1AXAA

Active-site mobility in human immunodeficiency virus type 1 protease as demonstrated by crystal structure of a28s mutant
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGSDDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Active-site mobility in human immunodeficiency virus, type 1, protease as demonstrated by crystal structure of A28S mutant.
pubmed rcsb
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
molecule tags Aspartyl protease
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1997-10-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1axaA00
5P5PA 2HIZA 3BUFA 3EM3A 3KYRA 2SAMA 1IZDA 5P47A 2P3DA 5P25A 5KQXA 4I0EA 4X7IA 5P4IA 3D1XA 3QN8A 4Y3LA 5HU0A 5OZTA 5OZGA 5COPA 2R43A 5OZ0A 5OZEA 2Z4OA 1SIVA 4L1AB 5P5EA 5P7QA 3EKYA 5P18A 3OTYA 5DQ5A 4Y3JA 4ZPGA 5P3FA 5P5XA 3R2FA 1FIVA 2BPVA 5P7OA 5P72A 3INFA 5P01A 1YX9A 5I3YA 5COKA 4HA5A 4Y3DA 3EL4A 2O4SA 3EM4A 2VJ9A 1AXAA 5P0FA 2VIZA 2EWYA 3K5FA 2AVMA 1LF2A 1QRPE 4RRNA 4B70A 5OZ3A 2Q63A 4B05A 3FNTA 2G1RA 3RTHA 4FAEA 2G21A 5P0QA 3PVKA 2PC0A 5KAOA 5P8UA 7HVPA 3O9LB 4HZTA 3WSJA 3VUCA 4YD3A 5P1BA 1HTRB 1N49A 3ZOVA 5P4XA 4H3IA 3NLSA 3KDBA 2WEBA 5P49A 2PSUA 4FRKA 5E5KA 5P06A 1EAGA 4Y47A 1W6HA 3FNSA 2PH6A 5OYRA 2J9JB 4OBZA 4Y4BA 5P8TA 4B72A 1MRXA 4Y4EA 3T7PA 2WF3A 1LS5A 3O9GA 5OZNA 1NH0A 3UHLA 2AZCA 1AAQA 5P8GA 3T6IA 2QMFA 5P3UA 5P7EA 2HPEA 3SA4A 5P4KA 5OZVA 2OF0A 5P6PA 3WB5A 2QAKA 4YDFA 4I1CA 4QGIA 4Z50A 4ZIPA 3PB5A 2ZHUA 3HLOA 5P5HA 4RRSA 5P7AA 4FAFA 4YA8A 5P5JA 1IIQA 3OAGA 5P26A 1GNNA 4MC1A 4TVGA 3ER5E 2PH8A 5P3HA 1VIKA 2VA7A 4GJ8A 5ENKA 3UF3A 4R93A 5P86A 4F75A 5AHCA 1MEUA 2I4VA 5IVSA 1GNMA 1F34A 5P28A 5P37A 3OQAA 5P5UA 3RTNA 5P6TA 5P0AA 2WEZA 2I0DA 1TCWA 3DCKA 4YBFA 3MWSA 5P38A 2ZJJA 5P45A 1PSAA 5P46A 5P40A 5P87A 5P5MA 3PI5A 3S45A 3CIDA 5P27A 