1BXOA

Acid proteinase (penicillopepsin) (e.c.3.4.23.20) complex with phosphonate inhibitor: methyl cyclo[(2s)-2-[[(1r)-1-(n-(l-n-(3-methylbutanoyl)valyl-l-aspartyl)amino)-3-methylbut yl] hydroxyphosphinyloxy]-3-(3-aminomethyl) phenylpropanoate
Total Genus 78
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
78
sequence length
323
structure length
323
Chain Sequence
AASGVATNTPTANDEEYITPVTIGGTTLNLNFDTGSADLWVFSTELPASQQSGHSVYNPSATGKELSGYTWSISYGDGSSASGNVFTDSVTVGGVTAHGQAVQAAQQISAQFQQDTNNDGLLGLAFSSINTVQPQSQTTFFDTVKSSLAQPLFAVALKHQQPGVYDFGFIDSSKYTGSLTYTGVDNSQGFWSFNVDSYTAGSQSGDGFSGIADTGTTLLLLDDSVVSQYYSQVSGAQQDSNAGGYVFDCSTNLPDFSVSISGYTATVPGSLINYGPSGDGSTCLGGIQSNSGIGFSIFGDIFLKSQYVVFDSDGPQLGFAPQA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Lowering the entropic barrier for binding conformationally flexible inhibitors to enzymes.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEIN (PENICILLOPEPSIN)
molecule tags Hydrolase
total genus 78
structure length 323
sequence length 323
ec nomenclature ec 3.4.23.20: Penicillopepsin.
pdb deposition date 1998-10-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1bxoA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1bxoA01
2NMYA 3DM6A 4OBZA 3LZYA 5P4SA 3INDA 4RCEA 2QI4A 2ER9E 3VLAA 4LXKA 2G94A 1K2CA 4EP3A 3EBZA 3MSKA 4Y6MA 4J0TA 5P6XA 3KFPA 3H0BA 5OZBA 4LHHA 3D91A 5P1ZA 2RKGA 1PROA 1W5YA 2J9KA 4DQHA 4FRJA 3NDXA 5HU0A 3QPJA 4Y43A 4Y56A 2HPEA 5P84A 4EXGA 2AQUA 3VF5A 3APRE 4Y3DA 4I8WA 3KDBA 4OBZB 3VV6A 4FAEA 5P8KA 1MERA 3UFNA 1MSNA 1HTRB 5P40A 1Q9PA 2VA7A 5P5RA 3HVPA 2QHYA 3N4LA 5P1QA 1VIJA 4I0IA 3Q6YA 2V00A 5P2MA 3UQRA 2RSPA 1EC1A 2P4JA 3OK9A 4A6CA 3O9HA 2OHQA 5P6QA 2FGUA 2HB3A 5P5JA 3VFBA 5P2FA 3R2FA 1BXOA 4J55A 5P5PA 3IXOA 5P7FA 2WEZA 4HDPA 4OBKA 1HPXA 2NNPA 3PMUA 3OAGA 2QU3A 3PVKA 2EWYA 5P3ZA 3OTSA 3KM4A 4RCFA 4DJXA 4Y3NA 3U71A 5I3YA 5P4DA 5KR2A 3SO9A 2VIJA 3AIDA 1FQ6A 5SXNA 1E5OE 5P6GA 