1AIDA

Structure of a non-peptide inhibitor complexed with hiv-1 protease: developing a cycle of structure-based drug design
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPVEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure of a non-peptide inhibitor complexed with HIV-1 protease. Developing a cycle of structure-based drug design.
pubmed rcsb
molecule keywords HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS PROTEASE
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1997-04-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1aidA00
4Y3WA 4F75A 3UDPA 1KJGA 1LF2A 3UTLA 4Y5GA 4BFBA 4S1GA 1FKNA 3QBFA 1MT8A 1K2BA 1NH0A 2VIYA 4RCDA 5P45A 2VIZA 4D89A 1ZAPA 4YHQA 2OAHA 4B05A 4YCYA 2VA7A 1TCXA 2PH6A 5C9BA 5P1FA 4YD3A 4Y51A 3UQPA 3LZVA 5P47A 3VSXA 5P0AA 5P3UA 1META 3TPPA 3VYDA 2BPWA 2JYSA 3LPIA 2XYEA 5P69A 1B5FA 3PSGA 3JVYA 1AAQA 5OZCA 2AVOA 3OGQA 3K5FA 1AM5A 1HTRB 5CONA 1EPRE 1DPJA 2OHQA 1G0VA 4Y57A 2A4FA 3NUOA 4Y41A 3I6OA 2IENA 4Y58A 2O4PA 5P10A 5P68A 3GI0A 2V00A 5P8FA 5P71A 3UDHA 4LHHA 3OXWA 5P32A 5P8DA 4Y43A 3IVIA 5P22A 3DCRA 4DJVA 2Q11A 1W5VA 4J5JA 5JFUA 5P52A 5KQXA 1QS8A 2G21A 5DR0A 5CLMA 4OBZB 4Y3RA 3PMYA 4Y3DA 3D1XA 3I25A 4ER2E 5HTZA 4FAFA 1T6GA 4Y37A 5P0YA 2FGUA 5P6DA 4Y3QA 2RMPA 5TOLA 3O9GA 5P5MA 3KYRA 3I2LA 4QJAA 2CEJA 3UDYA 5DPZA 5P1VA 5AHBA 9HVPA 4FSEA 5P2RA 2V13A 5P8CA 5P2LA 3SA9A 3LIQA 2QP8A 4CPQA 3PHVA 2HS1A 5P39A 1K1TA 5P3LA 5P70A 5P5OA 1GVTA 1ZSFA 2QCIA 4A6CA 1EPME 5HVPA 5SY3A 3FV3A 2R3TA 4CPXA 1QBRA 2R38A 4DJPA 1KJ7A 1MUIA 3VLBA 3Q6YA 4GJBA 3AIDA 3L59A 1FMXA 5P0ZA 5P4LA 1VIJA 5AHCA 4DQBA 3TL9A 1FQ5A 3U71A 3MXEA 2P3DA 3B7VA 5OZ0A 1BAIA 1YTJA 5P6PA 4DI2A 4U8WA 1HVHA 1SMRA 1LV1A 5OZHA 5P2CA 5OZ6A 3ZPTA 1YG9A 2NNPA 5P40A 4JOOA 3HVGA 2ZGAA 3DV1A 2UY0A 2BPVA 1ODWA 2UPJA 2ASIA 1BDRA 3VF5A 8HVPA 1TQFA 2B60A 2FMBA 3PWRA 4J54A 5OZJA 1T7IA 