1BDRA

Hiv-1 (2: 31, 33-37) protease complexed with inhibitor sb203386
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDSVVAGIELPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural role of the 30's loop in determining the ligand specificity of the human immunodeficiency virus protease.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1998-05-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1bdrA00
4Y47A 5OZDA 3VV6A 5P6CA 5C9DA 1MTBA 1XL2A 4FRJA 5P01A 2WHHA 3QRMA 4R8YA 3ZKXA 4F74A 4U7VA 4EQJA 3OU1A 1HEGE 1HWRA 3UQRA 5P4QA 2ZHTA 3OU3A 3QI1A 3UQUA 5P4VA 2Q15A 3OXCA 4OC6A 3ER3E 1AIDA 1HIIA 4A6BA 5P2OA 1FQ8A 1LYWA 1XN3A 3INHA 1FIVA 1OEWA 5OYXA 1K6VA 9HVPA 4Y50A 4I0IA 1MT9A 2PQZA 3KM4A 5KOQA 3R0YA 3VSWA 4Y58A 5P74A 2PK5A 5HU0A 4J0YA 4QJ7A 5OZ3A 5P8LA 4J1IA 5P5BA 1VIJA 4XX4A 1PSAA 4PZXA 3NXEA 4OBDA 5P24A 1YT9A 3KDCA 2VA7A 5DQ1A 5P8EA 4Y48A 5P71A 2B8VA 5P4ZA 1W6IA 4Y3RA 2G20A 5P1ZA 5P3SA 2Q54A 4I8ZA 1WKRA 4YD5A 1FQ6A 2CEMA 5E5JA 2R38A 5P0GA 4Y3ZA 5P2WA 1EPME 2OAHA 1A94A 2PH6A 1RV7A 3OUDA 1W5XA 5AGZA 4DH6A 5P66A 3KN0A 4CPUA 3LIVA 1B6JA 2AZ8A 3MXDA 4S1GA 2PSVA 1HSHA 2O4KA 4CPTA 3VUCA 4ZSRA 3EC0A 1D4SA 3BUHA 3K5CA 3UF3A 1BIMA 3URLA 5P0YA 3URJA 5P8VA 3VFAA 4NPUA 4ACUA 5P1KA 2FS4A 1E81E 5OYQA 3S43A 3PBZA 5OZPA 4DJRA 3BXSA 5I3VA 1G0VA 1D4LA 3GI4A 4GJ5A 4Y39A 5P6RA 4D8CA 1A8KA 4DI2A 5P1QA 5P3FA 1HSIA 4Y3JA 2EWYA 1FG6C 3OU1B 1MPPA 1G2KA 5P6QA 1DP5A 1XDHA 2R3TA 2WF1A 4Y51A 4OC6B 3OOZA 1C6ZA 3OADB 3BVBA 5KR2A 3VLAA 1LYWB 5AHBA 4CPRA 4GJ8A 3TH9A 5P5CA 5P44A 3NU3A 5P8FA 2HAHA 5CONA 2FNTA 3EM4A 3UDKA 5P6SA 1ZTZA 1BAIA 2APRA 3LHGA 3OGQA 5OZZA 1UH8A 5SXNA 1ZPAA 5P7YA 1FGCC 5P67A 2P8HA 1BV7A 2QNPA 3FX5A 5HE5A 5P2RA 5P8JA 4LL3A 4B1EA 5AH7A 2B8LA 4Z4XA 3BHEA 3K5FA 3UDJA 3PLLA 4HE9A 4OBJA 