1BAIA

Crystal structure of rous sarcoma virus protease in complex with inhibitor
Total Genus 20
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
20
sequence length
124
structure length
124
Chain Sequence
LAMTMEHKDRPLVRVILTNTGSHPVKQRSVYITALLDTGADDTVISEEDWPTDWPVMEAANPQIHGIGGGIPVRKSRDMIELGVINRDGSLERPLLLFPLVAMTPVNILGRDCLQGLGLRLTNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural basis for specificity of retroviral proteases.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEASE
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
total genus 20
structure length 124
sequence length 124
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 1998-04-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1baiA00
3PJ6A 5P8VA 3ZKGA 2QU3A 3JVYA 5P1BA 3I6OA 4J0TA 5P35A 1TCXA 2AVSA 1NPWA 1CZIE 5P3VA 2PSGA 3BUFA 2RENA 3VUCA 3TKWA 2F8GA 4L1AB 3OHFA 4GJDA 5P7WA 3INDA 2J9JB 5P5XA 2A4FA 3CKTA 5P4PA 5OZMA 3O9LB 2Z54A 4ZLSA 1SH9A 3NXNA 2AODA 4I0EA 2CENA 1VIKA 4F76A 1K2BA 4JOOA 5P4VA 3PLDA 3B7VA 2VIEA 1BV9A 1A8GA 5P0IA 3KFNA 1D4SA 1ER8E 4Y39A 3OOTA 3GI0A 5P8HA 5P63A 4CMSA 5OZ4A 4PZWA 5P6LA 3HVGA 4QJ9A 5P0TA 4LHHA 5P0ZA 4J5JA 3SO9A 3PSGA 1KZKA 5P7GA 3EM4A 1APWE 1RNEA 2OHMA 2QI5A 2QI3A 3OWNA 5P1IA 1FMUA 4Y5NA 5I70A 2BPYA 5OZFA 5P6HA 4APRE 1APTE 5P2ZA 5P1WA 1MRWA 5P2DA 2QHCA 2PSVA 3UDQA 3RVIA 2G94A 1PSAA 5P5NA 4JP9A 4L1AA 3BVBA 4OBHA 3NR6A 3VV7A 1B6KA 4YDGA 3KF0A 5P6CA 3EM3A 5OZAA 4GJ5A 1PPKE 2QZLA 3LZUA 2FXDA 2EWYA 5P32A 4RCDA 4B05A 4CPQA 5P7MA 3ZMGA 1W6HA 2AVOA 5P0JA 3R0WA 3MXDA 5OZDA 3RSXA 4K4RA 4EHCA 1Z1HA 1QBSA 2F80A 3OQ7A 4AA8A 3GI6A 3PBZA 4RYGA 4DPFA 4CPXA 5BRYA 3NDTA 4DPIA 5SY3A 3PI5A 4D8CA 3LZYA 1U8GA 2JXRA 3OTYA 3O9BA 5P1LA 4D85A 1EC2A 1M4HA 4AUCA 4Y48A 5P3RA 5P1GA 3ZLQA 1EC3A 4Y53A 2APRA 2XFKA 4YCYA 3U7SA 2OHPA 3DCRA 1MT7A 1A9MA 4Y5KA 5P09A 