1BWBA

Hiv-1 protease (v82f/i84v) double mutant complexed with sd146 of dupont pharmaceuticals
Total Genus 15
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
15
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQVTLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPFNVIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Counteracting HIV-1 protease drug resistance: structural analysis of mutant proteases complexed with XV638 and SD146, cyclic urea amides with broad specificities.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEIN (HIV-1 PROTEASE)
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 15
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1998-09-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1bwbA00
5P5VA 4Y39A 2CEJA 3M9FA 2VJ6A 3N3IA 2HAHA 5P41A 5OYYA 3NU6A 3PM4A 3KFSA 4Y3JA 5P5KA 1LF2A 2NMYA 5P0CA 2RENA 3OAGB 2JXRA 3BC4A 1CZIE 2ZDZA 3K5FA 4OBKA 5JODA 5P6GA 1EBWA 1HSIA 4R5NA 2CENA 3GGUA 3UTLA 2NPHA 1OD1A 4ZSQA 3CKTA 1QBTA 3OXWA 3OK9A 5P54A 3UFLA 5P4OA 5P4QA 5P8QA 4OC6B 3D1YA 4RCFA 3EM6A 5P7NA 3APPA 5P85A 5OZ3A 1TW7A 5P03A 3R4BA 3OGPA 5P2CA 2A4FA 5P3RA 3LIXA 5DR7A 3JW2A 2FNTA 4Y35A 1GVVA 4K4PA 5P12A 1K6CA 1BXQA 1G2KA 2R9BA 3PMYA 1F34A 4R93A 4ZPGA 4AUCA 1AJVA 3INEA 3S7LA 3SA8A 2XFJA 3RVIA 5OZRA 5OZAA 3VFAA 3JVWA 3QIHA 3PJ6A 3T3CA 2VA6A 5P1WA 4ER4E 4L1AB 4YD7A 1VIKA 3ZPUA 3SA4A 1E81E 1TQFA 5P3NA 1SIPA 1MSMA 5P25A 4QJAA 2VIJA 2O4PA 2G27A 5P8GA 5KR1A 2AVQA 5P09A 2HPEA 1KJFA 4B78A 5P77A 5P0OA 1BVEA 3UHLA 3QRMA 4RCDA 3TNEA 1ZJ7A 3L5BA 1W51A 3IXKA 4Z2ZA 5OZJA 2QMPA 5OZCA 3PWMA 5P3ZA 4DJOA 5P1BA 3O9EA 4Y3LA 2Z54A 2PSGA 1CPIA 5OZXA 3B7VA 5AHCA 5P30A 5P8VA 4Y4EA 3L38A 1T7IA 4J1EA 5P7OA 3MXEA 1XDHA 4QGIA 1HPVA 3NU9A 3EL4A 3HDKA 3QPJA 3L59A 5P2FA 5P08A 5OYRA 5P4PA 1D4IA 5P35A 4RCEA 2VNMA 3PBDA 5P8AA 4M8XA 5OZ4A 1FQXA 4FE6A 1HOSA 3HAUA 5P45A 3UDPA 4RVIA 5P4KA 3TOFA 1C6ZA 5OZ2A 2FDDA 2HS1A 3S53A 3EBZA 3QBHA 3K4VC 1MTBA 5P3YA 5ENMA 4IVTA 4Y4XA 2ZJKA 1D4SA 4ACXA 5P1CA 3GI4A 1W6HA 1B6LA 4YD6A 2FDPA 2FXEA 4DPFA 2HIZA 3BHEA 