1BV9A

Hiv-1 protease (i84v) complexed with xv638 of dupont pharmaceuticals
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQVTLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNVIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Counteracting HIV-1 protease drug resistance: structural analysis of mutant proteases complexed with XV638 and SD146, cyclic urea amides with broad specificities.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEIN (HIV-1 PROTEASE)
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1998-09-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1bv9A00
3CKRA 2QMDA 3OADB 5P7OA 3GI4A 5P17A 5P76A 3BVAA 5BRYA 3URIA 2IL2A 3PLDA 5OZ3A 5P2IA 5P4PA 5P3VA 3BC4A 5P8IA 2AVMA 2PMAA 4R92A 5P1EA 1TCXA 2WECA 4I0FA 3TPRA 1T7JA 4FM8A 5OYZA 3TPLA 5B18A 5P6HA 2ZDZA 3QIHA 1T3RA 3PMUA 5P5HA 5SXNA 1UH8A 3OXWA 5OZPA 4N00A 3T7XA 3K5DA 5P38A 7UPJA 4DV9A 1BDQA 1MRWA 4Y5KA 4Y54A 5P0LA 3DJKA 4GMIA 5P3XA 1FGCC 3NU3A 1A30A 4DJUA 4FRJA 5P64A 1ODYA 3S56A 5APRE 3U6AA 4LXAA 3QVCA 1AM5A 3LZSA 5P4VA 1LYAA 3GGAA 5AHAA 4CPSA 1GNNA 2O4LA 4Q5MA 3PJ6A 5P0JA 4Y56A 4XX4A 5P0RA 3O9LA 2O4PA 5P3HA 3TTPA 2VIZA 2ZJJA 2ZJMA 2V10C 2OHKA 4B78A 4DPFA 1IDBA 5JFPA 2QI0A 3L38A 2QNQA 2B7ZA 6UPJA 1K1TA 2R3WA 5P0PA 4GJ5A 5P6KA 5P3ZA 3NU9A 3SA7A 1DMPA 4YD5A 5P07A 2FDPA 2F80A 5P0UA 2Q63A 4EJDA 5P0BA 5IVSA 5KQXA 2HC0A 5P2EA 4OBHA 1J71A 5P6GA 1QDMA 3UHLA 2I0DA 3UDJA 3GGVA 5P2UA 2FDEA 4RCEA 5P6VA 5OYSA 5HE4A 5P2YA 3A2OA 1KJHA 5OZ2A 2UPJA 5P2VA 5P69A 4DVFA 2WEZA 2ER9E 4MC1A 5DR7A 4ZSRA 4Y4AA 3VF5A 1LS5A 4Y3JA 5P1SA 1HVIA 4AA8A 2OHSA 4OBZB 4U8WA 5AHCA 4RVIA 3HVPA 3R4BA 4A6CA 1JLDA 2QZXA 5P6IA 4FS4A 3SLZA 4K4RA 3NWQA 3OUDB 4J0TA 1XL2A 1APTE 5P06A 2QAKA 4Y5BA 1T6GA 2ER6E 1RL8A 4Y3DA 5P7UA 3HAWA 2P8HA 1BWBA 1GVUA 1B6MA 2HIZA 3CMSA 3TOGA 1K2BA 4DUSA 3O99A 3T7PA 5P7VA 2QZLA 3FV3A 2Q3KA 4Y47A 5P78A 4BELA 3OU4B 4YBIA 4K4PA 5P0SA 3F9QA 3WZ7A 4Y5AA 4FRSA 5HCOA 3K5GA 3FNSA 4J0VA 2IEOA 3EL0A 4HZTA 4K9HA 3UQRA 1BVGA 4FCOA 4Y3SA 3LITA 5P2KA 3ZPSA 2FMBA 