1AJXA

Hiv-1 protease in complex with the cyclic urea inhibitor aha001
Total Genus 15
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
15
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Unexpected binding mode of a cyclic sulfamide HIV-1 protease inhibitor.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
molecule tags Aspartyl protease
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 15
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1997-05-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1ajxA00
5P0CA 5P7YA 3WSJA 4L7HA 1N49A 1FMXA 3PLLA 1KJGA 2XFIA 5DR0A 2F3KA 2RSPA 2VA5A 2PC0A 3OGQA 1T7IA 4H3JA 2Q3KA 1ZJ7A 3S53A 2V10C 4BFBA 3OU4B 3BC4A 4EJ8A 3OQDA 5DQ4A 4D88A 5P1TA 4B0QA 4Y3TA 5ISJA 5HE7A 5P3EA 5P3LA 3RTNA 4J0YA 1AAQA 1APUE 3NUJA 3ZPSA 3CKTA 5P1AA 3CMSA 5AH7A 2QHCA 4YOAA 3PSYA 1W6IA 5F00A 5P4EA 5OZ7A 2ZDZA 1LYBA 4TRZA 5P8FA 4CPTA 3KF0A 2FXEA 4ZSRA 5KAOA 3SA3A 3CICA 5P02A 3I25A 5P3QA 2QI3A 4KB9A 3S43B 5P2IA 1W5XA 3OQKA 5P86A 5ISKA 1HIIA 5OZ5A 2HC0A 2QHYA 5P2NA 4PEPA 5OZMA 3OU1B 4QJ2A 4JPCA 3HD8A 3INEA 5P4ZA 1B5FB 4NKKA 3UFNA 2G26A 1M4HA 4EP3A 4Y5NA 5P3OA 5P37A 4Y3PA 5P1CA 3AIDA 5P3GA 2Q64A 3O9AA 2BB9A 1W51A 2AOHA 5P1JA 3DCKA 3K4VC 4HA5A 2NXMA 5P3YA 5P6KA 3VFBA 5P1BA 2VIYA 3NU9A 1E81E 4FRIA 3KN0A 5P04A 5P2UA 2ZJJA 5P8CA 2R3TA 3B80A 5OZXA 5EZXA 2VJ7A 5OZTA 5P3TA 2RENA 3QN8A 4DQEA 1SBGA 4RCFA 1PSAA 5P26A 3I7EA 1GVUA 4CMSA 5P8SA 3VSXA 4CKUA 2VJ9A 3O9EA 3OTSA 3PRSA 3O9LB 4CPQA 3VCMA 1B6JA 5P73A 2F80A 4HZTA 4Y4WA 1YTGA 3K4VA 5P5CA 5P4OA 4I0JA 1K6PA 2G1SA 5P0HA 5DR1A 1EBZA 5P3VA 3OQAA 4A6BA 5P55A 5P7DA 3VV8A 5P5OA 1EPLE 3ST5A 1LF2A 1AM5A 1ZSRA 1YTHA 4NJSA 1FMBA 5P2GA 3PJ6A 5OZOA 2P3CA 2G27A 3ER5E 4EQ0A 5P3WA 1YX9A 4NJUA 1Z1RA 5P2OA 4I11A 4K4PA 4RYGA 1ZSFA 5P1DA 4B72A 2QD8A 3IVHA 5P32A 1MT8A 2HS2A 1MTBA 4L7JA 4DV9A 1K6TA 4I12A 1CMSA 1CPIA 