1A9MA

G48h mutant of hiv-1 protease in complex with a peptidic inhibitor u-89360e
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIHGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure of a G48H mutant of HIV-1 protease explains how glycine-48 replacements produce mutants resistant to inhibitor drugs.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
molecule tags Aspartyl protease
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1998-04-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1a9mA00
5P50A 4FAEA 5P0CA 5P0YA 5P12A 5P63A 4YCTA 5P3QA 2NNKA 1META 1BWBA 5P8DA 3U71A 1FQ5A 2QZXA 1FQ7A 5P6SA 4RRSA 3LIYA 2AZ8A 4R93A 2Q3KA 4J54A 2Q15A 2QI1A 4Y5NA 4HDBA 4Y51A 5P59A 2H6TA 3SM1A 3UPJA 1IIQA 5P31A 4J1CA 2G1SA 1NH0A 2G24A 4Z22A 3MSKA 5P18A 1HPXA 1EBYA 5DQ5A 2QI4A 3OU1B 1NPWA 5P5JA 2AZ9A 1SH9A 4FCOA 1ENTE 3EM4A 2BKTA 4ZSRA 5P7ZA 2QCIA 4M8YA 4RCFA 3SLZA 4LC7A 4I0ZA 2QMFA 3SM2A 4ACUA 3PBDA 1BDRA 2P3BB 5P4KA 3APPA 4Y4UA 1T6EX 5OZBA 3EL0A 4GJ9A 5P2UA 2VA6A 8HVPA 2I4VA 1IDBA 4ZE6A 5OZPA 2XYFA 5P7AA 3EMYA 5AHBA 1MSMA 1KJ7A 1G6LA 4H3IA 3TOHA 3OGPA 4Y53A 4B70A 2PK5A 1HPSA 5P04A 3ZKSA 5P57A 3IA9A 1APVE 3PI5A 2V10C 5COKA 2WJOA 5OZ7A 3D1ZA 1HXBA 4Z2ZA 2WEAA 5HCTA 5P7HA 5DQCA 4A6CA 1HSIA 2O4NA 2CEJA 1MESA 4U8WA 5P75A 5P7VA 5P20A 3KFNA 3NDWA 3S8IA 3SAAA 2QI7A 5CLMA 1ME6A 3UDQA 1K1TA 5P3SA 5P1OA 3OU1A 5KAOA 3APRE 3FNUA 3KA2A 2P3DA 2NR6A 4L1AB 4Q1YA 4RGHA 5I3XA 5P62A 5OZ8A 1DIFA 1EBWA 4J0PA 5P8NA 2IQGA 1B6MA 2P3BA 5P5RA 5P3RA 2ZHUA 4D89A 4QJ9A 3GGXA 3Q3TA 1AJXA 1HVRA 3FV3A 2FGUA 2F3KA 2PC0A 5P74A 5SY3A 2I0DA 5P1FA 5KR8A 3SKGA 5P6IA 4YD3A 5KOQA 5P6AA 1IDAA 5P0RA 5OYUA 2G26A 1SIVA 4DJOA 1K6VA 5P0GA 5P67A 5P19A 5P44A 3OQKA 5P5FA 5OZZA 5P65A 3URLA 2HB3A 1EPLE 1PSNA 4ACXA 1IZEA 4FL8A 3ZL7A 2PSUA 1K6PA 3WB5A 