1AJVA

Hiv-1 protease in complex with the cyclic sulfamide inhibitor aha006
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Unexpected binding mode of a cyclic sulfamide HIV-1 protease inhibitor.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
molecule tags Aspartyl protease
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1997-05-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1ajvA00
1ZAPA 1FF0C 2QNPA 1T7IA 4RYGA 4N00A 4QGIA 5P2JA 4U7QA 5P80A 4ER4E 3K5CA 5SZ9A 4AA9A 5P2DA 2G1YA 5P28A 3ECGA 3B80A 3QBFA 5KOSA 4YD3A 4R5NA 5P30A 1FQ5A 5P12A 3ZKMA 4HDPA 3QROA 1B6JA 5P7WA 2AVSA 5FIVA 5P3ZA 4Y4BA 4Y41A 2V13A 3OU3A 2AIDA 5P5NA 3MSKA 4OC6A 3OUBA 4EJ8A 1J71A 4CPUA 2QI5A 5ISKA 1FIVA 3ZKIA 3HAUA 1ZPAA 5AHAA 1AXAA 1QRPE 4MC9A 2R43A 5P4YA 4F73A 4LXMA 1LF3A 5P4NA 5P5AA 1HVSA 5P0SA 2Q3KA 3NXNA 3FNTA 5OZIA 5TOLA 1WKRA 2UXZA 1HXWA 1SGUA 2QZWA 1T6GA 4J1KA 1SMRA 2QU3A 4ZSMA 4B05A 5OYXA 4K8SA 5P05A 5P5HA 1W5WA 1K6CA 2PYMA 4Y3ZA 3UDHA 1PPLE 2B8VA 3LIZA 4GJ5A 3EKWA 6FIVA 3VYFA 1LYWA 3OUCA 4QJ7A 3LPKA 5ISJA 5P34A 5P8FA 7UPJA 4LL3A 2IEOA 5P3UA 4JOOA 2PWCA 4H3IA 5OZQA 8HVPA 3KT5A 5P4AA 2ZGAA 5P2NA 3ST5A 3L5EA 5P8BA 1FQ6A 1WBKA 7HVPA 5P1MA 3OQDA 2V11C 2HC0A 4HA5A 4Y51A 5P4OA 4EWOA 1EC1A 5P06A 1C6XA 5P5VA 4J5JA 4ACXA 2P3AA 5COOA 4I0ZA 5JODA 5CONA 3T7QA 1YT9A 1GVVA 4DQFA 5HD0A 5P1NA 2V0ZC 4OD9B 5OZKA 5P0VA 5P0ZA 2ZYEA 1MVPA 1B5FA 3GGVA 3PB5A 2XYEA 4Y3HA 5DR1A 5P76A 4Y4XA 2AVQA 5P5TA 3LIQA 4DQBA 5HU1A 2OHLA 5IVSA 1QDMA 3L5DA 1ODWA 3ZLQA 1NH0A 2QNNA 5P86A 1ZP8A 3TOHA 2ZHUA 5P2RA 4ER2E 3IA9A 5P4UA 4APEA 2ZJLA 3OXWA 2MIPA 1A9MA 3Q70A 5P7AA 4Y3PA 1A8KA 3OADB 5P7MA 3LZUA 4Q1NA 1YM2A 4YCYA 1RQ9A 1PPKE 2R5QA 3QS1A 5P1XA 1HVIA 4MC2A 4Y45A 5P2IA 2PQZA 5P72A 5KQXA 1GNOA 1IBQA 2AVMA 3OXXA 4DJOA 1XE5A 