4ZPEA 2AOEA 3LPJA 1EC2A 4Y53A 2PH6A 3HLOA 2CENA 2J9KA 1XE5A 5P8TA 5P3RA 2QZXA 4GB2A 1K1UA 2J9JA 5KR8A 1BWAA 2VS2A 4YBFA 3NDUA 2WHHA 5P23A 4OBGA 3NYGA 5P28A 2FMBA 2J9JB 4QGIA 5P3AA 5TOLA 2PSVA 3QROA 5P3JA 4NPTA 5P48A 4K4RA 5P1YA 5P0WA 4RCDA 4DJXA 4RRNA 1UPJA 4FGXA 1E5OE 1RNEA 1HTRB 5P71A 3HZCA 1D4HA 4R95A 2HIZA 3ZKQA 3TLHA 1MERA 2I4DA 1UH9A 2BKSA 5P3MA 4DJWA 2O4KA 1OEWA 1KJ4A 1ME6A 5T4SA 2OF0A 4ZSQA 5P4AA 4K9HA 3NDTA 3UPJA 1UH7A 2FDPA 4B78A 2ZJKA 5P53A 5P18A 2P4JA 4YD6A 3UF3A 2AOJA 3L5DA 5HCTA 4LXAA 1BDQA 3BUHA 5P30A 2UXZA 3N4LA 2AOFA 5P4MA 5P6GA 5I3YA 3OQ7A 1BBSA 3PLDA 1Q9PA 3QVCA 3GI0A 5OYYA 3ZKXA 3DV5A 1XE6A 4QJ9A 4IVTA 4EQJA 2ZHUA 3VLBA 1AZ5A 3ZKIA 5P6AA 2I4UA 5DQCA 5P59A 5P0UA 5P0IA 4H3GA 3F9QA 5OZZA 2AODA 3PGIA 4D8CA 4ACXA 4EWOA 5P63A 4FRKA 1W50A 1LYWB 1FQ8A 1MUIA 5P4IA 5P8VA 3PVKA 5P4YA 5P85A 4RYCA 5P3DA 1T7JA 2BBBA 4PZXA 3IVIA 1FEJC 5EZZA 8HVPA 5OZ6A 1PFZA 2ER0E 2VJ6A 4Y3ZA 5P7KA 5P5UA 4D89A 2B7FA 4GJBA 2AQUA 2WEDA 3S56A 1HVKA 1TCXA 2R5PA 4B70A 5P58A 4DPFA 1NPVA 4YD3A 4I0DA 3EBZA 5P87A 2QD6A 3SKGA 2APRA 4QLHA 2HB4A 3R4BA 4B1DA 5P31A 1W5WA 4R5NA 5P8UA 3ZKMA 4OBZB 5J25A 2UY0A 2ZJMA 3DM6A 2OHRA 3QRVA 1D4JA 5P57A 1CZIE 2I4WA 2WF2A 5P08A 4B77A 5P51A 1QBRA 2PK6A 3DCRA 2G1OA 3O9DA 2BKTA 3OADA 2H6TA 3EM3A 2NXLA 2RMPA 3ER3E 4Y3EA 2V16C 3MXEA 5HE5A 3SA9A 3UQUA 3OADB 1PROA 5DGWA 5P4WA 2OHUA 5P2YA 1GVVA 5P8OA 4L1AA 4DQHA 5OYVA 4JECA 5OYUA 1VIKA 3CKRA 1GVTA 1T6EX 3RSVA 4Y50A 1PSNA 1LV1A 4J0ZA 5P0DA 3SA6A 4U7QA 4HDFA 3OWNA 3I8WA 3HVPA 1HSGA 2BJUA 3BUGA 5P6MA 4Y5MA 5P4SA 1EBKC 5P6RA 2IRZA 5OZLA 5P07A 3O9IA 1UH8A 2WECA 4LXKA 5KR1A 1GVWA 1TSQA 5P5HA 2QAKA 3GGVA 3WZ8A 3SKFA 5P4RA 1FLHA 2HB3A 2ZGAA 2ER9E 3UTLA 4K8SA 5P0EA 1FQXA 4LAPA 2G21A 5P20A 2ZHVA 4DJQA 2JYSA 5P43A 4Y4JA 3PCWA 5OZQA 3QVIA 4F73A 3L58A 2HM1A 3INHA 3L5FA 4YCYA 5HD0A 5P74A 2Z54A 2IS0A 2HPEA 3OAGA 3CKPA 