1EPME 4Y53A 5DPZA 1B6KA 1BV9A 5P52A 4EJLA 3S54A 2V12C 5P2XA 1LYAB 1HWRA 5P72A 1EPRE 2CEJA 4XKXA 3SACA 5P1UA 2IRZA 3UTLA 3O9LB 2AZ8A 4OC6A 5P6LA 1HSGA 5P67A 2HPFA 2AVOA 4DJYA 5COKA 2AOEA 5P8SA 1B6JA 4DJRA 2G26A 1IBQA 4I8WA 1D4IA 1D4LA 2P83A 4Y3XA 5P5BA 3UCBA 2G94A 4EJ8A 1TQFA 5P6AA 5P0OA 3INEA 5P89A 4NKKA 5OYWA 1HIHA 3LIZA 2F3EA 4J0ZA 1M4HA 4PYVA 1MTRA 3EKWA 3L58A 5P2SA 5OYYA 2ZE1A 3KT5A 2ZJIA 5P2ZA 4DJWA 5P24A 4Y3AA 2G24A 2J9KA 5P4UA 2AZ9A 4DJOA 1IVQA 4Q1WA 2NXLA 5OYRA 3HD8A 5KOQA 3KMYA 1MT9A 4PZXA 5P6EA 1XN3A 2QMPA 4Y4JA 3VV6A 2MIPA 1HSHA 1A8GA 2I4QA 4Y3YA 3ST5A 2JJJA 3NR6A 1FF0C 1LF2A 1YTJA 2H6TA 1KZKA 3JW2A 3PCWA 4ER1E 2ER0E 5P7LA 4FE6A 1GVXA 4FAFA 2QU2A 5OZMA 3GI0A 2AZCA 3OK9A 4FLGA 1B6LA 4JOOA 5J25A 2BPZA 3R2FA 5P00A 3VV7A 2RMPA 4OBGA 5P2GA 4NJTA 2QI5A 3MSJA 3S8IA 5P3OA 1D4HA 5OZ0A 1CZIE 4B70A 4H1EA 3O9FA 4YHQA 1FQ8A 3UDNA 2I4UA 1SGZA 1HXWA 5P2LA 4AZYA 4QJ9A 1SH9A 1HSIA 3QRMA 4RVJA 5P62A 5P7WA 4EP3A 4RGHA 1QS8A 5HDZA 3TOFA 4ER2E 3OHHA 4CP7A 3QAAA 5OZJA 1APUE 2PK6A 5HDUA 3KA2A 4CPWA 2A4FA 1IZDA 2QD7A 1C6YA 2P3BB 3IXOA 4B1CA 2PYMA 1BAIA 5P7DA 1RQ9A 1IDAA 3NUOA 2V16C 2UXZA 1LV1A 4GJAA 4OBJA 2OF0A 3FKTA 5P65A 4J0PA 4L7JA 3HZCA 3QP0A 5P5GA 5P4ZA 5P1ZA 4OC6B 3PSUA 5P7TA 2QMGA 4IVSA 2ZJHA 5OZCA 2Q11A 5P31A 3KFRA 5EZXA 2QHZA 1KJFA 3D91A 4HE9A 4ZIPA 4I0IA 5P39A 2O4NA 2FXEA 3BUFA 4KB9A 3KN0A 5DR3A 4EQJA 5P75A 2IGXA 3VSXA 5P8CA 3C9XA 4ZSQA 4DQCA 1BVEA 3TPJA 5FIVA 1U8GA 2QU3A 3QN8A 2OHUA 1A94A 2QI7A 4YCYA 3G72A 3S7LA 3U7SA 5P4JA 5P6BA 4CKUA 3NU4A 4Y58A 4R5NA 2QHYA 5P7YA 2FIVA 3ZKQA 4J17A 1YTIA 5P08A 3TKWA 2BJUA 1TZSA 3SQFA 4I11A 3S43B 2G21A 1HHPA 3OQ7A 4QLHA 4COEA 1GVVA 4LXMA 5HCTA 1SMRA 3TLHA 4AA9A 5P1QA 3EKTA 1E80E 4EQ0A 3PSYA 5OZ1A 3SFCA 5OZQA 4J1KA 4Z22A 5P5CA 3UDYA 5P6XA 2IGYA 4GIDA 3MSKA 5P4EA 5E5KA 4X2LA 4J0YA 1EAGA 4Z50A 3D3TA 3KFPA 3QBHA 5OZBA 2J9JA 3EXOA 2F8GA 5P6ZA 3K4VC 5P0QA 5KAOA 2AOJA 3HAUA 2G1OA 4MC9A 5P3KA 1DW6C 5P68A 5OYXA 2I1AA 5P22A 2PC0A 4EYRA 2FDDA 2JYSA 3RTMA 3URJA 1HVRA 5P4IA 2I4VA 1YG9A 3HBOA 5P5UA 