3PBDA 5P2XA 5OZXA 2OF0A 3SA8A 3PWMA 3H5BA 4Q5MA 2WF0A 3PEPA 3B80A 2QI0A 5P5QA 3FX5A 2G20A 4I0IA 5P48A 4Y36A 5P6TA 3RTHA 5P5KA 1HXWA 2AVMA 4DQGA 4EJ8A 4RRSA 3FNSA 4FRKA 3SM1A 3UDJA 2AOGA 1XL2A 1ODXA 5I3WA 3D1ZA 1HXBA 5P2QA 5P8PA 2ZHVA 3R2FA 5P7SA 4B78A 5P02A 5OYQA 5P0DA 1HIVA 5P05A 3SLZA 4L7GA 3SKFA 5P15A 1SIPA 3I2LA 4DI2A 5P1YA 5P6DA 2ER7E 4GJ6A 5P7UA 5DR1A 3VG1A 3D1XA 1ZLFA 5KQXA 5P5YA 1ZSRA 3LIYA 1WBMA 2O4KA 4PHVA 1WKRA 5P14A 4FRIA 3MSJA 4NKKA 4Y6MA 5AHCA 1FGCC 3QN8A 1HPXA 4RROA 4I12A 4BELA 4Y5BA 1UH7A 3LIXA 2P3AA 3UDNA 2JYSA 4GJ7A 3KN0A 5P20A 3WZ7A 4J55A 5AGZA 5DQ2A 3IGBA 2HIZA 5P5AA 5P8LA 5P62A 1YTGA 2CEJA 5KR1A 2HS1A 4I8WA 1G6LA 3L5FA 1HPVA 4Q1XA 4DJPA 5OZTA 5P12A 2NR6A 5P0KA 3TPLA 4WTUA 5P04A 5P49A 2WF4A 4B0QA 3IN4A 1D4LA 2B7ZA 4AA9A 1K1UA 3L59A 5P3NA 3ZKNA 3JVWA 5P34A 3QBFA 5P1ZA 2QCIA 5P5SA 3FNUA 1LF2A 1BWAA 4Y5PA 3OXXA 5P4MA 2V10C 4I0FA 5P88A 3HDKA 4TRYA 3SA7A 1T3RA 2BB9A 3HBOA 1TSQA 1WBKA 3I8WA 5P2MA 2Z4OA 4Y3LA 3K5DA 2FGUA 2R3WA 1B6PA 3UDYA 2VIJA 4S1GA 5P7RA 3UFNA 4I0JA 1HRNA 3H0BA 3MWSA 1GNOA 1ZPKA 2AZ9A 5P1OA 4F75A 1HTGA 4MC9A 3BXRA 5KQFA 1DIFA 1HPOA 3WSJA 4EYRA 2IKOA 5SZ9A 4FS4A 4L7HA 3C9XA 3VFBA 3EBZA 5P3TA 5P41A 4OBDA 4M8YA 3UDHA 5OZYA 2Q11A 5P4WA 4A4QA 3NDUA 1SMEA 4YOBA 5P30A 5P8CA 5P87A 2ZJJA 2PQZA 5E5KA 5P43A 5P1JA 4Y3YA 1M0BA 2V0ZC 5P6FA 2UPJA 5P3XA 1RV7A 2FLEA 2AQUA 1F34A 1FQ6A 5AHBA 1CMSA 4Y3WA 3GW5A 2I4QA 3SPKA 5IVTA 5P7QA 3PRSA 5J25A 3UQXA 1XS7D 2V16C 5P5VA 3GGXA 5EZXA 5P6OA 4QJ6A 5P51A 2HB2A 5AH6A 2UY0A 5P1EA 5P2UA 1BWBA 5P4OA 5P54A 3WB5A 4R92A 4PZXA 4FCOA 4NJVA 1LYAA 1K6CA 2QZWA 5P5JA 2CEMA 5P06A 4B72A 4Y44A 3OQFA 4E43A 3VLAA 1BDRA 1K6PA 5AH7A 3S7LA 4D88A 1HSHA 3TPRA 4ZPFA 5P8OA 4BEKA 5P0NA 1ZJ7A 2UXZA 2VJ7A 1FLHA 3EKXA 1E81E 4ZEAA 4YHQA 1LF3A 1FF0C 1B6JA 4I10A 1MTBA 1MT8A 1HVKA 5BS4A 1EC1A 1TCWA 1PROA 2VIYA 5P8NA 2AOJA 