1B6MA

Hiv-1 protease complexed with macrocyclic peptidomimetic inhibitor 6
Total Genus 15

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
15
sequence length
99
structure length
97
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPVEIGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGTLNF

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
S1 (10-15)TVIII1 (5-8)O1 (8-10)S2 (18-24)S5 (52-65)S7 (84-85)TI1 (25-28)EMPTYS6 (70-77)S3 (32-33)TVIII2 (80-83)TIV3 (65-69)AH1 (87-93)S4 (42-49)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
publication title Molecular recognition of macrocyclic peptidomimetic inhibitors by HIV-1 protease.
pubmed doi rcsb
molecule keywords RETROPEPSIN
total genus 15
structure length 97
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1999-01-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1b6mA00
1LF2A 3KF0A 3LINA 5OZVA 2ER0E 3U7SA 1EC1A 3C9XA 5P8JA 3HD8A 5C9FA 1NPVA 5P19A 5P26A 4J0PA 5OYRA 5BWYA 3KT2A 3SKGA 4NJVA 2FDDA 2ER6E 3IXOA 1MTBA 4F73A 2NMZA 3ZKQA 3NXNA 2P83A 5UPJA 1NSOA 4LAPA 4Q5MA 2F8GA 2NTRA 4D83A 5ENKA 5P0AA 3URIA 1APVE 3DM6A 4U7VA 4MC9A 5P7MA 1BBSA 1SMRA 5P7AA 5P7EA 5HDVA 1B6KA 5P1VA 2QZKA 4J1HA 5IE1A 3MXEA 3A2OA 1META 4B1DA 1YTGA 5OZ9A 2WF1A 5OZOA 3RSVA 3BXRA 1ZSRA 1TCWA 5ENMA 1NPWA 3O9IA 4GZFA 3KYRA 1MRXA 1LYWA 4EJ8A 4Y3SA 4H3JA 5P5MA 4J0YA 2VJ6A 4Y3QA 5P5CA 1HVLA 3HVPA 2QZLA 4WY1A 1FKNA 4Q1YA 4H3FA 1HVJA 1YTIA 3CKPA 5P1UA 5P78A 1AXAA 2O4LA 4TRYA 2AOGA 4QJAA 5P8HA 2SAMA 4HLAA 1D4LA 4EQJA 5P8EA 2VNNA 5KQFA 1EBZA 2NMYA 3OU1B 4RVXA 5COOA 1BVGA 4Y9WA 5P39A 4Y38A 4DQFA 5P82A 2Q55A 4PYVA 5P59A 1HVSA 2R38A 4MC1A 1HPVA 2WEAA 2A1EA 5OZAA 1MRWA 4YDGA 1GVXA 1W51A 4OBFA 1SBGA 1SIVA 2WF3A 4LXAA 3OOTA 4DJQA 3EL4A 5P1HA 1ZPKA 5P3NA 5P4EA 5HE5A 1D4JA 4J0VA 2OHSA 2AOJA 3LPKA 4CPQA 2IRZA 5P41A 2B42A 2RMPA 5P2IA 5EZZA 