1B6KA

Hiv-1 protease complexed with macrocyclic peptidomimetic inhibitor 5
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
97
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPVEIGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Molecular recognition of macrocyclic peptidomimetic inhibitors by HIV-1 protease.
pubmed doi rcsb
molecule keywords RETROPEPSIN
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
total genus 16
structure length 97
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1999-01-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1b6kA00
5F01A 4X2LA 5P39A 5P68A 4B78A 5ER2E 5EZZA 5OZVA 1U8GA 5P5QA 4B0QA 3KA2A 3FNSA 3T7XA 5P42A 3LINA 5ER1E 5I70A 2G21A 4Y5AA 3SPKA 5HDVA 5P1JA 5P5GA 2G27A 3SKGA 1D4HA 3QRMA 3D20A 4JP9A 4Y3ZA 1C6YA 5P65A 5P7EA 5P20A 1LF2A 4GJAA 2ER7E 5P5LA 1VIJA 1ZPKA 5P63A 4YOBA 3VG1A 7UPJA 3NDXA 3DCRA 2PH6A 5P7IA 1LV1A 1FLHA 4B05A 1W50A 5OYTA 3S53A 1FQ6A 3KFRA 3IN4A 5P8AA 3KF0A 3LIZA 3VYEA 4GJCA 1EPRE 2J9JB 4YOAA 2FDEA 5DQ2A 5P8EA 1PROA 2QCIA 4IVTA 3BVBA 3PBZA 2QD8A 2AOHA 4Y3JA 2AQUA 3OWNA 3PSUA 5ENMA 5OZ9A 2I4WA 3EL5A 3VYFA 5P64A 3VLBA 5OZ7A 2XFKA 3KM4A 4JPCA 1AJVA 5P3BA 3OQ7A 3OAGA 2UXZA 2IKUA 4J55A 4YD4A 5CONA 1TSUA 4FCOA 3RTMA 4EPJA 5P0YA 4PZWA 3LIVA 4B1CA 1A30A 4PZXA 3LZUA 4Y38A 5OZEA 4FSLA 5P4TA 4WTUA 3O9FA 5ENKA 5P1YA 4EQJA 2PSGA 3TKGA 1PFZA 1BVGA 5P8MA 2BPZA 1F7AA 5P2KA 4I0EA 5OZWA 2PSUA 5P3UA 1AJXA 4Y53A 2QMGA 3OOTA 5I3XA 3ZL7A 4JPEA 1ZTZA 5P3GA 3NYGA 5P55A 1E5OE 3KN0A 3QAAA 3GGAA 4KUPA 3OGPA 4RVXA 3UFLA 4GYEA 3UDPA 4Y4JA 1HPSA 4OBFA 2AVVA 5P1VA 1LF3A 1QBRA 1KZKA 4FM6A 5P0PA 2CENA 5OZOA 4J54A 3FNTA 1FQ8A 5P6GA 3FSMA 1FMUA 1M0BA 5P7HA 1W5XA 5AH8A 5HDXA 4NJSA 1ZBGA 3SFCA 1DP5A 2G94A 3SA6A 3GI4A 2O40A 5P2RA 2WEZA 4CPRA 1C70A 5P4EA 1ZLFA 2BPXA 1HSHA 4B00A 3NWXA 3NR6A 4D8CA 4ZE6A 4Y4XA 4DQBA 5P3XA 3SA5A 3S7MA 3TL9A 4J1EA 5P2VA 3UDMA 5DR0A 3T7QA 5TOLA 2ZGAA 5P8QA 5P1GA 2QP8A 4RCDA 1GKTA 3TH9A 2Q3KA 5P2GA 5OZZA 2JJJA 4ZSMA 5P5VA 2H6TA 5P6QA 4EJLA 4ZPGA 4J5JA 