4J0VA 4Y9WA 5P24A 1WBMA 4FIVA 3OHFA 1LYAB 2QI5A 2CEMA 5P71A 9HVPA 5P8EA 1APWE 3S45A 3NXEA 5P51A 3T6IA 3RSXA 3ZKMA 4YE3A 2OF0A 1LF2A 3UQUA 1B5FB 2VA5A 3L5BA 4J1IA 1EBZA 1FB7A 1EPRE 1E5OE 1BDLA 4QJ2A 5P3CA 5P4YA 3DJKA 5P5NA 4PZWA 2QD8A 3EBZA 5P6VA 2ZYEA 1GVXA 2PMAA 3OQFA 1D4KA 4AMTA 3VV6A 2BPYA 5P2FA 3QRVA 3HZCA 2I4DA 5P7JA 4F73A 3PWMA 3I6OA 5P8BA 4Y4JA 1FLHA 5P3HA 5P6KA 4Y43A 5P1RA 1T7IA 2ASIA 1MT9A 5OZ2A 4MC9A 2NXDA 5P77A 5DR1A 4Q5MA 3OU3A 4J1EA 3SABA 4Y5PA 1HHPA 3G6ZA 3KMYA 2AVSA 3OUCA 2JJIA 5P5EA 1C6YA 2MIPA 4EJLA 2AQUA 2G22A 4Y4DA 1UH9A 3S7LA 3IGBA 3PVKA 2VJ7A 5P6UA 2V11C 4JPCA 5P8IA 3EL4A 5P5GA 5P61A 1LYAA 1SMEA 4F76A 5P0QA 5C9DA 3ZPSA 1GNNA 3BUGA 4Y44A 2HC0A 1VIJA 4Y4TA 4EP3A 5P3VA 3OXCA 4Y4ZA 5HCOA 1A8GA 5OYXA 4HZTA 5OYQA 1TQFA 5P1BA 2P83A 5P1KA 3QAAA 4ER1E 3HVPA 3IN3A 1WKRA 1BVGA 3LIXA 1YT9A 3VFBA 5P1NA 5P5TA 1GKTA 3PHVA 5P1XA 3CKTA 1HEGE 2G21A 3L58A 3OXWA 4OBKA 2FMBA 3F9QA 5HDXA 3S43B 4R5NA 5P02A 1K2BA 1B6JA 3MSJA 2ZGAA 2PWCA 5P0VA 5P8SA 4APRE 5P4HA 4NJVA 5OZRA 5P34A 2BPXA 2R38A 1TCXA 4H1EA 4XX3A 5P45A 4KE0A 1SGZA 3ZPTA 5PEPA 1DP5A 5SY2A 4Y3FA 4FRSA 4DQFA 3KFSA 4RYGA 1KJHA 2Z4OA 3M9FA 3O9EA 5P4OA 2NMZA 2NXLA 4RRNA 4Y47A 5P0PA 3OUAA 2APRA 5OZQA 5P4MA 2HAHA 5P01A 4K4RA 4XKXA 1FIVA 1FF0C 1W6IA 3OY4A 1MRXA 2Q54A 3OUDA 3L59A 5P0XA 1FG6C 2O4PA 2VA7A 5DR7A 5P6ZA 4LXKA 2QZKA 1TSQA 5P1UA 1XL5A 4QGIA 4D85A 3R0YA 5P7KA 2WF2A 3SA5A 7UPJA 5P6TA 5HDUA 5P3GA 1Q9PA 5P4RA 2AVVA 4Z4XA 2AOJA 3PSGA 5P8MA 1BXQA 1LZQA 1B6PA 5P6HA 5P7FA 1T7KA 3HD8A 3QVIA 4X7IA 2G94A 5P7YA 4CPSA 1B6LA 4EXGA 2QI3A 2P3CA 5KOSA 3TH9A 5P0IA 4ZPEA 5P47A 3EC0A 3OXXA 2H6SA 5P6EA 1OEWA 4B00A 2QMGA 4FRJA 4TVGA 3PGIA 5IE1A 3UDYA 4YD7A 3ZMGA 4I0HA 5P03A 4Y58A 5P5YA 3KFPA 4R91A 3PSUA 5P40A 5ISKA 3Q5HA 2FXDA 3PI0A 4YA8A 3VG1A 1HIIA 1DMPA 2JE4A 