1AXAA

Active-site mobility in human immunodeficiency virus type 1 protease as demonstrated by crystal structure of a28s mutant
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGSDDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Active-site mobility in human immunodeficiency virus, type 1, protease as demonstrated by crystal structure of A28S mutant.
pubmed rcsb
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
molecule tags Aspartyl protease
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1997-10-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1axaA00
2Q11A 3C9XA 5OZHA 2CENA 1OEWA 3VSWA 1WBMA 1EBZA 2RSPA 5P3QA 3BC4A 5P3CA 5P3RA 5P8NA 5P4RA 5P1RA 5JFUA 3ZKXA 4YCYA 4YD6A 1K1TA 3NU5A 5P7IA 5P12A 3UDYA 5P15A 3EM6A 2PYNA 4ZEAA 5OZ9A 2Q3KA 1PPME 2V11C 5P1YA 1FQ6A 4GYEA 3MSKA 5P5QA 1FQ4A 1EPME 5P87A 2G27A 3UQWA 3SO9A 5P39A 3D3TA 4CPUA 3NUJA 5P4DA 1ZAPA 3G72A 3ZPSA 5HU0A 3DCKA 5P3VA 3WZ6A 4X7IA 3O9DA 1HVJA 5IVRA 5AH8A 1T7JA 2B7ZA 2FIVA 5P7NA 3R0YA 2NTRA 5P1ZA 5P5KA 5P72A 4I0ZA 1K2CA 5P4CA 1MEUA 5P49A 5P7RA 5P5OA 1LF4A 3NXEA 3PM4A 3CMSA 3TNEA 1XN2A 3JW2A 4RVJA 3LIZA 5P0ZA 5P2KA 3ZKIA 3I8WA 4BFBA 2ZJJA 3KFRA 5P05A 5P5JA 3EMYA 2VNNA 5P5EA 1FIVA 3GGAA 5P2RA 4Y3ZA 1AAQA 3UDMA 3ZKNA 3RTNA 3KFSA 2V16C 1GNNA 1WBKA 1GNMA 5P01A 2VA7A 3K4VA 4YD7A 3T7PA 1BVEA 5P2SA 1XDHA 1BDRA 3PRSA 5SXNA 1QBRA 3TOGA 5P16A 5P2EA 1ENTE 1EPPE 2OHRA 3OHHA 4JECA 5CLMA 4FS4A 3WZ8A 6UPJA 4YOAA 2V12C 4OBZB 5P59A 2QI6A 3UQXA 5P64A 5P0SA 3NU6A 1W5WA 4JP9A 3D1YA 1HPOA 3SA5A 3SLZA 1NPWA 4NPTA 5P0XA 5ER1E 5P7XA 5OZOA 5P2DA 4Y3LA 2NNPA 1KZKA 5P6LA 3IXJA 3PGIA 2AVMA 5AHAA 5P8JA 3ZKMA 2G1YA 3L5DA 3LIVA 2BPYA 5DGWA 3ER3E 1A94A 5ISKA 1FG6C 5P1XA 2ZHRA 4ZPFA 2BBBA 4L7HA 2AOGA 5OZQA 4R91A 3QPJA 1EPRE 4NKKA 5OZVA 1J71A 4B78A 1FLHA 3CIDA 2QZXA 3QVIA 