1B6JA

Hiv-1 protease complexed with macrocyclic peptidomimetic inhibitor 1
Total Genus 15
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
15
sequence length
99
structure length
97
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPVEIGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Molecular recognition of macrocyclic peptidomimetic inhibitors by HIV-1 protease.
pubmed doi rcsb
molecule keywords RETROPEPSIN
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
total genus 15
structure length 97
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1999-01-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1b6jA00
1ZPKA 2PWRA 6APRE 2HS1A 3QVIA 3PI5A 2G24A 5P8DA 3QRSA 2OHTA 4Y3PA 4X2LA 4ZLSA 2B8LA 4Z4XA 1B11A 4Y5GA 4EYRA 5P22A 4YBIA 1LYAB 2NMYA 1EBWA 3S8IA 5P0NA 1OD1A 4K4QA 3D1YA 1MPPA 4LC7A 3ER3E 3LITA 5P4IA 2O4NA 1HVIA 2F80A 4APEA 5P88A 1B5FB 3S7LA 3ST5A 4Y57A 5P1DA 5P3GA 3O9CA 3EMYA 5OZ9A 5P14A 4DUSA 2B7ZA 2V13A 1QS8A 4Y4XA 5P0LA 3KA2A 4Y5EA 4Y5CA 4TRYA 3LPKA 5DQ5A 5BWYA 2VIJA 1A8GA 3IAWA 3ZLQA 2G27A 4ACXA 5P6BA 2QMDA 3LNKA 5OZ0A 1FIVA 3TOHA 2F3KA 3BXRA 2RKFA 2VS2A 2V12C 1SP5A 2QNPA 5P41A 4CPWA 3VLBA 3K1WA 1D4YA 5ISJA 2WHHA 3U7SA 1APWE 3SQFA 3GGAA 2FDDA 5P5SA 1XN3A 5P6UA 3L5CA 5P06A 1W50A 5P4OA 5P3DA 4OBZB 5ER2E 5P1QA 5P83A 5P7JA 3VF7A 1GVVA 2R5QA 2VNMA 5P7AA 5HU0A 2HB4A 3APPA 3NUOA 2UXZA 4XX3A 2BPWA 2XFJA 4AA8A 4DJXA 5P2LA 5I3YA 3TOGA 1BDRA 5P8GA 5P1EA 5P4GA 5JODA 5P1CA 2PK5A 5P8EA 5P5CA 5P3NA 2PH6A 3L38A 3RSVA 5JFUA 2Z54A 1YG9A 2IEOA 3EKYA 2HB2A 1D4JA 3AIDA 2JJJA 1FMUA 3LIZA 5P5MA 5SZ9A 1EPLE 5UPJA 5P71A 5OZVA 4YD3A 3UDYA 2FGUA 3KDCA 5P8AA 5P1BA 2V00A 1LYBB 2B7FA 5IVTA 3VYFA 2R9BA 5P3WA 1FF0C 3SA9A 3QVCA 5BS4A 4Y3SA 5PEPA 3G72A 2QI3A 3ZKQA 1SGUA 4I0HA 1HVSA 1W5YA 5P2HA 2HS2A 2QMPA 1IVQA 2A1EA 3PBDA 5T4SA 4DQEA 5P4BA 5P5GA 3VV6A 4Y6MA 4Y3TA 4K4RA 1FQ8A 5P54A 5P3KA 3LZUA 3PB5A 3EC0A 3BUFA 5OZUA 2I4DA 3OQDA 4K9HA 5P78A 4KB9A 2QNNA 4OBGA 3T3CA 5P30A 2G69A 3OGQA 5P7MA 2O4LA 3NDXA 1YT9A 5P3VA 3S85A 3VFBA 4Y58A 