5P45A 2WF0A 3UDKA 2QMFA 2QI5A 4Q5MA 2AZ9A 1SIPA 5P8QA 4OBHA 3HVGA 5P5YA 1EPQE 3VFAA 1BDLA 3T6IA 3LPKA 4DJPA 2I0AA 3R0WA 2FNSA 5P80A 5P3HA 5P65A 3BUFA 4YBIA 1XN2A 5P3XA 1ODXA 3VYDA 1BIMA 4Y3XA 2B42A 4Y4ZA 1EPPE 2F3FA 3UDMA 3UQPA 5UPJA 4ER2E 4GJDA 1ZLFA 4I0GA 5P42A 2Q5KA 5COPA 4HEGA 2A4FA 4MC1A 5KR2A 4LXMA 1XS7D 1EPRE 5P7OA 5OZFA 3TNEA 4OBFA 3TKGA 3GGXA 1TZSA 3ZL7A 1TQFA 1C6XA 4NJTA 3MSLA 1IVPA 1LS5A 3O9CA 1HSIA 2OHLA 4J1HA 5P5XA 1LYAB 3TKWA 1ENTE 5P16A 5P7VA 2PH8A 5P6ZA 2SAMA 5IVSA 5P2CA 5COOA 4OD9A 5P7BA 5P60A 3WZ7A 5P56A 1AVFA 1K2BA 5HDZA 4PZWA 5P64A 3LIYA 5P1LA 1QBUA 5P2WA 3U6AA 4H1EA 1E80E 5P8DA 4B05A 5P2QA 5KQXA 1AIDA 1MPPA 1HXBA 1APVE 2QMPA 3LIZA 5OZJA 1IZDA 2WL0A 5AHAA 3EL1A 1BAIA 3M9FA 2PK5A 4GJ6A 4XKXA 5OYRA 2QZLA 5P89A 1PPME 5P5GA 1FQ5A 5P1VA 5P1QA 4A6CA 5P05A 4Q1NA 5P47A 3OU4A 3HBOA 3L5EA 5P35A 4FE6A 4ZPGA 5E5KA 2IDWA 1ZP8A 2ZHRA 4FM8A 5P3PA 2V0ZC 3A2OA 3DJKA 1D4IA 2QNNA 4L7GA 5E5JA 4GJ8A 3RU1A 1HVRA 3EL9A 5P4UA 5C9BA 2WF4A 4J1FA 4RCEA 5P6JA 1U8GA 4HDPA 1MVPA 5AHCA 4EJKA 4FM6A 5P5EA 1PSOE 5P4HA 5P13A 2O4PA 2H6SA 3ZKNA 3EL4A 5P1KA 3S43A 3VF3A 5ER1E 3BXRA 4DQBA 4RVXA 5OZHA 4APRE 4J5JA 5OZRA 1ER8E 2V11C 5P3SA 3EL5A 3S7LA 3OU1A 3VV6A 4Y5KA 3EXOA 3OXVA 1C6ZA 9HVPA 4Y5GA 5JODA 5P62A 2QMGA 4I8ZA 5P7PA 4I0HA 1SGZA 2VIEA 2AOCA 1B5FA 5P4CA 4Y43A 3TTPA 5P1OA 2AZBA 5OZ8A 4DQFA 5P1HA 4Y41A 4Y4AA 1DPJA 5OZKA 4Y5BA 3SA8A 4K4QA 4I0FA 1EAGA 3QS1A 5P6TA 5P72A 2B8LA 4Z4XA 5P5WA 3UDQA 3S8IA 3CIDA 5P5LA 3SLZA 4Y39A 2I4XA 5IE1A 2O4SA 1FIVA 1FQ6A 1BWBA 2R8NA 3K1WA 2Q15A 4DJVA 4ZLSA 2PWCA 5OZDA 3LZUA 5P6XA 2ZJLA 4CPRA 3T11A 4RVIA 1NSOA 1HIHA 5P8BA 3TPJA 3O9LA 1T3RA 3EKQA 5OZEA 2O40A 4NJVA 4KE1A 3I6OA 1NH0A 3OXXA 4J55A 4X7IA 2G1YA 2O4LA 3URLA 4CPUA 5IVRA 1XL5A 5P7CA 5C9DA 1HVLA 2VKMA 4Y3QA 2WEBA 2VIJA 1BVEA 3EKVA 3UHLA 2QZWA 4S1GA 1WBMA 1IZIA 5P44A 3LINA 5P10A 2B8VA 2F81A 