4UPJA 4I0IA 3TOFA 2F80A 3UDRA 1META 3IGBA 1IBQA 4Y56A 5P4ZA 3TPRA 1K2BA 3URLA 5OZAA 3BUGA 2UY0A 2VKMA 1D4KA 3UHLA 3D20A 5P1OA 3OU1A 4DJXA 4FCOA 5P0DA 5P6MA 1LZQA 2QAKA 4Y48A 3UQUA 4KE1A 4Y3NA 3KT2A 2OHSA 3INFA 4DJYA 5P0BA 2Z54A 4QJ9A 4RCEA 2AIDA 5AH7A 5P3TA 4DFGA 5P54A 3Q4BA 4DQEA 5P0QA 5P7ZA 4EJ8A 4Y3MA 4E43A 4Y5AA 3I2LA 5P7SA 1IZIA 1TQFA 1B11A 3ZPUA 5P08A 5P1NA 3LIQA 1RQ9A 4R93A 2ZJNA 3FNSA 1UH8A 4B70A 4KE0A 4Y50A 5P3XA 5HTZA 3HD8A 5P7CA 5P7EA 4ZSMA 5P7VA 2WF3A 1W6HA 5P86A 1YTHA 4K4PA 3MSLA 3S56A 2B8LA 2OHMA 1AIDA 4YD4A 5OZGA 4U7VA 3LZUA 2UPJA 4WY6A 3OWNA 3S43A 4EHCA 5SZ9A 5P3LA 2BQVA 1GNOA 2WEAA 5P8SA 3NU9A 5P32A 1FFFC 3QS1A 5P0RA 1MTRA 5P67A 2V10C 5P8MA 5P6FA 2F8GA 3OU3A 4CMSA 2BPVA 5P88A 1YTIA 5OZ6A 5P4YA 2Q54A 5P0PA 3Q70A 5P5WA 5P7DA 3UCBA 4I0FA 1HTFA 1GVWA 3JVYA 4Y3HA 3S7MA 5FIVA 5OYXA 5P8VA 3NYGA 5P5MA 3L59A 4LC7A 1W5XA 2R38A 2G1RA 5P2XA 3QP0A 4Y3QA 1BDQA 3PSYA 3BXSA 4TRWA 3BHEA 3HAWA 3LIXA 2AZBA 4OC6A 1D4JA 4RVXA 4RYCA 4DVFA 5P26A 3PBZA 4Y3XA 1W50A 5P6EA 4MC9A 2JJJA 3PLLA 4Y4EA 3QIHA 4MC1A 4Y4WA 2QHZA 5P68A 3R2FA 3FNTA 5OYVA 5P6VA 4AMTA 5P1TA 2O4SA 2R9BA 5P7UA 8HVPA 2RENA 2Q15A 5DQ1A 4EWOA 6FIVA 2ER9E 1FQ8A 2AZ9A 2ER0E 5P6AA 5IS4A 5P61A 2R5PA 2IQGA 4TRYA 4D88A 2H6TA 3UDJA 2I4DA 4Y38A 4D83A 5E5KA 3OU4B 5P6ZA 1CPIA 5JFPA 2R8NA 4LXKA 5P28A 2ZHTA 1XS7D 5KQXA 4WTUA 1PPKE 4TVGA 4NJUA 2HPEA 1C6XA 4LXAA 2JXRA 5I3WA 4R92A 3QN8A 5P5RA 2QU3A 2O4KA 5P5TA 5P2NA 5P69A 4CPSA 3BVAA 1C6YA 5P77A 2QI1A 2QNQA 3PB5A 4Y4ZA 2WEBA 5P47A 2APRA 5P53A 1DW6C 2FDPA 3PCZA 3KDDA 2F81A 3IVIA 5P0FA 2IKUA 1FEJC 4J0ZA 5P56A 3R4BA 3OUBA 3LZYA 3RSXA 3QAAA 4BELA 5IVTA 4GJDA 2WHHA 4ER1E 2F3FA 3SA3A 2V00A 5P6BA 1D4HA 4YD5A 5OZUA 1FKNA 5P7JA 3SKFA 1MSMA 5KR0A 3UDQA 5P48A 5P2OA 3LPIA 2R3TA 1SGZA 5P7HA 1XN3A 5T4SA 2A4FA 1C6ZA 3K5DA 3OUDA 4A4QA 