4NKKA 2WEBA 2F80A 5P2CA 3LPKA 5F00A 2BQVA 5P0UA 4IVTA 3VFAA 4B05A 4YBFA 3QS1A 1BWAA 1HSGA 5OZNA 4D88A 4I0GA 3CICA 2QHCA 3OK9A 2AZCA 2QI6A 1UH8A 1A30A 5P13A 2VIYA 1RQ9A 3DK1A 4KE1A 3UQXA 4L7JA 1MEUA 1MTRA 5OZFA 3O9DA 3PBZA 1HVCA 2WEZA 5P70A 2VKMA 4Z50A 5F01A 5OZ9A 1MVPA 1FG8C 1FQ6A 3OQAA 2I4QA 4F74A 5OZWA 3TLHA 4Y5AA 4Y4GA 2OHLA 2O4KA 2AZBA 3TOGA 2O4SA 2QZWA 5P73A 4Q1NA 1IZIA 3KDDA 2HM1A 3NLSA 3ZLQA 3S85A 4RCDA 5OYSA 4EXHA 1D4JA 5DQ2A 2HPEA 5CONA 3SQFA 4QJAA 5AH7A 5KQZA 4DJVA 4S1GA 3OADA 3OUBA 1MPPA 5P28A 3L5CA 1IZDA 1MTBA 3CKPA 5P5OA 1TW7A 4CPQA 2RENA 2V00A 4N00A 5JFUA 3GGAA 3KM4A 2FDDA 2IGXA 2QD6A 5P6WA 5P4UA 2CENA 5OZJA 2O40A 5P8OA 3ZKXA 4I10A 1HPOA 3U7SA 3CIDA 3NDUA 2NXMA 2G1NA 3L3AA 1FEJC 5HDVA 2QNNA 1QRPE 3IVIA 3PLDA 5P8HA 4AA9A 3DV1A 3L38A 1IZHA 4KB9A 3SACA 4OBDA 5P1MA 1W5XA 2QHYA 5P81A 3UFLA 3HVGA 3SA3A 1C6ZA 3EKPA 2R3WA 3EKYA 3ER5E 2R5QA 5P36A 4ZSMA 4Y6MA 5OZ6A 1W5VA 5BRYA 1LEEA 3SA4A 3QI1A 1MERA 2J9JA 3PLLA 5P3OA 2OHRA 5P2VA 1FMUA 3EM3A 3S2OA 3HDKA 1FKNA 4Y3SA 5P1HA 5P1LA 5HTZA 3T3CA 2AODA 3SPKA 2PH8A 2Q63A 5P3PA 2B8LA 4CPRA 4Y3AA 3VYEA 1YM2A 1TSUA 5P32A 4Y41A 5P52A 5P05A 4Y39A 4Y3EA 4FRIA 2VJ9A 4HDPA 5P7GA 3LHGA 4D8CA 3O9GA 3IN4A 1D4YA 5OZVA 4B0QA 5OYWA 3WZ6A 5C9BA 4I0IA 4NJTA 2F81A 2NNPA 5P38A 3UDMA 2FGVA 3BUFA 4GJAA 5P1DA 4FSEA 4BEKA 2HIZA 3RU1A 4I8ZA 4Y54A 3OU4B 3CMSA 4LAPA 3OQDA 4WTUA 4K8SA 1EPQE 3SA6A 5P4AA 5P7CA 5P82A 3O9CA 5P30A 1OD1A 1FGCC 3D20A 3O99A 1AZ5A 1IBQA 3Q4BA 3OXVA 5DR0A 4H3JA 4LXMA 3FIVA 3DCKA 5P0DA 5OZDA 3AIDA 4AA8A 4I0JA 2QMDA 2OHPA 3I8WA 4FM7A 1W6HA 3IXJA 3QRSA 4OBFA 4MC6A 1M0BA 3UDKA 4Y36A 4J0YA 1A9MA 5P0AA 4CPTA 2ER0E 2XFIA 4Y3LA 2IS0A 4ZSPA 3JVYA 2FIVA 2WEDA 5P0SA 5P14A 5P7EA 3VF3A 5P1ZA 3R2FA 5P2LA 3PCWA 4EYRA 2B7FA 1EC1A 2G1RA 5COPA 3URJA 2QNQA 3LPIA 5DR3A 1YTIA 5SXNA 