1AM5A

The crystal structure and proposed amino acid sequence of a pepsin from atlantic cod (gadus morhua)
Total Genus 65
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
65
sequence length
324
structure length
324
Chain Sequence
RVTEQMKNEADTEYYGVISIGTPPESFKVIFDTGSSNLWVSSSHCSAQACSNHNKFKPRQSSTYVETGKTVDLTYGTGGMRGILGQDTVSVGGGSDPNQELGESQTEPGPFQAAAPFDGILGLAYPSIAAAGAVPVFDNMGSQSLVEKDLFSFYLSGGGANGSEVMLGGVDNSHYTGSIHWIPVTAEKYWQVALDGITVNGQTAACEGCQAIVDTGTSKIVAPVSALANIMKDIGASENQGEMMGNCASVQSLPDITFTINGVKQPLPPSAYIEGDQAFCTSGLGSSGVPSNTSELWIFGDVFLRNYYTIYDRTNNKVGFAPAA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure and proposed amino-acid sequence of a pepsin from atlantic cod (Gadus morhua).
pubmed doi rcsb
molecule keywords PEPSIN
molecule tags Aspartyl protease
total genus 65
structure length 324
sequence length 324
ec nomenclature ec 3.4.23.1: Pepsin A.
pdb deposition date 1997-06-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1am5A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1am5A01
3NLSA 2AZ8A 1B6MA 3NU4A 1T7JA 1B6LA 2PYMA 3NDWA 3KDBA 1ODXA 5P5UA 1TSQA 3O9IA 5P5KA 3EKYA 2G22A 5FIVA 4LXAA 2ER0E 3DCKA 2PWCA 4DJOA 2QZKA 5J25A 3K5DA 4LBTA 3DCRA 1ZBGA 5P22A 3Q3TA 3IXJA 1Q9PA 1QBSA 3URJA 5P40A 5P4TA 5JFUA 1HIHA 5P17A 4DVFA 1K2CA 3OQKA 4Y56A 3U6AA 4X2LA 5P5CA 3LNKA 3Q6YA 3OXCA 3UDRA 3AIDA 2JJIA 3QBHA 4L7JA 1ZP8A 1HTRB 4NJSA 2QI6A 3PRSA 1HEGE 1U8GA 2QMGA 5OZZA 3HAUA 4NKKA 3TOHA 5P7GA 1AAQA 3GGVA 5P2DA 4Y57A 5P4HA 4D8CA 5T4SA 5P3HA 5P2UA 2AVVA 3ZKXA 3QVIA 4Y4DA 4PPHA 5P0SA 9HVPA 5HCTA 4JECA 3SABA 4CMSA 3JVWA 4Y4GA 1HIVA 4YCTA 5P63A 5OZVA 2HB4A 4R5NA 3LIVA 4Y44A 3OY4A 4AA9A 4HE9A 2G24A 3SM1A 2P3BB 1EBYA 4Y5NA 2BPYA 3R1GB 3CYWA 1GVXA 5P66A 5P7CA 4Y9WA 5JFPA 5P3SA 3WSJA 1D4YA 5P2CA 4I0EA 4BFBA 4X7IA 4FSEA 5F01A 5P4FA 1YM4A 5P1WA 4HA5A 1K1TA 4TRZA 1HVIA 2P4JA 5P2IA 5P3YA 3VF5A 2ZJMA 5HDVA 5P7YA 