1BVGA

Hiv-1 protease-dmp323 complex in solution, nmr minimized average structure
Total Genus 11
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
11
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQVTLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Three-dimensional solution structure of the HIV-1 protease complexed with DMP323, a novel cyclic urea-type inhibitor, determined by nuclear magnetic resonance spectroscopy.
pubmed rcsb
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
molecule tags Aspartyl protease
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 11
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1996-01-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1bvgA00
4Y4BA 4QJ9A 3GGUA 4B1DA 4YCKA 3NU3A 5OZYA 1YTJA 5P5AA 4ZLSA 2V0ZC 3VUCA 5P84A 4B1EA 5AH7A 5P6FA 5P67A 5P3XA 3I25A 3ZKQA 3S53A 5DQCA 5T4SA 2NNPA 4NJSA 2VIJA 3U6AA 2WEDA 1HVJA 1K6PA 3TTPA 1FQ5A 5F00A 4FM7A 1HVLA 4I0HA 1NPWA 4Y3LA 5P4MA 2B8VA 5P1NA 2F80A 3OAGA 5P1OA 1UH8A 1AXAA 1QS8A 3BGCA 4Y5NA 4GB2A 4Y3MA 1T7KA 1YX9A 5P3ZA 5P61A 5P7HA 1MRWA 4NPTA 4OBGA 1RNEA 5P6TA 2QP8A 5E5JA 5HE5A 5P0IA 2QI0A 4R5NA 2G1RA 2IDWA 3EM6A 5P08A 3SO9A 1Z1HA 2F3KA 3S43A 5P1LA 4GJBA 4DVFA 1ZLFA 3LITA 2UY0A 3KN0A 4Y6MA 5P2WA 5P0CA 4TRWA 1GNOA 2ZGAA 3D1ZA 4H1EA 4EHCA 2Q5KA 1K1TA 5P2QA 4H3FA 1NSOA 1EEDP 2Z4OA 3A2OA 3NDUA 4DV9A 3ZKSA 3CMSA 4GYEA 3TOGA 4LXAA 2AOEA 3L5FA 5OZQA 3KFSA 3EC0A 3GI5A 3ZLQA 4Y9WA 2HPEA 1FKNA 3NU9A 2CENA 5P4JA 1FQ7A 2OHPA 1D4LA 5P11A 1VIJA 4HEGA 1LV1A 3BUGA 5P1PA 5P28A 5P6HA 1IIQA 1AVFA 1BXQA 5P05A 5P6XA 1FFFC 5P34A 5P8BA 1MESA 2PSUA 4OC6A 3EL5A 5P1IA 5P78A 3BGBA 3OHHA 5P1QA 5P72A 5P0AA 3S8IA 4Y3EA 4D8CA 4H3IA 4QJ6A 1OHRA 5OZ3A 2ZJJA 3MSJA 1IZHA 4Y37A 5P0RA 1GVVA 2NR6A 4OBKA 5AHCA 5P4AA 2VA5A 5P17A 3IVIA 4Y3SA 2OHTA 5P59A 3ZKGA 2WHHA 4Y56A 4Y3RA 