4H3IA 3LIXA 1SDUA 2ZHSA 1UPJA 1G35A 2HB2A 5P4WA 2FNTA 5OYVA 3VLAA 1M0BA 1TCWA 2FGUA 2BPVA 4DQFA 4FRIA 3O9IA 3UQPA 4APEA 1HTFA 2PSUA 4I8ZA 2HM1A 4XXSA 2AOHA 5BWYA 1RNEA 4U7QA 5JODA 2WEBA 3QRVA 4Y3RA 5P26A 3I25A 2HB3A 3LZYA 1FG6C 5OZYA 5P8UA 3I8WA 2WF1A 3KDBA 5P5IA 5P36A 5P23A 3UFNA 1FFFC 6FIVA 3S2OA 5OZZA 2OHLA 4Y35A 5P3YA 3SM1A 5P50A 4Y3NA 1G0VA 3BXRA 3I6OA 5P7QA 5P8DA 4Q1YA 2PSVA 1W6IA 4H3GA 3WZ8A 4LC7A 1ZLFA 3PVKA 3KM4A 3OQKA 3CICA 3UQUA 1NPVA 1BXOA 5SZ9A 1E5OE 4KUPA 3EKYA 1UH9A 1LZQA 5P5QA 5P5JA 1ZSFA 5P8GA 1HTGA 2B8VA 5P5AA 5P58A 4J54A 1HPOA 1C70A 1LEEA 3FIVA 1AJVA 4CPTA 1QRPE 5P57A 5P77A 3VYEA 5P4OA 4HDPA 1ZJ7A 4H3JA 3OQFA 1G2KA 4Y9WA 5P6OA 5P32A 4Y5MA 4GZFA 5P5KA 3LPJA 2WF2A 5OZVA 3T6IA 4H3FA 1EPQE 2QP8A 4NJVA 4XX3A 4QJAA 4Y5CA 5P8QA 3KDCA 1WBKA 5OZHA 3TOHA 4NJSA 5P2FA 1F34A 2J9JB 5P4QA 5OZIA 3OHFA 3PRSA 5P1JA 4A6BA 1A8KA 5I70A 2JE4A 5F00A 5DQ5A 5DQ1A 1MTBA 1WBMA 2P3DA 3LZUA 5HTZA 2R8NA 5P7RA 3QBFA 1EBZA 3PLLA 5P01A 2OHPA 5P5NA 3O9AA 3UQXA 4RCFA 1BDRA 2FXDA 2NTRA 1FIVA 4PHVA 1MSNA 3L5FA 3AUPA 9HVPA 4AUCA 5P60A 3WZ6A 1EEDP 5P0YA 1IVPA 1EC0A 2V13A 5P4TA 5OYQA 5P0AA 4GJ6A 5P0MA 3U71A 4DQEA 1MUIA 3MXEA 4BEKA 3EM6A 1EPNE 3OXXA 5P1GA 3RTHA 1T6EX 4Y6MA 1XE6A 5P63A 1GNMA 5AHBA 5OZTA 3MXDA 3ZKIA 5ENKA 4LBTA 3BRAA 1W50A 4Y4DA 1Z1HA 1QBSA 3DOXA 2AQUA 2UY0A 5P16A 1LYWA 2WHHA 2BPXA 1VIKA 5P2AA 1QBRA 4Y4EA 4B72A 2VA7A 3KFNA 5P09A 5ER1E 2P4JA 1E81E 1IZEA 3R0WA 5OZ4A 2PWCA 5P14A 3UQWA 3INDA 5P0GA 5DR4A 2IKOA 3SA4A 4DQHA 3KMXA 5P3JA 5P5TA 5P7SA 3GI5A 3OAGA 3ZKGA 3SAAA 1W5VA 5P79A 3VYDA 4ZEAA 3BGBA 3EL5A 5P2TA 3Q6YA 4F75A 1FKNA 3CYXA 3PBDA 5KQYA 3UDHA 1M43A 5P0EA 5P1PA 4F73A 3SA5A 3G6ZA 5P7XA 4FIVA 1GVWA 5P66A 5AH9A 4DH6A 4M8XA 3IXKA 1LF3A 3KDDA 4GJDA 3SM2A 3HVGA 2VJ7A 5P42A 3OWNA 3NLSA 4JPCA 2PK5A 5ER2E 3N3IA 4HA5A 4Q1NA 1QBUA 4R95A 1KJ4A 2G1SA 5P3CA 4KE0A 3VCMA 4NJUA 5DR1A 5P4BA 4Y5NA 5P1NA 1GVTA 1XE5A 1D4JA 3EC0A 2R38A 5P1OA 4HVPA 5P6JA 2AOIA 4B77A 3NDWA 3SKGA 3OGQA 5SY2A 2APRA 1BV7A 2G22A 4EP2A 2Q54A 1XL5A 5HU1A 1HRNA 