1BXQA

Acid proteinase (penicillopepsin) complex with phosphonate inhibitor.
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
323
structure length
323
Chain Sequence
AASGVATNTPTANDEEYITPVTIGGTTLNLNFDTGSADLWVFSTELPASQQSGHSVYNPSATGKELSGYTWSISYGDGSSASGNVFTDSVTVGGVTAHGQAVQAAQQISAQFQQDTNNDGLLGLAFSSINTVQPQSQTTFFDTVKSSLAQPLFAVALKHQQPGVYDFGFIDSSKYTGSLTYTGVDNSQGFWSFNVDSYTAGSQSGDGFSGIADTGTTLLLLDDSVVSQYYSQVSGAQQDSNAGGYVFDCSTNLPDFSVSISGYTATVPGSLINYGPSGDGSTCLGGIQSNSGIGFSIFGDIFLKSQYVVFDSDGPQLGFAPQA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Lowering the entropic barrier for binding conformationally flexible inhibitors to enzymes.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEIN (PENICILLOPEPSIN)
molecule tags Hydrolase
total genus 83
structure length 323
sequence length 323
ec nomenclature ec 3.4.23.20: Penicillopepsin.
pdb deposition date 1998-10-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1bxqA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1bxqA01
4FRSA 5P4EA 2EWYA 5P5YA 1LF4A 1SMRA 5P2MA 5OZ7A 5HDZA 3T11A 5P1JA 4YD4A 3IA9A 1T7KA 2G1YA 3FSMA 3NU3A 5P2NA 2IDWA 1NSOA 2FDEA 4DJOA 1A9MA 4DJRA 4MC6A 1KJFA 1B6KA 4N00A 2I1AA 2I4UA 4RVJA 3H5BA 2OAHA 3IAWA 1UH8A 3FNUA 5KR8A 3LZSA 1FQ8A 3OUCA 4K4RA 2WJOA 6APRE 2UXZA 4GJ7A 4GJ6A 2G26A 5OZOA 4NKKA 3RTHA 4DJQA 4B72A 3MSJA 4BEKA 3KMXA 5P2XA 1MSNA 1FG8C 5P1KA 5OZZA 5P4WA 4Y5AA 3NYGA 1MRWA 4FM6A 3LIYA 5P1OA 5P1PA 5IVQA 5P5JA 5P8FA 1HXBA 2AVVA 2RENA 1XN2A 3S8IA 3VLBA 5P13A 5P3PA 3S43B 3B7VA 1GVTA 3U6AA 4KUPA 3L5DA 5OZVA 2XYFA 5P7TA 2OF0A 4B1DA 4LHHA 2QAKA 3O9LA 1HHPA 3OADA 4J55A 5COOA 5P40A 1VIJA 5P7CA 5IVRA 3PRSA 1HPVA 1K6TA 4H1EA 3TPRA 1N49A 3GI4A 5P75A 5P3RA 5P19A 5P3OA 2VIYA 5P67A 5P7FA 4ZE6A 5P45A 4YD3A 4Y3LA 5P5DA 5P5PA 4UPJA 5P1TA 5P39A 3ZPSA 3IXOA 3OXCA 2V16C 4TRZA 4HZTA 5P7UA 5P0JA 1GNMA 2J9KA 3CKPA 5P7HA 3INHA 1IZHA 4Y54A 2J9JB 4PYVA 4DJYA 4B05A 1PSOE 4I8ZA 2VJ9A 5P88A 1CZIE 2P3CA 5P6NA 1META 4HVPA 5P6AA 1FQ4A 2R3WA 4GJAA 2WF2A 1FMBA 1MESA 1D4IA 4GJ5A 2BBBA 2V12C 4YA8A 3IVIA 4RROA 5DQ5A 3TOHA 1IDBA 4J17A 2QZXA 5P2ZA 3EL9A 4ZPEA 