3T7PA 2AOCA 2FDEA 2Q54A 1BXOA 3URIA 2WEDA 1MESA 1NSOA 5P1UA 4J1EA 3KN0A 2RKFA 5P38A 3GW5A 5P33A 5P5PA 3GI6A 5EZXA 2J9JB 2QZLA 3HDKA 2WF0A 4DQHA 1IIQA 2O40A 3SA3A 2IEOA 1W6HA 2CEMA 2FS4A 2ER7E 3VFBA 2AOIA 5OZSA 2OHMA 2NR6A 3S45A 2F3FA 5I70A 3UPJA 3HVGA 1Z8CA 1LYAB 4Y4XA 5P54A 4H3GA 2R3TA 2BKTA 3CYXA 3FV3A 1C6XA 1SGUA 3EL0A 2HM1A 4DJXA 4U7VA 3PMUA 2F81A 5P2KA 4Y4AA 2OHTA 4YBFA 1HTGA 3S85A 2HS2A 1SIVA 5P7LA 1EPME 5P5NA 4QJ9A 3PBDA 4Y58A 5P3EA 4CPXA 2FIVA 3KDDA 1K6CA 2WECA 3VG1A 5P27A 5P0VA 5P32A 1BWBA 3KF0A 3R2FA 3OK9A 5HE4A 5P1FA 5P7XA 2P8HA 1MT9A 4Q1YA 2IKUA 4EJDA 3KDCA 2VIYA 5OZ3A 1BWAA 3PWMA 2EWYA 1ODWA 3OUAA 4RLDA 4FE6A 5P1CA 1ZPAA 3IN3A 5AH8A 1HVLA 2FDPA 5P87A 4Y3JA 5P8IA 2VS2A 1LEEA 5P70A 3RTMA 4RZ1A 3O9LA 5P2SA 1Z1HA 5P85A 4Y3PA 2IGXA 3DM6A 1LZQA 1EAGA 3L58A 1KJGA 2CENA 5P78A 4YOBA 4DH6A 5AHCA 5P2NA 1LYAA 4F76A 1SP5A 1HSGA 5I3VA 5P0EA 4Y6MA 1UPJA 5P69A 1XL2A 2B8LA 4Y39A 2QCIA 5P7ZA 1LV1A 5P41A 4B05A 2FNTA 3ZPTA 1Z1RA 5P25A 2H6TA 5PEPA 5P0NA 2VIZA 2QI4A 4I0ZA 2P3DA 3S43B 3VLBA 1NH0A 5P4RA 3EL4A 4RYGA 5IVRA 2UY0A 4L7GA 3QRMA 1SDUA 4FM8A 4HDBA 1SIPA 5P5LA 5P83A 1PFZA 2QMPA 5P8TA 1EC0A 5P8BA 3SA8A 5P2VA 1MUIA 1HVHA 5P7BA 3BVBA 2WEAA 4OD9B 5SY2A 3OOZA 5P7WA 3NXEA 4EJLA 4COEA 2G69A 4I1CA 5P5FA 2WL0A 3KMYA 5P4CA 4R8YA 3S8IA 1AIDA 1QBRA 2BQVA 5P61A 3OU4B 2NPHA 5P1LA 5P73A 3PVKA 2NNPA 5DQCA 2AZ9A 3KA2A 4RVJA 5P19A 4XX4A 2F80A 3KFSA 3JW2A 2ZHVA 3LPKA 3QRSA 5OZEA 5P59A 4MC6A 4GJ7A 2V10C 5P3DA 5DR8A 2Q11A 5P89A 5P6FA 3ZPUA 2WF4A 5P6PA 5P1TA 2AODA 4BELA 4NJVA 3G70A 2NMYA 1WKRA 5P4IA 5P3GA 1LYBA 2OHSA 2R3WA 5P6GA 2AVSA 3KYRA 3HD8A 4OBZA 5OYWA 3OU3A 3GGUA 5P0IA 2SAMA 3S43A 4N00A 3VF7A 3OXXA 5P1BA 3UF3A 2G27A 4J0TA 5P2OA 2OHUA 2QI7A 3DV5A 5P1QA 5P6VA 4DJVA 5DGWA 5BS4A 4YD7A 5P3CA 5ENKA 5HU1A 1BXQA 2QNQA 2OHRA 5P10A 2BB9A 3KFPA 5P3ZA 3O9CA 1XS7D 5P3RA 5C9BA 1HXWA 3CICA 2O4PA 5P80A 1T3RA 4OD9A 2ZJKA 2P3CA 2QI0A 