1E5OE 4NJVA 4Y41A 3UCBA 3EKQA 1HXBA 3KFNA 4YBIA 1XS7D 3VG1A 5P88A 3S53A 3OUDB 4RRSA 2BBBA 2QI1A 4NJTA 3AUPA 4Z50A 1HTRB 2CEJA 2QU2A 3L58A 2FXDA 1J71A 2XFKA 4EQ0A 1TW7A 3MSKA 2IGXA 3NUJA 1GVUA 5P8QA 3UQPA 1LS5A 4QGIA 3S43B 4DQCA 5P7LA 1Z8CA 3SA3A 2ASIA 4KE1A 2QD7A 4Y5EA 2VNMA 3BUFA 5P6XA 5KQXA 4MC9A 4KUPA 3KDBA 3S7MA 2NTRA 2G94A 2F3KA 3FV3A 5P0BA 2I0AA 5DQ2A 3R4BA 4QJ8A 5P6YA 3D1YA 5OZQA 3I8WA 5OYZA 1FKNA 5P58A 5OZ0A 1HHPA 4J0VA 1PPKE 2XFJA 5P4YA 5DQCA 1EPOE 5P0CA 5P6DA 4RCEA 2QI0A 1SP5A 4DJPA 2R43A 4U8WA 4TVHA 4D83A 2WF2A 2G1RA 3OU4A 1W50A 5P2BA 1EAGA 1LV1A 3T7QA 3UDQA 3UPJA 1EC1A 4OBHA 3S85A 4I0GA 3QRVA 4I0ZA 5OYYA 4AA8A 2RENA 4Y5BA 2G22A 3WB5A 3QPJA 5P4FA 5P0QA 1G6LA 5TOLA 5P4UA 3VFBA 5P33A 5P6ZA 5P82A 4Y3TA 5P11A 5T4SA 3EKVA 4Y5NA 2WKZA 2FDEA 3O9IA 3LZUA 5OZJA 5P2ZA 1SDTA 1EBWA 1ZSRA 5OYWA 4DJOA 5P3CA 2AIDA 4Y3FA 5AH6A 3L5CA 2AOCA 3U71A 4FAFA 3HVGA 3CYWA 5HCTA 2FIVA 3SA6A 1BWAA 4I10A 4PEPA 3TOFA 2UY0A 2G1NA 4AUCA 5P2AA 5OYVA 3LZVA 5P4RA 1ZSFA 1AXAA 2OHKA 3HAUA 4AA9A 4FGXA 2WEZA 5P2DA 5P8NA 3K4VA 3QP0A 5P4GA 1AVFA 1BBSA 5P09A 3LPIA 2UPJA 2AQUA 3LPKA 5P1LA 2VA6A 5P0KA 1LYAA 3ER5E 5KR8A 2BPYA 3MSLA 1ODXA 3ST5A 5OZNA 4B1CA 2I4XA 3LINA 4EYRA 4GJAA 1MT8A 5P16A 2VIJA 2WEBA 3FNSA 5P02A 1XN2A 5HU1A 4L7GA 5HDUA 3IVHA 3L59A 5OZIA 3GGAA 5P00A 3RTMA 3PEPA 3AIDA 2OHQA 2G1YA 4M8YA 2FMBA 2QMFA 5P75A 5P4EA 1GVWA 4H3JA 5OZVA 4GJ7A 1YTHA 2OF0A 5IE1A 3DV5A 5P2CA 5HE7A 3NR6A 5DGWA 4KE0A 5P7PA 1YX9A 5P4LA 5P14A 3CYXA 4Y3QA 3EM3A 2BPWA 1TQFA 5P6LA 4DQBA 5P34A 4EP3A 4UPJA 5CLMA 1KJGA 2ANLA 3G6ZA 2HS2A 2NXDA 2ER6E 3OY4A 4RCDA 4IVSA 4FIVA 4L7HA 4FM6A 5OZ8A 5P5VA 4H1EA 4DFGA 5P3OA 5P8HA 3T3CA 5P85A 4YA8A 3HD8A 1QDMA 3KA2A 3K5DA 2ER9E 3RSXA 2QZKA 1ODYA 1NSOA 5P6AA 4GYEA 5P2MA 2V12C 5HDXA 4K4PA 5OZKA 3SKGA 