3QI1A 2Q11A 4I0ZA 3D91A 2XFKA 2O4NA 3QRMA 4Y53A 2I0AA 3EXOA 5P4AA 3FNSA 4OBGA 2BPWA 4F75A 2NXLA 1MT9A 5P4RA 5P8DA 3LZYA 5P2DA 3TTPA 5P25A 3BGCA 5P6RA 1IZIA 5F00A 5P3KA 5P4XA 4Y3MA 5P10A 3IXJA 5P6XA 5P14A 5P8MA 3NR6A 3OXCA 5DR0A 2JXRA 3D1ZA 4BEKA 2BKTA 3IGBA 5P29A 1SDUA 3O99A 5P03A 4HDPA 2QZXA 1LYAA 4Y4JA 3ZL7A 4GMIA 3EMYA 1EBYA 1MERA 1YM4A 5P8OA 4EPJA 4FRJA 4J1KA 5P5ZA 1YTHA 4Q1XA 3KFPA 2V12C 1SGUA 5OZ8A 2ZHTA 1ZPAA 2G1OA 3GGVA 4Y43A 5P7HA 4FIVA 1LYWB 3TL9A 4Y4GA 7HVPA 5P02A 3OU4A 4EHCA 4ZSMA 3RU1A 4OBHA 1EBKC 4B70A 3K5DA 5P64A 5KQYA 5P63A 5P0SA 3VV6A 4B72A 2FS4A 5P8GA 5P5BA 4Y4XA 3EKWA 3UQPA 1MUIA 1EPNE 5P47A 4DJUA 4Y5MA 2FIVA 3GI5A 4YCTA 5DPZA 3B7VA 2BPXA 4R95A 4HZTA 5P3EA 5P4PA 3VF7A 4I0IA 4FRSA 1J71A 1ZAPA 2QNPA 2FGUA 5P6BA 4CPWA 5P3LA 3LIQA 5FIVA 5DR4A 4L7GA 4ER4E 3CMSA 5P2LA 5BS4A 4L6BA 2AZBA 4Y41A 5P6LA 2WEZA 5P5EA 3VSWA 5OZ3A 3BUHA 1RL8A 5CONA 5P3OA 2HC0A 4M8XA 3FIVA 3JVYA 5P6GA 1F7AA 3EM3A 3EL0A 3OQFA 5P3QA 2AZ8A 5P34A 5P07A 4Y3NA 3KT5A 2BB9A 4Z50A 5P4FA 5P7FA 5P1NA 3QROA 2ANLA 3PWWA 1B6MA 5P24A 1PPKE 3DCKA 5P58A 4ACUA 4IVTA 5KOQA 2V10C 3EL9A 2NXDA 3S85A 5P15A 5OZ5A 3EM4A 2A4FA 3KFSA 1HSIA 4YCYA 4HDBA 4COEA 3PSUA 1KZKA 3OUDA 2G21A 3L59A 1MEUA 1T7IA 2QD6A 5IVTA 3OWNA 4NJTA 3QS1A 4Y4TA 1HIVA 3T7PA 2ZJLA 3B80A 2AVOA 5P6CA 3O9GA 3NDTA 3D1XA 2WHHA 5P1KA 5KR0A 1YT9A 1LYBB 2BQVA 1APTE 5OZQA 3URJA 3UFLA 1VIJA 5P3FA 1ER8E 3G6ZA 5P1QA 4ZPEA 5P3ZA 5ISJA 4D89A 3S2OA 4GJDA 4I8WA 3OU4B 3SA3A 1EPPE 5P5QA 3BC4A 3NLSA 2RKFA 2QI6A 4Y3DA 1EBWA 3ER3E 3Q70A 2AVQA 5P50A 4GJ6A 1T7JA 1DMPA 1D4YA 5P80A 1G35A 1YTJA 3DCRA 2WJOA 4K4QA 2PH6A 4Y48A 4JPEA 4QJ7A 4I11A 5JG1A 2J9KA 1IDAA 5P6PA 3FNUA 2ER7E 4Y3FA 3SM2A 4CPUA 1WBKA 5P57A 5P49A 5OZEA 1ENTE 3PRSA 5P09A 3VG1A 5I3VA 4R5NA 1JLDA 3OUCA 4NPTA 4D85A 4Y5LA 4LP9A 3DOXA 5P5DA 4KB9A 2P3CA 2PYNA 1K6PA 3S43A 2F80A 5P2OA 3MWSA 3JW2A 5P7TA 1YX9A 