4OD9A 1MEUA 4Y54A 2ZJKA 4MC6A 2AZBA 5P6DA 5AH8A 2I4UA 6FIVA 5P83A 2HIZA 3NXNA 1AZ5A 5P6LA 3CIBA 5KQYA 2I4QA 1ZSRA 5P4ZA 4B1CA 2QAKA 4EYRA 3VV8A 1K1UA 5P81A 1D4JA 3NR6A 5OYTA 5DPZA 2O4LA 3APRE 2QI3A 4J54A 5P3KA 3G72A 2OHQA 5P31A 4Z22A 1ZTZA 1WBMA 3R2FA 4R95A 3CYXA 1M4HA 4YDGA 5P16A 5P0QA 3LZVA 1BWBA 9HVPA 3VF3A 3LZSA 5P62A 3SKGA 1FG6C 2J9KA 3UQPA 1A94A 4ZPFA 5DGWA 3IN3A 1NH0A 3LPKA 5P3GA 5P29A 3VFAA 2RKGA 3S45A 5OZ0A 3O9FA 4ACUA 5AHAA 5P0SA 5P1AA 4Y48A 5P8OA 2OHKA 3VYDA 3AUPA 3O9HA 1DW6C 4FLGA 5P6SA 1SGZA 2I0DA 5KR1A 5P1RA 2IKOA 3NUOA 4ZIPA 4Q1NA 5P8RA 3OXVA 5P3JA 1N49A 4Y3HA 5P6UA 4Y3TA 1UH9A 2OAHA 5P4XA 1VIKA 4Y5BA 2AODA 4GJDA 1EBZA 1B5FB 1PROA 1T7JA 1K6VA 4Y5AA 4EP2A 3LIZA 2Q15A 5P74A 4J0TA 2ER9E 7HVPA 5JODA 5J25A 3SM2A 2OHSA 4Y5PA 2V11C 3TLHA 1K6CA 1TZSA 2PYNA 4Y3WA 3N4LA 5OZ5A 1GVUA 5OZBA 1SIVA 4Q1WA 5P5RA 4RYGA 1ODXA 4JOOA 2AOHA 4RZ1A 1HPOA 1UPJA 4J1EA 3KFRA 4WY1A 2NTRA 4I0JA 3S56A 3DK1A 3PSUA 5IVRA 4RVIA 3QPJA 3EM4A 2B8LA 3D1YA 5P2MA 4TRYA 1MSNA 1EPPE 4QGIA 5P2HA 5OZAA 2RKFA 5ISJA 3PVKA 2BPWA 3OXWA 2WKZA 5DQ2A 5P06A 1QBSA 3INFA 5P6YA 4FRIA 3QP0A 3RSXA 3VLAA 5IVTA 3JVYA 5P1FA 5I3XA 3OGQA 1M0BA 5OZPA 4Y45A 3O9EA 1XN2A 1PSOE 4Y4TA 4FIVA 1T3RA 5P7PA 4EXGA 3QVCA 4J0YA 4Y3PA 2G26A 4J0ZA 1EPOE 3OUDB 5P0JA 5P7DA 5P5VA 1HVKA 2FS4A 2O4SA 1A9MA 3FSMA 5OYRA 2B60A 1ZPAA 5EZZA 3BC4A 5OZ4A 5DR8A 5P7EA 5P1CA 1FMBA 1KJ4A 1KJ7A 1HHPA 2VJ9A 5P8NA 2BPZA 5IVQA 5F01A 4K4QA 3ER3E 5P19A 5P8EA 5P3VA 4Y4AA 5HVPA 5IE1A 5BWYA 3NYGA 4DQGA 3O9GA 4YE3A 4DQEA 3OUCA 1EAGA 1B6MA 5COOA 1SMEA 2P3BA 1Q9PA 3SA8A 5P7OA 4D89A 5OZLA 5KOQA 5P7IA 5P3UA 3QRMA 5P57A 4L1AB 3TPJA 4EP3A 3L5DA 5IVSA 3OHFA 5P48A 2QZKA 4H3JA 5P58A 3PSGA 3TKGA 5P32A 2NNKA 3PRSA 3UQWA 3CIDA 4GZFA 3UDPA 1HOSA 5P0MA 5OYYA 2AIDA 5P3WA 4FAEA 5P5ZA 1HTEA 1W51A 3UCBA 3EKPA 4GJ6A 2AZ8A 2G21A 3GGXA 4RYCA 5C9FA 