2QCIA 4B77A 3GI5A 1ZSRA 3L3AA 2B8VA 3TTPA 3O9LA 3LNKA 2PWRA 5P5PA 5P4HA 5P4NA 4MC6A 4YBIA 4Y47A 1APVE 1G0VA 1A30A 5P70A 1APTE 5SY3A 3UDPA 4CPTA 3VYEA 1EBYA 5P3OA 5UPJA 3SABA 4GMIA 5P6SA 3SACA 1KJHA 5P7LA 1TZSA 4J17A 1T7IA 2O4PA 4GJ8A 4J0TA 1DMPA 4Y4UA 2PH8A 3QBFA 1UPJA 2WF4A 5P2QA 5P5UA 3RVIA 2OF0A 1HVKA 2FDEA 2G22A 3EKTA 4J1HA 3CICA 4KB9A 1EBKC 3NU4A 5P0HA 2HB3A 5P4EA 5P10A 5P8PA 1U8GA 5BWYA 3OXVA 2ZJIA 5P1MA 1RL8A 3FNUA 4JPEA 4ER4E 1XE6A 3UQPA 1EC3A 5P04A 4GJ7A 3KF0A 3SQFA 4Y4BA 4DH6A 3K5GA 2AQUA 1HSHA 3OXWA 1YT9A 1HSGA 1LYWA 4Y54A 2AODA 1MSNA 2PSUA 1GKTA 3N3IA 5P03A 5P2ZA 2I4XA 2NMYA 3D91A 5P4WA 3UPJA 2ZJLA 5DGUA 5P2FA 4XX4A 1IZDA 5P3DA 5OZFA 4H1EA 3O9EA 5P31A 4J54A 3QRSA 5P07A 1GVUA 1LYAA 3OU1B 3HVGA 1FF0C 5P1BA 4Y3EA 4Y39A 5P06A 1HIVA 4ZIPA 2ANLA 4ZSRA 3VF7A 2QMGA 5P7WA 3CKTA 3VF3A 4Y3DA 3BGBA 4Y35A 1NPVA 5P8AA 4K4QA 4FLGA 5AHCA 5P8TA 2BPWA 2HB2A 5P3YA 2HC0A 5P38A 5P2JA 2HPFA 4FAFA 2PK6A 3VV8A 3EXOA 1ZP8A 1FFIC 1A8GA 2QD7A 4I0DA 5P5VA 5P0VA 3SPKA 3NDUA 5HVPA 2ZGAA 1MVPA 5P0EA 3WSJA 4U7QA 2I1AA 4QJAA 4DV9A 3UFNA 2ZHVA 3LITA 3ZMGA 5HE4A 5P1CA 3RTMA 2XFJA 2Q5KA 1GVVA 4D8CA 4CPRA 1TW7A 3OQFA 1KJGA 3MWSA 3ST5A 5P3WA 3IVHA 1FB7A 3L38A 3IXOA 3I25A 3QI1A 5DQ4A 1GVXA 1XL5A 2FMBA 2NXMA 5DQ2A 5P0TA 5P4SA 1BVGA 2IDWA 3O99A 5P0IA 2PYMA 7HVPA 4AA9A 3EM4A 3DV5A 1SDUA 1HTRB 3TPJA 5IVSA 1FQ7A 3O9FA 5OZ1A 1EC0A 4BFDA 2WECA 2JJIA 4PZWA 4Y3PA 4CPWA 3RTHA 3EKXA 5COPA 1AJVA 5P5XA 4Y58A 4EQJA 5OZLA 1FQ5A 1YM4A 4YHQA 5P3EA 4J1KA 2V13A 4LHHA 4DQCA 2G69A 2AOJA 4CPQA 4OC6B 3NDTA 1LYBA 5P1GA 4DJRA 5J25A 2FLEA 2OHQA 3L5FA 4LL3A 1SGUA 5P3GA 4Y5LA 4FRIA 2G20A 4GJAA 4RZ1A 2QHYA 5DR0A 5P4FA 2P3DA 3G6ZA 3ZOVA 4CPXA 3KMYA 3R0WA 2P8HA 1EAGA 3AIDA 1ME6A 5P8CA 3HBOA 1SH9A 5B18A 4DI2A 2VJ6A 5P42A 5P5ZA 4JPCA 4EP3A 5P6WA 2J9JA 3H0BA 1PSOE 3QRVA 4DPFA 