4DQGA 2P3DA 2HPFA 5P8MA 5KQYA 5P8DA 4FCOA 4LXAA 5P4NA 3BRAA 3VLAA 5OZBA 2ZYEA 4PYVA 2WHHA 3A2OA 3MXDA 3L5CA 2HB3A 2B7FA 3VF3A 4Y3GA 5OZYA 4QJ8A 4Z4XA 5P07A 1QS8A 4OC6A 1LEEA 2HB2A 5P5SA 5P7EA 5P29A 5P05A 5P4AA 1C6YA 2NNKA 1T7KA 4I12A 5P62A 2OHTA 3EKXA 3EKWA 2B60A 5P58A 2VIZA 4B1CA 2I0DA 5P50A 2Q63A 1SMRA 5OZEA 2B8LA 3OHHA 5P4BA 4KUPA 5P8IA 5ENKA 2ER7E 1M43A 1KJ4A 5I3WA 3KDCA 1AM5A 4YD5A 5P69A 3ZOVA 5P72A 5P53A 5P51A 4YE3A 5P1AA 5P2QA 5KQXA 3PI5A 5BWYA 3ZMGA 5P6HA 3RTMA 4D88A 2O4LA 4U7QA 4DJXA 3BVAA 5HU0A 5DR4A 5P26A 5HDXA 4R92A 1PSAA 1ZLFA 4FM7A 1D4HA 4QJ7A 4I1CA 1D4YA 5P74A 5P2YA 5P56A 5COPA 5P5QA 1ENTE 2R8NA 2QZKA 3LPJA 4FLGA 2WEZA 4Y4UA 2OHNA 1TCXA 3QAAA 1HVIA 2RMPA 5P15A 4ZLSA 3VLBA 3CYXA 2VKMA 3T7XA 4F74A 2V16C 5OZMA 4J1IA 3S2OA 1HTGA 2VS2A 4FSEA 4JECA 3INDA 3PRSA 5P0DA 5P0NA 2F3EA 2BBBA 5P0RA 5KR8A 2O4NA 2QMGA 1HTEA 1XS7D 1Z1HA 3SKGA 3ZL7A 4DQFA 3LIVA 4EQJA 4APRE 5P81A 2R5PA 3UDRA 2J9JB 4GJ6A 5KOSA 5IVRA 1A94A 1HTRB 2OHSA 1BVGA 4RROA 5F01A 3KFNA 3C9XA 4LAPA 5P14A 2WEDA 1FQ4A 5P7FA 5P4YA 3ER3E 3OU3A 5P8JA 3WZ8A 5OZ8A 1Z1RA 5DPZA 1HVSA 4ZE6A 5P7DA 2AVOA 4ZEAA 4K4QA 2XFIA 4I11A 1ME6A 5P61A 2IQGA 1DMPA 3OOTA 5P71A 5P3CA 5P3IA 5P5CA 1ZSRA 5E5JA 3OWNA 1SBGA 4Y3PA 1HSGA 5P2UA 4Y5BA 4Z22A 4BEKA 2Q3KA 3PB5A 4Y4JA 5P1TA 1W5YA 2ER6E 5P7PA 4Y3HA 3BGBA 1G0VA 2BJUA 5P6JA 5P0QA 4L7JA 2QD8A 3CYWA 5OZWA 4FRJA 2AVSA 3RSXA 1FLHA 5P5TA 3PSUA 1C6XA 1OEWA 4GJCA 1B5FB 3PWRA 1RQ9A 4Y41A 3S8IA 1MRXA 5P0XA 1PPME 3DCRA 3VSWA 3NWXA 5P4SA 3WB4A 1FF0C 3UDNA 5P7JA 4DV9A 4Y4GA 2OHMA 4Y5EA 2FGVA 2G21A 2QU3A 3Q6YA 5P7SA 3ZKQA 3VUCA 1AIDA 4HZTA 4TRZA 4DQEA 5P6DA 4F76A 5P73A 5P4WA 4I8WA 5P8NA 4FL8A 1JLDA 3OQFA 3S7MA 3VYFA 4Y3MA 2PYMA 1QRPE 1EPQE 4QLHA 4RRNA 5P42A 5DQ4A 4DI2A 5P7RA 5P01A 3UDHA 3G72A 3OXXA 5OZ6A 4EPJA 2XYEA 2Q5KA 2VA7A 5OZTA 4Y4DA 4GJ5A 1LZQA 3K5CA 4RVXA 2WECA 3OUCA 5P3AA 4DQCA 4Y3TA 5JFUA 1B6MA 1ODXA 4IVSA 4HDFA 1KJGA 5I3YA 5P3EA 5P7IA 1GVTA 1M0BA 3BUGA 1BAIA 3QI1A 4OBHA 5P8TA 4GMIA 4HDPA 5OZHA 2O4SA 1SDUA 5P70A 5P7QA 1APTE 3TOGA 3MWSA 3Q3TA 3OQKA 3UCBA 