1HHPA 1TZSA 5P7PA 1W5VA 2QK5A 5P65A 2XFIA 3IVIA 1HPXA 3PSYA 4Y4BA 4HZTA 3NUOA 2RSPA 4Y4UA 3L5CA 3O9GA 4DJWA 5P51A 5OYZA 1YTHA 4EJKA 3FX5A 5P5EA 2UPJA 1XN2A 1QBTA 5P2LA 4Y3YA 5P0RA 3OHFA 5P2WA 4EQ0A 3UHLA 4NPUA 1EPPE 3LPIA 1BDLA 5P0ZA 3WZ7A 1HTFA 5OZWA 4ZLSA 2NXLA 2QNNA 5OZGA 5P3MA 2Z4OA 1UH9A 4EP3A 2P3AA 4FM7A 4Y3ZA 5P11A 1XDHA 1E81E 2O4LA 3I2LA 1NPWA 1SDVA 1PSNA 5CLMA 5P15A 2FGUA 2MIPA 1W5WA 4AMTA 5P4GA 3S7MA 5P8GA 1MSMA 3U7SA 2ZJNA 3EM6A 4L1AB 4Y5BA 5P28A 1HBVA 5P5IA 3NU6A 5P3AA 5P6BA 4ZSPA 3PBZA 3UDJA 5P14A 5P2JA 5P8NA 3DJKA 2AVMA 4I0GA 7UPJA 5P6OA 5OZ2A 5DGUA 5P36A 4OBFA 2I4VA 1SH9A 2WEZA 2VJ9A 3EXOA 3RSVA 4XX3A 4Q1WA 2NNKA 3UDQA 5AH6A 5P81A 5P5QA 2ZDZA 3PHVA 1G35A 1APWE 2V0ZC 5P24A 4YA8A 5P6WA 1GVVA 2VKMA 1FG6C 1FFIC 1VIJA 2B42A 1DIFA 3OWNA 1OHRA 5P6MA 3GGXA 5P48A 5P1OA 1W50A 2FDDA 5P7EA 4RVIA 5P64A 2PC0A 3T3CA 5P6DA 3FNTA 1RV7A 3IVHA 2QP8A 3SA6A 5OYUA 3NDXA 5UPJA 4YCYA 4I0DA 5OZFA 3UTLA 3PB5A 1K1UA 3ER5E 5P8RA 3BUHA 2RMPA 5P0KA 3UFNA 4QJ7A 5P35A 2ZJIA 3WZ8A 2ZYEA 4L1AA 1A8KA 5P7JA 4KE1A 4CPRA 3PSUA 3OHHA 5ISKA 4TRYA 5P0QA 1E5OE 2QHYA 3NDTA 4F74A 2OHKA 3AUPA 2AVOA 4TVHA 1KJ7A 4CKUA 4CPSA 1MSNA 5P58A 5P7NA 5P5DA 5P60A 3URLA 3EC0A 3WB4A 1ZAPA 4NJTA 5P5HA 1ZLFA 4A4QA 3IXKA 5OYYA 5P1GA 1JLDA 4I8ZA 5P68A 2WEBA 1YTGA 4ZSRA 2BPVA 5P1RA 3SA5A 5P7OA 4B1DA 2Z54A 4QJ8A 1IDAA 3LITA 1BV7A 4IVTA 5P2BA 2FLEA 4Y3HA 1CPIA 2PK6A 4YD4A 1B5FB 4EWOA 4TVGA 1FMBA 3FKTA 4Y4ZA 4GYEA 5P3OA 2VIEA 1M43A 3LIZA 3RVIA 5P00A 2OHNA 3L5BA 4HVPA 5P07A 3WB5A 5P7MA 4Y5GA 4YDGA 5KR0A 2G1RA 3NXNA 4K8SA 5OZ1A 5P1NA 1FKNA 3NU5A 1D4SA 3PJ6A 2IGYA 3Q4BA 4RCDA 5B18A 4GJ5A 1TW7A 1J71A 2QMDA 4Y3TA 3R0WA 1D4HA 1IZHA 3OAGA 5P42A 1GNOA 3QPJA 1G0VA 4OBGA 4B0QA 4DQCA 1W6IA 5P4UA 5P4OA 5IE1A 4JP9A 2QMFA 1APUE 3INDA 1FF0C 5P23A 5HDZA 5OZ5A 3UQXA 3L5FA 3I25A 5P5WA 4DJRA 2PK5A 2ZHSA 3TH9A 5P4JA 5JG1A 4R95A 5P8LA 1C70A 5OYXA 3SQFA 4RGHA 5P76A 3A2OA 