2FGUA 3PM4A 1KJFA 3OUBA 5OZBA 1IDBA 3MSJA 3SM1A 3VF7A 2PYMA 4DJUA 5P5SA 1OEXA 3KDCA 5OZCA 5P6LA 1QBSA 5P8LA 3HDKA 5OYWA 2P83A 4APEA 2HPFA 3L5CA 1G6LA 3EKXA 2QI4A 3EKPA 5P0XA 2OHQA 2I0DA 1K6CA 5IVQA 5P6PA 4H3IA 3FSMA 5KQYA 1FGCC 5KOSA 5P2EA 5P2XA 5P6WA 2AVSA 1WBKA 5FIVA 3TL9A 4GJ9A 2R43A 6APRE 2AOIA 3UCBA 1AXAA 5P66A 4AZYA 3UFLA 1HVHA 2AZ8A 4DJOA 3BVBA 4Y35A 3T7XA 2AVOA 4H3FA 5OZ9A 5OZGA 5P52A 4AA9A 7HVPA 4Y9WA 4I0EA 5P0MA 3QRSA 2Q55A 1W5VA 4FSEA 3EKYA 5P2RA 1LZQA 2AIDA 4YD4A 1RV7A 1C70A 3VYEA 3PWRA 3HW1A 4Y57A 4F76A 5P76A 4YCKA 2IKUA 4YOBA 3L38A 4I0ZA 1IVQA 3GI6A 1K1TA 5P7HA 3I2LA 2XYEA 5P1EA 3ZKSA 2FXDA 4DI2A 4EHCA 1FKNA 1HPSA 3VV7A 4DUSA 5P03A 1ZBGA 4NPUA 4CPWA 3TOHA 5KR0A 1HTFA 1SIVA 1VIJA 5P7JA 2ZHTA 5P0SA 2UPJA 3OU3A 3ZOVA 1META 1LYWA 5P7MA 4TVHA 3O9BA 1SMRA 1IZHA 5I3WA 1EPOE 3JVWA 1F34A 2PYNA 2JJIA 3SACA 5HCOA 5P4XA 5CLMA 4FSLA 4COEA 5P0TA 5P1PA 3IXJA 4XXSA 5P0NA 2VNNA 1HEFE 1SDUA 5P34A 2OHSA 1SH9A 2G94A 5ER2E 4Y44A 4OC6A 5P67A 4Y4GA 3D1XA 2IGYA 4Y3MA 1BDRA 4OBZA 2F8GA 5OZWA 2XFJA 3BVAA 5P6IA 1HXWA 3GGUA 4XX4A 4Y37A 4OC6B 4WTUA 5P4TA 1FFIC 3R1GB 3K5GA 2BPZA 3KT2A 1FB7A 4Y4TA 4Y45A 3FKTA 5P11A 5BS4A 5OZ4A 4F74A 1EBWA 3ECGA 3BHEA 5P41A 4Y6MA 3PI0A 3OOZA 3KMXA 4RRSA 2ZJNA 3QI1A 3LZYA 5P01A 4IVSA 2QZKA 4Y5AA 1HVCA 4QJ6A 2AVVA 2Q63A 1HPOA 1LEEA 5P7SA 1EPME 5OZNA 3OQFA 3NWXA 1MIQA 3EM4A 3SA4A 5P7XA 2HAHA 5P8EA 3VUCA 1IIQA 2VNMA 1W6HA 1BVGA 5P15A 3LPIA 4Y56A 1AJVA 3IAWA 5DR8A 3KA2A 3MXDA 4Y3GA 3INDA 4OBKA 5C9FA 5P61A 3VF5A 1SP5A 5OYSA 2ZHSA 4U7VA 4Y4UA 3D91A 3D1ZA 4I10A 2G69A 3OK9A 5P4NA 5JFUA 4U8WA 3CYWA 5P6HA 5P6YA 3NU6A 4Y3FA 5P82A 5I3VA 5P0PA 6FIVA 1HBVA 4FL8A 4DVFA 5P49A 3PB5A 5P5VA 4J1EA 4Y4BA 4Y4DA 5P7AA 2BPYA 3ZPTA 4N00A 4ER1E 5P7QA 4OBJA 5P69A 5P0QA 1A30A 3PWWA 4TRYA 5DR4A 5P6SA 3D1YA 4Y4XA 4AUCA 3NR6A 5P5NA 2G1RA 2ASIA 2VA7A 1JLDA 4Q1WA 5P6OA 1SDTA 