1BV7 | Genus

Total Genus 16

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	16
sequence length	99
structure length	99
Chain Sequence	PQVTLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPFNIIGRNLLTQIGCTLNF

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__622752981015644__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__622752981015644__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1BV7/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__622752981015644__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"622752981015644","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1BV7/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__622752981015644__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfad01a829401a2bd133273/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfad01a829401a2bd133273/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfad01a829401a2bd133273/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfad01a829401a2bd133273/pdb.gz): 406 ms

reading 99 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

99 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 16 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:98});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
source organism	Human immunodeficiency virus 1
publication title	Counteracting HIV-1 protease drug resistance: structural analysis of mutant proteases complexed with XV638 and SD146, cyclic urea amides with broad specificities. pubmed doi rcsb
molecule keywords	PROTEIN (HIV-1 PROTEASE)
total genus	16
structure length	99
sequence length	99
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date	1998-09-22

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00077	RVP	Retroviral aspartyl protease

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
2.40.70.10	Mainly Beta	Beta Barrel	Cathepsin D, subunit A; domain 1	Acid Proteases	1bv7A00

4Y48A 4Y5EA 5P5LA 4FSLA 3Q70A 3QRVA 3EM6A 5P7DA 3OU1A 4DJVA 3S43A 4QJ8A 2B8LA 4EQJA 1MPPA 3O9IA 3DK1A 2IGYA 3KMYA 4FM6A 5BWYA 3F9QA 5P5JA 5P5RA 5SXNA 5P8AA 1T7IA 4FGXA 1SMEA 2P3AA 2JJIA 4Y3EA 2QZLA 5P0IA 1W5YA 4OBKA 4MC6A 1AVFA 4GJDA 3BVBA 5APRE 1K1UA 4EJLA 4YDGA 5ER2E 5HU0A 5P5BA 2PMAA 1G2KA 4RVJA 2R38A 3U6AA 2OHUA 1QRPE 5P48A 5P1DA 5P1RA 1LF2A 3IN3A 2WF2A 