBKC 2ZJNA 3OQFA 2FDDA 5P5MA 1HVSA 3B7VA 3JVYA 5P89A 4Y3FA 1FMXA 4A6CA 2VKMA 3IN3A 5DR8A 3OY4A 5IVQA 5P5EA 4Y5EA 2QI4A 4Y53A 1T3RA 3EM4A 3L5CA 1VIJA 1NPAA 5P85A 2PYMA 3UQXA 4QJ6A 3GGXA 4HE9A 5COPA 3L5DA 5P8HA 3O99A 5OZ8A 3BVAA 2BB9A 3OUDA 5I3YA 3I25A 3QN8A 5OZUA 5P27A 5P0MA 4FAEA 2QNPA 4I0ZA 4D8CA 4DPFA 2QI5A 3FNTA 1MT8A 5OZ3A 1N49A 5HDVA 2O4PA 2QD8A 5ER2E 1HVLA 5P1QA 2OHKA 1K2CA 4GJBA 2WECA 5P2EA 4U8WA 4XX3A 2F3EA 2ZHRA 5P8GA 3ZL7A 2HPFA 1DW6C 4YDFA 4DQHA 1ZPKA 3NXEA 2BBBA 4K4PA 5CONA 3K5GA 3APRE 5DQ4A 4KE1A 2B8VA 1AIDA 3JVWA 4I8ZA 3NWXA 3TH9A 2PMAA 5P17A 3PSGA 4I0IA 2BQVA 1APVE 5P7NA 1IBQA 3TKWA 2B42A 3TNEA 1HIHA 3FKTA 5AHAA 5P52A 5OYWA 4L1AA 4WY6A 2AOFA 4U7VA 2AVMA 2OHLA 1HOSA 4YBFA 5P0XA 4QJ7A 3TLHA 5ISJA 3BC4A 5P2SA 4PZWA 1MT7A 4H3GA 5OZ2A 1LZQA 4RYGA 4YD6A 4OC6B 2AVVA 3OU3A 2QMGA 5P8KA 5FIVA 3RVIA 2P83A 3INFA 3KF0A 1E80E 3FNSA 5P3SA 2WHHA 4Y9WA 2JJJA 4X7IA 4Y6MA 2ZE1A 1FEJC 1QRPE 3VFAA 5P38A 1AVFA 2WL0A 3VF3A 4AA9A 2V00A 2FXDA 4XKXA 3UQRA 5PEPA 4J1IA 3L59A 1D4YA 4B05A 3O9LA 5HCOA 5CLMA 1TCXA 4DJQA 3QVCA 2NR6A 5P8TA 3K5DA 4J0YA 1W51A 5P6TA 1XN2A 3OUDB 1HHPA 5P6VA 2AZBA 3SKFA 4FL8A 4Y5BA 2WF4A 5AH8A 5P1PA 5I3XA 4NJTA 5AH6A 3QAAA 5P2VA 5KR1A 1BDQA 4J1KA 3RU1A 5P0GA 5P37A 5P6KA 3L5EA 3LPKA 3PBZA 2PSGA 4ZSPA 3D1ZA 5P2LA 5P69A 4Y4ZA 5P8SA 5P42A 1KJGA 3EL0A 1TQFA 3NDUA 3URIA 4MC2A 3EKVA 5HE4A 5P4WA 2G21A 8HVPA 2P4JA 5KQXA 1MESA 3NU9A 3OXWA 2IKOA 5P4PA 3KT2A 2F80A 1QBTA 1M4HA 1B5FB 5P2MA 4PZXA 1BWBA 2B7FA 5P7BA 4DI2A 3ER5E 5HE5A 2QAKA 4QLHA 5P1HA 5P1CA 4I0HA 4DFGA 2B8LA 4J1CA 4FSEA 2AIDA 1YT9A 3NU3A 2ASIA 4J0PA 3GI4A 3NDWA 5HTZA 1ZPAA 4YA8A 4B1CA 4R92A 2NXLA 5P8EA 2HB4A 2IEOA 5P3PA 5P4TA 5P20A 3OXCA 4DJVA 4ZE6A 5P16A 5P2KA 5ENMA 5P4IA 1KJHA 5P44A 4Z4XA 1HVKA 1HBVA 5P8UA 3C9XA 1A8GA 2OHTA 5P79A 4DQFA 5P0SA 4FIVA 4Y43A 4YOAA 5P3VA 1ZBGA 5P64A 4CPUA 2FXEA 1XL5A 3BVBA 5P1KA 4EXGA 2G1OA 1XS7D 2EWYA 5P48A 1HSGA 5OZQA 5P75A 4JPCA 2G26A 1ZAPA 5P15A 1E5OE 3NU4A 2IL2A 1LYAA 4TRYA 5JFUA 5P3ZA 2G1YA 2WF3A 1DP5A 1D4SA 3S53A 3PVKA 4J0VA 1YG9A 3PB5A 2CEJA 4Y3YA 3NSHA 5P40A 5P7AA 1KJ4A 1F7AA 4COEA 4F75A 4ZSRA 5P7ZA 5P6XA 1G2KA 1MTRA 3B80A 3S43B 5P63A 5P8LA 4E43A 2XFIA 3UDRA 4GJ9A 4RRSA 2NMYA 4Y3LA 5P5DA 5P6GA 3SAAA 3EKYA 4Y37A 2QZXA 2FS4A 4F73A 4OD9B 3KDDA 1FQXA 1ODWA 4FE6A 5P6MA 3RSVA 4Y4TA 5P0IA 5P2CA 3EKTA 5P83A 2VJ6A 5P0NA 2PWCA 1EEDP 5P09A 1A30A 5P0VA 5COKA 4Y54A 