3NXEA 3LINA 5P8SA 4Y38A 3L3AA 4Y3DA 3D91A 3UF3A 3QVIA 5P3PA 3PGIA 1W5VA 2BPXA 3S56A 4Y5CA 5P8EA 2F3FA 5P36A 4YCYA 5IVQA 1A9MA 5P2BA 4F73A 3LPKA 2QU2A 5P3DA 3KF0A 5P5UA 4HDBA 3TTPA 5DGWA 2OHLA 3UQPA 2O4KA 5P1ZA 5P8FA 4ER2E 3BGCA 4YD4A 1E5OE 5P89A 2FXDA 5P1PA 3O9LA 5P0KA 1HPXA 4HA5A 3CKRA 2G22A 5BS4A 2ZGAA 8HVPA 2I4VA 3OY4A 4D89A 3UDQA 3QROA 1OEXA 4PZXA 4XXSA 5P52A 2WF1A 3D3TA 3S45A 3TPLA 3UQUA 5P40A 3UQRA 4U8WA 3EL9A 5P4ZA 2PWRA 4BFBA 4EJKA 4ZSRA 4Q1WA 3PCWA 3LIQA 4YCTA 2ZJLA 1B5FA 1PPLE 1W6IA 4RZ1A 4LHHA 4A4QA 5P4FA 5P1UA 5OZNA 4J1CA 2PK6A 2WF2A 1EC1A 3PSYA 3OQ7A 1SP5A 1NPVA 1SGUA 2AOFA 5P1LA 5CLMA 4Q1YA 1IDBA 5P6FA 1MTRA 4CPQA 5P4VA 3SA5A 3ER5E 3I8WA 5JG1A 4Y5KA 5P8PA 2VNNA 2R5QA 5P1OA 2QD7A 5P6WA 3GI6A 5OYQA 4LBTA 3L5EA 5DR3A 1ZSFA 1GVUA 1KJ7A 1D4LA 5P4MA 5P6ZA 4Y5PA 5P2OA 4I8ZA 5P79A 5KQFA 2AOHA 1MUIA 1YTGA 3K4VA 4J1FA 4Y3NA 3ZKIA 4WTUA 2WEBA 1LS5A 4Y50A 5I3VA 4FGXA 2XFKA 1BWAA 5DR1A 2WF3A 4GJ9A 3RSVA 2QHCA 5P0IA 2QP8A 5P3OA 5P6TA 1WBMA 3WZ6A 2IKUA 5P0YA 2ASIA 2IEOA 5ISJA 4Q1XA 3LPIA 1GKTA 4RRSA 5DR0A 3VYEA 4EYRA 5OZUA 3OXVA 5P27A 3R2FA 5P3XA 5OZDA 1LF4A 1MESA 2A1EA 5P7YA 4ACUA 5P76A 4DJYA 5P2RA 3L5DA 1PSNA 5P7VA 4TVHA 5E5KA 4FM6A 4EXHA 1A30A 1EPNE 3PLLA 1BDQA 5P2KA 3ECGA 3O9BA 5P5ZA 3K5DA 4CPSA 5P0FA 3HLOA 4K8SA 1SDVA 1ZPAA 2P3AA 5AH8A 5P6NA 3NDWA 3URJA 4ER1E 4J0YA 2JYSA 4FRKA 4I0JA 4Y3XA 5HE4A 2NMZA 2F8GA 5P3FA 2IDWA 3VG1A 4JPCA 5OZKA 1DIFA 2PYNA 3VV8A 2QNQA 4GJ8A 3HVPA 5P0AA 1BDRA 4RLDA 3O9CA 1MT7A 2B8VA 4GZFA 3KT5A 3O9DA 5P3KA 2QMDA 1LV1A 4Q5MA 5P39A 5OYTA 5P5LA 5P80A 1K1TA 4Y45A 3OTYA 5P65A 2G1SA 4DJWA 2ZHRA 3BXRA 3TPPA 3SACA 5P1NA 3K5GA 4J0VA 1FMXA 4J1KA 4AA8A 3FIVA 5P2JA 4Y3SA 1BBSA 4APEA 4EJLA 2AOJA 5OZIA 1EC3A 1QBUA 4LP9A 1LYAB 3KMXA 4Y5GA 4LXMA 4L6BA 5P0SA 1EPPE 2HB4A 4J0ZA 4Y9WA 5P2ZA 3QP0A 1PSOE 2B42A 4M8YA 4Z50A 2Q15A 2PC0A 1OHRA 2FGUA 2VA5A 1K6TA 5OYUA 2AOEA 4Y3WA 5P64A 4I0ZA 1TCWA 1T7JA 4GYEA 2HC0A 5P6KA 1HVRA 5P1HA 4DJRA 4AMTA 3AIDA 1B6JA 5P2AA 5DQ2A 4NJSA 3UDMA 3PI0A 1MT9A 3D1ZA 5OYZA 5OYWA 5P18A 1UPJA 5P0JA 4H3IA 3NUJA 5P0HA 