3O9CA 4NJVA 1ZSFA 2G1RA 1UH9A 4B70A 1HVIA 5P0HA 2I4WA 5P3ZA 3L5FA 3R4BA 5P24A 2AOIA 3LITA 1NSOA 3FX5A 4Y56A 4PPHA 4I0HA 2PSGA 2WEBA 3PHVA 3KMXA 4OBZA 1BDQA 3QBHA 3QP0A 5KOSA 3NDUA 1EPLE 5P3PA 1APWE 2RKGA 1IVQA 5P5FA 4Y3GA 4Y3PA 1K6PA 5OZRA 3UF3A 1BWBA 5P4DA 4HLAA 3MXDA 3DJKA 3S7MA 1FMBA 4B00A 2XYEA 3I6OA 3ZKSA 3TOFA 5P0PA 5HVPA 4FRJA 3MXEA 2B42A 3SO9A 4J5JA 3RU1A 5P6EA 4ACXA 4B0QA 1PSNA 4Y47A 1EC1A 5F00A 2UY0A 5P4AA 1NH0A 1UPJA 4YD5A 3KF0A 4Y3XA 1ZBGA 4CPQA 5P2DA 4D89A 5I3VA 1KJHA 4HA5A 2CEMA 5KQXA 2WF0A 5P2MA 5P2XA 4ZPFA 1MRXA 4L1AA 1GVTA 2WL0A 1BIMA 5P1GA 1CPIA 1EPQE 5P5KA 1APUE 5P4ZA 4DI2A 4Y4GA 5P0BA 2OAHA 3NWXA 5P1EA 5P6UA 5IVQA 5P8IA 2VJ6A 4GB2A 1DPJA 3IN4A 3HVPA 5OZIA 4EJDA 3RTHA 3KFPA 1SMRA 5P4MA 4K4RA 3KDBA 5P1ZA 1ODWA 4F75A 3NU4A 5P46A 2QD6A 5ENMA 5P6CA 4F74A 4EWOA 1YTIA 1AAQA 1GNOA 2AOEA 4L6BA 5P55A 3HW1A 3O9DA 5P45A 3CIBA 3CKRA 1AXAA 3OXVA 1N49A 1IZHA 2ZDZA 4QJ9A 4Y3DA 1IDAA 1FQXA 1KJFA 3I7EA 5P7WA 1FG8C 4FLGA 2QI6A 3SKFA 4JPEA 5HU1A 3AUPA 4Q1YA 1K6VA 2IGXA 5P3FA 4YD4A 4LXAA 5HE7A 3ZPTA 4RYCA 4ACUA 3RSVA 4APEA 4TRYA 5OYZA 2PSVA 3EL1A 4Y3FA 1HIHA 4A6BA 5P5VA 3UFNA 5P7GA 2ZJIA 3URJA 3WZ7A 1BILA 4Y5LA 3SFCA 2O4NA 2Q54A 4Y58A 4K4QA 3TL9A 2FS4A 1DAZC 1C6ZA 3UDJA 4QJ2A 5P7KA 4DQGA 3NU6A 1B6LA 2QMFA 4J1IA 5P4YA 4UPJA 3ZOVA 4DJXA 5P64A 2FGUA 3VYDA 3LPIA 2I1AA 1DP5A 4ER2E 5P0FA 2RENA 4GJ7A 2MIPA 4H1EA 2ZHTA 4YD3A 1PFZA 1ODXA 2HB4A 5P19A 5P85A 5P2JA 5P1TA 1W5WA 2R43A 5ISJA 3KFNA 1ER8E 5JODA 4ZIPA 5IVRA 4F76A 1TSUA 2QD8A 3OADA 3Q3TA 3NDTA 5P6HA 2QI1A 1F34A 4YE3A 5P0UA 5P3NA 3KT2A 3O9BA 1W6IA 3SM2A 4Y4XA 5P5SA 2OF0A 3L5BA 2VA5A 5C9FA 3FSMA 1HPSA 4PEPA 2IKOA 1EPNE 5P62A 4Z50A 3DOXA 1MTRA 5P11A 1XN3A 4QJ7A 3URLA 5P05A 4JPCA 3OQAA 2F3KA 3QVCA 4WY6A 4DH6A 4GZFA 5KOQA 3BHEA 3R0WA 3PCWA 3GI0A 5P5XA 2HB2A 1HPVA 4TVHA 4QLHA 2J9JA 1B5FA 2V10C 5OZBA 1HSHA 1T3RA 4OBFA 5P7OA 5P3MA 5P1NA 5P0RA 5OZ1A 4ZSQA 4GJBA 5P6JA 2AOFA 1IZDA 3EBZA 4Y5KA 1Z1RA 3AIDA 1LYAB 4IVTA 4KE1A 5P06A 4Z2ZA 4EHCA 5OYQA 3K5GA 3OU1B 5IVTA 5P69A 2BKTA 3EC0A 4S1GA 1A94A 3Q5HA 3N3IA 1HVLA 5P4IA 1E81E 1D4KA 5P0NA 1K2CA 3OAGB 3OHFA 2I4UA 4EQ0A 1FQ8A 4CPWA 5P79A 9HVPA 5AHBA 5P8QA 4LBTA 5P74A 2H6SA 5OZYA 1K2BA 4FRIA 3KDCA 5P22A 2QNNA 2FXDA 2I0DA 5P0KA 5DGWA 5P15A 5P4OA 3IGBA 3PWRA 1KJ7A 1HOSA 1TCXA 5P1UA 5P5CA 3HBOA 1D4HA 5P5OA 2ZJJA 1FQ6A 5I3YA 4I0IA 5P4WA 5P32A 2AVMA 