1DW6C 2I0DA 5E5JA 3APPA 1EBZA 4XX4A 4DQHA 1SP5A 2F3FA 1BDLA 2HB4A 3ST5A 1UH9A 2XYEA 4Y3TA 4Y5CA 5P08A 4QJ2A 2G1NA 2O4SA 2F3EA 3UQUA 1NH0A 2IQGA 5P2EA 5P6WA 1HTEA 2OHSA 3MSKA 4ZSQA 3LZVA 5P39A 3BGCA 3QRMA 3NDWA 2QI4A 1JLDA 3OXCA 2FS4A 4Y38A 1PSNA 5OYWA 5OZPA 1QS8A 3GGUA 3VF3A 1HVRA 2VA5A 1GVTA 3OOZA 2FNSA 3LNKA 4J17A 1T6EX 1M43A 4FM8A 1EPQE 3EC0A 1FB7A 1MVPA 5P27A 5P8QA 1IDAA 3UF3A 4Y9WA 3L5EA 5JFUA 4EWOA 5P31A 5P0GA 4FRSA 4DJYA 3EKQA 4YD6A 1IZIA 3LHGA 4Y41A 3HLOA 1FFFC 1IDBA 2FGVA 3CIDA 1YTIA 1FMBA 5P6EA 3HAWA 4I11A 2PWCA 4YA8A 2AZ8A 1KJFA 4I8ZA 2O4LA 3UDKA 5P1CA 2PWRA 5P5ZA 3OK9A 4KUPA 4CKUA 2WKZA 5P1XA 3TLHA 3BUHA 1W50A 4KE0A 5HVPA 1DAZC 2BQVA 3G70A 5OZ0A 2ASIA 2ZJNA 2AVQA 1C6XA 5P4UA 2QK5A 5P4AA 4Z4XA 3OUDA 4GJBA 4NPUA 1MESA 3ER3E 3NSHA 3VF5A 2ZHUA 3TOFA 2BKTA 1HTRB 3QVIA 3SAAA 5P2VA 5OZOA 3GGVA 4YD4A 3AUPA 5P1MA 4B77A 5KOSA 1D4KA 4Y4JA 1BDQA 2HM1A 1QDMA 2PSUA 3S7MA 4HDPA 4B1DA 3PWWA 3U6AA 5P3LA 1SBGA 3GI4A 5KR8A 4R93A 5HE7A 3KFSA 3QRVA 2NXLA 4K9HA 4PEPA 4ZSPA 3I7EA 2O4PA 2VNNA 4OC6B 3CICA 3TKGA 5P5UA 3T7PA 4B1CA 1C70A 1MPPA 4H3GA 3S8IA 1MSMA 2OHLA 5F00A 3SA4A 1LEEA 4GJ8A 5P6XA 4Y4TA 5P0BA 5P28A 4Y4BA 5P29A 2AOHA 5P85A 4Y5LA 2VS2A 1MT9A 5P5GA 4QJAA 1LS5A 5P65A 3EM6A 5P2FA 5OZ6A 1MSNA 3OTSA 1LZQA 5DPZA 4OBGA 4COEA 4IVSA 3Q5HA 3URIA 3OUCA 2XYFA 3KA2A 2WF3A 2ZJIA 2V13A 4EXHA 3K5CA 4Y5GA 1QBTA 3O9HA 5P8FA 5P7CA 4N00A 2P83A 2Q15A 3PMUA 5P8TA 1E80E 5P0CA 2ZHSA 4DJUA 3RTNA 1PFZA 5P3KA 2SAMA 4QJ8A 3SKGA 5P7NA 5P78A 5C9FA 3ER5E 7UPJA 5P01A 4Y58A 4CPUA 5P4YA 4XKXA 5P46A 3HAUA 5P23A 2OHNA 2P4JA 4OC6A 4UPJA 3IAWA 4Y57A 3NU3A 3VF7A 4Y4XA 5P3WA 3HZCA 5HDZA 2WHHA 1AJXA 1APVE 4Y3JA 5P3DA 4MC1A 5P0XA 3UFLA 3O9DA 5P6YA 1B6MA 2P3BB 4Y5EA 5P19A 1SDTA 4J0YA 2PC0A 2B42A 4PYVA 1YG9A 4EJDA 4EQJA 5P1RA 3OGQA 3PB5A 2PMAA 2F81A 2IL2A 4EPJA 4OBKA 5P6AA 5P8RA 3SABA 