1APWE

Crystallographic analysis of transition state mimics bound to penicillopepsin: difluorostatine-and difluorostatone-containing peptides
Total Genus 88
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
88
sequence length
323
structure length
323
Chain Sequence
AASGVATNTPTANDEEYITPVTIGGTTLNLNFDTGSADLWVFSTELPASQQSGHSVYNPSATGKELSGYTWSISYGDGSSASGNVFTDSVTVGGVTAHGQAVQAAQQISAQFQQDTNNDGLLGLAFSSINTVQPQSQTTFFDTVKSSLAQPLFAVALKHQQPGVYDFGFIDSSKYTGSLTYTGVDNSQGFWSFNVDSYTAGSQSGDGFSGIADTGTTLLLLDDSVVSQYYSQVSGAQQDSNAGGYVFDCSTNLPDFSVSISGYTATVPGSLINYGPSGDGSTCLGGIQSNSGIGFSIFGDIFLKSQYVVFDSDGPQLGFAPQA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystallographic analysis of transition state mimics bound to penicillopepsin: difluorostatine- and difluorostatone-containing peptides.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PENICILLOPEPSIN
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Penicillium janthinellum
total genus 88
structure length 323
sequence length 323
ec nomenclature ec 3.4.23.20: Penicillopepsin.
pdb deposition date 1991-12-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
E PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1apwE02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1apwE01
4J0YA 4Y38A 5ISKA 5OZ6A 2NPHA 2ZHUA 3D1XA 2WF2A 5OZCA 5P5CA 1IVQA 3URJA 5P18A 1IDAA 5OZ2A 4Y5BA 1ODXA 3GI5A 4YDFA 5P3UA 2R8NA 2HPEA 1YTIA 3EL4A 3QN8A 3LINA 1SDTA 3PWRA 1EC2A 5AH8A 3S54A 4J1EA 5DQ1A 4EWOA 3PJ6A 2CEMA 2Q11A 4Q1WA 5OZPA 3BUFA 2WF1A 3PB5A 4Y3RA 5P7TA 3BRAA 4Y4XA 3PEPA 5P32A 3QBHA 5P6UA 1ME6A 2FNTA 3PRSA 5OZXA 5AH7A 5OZDA 1MUIA 4K4QA 2FXEA 3BUGA 3OK9A 5OZBA 3O9FA 4HE9A 1UH9A 5P1HA 4YA8A 5ER2E 4OBDA 4R91A 4HDFA 5P5DA 2AVOA 4XXSA 1TSQA 4Z22A 4EP2A 5HE4A 5P78A 4MC2A 2QD6A 4NJUA 3CICA 1SP5A 5P82A 3QIHA 2V10C 4WTUA 5P6NA 5P7ZA 4FS4A 5P3OA 1FFFC 1ZLFA 3T7XA 4Y54A 5OZZA 5OYRA 3ZKMA 2FNSA 2ZGAA 5P2WA 3PMYA 2Q5KA 1IDBA 3K5GA 