1NH0A 5P82A 4Y5PA 2I4WA 5OYZA 4DQFA 1XL2A 4I12A 2G1SA 3SM2A 5KQZA 5P55A 5P8DA 5P4LA 4YE3A 3UDKA 2MIPA 1YX9A 4FE6A 2HS2A 1B6LA 5HDXA 3URJA 4Y41A 5P8IA 3ZKGA 5P5HA 3OAGA 1DAZC 3DM6A 5P6RA 1F7AA 5HDVA 5P2UA 4PPHA 5E5JA 4Y44A 1EPQE 1N49A 3OQAA 2FNSA 5P80A 3S7LA 3OGQA 1OEXA 1HVRA 1Z8CA 5DQCA 2IKOA 3VF5A 2OAHA 5P58A 1HRNA 4L1AA 1HXWA 1HIHA 2IS0A 4Y4XA 4MC2A 4APRE 3KA2A 1E81E 5P74A 1QBTA 5P5AA 1SDTA 5P4IA 4Y9WA 5P4GA 5P71A 5I3VA 5P6NA 1AXAA 4DJQA 4DQGA 5P5FA 4DUSA 3GW5A 5P62A 4Y5BA 4FAEA 4FSEA 5P3ZA 3ZL7A 5P79A 4ZE6A 3VG1A 3TOHA 5OZPA 1ZBGA 2VS2A 5P5IA 3EKVA 3K4VC 3T3CA 5P09A 4J1IA 5P8HA 2VIJA 1HEFE 3KMXA 2G1OA 3FV3A 3EL5A 3DV1A 1YG9A 4ZSQA 3MXEA 4YBFA 5OYYA 2ZDZA 5DR8A 4EYRA 2WF2A 5EZXA 3OUDB 5I70A 2ZE1A 4R5NA 1BBSA 5OZWA 3TL9A 4EPJA 2P4JA 3OUAA 4K9HA 2O4LA 2PSGA 3PHVA 3HZCA 2G26A 4J0PA 4YCKA 5P7QA 3BGCA 3O9HA 1B6JA 4B1EA 5P4TA 1FMBA 1W6IA 3NXNA 2I4QA 4QJ7A 1ODWA 4Y36A 3NUOA 3UFLA 2QI0A 4BEKA 1BV7A 3VFAA 5P4KA 4DJPA 4GZFA 3K5FA 5KR1A 3OGPA 2IL2A 3KFPA 1T6GA 1AJXA 1OHRA 1QDMA 5P2GA 5P5BA 5OZ2A 4FIVA 4J0YA 3JVWA 5P1SA 1MT9A 5P3JA 4FSLA 1LV1A 5P7MA 3HLOA 5AH9A 5P30A 4J55A 5P6PA 1DIFA 5P2MA 4DJVA 4Y4DA 3BUFA 5P1AA 2WEZA 5P4VA 1B5FA 5P51A 2QD8A 5ER2E 3OOTA 4J1EA 1K6VA 1Z1RA 2AVOA 5DR3A 5P5SA 5P2YA 3PCWA 5OZDA 5OZZA 3QRMA 1MTBA 1W5YA 4GJ6A 4HZTA 3IN4A 4FM7A 4J1FA 4I11A 2FXEA 1LYWB 5OYUA 4GB2A 3HDKA 5I3YA 2ZHSA 4HDBA 1K1UA 5P3PA 3PLDA 3FIVA 4H3GA 4QJ6A 2WF0A 2P3AA 3URIA 4Y57A 5P02A 5P2BA 2WF1A 2PK5A 2QD6A 3EL9A 4EXHA 4YDGA 3OTYA 5P0GA 1HXBA 4ER2E 3VCMA 2XFIA 4PYVA 2IEOA 3N4LA 5P2TA 5P0KA 3A2OA 2Z4OA 2ER7E 1TCXA 4RCFA 4YOBA 4OBJA 3OQKA 3WB5A 5P8EA 2VA5A 4Y3YA 5P3KA 4I0GA 4I10A 3EL0A 1K6CA 3OADA 2CEJA 3EKQA 1MRXA 1TCWA 1VIKA 5C9FA 1LF2A 5P19A 5P0UA 4HDPA 4Z4XA 3EC0A 2VJ9A 1RNEA 3LHGA 3Q6YA 4Y3JA 5PEPA 2ASIA 4J5JA 2QZKA 5EZZA 