5P7NA 3INDA 5DR7A 5P87A 5P6SA 5P4KA 4FIVA 3QPJA 2I4XA 4DJPA 3SA7A 3INFA 5P83A 5BS4A 4K4PA 3T7PA 1ZPAA 5P3XA 4I0ZA 1HIVA 1FKNA 3Q6YA 5HE4A 5OZ6A 1GVWA 5EZXA 4FAFA 5HE5A 1SBGA 4LL3A 1J71A 3OXXA 3S53A 5P3TA 5P49A 1ZAPA 2ER7E 1F7AA 3PM4A 3JW2A 5OZTA 5P4UA 4B78A 4QJ6A 3QRMA 5P4HA 4LHHA 5P1LA 4Y5MA 1YM4A 1D4LA 1HEGE 3PWWA 2VNMA 3L5EA 5P5AA 2NXLA 4K9HA 5OZ8A 2QP8A 4Y5BA 4Y45A 3IVHA 5P3OA 5P6QA 5P37A 1PPKE 3GI5A 4HVPA 4Y4JA 5KR2A 4Y4BA 2OHQA 5P3SA 4Y3TA 1AJVA 1BXOA 1BAIA 1T6GA 4QJAA 1HXBA 5P4VA 3SA3A 4CPUA 3UQRA 4FSEA 3ZKNA 1D4SA 1SDUA 3KA2A 4EP3A 3SKGA 1E5OE 1M0BA 4MC1A 5DR8A 2A1EA 2PWRA 5OZDA 1RV7A 3K5FA 3QS1A 5P16A 2IS0A 2V12C 5P35A 5P7JA 1W50A 2O40A 5DQ1A 5P5WA 3VSWA 3BUGA 4M8XA 3T11A 2QAKA 2XFJA 3LPJA 5P33A 5P8MA 3L3AA 5P0EA 5OZJA 5P3UA 5AH6A 3BUFA 5P2RA 3RTNA 1QBSA 1LYBA 5P6DA 5P8EA 4A6CA 4LXMA 5P18A 4I12A 4D88A 2P83A 3PMUA 5P63A 1SGUA 1PSOE 2AVVA 2IDWA 5JFPA 1T7JA 4DQCA 4TRWA 1FMXA 1IDBA 2J9KA 5P2OA 3PBDA 4GJAA 5P0ZA 3ZPSA 3OUDB 2A4FA 5KQFA 5P2KA 2P3CA 3S56A 4J1KA 5I70A 2WF1A 4OC6A 5P8DA 3SA5A 5OZOA 2B60A 2QI4A 1HSGA 4EJKA 4DUSA 5P61A 5P0SA 3R0YA 4D85A 2Q11A 1IVPA 3HAWA 3O9LA 3IXJA 2QMGA 2RSPA 5BRYA 5P67A 5P7EA 1IZEA 3K4VA 5P6OA 3FIVA 4GJ5A 3MSJA 2WECA 4OBJA 5P43A 2NMYA 1NPWA 4DPIA 2ZYEA 3VCMA 2BKSA 1VIKA 3GGXA 4RYGA 3EKQA 5DQ5A 4J54A 2PH6A 5P38A 5P7IA 5P0AA 2FDEA 3SACA 2ER6E 5P3YA 4Q1NA 5P6XA 1B11A 2WHHA 1DIFA 4YA8A 4HDFA 5P7XA 5P2IA 1LF3A 4FE6A 5P2QA 5P26A 2OHTA 2RMPA 4PHVA 4KB9A 4J1FA 1B6MA 3QN8A 2QHYA 5P8CA 4HDPA 2O4SA 3PJ6A 1YM2A 1KJGA 3SAAA 2G1SA 5TOLA 5P77A 1GNMA 4YBFA 5AHCA 1TSQA 5KQYA 4ZPGA 5DQ2A 1ENTE 3S85A 1HIIA 1HVSA 3GGAA 4J1HA 3VLBA 2BPYA 5P0VA 2PYMA 2G20A 3ZL7A 1W51A 3PBZA 1BDLA 2AZCA 2QMPA 4Y3YA 1BV9A 2AIDA 5P7CA 5P4XA 4B72A 2I0AA 2PYNA 5OZ3A 4DQEA 3PGIA 5P1KA 5AH8A 5P4CA 2F8GA 2QHCA 3GI6A 5OZ0A 5P75A 1LEEA 4CKUA 2VIEA 2IL2A 2G21A 3OK9A 4ZLSA 3UPJA 5OZGA 3WZ6A 1K6TA 4Y3QA 1C6XA 4Y3AA 1BVEA 5P3AA 5J25A 1B6KA 1SIVA 5DR0A 4U8WA 1HTFA 1EEDP 4GIDA 4HEGA 2BPWA 2XFKA 1TZSA 3EKWA 6FIVA 4Y57A 3OQKA 4N00A 4FM8A 3WSJA 1BXQA 1C6YA 2VJ7A 4FCOA 1ODYA 1SGZA 3QVIA 1TQFA 4GJ8A 5P40A 2AVSA 5P28A 1ZLFA 5P00A 4DQBA 1KZKA 2O4PA 1A8GA 1MRWA 2AVQA 1HVKA 3UQWA 3UQPA 4ZSRA 5P0OA 5P03A 3Q4BA 5P25A 5P09A 3UDKA 2WEZA 5P8UA 5DQCA 3NU9A 5HDXA 3GGVA 5P12A 4IVSA 5P7FA 5B18A 3CKTA 3OTSA 3EXOA 3TPRA 3U7SA 2PC0A 2FLEA 4YOAA 1META 5P6PA 2Q15A 