1ZP8A 4Y4TA 4B78A 3NWQA 2BBBA 1B11A 5P0VA 3ZL7A 2WF0A 1FMUA 2H6TA 2QNNA 1DIFA 3PLLA 1BWAA 3GGVA 1IZIA 4QLHA 3O9HA 3L58A 2WJOA 4EXGA 3OOZA 3LNKA 4PEPA 4YDGA 1APVE 2A1EA 5P5BA 3PVKA 4I8ZA 4J0VA 3K5CA 1ZPKA 4FRKA 1EBZA 5P27A 5DR3A 3FNSA 4FS4A 2VJ6A 4YD7A 5P3RA 3VV6A 4HZTA 5B18A 4Y5KA 5P67A 4Y3PA 1FGCC 3S53A 5P0RA 4RLDA 2AOJA 1ZJ7A 2FDEA 3OUDA 5OZMA 5OZYA 4Y9WA 2IGXA 2HS2A 3TPJA 1U8GA 2G27A 1IDAA 5OZPA 5P28A 1EPQE 1BBSA 2J9JA 5P17A 4OD9A 1ZTZA 1A9MA 5P5XA 5P1JA 5P7DA 3UDMA 4AUCA 1UH7A 4YOAA 4DH6A 2F3KA 5P7RA 1MVPA 1HPOA 5P7HA 3URLA 2BPYA 1B6MA 4J1CA 3SLZA 3QI1A 1C6XA 1D4KA 2PYNA 2RKFA 5P0XA 3KA2A 2P3CA 5P63A 1MEUA 2ZJLA 4L1AB 5P6MA 5P7FA 2Q3KA 4JP9A 2FLEA 5P0QA 5P0OA 1HVKA 1K6TA 3FKTA 5COOA 4X2LA 5P3IA 4KB9A 4Q1XA 5P77A 5P5AA 3L5CA 4YD4A 4M8XA 3CKRA 4Q1NA 1T6EX 3OUAA 5P8LA 4ZSMA 5P5NA 2IL2A 3OXCA 2O4KA 3ZKQA 5P31A 1WKRA 4Q5MA 3AUPA 5P2XA 5OZ2A 3NXNA 3LPJA 3ZKIA 1HVJA 3LZSA 3S56A 3CMSA 5P5TA 3BUHA 3T11A 5P4VA 3HVPA 4J1FA 3PSUA 3HBOA 3D91A 5P0EA 4HE9A 5P1IA 1CPIA 3HLOA 3WSJA 4K4PA 3PWWA 5P3KA 3QROA 5P4OA 3HAWA 5P2KA 3OADA 5P3JA 2V11C 5OYVA 3DOXA 1EC3A 4EJLA 1E81E 2RENA 4Y47A 4YE3A 1EAGA 4LBTA 4OBFA 5P7AA 2V10C 4GJ6A 5P4WA 1W50A 2P3AA 2VIEA 2MIPA 1MTRA 2AVQA 1GNMA 5P4GA 2QMFA 2APRA 5P07A 4ZIPA 4PYVA 4FL8A 1EC0A 1Z8CA 4J55A 3OK9A 4N00A 2PWCA 1E5OE 5DR8A 4GJ9A 2EWYA 5OYTA 5P57A 1SDTA 3LZUA 3TLHA 5P1WA 3DCKA 5P0CA 4Z22A 2B42A 2QI1A 1BWBA 5P80A 5KR1A 4Y4EA 3EM6A 2P8HA 4CMSA 3PB5A 5P4ZA 3EL1A 5P00A 5P1DA 3OQ7A 1BXQA 3S43B 5AH8A 4DPIA 5P0TA 5JODA 2QD6A 3H5BA 4I0DA 5P4MA 1UPJA 4J0YA 2I4UA 3VYFA 2IGYA 4IVTA 4K8SA 2B7FA 5P26A 5P5PA 1F34A 4DUSA 5P4TA 2HC0A 3O9DA 3EL5A 3QN8A 4DQGA 5P6ZA 2OHUA 5I3VA 4Y3FA 1HPXA 5OZGA 5I3YA 1TZSA 3S2OA 4Y3YA 1XN2A 1BILA 1OD1A 3DV5A 3NDUA 4Y5PA 3IXKA 1TSQA 5P75A 1D4LA 3FNUA 2IRZA 5BS4A 2QMPA 3EC0A 3G70A 3DM6A 3FSMA 4RCEA 5P4BA 5P4NA 1GVUA 3OTSA 4Y44A 