5OZHA 4LXAA 5P18A 1NSOA 5KQFA 3KFNA 4EP3A 3UDMA 3LIQA 1PSNA 3RTHA 1G6LA 5P0RA 4I8WA 1IVPA 2QMFA 5P3UA 2BPXA 5P4AA 1IIQA 2QI7A 4DJUA 5P6FA 5P3FA 3RTNA 2RKFA 3KFPA 2VA6A 3S2OA 1DPJA 5DR4A 4U7QA 5P2RA 5AHCA 3NWQA 4J1EA 3NR6A 4DQCA 2ZJKA 5P3QA 3MXEA 3UDHA 3R2FA 4Y3GA 5P7VA 3ZPSA 4K4QA 5HU1A 4Y41A 5P62A 2I4VA 1CZIE 4A4QA 2IENA 5P41A 3LZVA 5P7IA 1HTFA 3IVIA 5P3TA 4YHQA 1W5YA 1M43A 1SGUA 1M0BA 2NTRA 5P57A 3OQ7A 3ST5A 5ISKA 3FX5A 3PWRA 5DR1A 4HLAA 1QBRA 2G27A 3QRSA 5P2QA 2ER7E 4J1FA 2FGUA 2WEBA 1XDHA 3HDKA 3K1WA 4RLDA 1MSNA 4FAFA 1MERA 5P4HA 5BRYA 4Y39A 3OADA 3OU4B 5P8PA 5P8RA 3LPIA 4FRKA 5OZGA 1K1UA 5P0QA 5P1OA 2QU2A 5P1ZA 5P6JA 2WEZA 4L7GA 3SACA 5HVPA 2QZWA 2ZDZA 3PI0A 4FRIA 4B1EA 4GJ6A 3TOFA 1GVXA 5P10A 5P6YA 5COOA 3NDTA 3IGBA 5P88A 2H6SA 5P02A 2VJ9A 5KQYA 4LXMA 4K9HA 5P6IA 2H6TA 1NPVA 5P3DA 5OZ5A 1DMPA 2Q3KA 3FIVA 1T7JA 1RNEA 1SDUA 4RCFA 1EC2A 3NDXA 5P7LA 5OZJA 5OZFA 5P5ZA 5P7XA 4CPWA 1EC1A 2IDWA 3SA6A 1EPNE 4ACXA 5P81A 3IVHA 5P0FA 5P0ZA 5P2FA 4Y4GA 4BFBA 1FG8C 2QNQA 1IZIA 3VYFA 3S7MA 3UPJA 1LF4A 4APEA 3ZKNA 5P5XA 4RVIA 3SO9A 1HXWA 2R3WA 1XE5A 3NU5A 3UF3A 1HIIA 2NNKA 2V16C 1EC3A 3D1YA 5P7FA 4DJPA 1FQ6A 1RPIA 4Y5AA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3O9B A;  1WBM A;  2Q11 A;  2PK5 A;  5P2N A;  5DQ5 A;  2AZC A;  5P4Q A;  1FG6 C;  4R8Y A;  4Y3J A;  5OZ0 A;  5P4F A;  4B00 A;  4FM6 A;  4Y4X A;  3UTL A;  5P0T A;  2QZK A;  2F8G A;  4H1E A;  4ZLS A;  1MTB A;  2PYN A;  4PYV A;  2V11 C;  3GI5 A;  4LHH A;  5ENK A;  2AZ8 A;  5OZA A;  2FNS A;  3I8W A;  2BPY A;  3ZKG A;  3PLD A;  1HVI A;  4N00 A;  2AOI A;  2QHZ A;  5P8N A;  5P7H A;  1OEX A;  2Z54 A;  4Z2Z A;  4LC7 A;  1PFZ A;  1CMS A;  2G94 A;  5P5L A;  1E82 E;  2HC0 A;  4OBZ B;  6UPJ A;  5E5J A;  5P1G A;  2HPE A;  5P8C A;  5P4D A;  2B7Z A;  3IA9 A;  5P46 A;  3VSW A;  4JEC A;  4LP9 A;  1SME A;  3VV7 A;  5P66 A;  1HSH A;  5P5T A;  4DJW A;  2R43 A;  3KA2 A;  5P5B A;  5HU0 A;  1ENT E;  1ODY A;  5P2X A;  3O9G A;  3UQW A;  4EJ8 A;  3CYX A;  3FSM A;  5P0C A;  5P8D A;  3MXD A;  1OEW A;  1GNN A;  4DQB A;  5J25 A;  3GGA A;  3HVP A;  1B5F A;  5P54 A;  4GB2 A;  4RCE A;  4CKU A;  4ER2 E;  3MSL A;  2V0Z C;  1EPQ E;  5E5K A;  5P6E A;  3ZKX A;  3NU6 A;  4Y5N A;  3SQF A;  2AOE A;  5HDX A;  2RMP A;  5P50 A;  5P3L A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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