5P16A 2AOGA 3EL4A 2FDPA 4NJUA 5P2NA 3NWQA 1CPIA 3QS1A 5P8KA 3KF0A 5P7CA 3GGVA 1FMXA 3DV1A 5P1PA 4CPSA 1GNMA 1HPSA 2R3TA 3L5DA 2OHKA 4Y5PA 5P4EA 5P0EA 3HD8A 2RENA 5OYXA 1LZQA 2OHQA 5P76A 2P4JA 1EPPE 3TPRA 4J0ZA 4DJRA 3UDNA 2Q54A 2QD7A 4JPEA 1EC0A 1ER8E 3FNUA 2P3AA 1HPVA 2CENA 1BV7A 2F3EA 2QU3A 1XDHA 3UFLA 3FNSA 5P3AA 4GMIA 3O9FA 5P05A 3PWWA 3OU4A 3UQPA 3OQFA 4Y3NA 3K5FA 1NSOA 3PI0A 4N00A 3VYEA 2WEZA 1KJFA 3KFRA 5P38A 2ZJHA 4EJ8A 4R91A 4B00A 3ZPUA 4YHQA 6UPJA 3OUDB 1GKTA 4R92A 3RU1A 5OZ6A 5TOLA 5P19A 5HTZA 3QBFA 3TKGA 4EJLA 2ANLA 3SACA 4RRNA 2OHRA 2HAHA 1EC1A 2WJOA 4MC2A 3SABA 4Y4WA 3SM2A 3I8WA 3EKTA 1FLHA 5P79A 1LYWB 5ER1E 2PYMA 5P66A 3EM6A 4J5JA 2AIDA 2P83A 7HVPA 3ZKNA 1A8KA 5P49A 1EPOE 5P4XA 5P6TA 2BKSA 2P3DA 4XXSA 2FS4A 2AOCA 5HE7A 5P61A 3TLHA 2ER9E 2G1YA 3NU5A 1Z1HA 3UDJA 4JECA 1UH9A 4FSLA 3CKRA 3K5DA 1APUE 1HOSA 3L3AA 1HVCA 2G22A 5P2RA 1FKNA 4I8WA 2WF1A 5P4KA 5P4JA 3JVWA 3HW1A 1BDQA 1QDMA 4F76A 4I0JA 5OYTA 3T11A 3BGCA 5HDUA 2OHLA 5OZDA 3SO9A 5OZHA 5P87A 5P36A 3JW2A 3LHGA 1B6KA 5P45A 4Y53A 1UH8A 5DGWA 4J54A 3NDWA 3WZ8A 3ZPTA 5OZGA 3RSXA 1HSGA 4R93A 3KFPA 3OADA 4QJ9A 5P8HA 5P5AA 5P3PA 4Y4AA 1BXOA 1HHPA 1E5OE 2OHUA 5P6GA 4Y4DA 2ZGAA 3URIA 3OUAA 4GJ9A 1IZIA 3OTYA 5OZ7A 1PSOE 3U6AA 4L7JA 5P60A 1SDVA 5P62A 4M8YA 5P50A 3OOZA 4Y54A 4DQCA 4L1AB 3U71A 5P7RA 1EBZA 3LINA 5P55A 2MIPA 5HCTA 3SKGA 4J1CA 5P2AA 5KR8A 4APRE 2ASIA 3HZCA 3NXNA 3SPKA 3ZKXA 4J1FA 4CPXA 1MVPA 5P09A 2AOFA 5P0TA 1WKRA 1D4KA 5P4MA 5P75A 5HCOA 5P59A 1U8GA 5P1SA 3UQUA 4OBKA 5JFPA 1K6CA 3EXOA 1A94A 5P5UA 5P1IA 3TKWA 3KT2A 2P3BB 4J1HA 1G0VA 1BV9A 4PPHA 3HVGA 5P5WA 4Y45A 3GI5A 3UDMA 1KZKA 5IVQA 1PROA 3Q6YA 4R8YA 5P00A 1MSNA 5P0CA 3VV7A 1YM2A 1W6HA 2AOJA 2NNKA 4CMSA 4I11A 5HVPA 5P0RA 1E82E 1BBSA 5P31A 1JLDA 4QLHA 2AQUA 3HAUA 1E81E 3NU4A 5ISKA 3NR6A 3NSHA 5HDXA 2WEBA 5P5BA 2BKTA 4ZSRA 2R38A 4ZSPA 3D1XA 4FSEA 5OZWA 3OUBA 3LIVA 2I4QA 4OD9B 1ZAPA 3OU1B 5P39A 5P82A 3SM1A 3VSWA 1HBVA 5P53A 5P0QA 1LS5A 3PWMA 3T7PA 1HIHA 2VJ9A 5AHBA 4YCYA 2PWCA 3NUJA 4Y3EA 5P7QA 4Y4JA 4Y48A 