3VFBA 2V13A 3APRE 3OGPA 2HPFA 4RROA 4R93A 3SA9A 4DV9A 1HXWA 3INEA 2HB3A 2PK5A 1G6LA 4MC2A 1Z1HA 1ZP8A 3UFLA 2QMDA 4RCDA 5P1CA 3GGUA 4Y4TA 5JFUA 4X2LA 1LV1A 3UCBA 2VS2A 2I4QA 3IVIA 3NXEA 3PI5A 5T4SA 5P0DA 1RL8A 3OXWA 2I4VA 1GNNA 1HWRA 4Y5AA 1VIJA 5C9DA 3CMSA 2NTRA 5P2AA 5P5GA 3TH9A 5DR4A 2QU3A 5P01A 3VV6A 4YCYA 1AM5A 5P0YA 4JOOA 2CENA 2BPVA 2OHRA 4DQFA 3WZ8A 1RNEA 2WJOA 4YD6A 5P7UA 5P2NA 2B7FA 3LIYA 3VF3A 3DCKA 1XN2A 3O99A 2P3BA 2QHZA 3D1XA 3KYRA 3UDNA 4LXKA 5P30A 5P5HA 2P4JA 2V16C 2VIZA 5HCTA 3L38A 5P53A 1SH9A 3IXKA 1OEXA 4I1CA 5OZHA 3UHLA 5HD0A 2QNQA 2Q63A 5P1FA 3FNTA 3QI1A 5OYUA 2ZE1A 5P2CA 4J55A 1G0VA 1FEJC 3TOGA 5ER1E 1WKRA 5DPZA 5P5DA 1M43A 5P29A 5COKA 4ZEAA 4AUCA 5P1MA 5P56A 4FRSA 2NXMA 5OZZA 3EL5A 4APRE 3OU4A 1G35A 4AA9A 1HRNA 4RRSA 5P2BA 3TPLA 3NSHA 3K5CA 2XFIA 2FGVA 4H3IA 2VJ9A 5P4RA 2IEOA 3PI0A 4Y4ZA 4R5NA 5HDVA 4BELA 2QI0A 3K5DA 5OZ5A 2AZ8A 1WBKA 5OYRA 1GVXA 5P8PA 1EBWA 1M4HA 4L7HA 2QZWA 4OD9B 4Y4AA 4B05A 5P1BA 1BBSA 4EYRA 2NXDA 2F3FA 5AHAA 4J0TA 3VYFA 1MUIA 5OYSA 2BPZA 4TVGA 2QK5A 5P6VA 3S43B 4BFBA 2V11C 3I25A 5P4SA 3B7VA 3HVGA 1HPOA 1SDTA 4D8CA 4Z4XA 2BJUA 1FGCC 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4Y48 A;  4Y5E A;  5P5L A;  4FSL A;  3Q70 A;  3QRV A;  3EM6 A;  5P7D A;  3OU1 A;  4DJV A;  3S43 A;  4QJ8 A;  2B8L A;  4EQJ A;  1MPP A;  3O9I A;  3DK1 A;  2IGY A;  3KMY A;  4FM6 A;  5BWY A;  3F9Q A;  5P5J A;  5P5R A;  5SXN A;  5P8A A;  1T7I A;  4FGX A;  1SME A;  2P3A A;  2JJI A;  4Y3E A;  2QZL A;  5P0I A;  1W5Y A;  4OBK A;  4MC6 A;  1AVF A;  4GJD A;  3BVB A;  5APR E;  1K1U A;  4EJL A;  4YDG A;  5ER2 E;  5HU0 A;  5P5B A;  2PMA A;  1G2K A;  4RVJ A;  2R38 A;  3U6A A;  2OHU A;  1QRP E;  5P48 A;  5P1D A;  5P1R A;  1LF2 A;  3IN3 A;  2WF2 A;  3O9C A;  4NJV A;  1ZSF A;  2G1R A;  1UH9 A;  4B70 A;  1HVI A;  5P0H A;  2I4W A;  5P3Z A;  3L5F A;  3R4B A;  5P24 A;  2AOI A;  3LIT A;  1NSO A;  3FX5 A;  4Y56 A;  4PPH A;  4I0H A;  2PSG A;  2WEB A;  3PHV A;  3KMX A;  4OBZ A;  1BDQ A;  3QBH A;  3QP0 A;  5KOS A;  3NDU A;  1EPL E;  5P3P A;  1APW E;  2RKG A;  1IVQ A;  5P5F A;  4Y3G A;  4Y3P A;  1K6P A;  5OZR A;  3UF3 A;  1BWB A;  5P4D A;  4HLA A;  3MXD A;  3DJK A;  3S7M A;  1FMB A;  4B00 A;  2XYE A;  3I6O A;  3ZKS A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1BV7A

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