1DP5A 1HSHA 3WB5A 5E5KA 4QJ2A 1HTGA 5P6FA 3VLAA 1SDVA 3UPJA 5P2HA 1LYAB 1W50A 5P10A 5P6XA 3S56A 4GB2A 2AOIA 1APTE 5HCTA 2FGVA 3LPIA 1TQFA 5OZ2A 2QD7A 1HPXA 5P58A 3EC0A 4ZIPA 5HE7A 4ACUA 2QMPA 1MSMA 3LZYA 5P8NA 4EP2A 5P46A 5P04A 1IDBA 3S53A 3HD8A 4Y3EA 5P70A 3NR6A 5P68A 2R38A 3KMYA 2I4DA 3HVPA 5P2AA 2FLEA 5P3LA 1T6EX 4KB9A 3OHFA 2PMAA 3URJA 5OYWA 5P5DA 2G27A 1N49A 1B6LA 1QBRA 1WBMA 5OZTA 5P1PA 5DQ5A 5P78A 3LZVA 3L38A 5P1RA 4D83A 5DQ4A 5P7IA 4KE0A 1ZJ7A 3NDUA 5IE1A 5J25A 5P1GA 1LF2A 1APWE 2Q5KA 3MSLA 5P27A 5DR3A 4DI2A 1BWBA 5P2ZA 5JG1A 5P3TA 1EBYA 3L5FA 3O9FA 2IS0A 3HAWA 1B6MA 4ER1E 5P0EA 5P5KA 4B1EA 2AZCA 1ZBGA 3K4VC 4R91A 5P8MA 3NU3A 3GGUA 1EPOE 5P0BA 5P3QA 1DIFA 4Y58A 5APRE 2QI1A 1TZSA 3GGXA 5P8DA 5KQZA 3SM1A 2ANLA 1SDUA 5P1EA 5P85A 4IVTA 3SA6A 5OZDA 5P4ZA 5P2GA 3S54A 4B1DA 2FXEA 3BXSA 5HDVA 5P3CA 4GJ7A 3OU1B 1DAZC 1PSNA 5P48A 1M0BA 1EBZA 3GI0A 2QZXA 1MRWA 1PFZA 5P09A 3TLHA 2NXDA 4WY6A 4EHCA 6UPJA 4DJYA 2G69A 4Y4AA 1AVFA 3LIVA 2AOJA 5P6AA 3QVIA 3SLZA 4NKKA 2JYSA 2Q55A 4DFGA 5P0PA 5P29A 5HU0A 5P0JA 5P1YA 4Q5MA 1AAQA 4Y5LA 5P1ZA 1XN2A 3MWSA 4EQJA 3PRSA 4DJRA 2B60A 5P1AA 3H0BA 5P01A 5P1DA 5P62A 3KFNA 2SAMA 4Y39A 5P1SA 2O4KA 2I4VA 2J9JA 4HZTA 2HB2A 2UY0A 5P07A 3PEPA 4Y4ZA 1D4LA 4GYEA 5P1VA 3L3AA 5P88A 3IN4A 5OZNA 5P7ZA 3VV6A 3UDYA 1RV7A 4R95A 5OZHA 2I0AA 4CKUA 1EC3A 1NPWA 3EM3A 4U7VA 2V12C 3VUCA 3DUYA 3VFBA 3SA8A 4PYVA 3VF5A 2RKGA 4L1AA 1HIVA 3HW1A 3LNKA 2I4UA 5OZVA 3D1YA 4CMSA 4DQEA 1META 5OZ7A 4HLAA 2NTRA 2RENA 3RTMA 5P54A 5OYTA 4ZPEA 4DQGA 5OZGA 1MESA 4ZE6A 4K9HA 5P4MA 3SA9A 3VV7A 3QIHA 5P7QA 1OD1A 5AHCA 2P8HA 3G70A 1GVXA 3PI0A 3D20A 3ER5E 3S2OA 4AA8A 2WEBA 1W5XA 4RROA 4FRSA 5P51A 1W6HA 3PBZA 2AVVA 5P3BA 4MC6A 5P77A 4QJ6A 3AIDA 5P2WA 4RCEA 3BUFA 1ODXA 5HDXA 1Z8CA 3NDWA 2QI3A 