1DPJA 2G26A 4OBJA 3OHFA 2RENA 5P4RA 2VS2A 4DJVA 1AVFA 5HE5A 5P3QA 5P7OA 3KYRA 3G72A 5C9DA 5P6SA 3PRSA 5P38A 4QJ9A 2HPFA 5OZSA 3TPRA 1K6VA 1IBQA 1HSIA 5P6KA 1TCXA 3NWQA 4J0YA 4DJOA 1HXBA 1HEGE 4R5NA 3SO9A 3CKPA 5P62A 3EKXA 2IKOA 3KDDA 2RMPA 5P5HA 5P2XA 1K6CA 5P77A 4Y3NA 5P47A 4EP2A 5P1MA 1BXQA 1HWRA 4Y3LA 4MC2A 3L58A 1E82E 1TQFA 4CPSA 5P0WA 3EKVA 5ISKA 3KT5A 2HM1A 1M4HA 3WSJA 5P73A 1IIQA 5OZNA 5P0EA 3VV6A 1EC3A 3PHVA 2VJ7A 4MC6A 5P07A 3K5CA 2Q5KA 3O9CA 3MSJA 4YD3A 5P8JA 2VIEA 2WHHA 5IVSA 1SDUA 3VSXA 5BS4A 2B8LA 2QU2A 4B72A 1F34A 5P7JA 7HVPA 2IL2A 5P0XA 2VNNA 3EKQA 3SQFA 2AOIA 1OHRA 2WF2A 3EC0A 4Y58A 4ZEAA 2PYNA 4ZSPA 3OADA 5P8VA 4DI2A 1FMBA 1CZIE 1EC1A 4APRE 1EC0A 3BUGA 4CP7A 4ZPEA 4DQEA 5AHBA 2OAHA 5P1IA 2HS2A 5P4UA 1PSNA 3FIVA 5P85A 3CIBA 1W5VA 3ZPUA 1A94A 2FIVA 3ER3E 4TVHA 2HB3A 3TOGA 5P4CA 3U71A 4Y3TA 1N49A 5P81A 5P2FA 2NNKA 3OTSA 2ZJLA 4QLHA 3OU4A 5F00A 3OXXA 5P2EA 4RCEA 1PPKE 3CKTA 5EZXA 3KMXA 1EPME 2ER6E 3PBDA 3ZKXA 2FXDA 1B6LA 3OXCA 3CMSA 5P1TA 5OYZA 3SA8A 2Q54A 1E80E 2P3BA 5P18A 3OU1B 1FG8C 1KJ7A 3URLA 5P6EA 5P3PA 1K6TA 2B7FA 1NH0A 2PWRA 1FQXA 2QNQA 5P1QA 5P2CA 4Y41A 3EMYA 4Y4DA 4I0ZA 3ZPSA 4J0ZA 5P5CA 2OHNA 1ODWA 5P2UA 3IAWA 1SBGA 4D83A 5P87A 5IVTA 5P0ZA 2AOGA 3HDKA 6UPJA 5KR1A 4J1FA 2F8GA 1T7JA 2NTRA 4Y3QA 5P17A 5P2ZA 1ODYA 3GGVA 4L7GA 5P6IA 4FM8A 2OHLA 2F3FA 5P3AA 2XYFA 1CMSA 3KMYA 4I0JA 2I4UA 4Y6MA 1HPOA 2F3EA 3VEUA 3S7LA 1SH9A 1EBZA 5E5KA 2VJ9A 1ZSFA 2FNSA 5DGWA 5KOSA 1TCWA 3OU3A 4CPWA 3GI0A 4Y56A 1AXAA 4AMTA 1TZSA 5P1HA 3SAAA 1M43A 4RGHA 5P0QA 2ZYEA 4YD5A 1APTE 4Q1XA 1EEDP 3K5DA 3IXJA 4F74A 1XE5A 4K9HA 1TW7A 4HDFA 3O9LA 4HVPA 3LZYA 4ZPFA 3INFA 5P53A 4F76A 3EKWA 1BDLA 5P5JA 3UQRA 4ZSRA 5P57A 1YTIA 5P11A 5P89A 3QRVA 4Y3EA 2OHRA 2JJIA 3BC4A 3EL4A 4FAFA 4DQFA 4DJWA 2QNNA 5P4KA 1LYAA 2QNPA 5DR8A 2ZJIA 5KR2A 1PPME 5COOA 2BKTA 5OYXA 5I3WA 1D4LA 4NJVA 5P8CA 2QZXA 5P4FA 1MRXA 4GJ8A 5P35A 2AZ8A 5P8FA 4Y39A 4L1AB 5P0IA 5P44A 1MIQA 3UF3A 5OZJA 1MPPA 5DQ1A 5P12A 3SA4A 4CPTA 5DR1A 4D85A 3PLDA 3T6IA 5KQFA 2R8NA 