3APPA 1RL8A 4KUPA 1OHRA 2IKOA 3PWMA 2JE4A 3PMYA 1ZAPA 5APRE 5P5RA 3UQRA 5P2KA 5HU0A 3R2FA 1XDHA 3KDDA 3VSWA 5P5AA 3ZKGA 5P1WA 1TW7A 2P3DA 5P7ZA 5P09A 3MSKA 4YE3A 3APRE 5OZIA 3KFNA 1FQ7A 1LF3A 3Q4BA 3K5CA 2CEMA 4GYEA 5CONA 2WEAA 3DUYA 5P50A 4FIVA 4ZE6A 3D20A 4Y3LA 4FRSA 5P1UA 2IQGA 3H0BA 3UQXA 1NPWA 4Z22A 5OZUA 3CYXA 3OUDB 2I4VA 4GMIA 3QAAA 4DQCA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P0C A;  5P7Y A;  3WSJ A;  4L7H A;  1N49 A;  1FMX A;  3PLL A;  1KJG A;  2XFI A;  5DR0 A;  2F3K A;  2RSP A;  2VA5 A;  2PC0 A;  3OGQ A;  1T7I A;  4H3J A;  2Q3K A;  1ZJ7 A;  3S53 A;  2V10 C;  4BFB A;  3OU4 B;  3BC4 A;  4EJ8 A;  3OQD A;  5DQ4 A;  4D88 A;  5P1T A;  4B0Q A;  4Y3T A;  5ISJ A;  5HE7 A;  5P3E A;  5P3L A;  3RTN A;  4J0Y A;  1AAQ A;  1APU E;  3NUJ A;  3ZPS A;  3CKT A;  5P1A A;  3CMS A;  5AH7 A;  2QHC A;  4YOA A;  3PSY A;  1W6I A;  5F00 A;  5P4E A;  5OZ7 A;  2ZDZ A;  1LYB A;  4TRZ A;  5P8F A;  4CPT A;  3KF0 A;  2FXE A;  4ZSR A;  5KAO A;  3SA3 A;  3CIC A;  5P02 A;  3I25 A;  5P3Q A;  2QI3 A;  4KB9 A;  3S43 B;  5P2I A;  1W5X A;  3OQK A;  5P86 A;  5ISK A;  1HII A;  5OZ5 A;  2HC0 A;  2QHY A;  5P2N A;  4PEP A;  5OZM A;  3OU1 B;  4QJ2 A;  4JPC A;  3HD8 A;  3INE A;  5P4Z A;  1B5F B;  4NKK A;  3UFN A;  2G26 A;  1M4H A;  4EP3 A;  4Y5N A;  5P3O A;  5P37 A;  4Y3P A;  5P1C A;  3AID A;  5P3G A;  2Q64 A;  3O9A A;  2BB9 A;  1W51 A;  2AOH A;  5P1J A;  3DCK A;  3K4V C;  4HA5 A;  2NXM A;  5P3Y A;  5P6K A;  3VFB A;  5P1B A;  2VIY A;  3NU9 A;  1E81 E;  4FRI A;  3KN0 A;  5P04 A;  5P2U A;  2ZJJ A;  5P8C A;  2R3T A;  3B80 A;  5OZX A;  5EZX A;  2VJ7 A;  5OZT A;  5P3T A;  2REN A;  3QN8 A;  4DQE A;  1SBG A;  4RCF A;  1PSA A;  5P26 A;  3I7E A;  1GVU A;  4CMS A;  5P8S A;  3VSX A;  4CKU A;  2VJ9 A;  3O9E A;  3OTS A;  3PRS A;  3O9L B;  4CPQ A;  3VCM A;  1B6J A;  5P73 A;  2F80 A;  4HZT A;  4Y4W