4J1IA 4DJQA 1APVE 5P3GA 1RPIA 5P8GA 2NXDA 4Y4AA 4DJOA 3K5CA 5P6OA 3B7VA 3ZPTA 1QRPE 1HWRA 4I0DA 1FB7A 4Y51A 2G22A 3DV5A 5OZ2A 5BRYA 1PSAA 3OAGB 3UFLA 3BXRA 4GB2A 3LNKA 5DR0A 3LINA 3NDTA 6APRE 3UDQA 3CYWA 3RSVA 2UY0A 3UDRA 3UQXA 2HM1A 4D8CA 1A8KA 1UH8A 1RNEA 4KUPA 5P27A 4ZLSA 5OZPA 5P85A 4Y5CA 4QJ7A 4DJYA 2QI0A 5JFUA 3MWSA 2AZCA 3IN3A 4Y3RA 4ZIPA 3QP0A 1F34A 1EPNE 1BWAA 1MT7A 4ZPGA 5OZVA 5COKA 3HBOA 4Y3JA 4EJLA 2R5QA 3DUYA 1A9MA 2P3CA 1K1UA 3WSJA 3OU3A 4IVSA 5CLMA 5BS4A 4ZPEA 3LIQA 4JECA 2QD6A 5P68A 1HIIA 5OYQA 3NLSA 5P6EA 3URJA 1UPJA 5P4GA 4DPIA 1XE6A 4FE6A 5P46A 1ZLFA 1FMBA 3ZL7A 5P3OA 3EKQA 2PK5A 2AVSA 2WF2A 2ZYEA 3UHLA 5P8EA 1D4LA 3IVHA 4EP2A 2PK6A 3OOZA 3VCMA 5P69A 5P7SA 2FGVA 3EKWA 5P2LA 5P8CA 5P89A 5HTZA 5P7ZA 3NDUA 1CPIA 2OHNA 3OQAA 2OAHA 5AHCA 5P47A 3LITA 4I0GA 4YD5A 4OD9A 4DQFA 2FDPA 1PPKE 5JFPA 2HB2A 2WHHA 5C9DA 2BPWA 3URLA 1M43A 2F81A 4Y58A 3NUOA 4J1HA 2I4XA 2QZKA 5P2GA 2AZ8A 5KR8A 4Y5PA 3PMYA 1VIKA 4Y47A 3QRSA 4PHVA 1FGCC 2O4NA 4QLHA 3D1YA 5P4ZA 5OZ4A 2Q55A 4LC7A 5B18A 1F7AA 3TLHA 1KJHA 1MT9A 3NUJA 1QS8A 5AHAA 1BVEA 6UPJA 4U7QA 2XFJA 5P19A 2ZHSA 1TCXA 2I4VA 4Y54A 5P7RA 1GNNA 1AXAA 3KMYA 5I3XA 2JYSA 4FM6A 3U6AA 5P3IA 1EC0A 2BBBA 2QK5A 3M9FA 3QI1A 4FLGA 4RVXA 2PSGA 1BWBA 2RKFA 3AUPA 3BGCA 3LZSA 2G1NA 1C6YA 5OYVA 5P6MA 1KJ7A 5P82A 4EPJA 1LYBA 3K4VA 3BXSA 3UDKA 3SFCA 3NSHA 3L5DA 3EKVA 1KJ4A 4Y36A 4YD3A 2ZJJA 2G21A 1BILA 3NU3A 3HDKA 4DQEA 5P0UA 3CIBA 2VKMA 1CMSA 4J1CA 3VUCA 2IEOA 4AMTA 3T11A 1A94A 4I8ZA 3R1GB 5OZ1A 1ZSFA 4NPUA 5P30A 1ZAPA 3L5EA 5OYTA 2NTRA 4JPEA 1LYBB 2QI5A 4DJRA 4YOBA 2IQGA 5DR1A 5OZUA 4COEA 5P2VA 2QD8A 1YG9A 1UH9A 1D4JA 5TOLA 2AOJA 1DMPA 3IVIA 4NJTA 4L7HA 4JOOA 5P07A 4CPQA 2BQVA 3T3CA 1FQ8A 2O4KA 3FKTA 3R0WA 2I1AA 3G72A 4YDFA 2BB9A 1PSNA 3K5DA 2R38A 5P2UA 5P4IA 2QMGA 5P87A 4E43A 3PCWA 5P3KA 4R93A 5P80A 3NU4A 3PRSA 5P2IA 5P1IA 2IGXA 4TRZA 1BXQA 1Z8CA 5P75A 5OZRA 3SA9A 5HDZA 4M8YA 3TPPA 5ENKA 4CPUA 3CIDA 3TPRA 