1LYWB 2AVMA 4QJAA 4U7VA 2F3FA 1MUIA 1W5XA 4Y4BA 4TVGA 1XE5A 5OZUA 1EBKC 4WY6A 2AOIA 5P80A 4I0FA 4EJKA 4M8XA 1XL5A 3HVGA 4XX4A 5P3MA 1VIKA 3T3CA 2XFJA 3PWRA 5P85A 1MERA 4Y47A 5P0LA 5P8MA 1BVGA 1NH0A 5P8OA 1BWBA 1A8GA 2FLEA 5P34A 1HEFE 4RCEA 3LZVA 4E43A 2HS2A 5CLMA 3ZPUA 2WEAA 4B0QA 5P7SA 4LP9A 3TH9A 1TW7A 2P8HA 5KQFA 5P4KA 2OHUA 1GNOA 2PK5A 3NLSA 5P6LA 5P7ZA 2G1SA 3VV7A 2OHNA 5OZ2A 1WBMA 2V0ZC 3A2OA 1QRPE 5OZ0A 4Y3QA 5P4BA 5P7MA 1LEEA 4DJXA 5P2SA 5P8GA 3SPKA 5P6CA 4HDBA 5P2CA 1FF0C 5P4DA 2ER0E 4HA5A 4L6BA 5P6VA 5P4XA 3TKWA 3R1GB 1FIVA 3NXEA 3CKRA 3UDYA 3LITA 5P22A 2ASIA 2R5PA 1A94A 3LZUA 2ZHSA 5P74A 2WEBA 4FRJA 5P5TA 2BPWA 3D1YA 2VJ6A 2BPVA 5P52A 3UQWA 1A8KA 1W51A 1HVHA 2G22A 5P1NA 2F80A 2WF3A 4MC9A 1E5OE 6UPJA 2ZJMA 5P3NA 5P2AA 4CPWA 4Y3DA 5P0ZA 1XDHA 4D88A 1K6VA 1JLDA 4DFGA 5P4JA 1XL2A 5KQZA 2G24A 5P5VA 3OU3A 1PFZA 3WSJA 4Y56A 2QHCA 2JJIA 3MXDA 5P18A 2IS0A 4LC7A 4I0EA 5P3YA 1SGZA 1PPKE 2P3BA 3S43A 1ME6A 3HD8A 5P7YA 5JFUA 3VF5A 1FLHA 2WHHA 3K5GA 3PMUA 1K1TA 1ZSFA 1E82E 2QI5A 5P11A 3HLOA 3EL4A 5IVTA 3PCWA 3QROA 5P3ZA 4Y4XA 2IGXA 3TPPA 5DQ4A 2OHPA 3EM6A 1APUE 2IKOA 1U8GA 3S2OA 2VA7A 5P03A 1NPVA 1T7IA 1ZPKA 1IBQA 2NNPA 5P7VA 1HTRB 5P6DA 5P72A 2BKSA 3I25A 4YOAA 5P63A 4Q1YA 1OEWA 2IQGA 4XX3A 5P00A 3OAGB 4XXSA 1LYAA 2O4KA 2AIDA 2CEJA 5P33A 3G72A 1Z1RA 1BDLA 1BV7A 4Y4ZA 5PEPA 2G27A 2B8LA 2HS1A 5P6ZA 1RNEA 5P61A 5P0XA 1MTBA 5P5NA 5P6XA 4ACXA 1J71A 1OEXA 3KF0A 2Q63A 1HIIA 1MSMA 1FG6C 1HWRA 1HSIA 5P3WA 5P8RA 5BWYA 5AH8A 4Y4UA 4PZXA 3HDKA 5P8QA 4EPJA 3L5EA 4FAEA 1FGCC 2Q54A 5P1VA 5P83A 3GGXA 4Y48A 4HEGA 3DV5A 4MC1A 4Y4TA 3PSYA 3Q5HA 5P4FA 4F73A 3OU4B 3SQFA 3L38A 1TSUA 4B78A 4Y41A 2OHMA 2ER7E 1GVVA 2JYSA 5P0DA 5P77A 5P42A 3SACA 2PC0A 4Y3ZA 5P44A 1ZJ7A 3TPLA 3SA4A 1GVUA 3SKGA 2R38A 4FGXA 3QP0A 4EWOA 2VIJA 2QI4A 3URIA 5OYTA 3I8WA 4AA9A 4I11A 2F3EA 1EEDP 5KOSA 1YTHA 5P4AA 5OZQA 2NMZA 2AVQA 5OZ8A 1ZPAA 3EKTA 5EZXA 5I3VA 3I7EA 5OZAA 5P3QA 2P3AA 3S54A 3SLZA 4DQGA 1AJXA 4Y3AA 2AZCA 1SH9A 5P3BA 3OXXA 5P1FA 5P6UA 3UQRA 5HCTA 5P7PA 3L3AA 2B60A 2QNPA 5P4GA 1BILA 3ZOVA 4FL8A 2BB9A 2VIEA 4OBZA 1T6EX 2JXRA 5P4RA 7HVPA 