5OZEA 1ODYA 4ZSPA 3F9QA 2AVQA 5AGZA 3CKRA 4D89A 3RSVA 2PSVA 2VJ7A 3APPA 1XE5A 1PSAA 1TSUA 2ZJMA 5P14A 3O9AA 5HE7A 1RV7A 4EJDA 4CKUA 1HVHA 3VEUA 3TPPA 5P6TA 3SFCA 4ACXA 3TKGA 2IGXA 2SAMA 1ZJ7A 4H3FA 5HU1A 4K4RA 3SKGA 5HDZA 1FMUA 4LXMA 3WZ7A 3GGXA 5P7GA 1ZTZA 5P4XA 2BPXA 5P6OA 5P57A 2XYEA 5P2LA 2I4VA 2NR6A 4EJKA 1C70A 5P41A 4R8YA 5P37A 1BILA 1JLDA 5ENMA 4Q1WA 2NPHA 3IXKA 5P4UA 1BDLA 1LYBB 3INEA 3EKYA 5P7AA 1BWAA 4Y3RA 3FX5A 4Y3SA 4QLHA 4RVIA 4DJUA 1G6LA 4EQ0A 3PWMA 4Y5MA 5P5DA 4HE9A 5P7YA 5OYSA 3ER5E 1QRPE 4YCTA 3SA4A 1VIJA 3GGVA 2ZJKA 5KR8A 5HCTA 2JYSA 3O9IA 1SBGA 2QZWA 5OZTA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2Q11 A;  3C9X A;  5OZH A;  2CEN A;  1OEW A;  3VSW A;  1WBM A;  1EBZ A;  2RSP A;  5P3Q A;  3BC4 A;  5P3C A;  5P3R A;  5P8N A;  5P4R A;  5P1R A;  5JFU A;  3ZKX A;  4YCY A;  4YD6 A;  1K1T A;  3NU5 A;  5P7I A;  5P12 A;  3UDY A;  5P15 A;  3EM6 A;  2PYN A;  4ZEA A;  5OZ9 A;  2Q3K A;  1PPM E;  2V11 C;  5P1Y A;  1FQ6 A;  4GYE A;  3MSK A;  5P5Q A;  1FQ4 A;  1EPM E;  5P87 A;  2G27 A;  3UQW A;  3SO9 A;  5P39 A;  3D3T A;  4CPU A;  3NUJ A;  5P4D A;  1ZAP A;  3G72 A;  3ZPS A;  5HU0 A;  3DCK A;  5P3V A;  3WZ6 A;  4X7I A;  3O9D A;  1HVJ A;  5IVR A;  5AH8 A;  1T7J A;  2B7Z A;  2FIV A;  5P7N A;  3R0Y A;  2NTR A;  5P1Z A;  5P5K A;  5P72 A;  4I0Z A;  1K2C A;  5P4C A;  1MEU A;  5P49 A;  5P7R A;  5P5O A;  1LF4 A;  3NXE A;  3PM4 A;  3CMS A;  3TNE A;  1XN2 A;  3JW2 A;  4RVJ A;  3LIZ A;  5P0Z A;  5P2K A;  3ZKI A;  3I8W A;  4BFB A;  2ZJJ A;  3KFR A;  5P05 A;  5P5J A;  3EMY A;  2VNN A;  5P5E A;  1FIV A;  3GGA A;  5P2R A;  4Y3Z A;  1AAQ A;  3UDM A;  3ZKN A;  3RTN A;  3KFS A;  2V16 C;  1GNN A;  1WBK A;  1GNM A;  5P01 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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