3EM3A 4BEKA 1ER8E 2ZE1A 5P6RA 3OUBA 2VA6A 5P6CA 5P1LA 1W5YA 3SA7A 2V13A 1SMEA 2AVQA 3Q5HA 2UY0A 1HVKA 4KE0A 2OHKA 5P59A 5P7GA 5OZFA 5P86A 5P3JA 4XX4A 5P8BA 3N3IA 4RVJA 5P6ZA 3SA3A 4Y50A 3S56A 2RKFA 4EXHA 3LPKA 1HPVA 5P8TA 1W51A 1T6EX 5P5TA 4RZ1A 4YCTA 1PPLE 2VA5A 3LIXA 4GMIA 2Q63A 3S8IA 5P37A 5SZ9A 3GI6A 5P26A 5AHAA 1FEJC 1SP5A 1HSGA 3OGQA 5P4OA 4QJ2A 5OZXA 5P2QA 3O9IA 2IENA 5P6AA 5P3SA 5P52A 3PJ6A 5P40A 5P3HA 5P7XA 4Y51A 6APRE 4DJYA 4RROA 5P5OA 3HAUA 4FRIA 4K4RA 3UDHA 1GVWA 3CYWA 2I1AA 1AAQA 3O9AA 3HW1A 5COPA 1XL5A 1B5FA 1G0VA 2OHQA 4FSEA 1FF0C 4Y3SA 4Z22A 5P6DA 2G1OA 5P45A 4NJUA 3OU4B 1IZHA 4XKXA 3FX5A 5P34A 2A1EA 5P7AA 1GVTA 3NDTA 4Y3AA 2QD7A 4OBGA 1FIVA 3TOHA 3Q3TA 3LHGA 3R1GB 1GVVA 1UPJA 5P4XA 4J1CA 5P5RA 1BXOA 4R92A 4OD9A 5P1RA 4AA9A 4Y3YA 4YA8A 3UCBA 2I4VA 2WJOA 2WF0A 4L6BA 3S43B 4ACUA 5P4JA 5HE4A 5P04A 2PSVA 1K1UA 1MTRA 1YTHA 5P6NA 1MESA 2CEJA 1FQ4A 5P6VA 4Y5GA 5P2NA 4LL3A 3ZOVA 3D91A 1DAZC 4GJBA 5P22A 3VV7A 2ZHTA 5I3YA 5P7QA 2FGUA 5SXNA 5P70A 2FLEA 4B1EA 3UQPA 2ZHRA 5P58A 5P7VA 5OYUA 3KFSA 1APUE 4TRYA 5P3IA 3URIA 4CPXA 2OHSA 5KQZA 1K6PA 3VUCA 4OC6A 4Y5KA 5P7FA 1YG9A 5P88A 4ZIPA 1C6ZA 5AHCA 5KQXA 5AH6A 2QHZA 1GNNA 5P28A 2QD6A 2QI0A 4FRJA 5DQ5A 4NJTA 2FDPA 4OBZB 4TRZA 3ZLQA 4Q1YA 5P09A 3UDQA 3FNUA 3I2LA 4Y4GA 5P29A 1T7KA 3O99A 5P5WA 4TVGA 4Y4WA 4YCYA 2OF0A 2QZWA 3QVIA 1LYAB 2OHTA 3OUDB 2QAKA 5P5FA 5KR0A 1SIVA 3TNEA 4AA8A 3RU1A 3MXEA 5P1OA 5P6WA 2WEBA 5APRE 1IZDA 3D3TA 1QRPE 4RYCA 4Q1NA 3Q4BA 5P5IA 4Z50A 5P14A 5P60A 4EJKA 5OZBA 3QIHA 1BWBA 1IZEA 5P67A 2BJUA 4ER1E 3EKPA 2ZHUA 4R93A 3UQXA 4HDBA 3VCMA 1RV7A 3T7PA 4WY6A 1BIMA 1HEFE 2I0AA 4PYVA 3FKTA 5P6JA 5JODA 5IE1A 4AZYA 4DJUA 2CEMA 4ZSQA 2SAMA 4I0FA 5OZ4A 3PI5A 5OZMA 5P76A 5P1CA 3G70A 4H3GA 4QJ8A 3K4VA 5DQ4A 2I4QA 3HLOA 2OHUA 3VFBA 1IZIA 5P6OA 1IDAA 5OZ1A 3SABA 2B8VA 4LHHA 4YD7A 2ER9E 5P7MA 5OYRA 3QPJA 3HZCA 5IVQA 2ZJNA 1KJ4A 5P74A 5P5EA 5J25A 5P8KA 2O4PA 5DQCA 5P5XA 2O4KA 1E81E 1W6IA 4S1GA 1HIIA 4FL8A 2P4JA 4J0TA 1QBTA 3NLSA 1G35A 3LPJA 4EXGA 3EL0A 4Y9WA 