4TRYA 4L7HA 2HC0A 4YOBA 2OHNA 4NJVA 3OHHA 2PYNA 6FIVA 3ZKSA 3TOGA 4M8YA 4FS4A 2ZHTA 5P6XA 2F81A 5KR1A 3AUPA 5P0GA 4OD9A 5P1EA 1BV9A 5OZRA 1EBYA 5OZAA 1T6EX 2PMAA 3JW2A 3DCRA 4OBZB 5P5LA 5P6MA 4FGXA 2IEOA 2H6TA 4FL8A 1AM5A 5DQ2A 5P2WA 1ZBGA 1ZSFA 4R95A 1SBGA 3UDPA 5P1VA 5P7GA 3OXXA 2PQZA 5P5CA 4YD4A 4HDBA 4FM7A 4LP9A 2OHUA 1ODXA 4YE3A 1APVE 5P7IA 3BGBA 3L38A 3DUYA 5P4YA 5P0VA 3UQXA 5CLMA 2A1EA 2FDDA 2IKUA 4EJKA 1QBSA 2BJUA 3UDHA 3OU1A 4K4QA 5P6LA 5P6WA 3TPJA 5P5AA 3LPIA 2QNQA 5P3QA 3KM4A 2WJOA 4Y5CA 3TNEA 5P4BA 5P59A 4I11A 1SH9A 4I0JA 4Y35A 1NPWA 5P4ZA 4TRWA 5P2RA 5P60A 5P4DA 4I8WA 5P1GA 4RZ1A 3QBFA 1GVVA 5P2DA 2VA6A 3URJA 4DH6A 1M4HA 2V10C 3L5BA 5P4EA 5E5JA 1APWE 2ZYEA 5P0DA 1IDAA 1UH9A 1BILA 2PK5A 2Q3KA 2R5PA 2ZHSA 2I4WA 5I3VA 3LPJA 2QI0A 3PSYA 2FXEA 2BKSA 3D3TA 4Y5GA 4M8XA 1C70A 1SIPA 5P3RA 5P74A 2I4DA 5ISJA 2P8HA 1M43A 2XFJA 5OYTA 5FIVA 2JJIA 4DPIA 4ER1E 3IVHA 4HEGA 2R3TA 2Q54A 3VSXA 5OYXA 5P1DA 1TZSA 3KMXA 3TTPA 3CYWA 1G0VA 5OYWA 4FIVA 4OD9B 3ZKGA 2HS2A 4YD5A 1HTGA 3D1ZA 1MSMA 3NU5A 3L3AA 3IXJA 4Q1XA 5P3DA 4UPJA 4S1GA 4WTUA 1F7AA 2OHMA 3D91A 5P8BA 3ZPTA 4OBFA 2P83A 3OU3A 1ODWA 4I0GA 2ER9E 4ZPFA 1KJ7A 4XX4A 1ODYA 5I3WA 3SAAA 5P52A 2ZJIA 1DIFA 1QDMA 2HM1A 4I0DA 3VLBA 1YTJA 5P12A 1EPPE 2HS1A 5P8OA 2G1SA 2PWRA 4Q1WA 3EKQA 5P1WA 1YTGA 2UXZA 5IE1A 4Y3FA 5P29A 2VS2A 1B6JA 5P4SA 5P5RA 5KOSA 3OU1B 4H1EA 4N00A 4LL3A 5P32A 2QNPA 1HVKA 3HDKA 3BXRA 4LXMA 3B7VA 2I0AA 3I7EA 5P7KA 1FG6C 3GI5A 4QJ7A 4F73A 4DQEA 1B6LA 3UTLA 4RLDA 3ER3E 5P4AA 4APRE 2QZXA 3AIDA 4QJ2A 2FNSA 5OZCA 3QBHA 3T7XA 3WB4A 3QPJA 5DGWA 2APRA 5P24A 4GJBA 2HAHA 3KMYA 5P8KA 1EBWA 3OUCA 3R4BA 4XKXA 1HVHA 5SY3A 3Q5HA 4NKKA 5C9DA 2ZJNA 3I6OA 5P1RA 3OK9A 3Q4BA 3HBOA 1AJVA 3OQ7A 5CONA 3UDRA 3VSWA 2P3AA 4U7VA 5P0UA 2QHCA 4KE0A 5AGZA 4GJ9A 5P7TA 5P7DA 1FMBA 5P6FA 3TKWA 