3TOHA 3U7SA 3ZLQA 5AGZA 5P5WA 5P5PA 2SAMA 2BPZA 5DR8A 3BXSA 3OU4A 1FB7A 3LZUA 3OTSA 5P86A 3G70A 5P1DA 3VYDA 1EC0A 1T6EX 5OZ0A 4Y6MA 5P7KA 3PLDA 5P6AA 4MC6A 4RYCA 5P78A 4BELA 3QN8A 5P5EA 3WSJA 3RTHA 4B70A 4H1EA 4B77A 1UH8A 5P22A 5OZSA 3KN0A 5P84A 5P8LA 4J0TA 4R8YA 2ZJJA 4DQBA 4DQHA 1ODWA 5P7CA 1FGCC 2AQUA 5P13A 3OADA 4EP2A 1T3RA 1C70A 2QHZA 4X7IA 2BPWA 3DM6A 5P87A 2QMFA 4NKKA 1IZHA 2Q54A 2XYFA 1HPOA 2G24A 2ZE1A 4NJUA 5P1GA 5P1RA 3MSJA 1WKRA 4Y3QA 5P0TA 4J17A 3NSHA 5COKA 3LITA 3OHFA 3JVYA 5OYXA 5OYVA 1A8GA 2OHPA 4OBDA 2BKSA 3R0YA 3NLSA 3SQFA 5P1XA 2FIVA 1PFZA 5ER2E 3QVCA 5P7UA 3GGAA 5CONA 2IKOA 4OBGA 1BDLA 4LXKA 3EXOA 1XE5A 1HVJA 3OOZA 2FDEA 2QK5A 3HVGA 1SGZA 4KE1A 4EQ0A 5HCOA 3O9LB 4PZWA 5P5JA 2NR6A 5P68A 2VIEA 5P5DA 1AJXA 4HVPA 2BB9A 2I4QA 1EPLE 4ZPEA 3APRE 1MT8A 1ODYA 1LYAA 4YA8A 1APWE 4B00A 4YOAA 5P28A 2P8HA 5P63A 2RKFA 3QS1A 1YT9A 5P4GA 1ZAPA 3MSKA 1HIHA 5P0UA 4R91A 1GNNA 5P23A 5COOA 3VF7A 2PQZA 1HBVA 1B6PA 3T7PA 5I3XA 1HHPA 5HU1A 1NH0A 4GJBA 4CPTA 3O9AA 1N49A 5HDUA 3UQXA 4NJTA 3U71A 5EZXA 3L5FA 3OU1B 3OUDA 5P2IA 5P1IA 6APRE 3NWQA 1MEUA 5P0EA 5P5GA 1BV7A 1QBRA 3RTNA 5OZGA 2ZHUA 2V11C 3DV1A 5P2WA 3L58A 1K6PA 4XX4A 3TPRA 3EM4A 2OF0A 4A6CA 1UH9A 3BUFA 4D85A 5OZFA 1D4KA 3EKVA 4EJ8A 6UPJA 1ZBGA 3IVHA 2ANLA 3SABA 4Y3RA 4FAEA 2AOGA 2AZ9A 1TZSA 5ER1E 2VIYA 3BVBA 3Q70A 5HD0A 3U6AA 2UY0A 3UDYA 2WEAA 4FRIA 4DUSA 5P48A 9HVPA 2QI7A 3K1WA 5P24A 1AVFA 1AZ5A 3PWWA 4HEGA 4OBJA 3H5BA 1E82E 1MIQA 2WF4A 1APVE 4TRYA 4B05A 5P3WA 5P8UA 3IN4A 1IZDA 3HZCA 4GJDA 4QJ2A 1FQ8A 4JPEA 1YG9A 5P3BA 1FFFC 5P4IA 3NDUA 1ZP8A 4FAFA 4RYGA 1YM4A 4Y36A 5P7XA 4WY1A 3PVKA 1D4JA 5P7BA 4FM8A 1YTHA 3SM2A 2EWYA 1SMEA 5P04A 3GI5A 3QRVA 4J55A 4GJ7A 4NJVA 1Q9PA 2P3BB 5IS4A 5P55A 5OZQA 3WZ7A 3HW1A 2R43A 1GVWA 1FFIC 2QD6A 2QI4A 5P6IA 5SY3A 2ER9E 3WB5A 5P16A 3HAWA 3VSXA 5C9FA 3TH9A 2AIDA 5P6RA 5P02A 5I70A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P5V A;  4Y39 A;  2CEJ A;  3M9F A;  2VJ6 A;  3N3I A;  2HAH A;  5P41 A;  5OYY A;  3NU6 A;  3PM4 A;  3KFS A;  4Y3J A;  5P5K A;  1LF2 A;  2NMY