4Y5BA 1D4JA 3GI5A 2RSPA 3TPJA 4D88A 1EC2A 3OUAA 5P7WA 4CMSA 5P4ZA 2R9BA 4EP3A 1BVEA 5OZKA 3TPPA 4YD6A 3ST5A 3L59A 1K1TA 2VNMA 3O9DA 4Y4EA 5IS4A 3N4LA 4DQGA 2QHYA 5P01A 5BRYA 3NSHA 4PPHA 1GNOA 3UHLA 2APRA 1LYWA 4CKUA 1BV9A 5OZLA 5CLMA 1MEUA 3MSKA 5OYSA 4RRNA 9HVPA 2I4DA 2G1SA 3AUPA 4DQHA 5P49A 3FV3A 2IEOA 1MTBA 3K5GA 3S85A 5AH9A 1SMRA 3NXNA 1IVPA 3AIDA 1JLDA 2G22A 1XN2A 1OD1A 5P79A 5FIVA 3U6AA 5DR3A 3GGUA 2FS4A 5OZHA 4J1KA 1YTGA 3OTYA 3UDNA 1LEEA 4LBTA 3R2FA 2AZCA 5P46A 5P5PA 4APEA 3D1YA 3Q6YA 1BDRA 3APPA 3JVYA 1NPAA 5P3NA 4TRWA 5P8PA 4GB2A 4EQ0A 3BXRA 3OAGB 5P00A 1VIKA 5P4SA 4I1CA 1HHPA 3MWSA 2G1YA 5HU1A 5OYQA 1PSOE 2BBBA 4H1EA 5OZPA 5P36A 3TPLA 1BBSA 4I0IA 3RTHA 5P6MA 3EL9A 5P06A 2AODA 3PWWA 3JW2A 1MSNA 2QU3A 2IGYA 2A4FA 5JG1A 4Y5NA 1B6KA 4D89A 4B1DA 3TOFA 3DK1A 3VSWA 4J0PA 4DPIA 2R38A 5P6PA 3H0BA 4FIVA 1CPIA 3BRAA 2J9JA 4MC9A 3IVHA 4QJ7A 5P71A 1B6PA 4DV9A 1WBKA 4Y4AA 4OBHA 1MRWA 4Y4ZA 5P24A 2FXEA 5P5SA 2ZHSA 5P1PA 4YHQA 5P2DA 5C9FA 3PM4A 4J1IA 3HD8A 2H6SA 3RSXA 3ZKIA 5OZ3A 4PHVA 3QBHA 2WF1A 3LIQA 3PI0A 3MSLA 5HCTA 4I0HA 2R43A 1ME6A 3F9QA 3INDA 1HVJA 5PEPA 4NKKA 4KB9A 5BWYA 1D4YA 3QN8A 4XXSA 5P2AA 4Y36A 2JYSA 4LAPA 1B11A 4B77A 1SDVA 2R5QA 4EJDA 1HTRB 4XX3A 2AOCA 3EKTA 4NPTA 2Q11A 3ZKQA 3LIYA 4FAEA 5P75A 4YBFA 4EJ8A 4Y5CA 1SIPA 3QROA 2MIPA 4FRSA 5P0DA 4I12A 3EM4A 4Q1WA 1Q9PA 3KDBA 4R91A 3D1XA 3NUJA 3CYXA 3VLAA 3CIDA 4X7IA 5P1DA 2B60A 3OHHA 4J1HA 1DW6C 3SM2A 5P50A 3ZKSA 3PMUA 1FB7A 4JECA 4DJXA 2IQGA 5P3VA 5P72A 5P0AA 5OZUA 5P32A 3I8WA 1HVSA 4OBDA 3EL1A 3EKYA 3KFNA 3S2OA 4M8YA 4Y5PA 1LS5A 5P23A 3PGIA 3OXVA 3PWRA 4GZFA 1J71A 2G1NA 4FRKA 4HDPA 1MVPA 2PK6A 2B7ZA 5P25A 1UH8A 5P4YA 4MC1A 4R8YA 4GJ5A 4I8ZA 1HVLA 1K2CA 2P3CA 2JXRA 3DV5A 1SGUA 3EBZA 5P0GA 3A2OA 3L3AA 4DJPA 1IDBA 3BVAA 4E43A 3S45A 2WKZA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5F01 A;  4X2L A;  5P39 A;  5P68 A;  4B78 A;  5ER2 E;  5EZZ A;  5OZV A;  1U8G A;  5P5Q A;  4B0Q A;  3KA2 A;  3FNS A;  3T7X A;  5P42 A;  3LIN A;  5ER1 E;  5I70 A;  2G21 A;  4Y5A