5P87A 3OQFA 3MXEA 3GGXA 1AJXA 1KJGA 5ENKA 3K5CA 3K1WA 4JPEA 5P1EA 3R4BA 2FS4A 4EJ8A 3TOHA 5P2YA 2WECA 4YDGA 3ZKQA 1T6EX 1IIQA 3BVBA 4B05A 3I2LA 5P8TA 4F76A 2ER0E 1ZTZA 1LZQA 4DJXA 3IN4A 5P6DA 1FLHA 4ZEAA 2IEOA 2ZJIA 3O9EA 1B6PA 3NWQA 5P77A 2JYSA 4D88A 5P17A 3SM2A 3NDTA 5P1BA 5P6IA 5P5VA 3FNTA 3UHLA 3NDUA 4MC1A 3PCWA 4LXMA 1EBYA 1HVHA 9HVPA 1BVEA 5P3DA 4J1CA 3UDKA 5P16A 3ZMGA 4F73A 5P4SA 3SA4A 1MTBA 3G6ZA 5P6CA 3BVAA 2I4UA 2QNQA 5P22A 2QZWA 1OD1A 3UQPA 3NLSA 4Y39A 3UDPA 3BGBA 3IGBA 5P8KA 5P6XA 4A6BA 2I4XA 5OZJA 5JODA 2G69A 4RCDA 1K6CA 1SDVA 4Y3TA 5P0LA 5OZ1A 3CIDA 5P6ZA 3S45A 5OZNA 4D83A 1BXOA 5P56A 3Q4BA 5P4YA 4Y3WA 3LIZA 5P14A 4Y4EA 3RTMA 4GJ6A 1IVPA 4I12A 5P24A 1MIQA 2R3WA 5P03A 5P4MA 5P07A 2AOFA 2J9JA 2ZE1A 2QI1A 4EXGA 3UDYA 2ZHRA 5P70A 5P2TA 5P8UA 5P05A 1KJFA 1MEUA 1FF0C 2QHZA 1HPXA 5P1DA 4AZYA 5P3TA 4Y47A 3LPJA 3R1GB 1VIKA 5DQCA 2OHNA 4Y36A 1RNEA 4ER4E 5P3VA 5P8VA 3FX5A 4B78A 2NR6A 1BIMA 2HPFA 1K2BA 2XFIA 3I6OA 4Y3QA 5P4OA 3CYXA 3R0WA 5P5TA 4RZ1A 4YE3A 5HDUA 4R8YA 4B70A 3VLBA 4GZFA 5P2AA 1E81E 1M43A 3TPLA 3GI4A 4J55A 5P28A 2AZBA 2HAHA 3F9QA 3EL1A 4QJ6A 1HVKA 1EBKC 3WB5A 2Z4OA 3KDDA 2G21A 3FV3A 4Y57A 4GJ7A 2VJ7A 5KR2A 3B7VA 3PVKA 5P7GA 2QMGA 2QMDA 4FM7A 5P5EA 3WSJA 3INHA 2FDDA 5P8EA 4E43A 4Y5EA 4Y3PA 3OUDB 3OWNA 4BFDA 5C9FA 4D89A 3O9BA 5P1OA 5DR0A 1XN2A 5OZFA 1MESA 4B1EA 3GI0A 5P4HA 3BHEA 4YCTA 3HD8A 5P0XA 3OUDA 4I0FA 3RVIA 3U6AA 4YD3A 2A1EA 4Z2ZA 5OZRA 5AHCA 2QD8A 3EKXA 4I0IA 5P12A 4DQHA 1HTRB 1ZP8A 2ZJMA 4RVXA 4Y35A 3ZPSA 3SO9A 3PI0A 4Y58A 5P8QA 5P5KA 2I0AA 3NDXA 5P6AA 5P47A 5P3YA 1SGZA 4H1EA 4I0GA 5P1RA 1NSOA 5P5XA 3NU9A 5P38A 4Y9WA 5COPA 1MERA 3PSYA 5P4DA 5P4EA 5OZWA 1HSHA 1C70A 3C9XA 2ZJNA 3PSUA 5P5ZA 1GVWA 2IQGA 3T11A 5P1ZA 5P1UA 2A4FA 2G94A 7UPJA 4WY6A 4YCYA 5P8CA 3TOGA 4Y5MA 4B77A 5P3QA 4DFGA 3S43B 5P64A 4OBHA 5P2RA 5P8JA 2V13A 5P83A 2RKFA 1ZAPA 2BPVA 4PZXA 3S53A 5P7MA 2V12C 5P4WA 3ECGA 1KZKA 2BPWA 1HWRA 4DJWA 4YD6A 1T7JA 1CMSA 2AOHA 