3ZKNA 2QI6A 4QJ7A 7HVPA 3QRSA 4Y37A 2P3CA 4QJ6A 5PEPA 3PI0A 4YE3A 1MESA 1APVE 1HVLA 3UDPA 5P5RA 1HBVA 5P3LA 2G27A 3BHEA 4Y4BA 2AVVA 5EZZA 5P7ZA 2RKGA 1PSAA 2ZJKA 5P3MA 4HDBA 5P3AA 2NR6A 3CIDA 5ISJA 5P7MA 5P5VA 4B00A 5OYUA 2Q64A 5COOA 5P7NA 2G20A 3CYWA 3S53A 1HIVA 1ZPKA 3L5CA 2IQGA 5OZRA 5AH6A 1GKTA 2BKSA 5KR8A 2BB9A 5P28A 1APWE 1LYWB 5P7EA 5P8PA 5P5ZA 5P85A 2R43A 4LAPA 4NPUA 2R9BA 3GGXA 4Y3QA 5P56A 1OEXA 2F3FA 2V00A 2G1NA 5P0WA 5KR2A 2CENA 4TVHA 5P3WA 4Y38A 2XYFA 2I4DA 2QCIA 5F01A 5OZOA 4DI2A 5P71A 2AIDA 2P3AA 5P7IA 1W51A 2VS2A 5E5JA 5P40A 5OZUA 5P12A 2NNPA 5P7GA 1W6HA 1FFIC 3KF0A 2RSPA 5P4XA 3PGIA 3WB4A 4Y50A 2HAHA 5P03A 5P4GA 4LP9A 5IVQA 3IA9A 4APRE 5P25A 2HPEA 5IVTA 1NPWA 3DM6A 4Q1XA 5P15A 1KJGA 1PPME 5P11A 5DR0A 3GI6A 4FRKA 1ER8E 5CONA 1MPPA 3CKTA 2F81A 5P30A 1VIJA 1EC2A 3EKPA 2BBBA 4YCTA 3OGPA 5UPJA 3OQDA 1DAZC 3QS1A 3ECGA 4OBFA 5C9DA 4E43A 4Y57A 4Y4TA 2AOFA 2ASIA 5P6TA 5P43A 3EM4A 5P7PA 5SY3A 4PZWA 5P3NA 3EKXA 4TRZA 5OYTA 5P55A 4GJ8A 5OZ8A 6APRE 3QVIA 2HB4A 1EPOE 3PEPA 4J1IA 5P54A 1HVJA 1EPPE 2QZWA 5OZLA 4Z2ZA 4FAEA 3Q4BA 5P0IA 1META 4KE1A 1OEWA 5T4SA 3OQAA 5P0XA 5P1RA 3LZVA 3RSVA 5P5WA 5P4YA 3OOTA 4YD7A 4DJQA 3NXNA 1BXQA 3NU6A 3SO9A 2NNKA 4CPRA 1PPKE 4HDFA 5P73A 2WEAA 5OZDA 4F76A 4OBDA 3NDUA 4ACUA 1CPIA 2PQZA 1EBYA 2AZBA 1YT9A 3SKFA 5P6UA 5P53A 1ZP8A 4Y3ZA 1OHRA 1IZHA 5TOLA 1YM4A 5P37A 2AOGA 3PBZA 2VJ9A 3SA9A 5KOSA 3NU5A 1D4KA 8HVPA 1A9MA 5OZEA 2PH6A 3PWRA 3Q5HA 4GJCA 4Y3HA 3K5CA 2R5QA 4GYEA 3SABA 5DGWA 1AZ5A 4EHCA 3RTNA 5IE1A 5P8KA 3MWSA 1YX9A 2PWRA 4ACXA 1DP5A 3L5EA 2IENA 2OHRA 3OADA 3IXJA 2NXDA 5P1KA 1PFZA 1FB7A 2ZHUA 1HVKA 4Y36A 3L5DA 1K1UA 4J1HA 2ZHTA 3SPKA 1ENTE 3NUJA 5P0NA 5P5XA 5P20A 3KT2A 5P4MA 2JJIA 5OZ6A 4FM6A 3T11A 3OXCA 2QD6A 2G1YA 2VA6A 2ZJLA 2FS4A 4GJBA 3PWMA 5OZKA 5P2WA 5P49A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3CKR A;  2QMD A;  3OAD B;  5P7O A;  3GI4 A;  5P17 A;  5P76 A;  3BVA A;  5BRY A;  3URI A;  2IL2 A;  3PLD A;  5OZ3 A;  5P2I A;  5P4P A;  5P3V A;  3BC4 A;  5P8I A;  2AVM A;  