5P8SA 3KFRA 3UFNA 4Y4XA 4Y3QA 5P6GA 1APTE 1KJFA 3HVPA 4R5NA 2NNKA 3OQFA 4L6BA 4I8ZA 2IQGA 4YDGA 4A6CA 3DOXA 5C9BA 3OADA 4Y48A 2ZGAA 3LIYA 5P23A 1A30A 1EPME 2ZJMA 5P31A 4Y4TA 2WEDA 2AVSA 5P3XA 3EKPA 5P4MA 4Y58A 3H5BA 4YHQA 1LYAA 4Y4GA 5P3IA 2B8LA 4U8WA 5P6BA 2WL0A 4KB9A 4IVSA 5P8CA 1RPIA 1IZIA 5DQCA 5P2XA 3HVGA 5P10A 5P5ZA 5P1MA 5P5IA 2I4QA 5P0WA 4I0FA 5P7CA 4WY6A 3NDXA 5P7WA 1DAZC 1MESA 5OZYA 1AJXA 3EL5A 5P39A 5P4OA 4EPJA 2AOGA 1LYBA 3UQWA 1HSIA 1IVQA 4Y39A 5JFPA 1W5VA 4D83A 3IN3A 5P1AA 1DP5A 2AZ8A 5P6YA 4GJ6A 5P7YA 5OZ1A 3O9HA 1A8KA 3Q70A 1MTRA 2I4UA 4Y5PA 4DJUA 4K4RA 3O9EA 3IN4A 3EL1A 4F74A 2QMGA 1PFZA 3OHFA 5P57A 5OZHA 5P8DA 1XE5A 2IL2A 1APUE 3L5EA 2V00A 3OQDA 5P4GA 1A94A 3M9FA 5ER1E 5P0SA 5P6ZA 5P5VA 1LYWA 1BVEA 5P6IA 3I2LA 1KJHA 3UQRA 4DJWA 4K4PA 3L5CA 2R38A 5OZKA 5P7MA 5DR7A 5P3GA 3T11A 3ZMGA 2AZBA 1E82E 3FKTA 3UFLA 5P7SA 3L59A 2QU3A 5JFUA 4ER4E 4Y3HA 1XN2A 1HVLA 1D4YA 3N4LA 1FQ5A 3KA2A 5P0CA 2OHTA 1MRWA 2OHPA 5OZQA 3GGAA 1PROA 4QJ9A 3OADB 5P22A 3LZVA 5P0EA 1ENTE 2VIEA 1MVPA 1W51A 2V0ZC 3ZKQA 1FMXA 5KR2A 4HDPA 2BPYA 5P3AA 3NYGA 1TW7A 5P6QA 1VIJA 1LYAB 4J1KA 4Y4WA 2VJ6A 4DJRA 4DQGA 2VIJA 4DI2A 5P4TA 4LAPA 4RVIA 1HTFA 3G70A 5PEPA 3PGIA 1FG8C 2OHRA 5HTZA 2JXRA 5P2CA 5P2VA 1LYBB 5P1ZA 3EKTA 5DQ4A 5OZDA 4PZWA 1D4KA 3PSGA 5P13A 3CIBA 2OHSA 3LIVA 3K4VA 3IAWA 5P1TA 5P3OA 1C6ZA 3IXOA 2Z54A 2V16C 5P0IA 3SO9A 1TQFA 1ZPKA 4J0YA 5P6OA 1PPME 3KN0A 3IVIA 1ME6A 2Q55A 4J1FA 3IGBA 5DGUA 2BKTA 4BEKA 3KT5A 4DQCA 5P16A 4FSLA 3UDKA 1LZQA 4J1CA 3NWXA 3KFNA 2BPWA 2PYMA 5P88A 1T7KA 5P5NA 3PHVA 3LIQA 4GIDA 3BRAA 3VFAA 3LZSA 1NPVA 5P3EA 1LYWB 3T7QA 5P2EA 4EQJA 5AH6A 2WF1A 3TOFA 4B1CA 1HPVA 2G1OA 5AH9A 1FQXA 3SA7A 3WZ8A 5P7FA 5P0XA 2Q15A 4EXGA 3PLLA 4JECA 4Y6MA 1ZSRA 1SDVA 2NNPA 3NU6A 3R1GB 1SGZA 4GZFA 1EC3A 2NMYA 3OGQA 5DR1A 4CKUA 