5P4KA 5P2GA 4Y3LA 4QGIA 4FLGA 3HDKA 5P6QA 3PWRA 3TLHA 2HS1A 3UTLA 4CPXA 1PPLE 5JODA 5P5IA 4Y54A 5OZYA 2OHQA 4DVFA 5P11A 5T4SA 4YHQA 5P16A 3TKWA 3D1YA 5COPA 5P4OA 5P4GA 5P05A 1TQFA 1K6TA 2IGYA 1T6EX 2B8VA 1HSHA 1K6VA 5HDUA 2QU2A 2FGVA 2H6TA 3I2LA 5P8BA 2QCIA 3VEUA 1A30A 3PEPA 1IVPA 2Q5KA 5P17A 4Q1NA 3OK9A 1MIQA 2PYMA 2JE4A 4GJ7A 5SZ9A 4I0JA 5DGUA 5P61A 4I10A 4YD3A 5P69A 3UCBA 5P0WA 5P70A 4DFGA 5OZMA 4RRSA 2JJJA 2I0DA 2UPJA 5P66A 5P7KA 1KJ4A 4CMSA 5P2NA 5P2HA 5P5PA 1QRPE 1T3RA 3F9QA 5P5HA 3DV1A 5KR8A 1PROA 4Y4DA 4DH6A 5P7OA 5AHAA 5P5XA 4AA8A 1LEEA 1XL2A 1BDLA 1FQ8A 4Y3WA 5P0DA 5P75A 4YE3A 2ZJJA 2PH8A 1A8KA 2FXDA 1ZBGA 3IAWA 5P1EA 2NNKA 4Y37A 1LF3A 2BJUA 3UPJA 4TVHA 4DJRA 4I0DA 4XKXA 5P35A 4Y3TA 5OZNA 1YG9A 3IA9A 3PBZA 2QZWA 1DP5A 1ZSFA 1G2KA 4QJ2A 4RCFA 3LNKA 3BGBA 5COKA 4EXHA 4QJ6A 5OZGA 5P5VA 5KQZA 5P13A 3SA5A 2VIZA 2QMGA 2HM1A 4PZWA 5P0UA 5DR1A 5P1FA 5OZCA 5P7SA 5P06A 5JFPA 2IKOA 5EZXA 2H6SA 3S43B 4B05A 2FMBA 5P2JA 1W5XA 5KR2A 2Q54A 4NKKA 3HBOA 4ACXA 2G20A 2QAKA 4Q1WA 3WB4A 1CZIE 3PCWA 3EKVA 5P85A 5P5JA 1K1TA 5P0HA 4J1EA 1OD1A 2JJIA 1MESA 3QVCA 3BVBA 5P3BA 4Z22A 5P6ZA 5P3WA 5HE7A 3UDQA 4DJYA 1FIVA 4EJKA 1KJFA 5AH6A 1OEWA 1XL5A 5AH7A 2HIZA 3HAUA 4YD6A 5P5RA 3AUPA 1TCXA 2AOEA 4KE0A 4B1CA 3O9CA 4ZSPA 3INEA 4GJAA 5DQ1A 1QDMA 3OHFA 3UDRA 1AIDA 2I4WA 3HW1A 3AIDA 4A6BA 1Q9PA 2G69A 3Q5HA 2UXZA 3KDBA 3ZMGA 4BFBA 1KJHA 4PEPA 1AAQA 2R5QA 4CPRA 5C9DA 3DV5A 3L5DA 3UQXA 3NUOA 5KQXA 1YM2A 5I3XA 3KMYA 2R43A 3K1WA 1C70A 4K4PA 1C6YA 2I4UA 3GGUA 5P83A 4LXKA 3S45A 1BDRA 4DJPA 5P4LA 3L58A 4FM8A 3SACA 2OHRA 4HDFA 2HB2A 2QI7A 5P6EA 5P27A 5P62A 1D4SA 2BPVA 3PLDA 3OGQA 3ZOVA 3H0BA 2IDWA 6UPJA 4MC6A 1HIIA 5P51A 1Z8CA 2QI5A 2V11C 1RV7A 5P8NA 4YOAA 5P2UA 5P1DA 3TH9A 2F81A 3RVIA 3NU3A 3WZ7A 4Y3GA 4Y5NA 5P3SA 3UDJA 4UPJA 3NUJA 5F01A 5IVRA 4RYGA 3PI5A 2OHUA 4RYCA 1MVPA 5DQ4A 1E82E 5P5WA 3GI4A 4B00A 