2PMA A;  4R92 A;  5P1E A;  1TCX A;  2WEC A;  4I0F A;  3TPR A;  1T7J A;  4FM8 A;  5OYZ A;  3TPL A;  5B18 A;  5P6H A;  2ZDZ A;  3QIH A;  1T3R A;  3PMU A;  5P5H A;  5SXN A;  1UH8 A;  3OXW A;  5OZP A;  4N00 A;  3T7X A;  3K5D A;  5P38 A;  7UPJ A;  4DV9 A;  1BDQ A;  1MRW A;  4Y5K A;  4Y54 A;  5P0L A;  3DJK A;  4GMI A;  5P3X A;  1FGC C;  3NU3 A;  1A30 A;  4DJU A;  4FRJ A;  5P64 A;  1ODY A;  3S56 A;  5APR E;  3U6A A;  4LXA A;  3QVC A;  1AM5 A;  3LZS A;  5P4V A;  1LYA A;  3GGA A;  5AHA A;  4CPS A;  1GNN A;  2O4L A;  4Q5M A;  3PJ6 A;  5P0J A;  4Y56 A;  4XX4 A;  5P0R A;  3O9L A;  2O4P A;  5P3H A;  3TTP A;  2VIZ A;  2ZJJ A;  2ZJM A;  2V10 C;  2OHK A;  4B78 A;  4DPF A;  1IDB A;  5JFP A;  2QI0 A;  3L38 A;  2QNQ A;  2B7Z A;  6UPJ A;  1K1T A;  2R3W A;  5P0P A;  4GJ5 A;  5P6K A;  5P3Z A;  3NU9 A;  3SA7 A;  1DMP A;  4YD5 A;  5P07 A;  2FDP A;  2F80 A;  5P0U A;  2Q63 A;  4EJD A;  5P0B A;  5IVS A;  5KQX A;  2HC0 A;  5P2E A;  4OBH A;  1J71 A;  5P6G A;  1QDM A;  3UHL A;  2I0D A;  3UDJ A;  3GGV A;  5P2U A;  2FDE A;  4RCE A;  5P6V A;  5OYS A;  5HE4 A;  5P2Y A;  3A2O A;  1KJH A;  5OZ2 A;  2UPJ A;  5P2V A;  5P69 A;  4DVF A;  2WEZ A;  2ER9 E;  4MC1 A;  5DR7 A;  4ZSR A;  4Y4A A;  3VF5 A;  1LS5 A;  4Y3J A;  5P1S A;  1HVI A;  4AA8 A;  2OHS A;  4OBZ B;  4U8W A;  5AHC A;  4RVI A;  3HVP A;  3R4B A;  4A6C A;  1JLD A;  2QZX A;  5P6I A;  4FS4 A;  3SLZ A;  4K4R A;  3NWQ A;  3OUD B;  4J0T A;  1XL2 A;  1APT E;  5P06 A;  2QAK A;  4Y5B A;  1T6G A;  2ER6 E;  1RL8 A;  4Y3D A;  5P7U A;  3HAW A;  2P8H A;  1BWB A;  1GVU A;  1B6M A;  2HIZ A;  3CMS A;  3TOG A;  1K2B A;  4DUS A;  3O99 A;  3T7P A;  5P7V A;  2QZL A;  3FV3 A;  2Q3K A;  4Y47 A;  5P78 A;  4BEL A;  3OU4 B;  4YBI A;  4K4P A;  5P0S A;  3F9Q A;  3WZ7 A;  4Y5A A;  4FRS A;  5HCO A;  3K5G A;  3FNS A;  4J0V A;  2IEO A;  3EL0 A;  4HZT A;  4K9H A;  3UQR A;  1BVG A;  4FCO A;  4Y3S A;  3LIT A;  5P2K A;  3ZPS A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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