1APWE

Crystallographic analysis of transition state mimics bound to penicillopepsin: difluorostatine-and difluorostatone-containing peptides
Total Genus 88
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
88
sequence length
323
structure length
323
Chain Sequence
AASGVATNTPTANDEEYITPVTIGGTTLNLNFDTGSADLWVFSTELPASQQSGHSVYNPSATGKELSGYTWSISYGDGSSASGNVFTDSVTVGGVTAHGQAVQAAQQISAQFQQDTNNDGLLGLAFSSINTVQPQSQTTFFDTVKSSLAQPLFAVALKHQQPGVYDFGFIDSSKYTGSLTYTGVDNSQGFWSFNVDSYTAGSQSGDGFSGIADTGTTLLLLDDSVVSQYYSQVSGAQQDSNAGGYVFDCSTNLPDFSVSISGYTATVPGSLINYGPSGDGSTCLGGIQSNSGIGFSIFGDIFLKSQYVVFDSDGPQLGFAPQA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystallographic analysis of transition state mimics bound to penicillopepsin: difluorostatine- and difluorostatone-containing peptides.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PENICILLOPEPSIN
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Penicillium janthinellum
total genus 88
structure length 323
sequence length 323
ec nomenclature ec 3.4.23.20: Penicillopepsin.
pdb deposition date 1991-12-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
E PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1apwE02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1apwE01
5P88A 3CKPA 4Z50A 1HPSA 3VV6A 1NPVA 4B0QA 3UDKA 5KQFA 5P02A 5P6YA 4X2LA 4GJ6A 4B00A 3QRVA 2APRA 2G1YA 3VFBA 3PSYA 2NXMA 3MSKA 4B77A 2O4LA 1SDVA 6APRE 2OHRA 4Y3HA 4YD3A 5P59A 2B7ZA 1HTGA 4DPFA 3S43B 1HIIA 4H3IA 4Y43A 4CPQA 4YBFA 3S43A 2IDWA 5OZ3A 1B6LA 3CIBA 3UDRA 3N3IA 1SH9A 1BXOA 4J54A 5P0QA 3EC0A 5OZXA 5P2LA 5P4NA 5P56A 2WF1A 4DVFA 2V11C 4Y3XA 5P4QA 5P6QA 2ZJIA 4R91A 5P65A 2G1OA 5P0YA 3SKFA 4RRSA 4Y5BA 5P5PA 4Y3WA 1HVKA 1FQ5A 3NU3A 4Y5CA 5P63A 1CZIE 5P6AA 5P6EA 3B7VA 3IXKA 3RU1A 3NDXA 5P3YA 5P4GA 5KQYA 3S54A 1XE5A 5P2RA 3LIXA 1IDAA 2I4VA 4DJVA 5P7ZA 4APEA 3MXEA 5P3EA 1MT9A 2BPWA 5P45A 5P28A 2BPYA 5CLMA 2AZCA 5OZEA 3EM4A 3L5BA 