4WTUA 3NDWA 3WZ8A 1B11A 3UFNA 5SY3A 3SA9A 4J55A 5P32A 2OHLA 4EYRA 2I4VA 5P1MA 1CPIA 5P7JA 3KFRA 3PLLA 5P4QA 4Y5AA 2QHYA 5P2QA 4FM6A 4I0EA 5P5YA 1AM5A 5P7QA 5P43A 5P3IA 4YCKA 3WZ6A 4OBKA 5P6NA 5P7CA 1GVVA 1MPPA 3L3AA 4OD9A 3T7QA 2OHTA 7UPJA 1FGCC 5HDZA 3LZVA 2JYSA 4R93A 5P4ZA 3CYWA 4WY6A 5P76A 1SDTA 5OZ1A 5P89A 4J1FA 5OZZA 5P0JA 3ZKIA 5HDXA 2RENA 3K5CA 5P6WA 5P5GA 4CPTA 3VLAA 5P6SA 4YD4A 1W6IA 5OZXA 5P7PA 5P3AA 4TRZA 5IVQA 3NWQA 5P08A 5OZTA 4ZLSA 1Z1HA 4Y44A 3ER5E 1NH0A 3OOZA 4Y45A 5P54A 2V13A 4X2LA 1B5FA 4QJ8A 5P4HA 5P48A 2WF0A 3VFAA 1XE5A 5E5KA 5OZJA 3KM4A 5P7NA 2PK6A 2Z4OA 5AGZA 4YOBA 5P22A 3OTSA 3UQUA 5P2XA 5P20A 5HTZA 3TPLA 5P7YA 3RSXA 3KDDA 3EL5A 5P52A 1ZP8A 4BELA 4J0TA 3KDCA 4DQBA 3CKTA 1HTRB 1XE6A 3FX5A 1BV9A 1HPOA 4K9HA 5P7GA 5P73A 4FAEA 1FQ5A 4GIDA 4TVGA 4L1AA 5P6YA 3UDPA 5I3WA 3VV7A 3BUGA 5HD0A 4LL3A 3OQAA 5P65A 3VSXA 4B78A 3CIDA 1B6JA 1KJGA 2NPHA 4AZYA 4B1EA 4GJ9A 1EAGA 1ME6A 2NNPA 1HTGA 3NU6A 4EWOA 4Y36A 3OUAA 3LITA 5OZUA 3SA4A 3NU4A 2R8NA 3K5GA 3GI0A 5P42A 2AZCA 3S8IA 4Z4XA 5P6IA 1EC3A 5ER1E 5P23A 4J1IA 2WF4A 1BV7A 2QI4A 5P6UA 1FMUA 1FLHA 2VA5A 4ZPFA 5P8IA 1XS7D 3TOHA 2FLEA 2OF0A 2G24A 2MIPA 2PC0A 5JFUA 6APRE 3NWXA 4JOOA 5OYSA 3U71A 3JVWA 3QBFA 5SXNA 4J1CA 1FEJC 2FNTA 4JP9A 9HVPA 1HPXA 1HEGE 5P2ZA 1FG8C 1K2CA 5OZKA 5P3RA 3K4VA 5CLMA 2AQUA 5P3MA 3LIXA 3WB5A 1LYAB 2VIYA 1BVEA 5P74A 5P1ZA 2I1AA 3Q3TA 3K4VC 5P56A 1HXBA 4RRNA 2VIEA 3L5BA 2I4XA 4N00A 1HVCA 5OZBA 3GI6A 2P3DA 3VF3A 4EJLA 4JECA 2HAHA 2HPFA 4B0QA 1LV1A 5P8TA 4DV9A 2ZE1A 5DGWA 4ZPGA 3R0YA 1BWBA 1B5FB 4EP2A 1SIPA 1UH7A 4Y3XA 5P7ZA 5P1JA 5P40A 1QBRA 5SY2A 3L5EA 2IQGA 1SDVA 3OQKA 2ZJKA 3BRAA 3UF3A 2VS2A 5P46A 3TPJA 3UQWA 1MSNA 4U7QA 2VKMA 5P37A 4CP7A 5P8RA 5OZ4A 4NJUA 3RTHA 4NPUA 3LZSA 3OADA 3FNTA 4L1AB 3CICA 4I12A 1BAIA 4Y5GA 2G1NA 4Y56A 2BBBA 4D8CA 2EWYA 4LC7A 2FXEA 3O9LA 1BXQA 4Y3JA 1EC0A 2G22A 4FS4A 