3S43A 3OU1A 5P3CA 5P40A 2Q64A 3GGUA 4OBJA 2FMBA 3VSXA 5P2CA 1HVJA 2I0DA 2G1OA 1C6YA 3T3CA 4QJ2A 4EJLA 4Y44A 4Y3NA 4U8WA 3NR6A 4WY1A 2BPXA 4OBKA 5P5MA 4YBFA 3TL9A 3TH9A 2O4KA 5P1WA 5T4SA 4I8WA 2Z54A 5SZ9A 1EPNE 5P7JA 5P6FA 2PYNA 4GJ8A 4CP7A 4ZPFA 3AUPA 2IDWA 1MSMA 3VV7A 5P3PA 5P8IA 5APRE 4OD9B 5P2BA 1GNMA 5P4RA 4MC6A 2BPZA 1K1UA 5P1QA 3KT5A 1HTEA 5ER1E 1LEEA 1AJVA 1GVUA 3SKFA 5P0TA 2BKTA 4OD9A 3WZ6A 5P0FA 2FIVA 4YHQA 5OZTA 2VIJA 2VKMA 4GIDA 4FSEA 5P1MA 2PC0A 1BDRA 4FM6A 3UCBA 2F8GA 3MSLA 2B7FA 3TNEA 5P5QA 4OBFA 2FXDA 5AH9A 5P7NA 3IXOA 5P1XA 4NJSA 5EZZA 5P0OA 3KFRA 4Y5NA 2I4DA 2VIZA 1HPOA 4Y5GA 3OUCA 5P0MA 4CMSA 5P4GA 3SABA 3K5FA 2PQZA 5HD0A 5HE5A 4I10A 1HSGA 5P8MA 1EPQE 5P8NA 1MTRA 3EKQA 3TPRA 2R38A 4Z50A 1APTE 1A30A 5P48A 3RU1A 3UDMA 3HLOA 4U7QA 4Y48A 3ZLQA 5IVRA 3VFAA 5P4BA 3NXNA 3O9LB 4TVHA 3EKVA 3OAGB 5KQFA 3D3TA 4J0PA 4X7IA 4QGIA 3D1ZA 2VA6A 2UXZA 5P1AA 3Q5HA 2G26A 3NWXA 3OHHA 4HDBA 1DIFA 4XKXA 5P0PA 3O9LA 4BELA 5P4JA 2Q63A 3FSMA 2P4JA 2WF4A 1GNOA 3OAGA 5P6QA 5P5RA 1FMUA 2QU2A 3ZPUA 2QI5A 3S7MA 5CLMA 3O9DA 1YT9A 5OYQA 4U7VA 1LYWA 5P5PA 3KYRA 4M8YA 1EC1A 2WKZA 5P3SA 4J1HA 2WL0A 3KFPA 4DQCA 1F34A 1BAIA 4LHHA 3L5FA 1T7KA 3OOTA 3GGVA 5IVQA 5P8FA 1QBRA 4L7JA 4B72A 4AA9A 4FAEA 1QBSA 1XS7D 5J25A 4LAPA 4J1FA 5JFPA 5P3JA 3RTHA 5P5YA 1YTGA 4J0TA 2HB2A 3UF3A 5P6PA 3HDKA 5P4ZA 3NU4A 4L7HA 1E5OE 3EKYA 3QS1A 4H3GA 1META 4EQJA 2PSGA 4LL3A 1EBZA 3D1YA 5OYTA 3CYWA 2AZ8A 5P60A 1AM5A 3K5DA 3O9HA 2ZJHA 2O4PA 3I25A 4OBGA 3VYDA 3URIA 5P2GA 1QBUA 5P0WA 1Z1RA 1ZPKA 2UY0A 3OY4A 3EC0A 1BILA 4D85A 2VJ9A 5P8AA 2B8VA 4Y4TA 2IENA 4B1DA 5P44A 2R5QA 4Y3EA 1MRXA 5P4XA 1DP5A 1A8GA 3UDHA 3VYEA 3KDCA 2F3EA 1TW7A 5P6WA 3UQRA 2P3CA 1WBKA 1XL5A 5P8GA 1SDUA 1QDMA 1SH9A 4I11A 4DH6A 5P4UA 3QPJA 1BVGA 5DR8A 3SA6A 4TRZA 5P3LA 3UQXA 5DR7A 2QI6A 4JOOA 4DPIA 5P61A 3RSVA 4FGXA 2R3TA 4KE1A 3INFA 2AVQA 3EM3A 5KOSA 2G20A 4QJ8A 4M8XA 1EPOE 1ODWA 3PHVA 2PK6A 3UDJA 5P42A 5P2NA 4HLAA 3BC4A 