4YCKA 3GGVA 5KR2A 2AOGA 3GGUA 5P2EA 5P3CA 2OHTA 3KDDA 4H1EA 2ZYEA 2B42A 2HIZA 1QDMA 4R93A 5P1TA 5P62A 3VF7A 1ZPAA 3PBDA 3ZMGA 2VIYA 2O40A 3KDBA 2WECA 5P0XA 5P2WA 5P8JA 3PSGA 5P5NA 1APWE 3OADB 3WB4A 3OADA 3GW5A 4FIVA 5P0KA 5B18A 3O9HA 2ZJKA 2F8GA 2WJOA 4YOBA 5I3VA 5OYUA 1M43A 5P1GA 3TKWA 3PMUA 4OBFA 3TPJA 1XL5A 3LZSA 4LL3A 4CP7A 5OZKA 4Y44A 2B60A 5P49A 3T3CA 2I4UA 1ZAPA 3PRSA 5P57A 5P7BA 4RYGA 1UH8A 3B80A 4HDFA 1SDUA 2FS4A 2FDPA 3TPRA 3BGBA 5TOLA 4L1AA 4RLDA 1PPLE 4YD5A 1MPPA 3O9AA 4Y37A 2HS2A 5P6OA 4ER4E 4Y3EA 5P4PA 4RCEA 2F3KA 5HE5A 3TOHA 3BC4A 5P5SA 3EL5A 5P6UA 5OZGA 3UDYA 2QMPA 3O9BA 1AM5A 5HU0A 5P22A 3EL9A 1ZBGA 1M0BA 1B6JA 1LS5A 4M8XA 3NU6A 5P7MA 2IGXA 4FRJA 4GJCA 5HE4A 5P2UA 5P0EA 4BFDA 3EXOA 5P1NA 4QJ8A 5P8OA 3OXXA 2O4PA 3DCKA 4Y53A 5P39A 3K1WA 2J9JB 5KOQA 1FQ8A 2HC0A 5P79A 1EC3A 3QVIA 5OZ5A 5P8AA 1EEDP 3VYFA 5P60A 3APPA 4F75A 5IVRA 1T6EX 4Y58A 5P4RA 4Y3DA 5OZZA 1B5FB 4Y9WA 4PYVA 5P48A 4Y41A 3HDKA 4GJBA 2BB9A 5P5IA 2QZKA 4YA8A 3L5EA 2ZHVA 1BIMA 5P5ZA 4Y5KA 8HVPA 1K6TA 2FDDA 2MIPA 4GJ9A 2VJ9A 2AVVA 4ZE6A 3S56A 1WBKA 1DPJA 3CKTA 2PSGA 5ISJA 3OQFA 3WZ8A 3OGPA 4NJTA 4APRE 4Y4JA 3WZ7A 5P8PA 4B1CA 3R0YA 4NKKA 1VIKA 2O4KA 2WL0A 4GJ7A 1UPJA 2ASIA 5P2HA 4MC9A 4FAFA 5P8VA 3LZVA 3EKQA 5ENKA 3IN3A 5P1XA 1T7IA 1HTFA 2F3FA 5OZJA 1AXAA 2PSVA 1KJHA 5P26A 5P35A 1AZ5A 3QN8A 3TOFA 5IVTA 5P30A 1HSIA 3JVWA 5P2QA 3KA2A 4KE0A 2G21A 1W50A 5ISKA 1PFZA 2ER0E 2CEJA 1KJ4A 3OXVA 5P3TA 5P0JA 1PSOE 2WEBA 3QVCA 3SAAA 4J55A 3G72A 5P1MA 2JYSA 1BBSA 3U71A 1E82E 5P0WA 3UQWA 2JXRA 2BPZA 3S2OA 3SO9A 5P71A 4I0IA 5P7KA 3MXDA 3KFPA 4D88A 1TZSA 3CIDA 4FLGA 4EJKA 3R4BA 5P34A 3NUJA 3OU1B 2ZJNA 3OU1A 4DJYA 5P44A 2AODA 4XX3A 2WHHA 4Y3FA 5P76A 3L58A 5OZAA 5P61A 2QMDA 5HTZA 2FXEA 1K6CA 5P7OA 1ZTZA 4OBDA 5DQ1A 3FNUA 3EKWA 1U8GA 3WB5A 3LINA 3L3AA 3R2FA 1HTEA 2R5QA 5P16A 4Y3AA 3Q5HA 5P8FA 3U6AA 3QROA 1FMUA 3DV5A 1SIVA 2NXLA 5P2IA 1OD1A 1HVSA 5AHAA 3OQ7A 3PSUA 2R38A 5P5EA 5I3YA 5HVPA 3G6ZA 