1BWAA 1IVPA 2QZWA 1OD1A 4LAPA 5P88A 2QHZA 5P4DA 1HIVA 2QU2A 3IXOA 3T7XA 4DPFA 3RSVA 3UDHA 1FMUA 1ODYA 4YD3A 3UHLA 2NPHA 1BVGA 2CEJA 2AOFA 3H0BA 5P46A 4EPJA 1JLDA 4KE1A 5P5JA 1QBTA 4DUSA 4RVXA 5P7LA 5P44A 1E81E 5HU1A 5OYQA 5P2TA 2JJIA 3KM4A 3OXXA 3ZL7A 5P0NA 2BBBA 1EBYA 1FQ6A 4S1GA 5P1MA 4B78A 3O9IA 4H3GA 4KE0A 1F7AA 5OZRA 2QD6A 3WZ8A 5P1WA 4FGXA 5P41A 5KQXA 5OZJA 1LYBB 3IXKA 5P2RA 1BIMA 1GNMA 5P77A 2O4PA 2BQVA 5P3PA 1M43A 4PPHA 5P6VA 4D88A 4OBHA 3UPJA 1F34A 5EZXA 5P0TA 5P53A 5P52A 5OZGA 1T6EX 5P3CA 5OZNA 2QU3A 4M8XA 2FDPA 2BKTA 3BVBA 5P6AA 3HDKA 1LF2A 1LYAA 2JE4A 5P2IA 2V00A 4B0QA 2QCIA 4Y4EA 2ZJHA 3SA9A 4XX4A 5P7QA 4HDBA 3EKXA 2JYSA 3OOZA 4Y41A 5JFUA 3NU6A 1KJHA 3VLBA 2XFJA 5P51A 1EC3A 3T7PA 1IDAA 2JXRA 4GJ5A 1SDVA 2QMGA 2WEBA 2R9BA 3CKTA 4U7VA 2IGXA 3CKPA 4R8YA 3U71A 6APRE 5P7TA 3CYWA 3MSLA 5OYWA 1XE6A 2VIEA 1YM2A 5P01A 4HDPA 4J1CA 1FQ8A 4A4QA 5P26A 1FIVA 5P4TA 3LZYA 2VNMA 5P35A 3S43B 3FKTA 4YOAA 5OZUA 2FDEA 4J1KA 1ZP8A 1HVSA 1PFZA 5P8MA 3UQUA 5P6QA 2VKMA 2HM1A 3NU5A 5OZHA 1BDRA 5P8UA 5P0BA 5TOLA 4HZTA 1B11A 1HVRA 2ZHSA 3IN4A 5P7XA 2OHUA 4NJTA 2I1AA 3NUJA 5P5UA 2AVOA 3NDTA 1TSUA 2HS2A 4FRSA 3OU1A 5P2XA 3INHA 5DGUA 3C9XA 4N00A 4ER4E 1TCWA 4EQJA 1C6ZA 5P66A 5P3NA 5P7YA 1AJVA 4L7JA 2AZCA 2QHCA 4J5JA 4ZE6A 4Y3NA 3N3IA 2ZJLA 4LP9A 1K2CA 1EPME 1Z8CA 5P5XA 1HPVA 2RSPA 5P7CA 3VF7A 5P2UA 4RRNA 4YD5A 3F9QA 5OYVA 4FM6A 3SA6A 4RROA 5HCOA 3OU4A 5OZTA 3KFNA 3T7QA 4QJ7A 4Y53A 5P5YA 3LIQA 5P39A 1BXOA 3TNEA 1DIFA 3IAWA 3PHVA 4OBDA 3GI0A 5P60A 3HZCA 3VEUA 2OHRA 3Q4BA 5P4CA 3DM6A 2QNQA 4Y3YA 5P63A 3S7MA 3SAAA 2BPXA 4B70A 1HXWA 5E5KA 5OZCA 5P1TA 4DJWA 4Y3XA 4YBIA 5P69A 5OYXA 5CLMA 5P43A 4I0IA 2WF1A 4DJUA 3TH9A 5P2JA 3ECGA 3HW1A 5HCTA 5P4IA 5P5NA 3IA9A 5SXNA 5DR3A 2RENA 1HSIA 1BVEA 1AIDA 3R4BA 4J0VA 4UPJA 4B05A 4GIDA 5PEPA 2QD8A 5P4EA 1MT8A 1RPIA 3CKRA 4KUPA 