3FX5A 2Q63A 4Y4JA 5P7BA 1BAIA 2PWRA 3PLLA 2QCIA 3TOGA 3OY4A 4Y4ZA 3SLZA 5T4SA 3JVWA 3NXEA 5P7GA 5OZKA 3EKXA 3IGBA 2IS0A 5BWYA 5P8MA 3LIVA 4Y4EA 2WJOA 5HD0A 2FNSA 5ISKA 5P4LA 1ZPKA 5P5IA 4RYGA 3IXKA 4Q1NA 4ZEAA 5P0GA 3Q70A 5P58A 2O40A 4DH6A 4Y4UA 5OZTA 2HS1A 2OHKA 1TSUA 3IA9A 1IBQA 5P6SA 2OHRA 2ZHTA 2XFIA 5P7LA 3I8WA 5F01A 4NJVA 1YTJA 3K5GA 1AAQA 5ER1E 5P1CA 5P3YA 4ER4E 1EC2A 2B8LA 1W5VA 1HVSA 2HIZA 2QMPA 4Y44A 5P8AA 5P5OA 5HE7A 3S54A 3WB4A 2AOEA 1RV7A 2FIVA 4DV9A 5COOA 1LYWA 3OHFA 1MRXA 4GJ8A 5P61A 4JPCA 5DPZA 5P0NA 1AZ5A 5P0ZA 1XE5A 5P2CA 5P7UA 5OZOA 3JW2A 1GVXA 5IVQA 1W5WA 1ZP8A 4MC6A 4B72A 3KFSA 5P8PA 3QRMA 3GGXA 4OBGA 5DQ5A 3LPKA 5P6TA 3OXCA 3S85A 3O9FA 3EC0A 3VSXA 3EL9A 1KZKA 5P4PA 4BFBA 2Q54A 5P0PA 1FIVA 1ZPAA 2FXEA 3DV1A 4UPJA 5P7CA 1ZSRA 4PZXA 3ER3E 5JG1A 3SA3A 5P48A 1B5FA 1FEJC 4U7VA 1LYWB 5HE5A 1IZHA 3K4VC 4LXAA 3L38A 1D4HA 2P3BA 1LF4A 1LF3A 3KF0A 1APWE 4RRSA 5KQYA 5P1NA 1MTRA 5P7MA 5P6KA 5P0QA 3A2OA 4L1AA 1BDRA 3D3TA 5P45A 3PSGA 5P1AA 5P1TA 5DR8A 1YTGA 4B1DA 5OZ8A 5SY2A 3KDCA 2WF3A 2ZJMA 5OZAA 4RRNA 1TQFA 3S56A 1B5FB 4YBIA 5IVRA 4AA9A 3FIVA 2QI1A 3NU5A 4EJ8A 5P6WA 4Y3EA 4Y5NA 4Y3WA 5IS4A 5AH8A 2ZJLA 2P83A 4Y48A 4I0HA 3UQUA 3HLOA 5KOQA 3INFA 5P7EA 4CKUA 5OZ6A 4Y3YA 3SM2A 4L1AB 4Q1YA 4Y5BA 4NPTA 5JODA 3GGUA 5KQZA 4HLAA 5DGWA 5P3WA 2FDDA 1AJXA 4J1FA 5P3VA 1T7IA 4Y5AA 3OUAA 2G69A 2R8NA 1AVFA 3CKRA 1META 2QHZA 4J17A 3URIA 5P0DA 2NMZA 5P4TA 1PSOE 4MC2A 3OU1A 2QMFA 3O9BA 5P3AA 5P5MA 5P31A 3UDPA 2F80A 1BV7A 3PSYA 4DFGA 3G6ZA 4KE0A 4PEPA 3GI4A 1ODWA 5KAOA 1HPSA 2PSUA 5P3BA 5P65A 4FRSA 3K1WA 3APPA 3N3IA 5P5VA 1HIVA 5P7WA 3CYXA 1WKRA 3SA4A 1T6GA 1HSIA 4HVPA 2Z54A 4EQ0A 4K4RA 5P8RA 4EQJA 3RSXA 3OADA 3OU1B 4XX3A 4PPHA 5P0VA 2A4FA 2R3TA 4GJ7A 2G1YA 4S1GA 2ZHRA 3PSUA 5P00A 9HVPA 4XXSA 3SABA 4Y3ZA 3VYDA 2B7FA 2I0AA 2WEDA 3EKYA 5P4VA 3QAAA 1YM4A 1SP5A 5P2TA 1T3RA 5P5UA 3OXWA 5HCOA 2AOFA 5P5TA 3PI0A 4K9HA 5J25A 3KDDA 5P7QA 5P2KA 3OGQA 