1A94A 5P74A 5P0BA 5HU1A 1HPVA 4R95A 5P4SA 4GJ5A 4LAPA 4ZE6A 4D8CA 5P3MA 4U7VA 4LL3A 2QNPA 5P1OA 3UDQA 3OUBA 2JJIA 1DP5A 4HDFA 5DQ5A 1BV7A 2ZYEA 3QS1A 3OU4A 3BUFA 3CYXA 3INFA 3MSLA 5P8MA 2BKTA 1SGZA 3OY4A 5P8TA 5P7UA 2AZCA 2I4DA 4J1HA 2R8NA 4OC6B 5P6VA 1HVCA 3SM1A 1HXWA 4I0EA 5P5ZA 4Y3LA 4HLAA 2AZ8A 4EQJA 4GJDA 4A6BA 5P84A 5P2JA 1OHRA 1AIDA 2HM1A 5COKA 5P1PA 2OHSA 2ZJMA 4YCKA 1KZKA 3INHA 5P78A 1BVGA 2FDPA 2JE4A 3NU9A 4H1EA 4MC9A 5P44A 5SXNA 4FRIA 5HDVA 3R0YA 4Y3SA 5P5GA 3TH9A 3EL9A 1TSUA 2QMDA 5P86A 3BC4A 3JVWA 4Y4JA 5P1BA 3APPA 1MSNA 3SFCA 3T6IA 1HVIA 1MT9A 1MTBA 4I0GA 1YT9A 5P6CA 4Y35A 5OZEA 5P60A 1M4HA 5ER1E 1APTE 1RQ9A 3K1WA 5C9FA 3NYGA 5P8EA 3EKYA 5OYYA 5JG1A 3RU1A 5P7VA 2Q63A 5P06A 4GJAA 1LYBB 1XL5A 2PQZA 4Y53A 4Y6MA 1LF3A 2PK5A 2WEZA 3OU1B 1W5WA 3RTNA 4B72A 3L5EA 2AOIA 3EM3A 5DR7A 4XKXA 5P2SA 4WTUA 5P4AA 3MSJA 4FCOA 5HCTA 3QVCA 5P1NA 3EL4A 1MT7A 5P4RA 4DJOA 1FB7A 4K4QA 5HE4A 2OHMA 5P03A 5ENMA 5P4YA 5KOQA 1FF0C 1K1UA 2FIVA 2R43A 3VV7A 2G20A 5P3SA 4Y4XA 1YTHA 4D83A 4DFGA 1EEDP 4Y5CA 4Y3EA 3N3IA 1HIIA 5P53A 2PYMA 2VJ7A 5P0WA 1IZEA 6FIVA 4FLGA 1XN3A 4I12A 2OHPA 4NJVA 5IVRA 1EBWA 3ZMGA 3UPJA 1KJ4A 1GVVA 3OQDA 2ZHRA 5P8UA 3IXJA 4Y4UA 1IDBA 2AOFA 3IAWA 1IVQA 3PM4A 3U6AA 2VIJA 3NLSA 3BRAA 2G69A 2I0DA 5P49A 3ZLQA 1FQ7A 3QPJA 5P4PA 2PSUA 3WZ6A 5P83A 2FNSA 4K9HA 4ZPGA 1A8KA 3TKGA 1SGUA 4I1CA 5P5DA 5SZ9A 5OZOA 5P2ZA 4R5NA 1MSMA 1K2CA 3KFRA 3OUDB 2VS2A 5ISJA 2ZJKA 1ZSRA 4L7GA 3O9AA 4Q1YA 3SABA 1RNEA 4OD9B 4OBDA 5P5WA 2QZKA 1QBUA 2FGVA 2Q5KA 2XFIA 2B7ZA 2AODA 3B80A 5KQYA 5P5YA 4Y50A 3HAUA 5P6JA 5OYRA 2BB9A 5P2YA 5P7YA 3UF3A 5OZBA 1K6PA 5JFPA 5OZUA 5PEPA 2Q15A 2OHRA 3EKWA 2AOCA 4B77A 3NU6A 4RGHA 1AZ5A 4BFDA 1MPPA 1D4JA 3APRE 2JXRA 3OAGB 3PJ6A 2Q64A 2ZJJA 5P4HA 3PCWA 1LYAA 3R0WA 2WF1A 4B70A 3CKTA 5IS4A 5P7LA 3FNTA 2XYFA 2B8LA 4GJ8A 2ER0E 1T3RA 5HU0A 5BRYA 4ER1E 4QJ9A 3CIDA 