1SIPA 4XXSA 5KR1A 1WBKA 3T7QA 4YOAA 4B78A 5P53A 3NU9A 2ER9E 4OC6B 3O9LB 4PHVA 5P17A 5P1CA 1EC2A 1W5WA 5HD0A 1VIKA 5P4JA 4J0ZA 3K1WA 4CP7A 2AIDA 5P5BA 4Y45A 5HU0A 4DJQA 5FIVA 5P86A 3LIVA 3OTSA 5OZGA 2QU2A 4L1AA 3KN0A 4DJYA 4RZ1A 4I0EA 2IRZA 1ZBGA 5P00A 4OBZB 1BBSA 4TRWA 1QS8A 2HS1A 5P16A 5P2GA 5DQ4A 3LITA 5P3UA 1Z1HA 4DPIA 3TPLA 3OQ7A 4JOOA 2ZJJA 5P8QA 3GGVA 5P5XA 3ZKNA 2JJJA 1HEFE 1GVVA 2WF0A 2AOEA 4M8XA 4Y3XA 4GJ5A 5P6MA 1W5YA 1W51A 4DQEA 2OHQA 3S56A 4X2LA 2IL2A 3AUPA 2WF4A 5UPJA 4TRZA 4PPHA 1OEXA 3RVIA 1GNOA 5JODA 5P2XA 2ZHSA 3NWXA 1YTHA 2JXRA 1ODYA 4HLAA 5P7TA 4OBGA 1ER8E 4DV9A 5P4SA 4ZIPA 1TZSA 5P0LA 2HB4A 1HPVA 2ZHRA 2I0AA 2UPJA 5P3BA 3JW2A 5P5UA 1HXWA 2ER7E 4Y3YA 5OZ1A 1B5FA 3FNTA 4UPJA 1KJGA 3O9BA 1EPOE 1ZP8A 4B1CA 4TVHA 3B7VA 4DJUA 5P5QA 5P4BA 1NPAA 3EXOA 2R43A 3GW5A 4OBZA 5P1IA 3ZKQA 5P4VA 5P7QA 5P6CA 5P2AA 5P48A 1OHRA 4AZYA 4EJKA 5P5CA 1KJ4A 1GNMA 1ZAPA 3OOTA 5P0WA 2RMPA 4H3FA 4QJ7A 2I4UA 5P1QA 5P1EA 3NYGA 4Y4BA 5P27A 5KR2A 3WB4A 5P87A 2NMYA 2QP8A 4CMSA 1PPME 5OZKA 4J1HA 1MSNA 3HLOA 3BGCA 3MWSA 5P0BA 5OYRA 4L6BA 4HDFA 2PSVA 5P8FA 2G27A 4Y3ZA 5P4TA 3EKTA 4GJBA 5P6QA 2QMPA 2ZJHA 5P76A 1BV9A 4B1EA 4Y3QA 1K6CA 3T7PA 4Y4AA 5P5AA 3EM6A 3G70A 2BPWA 2QAKA 5P25A 2BBBA 5P2EA 1HVSA 2IKUA 4YCYA 4K4PA 1CZIE 2ZDZA 5P2BA 1EEDP 1LF4A 1IVQA 3O9AA 3ZKGA 5IVSA 5OZ5A 2HPFA 1HTRB 3LIZA 2IEOA 4K9HA 3C9XA 4NPUA 5AH6A 2F3FA 5DR4A 3CYXA 5P8TA 4BELA 5P6PA 2Z54A 5P4ZA 5P2OA 5P2MA 3S43A 5SZ9A 5IVQA 3INDA 2QI0A 1N49A 3VF7A 3INEA 5P4FA 1MT7A 5AH8A 2QNPA 3B80A 2BB9A 2Q5KA 3MXDA 3VYDA 3ER3E 1HIVA 2G1OA 3EL1A 5P0HA 5P1YA 4MC2A 5P2WA 2F3EA 2QZLA 4Y5GA 3VEUA 4DJXA 4RVJA 3OWNA 2G20A 2PQZA 3R1GB 1PPKE 3GI0A 4Q1WA 3UDHA 4Y3RA 5ENMA 5P46A 2F8GA 4WY1A 3N3IA 5P7BA 5P42A 4I12A 1T3RA 5P43A 4DJRA 3FSMA 4AUCA 4FS4A 3MXEA 5OZ3A 5P3LA 