3TPRA 5P1KA 5P1AA 3QN8A 2F3EA 1F34A 5P5YA 5HTZA 4EJ8A 5AH9A 5P7QA 3O9LB 1M4HA 5P71A 2A4FA 2WF3A 4AA8A 4QJ2A 4Y3AA 5P4ZA 4DPIA 3O9BA 3SA4A 5DQ5A 5KQFA 3NWXA 3NWQA 4E43A 5AGZA 4PZWA 4ZIPA 2WJOA 2BPZA 5P4WA 2APRA 1EPRE 5P6XA 3DOXA 3QROA 2P83A 2I0AA 1B5FA 5P31A 2AQUA 3OUDA 3GI5A 5P4KA 2AIDA 3SACA 4Q1XA 5P08A 4Y5CA 1B11A 4LXKA 2Q63A 4Z22A 5P0JA 1VIKA 2R5PA 4FRKA 1IZEA 1T6EX 1EBWA 4J1CA 4QLHA 7HVPA 1GNNA 4WTUA 2I4WA 5P1DA 1ZJ7A 1AJXA 4XKXA 5OYQA 4J1KA 1EC2A 3OUBA 3IA9A 3S54A 4RRSA 3TPJA 2WHHA 4Y4WA 3PLLA 5SY3A 3ER3E 3VYEA 5IS4A 4EPJA 4ZEAA 4F75A 5C9DA 3VF3A 2PYNA 1MEUA 1MPPA 4AZYA 5P7SA 4Y35A 2PMAA 1MIQA 4B1EA 4B78A 1HPOA 3NU9A 4Y3WA 2VA7A 5P8OA 5P8DA 4ACXA 1IZDA 3SO9A 1APTE 5ER2E 1FMXA 5P49A 3UCBA 1PPME 1SBGA 2PQZA 2ZHTA 5P44A 3MSJA 3FNUA 3HBOA 5P74A 5P56A 5P86A 4Y5MA 3FNSA 2Q55A 4GJCA 1HPVA 3OU1A 4H3FA 1FQ8A 1A30A 4YDFA 4L7HA 5P84A 5P6TA 4GZFA 1OD1A 5P67A 5P0TA 2NTRA 1LYBB 2V11C 1LYWA 2PSGA 5P3BA 1EEDP 4OBZB 3APPA 1PPKE 3TKWA 1TQFA 4GMIA 5IVQA 1IDBA 1XN3A 3EM3A 1MTBA 3LZYA 2HIZA 3SKGA 3IN4A 3OQDA 5P8AA 5SZ9A 5P5OA 5P2GA 1FQXA 2AZBA 4J54A 2HB2A 5P82A 3ZMGA 1B6JA 3HW1A 4BFDA 3PI5A 4H3IA 3H0BA 5P0GA 5P4MA 5P8JA 1FQ5A 3HLOA 5HD0A 4YE3A 2Q64A 5BWYA 5P62A 5P2FA 4PZXA 1FQ6A 3ZPSA 1ME6A 5OZ0A 1FEJC 3SLZA 3LZSA 1BDRA 3ZKQA 4QJAA 4FAEA 1SMEA 1FQ7A 4Y5PA 4KE0A 3VLAA 2IQGA 5I3XA 4DJUA 2QU3A 3EMYA 4APEA 3B80A 4Y50A 5KQYA 1F7AA 4L6BA 2IRZA 4OC6A 1QBUA 1QDMA 3BGCA 4J0ZA 1GVWA 1E82E 1TCXA 4Y3EA 4Y5AA 1K6VA 4DFGA 2ZJJA 5P0LA 4Q1NA 3BHEA 1XL5A 4B00A 4RVXA 3MWSA 1AVFA 1ER8E 1C6ZA 1GNMA 3RTNA 5P3PA 4Y45A 3LINA 5P2EA 5P6JA 1KJ4A 4YD3A 3D1YA 3MSLA 4CPWA 2IL2A 3SKFA 1FB7A 4Y3QA 8HVPA 5HVPA 3LHGA 3F9QA 1OEXA 5OZ8A 5P5MA 1HRNA 2A1EA 1BV9A 3UQRA 1SGZA 3TNEA 3TPPA 5P4PA 3N3IA 5P3WA 2I4UA 2B7ZA 4Y5LA 3ZKSA 5P43A 5P4AA 4K4QA 3ZKNA 5P8EA 4FRSA 5APRE 5P52A 1YX9A 5P7DA 5P5GA 5P6NA 5TOLA 4J0YA 3CKTA 2OF0A 3OGQA 3PEPA 4Y3FA 5OYVA 3QP0A 