4Y3XA 5P33A 5J25A 5P2AA 2NXDA 3SA4A 5OZVA 1YM4A 4EP3A 1SIVA 2OHKA 2ER9E 3I8WA 1MRXA 2G1OA 2QHYA 2H6SA 5P5SA 4Z50A 1FIVA 5P6EA 3BGBA 3OUCA 4QJ6A 2V16C 1PSNA 3BVBA 4KUPA 5T4SA 2ZHSA 3QAAA 5P2MA 5P8OA 4I11A 3BXRA 3GI6A 4Y3HA 4Y4BA 5E5JA 3UQUA 2HB2A 3N4LA 3VV8A 3HZCA 5P5VA 1HSIA 3OADB 3C9XA 2PMAA 2HPEA 4B1EA 1YTIA 5OZ1A 1HVLA 3TPLA 1T7KA 5P0SA 3GI4A 5P2IA 4AA9A 1C70A 5OYQA 5OZQA 3UDNA 4TRZA 4YD6A 2WL0A 5P6SA 1SIPA 1ODXA 5P0KA 5P6NA 3EL0A 2QZWA 4LXMA 3EKTA 3Q3TA 2G1NA 1ER8E 4NJTA 3TTPA 4TVHA 5P4FA 1K6VA 4JPCA 1Z1HA 3G72A 4J0TA 1MESA 6APRE 1FQXA 5DGWA 5IE1A 4Y3NA 3MXDA 4PPHA 1RL8A 1UH8A 1G2KA 1MIQA 3NDXA 5P08A 3NDTA 5P5LA 1G6LA 5P41A 1AJXA 5P8JA 4Y39A 1E80E 4ZPEA 1FQ6A 3LINA 4Y5AA 5P4EA 5DR4A 3U7SA 4BEKA 4R92A 4DQHA 1HSHA 4XXSA 5KQFA 2FXDA 4ACUA 4B1CA 5P3AA 5P65A 5P7JA 3O9FA 3UQRA 1LYWA 1HTGA 4FM7A 3KM4A 2OF0A 4JECA 5P89A 2FNTA 1SH9A 3K4VA 4CKUA 2QAKA 5OZZA 3BVAA 5P2EA 1IZDA 5P54A 3BXSA 5EZXA 2UXZA 3BUGA 3GGAA 3ZKGA 3RSXA 1W6HA 3UHLA 1QBSA 3D1YA 3KT2A 2AVSA 5P0MA 1BV9A 5P81A 1KJHA 1C6ZA 4BELA 3Q5HA 2PC0A 1HSGA 5OZ5A 5P2BA 4I8WA 2NXMA 2F8GA 2AZBA 1XDHA 2Z54A 1HIHA 2QD8A 1N49A 4DPFA 5OYUA 1XL2A 4U7QA 4YCTA 3UFNA 3INEA 3S45A 3SA5A 2G1SA 5P6WA 5P8IA 5P3WA 2OHTA 3O9LB 3UDJA 1B6KA 5OZLA 4XX3A 3H0BA 4QGIA 4ZLSA 5P6UA 3PSYA 3O99A 5AH7A 5P12A 5P7PA 2PSVA 5OZ4A 3D3TA 4EQ0A 4PZXA 5P3NA 5P35A 5P16A 3PCZA 5ENKA 3UQXA 1W6IA 5P5EA 2ANLA 3EKXA 3EXOA 1Z1RA 2R5PA 2IDWA 5OYWA 5P1AA 4RRSA 5AGZA 3VF3A 1RPIA 1ODYA 1EC2A 4RROA 3PBZA 4I0JA 2O40A 2P3BB 1YX9A 5P4UA 4Y5BA 4NKKA 5OYSA 1SP5A 5P1RA 3UDRA 3CYWA 1ZBGA 1HOSA 3LHGA 5P4QA 4UPJA 5P2GA 4EHCA 4DJXA 2NMZA 1KJFA 4R8YA 5P14A 5P2WA 3OXVA 4I0HA 3KFSA 2NR6A 2WKZA 5HE7A 3PI0A 4EXHA 3QBHA 5P46A 4EYRA 5P4IA 1LF4A 5P7QA 2B8VA 5P6QA 1A8GA 3ZKNA 4CPTA 1E82E 4ER4E 5P34A 4FGXA 5ISKA 3MWSA 1J71A 4J1IA 4ZSQA 1FQ8A 5OZ3A 4HVPA 3HD8A 5BWYA 2VNMA 1IZHA 1HTFA 