3LINA 1RV7A 4EP2A 4NJSA 2BB9A 2G24A 3D1YA 5P2GA 3KT2A 3UDJA 1SMEA 3VCMA 5P8AA 5OYZA 5OZSA 5KQFA 5P1CA 4FCOA 4Y5AA 5P6DA 2BPXA 5OYVA 3K4VC 2AVVA 1Z1HA 4Y3YA 3QVCA 4ZSQA 1XS7D 1KJ4A 4FRSA 4WY1A 5P2JA 5KR8A 2F80A 2IKOA 3MSJA 3O99A 5P34A 5IVQA 3VF3A 1ZP8A 3HW1A 1CZIE 3WZ6A 5DR8A 2QI3A 5P1OA 3BVBA 5P11A 4Y4DA 5OZ8A 4QJ6A 4DFGA 2IENA 5HDVA 3SABA 4RCEA 1EBZA 1D4IA 3OUAA 5P0BA 5P1PA 3SM1A 4EWOA 1T6GA 1LEEA 3KF0A 2WF0A 3NDUA 5DR4A 5HDZA 5P4CA 1EPQE 3SA6A 4RCFA 1MERA 3PWRA 1XL2A 2NXLA 5SZ9A 1FB7A 5TOLA 3VYDA 4Y9WA 3B80A 1HPSA 1B6PA 5OZOA 3PM4A 2AZ9A 2AIDA 2AOFA 5P65A 5KR0A 2B42A 3EC0A 4R8YA 3CKRA 3OGPA 3VG1A 1LF4A 5OZFA 5P73A 3URIA 5P56A 2RKFA 5P58A 4DJXA 4J0ZA 5P1SA 3VFBA 4NJUA 5P8QA 1EPNE 2AODA 2R3WA 5P0NA 5P63A 4Z2ZA 2QZKA 2ZJKA 4Y3PA 5P2TA 4FLGA 4QLHA 5P6KA 4QJ8A 5OZ7A 4PYVA 3SACA 1YM2A 4Q5MA 5P19A 3EKWA 5P8LA 1IDBA 3NWQA 5P2IA 3S43A 5P2KA 4CPUA 3I25A 3APRE 2QI7A 2CEJA 5P67A 3NDWA 2ER7E 5DPZA 2JJJA 2QI5A 5P6RA 5KOQA 5P8PA 5P4HA 4J5JA 5P2QA 4GJ5A 3GGVA 2VA5A 3OUDA 5EZZA 4OBGA 2PWCA 2BPZA 3QRSA 4OBJA 4Y50A 2BQVA 2QD7A 3PBZA 4FE6A 4GMIA 4J0TA 3ZPSA 5P3CA 4LXKA 5P3VA 4CPTA 3SA5A 5P3KA 1QBTA 1BBSA 2QK5A 5P48A 5P77A 5OZLA 2AOHA 5P0ZA 3S53A 5P3LA 1D4JA 2VJ7A 5P02A 5P09A 3NR6A 1J71A 5P2SA 4EYRA 3NXEA 4Y5KA 3H0BA 1YM4A 5P1FA 5HDUA 3QRMA 1LV1A 1OEXA 4Y5EA 5HDXA 5DR3A 3PMUA 5P5TA 1BIMA 5P7PA 2NXDA 4B1EA 2QMPA 3RTMA 4Q1NA 3U6AA 3DK1A 5P66A 4J1EA 3PWMA 5OZBA 2F3FA 1AZ5A 2ANLA 1YTHA 1EC0A 3SKGA 4Q1YA 3EL9A 2WF4A 4DQBA 4Y51A 1CPIA 5SXNA 4COEA 5HD0A 3JVYA 3ZLQA 3BUGA 1HHPA 5P2FA 3C9XA 4EHCA 1IZHA 4R91A 4JP9A 3O9FA 5T4SA 4AUCA 1K6PA 1HRNA 4Y4AA 2QZLA 5P6UA 5P89A 1G35A 4YCYA 3SFCA 1UH8A 1FFFC 4Y3GA 3PEPA 5APRE 6APRE 4R92A 2MIPA 5P30A 5OZXA 3S56A 3VYFA 3S43B 3UDNA 3G72A 2HB4A 3FSMA 2NMZA 1RQ9A 3OQKA 2QP8A 5P7VA 3PLDA 3K5GA 4CPWA 4PHVA 3INDA 