3S2OA 5P6RA 2FDDA 2FXEA 2Q63A 1W5VA 4DI2A 3HLOA 1YTIA 2I4DA 3ER5E 2QI6A 1SDTA 5P3MA 5P2OA 1C6XA 3KDDA 5SZ9A 5OZFA 5P6GA 3DUYA 5KOSA 4J1FA 2AQUA 2IRZA 5P12A 3DV5A 2QI7A 2ER0E 1D4HA 5P8PA 1D4KA 4YCTA 4WY6A 5AH9A 5P2GA 2QMFA 4PZWA 2ZJIA 2HAHA 4EXHA 3GW5A 3HD8A 1LS5A 3INDA 2ZJNA 3FNSA 4APEA 3QRSA 5P3BA 3SFCA 5B18A 3AIDA 5P8TA 4EJLA 5P27A 3U7SA 2AOCA 4F73A 5P2EA 3HAWA 1ZAPA 3I8WA 1MT7A 3OXCA 4FRKA 1MIQA 1EC0A 1GVTA 5P4KA 5P4VA 4Y50A 2Q55A 3WZ7A 3SA5A 3PCZA 1MRXA 5KQFA 4D83A 4JP9A 4YOBA 1FFIC 5OZIA 5DQ5A 2AOJA 3R1GB 5OZ8A 2ZHVA 3RU1A 5P82A 2VA7A 5I3WA 4FS4A 3URIA 4Y58A 1LYWB 3HVGA 5KAOA 5P86A 3GI6A 1K2BA 4DJXA 1G6LA 4EJDA 3K5CA 1BAIA 5P80A 3OU3A 4I0GA 1B6KA 5I70A 5DR1A 3K5DA 4LBTA 4ZPEA 1ME6A 5AGZA 4M8YA 1HVCA 2QHYA 3GI4A 5P6PA 5KQZA 3L5CA 5P4RA 3OADB 3D20A 5P1SA 1BILA 2A1EA 3QN8A 2B7ZA 3K5FA 5P6WA 4Y4XA 5P3TA 2RMPA 5P4NA 2FGVA 4JPEA 4Y43A 3LZUA 2H6SA 3PJ6A 3BHEA 3NU4A 5OZVA 5P0EA 3JVWA 5P8HA 5P03A 2QMDA 4ZEAA 4U8WA 4CPWA 1T7IA 1ZJ7A 1K6TA 4ZSPA 3L38A 3L5EA 2WF4A 3INEA 4A6CA 1SIPA 5P1KA 2VIZA 4YD4A 4Y3DA 5P4HA 3SM1A 1HIIA 5C9BA 5ENKA 5P7WA 5P7MA 2Q64A 2B42A 2ZHRA 2B7FA 3I7EA 1G2KA 2WF2A 5P73A 3NXEA 1DAZC 3R0YA 3ZKXA 3EM3A 2PSGA 2P3BB 3RVIA 5P0LA 3O9LA 3PMUA 5BRYA 4LL3A 1B5FA 4U7QA 4PZXA 2ZYEA 3HAUA 5P71A 3NSHA 2ZE1A 5COKA 4Y4DA 3MWSA 4Z2ZA 1DMPA 1C6YA 3OWNA 5OZKA 5P56A 5P1DA 1AAQA 2AOGA 4ZSRA 4QJAA 1TSQA 2QD7A 1HRNA 2I4XA 1HVHA 2P3DA 3HBOA 4DJRA 5P55A 5P5DA 2CEMA 5SY3A 2V10C 4YD6A 4RVJA 4APRE 5P30A 5AH6A 2G27A 5KR8A 3D3TA 5HDVA 5HU0A 3IGBA 1E82E 5P1YA 4FSLA 1BV7A 1KZKA 1UH7A 2EWYA 1T6GA 1APWE 1MTBA 5P1ZA 1A30A 5P6EA 5P49A 4Y3GA 4HDFA 5CONA 4K4RA 3SA7A 1PPLE 3WB4A 5OYUA 3O9CA 1HTFA 3G70A 5ER2E 3SABA 5DQ4A 5P3FA 1HBVA 3ZKNA 1W5YA 3OUDA 5P0XA 2H6TA 5P7JA 4DQHA 5P0YA 5P1GA 1TQFA 3BXSA 4OBZA 3TPPA 2BJUA 2ZDZA 5P45A 3PWRA 2PSVA 4J1IA 2J9JB 2FIVA 2R3TA 