A;  5P0C A;  2REN A;  3OAG B;  2JXR A;  3BC4 A;  1CZI E;  2ZDZ A;  3K5F A;  4OBK A;  5JOD A;  5P6G A;  1EBW A;  1HSI A;  4R5N A;  2CEN A;  3GGU A;  3UTL A;  2NPH A;  1OD1 A;  4ZSQ A;  3CKT A;  1QBT A;  3OXW A;  3OK9 A;  5P54 A;  3UFL A;  5P4O A;  5P4Q A;  5P8Q A;  4OC6 B;  3D1Y A;  4RCF A;  3EM6 A;  5P7N A;  3APP A;  5P85 A;  5OZ3 A;  1TW7 A;  5P03 A;  3R4B A;  3OGP A;  5P2C A;  2A4F A;  5P3R A;  3LIX A;  5DR7 A;  3JW2 A;  2FNT A;  4Y35 A;  1GVV A;  4K4P A;  5P12 A;  1K6C A;  1BXQ A;  1G2K A;  2R9B A;  3PMY A;  1F34 A;  4R93 A;  4ZPG A;  4AUC A;  1AJV A;  3INE A;  3S7L A;  3SA8 A;  2XFJ A;  3RVI A;  5OZR A;  5OZA A;  3VFA A;  3JVW A;  3QIH A;  3PJ6 A;  3T3C A;  2VA6 A;  5P1W A;  4ER4 E;  4L1A B;  4YD7 A;  1VIK A;  3ZPU A;  3SA4 A;  1E81 E;  1TQF A;  5P3N A;  1SIP A;  1MSM A;  5P25 A;  4QJA A;  2VIJ A;  2O4P A;  2G27 A;  5P8G A;  5KR1 A;  2AVQ A;  5P09 A;  2HPE A;  1KJF A;  4B78 A;  5P77 A;  5P0O A;  1BVE A;  3UHL A;  3QRM A;  4RCD A;  3TNE A;  1ZJ7 A;  3L5B A;  1W51 A;  3IXK A;  4Z2Z A;  5OZJ A;  2QMP A;  5OZC A;  3PWM A;  5P3Z A;  4DJO A;  5P1B A;  3O9E A;  4Y3L A;  2Z54 A;  2PSG A;  1CPI A;  5OZX A;  3B7V A;  5AHC A;  5P30 A;  5P8V A;  4Y4E A;  3L38 A;  1T7I A;  4J1E A;  5P7O A;  3MXE A;  1XDH A;  4QGI A;  1HPV A;  3NU9 A;  3EL4 A;  3HDK A;  3QPJ A;  3L59 A;  5P2F A;  5P08 A;  5OYR A;  5P4P A;  1D4I A;  5P35 A;  4RCE A;  2VNM A;  3PBD A;  5P8A A;  4M8X A;  5OZ4 A;  1FQX A;  4FE6 A;  1HOS A;  3HAU A;  5P45 A;  3UDP A;  4RVI A;  5P4K A;  3TOF A;  1C6Z A;  5OZ2 A;  2FDD A;  2HS1 A;  3S53 A;  3EBZ A;  3QBH A;  3K4V C;  1MTB A;  5P3Y A;  5ENM A;  4IVT A;  4Y4X A;  2ZJK A;  1D4S A;  4ACX A;  5P1C A;  3GI4 A;  1W6H A;  1B6L A;  4YD6 A;  2FDP A;  2FXE A;  4DPF A;  2HIZ A;  3BHE A;  4DQG A;  2P3D A;  2HPF A;  5P8M A;  5KQY A;  5P8D A;  4FCO A;  4LXA A;  5P4N A;  3BRA A;  3VLA A;  5OZB A;  2ZYE A;  4PYV A;  2WHH A;  3A2O A;  3MXD A;  3L5C A;  2HB3 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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