2PH8A 1QBUA 4DJVA 1G0VA 5P8SA 1KJ4A 5P26A 5P11A 5P6UA 2WEZA 4U8WA 4Y4UA 2B60A 1SMRA 5P83A 4Q1YA 2BPVA 4OBJA 2A1EA 5P52A 5OYXA 5P5BA 4FSEA 3UDPA 4Y3XA 4YOAA 5P8AA 3JW2A 2NNKA 5P1TA 1ZTZA 4DQBA 5P1FA 1TSUA 4FAEA 5COKA 1W5VA 5P86A 3DM6A 3QBHA 3EKPA 2AOIA 2BPXA 2VA6A 5P59A 2IGYA 3L58A 2R43A 4APEA 4YCKA 5P8KA 3R0YA 4J54A 2ANLA 3Q4BA 4ER2E 3ZKMA 5P7IA 4F73A 2P3BA 1GKTA 5P10A 3S45A 4YD7A 2Q55A 3O9EA 5ER1E 5P81A 4FE6A 3OADB 4I0HA 3UPJA 3O9CA 4OBFA 5DQ1A 5P4JA 1W5XA 3IXJA 5P1UA 5P8MA 3NXEA 1YM2A 2QD6A 1MTRA 4NPTA 9HVPA 5P7PA 2G69A 1HTFA 1PPLE 2QMDA 5OZGA 5OZVA 1YTHA 1IVPA 2G22A 5KR2A 5P2GA 3TOGA 5OYRA 4PPHA 5DQ5A 5OZSA 4XXSA 3KM4A 4FRJA 1G35A 5P0SA 5P6PA 5P3EA 4RZ1A 2ZE1A 3EL4A 2QD8A 4TVHA 5P0UA 3IVHA 2P3DA 3ZOVA 2HS2A 5OZQA 3S53A 3KMXA 3NU5A 5P6RA 4D89A 1HSIA 4WY6A 3LPIA 1K6VA 3S54A 4H1EA 5P8GA 3UQWA 3FV3A 4DQEA 3LPKA 1XN2A 2AVVA 3WZ6A 2Q3KA 2NMYA 2IRZA 3KDDA 1HWRA 2HC0A 3A2OA 3VSXA 5DR8A 1MRXA 1W5WA 3MXEA 1GVUA 5P0AA 3N3IA 2BKSA 5AHAA 1LYAB 4AMTA 4CPRA 1NSOA 2RKFA 4LXMA 5KQYA 1KJGA 4OBZA 3BGBA 3PCZA 4J0VA 4RCEA 2NMZA 3OADA 1SDUA 5P0LA 5P2SA 1BBSA 4Y51A 3SA5A 5P5IA 1GVWA 3OUAA 3URLA 5P0YA 2G24A 4Y4WA 5P6ZA 1W5YA 1GNMA 3OQKA 3LIVA 4R8YA 1BILA 3EL5A 2P3CA 5P4IA 3ZKQA 3OGPA 2JJIA 5P0QA 4WY1A 5P2AA 3T7XA 4DVFA 5P84A 2QNNA 4Q1NA 2QMPA 1W51A 5P6JA 4Y45A 3VCMA 5P5HA 2QMFA 2AZCA 3CYWA 5HE4A 3DK1A 3CYXA 5P5WA 5P6GA 5P6KA 5P7TA 4Y3SA 1NPAA 2AZBA 3Q6YA 2OHKA 2QI7A 5P4TA 2QP8A 5OZJA 4CP7A 3SA6A 5IVRA 1QBRA 3BXSA 2G26A 5P4ZA 3PM4A 4LC7A 5P0MA 1T7KA 1B5FB 5P33A 3DV1A 3OHHA 3INEA 1SGUA 4RYCA 4HLAA 3VFAA 5DGWA 3N4LA 3LIQA 3KYRA 3OXVA 2IDWA 5AH8A 4AZYA 5PEPA 4A6BA 1HEFE 4GMIA 5HDUA 1RQ9A 5P5OA 2ZDZA 1E82E 2AOCA 3LITA 5P2CA 3VV6A 4Y43A 5P2JA 1HVJA 2OHQA 4GZFA 3SM2A 1APUE 5P0FA 5P8IA 2Q54A 5DR0A 4BFDA 4H3JA 3K4VA 5P8BA 4ZIPA 4RRNA 5UPJA 3PHVA 3TPPA 4B70A 4Y4EA 2G1SA 