4J1HA 2QI7A 1W5VA 5COPA 5P0VA 5P81A 2VIEA 4FSLA 5P23A 4DPIA 4DQGA 5P5BA 4DQBA 5DPZA 3PCWA 5P4DA 5P03A 3L38A 1IVQA 5P0DA 2V16C 2QNQA 3BUHA 1OHRA 1TCXA 3M9FA 2Q64A 3VF5A 4J1IA 2WEAA 2WEDA 4Y4UA 1DAZC 4A4QA 1SDTA 4I8ZA 3PLDA 5P6JA 4Y3QA 3HW1A 4HLAA 3OTYA 4ZPFA 1HXWA 3OUBA 4F74A 4HA5A 3KN0A 3QRSA 3QAAA 5P3OA 3UDJA 1FQ7A 2B8VA 2VA6A 1MTRA 3FIVA 5P5OA 4NJVA 5P4KA 1BAIA 3OUCA 1HSHA 2QP8A 2F80A 5IVQA 1HEFE 5P0CA 5P7YA 4QJ6A 1MT8A 3L59A 4LAPA 4X7IA 5P4HA 2JE4A 5P3XA 2F3EA 3EL1A 4Y3TA 1E81E 3BRAA 5P5JA 5P11A 4OBKA 1D4HA 2Z4OA 4K8SA 4GIDA 5OZWA 1QBSA 3INHA 4I0ZA 5OYQA 5P7SA 4LHHA 5OYSA 3HVGA 3NR6A 3VYEA 4AA8A 4J17A 2OHMA 2ZHTA 4CPWA 5KR8A 3NDTA 1HPXA 4DQEA 5P3VA 3PJ6A 4ER2E 1HVIA 2OHLA 5P3RA 2IL2A 2FGUA 5P0UA 2JJIA 2QZXA 5P5UA 1YTGA 5P6VA 4LBTA 5OZYA 1NH0A 4U7VA 3QP0A 2O4NA 4GJ5A 2RENA 2FNTA 2P8HA 1N49A 2HM1A 3OHFA 4S1GA 1FG6C 4Y3YA 3L5FA 1YTIA 3KFRA 1G35A 2AQUA 4U8WA 1E5OE 3NWQA 5P6SA 2FIVA 1RPIA 3S7LA 1AJXA 3OGQA 4Y45A 2CEMA 5P2MA 4DJOA 5P2TA 5T4SA 1LYAB 1QBRA 2Z54A 5P6MA 1AJVA 1LYAA 2IQGA 3UQXA 2VJ7A 1SIPA 2PYMA 3KMXA 1GVUA 5P6BA 5APRE 5P75A 3Q4BA 2I4XA 5EZXA 3SLZA 4Y4XA 2B8LA 3FNSA 2V00A 1PROA 3RTNA 4Y3LA 4KB9A 3QBFA 4I8WA 3K5GA 2AOCA 4EJLA 3LPJA 4WTUA 1SGUA 1MSMA 4TRZA 2RMPA 3APRE 1HRNA 4Y4BA 3IXJA 5DQ2A 3HLOA 5DGUA 1SMRA 3SM2A 4Y57A 3RTHA 1IZHA 3SA4A 2Q55A 5P2AA 4PEPA 4YDGA 5P18A 5P5QA 5P8NA 4J0TA 5P53A 5BS4A 5P09A 5P5FA 5DR4A 5P7VA 5OZ1A 2BPVA 5P2BA 2HB2A 4I0GA 4PZXA 5P6IA 5DR0A 4HDBA 1KZKA 1KJ7A 2NMZA 2QU3A 3WZ6A 1LV1A 4J0VA 5P1PA 1AAQA 3MSLA 3UDHA 4Y3MA 1RQ9A 3RSXA 2ER7E 2QZLA 4LP9A 4LXKA 1ME6A 2QHYA 2VIZA 4CMSA 5P82A 5P0HA 5P5KA 3ZKIA 5IE1A 4Q5MA 5JG1A 5P00A 4Y36A 1C6ZA 5I3XA 5COOA 1YG9A 2VNMA 4Y3SA 1ZJ7A 1META 2OAHA 5P8QA 5OYZA 3ECGA 3GI4A 5P2SA 5P6NA 2QU2A 5P7LA 3Q6YA 1HVJA 4Q1NA 2V0ZC 3EKYA 5P0AA 3O9LB 4Y54A 3O9LA 2NMYA 4FGXA 4N00A 4EXHA 1EPRE 5P0ZA 2QMGA 5OZDA 5P5XA 5OZCA 5P68A 5HDVA 5KOSA 1WKRA 5P04A 3VLBA 2OHSA 5P3MA 3PBZA 5P67A 4FAEA 