3L5BA 1BV7A 5P33A 1ENTE 5P0QA 1UH7A 4YD4A 2PSVA 3FV3A 2NPHA 5P8TA 3FKTA 2BB9A 2WJOA 5P74A 3G6ZA 1HHPA 5P5GA 3KM4A 5P6WA 5P25A 3VLBA 4Y4GA 2B7FA 3KDDA 5P84A 4B0QA 3QRVA 2QHYA 3QP0A 5OZJA 2G1RA 5P7HA 5P5RA 4OBJA 1W51A 5P38A 3FNSA 5P6IA 4MC1A 2ZJNA 1HEFE 2PK5A 2QMFA 4OBZA 1NPVA 5P5PA 1B6KA 3VYDA 4L6BA 5P3OA 1ZPKA 4NJTA 5C9BA 5KQYA 1XS7D 2H6SA 3N3IA 3C9XA 5P8UA 5DR4A 3Q3TA 5P0OA 5P7JA 2AODA 3S8IA 4X7IA 5P52A 1XL2A 4QLHA 3OQAA 1HBVA 1D4SA 5P66A 2AVOA 4F75A 5P3IA 1FQ7A 5P3HA 3ZKXA 5DR0A 5BS4A 4GMIA 5DQCA 3OXVA 5OZ4A 3OHHA 3OUAA 4JECA 5KR0A 1UH8A 4YBIA 5P8CA 3QN8A 3G72A 5F00A 2V10C 4S1GA 1EPPE 3OXCA 5F01A 4ZEAA 1SMEA 3SABA 4CPSA 2NNKA 3BVBA 4I0HA 5P1OA 2ZJKA 1FQXA 3TH9A 3BGBA 1T7KA 4BFBA 2FIVA 1EBKC 1SDTA 4I8WA 3EM4A 4APRE 1M4HA 2R3WA 5P0CA 1XN3A 2PSGA 3FX5A 5KOQA 4RZ1A 3NYGA 5P4QA 1HPVA 4GZFA 4Y56A 1ZLFA 3S85A 5P2UA 3SFCA 5P75A 1YM4A 5P4KA 3I8WA 4Q1WA 2A1EA 2NMZA 5OZ1A 2O4SA 2VJ7A 3KF0A 2QHCA 2AOEA 1W5VA 5P2BA 3OU4B 2WF1A 3OQ7A 3UFNA 4FIVA 4CPQA 3T11A 1FMUA 2QMGA 5I3WA 4Y3QA 2FDDA 2IGYA 1E81E 3SO9A 1DMPA 3LIXA 5HE5A 5P6QA 1MT7A 4DV9A 2P3DA 4PZWA 5P5XA 3EXOA 3UDPA 4CPRA 4GJ8A 1FG6C 3OOZA 5DQ2A 4UPJA 1FFIC 1D4KA 4B77A 1FMBA 5P19A 4F76A 4A4QA 1MEUA 4BELA 4KUPA 5P81A 2QZLA 5P5JA 3EKXA 3KN0A 1FEJC 4RVJA 1XDHA 5I3YA 4NJVA 5OZ6A 1HTRB 2WECA 5P6OA 2Q15A 5KQFA 5P2LA 3UDQA 2HIZA 5KR2A 2FDEA 5P6UA 4Y3JA 5P4SA 1E5OE 4OBFA 2G26A 1GVTA 3VG1A 3PM4A 5OZ3A 5P55A 3KMXA 2AOCA 4B00A 2XFIA 1TSQA 3U7SA 5P1UA 1OHRA 5P1TA 5OYUA 3KA2A 1YG9A 5OZ8A 4DQCA 1AZ5A 4A6BA 4EXHA 4Y5KA 2G22A 1EPRE 3NLSA 1HIHA 5P8KA 4I12A 4Y3SA 4Y47A 1HVHA 3HDKA 1GNNA 2CEMA 2G1NA 3UDRA 2F8GA 2NXLA 5P15A 4JPEA 4KE1A 1PSOE 4YD5A 4Y35A 1YTGA 1IVQA 2PSUA 1HTFA 3B7VA 3DM6A 5P0DA 3ZPUA 4Q1XA 1BDRA 3SM2A 3OAGB 2JJIA 2F3FA 2QK5A 3CIBA 4F74A 2FS4A 