2QMGA 5HDZA 2P3AA 5P0SA 3UDNA 1FEJC 1LYAB 3RU1A 3OUCA 4FSLA 3IN4A 5COOA 5P40A 3T7XA 4TVGA 4I0FA 4DJXA 5P4TA 3WZ8A 2QNQA 5P22A 4CPQA 1IZIA 4Y45A 1KZKA 5P7ZA 4Y3GA 4YE3A 2FDDA 5EZZA 2QCIA 3PWWA 3QIHA 3TPLA 1BV9A 4QLHA 2BKTA 3IXJA 5P3ZA 5OZXA 1EBZA 5OZSA 4ZSQA 5P6PA 3UDMA 2VNNA 5P6EA 2NR6A 3IGBA 5FIVA 4E43A 3S7LA 4HVPA 4EXGA 2F3FA 1E80E 4BEKA 5DR1A 3OWNA 4ZPFA 4Y3AA 3MWSA 3VLBA 5P57A 5P2GA 5PEPA 5HVPA 4RCFA 4LC7A 4PYVA 4DJWA 5KR0A 5KOSA 3NDXA 4Y5AA 1XE5A 4EXHA 3CMSA 5OZRA 2QHYA 2QAKA 4Y4BA 5P89A 3O9DA 5P0JA 4AZYA 1PFZA 3PSGA 1IVQA 3GGUA 1XE6A 4EP2A 3Q6YA 3TPPA 1BVGA 4F73A 2OHNA 2SAMA 4GZFA 3D1XA 1MERA 3DCRA 1T3RA 2BJUA 4GJBA 3B7VA 2Q63A 4LHHA 5P2EA 3S56A 1BDRA 1FMBA 3ZKNA 3N3IA 5P49A 1T6EX 4FRKA 1IBQA 4OBZA 1BILA 5OZ7A 5DGUA 3UFNA 3RTHA 2OHSA 4Q1NA 5P86A 2ZHVA 4Y4AA 5P5DA 5P7XA 4LXKA 5DR8A 5P7WA 1K1UA 5P3TA 2PWRA 5P8KA 4Y4UA 4RVJA 5P2IA 5P5UA 3OQDA 5P6FA 5P7KA 2R5PA 1QBSA 5OYRA 1G35A 5HDVA 3PI0A 3GI0A 1ER8E 3L5DA 4HA5A 2AVVA 3OXWA 5OZLA 3TPRA 4RZ1A 2G1OA 5P5JA 3OADA 1DW6C 5P0NA 4ZIPA 4YCYA 2WEAA 5KAOA 3LIQA 5F01A 4FSEA 5P3GA 5SY3A 5P7FA 5P5OA 1SGZA 5P5WA 2IEOA 3DCKA 5P59A 2HS1A 5P8MA 2P3DA 2WL0A 5P6VA 4DQEA 2QMPA 4ZLSA 5P18A 2OHPA 5P5GA 3WZ7A 5KQFA 3PM4A 3FKTA 5P4OA 1KJHA 5P1VA 4YOAA 1AJVA 1AJXA 1EBKC 2PMAA 5OZOA 2HM1A 5P51A 5OZCA 5P2NA 2RKFA 5P3JA 3UDPA 2OHMA 4D85A 3ZKIA 4DJVA 3OHHA 4XKXA 1K6PA 4XXSA 5P7IA 4Y57A 5P28A 5P07A 4Y4EA 4B05A 5ENKA 3OXXA 4Y3LA 4Y5CA 2J9JA 3WB4A 4H3IA 2BPZA 2ZHSA 4CPWA 3INDA 4OBZB 5P47A 4Z22A 5P62A 5IVQA 2FGUA 1T6GA 5P1AA 5P2HA 5P0PA 1C6YA 1CMSA 2PH8A 5P30A 1OHRA 3PWMA 5P7RA 2WEDA 3DOXA 5P0RA 5DPZA 5P1OA 5KR1A 5P31A 1U8GA 2AOJA 5P7TA 5I3WA 5P15A 2AOHA 3QS1A 3PWRA 2PK6A 4R95A 1K6CA 1PPLE 3KFRA 4DJYA 4YBFA 3H0BA 5P1SA 5IVTA 1W51A 2QI5A 3ZOVA 3U7SA 2Q3KA 3VF3A 4LBTA 