2I0AA 4D8CA 3I6OA 1HTEA 4HDBA 5P3IA 4I0EA 3UDKA 2NTRA 4Y5AA 5P8UA 4LP9A 3UTLA 2I1AA 3UCBA 3DV5A 3G70A 2WF0A 4GJ5A 2P8HA 5P8SA 1HIIA 2QI6A 3K5GA 3FIVA 5AGZA 3PEPA 1YX9A 2NXDA 5P1JA 2PMAA 4GB2A 4B77A 4YDFA 4Y3MA 1HPOA 4GYEA 1IZDA 3UQRA 4Y44A 4H1EA 4BFDA 3CMSA 2V10C 3O9BA 3L59A 3URJA 4YCKA 1Q9PA 2QAKA 2H6SA 3PSUA 5P2DA 2RKGA 4DH6A 5P7SA 3QBHA 2OHNA 5P42A 4B70A 1ZLFA 5P7LA 2XFKA 5P3YA 3DK1A 4Y3YA 1RPIA 5CLMA 5P29A 5P6LA 5IVSA 2Q55A 3NDUA 3OUDA 1WBMA 5KR0A 1AJVA 3VYDA 5P7EA 1QBTA 5OYVA 5P3RA 4EJDA 3WZ6A 4Z22A 4GJAA 4TRWA 4RZ1A 5P11A 1LYWA 2PK6A 1B6LA 5P5IA 3VEUA 1M43A 5OZTA 3LIYA 2FXDA 3B80A 2Q11A 5P85A 5OZPA 4HLAA 4MC1A 4D85A 3VCMA 4Y4ZA 2BPZA 4EP2A 3R4BA 2WEDA 1VIJA 5P6QA 5P5XA 5OZAA 2QZWA 3D20A 4OC6B 1G2KA 4Y36A 4ZEAA 2O40A 3TPPA 3NYGA 4AMTA 1RNEA 2Z4OA 5P34A 4ZPGA 1UH7A 3I25A 4DJPA 1SH9A 4OBJA 3KDBA 5P7OA 3SAAA 4FCOA 3D91A 3IGBA 2FDEA 5OZ3A 5P23A 3T6IA 5P43A 2G26A 5KOSA 5DR4A 1F34A 2JYSA 3CKTA 3GI4A 4NPTA 5P8IA 3HDKA 5P77A 3PHVA 4WTUA 4Y4UA 2AODA 3R2FA 5P2ZA 5P8JA 3KM4A 5P8RA 5P6ZA 5P1OA 3HVPA 5P3EA 5I70A 4MC6A 3OXCA 5P7HA 1C6XA 3QAAA 2G94A 1EPQE 5C9BA 4PYVA 5OZJA 3KYRA 5P7ZA 9HVPA 5IE1A 1PSAA 2PH8A 3PSYA 4COEA 2FXEA 5P5FA 7UPJA 4CP7A 3TPJA 4OBDA 4WY1A 3KMXA 3BXSA 1BWAA 5P4HA 3M9FA 2VIZA 2AZCA 2F81A 4YA8A 1K2CA 3EM4A 4DJVA 2BPXA 1FEJC 3INDA 2RMPA 5E5KA 3L5BA 4RCEA 4YE3A 4R5NA 4F73A 2VIYA 5P12A 2FLEA 2I4VA 1HSHA 3TTPA 3IVIA 5P40A 4JPCA 1BWBA 1AAQA 1FFIC 3OAGB 4Y35A 5OYQA 5P1HA 2QHZA 5P3FA 4DQFA 5P7PA 4Z2ZA 5P0DA 4EXGA 3Q5HA 5CONA 1C70A 2OAHA 1APTE 3O99A 5P1XA 3EL5A 5P18A 4OBFA 2WF2A 8HVPA 3SA7A 1ODYA 4U7QA 1TCWA 5P17A 3S43B 2AZBA 4LXKA 2B60A 4FRKA 5P65A 5P0OA 5P5OA 4Y4BA 4B0QA 2AVVA 1XE6A 5P3JA 3OXVA 3EL0A 4CPQA 1F7AA 2OF0A 5P6KA 1RV7A 3B7VA 2QZLA 4KE1A 2NXLA 4L7GA 4F75A 5P0XA 2VJ7A 5P2OA 5P4RA 5P74A 1MT9A 4FRJA 2IKUA 2G1RA 2QI7A 5HE5A 5P2XA 2BJUA 5DQ4A 4I8ZA 4Y43A 2OHPA 4J1IA 2WL0A 3TL9A 5P73A 5P01A 4ER4E 3H0BA 3VG1A 3BUGA 1HRNA 3OTSA 4TRZA 1DPJA 5P0UA 4NJVA 5ENMA 3S45A 1FQ4A 1MIQA 2WF3A 5IS4A 1ODWA 1RQ9A 1ODXA 2J9JB 5P44A 