4RYCA 1HEFE 3OADB 5P1YA 3BUGA 4K4PA 4OBDA 3ZMGA 1SIVA 5P0RA 4Y5MA 2H6TA 4HZTA 4R92A 2WF0A 1W5XA 1EPPE 1LZQA 4H3IA 5P33A 2OHTA 5P1VA 3UDHA 5EZXA 3WZ6A 1W51A 5AH6A 3NWXA 3NR6A 1MEUA 4R91A 5P3QA 3GGVA 3R0YA 1HPVA 5P5LA 3OXVA 4J0PA 4YE3A 4GMIA 4WY1A 3D20A 4CPRA 2IENA 4Y4DA 5HU1A 5P0HA 5OZCA 5E5JA 1IDAA 2NNKA 4RVJA 1XL2A 3OUDA 5P0XA 4Q1XA 1Z1RA 5P8HA 2G27A 1K6VA 5P0KA 3SPKA 3ZLQA 2PYNA 3KT2A 4GJAA 5P09A 3D1XA 4Y57A 2PSVA 1MUIA 2ZHVA 3BUHA 5P77A 5P8TA 1B6LA 3DCRA 5P3MA 5AH9A 4Y3FA 4EYRA 2QI6A 5P4CA 4YDGA 2AOCA 5P3FA 5P7OA 2I0DA 5P1LA 4DUSA 4GJCA 2FNTA 5OYZA 5SY3A 5OZEA 5P0OA 1DAZC 5P5FA 4YCKA 3TKWA 4CP7A 1HTFA 1FMXA 5P7IA 3OUDB 2ZHUA 5P4XA 5P4RA 4ER1E 5IE1A 1HPOA 4I12A 4LXMA 5OZQA 1XS7D 5P6YA 1E80E 3LPJA 4OBJA 5P3CA 5P3LA 5P1HA 4ZPFA 4Y9WA 3BGBA 1OEXA 5P59A 1U8GA 1FQXA 5P7NA 5DR3A 4K4QA 2CEJA 3ZPUA 1BBSA 2ZGAA 2V11C 4RVIA 1A30A 3RVIA 2UPJA 5P5WA 3O9EA 5P3NA 1SDTA 3BUFA 1FQ5A 5APRE 1FF0C 4QJ9A 3NWQA 3LPIA 1YM2A 1T6EX 3S2OA 3NU9A 5OZSA 4MC9A 4ZE6A 1BDLA 3LIZA 4EWOA 3UPJA 2NXMA 1IIQA 3SA5A 5OZWA 4AUCA 5P62A 3SAAA 4Y38A 2Q11A 1XDHA 2XFKA 3LIXA 4GJ6A 4DPFA 2WKZA 1NPWA 4YD4A 3EL5A 5P4AA 1SBGA 4Z4XA 5P3PA 3BVAA 4FRKA 3TPLA 2AZ9A 3IAWA 3UF3A 4I10A 3VV8A 2FXDA 3PCZA 1B11A 2PH8A 5P1FA 5AH7A 4IVTA 5DQ2A 3NXNA 4NJSA 5OZNA 1HSHA 1SIPA 5P1MA 4YD7A 5P3SA 5HDXA 4FGXA 5P4FA 1B6KA 4HA5A 3S43A 2MIPA 5P42A 3PWWA 1MIQA 2R9BA 5P5BA 4DQBA 2VIZA 1HEGE 3T7XA 5P4HA 3LZVA 4FM7A 5P63A 3UQWA 2NXLA 5P60A 1WBMA 2AIDA 2H6SA 4FSEA 3EXOA 3H5BA 2IDWA 2NPHA 2V10C 5P2AA 5P74A 1LS5A 1RL8A 5I3WA 2PWCA 1SH9A 5P3UA 3KN0A 3UDJA 1MESA 3TKGA 5HDUA 3S43B 2IKOA 4Z22A 3OGPA 4QJ2A 5CONA 4DJPA 3TOHA 1D4YA 1ENTE 4H1EA 5OZ5A 3KYRA 2V0ZC 4X2LA 1FG6C 1K2BA 5P5XA 5P8UA 1GKTA 4JP9A 4PZWA 2PMAA 5P4MA 2ZJKA 4AA8A 4Z50A 5P0FA 3DCKA 4Y41A 3GI5A 1C70A 1OHRA 5P02A 3ZKXA 2BPYA 2BPXA 2OHPA 4Y3QA 3FSMA 1SMEA 2XYFA 5P2NA 5P22A 3GW5A 4GJ9A 1SMRA 5P5YA 3KA2A 5I3VA 5P36A 4L6BA 3I25A 5P5KA 5OZDA 5OYXA 1HTEA 