3T7XA 4EXGA 5KOSA 1AZ5A 3CKRA 5P1RA 5P3JA 1ODWA 4GJCA 4E43A 4FAFA 3EBZA 5P31A 3BHEA 3K5FA 2ZJNA 5P1WA 4DQCA 5P5LA 3CIBA 1GKTA 4F74A 2AOFA 3PSGA 2O4KA 4IVSA 2QNQA 4ZSQA 4XX4A 1QS8A 5P2EA 3NSHA 2NR6A 5DR8A 5P2FA 2RKGA 4APRE 1CMSA 1MT7A 3R1GB 3VCMA 3PSYA 1IIQA 5P5FA 2QP8A 3OUDB 5OYWA 3PVKA 2J9JA 1M0BA 5ER2E 3MSKA 3D20A 4DPFA 3CYXA 5P28A 5P6OA 5P6MA 5P44A 3OUBA 2BPYA 5OYXA 5P2MA 3OGPA 5P53A 3INHA 4H1EA 1HHPA 3VV8A 4OBJA 4K8SA 4H3IA 3IVIA 5P1PA 1FQ4A 3SPKA 4OC6A 4FRKA 1E80E 5P7XA 3IN3A 3LIYA 1E5OE 4R92A 2I4QA 5P12A 5P0XA 3SABA 4CPSA 1EPLE 4Y35A 5P2TA 4Z2ZA 1MSMA 5I3YA 4XXSA 4DPIA 3LIVA 1K2BA 3PJ6A 5P1IA 5P5AA 3R0WA 5P79A 1ODXA 3LZUA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1LF2 A;  3KF0 A;  3LIN A;  5OZV A;  2ER0 E;  3U7S A;  1EC1 A;  3C9X A;  5P8J A;  3HD8 A;  5C9F A;  1NPV A;  5P19 A;  5P26 A;  4J0P A;  5OYR A;  5BWY A;  3KT2 A;  3SKG A;  4NJV A;  2FDD A;  2ER6 E;  3IXO A;  1MTB A;  4F73 A;  2NMZ A;  3ZKQ A;  3NXN A;  2P83 A;  5UPJ A;  1NSO A;  4LAP A;  4Q5M A;  2F8G A;  2NTR A;  4D83 A;  5ENK A;  5P0A A;  3URI A;  1APV E;  3DM6 A;  4U7V A;  4MC9 A;  5P7M A;  1BBS A;  1SMR A;  5P7A A;  5P7E A;  5HDV A;  1B6K A;  5P1V A;  2QZK A;  4J1H A;  5IE1 A;  3MXE A;  3A2O A;  1MET A;  4B1D A;  1YTG A;  5OZ9 A;  2WF1 A;  5OZO A;  3RSV A;  3BXR A;  1ZSR A;  1TCW A;  5ENM A;  1NPW A;  3O9I A;  4GZF A;  3KYR A;  1MRX A;  1LYW A;  4EJ8 A;  4Y3S A;  4H3J A;  5P5M A;  4J0Y A;  2VJ6 A;  4Y3Q A;  5P5C A;  1HVL A;  3HVP A;  2QZL A;  4WY1 A;  1FKN A;  4Q1Y A;  4H3F A;  1HVJ A;  1YTI A;  3CKP A;  5P1U A;  5P78 A;  1AXA A;  2O4L A;  4TRY A;  2AOG A;  4QJA A;  5P8H A;  2SAM A;  4HLA A;  1D4L A;  4EQJ A;  5P8E A;  2VNN A;  5KQF A;  1EBZ A;  2NMY A;  3OU1 B;  4RVX A;  5COO A;  1BVG A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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