5P69A 3IN4A 2H6TA 5P1FA 4RGHA 5P6WA 5P64A 3INHA 4RLDA 2QHCA 5P0SA 4GZFA 3QI1A 1GNOA 2HPFA 5P3HA 3IN3A 1VIKA 5P26A 3N3IA 4YBFA 5P0PA 1FGCC 4ACUA 2VIEA 1MUIA 3O9LB 2NMZA 1K6PA 3FKTA 4NPUA 4KUPA 1PFZA 5P1GA 5P1WA 3NXEA 2HIZA 2ZJLA 4B78A 1HVJA 4GJ8A 5P32A 3S53A 4CPUA 4GJ7A 4PZWA 4HZTA 3DCKA 5IVRA 5P6EA 4ZE6A 5P27A 1BIMA 4YD7A 4Y4TA 5KR1A 2Q63A 1HVRA 1ZP8A 3PMUA 2O4KA 4GJBA 3K4VA 1AZ5A 1DAZC 3MSLA 4I10A 3VF3A 3ZPSA 4Y3GA 1K1TA 3UDHA 3SFCA 4HDPA 5P7BA 5P2EA 4Y4GA 1LYAA 3LZSA 1BXQA 1ZJ7A 5OYRA 2I4WA 2RSPA 4J0YA 1CMSA 4DV9A 1IBQA 5P52A 1GVXA 4X7IA 4Y3QA 5P8TA 1K6VA 1MTBA 5P80A 4M8XA 1K2BA 5KQYA 3GGXA 1OEWA 1B5FA 3INEA 1NPAA 2BBBA 4K8SA 5P6YA 2PSUA 1UPJA 5P72A 1G35A 4D88A 1MT7A 2NXMA 2Q3KA 4GJCA 4D89A 3LPIA 5C9DA 3OXXA 5AHAA 1D4HA 5P1YA 5P3MA 1HTFA 4J55A 5P2BA 2I4XA 3R1GB 4AA9A 3OOTA 5P0WA 2HM1A 1Z1RA 5DR8A 2QP8A 4B1DA 1FG6C 1FQ6A 4UPJA 5P4AA 4F74A 2PSGA 3HLOA 1AXAA 1D4SA 4ZPFA 5P4YA 5P5QA 5OZMA 1FB7A 4LAPA 2BQVA 2QZXA 1EC3A 2UPJA 3INFA 4OBZA 1FG8C 3EKWA 2A4FA 1QBRA 2QU2A 3FX5A 1PPME 3LIQA 3OHHA 5HDVA 5HE4A 2J9KA 5P28A 5SY2A 2ZHTA 4RROA 6FIVA 4FIVA 1XE5A 3IA9A 3TH9A 1LF4A 5AH9A 2I4UA 3IVHA 1GVWA 2G21A 5P6IA 1BVEA 4FAFA 5OZKA 2ZJMA 4PZXA 2R3WA 4J0PA 1YTHA 5OYUA 5P68A 3T7QA 5P0FA 5P6VA 3ZL7A 3PRSA 5KQFA 2PSVA 5P2GA 2CEMA 5P56A 4A6CA 4HDFA 3EKQA 2B8VA 4WY6A 5P6RA 3ZKIA 4KE0A 2QCIA 5P4WA 4I0ZA 4XX4A 5P5LA 3O9IA 5P4VA 2QI5A 5P1RA 4FM6A 4BEKA 1LYBA 4LL3A 1XN2A 5HDZA 2G1OA 5P6FA 3QRMA 4DQHA 5P4ZA 2IENA 4YOAA 2PC0A 1ZSRA 5DQCA 3MXDA 2HPEA 1SMEA 4LXAA 3ZKGA 4CPTA 4K4PA 2WF4A 1META 2I0DA 2QD8A 5P86A 5I3XA 3BHEA 2PYNA 2VA7A 2ZHRA 5P1AA 4NJSA 3CYXA 2ZJJA 3IXOA 5P7KA 1A30A 3KN0A 5P46A 1DIFA 1IDBA 4QJ8A 2OHMA 4YOBA 2XFIA 3BUHA 4Q1WA 4Y3JA 4H3FA 5P3CA 4DQGA 4Y37A 5P4QA 1B6MA 4H3GA 3UPJA 1N49A 3FNTA 1IVPA 1SGZA 1IZHA 3KMYA 4AUCA 5KQZA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1ZPK A;  2PWR A;  6APR E;  2HS1 A;  3QVI A;  3PI5 A;  2G24 A;  5P8D A;  3QRS A;  2OHT A;  4Y3P A;  4X2L A;  4ZLS A;  2B8L A;  4Z4X A;  1B11 A;  4Y5G A;  4EYR A;  