A;  3SPK A;  5HDV A;  5P1J A;  5P5G A;  2G27 A;  3SKG A;  1D4H A;  3QRM A;  3D20 A;  4JP9 A;  4Y3Z A;  1C6Y A;  5P65 A;  5P7E A;  5P20 A;  1LF2 A;  4GJA A;  2ER7 E;  5P5L A;  1VIJ A;  1ZPK A;  5P63 A;  4YOB A;  3VG1 A;  7UPJ A;  3NDX A;  3DCR A;  2PH6 A;  5P7I A;  1LV1 A;  1FLH A;  4B05 A;  1W50 A;  5OYT A;  3S53 A;  1FQ6 A;  3KFR A;  3IN4 A;  5P8A A;  3KF0 A;  3LIZ A;  3VYE A;  4GJC A;  1EPR E;  2J9J B;  4YOA A;  2FDE A;  5DQ2 A;  5P8E A;  1PRO A;  2QCI A;  4IVT A;  3BVB A;  3PBZ A;  2QD8 A;  2AOH A;  4Y3J A;  2AQU A;  3OWN A;  3PSU A;  5ENM A;  5OZ9 A;  2I4W A;  3EL5 A;  3VYF A;  5P64 A;  3VLB A;  5OZ7 A;  2XFK A;  3KM4 A;  4JPC A;  1AJV A;  5P3B A;  3OQ7 A;  3OAG A;  2UXZ A;  2IKU A;  4J55 A;  4YD4 A;  5CON A;  1TSU A;  4FCO A;  3RTM A;  4EPJ A;  5P0Y A;  4PZW A;  3LIV A;  4B1C A;  1A30 A;  4PZX A;  3LZU A;  4Y38 A;  5OZE A;  4FSL A;  5P4T A;  4WTU A;  3O9F A;  5ENK A;  5P1Y A;  4EQJ A;  2PSG A;  3TKG A;  1PFZ A;  1BVG A;  5P8M A;  2BPZ A;  1F7A A;  5P2K A;  4I0E A;  5OZW A;  2PSU A;  5P3U A;  1AJX A;  4Y53 A;  2QMG A;  3OOT A;  5I3X A;  3ZL7 A;  4JPE A;  1ZTZ A;  5P3G A;  3NYG A;  5P55 A;  1E5O E;  3KN0 A;  3QAA A;  3GGA A;  4KUP A;  3OGP A;  4RVX A;  3UFL A;  4GYE A;  3UDP A;  4Y4J A;  1HPS A;  4OBF A;  2AVV A;  5P1V A;  1LF3 A;  1QBR A;  1KZK A;  4FM6 A;  5P0P A;  2CEN A;  5OZO A;  4J54 A;  3FNT A;  1FQ8 A;  5P6G A;  3FSM A;  1FMU A;  1M0B A;  5P7H A;  1W5X A;  5AH8 A;  5HDX A;  4NJS A;  1ZBG A;  3SFC A;  1DP5 A;  2G94 A;  3SA6 A;  3GI4 A;  2O40 A;  5P2R A;  2WEZ A;  4CPR A;  1C70 A;  5P4E A;  1ZLF A;  2BPX A;  1HSH A;  4B00 A;  3NWX A;  3NR6 A;  4D8C A;  4ZE6 A;  4Y4X A;  4DQB A;  5P3X A;  3SA5 A;  3S7M A;  3TL9 A;  4J1E A;  5P2V A;  3UDM A;  5DR0 A;  3T7Q A;  5TOL A;  2ZGA A;  5P8Q A;  5P1G A;  2QP8 A;  4RCD A;  1GKT A;  3TH9 A;  2Q3K A;  5P2G A;  5OZZ A;  2JJJ A;  4ZSM A;  5P5V A;  2H6T A;  5P6Q A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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