3CKPA 4Z4XA 4J55A 1B5FB 4Y44A 4ACXA 5P2OA 4CP7A 5P43A 5P8FA 5P8IA 5P00A 4Y45A 4ZLSA 1BDRA 4TRZA 1XDHA 2UY0A 1ZPAA 3OUDB 1BDLA 1TSQA 4Y3NA 3NSHA 3OY4A 3VF5A 1ZTZA 3L5DA 3MSLA 5P6CA 1PSOE 3CICA 4Y43A 2B60A 3VYEA 5HE4A 4EXHA 6UPJA 4I0HA 5P1QA 4Y5MA 4DJYA 2ZJLA 2G22A 1GNOA 2V11C 5P78A 2IRZA 5P2AA 1HVIA 1MIQA 4EP3A 3QIHA 2J9KA 4OBKA 4HVPA 4D85A 4RGHA 1E5OE 1HPXA 5P0MA 4LC7A 1K6CA 1M0BA 2QU2A 3RSXA 5OYQA 1FKNA 5P85A 2QHYA 5P07A 3SA8A 1BXQA 2I4XA 1YG9A 5P17A 5P0HA 5P3YA 3IA9A 4X2LA 4B78A 2VKMA 2FGUA 2F3KA 2OAHA 5P55A 5P2UA 4B1DA 4YD6A 4CPRA 3GI6A 3R0YA 5UPJA 1QBRA 2R8NA 4U7QA 5P5GA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P5P A;  2HIZ A;  3BUF A;  3EM3 A;  3KYR A;  2SAM A;  1IZD A;  5P47 A;  2P3D A;  5P25 A;  5KQX A;  4I0E A;  4X7I A;  5P4I A;  3D1X A;  3QN8 A;  4Y3L A;  5HU0 A;  5OZT A;  5OZG A;  5COP A;  2R43 A;  5OZ0 A;  5OZE A;  2Z4O A;  1SIV A;  4L1A B;  5P5E A;  5P7Q A;  3EKY A;  5P18 A;  3OTY A;  5DQ5 A;  4Y3J A;  4ZPG A;  5P3F A;  5P5X A;  3R2F A;  1FIV A;  2BPV A;  5P7O A;  5P72 A;  3INF A;  5P01 A;  1YX9 A;  5I3Y A;  5COK A;  4HA5 A;  4Y3D A;  3EL4 A;  2O4S A;  3EM4 A;  2VJ9 A;  1AXA A;  5P0F A;  2VIZ A;  2EWY A;  3K5F A;  2AVM A;  1LF2 A;  1QRP E;  4RRN A;  4B70 A;  5OZ3 A;  2Q63 A;  4B05 A;  3FNT A;  2G1R A;  3RTH A;  4FAE A;  2G21 A;  5P0Q A;  3PVK A;  2PC0 A;  5KAO A;  5P8U A;  7HVP A;  3O9L B;  4HZT A;  3WSJ A;  3VUC A;  4YD3 A;  5P1B A;  1HTR B;  1N49 A;  3ZOV A;  5P4X A;  4H3I A;  3NLS A;  3KDB A;  2WEB A;  5P49 A;  2PSU A;  4FRK A;  5E5K A;  5P06 A;  1EAG A;  4Y47 A;  1W6H A;  3FNS A;  2PH6 A;  5OYR A;  2J9J B;  4OBZ A;  4Y4B A;  5P8T A;  4B72 A;  1MRX A;  4Y4E A;  3T7P A;  2WF3 A;  1LS5 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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