4LC7A 5P8BA 5P27A 3ER5E 4YD6A 5I3WA 2P3AA 3URIA 4DI2A 1OEXA 4PPHA 5HDUA 4J1KA 4Y5AA 5P1ZA 4EJ8A 2I0DA 5OZQA 5P72A 2AVMA 4EXGA 4Y39A 2QI5A 2IS0A 1IBQA 2PQZA 5P4UA 5P3BA 4Y47A 5P3PA 2OHNA 2R9BA 3T7QA 5AGZA 1D4LA 3ZPSA 4FSEA 1VIJA 2HS1A 2IGYA 4CPRA 1CMSA 1FIVA 2AIDA 4J1EA 2R5PA 5P8GA 4ACXA 2WF4A 2AOHA 5P12A 2BKTA 3SFCA 4KE1A 2G24A 3TOGA 5P7FA 3FNTA 5P0SA 3DCRA 3PB5A 3KDCA 2XYFA 1LYBB 1XL2A 5P42A 1MT7A 1LYBA 3VYDA 1F7AA 5JFPA 5C9FA 3FV3A 1EC0A 3C9XA 2Q3KA 2AZBA 5P8SA 4ZIPA 2VS2A 4Y50A 1TW7A 3TH9A 2QHZA 1EBZA 3LPIA 4K4RA 4DJWA 1Q9PA 3EL4A 5P40A 1WBMA 2R3WA 3NWXA 4D85A 2RKFA 1EPOE 2ZHUA 3NYGA 5P0RA 1M4HA 1T6GA 4HEGA 3OAGB 4RVXA 3EKXA 3OAGA 5P2XA 5P36A 2J9JA 5P6RA 5P5GA 5HDXA 1EPQE 1A9MA 4K9HA 2ZJJA 5P52A 5P0OA 3PVKA 4FM7A 2ZHSA 5IVSA 2QZWA 1PPME 3BHEA 2AOJA 3IA9A 4RCDA 1ZLFA 3IVIA 1B6MA 4UPJA 1B5FA 5P1UA 3RVIA 5P55A 3D91A 2V13A 4EP2A 2FXDA 4YBIA 3K5CA 4YOAA 3KT2A 4Y5MA 5P7TA 1SGZA 1G6LA 4FS4A 3SA5A 2AZ8A 3O9DA 5P8UA 3SA7A 1GNOA 1RL8A 2WEZA 5DR8A 4I0DA 4TVHA 1K1UA 3TLHA 4QGIA 2UXZA 3TL9A 4ER1E 1C70A 2A4FA 4B70A 5P3KA 3Q70A 4J0PA 2G69A 5P24A 1E80E 5P43A 2CENA 5KR0A 1UH9A 4MC2A 5P1LA 3D20A 1HEGE 4AUCA 5P0NA 3QI1A 1FGCC 1SMEA 4LXMA 3UFLA 4L6BA 2PWRA 2G22A 3EKPA 2BKSA 4Y4EA 1EAGA 3FKTA 4CPSA 1MUIA 3URLA 1HPVA 4NPTA 3QPJA 5P6GA 4U7QA 1BDQA 2H6TA 3JW2A 2Q15A 2AOIA 5SY2A 3NXEA 2Q63A 5P5HA 5ER2E 3T7XA 5OZSA 5P5MA 1MIQA 4Y3JA 5P05A 1XN2A 4COEA 1APUE 1Z1HA 3NDUA 4B1EA 2A1EA 3DOXA 5P4SA 2PH6A 2JJJA 2O4SA 4Z2ZA 3DUYA 3KMYA 2OHPA 5P4FA 3OWNA 4QJAA 4A6BA 5P0MA 5P17A 1B11A 3H0BA 5OYWA 3UQUA 2OHUA 4RCFA 2ER6E 1C6XA 1IIQA 2VIJA 5P0BA 4E43A 1SBGA 2ER9E 3LIVA 2FLEA 5P7QA 2HPFA 4D89A 4K4QA 4AMTA 3VUCA 3IVHA 3KM4A 1BWBA 4OBGA 3CYXA 5P1DA 5KQXA 5DQCA 1NPAA 3LIYA 1TCWA 5P7CA 3PEPA 4AZYA 3ZKMA 3URJA 1NPWA 4I10A 1XN3A 5P2YA 4JPEA 1PSAA 1EBYA 1RNEA 4EWOA 1HXBA 3G70A 5P2ZA 4H3JA 4FE6A 5P29A 3ZPUA 4H3FA 3SA9A 4YDFA 3BUGA 3I6OA 3LNKA 5P84A 1QBTA 3K4VC 4NJUA 5OZBA 2QI1A 5EZZA 