1ODYA 3MSJA 1BBSA 5P3XA 1HEFE 5P8OA 5P51A 4LBTA 4I0ZA 1J71A 2F80A 5OZ5A 4GJBA 1LYBB 2CENA 5P84A 4FL8A 1IBQA 5P43A 2XYEA 3HVGA 1FB7A 2V00A 4R93A 5P31A 4NPTA 4DQFA 3VEUA 4DJYA 2OHMA 5P8RA 3EBZA 3UDRA 1W6HA 4DI2A 1LYBA 5P6RA 2QMFA 1A94A 1ENTE 2AZCA 2P8HA 1OEWA 4Y3ZA 5P11A 4OC6B 3KT2A 1AIDA 1W50A 4OBZB 5P0GA 4N00A 3SA8A 3VF7A 5OYZA 3FNSA 5OZAA 4J1IA 3TPPA 4Y5CA 5P4VA 4I8ZA 5P6VA 4DV9A 4XX3A 4Y6MA 3EKWA 1PSAA 5P0CA 4R92A 2IGYA 3NU6A 4IVSA 5P4NA 5P0DA 4OBZA 3VG1A 2OAHA 2ZDZA 5I3XA 1LF4A 5P15A 2OHKA 5P20A 3KMYA 5P7HA 4Z4XA 3S85A 1RL8A 3KF0A 3KFNA 5P1TA 4Y5KA 3FKTA 2I4QA 4L6BA 5P3MA 5P3BA 5P0AA 3ZKGA 3OXVA 5P7BA 2ZJJA 5P3GA 4J5JA 4DJRA 5F00A 3T6IA 1AVFA 2BKSA 5P55A 3QAAA 4YD7A 7HVPA 1MT8A 5P4KA 5P0JA 2ER9E 2AVMA 4RRNA 4CPUA 3OHFA 1MRWA 2ER7E 2O40A 2BPYA 5P69A 1FQ7A 4D8CA 3DCRA 3VV6A 2PYMA 4Y3DA 1APWE 2QI7A 2QP8A 2ZHSA 1APUE 1ZSFA 4GJ9A 4EYRA 3EM6A 4KUPA 1UPJA 3U71A 2PSVA 3IXJA 1FIVA 3DCKA 2QCIA 2HB4A 5P62A 4YBIA 4J0VA 4PEPA 5P7SA 5P7XA 4RGHA 4Y41A 4EQ0A 1DPJA 1AZ5A 1HIIA 2HS1A 5CONA 1CPIA 2OHLA 3OTSA 5P6SA 5ENMA 4ZSPA 5OZ8A 5COKA 1HHPA 5P2QA 1TCXA 5P7WA 2B8LA 4K8SA 5P2SA 5P7FA 5P3WA 1CZIE 4AUCA 1EPLE 3S7LA 3TTPA 3O9GA 3DM6A 5P8BA 1JLDA 1SIVA 3LHGA 5HU0A 4LC7A 4JECA 2G24A 4IVTA 5P4PA 5P75A 1HVCA 1E82E 5P45A 2V11C 5P6HA 2AOJA 1GVTA 1VIJA 4HZTA 1XE6A 5P68A 2ZHVA 5P02A 5P36A 5OYUA 5AHBA 1YM4A 3OU4B 3FNUA 5P09A 5IE1A 1WKRA 1NH0A 3JVYA 5P6GA 2AVSA 5OZKA 3L58A 3S8IA 3Q70A 2QAKA 1NPVA 3OU4A 3INEA 4RYGA 5KQYA 4Q1NA 5OZ7A 2QNNA 1IZHA 1PPME 1ER8E 5P52A 2AODA 3EMYA 5DR1A 3PLDA 5OYWA 3APRE 3M9FA 2JJJA 2RSPA 2B7ZA 4Y53A 2AZ9A 3HW1A 5P7PA 5SXNA 3INDA 4APRE 3PM4A 4UPJA 4Q1YA 2P3AA 2IL2A 5P2MA 1U8GA 3IVIA 3UQUA 5P8DA 5SY3A 1SGUA 3EL0A 5HTZA 5DPZA 1PFZA 5TOLA 3SPKA 5P73A 5P0HA 2WJOA 4FLGA 2WEDA 4RYCA 1D4SA 2HC0A 2OHQA 5P5HA 5BWYA 4QJAA 1FFIC 2WF3A 4ACXA 5OZIA 5OZSA 2RKGA 2QZKA 3Q6YA 2IS0A 5P0BA 3L38A 5P0YA 1BV9A 4GJDA 5P5UA 3PGIA 3LZVA 2QU3A 1E80E 5OZ3A 1GKTA 3TPJA 