3EKYA 5P1JA 5JODA 2IQGA 2PWCA 2NPHA 3BC4A 4MC6A 4BFDA 1TSQA 2IL2A 3NDUA 5P63A 2B7FA 4DV9A 5P0AA 4BFBA 5P8AA 3OHFA 3EL9A 4I0HA 5P3XA 1B6KA 1META 5OZEA 1YTJA 1FQ7A 3OQAA 4GB2A 3HZCA 2F81A 5P8SA 3SA4A 5JG1A 1YM2A 4Y5LA 5ER2E 3PCZA 1HTGA 1LZQA 2JXRA 5P55A 1IIQA 5P87A 1YTIA 4EJLA 5P7AA 1A9MA 4Y35A 3S8IA 5P5ZA 2O4PA 1NPWA 2JJJA 3G72A 4RVXA 2ER7E 3D91A 1F34A 3IA9A 5P6GA 3UTLA 4B0QA 3PSYA 1B6MA 2QZXA 5P5IA 5P8DA 5OZ9A 2J9JB 5P54A 1GVXA 1CPIA 4Y5PA 4NJUA 4BELA 2O4SA 5ER1E 3NU5A 3GW5A 3LITA 2QU3A 3TKWA 4Y4DA 5F00A 5P5EA 2QI7A 5P1EA 4Q1XA 1IVPA 5P08A 5P2VA 5OZ2A 2HC0A 4L6BA 2AVOA 3MSJA 5P2QA 2G21A 4YCTA 1Z1RA 1B6LA 4F75A 5P1YA 1SH9A 4AMTA 5P8UA 4L1AB 5P1HA 2FDPA 2AVMA 4Y3WA 2FLEA 3INFA 3SABA 1TCXA 5OZHA 3VF7A 5AHCA 5P7DA 1WBKA 2NXMA 1EPNE 1TSUA 3OXVA 5P4HA 4Y3DA 1T7JA 2PSGA 1MTRA 3VV7A 3GI6A 5P0TA 1FQ5A 3VSXA 3PB5A 5P0VA 2F80A 1PROA 5DR0A 5P3IA 2BQVA 5HD0A 4Y37A 3QVCA 4PZWA 5OZGA 4B00A 4RRNA 4DVFA 3QVIA 3DK1A 3JW2A 1MRXA 4NPTA 2IS0A 4I0DA 5P1DA 1GVTA 4GJ6A 3R0WA 2R8NA 3I25A 5I3XA 3I2LA 2PC0A 4YOBA 3RTNA 3QROA 1QRPE 1SMRA 4Y3PA 1K6TA 3INEA 4ER4E 5P64A 5P7VA 2HPEA 5P6BA 2P4JA 5P4XA 3RSVA 3PGIA 4DQFA 5OZMA 2QZWA 3KDDA 4Y44A 5ENMA 3Q3TA 4J5JA 1GKTA 5P3AA 3OTSA 1A30A 4YD3A 5E5KA 1HVLA 3SQFA 2BKSA 2Z4OA 4DQHA 4JOOA 1BXOA 4HZTA 1ZAPA 4EPJA 3GI5A 1A8GA 3I7EA 5P1NA 5P3VA 5P81A 3DUYA 4JPEA 2QMDA 5P10A 3EL5A 5P2FA 3OQKA 5P26A 5P7HA 4OBGA 3K1WA 3VV8A 3ZKQA 3TOHA 4WY1A 1EPQE 1UH7A 5P06A 5P4BA 3ECGA 2ZJMA 3EMYA 1HPSA 5P0ZA 1HIVA 2AZCA 2AODA 5P78A 2WF0A 4Y4WA 1APWE 3EKPA 3NU9A 2QHZA 2QNNA 5P7JA 5P6MA 4Y38A 4Y3HA 2I0DA 1D4IA 4I1CA 4Y43A 1ZP8A 3EKXA 6FIVA 1W6HA 5P1FA 5P4WA 3NWQA 3FIVA 5P45A 1BXQA 3CKTA 5P1CA 5P8TA 1EPLE 2O4LA 4TRZA 2V0ZC 3EM6A 4Q1WA 1B6PA 4DQGA 2I4UA 4HDFA 3SFCA 1QBRA 3VYDA 1EBYA 4HEGA 2HB2A 