3CMSA 4MC2A 3ZKIA 2QZWA 3NSHA 5P0YA 1RNEA 5IVTA 3O9EA 2ER6E 3PCZA 1OEWA 3L3AA 5P6CA 3D1XA 5P57A 1RPIA 4I0FA 5P5AA 5KOSA 1HXBA 1META 4K9HA 2BPXA 5P0FA 1IVQA 4GIDA 5P39A 3EL9A 3MSKA 3OADA 3HAWA 3LIXA 1A9MA 3LIYA 1LS5A 2R8NA 2Q5KA 4YD6A 1HVJA 2RKGA 5P79A 3PLDA 5P2ZA 5P16A 3INFA 3EBZA 4GJBA 4QJ6A 3SAAA 2G20A 3S56A 2OHPA 3IXOA 3C9XA 4FGXA 4LAPA 5DR7A 3SA9A 5P37A 1ENTE 5DPZA 5P6LA 4PYVA 1PROA 1N49A 1YTJA 3SFCA 5P1HA 3VCMA 3KT5A 4YBIA 4J1FA 3RSXA 4B70A 2ZGAA 5CONA 5OZNA 5P1SA 4DQFA 4NJUA 2I0DA 5P1IA 1MERA 5P4DA 1QS8A 5P34A 3O99A 2QD8A 4H1EA 3JVYA 1ZSFA 1T7KA 1APVE 5P7TA 5P0DA 1LF2A 5P4LA 5P0PA 1FMUA 2NMZA 3QRVA 5COPA 1EC1A 5OZAA 3IGBA 2PSVA 1T7IA 1HVKA 2PH8A 2G1NA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3NLS A;  2AZ8 A;  1B6M A;  3NU4 A;  1T7J A;  1B6L A;  2PYM A;  3NDW A;  3KDB A;  1ODX A;  5P5U A;  1TSQ A;  3O9I A;  5P5K A;  3EKY A;  2G22 A;  5FIV A;  4LXA A;  2ER0 E;  3DCK A;  2PWC A;  4DJO A;  2QZK A;  5J25 A;  3K5D A;  4LBT A;  3DCR A;  1ZBG A;  5P22 A;  3Q3T A;  3IXJ A;  1Q9P A;  1QBS A;  3URJ A;  5P40 A;  5P4T A;  5JFU A;  1HIH A;  5P17 A;  4DVF A;  1K2C A;  3OQK A;  4Y56 A;  3U6A A;  4X2L A;  5P5C A;  3LNK A;  3Q6Y A;  3OXC A;  3UDR A;  3AID A;  2JJI A;  3QBH A;  4L7J A;  1ZP8 A;  1HTR B;  4NJS A;  2QI6 A;  3PRS A;  1HEG E;  1U8G A;  2QMG A;  5OZZ A;  3HAU A;  4NKK A;  3TOH A;  5P7G A;  1AAQ A;  3GGV A;  5P2D A;  4Y57 A;  5P4H A;  4D8C A;  5T4S A;  5P3H A;  5P2U A;  2AVV A;  3ZKX A;  3QVI A;  4Y4D A;  4PPH A;  5P0S A;  9HVP A;  5HCT A;  4JEC A;  3SAB A;  4CMS A;  3JVW A;  4Y4G A;  1HIV A;  4YCT A;  5P63 A;  5OZV A;  2HB4 A;  4R5N A;  3LIV A;  4Y44 A;  3OY4 A;  4AA9 A;  4HE9 A;  2G24 A;  3SM1 A;  2P3B B;  1EBY A;  4Y5N A;  2BPY A;  3R1G B;  3CYW A;  1GVX A;  5P66 A;  5P7C A;  4Y9W A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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