4M8XA 2QZKA 2WF2A 5OYZA 4RLDA 4Y47A 3NYGA 5P56A 3QS1A 5P6IA 2WEDA 4DH6A 4DFGA 3VYEA 1A94A 4ACXA 4GJ9A 5P0PA 5OZ2A 2NXMA 2WECA 3S56A 5P76A 4J0ZA 4Y4ZA 5P4QA 5OZWA 3O9AA 5P3AA 4JPEA 1A8KA 3DJKA 3PMYA 5P74A 4RGHA 4JPCA 2R5QA 3PSYA 2I4XA 3S2OA 3K1WA 2XFJA 3OU4B 4NJTA 5P69A 2B7FA 1B11A 5P16A 5P3JA 3INFA 4I0DA 4ZE6A 5P5FA 1MIQA 1B5FA 5P7FA 2OHUA 1HOSA 2WJOA 4FM7A 5P73A 3OUDB 5OYYA 1PSOE 1GNNA 3PWRA 2VKMA 5JODA 1FFIC 1K6TA 2RSPA 1TZSA 3SA3A 1SDVA 5P82A 1FEJC 1FQ5A 5P1DA 3TH9A 3O9GA 5P17A 6UPJA 5P4BA 1DMPA 1CPIA 5P0RA 4H3IA 5P0OA 4CPTA 1XDHA 5OZHA 2RMPA 3DCKA 5P4NA 2AOFA 3WZ8A 5P7JA 5OZKA 4Y4GA 5P89A 4Y3AA 1QRPE 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3PJ6 A;  5P8V A;  3ZKG A;  2QU3 A;  3JVY A;  5P1B A;  3I6O A;  4J0T A;  5P35 A;  1TCX A;  2AVS A;  1NPW A;  1CZI E;  5P3V A;  2PSG A;  3BUF A;  2REN A;  3VUC A;  3TKW A;  2F8G A;  4L1A B;  3OHF A;  4GJD A;  5P7W A;  3IND A;  2J9J B;  5P5X A;  2A4F A;  3CKT A;  5P4P A;  5OZM A;  3O9L B;  2Z54 A;  4ZLS A;  1SH9 A;  3NXN A;  2AOD A;  4I0E A;  2CEN A;  1VIK A;  4F76 A;  1K2B A;  4JOO A;  5P4V A;  3PLD A;  3B7V A;  2VIE A;  1BV9 A;  1A8G A;  5P0I A;  3KFN A;  1D4S A;  1ER8 E;  4Y39 A;  3OOT A;  3GI0 A;  5P8H A;  5P63 A;  4CMS A;  5OZ4 A;  4PZW A;  5P6L A;  3HVG A;  4QJ9 A;  5P0T A;  4LHH A;  5P0Z A;  4J5J A;  3SO9 A;  3PSG A;  1KZK A;  5P7G A;  3EM4 A;  1APW E;  1RNE A;  2OHM A;  2QI5 A;  2QI3 A;  3OWN A;  5P1I A;  1FMU A;  4Y5N A;  5I70 A;  2BPY A;  5OZF A;  5P6H A;  4APR E;  1APT E;  5P2Z A;  5P1W A;  1MRW A;  5P2D A;  2QHC A;  2PSV A;  3UDQ A;  3RVI A;  2G94 A;  1PSA A;  5P5N A;  4JP9 A;  4L1A A;  3BVB A;  4OBH A;  3NR6 A;  3VV7 A;  1B6K A;  4YDG A;  3KF0 A;  5P6C A;  3EM3 A;  5OZA A;  4GJ5 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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