A;  1YTG A;  3K4V A;  5P5C A;  5P4O A;  4I0J A;  1K6P A;  2G1S A;  5P0H A;  5DR1 A;  1EBZ A;  5P3V A;  3OQA A;  4A6B A;  5P55 A;  5P7D A;  3VV8 A;  5P5O A;  1EPL E;  3ST5 A;  1LF2 A;  1AM5 A;  1ZSR A;  1YTH A;  4NJS A;  1FMB A;  5P2G A;  3PJ6 A;  5OZO A;  2P3C A;  2G27 A;  3ER5 E;  4EQ0 A;  5P3W A;  1YX9 A;  4NJU A;  1Z1R A;  5P2O A;  4I11 A;  4K4P A;  4RYG A;  1ZSF A;  5P1D A;  4B72 A;  2QD8 A;  3IVH A;  5P32 A;  1MT8 A;  2HS2 A;  1MTB A;  4L7J A;  4DV9 A;  1K6T A;  4I12 A;  1CMS A;  1CPI A;  4ZPE A;  2AOE A;  3LPJ A;  1EC2 A;  4Y53 A;  2PH6 A;  3HLO A;  2CEN A;  2J9K A;  1XE5 A;  5P8T A;  5P3R A;  2QZX A;  4GB2 A; 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 4HDF A;  3OWN A;  3I8W A;  3HVP A;  1HSG A;  2BJU A;  3BUG A;  5P6M A;  4Y5M A;  5P4S A;  1EBK C;  5P6R A;  2IRZ A;  5OZL A;  5P07 A;  3O9I A;  1UH8 A;  2WEC A;  4LXK A;  5KR1 A;  1GVW A;  1TSQ A;  5P5H A;  2QAK A;  3GGV A;  3WZ8 A;  3SKF A;  5P4R A;  1FLH A;  2HB3 A;  2ZGA A;  2ER9 E;  3UTL A;  4K8S A;  5P0E A;  1FQX A;  4LAP A;  2G21 A;  5P20 A;  2ZHV A;  4DJQ A;  2JYS A;  5P43 A;  4Y4J A;  3PCW A;  5OZQ A;  3QVI A;  4F73 A;  3L58 A;  2HM1 A;  3INH A;  3L5F A;  4YCY A;  5HD0 A;  5P74 A;  2Z54 A;  2IS0 A;  2HPE A;  3OAG A;  3CKP A;  5P45 A;  2WF0 A;  3UDK A;  2QMF A;  2QI5 A;  4Q5M A;  2AZ9 A;  1SIP A;  5P8Q A;  4OBH A;  3HVG A;  5P5Y A;  1EPQ E;  3VFA A;  1BDL A;  3T6I A;  3LPK A;  4DJP A;  2I0A A;  3R0W A;  2FNS A;  5P80 A;  5P3H A;  5P65 A;  3BUF A;  4YBI A;  1XN2 A;  5P3X A;  1ODX A;  3VYD A;  1BIM A;  4Y3X A;  2B42 A;  4Y4Z A;  1EPP E;  2F3F A;  3UDM A;  3UQP A;  5UPJ A;  4ER2 E;  4GJD A;  1ZLF A;  4I0G A;  5P42 A;  2Q5K A;  5COP A;  4HEG A;  2A4F A;  4MC1 A;  5KR2 A;  4LXM A;  1XS7 D; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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