4Y57A 3OGQA 5P4CA 4XKXA 1MT8A 4Y6MA 3HBOA 2I1AA 1DPJA 5P61A 2VJ6A 4Y5MA 3D3TA 3SA5A 2Q63A 3O9HA 5P02A 4PPHA 3UDKA 5E5JA 5P3MA 3SKFA 5P59A 3GI6A 3VCMA 3WZ7A 5JFUA 3D1ZA 4FGXA 5P6CA 3HVGA 2R8NA 2HS1A 3KFRA 4FLGA 2NNPA 5OZBA 3PJ6A 4Y44A 4Z22A 1NSOA 2IGXA 3UFLA 3OTSA 5P7UA 2B8LA 5P4XA 3IN3A 1HPOA 4EJLA 5P40A 2BBBA 5OZRA 2Z54A 2BPZA 4J0YA 3EL4A 4Y5EA 4Z2ZA 4H1EA 3PCWA 5P03A 5P4WA 1G35A 2VA7A 1BWAA 4U8WA 2AZBA 1BVEA 4Y5NA 5P6GA 1ZSFA 5P0GA 3HZCA 4H3FA 5P1CA 2O4LA 5P6TA 3RSXA 2QMDA 5KR8A 5ENMA 4OBGA 3ZKSA 4FS4A 3T3CA 3WZ6A 4AUCA 3OTYA 5P3NA 3L59A 3UCBA 1K1TA 2B7ZA 1E82E 4Y3GA 3S43B 5P0AA 4Y5GA 3TPPA 1T7JA 4RCFA 4OD9A 2G1OA 2I0DA 5T4SA 5P7FA 1HRNA 1K1UA 2OHPA 5P8HA 3VSWA 4AMTA 3UQPA 5P22A 5P7NA 5P3FA 5P4EA 5P2KA 2ZHVA 5P0KA 4I0GA 2FGUA 4DQHA 1OEWA 5KR1A 1HVKA 1BDQA 5P31A 4HVPA 3SKGA 1AM5A 3OOTA 4Z50A 1FFFC 1MTBA 3DK1A 5OZAA 4DJWA 1LZQA 3EKPA 5DR8A 5P1JA 1K2CA 5P0UA 1MIQA 3DV1A 5KAOA 3TNEA 4GJCA 3BGCA 5P4FA 2JJJA 2G21A 3K1WA 2IKUA 2V00A 2ER0E 1ME6A 1G0VA 3OADA 1TCWA 2RSPA 2RKFA 1MTRA 5P6YA 5P2FA 4YDFA 2WL0A 4FCOA 2P3BB 4IVSA 5HE4A 5OZUA 2IL2A 5P5UA 2OF0A 3T7PA 3T6IA 3PWWA 3VSXA 2FNSA 5P60A 1LV1A 2VA5A 3UHLA 4DJQA 4OBHA 2HPFA 3LPJA 3OQFA 4FRKA 4I8ZA 1LYAA 3LIYA 5P0NA 3PMYA 2AOGA 4EJDA 4I10A 5P43A 1T3RA 3K4VA 5P2TA 4A6CA 5P37A 5P7CA 6APRE 5P4TA 5AGZA 2O40A 1HSGA 5P5WA 3U71A 5P0HA 2G94A 4COEA 2WHHA 4LAPA 2BQVA 5OYZA 5P49A 2ZJHA 5CLMA 3Q4BA 5P82A 5P8PA 2VS2A 3CKRA 1FQ4A 1LEEA 5OZPA 5P8AA 3VYEA 3JVWA 2FDPA 2I4QA 2PH6A 1A8GA 4Y48A 2QHZA 3S7MA 4D85A 3CMSA 3SA7A 2FNTA 3OUDB 5P39A 3S45A 4M8XA 3EL5A 5ER2E 1K2BA 4R93A 5P57A 3BC4A 3KDBA 1F7AA 4Y4JA 5P7GA 3O9LB 4J55A 3L58A 2HPEA 5P5MA 1EBWA 5P2EA 1GNMA 1LS5A 1Q9PA 3PLDA 4Y4TA 3RU1A 4H3JA 1G6LA 3O9DA 1IZHA 2WF0A 4Y3AA 4Y43A 4RRSA 1KJGA 2HB3A 3WZ8A 5P00A 