5P22 A;  4YBI A;  1LYA B;  2NMY A;  1EBW A;  3S8I A;  5P0N A;  1OD1 A;  4K4Q A;  3D1Y A;  1MPP A;  4LC7 A;  3ER3 E;  3LIT A;  5P4I A;  2O4N A;  1HVI A;  2F80 A;  4APE A;  5P88 A;  1B5F B;  3S7L A;  3ST5 A;  4Y57 A;  5P1D A;  5P3G A;  3O9C A;  3EMY A;  5OZ9 A;  5P14 A;  4DUS A;  2B7Z A;  2V13 A;  1QS8 A;  4Y4X A;  5P0L A;  3KA2 A;  4Y5E A;  4Y5C A;  4TRY A;  3LPK A;  5DQ5 A;  5BWY A;  2VIJ A;  1A8G A;  3IAW A;  3ZLQ A;  2G27 A;  4ACX A;  5P6B A;  2QMD A;  3LNK A;  5OZ0 A;  1FIV A;  3TOH A;  2F3K A;  3BXR A;  2RKF A;  2VS2 A;  2V12 C;  1SP5 A;  2QNP A;  5P41 A;  4CPW A;  3VLB A;  3K1W A;  1D4Y A;  5ISJ A;  2WHH A;  3U7S A;  1APW E;  3SQF A;  3GGA A;  2FDD A;  5P5S A;  1XN3 A;  5P6U A;  3L5C A;  5P06 A;  1W50 A;  5P4O A;  5P3D A;  4OBZ B;  5ER2 E;  5P1Q A;  5P83 A;  5P7J A;  3VF7 A;  1GVV A;  2R5Q A;  2VNM A;  5P7A A;  5HU0 A;  2HB4 A;  3APP A;  3NUO A;  2UXZ A;  4XX3 A;  2BPW A;  2XFJ A;  4AA8 A;  4DJX A;  5P2L A;  5I3Y A;  3TOG A;  1BDR A;  5P8G A;  5P1E A;  5P4G A;  5JOD A;  5P1C A;  2PK5 A;  5P8E A;  5P5C A;  5P3N A;  2PH6 A;  3L38 A;  3RSV A;  5JFU A;  2Z54 A;  1YG9 A;  2IEO A;  3EKY A;  2HB2 A;  1D4J A;  3AID A;  2JJJ A;  1FMU A;  3LIZ A;  5P5M A;  5SZ9 A;  1EPL E;  5UPJ A;  5P71 A;  5OZV A;  4YD3 A;  3UDY A;  2FGU A;  3KDC A;  5P8A A;  5P1B A;  2V00 A;  1LYB B;  2B7F A;  5IVT A;  3VYF A;  2R9B A;  5P3W A;  1FF0 C;  3SA9 A;  3QVC A;  5BS4 A;  4Y3S A;  5PEP A;  3G72 A;  2QI3 A;  3ZKQ A;  1SGU A;  4I0H A;  1HVS A;  1W5Y A;  5P2H A;  2HS2 A;  2QMP A;  1IVQ A;  2A1E A;  3PBD A;  5T4S A;  4DQE A;  5P4B A;  5P5G A;  3VV6 A;  4Y6M A;  4Y3T A;  4K4R A;  1FQ8 A;  5P54 A;  5P3K A;  3LZU A;  3PB5 A;  3EC0 A;  3BUF A;  5OZU A;  2I4D A;  3OQD A;  4K9H A;  5P78 A;  4KB9 A;  2QNN A;  4OBG A;  3T3C A;  5P30 A;  2G69 A;  3OGQ A;  5P7M A;  2O4L A;  3NDX A;  1YT9 A;  5P3V A;  3S85 A;  3VFB A;  4Y58 A;  5P16 A;  2AOG A;  3EL4 A;  2FDP A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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