4CPQA 2OF0A 4B1CA 3BUHA 4EHCA 3OGPA 5IVTA 5P10A 5P7YA 3ZKNA 2PK5A 3NUJA 4H3FA 4Y4JA 3U7SA 5OZ9A 5P1IA 4HVPA 5P2FA 5UPJA 3NU3A 2P83A 1IZEA 2QI0A 1HRNA 3JVWA 1XL2A 2NNKA 3FIVA 1YTJA 5P53A 1PPKE 3TKGA 3OQDA 3SAAA 4ZSQA 1HIVA 5E5KA 3CMSA 4MC9A 4F75A 1B6KA 2XYFA 1W5XA 5P41A 2QI4A 5P7IA 3SLZA 3VCMA 4X2LA 4YCKA 2AOIA 3VV8A 3Q3TA 3NDWA 5DQ4A 1DMPA 4I0EA 5DR3A 2NMZA 3I8WA 5P6LA 3JW2A 2H6TA 2V16C 1TQFA 5P4AA 5DGWA 2B42A 5P5IA 3N4LA 5P2EA 3QP0A 5HCOA 2VS2A 1AXAA 1LV1A 4QJ7A 4LP9A 4YD4A 2QZXA 1HSIA 5P74A 4A6CA 4CPRA 4ER1E 2B60A 2FLEA 1B6JA 2G22A 5P63A 4RROA 5P4LA 5P7EA 1HVSA 1APVE 3R2FA 1W6IA 1BV7A 4DJPA 2XFKA 1KJ4A 1K6PA 4CPWA 2IKOA 1YTHA 3ZKXA 1EC3A 3QRSA 3EL5A 4J17A 1B5FB 2OHTA 4Y5PA 1BWAA 3L5BA 2WEBA 1Q9PA 4YOBA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4J0Y A;  4Y38 A;  5ISK A;  5OZ6 A;  2NPH A;  2ZHU A;  3D1X A;  2WF2 A;  5OZC A;  5P5C A;  1IVQ A;  3URJ A;  5P18 A;  1IDA A;  5OZ2 A;  4Y5B A;  1ODX A;  3GI5 A;  4YDF A;  5P3U A;  2R8N A;  2HPE A;  1YTI A;  3EL4 A;  3QN8 A;  3LIN A;  1SDT A;  3PWR A;  1EC2 A;  5AH8 A;  3S54 A;  4J1E A;  5DQ1 A;  4EWO A;  3PJ6 A;  2CEM A;  2Q11 A;  4Q1W A;  5OZP A;  3BUF A;  2WF1 A;  3PB5 A;  4Y3R A;  5P7T A;  3BRA A;  4Y4X A;  3PEP A;  5P32 A;  3QBH A;  5P6U A;  1ME6 A;  2FNT A;  3PRS A;  5OZX A;  5AH7 A;  5OZD A;  1MUI A;  4K4Q A;  2FXE A;  3BUG A;  3OK9 A;  5OZB A;  3O9F A;  4HE9 A;  1UH9 A;  5P1H A;  4YA8 A;  5ER2 E;  4OBD A;  4R91 A;  4HDF A;  5P5D A;  2AVO A;  4XXS A;  1TSQ A;  4Z22 A;  4EP2 A;  5HE4 A;  5P78 A;  4MC2 A;  2QD6 A;  4NJU A;  3CIC A;  1SP5 A;  5P82 A;  3QIH A;  2V10 C;  4WTU A;  5P6N A;  5P7Z A;  4FS4 A;  5P3O A;  1FFF C;  1ZLF A;  3T7X A;  4Y54 A;  5OZZ A;  5OYR A;  3ZKM A;  2FNS A;  2ZGA A;  5P2W A;  3PMY A;  2Q5K A;  1IDB A;  3K5G A;  5P87 A;  3OQF A;  3MXE A;  3GGX A;  1AJX A;  1KJG A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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