5P0MA 3DJKA 2G20A 5P4DA 4I0IA 3PMUA 4Y5AA 5P36A 2VJ9A 3VV8A 1HVCA 3SA4A 2VNNA 3EKVA 2CENA 4GJ9A 5I3VA 3UQXA 2OHTA 3EKYA 3TTPA 5P8LA 4DJVA 3OU1A 3GW5A 4ZPGA 1LYBB 4LXKA 1QBUA 2WKZA 5P7PA 4WTUA 1A94A 1FB7A 3BVAA 3NSHA 3QRMA 4NJSA 5P8RA 4NPTA 3IXJA 4FSEA 1DW6C 1IIQA 5P16A 5JFPA 3EM6A 1EPQE 4Y4WA 2HAHA 1NPAA 2ER6E 5P8JA 1QS8A 4TRZA 3PSUA 5P3AA 5AH9A 1PPME 1B11A 5OZZA 4YBFA 4X2LA 5P6NA 4J17A 4Y3NA 1HVLA 5P50A 5P13A 5P8SA 2AOHA 5C9FA 3DV5A 1W6IA 5P7VA 3WSJA 5P3EA 5P24A 2WEDA 3K5DA 5OZ9A 4QJAA 4OC6B 1FLHA 1GVUA 2Q64A 3NUJA 2OHMA 3I6OA 5HDZA 2AQUA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1ZAP A;  1FF0 C;  2QNP A;  1T7I A;  4RYG A;  4N00 A;  4QGI A;  5P2J A;  4U7Q A;  5P80 A;  4ER4 E;  3K5C A;  5SZ9 A;  4AA9 A;  5P2D A;  2G1Y A;  5P28 A;  3ECG A;  3B80 A;  3QBF A;  5KOS A;  4YD3 A;  4R5N A;  5P30 A;  1FQ5 A;  5P12 A;  3ZKM A;  4HDP A;  3QRO A;  1B6J A;  5P7W A;  2AVS A;  5FIV A;  5P3Z A;  4Y4B A;  4Y41 A;  2V13 A;  3OU3 A;  2AID A;  5P5N A;  3MSK A;  4OC6 A;  3OUB A;  4EJ8 A;  1J71 A;  4CPU A;  2QI5 A;  5ISK A;  1FIV A;  3ZKI A;  3HAU A;  1ZPA A;  5AHA A;  1AXA A;  1QRP E;  4MC9 A;  2R43 A;  5P4Y A;  4F73 A;  4LXM A;  1LF3 A;  5P4N A;  5P5A A;  1HVS A;  5P0S A;  2Q3K A;  3NXN A;  3FNT A;  5OZI A;  5TOL A;  1WKR A;  2UXZ A;  1HXW A;  1SGU A;  2QZW A;  1T6G A;  4J1K A;  1SMR A;  2QU3 A;  4ZSM A;  4B05 A;  5OYX A;  4K8S A;  5P05 A;  5P5H A;  1W5W A;  1K6C A;  2PYM A;  4Y3Z A;  3UDH A;  1PPL E;  2B8V A;  3LIZ A;  4GJ5 A;  3EKW A;  6FIV A;  3VYF A;  1LYW A;  3OUC A;  4QJ7 A;  3LPK A;  5ISJ A;  5P34 A;  5P8F A;  7UPJ A;  4LL3 A;  2IEO A;  5P3U A;  4JOO A;  2PWC A;  4H3I A;  5OZQ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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