2P3AA 1RQ9A 3VEUA 4I0ZA 3OQDA 2QU2A 4LBTA 5P4OA 5P4UA 1HRNA 2Q5KA 3I7EA 3OQFA 5P4BA 1KJGA 5P4YA 3O99A 2ZE1A 5OZ3A 3B80A 5P8OA 5P5SA 5P70A 1E81E 1ZBGA 3DOXA 5PEPA 3HAWA 3RTMA 5KR0A 5IVSA 1ODXA 5P8SA 3HVGA 3K5FA 5P5AA 5P41A 4XX4A 5IVTA 5P3EA 3EM6A 1NSOA 4K8SA 2JJJA 7HVPA 5P6ZA 2HAHA 4YD6A 1ZTZA 4Q5MA 4I0FA 3MXEA 2R5PA 1XN2A 2JJIA 2PYMA 3CKPA 1WBKA 2QZWA 1IZEA 1QBUA 4CMSA 5OZIA 4Y3GA 1YX9A 5P2EA 1UH7A 3HD8A 4AZYA 4HEGA 2P8HA 4Y53A 4ACXA 1AM5A 2VA5A 5P2JA 5P28A 4J0ZA 3C9XA 4ACUA 2OF0A 5P7VA 3VV7A 2HS2A 1W6HA 1BVGA 1HOSA 5P4WA 2WEBA 2QNQA 4B78A 4EJDA 5P7TA 3FNSA 1HXBA 5P1BA 5P35A 3VFAA 1IZDA 3S7LA 5P8BA 5P3XA 5P6BA 5P8QA 4FS4A 5P18A 1APUE 3PBZA 1EBYA 3L5FA 5P29A 2BJUA 4Y3LA 5P5ZA 5P7XA 3FNUA 4R8YA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2NMY A;  3DM6 A;  4OBZ A;  3LZY A;  5P4S A;  3IND A;  4RCE A;  2QI4 A;  2ER9 E;  3VLA A;  4LXK A;  2G94 A;  1K2C A;  4EP3 A;  3EBZ A;  3MSK A;  4Y6M A;  4J0T A;  5P6X A;  3KFP A;  3H0B A;  5OZB A;  4LHH A;  3D91 A;  5P1Z A;  2RKG A;  1PRO A;  1W5Y A;  2J9K A;  4DQH A;  4FRJ A;  3NDX A;  5HU0 A;  3QPJ A;  4Y43 A;  4Y56 A;  2HPE A;  5P84 A;  4EXG A;  2AQU A;  3VF5 A;  3APR E;  4Y3D A;  4I8W A;  3KDB A;  4OBZ B;  3VV6 A;  4FAE A;  5P8K A;  1MER A;  3UFN A;  1MSN A;  1HTR B;  5P40 A;  1Q9P A;  2VA7 A;  5P5R A;  3HVP A;  2QHY A;  3N4L A;  5P1Q A;  1VIJ A;  4I0I A;  3Q6Y A;  2V00 A;  5P2M A;  3UQR A;  2RSP A;  1EC1 A;  2P4J A;  3OK9 A;  4A6C A;  3O9H A;  2OHQ A;  5P6Q A;  2FGU A;  2HB3 A;  5P5J A;  3VFB A;  5P2F A;  3R2F A;  1BXO A;  4J55 A;  5P5P A;  3IXO A;  5P7F A;  2WEZ A;  4HDP A;  4OBK A;  1HPX A;  2NNP A;  3PMU A;  3OAG A;  2QU3 A;  3PVK A;  2EWY A;  5P3Z A;  3OTS A;  3KM4 A;  4RCF A;  4DJX A;  4Y3N A;  3U71 A;  5I3Y A;  5P4D A;  5KR2 A;  3SO9 A;  2VIJ A;  3AID A;  1FQ6 A;  5SXN A;  1E5O E; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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