3PBDA 1PSAA 4TVGA 3R4BA 4J0PA 4LXAA 4L6BA 4GZFA 4RCFA 2WEDA 3LIYA 3QVIA 2QI0A 5DQ2A 3IGBA 4ZEAA 5P3OA 2QI7A 5P55A 3LZYA 4I0FA 5OZWA 5P1LA 2V12C 4E43A 3QRSA 4APEA 3PMUA 1EPNE 5DQCA 4H3GA 5P29A 4I0IA 5P2UA 4HDPA 4M8YA 5P4CA 4FIVA 3SM2A 1B5FB 1IVPA 3TOGA 4DJUA 3DUYA 1HTEA 3WB5A 2HAHA 5OZTA 2F3EA 3LPKA 5OZSA 5P7IA 3VG1A 4FSLA 3R1GB 2WF2A 3LITA 3QIHA 3TKWA 3PEPA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4Y3W A;  4F75 A;  3UDP A;  1KJG A;  1LF2 A;  3UTL A;  4Y5G A;  4BFB A;  4S1G A;  1FKN A;  3QBF A;  1MT8 A;  1K2B A;  1NH0 A;  2VIY A;  4RCD A;  5P45 A;  2VIZ A;  4D89 A;  1ZAP A;  4YHQ A;  2OAH A;  4B05 A;  4YCY A;  2VA7 A;  1TCX A;  2PH6 A;  5C9B A;  5P1F A;  4YD3 A;  4Y51 A;  3UQP A;  3LZV A;  5P47 A;  3VSX A;  5P0A A;  5P3U A;  1MET A;  3TPP A;  3VYD A;  2BPW A;  2JYS A;  3LPI A;  2XYE A;  5P69 A;  1B5F A;  3PSG A;  3JVY A;  1AAQ A;  5OZC A;  2AVO A;  3OGQ A;  3K5F A;  1AM5 A;  1HTR B;  5CON A;  1EPR E;  1DPJ A;  2OHQ A;  1G0V A;  4Y57 A;  2A4F A;  3NUO A;  4Y41 A;  3I6O A;  2IEN A;  4Y58 A;  2O4P A;  5P10 A;  5P68 A;  3GI0 A;  2V00 A;  5P8F A;  5P71 A;  3UDH A;  4LHH A;  3OXW A;  5P32 A;  5P8D A;  4Y43 A;  3IVI A;  5P22 A;  3DCR A;  4DJV A;  2Q11 A;  1W5V A;  4J5J A;  5JFU A;  5P52 A;  5KQX A;  1QS8 A;  2G21 A;  5DR0 A;  5CLM A;  4OBZ B;  4Y3R A;  3PMY A;  4Y3D A;  3D1X A;  3I25 A;  4ER2 E;  5HTZ A;  4FAF A;  1T6G A;  4Y37 A;  5P0Y A;  2FGU A;  5P6D A;  4Y3Q A;  2RMP A;  5TOL A;  3O9G A;  5P5M A;  3KYR A;  3I2L A;  4QJA A;  2CEJ A;  3UDY A;  5DPZ A;  5P1V A;  5AHB A;  9HVP A;  4FSE A;  5P2R A;  2V13 A;  5P8C A;  5P2L A;  3SA9 A;  3LIQ A;  2QP8 A;  4CPQ A;  3PHV A;  2HS1 A;  5P39 A;  1K1T A;  5P3L A;  5P70 A;  5P5O A;  1GVT A;  1ZSF A;  2QCI A;  4A6C A;  1EPM E;  5HVP A;  5SY3 A;  3FV3 A;  2R3T A;  4CPX A;  1QBR A;  2R38 A;  4DJP A;  1KJ7 A;  1MUI A;  3VLB