4ACXA 2P3CA 4GJ7A 1RQ9A 3OGPA 5P02A 2R38A 5P6OA 5OZ2A 3QBFA 2QZLA 2AVQA 2BPVA 3DJKA 3T3CA 1LF3A 4I0DA 4I10A 5P5HA 4FAFA 4DJQA 5OZ6A 3M9FA 4XX3A 5P4YA 2Q54A 3RTMA 5P6ZA 4COEA 3MSKA 2NMZA 4GMIA 1TW7A 5P7RA 2IQGA 4EWOA 3T6IA 3VSWA 3PGIA 4DQBA 2WEAA 4B72A 1B6JA 3FIVA 4Y35A 5P40A 4RCFA 1EPLE 3I6OA 5P3QA 4CPTA 4AA8A 4RRSA 3TOHA 3UDKA 1FQXA 4Y5GA 3BXRA 3ZKIA 4L1AA 3TOFA 3OTYA 4Q1XA 3B7VA 3O9BA 3LNKA 5P2NA 2PQZA 4PEPA 2OHLA 3VF5A 1CPIA 1XL2A 3Q5HA 1HPXA 3KFPA 1HWRA 1FB7A 5SY2A 4CPRA 5P5QA 4YA8A 4Y4JA 5P7UA 4QJ2A 2QMPA 3EL1A 3UTLA 4Y4GA 2NMYA 5P2SA 3VV7A 3SPKA 1HSGA 1OEXA 1EPNE 4NKKA 3KT2A 4Y3AA 3VV6A 1MERA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4Y4B A;  4QJ9 A;  3GGU A;  4B1D A;  4YCK A;  3NU3 A;  5OZY A;  1YTJ A;  5P5A A;  4ZLS A;  2V0Z C;  3VUC A;  5P84 A;  4B1E A;  5AH7 A;  5P6F A;  5P67 A;  5P3X A;  3I25 A;  3ZKQ A;  3S53 A;  5DQC A;  5T4S A;  2NNP A;  4NJS A;  2VIJ A;  3U6A A;  2WED A;  1HVJ A;  1K6P A;  3TTP A;  1FQ5 A;  5F00 A;  4FM7 A;  1HVL A;  4I0H A;  1NPW A;  4Y3L A;  5P4M A;  2B8V A;  5P1N A;  2F80 A;  3OAG A;  5P1O A;  1UH8 A;  1AXA A;  1QS8 A;  3BGC A;  4Y5N A;  4GB2 A;  4Y3M A;  1T7K A;  1YX9 A;  5P3Z A;  5P61 A;  5P7H A;  1MRW A;  4NPT A;  4OBG A;  1RNE A;  5P6T A;  2QP8 A;  5E5J A;  5HE5 A;  5P0I A;  2QI0 A;  4R5N A;  2G1R A;  2IDW A;  3EM6 A;  5P08 A;  3SO9 A;  1Z1H A;  2F3K A;  3S43 A;  5P1L A;  4GJB A;  4DVF A;  1ZLF A;  3LIT A;  2UY0 A;  3KN0 A;  4Y6M A;  5P2W A;  5P0C A;  4TRW A;  1GNO A;  2ZGA A;  3D1Z A;  4H1E A;  4EHC A;  2Q5K A;  1K1T A;  5P2Q A;  4H3F A;  1NSO A;  1EED P;  2Z4O A;  3A2O A;  3NDU A;  4DV9 A;  3ZKS A;  3CMS A;  4GYE A;  3TOG A;  4LXA A;  2AOE A;  3L5F A;  5OZQ A;  3KFS A;  3EC0 A;  3GI5 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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