3R1GB 2CENA 5P5HA 3L5FA 1W5WA 1IZDA 3NSHA 2WF3A 2NXLA 2AVSA 2HPFA 4YDGA 4GIDA 3NYGA 3TTPA 5P3LA 1SBGA 1WBMA 5P39A 2HB3A 3APRE 1ZLFA 5P3BA 4MC1A 5P41A 2V11C 1RPIA 4FM8A 5P3QA 2ZE1A 1RNEA 2WECA 1FG8C 3M9FA 5P0OA 2FGVA 5P03A 5BRYA 2I4QA 5DQ5A 5P56A 5P8BA 1HPXA 5P7UA 2V10C 5P8CA 5P36A 4M8XA 4Y53A 3SACA 2VA5A 4K9HA 4H3FA 1KJ4A 3EKWA 5P8GA 3A2OA 3L38A 1LYBA 2HIZA 5DR7A 5P7BA 4FM7A 3O9FA 4Y3SA 4YD7A 5P12A 4CP7A 2OHUA 1YTGA 3IXOA 5P19A 2AZBA 1W5YA 3O9AA 3IVIA 4RYCA 3HLOA 5P4CA 2ZJNA 5OZBA 5P48A 1MUIA 3NUOA 3GGXA 1D4YA 3D3TA 5P72A 4K4RA 7UPJA 5AH9A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4Y47 A;  5OZD A;  3VV6 A;  5P6C A;  5C9D A;  1MTB A;  1XL2 A;  4FRJ A;  5P01 A;  2WHH A;  3QRM A;  4R8Y A;  3ZKX A;  4F74 A;  4U7V A;  4EQJ A;  3OU1 A;  1HEG E;  1HWR A;  3UQR A;  5P4Q A;  2ZHT A;  3OU3 A;  3QI1 A;  3UQU A;  5P4V A;  2Q15 A;  3OXC A;  4OC6 A;  3ER3 E;  1AID A;  1HII A;  4A6B A;  5P2O A;  1FQ8 A;  1LYW A;  1XN3 A;  3INH A;  1FIV A;  1OEW A;  5OYX A;  1K6V A;  9HVP A;  4Y50 A;  4I0I A;  1MT9 A;  2PQZ A;  3KM4 A;  5KOQ A;  3R0Y A;  3VSW A;  4Y58 A;  5P74 A;  2PK5 A;  5HU0 A;  4J0Y A;  4QJ7 A;  5OZ3 A;  5P8L A;  4J1I A;  5P5B A;  1VIJ A;  4XX4 A;  1PSA A;  4PZX A;  3NXE A;  4OBD A;  5P24 A;  1YT9 A;  3KDC A;  2VA7 A;  5DQ1 A;  5P8E A;  4Y48 A;  5P71 A;  2B8V A;  5P4Z A;  1W6I A;  4Y3R A;  2G20 A;  5P1Z A;  5P3S A;  2Q54 A;  4I8Z A;  1WKR A;  4YD5 A;  1FQ6 A;  2CEM A;  5E5J A;  2R38 A;  5P0G A;  4Y3Z A;  5P2W A;  1EPM E;  2OAH A;  1A94 A;  2PH6 A;  1RV7 A;  3OUD A;  1W5X A;  5AGZ A;  4DH6 A;  5P66 A;  3KN0 A;  4CPU A;  3LIV A;  1B6J A;  2AZ8 A;  3MXD A;  4S1G A;  2PSV A;  1HSH A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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