2G69A 1IVPA 5P2IA 1G2KA 4GIDA 5P2QA 3PSYA 3LZVA 5P1AA 3NUOA 3NU5A 3BVAA 3S53A 1EC3A 5P3ZA 1HTGA 1B11A 3UDJA 2Q64A 3LPJA 3GI4A 4Y4XA 3VCMA 4CPUA 4R8YA 1HIHA 4Y4WA 4GJ7A 5P6YA 1A94A 4QJ6A 1G35A 3OTYA 4D83A 1D4SA 5KQXA 4NJSA 5P06A 5P7SA 3CKRA 1RV7A 4U7QA 5AH9A 4EJ8A 5P5LA 5P7XA 3K5DA 4DVFA 5P8CA 3BHEA 4J5JA 3UHLA 1ODWA 3QROA 4KUPA 4JP9A 5OZAA 5P66A 5P37A 4RYCA 2V12C 1CPIA 1ZTZA 2ZJIA 3TL9A 4ZLSA 1SDUA 3Q6YA 3O9IA 3NDXA 2P8HA 4Y3WA 1BXOA 1A8KA 5P3EA 5P0JA 1YX9A 2FDPA 3HW1A 5P1GA 5P4XA 5P6GA 1C70A 1HTFA 5P7NA 1EPNE 2ZE1A 3GI5A 5P5KA 1K2CA 3TKGA 3WSJA 3BRAA 4RROA 4HE9A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P50 A;  4FAE A;  5P0C A;  5P0Y A;  5P12 A;  5P63 A;  4YCT A;  5P3Q A;  2NNK A;  1MET A;  1BWB A;  5P8D A;  3U71 A;  1FQ5 A;  2QZX A;  1FQ7 A;  5P6S A;  4RRS A;  3LIY A;  2AZ8 A;  4R93 A;  2Q3K A;  4J54 A;  2Q15 A;  2QI1 A;  4Y5N A;  4HDB A;  4Y51 A;  5P59 A;  2H6T A;  3SM1 A;  3UPJ A;  1IIQ A;  5P31 A;  4J1C A;  2G1S A;  1NH0 A;  2G24 A;  4Z22 A;  3MSK A;  5P18 A;  1HPX A;  1EBY A;  5DQ5 A;  2QI4 A;  3OU1 B;  1NPW A;  5P5J A;  2AZ9 A;  1SH9 A;  4FCO A;  1ENT E;  3EM4 A;  2BKT A;  4ZSR A;  5P7Z A;  2QCI A;  4M8Y A;  4RCF A;  3SLZ A;  4LC7 A;  4I0Z A;  2QMF A;  3SM2 A;  4ACU A;  3PBD A;  1BDR A;  2P3B B;  5P4K A;  3APP A;  4Y4U A;  1T6E X;  5OZB A;  3EL0 A;  4GJ9 A;  5P2U A;  2VA6 A;  8HVP A;  2I4V A;  1IDB A;  4ZE6 A;  5OZP A;  2XYF A;  5P7A A;  3EMY A;  5AHB A;  1MSM A;  1KJ7 A;  1G6L A;  4H3I A;  3TOH A;  3OGP A;  4Y53 A;  4B70 A;  2PK5 A;  1HPS A;  5P04 A;  3ZKS A;  5P57 A;  3IA9 A;  1APV E;  3PI5 A;  2V10 C;  5COK A;  2WJO A;  5OZ7 A;  3D1Z A;  1HXB A;  4Z2Z A;  2WEA A;  5HCT A;  5P7H A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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