3QS1A 4Y51A 3UDPA 4DQHA 5P6XA 5I70A 7HVPA 3NLSA 5P15A 5P6WA 5P2NA 1K2CA 2IENA 4R8YA 4Z22A 3NU4A 5AHBA 3IAWA 4RYCA 3HBOA 2NTRA 4I0JA 2G1NA 5P5WA 3ZKNA 4TRYA 1EPNE 1T3RA 4H3GA 5P6FA 2OF0A 4EP3A 4Y56A 4Y4WA 2VA7A 5P51A 3O9CA 5BRYA 5P3FA 3MWSA 2QD6A 2BPXA 5DR7A 5C9BA 6FIVA 3SA3A 3RTMA 2H6SA 3QBHA 5OZ9A 4EQ0A 2BBBA 5P78A 4FCOA 4QLHA 3TNEA 1ZSFA 1BXQA 1BV9A 3QRMA 1UH7A 5JFUA 2PC0A 1IZIA 1B6KA 2R43A 1LZQA 1FMXA 3VSWA 5P4BA 5P4XA 3UQPA 4GZFA 5SY3A 1LF2A 1ZSRA 5P2VA 1W5XA 3DV1A 4J5JA 4OBZB 4OBZA 3OXWA 3T7PA 5P8MA 3UHLA 5AH6A 5OZUA 3CMSA 2QI0A 1TQFA 1FMBA 2G1RA 3BVAA 3OOTA 5P2CA 5P1SA 3D1ZA 1HVLA 4KUPA 5P87A 3BVBA 1FQ4A 1FB7A 2BJUA 5P6DA 2AOFA 1FFIC 4L7JA 5OYXA 2I0AA 5P6CA 1HPOA 5P3LA 4EQJA 5P0LA 1IZEA 3OQKA 5P3HA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P88 A;  3CKP A;  4Z50 A;  1HPS A;  3VV6 A;  1NPV A;  4B0Q A;  3UDK A;  5KQF A;  5P02 A;  5P6Y A;  4X2L A;  4GJ6 A;  4B00 A;  3QRV A;  2APR A;  2G1Y A;  3VFB A;  3PSY A;  2NXM A;  3MSK A;  4B77 A;  2O4L A;  1SDV A;  6APR E;  2OHR A;  4Y3H A;  4YD3 A;  5P59 A;  2B7Z A;  1HTG A;  4DPF A;  3S43 B;  1HII A;  4H3I A;  4Y43 A;  4CPQ A;  4YBF A;  3S43 A;  2IDW A;  5OZ3 A;  1B6L A;  3CIB A;  3UDR A;  3N3I A;  1SH9 A;  1BXO A;  4J54 A;  5P0Q A;  3EC0 A;  5OZX A;  5P2L A;  5P4N A;  5P56 A;  2WF1 A;  4DVF A;  2V11 C;  4Y3X A;  5P4Q A;  5P6Q A;  2ZJI A;  4R91 A;  5P65 A;  2G1O A;  5P0Y A;  3SKF A;  4RRS A;  4Y5B A;  5P5P A;  4Y3W A;  1HVK A;  1FQ5 A;  3NU3 A;  4Y5C A;  5P63 A;  1CZI E;  5P6A A;  5P6E A;  3B7V A;  3IXK A;  3RU1 A;  3NDX A;  5P3Y A;  5P4G A;  5KQY A;  3S54 A;  1XE5 A;  5P2R A;  3LIX A;  1IDA A;  2I4V A;  4DJV A;  5P7Z A;  4APE A;  3MXE A;  5P3E A;  1MT9 A;  2BPW A;  5P45 A;  5P28 A;  2BPY A;  5CLM A;  2AZC A;  5OZE A;  3EM4 A;  3L5B A;  4YCK A;  3GGV A;  5KR2 A;  2AOG A;  3GGU A;  5P2E A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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