A;  3Q6Y A;  4GJB A;  3AID A;  3L59 A;  1FMX A;  5P0Z A;  5P4L A;  1VIJ A;  5AHC A;  4DQB A;  3TL9 A;  1FQ5 A;  3U71 A;  3MXE A;  2P3D A;  3B7V A;  5OZ0 A;  1BAI A;  1YTJ A;  5P6P A;  4DI2 A;  4U8W A;  1HVH A;  1SMR A;  1LV1 A;  5OZH A;  5P2C A;  5OZ6 A;  3ZPT A;  1YG9 A;  2NNP A;  5P40 A;  4JOO A;  3HVG A;  2ZGA A;  3DV1 A;  2UY0 A;  2BPV A;  1ODW A;  2UPJ A;  2ASI A;  1BDR A;  3VF5 A;  8HVP A;  1TQF A;  2B60 A;  2FMB A;  3PWR A;  4J54 A;  5OZJ A;  1T7I A;  1ZP8 A;  4Y4T A;  4B78 A;  3NWQ A;  2BBB A;  1B11 A;  5P0V A;  3ZL7 A;  2WF0 A;  1FMU A;  2H6T A;  2QNN A;  1DIF A;  3PLL A;  1BWA A;  3GGV A;  1IZI A;  4QLH A;  3O9H A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1BXO A;  4EPJ A;  5P6H A;  1EC1 A;  5P18 A;  3VYE A;  4H3F A;  2QU3 A;  3S8I A;  4RVX A;  5P62 A;  3D1Z A;  5P2V A;  1HXB A;  4IVS A;  3QP0 A;  1GKT A;  5P01 A;  3JW2 A;  4QJ2 A;  1EBY A;  3F9Q A;  5IVS A;  1EPL E;  3SA6 A;  1FMB A;  2Z4O A;  5P2H A;  5P0P A;  1WBK A;  5P3C A;  4XX4 A;  5P7S A;  4GYE A;  5HD0 A;  2G24 A;  2G22 A;  1FG6 C;  1QBT A;  1LYA B;  4YA8 A;  2HB4 A;  2QMG A;  5P5I A;  2IEO A;  5P1H A;  1RV7 A;  5FIV A;  4RVI A;  3TOF A;  3ZPS A;  3VFA A;  5P7N A;  2ER7 E;  5HDU A;  4FAE A;  3NDW A;  4DJW A;  2QI5 A;  4OBJ A;  3QRM A;  5P6R A;  3IVH A;  3EM4 A;  3Q70 A;  3OOT A;  4R93 A;  4DVF A;  2NPH A;  2PK6 A;  4LP9 A;  5P1C A;  4QJ8 A;  2Q54 A;  3NU5 A;  3SAC A;  4ACX A;  4QJ7 A;  4OC6 A;  5P51 A;  2OHN A;  1HVS A;  2AOH A;  2F80 A;  5P87 A;  5P7T A;  3PWM A;  5AH9 A;  1C6Y A;  1QDM A;  1W5X A;  3PGI A;  5P0I A;  3GW5 A;  5P6O A;  1LEE A;  4Z2Z A;  5P1K A;  3TOH A;  4Y3Z A;  4K4R A;  2VA5 A;  1NPW A;  3M9F A;  5P5U A;  2O4S A;  2AZ9 A;  4J0Z A;  3Q4B A;  4Z4X A;  2ZHU A;  4J1E A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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