2QK5A 3Q4BA 5OZNA 4Y5MA 4K4QA 2H6TA 1EC0A 3K5DA 4D89A 3VEUA 2Q3KA 2B8VA 1FKNA 2O40A 2HB2A 1LV1A 1TQFA 2OHTA 4GJ9A 4FIVA 2I4VA 5P50A 4Q1NA 3FNTA 2G1OA 2R43A 1DAZC 5P59A 3HVPA 1LYBA 4R5NA 4AUCA 3QIHA 3R4BA 4YCYA 2PK6A 4U7QA 3PGIA 2ZJJA 4COEA 4FRIA 3QBHA 3O9FA 3OWNA 4YBIA 5P2UA 3BC4A 5P0WA 3K4VC 1HIHA 5P0HA 1LZQA 5P15A 2AZBA 2RKFA 3VF3A 5P54A 1RPIA 5KOQA 2PH8A 4Y51A 5IVSA 4H3FA 5COPA 1ZSRA 5P16A 5P5KA 1K1UA 5P1YA 4Y45A 4CPSA 3H0BA 5P62A 1D4SA 5P8AA 5ENKA 1FQXA 5P89A 2VS2A 4D83A 5P2VA 2Q5KA 4Y3HA 4AA8A 2JJJA 5KQXA 3INEA 4PHVA 5AHAA 4OBGA 3ER3E 4EQJA 1BIMA 1FMXA 3GI6A 5ENMA 4YD5A 3LNKA 3KM4A 3UDMA 2NXLA 1MEUA 3NDUA 5P6JA 2VA6A 2ZJHA 3QBFA 4Q1WA 3PSUA 5OZRA 2ZHTA 3LIZA 4OC6B 4J1HA 2WF1A 4A6CA 4EP2A 2H6SA 1PROA 3Q70A 3PEPA 3QRSA 3N4LA 3O9HA 3KFSA 4J54A 5P17A 5P2YA 2WF0A 5P5BA 3FX5A 5P8IA 2PWRA 5E5JA 5IS4A 5OZ6A 2V13A 2APRA 4OD9B 3K5FA 3SO9A 3PLLA 4DQEA 5P5AA 3BGCA 5P46A 3L5BA 1SP5A 3OUBA 3SA3A 5OZMA 1BVEA 1YTIA 3HBOA 3UDRA 1HBVA 4I0JA 4BFBA 5P1BA 4A6BA 4NJTA 3PI0A 1YTGA 4B1CA 3D20A 5DR3A 3DOXA 5P7KA 2OHSA 5ISJA 2NTRA 5P5HA 5P2HA 4J0VA 3VYEA 5P01A 2BPYA 5OZIA 5P2RA 2QCIA 3R0YA 5P73A 4HDPA 3UQUA 2PWCA 2FGUA 3HW1A 4LAPA 1K2BA 4I0IA 5P2QA 1DW6C 5I3XA 2QMDA 5IE1A 4L1AB 3OQ7A 2QHYA 4Q5MA 4H3GA 4I0ZA 4KE0A 2O4SA 3BVBA 3O9DA 3S7MA 5SZ9A 2XFIA 5P0SA 1YT9A 3UCBA 5P0VA 3VYFA 5P8SA 3KFPA 4Y4WA 2AOFA 2QI0A 5OZGA 4ZPGA 4GIDA 1XE6A 5OZEA 1KJGA 5P25A 3MSLA 1MVPA 4YBFA 3SA8A 4CPRA 1BV9A 2QI7A 4R8YA 4DJUA 3GGVA 3EKQA 4LBTA 3IGBA 4OBKA 4JECA 1UH9A 5C9DA 1APWE 1WBKA 1KJ7A 2QMGA 5P2LA 3OU1A 5P5WA 2MIPA 4WY1A 5P24A 5P06A 1PPLE 2QMPA 1T6GA 4GJCA 2WKZA 5P0BA 4Y3SA 4HE9A 2QZKA 3EMYA 2PQZA 4Y53A 1SDVA 2XYEA 5P2IA 5P2TA 4BELA 1G0VA 2QNQA 3RTMA 2V10C 5P4ZA 4F74A 1RL8A 3KA2A 1W6IA 1AIDA 1M0BA 2ZJLA 1W50A 5P6FA 1EBYA 2BPZA 2Q64A 3DCKA 4EYRA 3NR6A 1B5FA 2PH6A 3OUDA 1HTFA 1FQ6A 5P10A 3OGPA 5P6GA 1MTRA 5P1RA 3CIDA 1GVXA 4YD7A 2ZDZA 2AZ8A 5P5CA 3OHFA 4MC2A 3KN0A 5P05A 5P8TA 5P82A 4DI2A 5FIVA 3EL5A 4GB2A 5SY2A 3FIVA 2QU3A 5AHCA 3G6ZA 1OD1A 2O4NA 1ER8E 5P1IA 5P8EA 3RU1A 3KDDA 4YCTA 1HVKA 3BUGA 2UY0A 2PSVA 5JFPA 3S45A 1EC1A 3EXOA 1FFIC 5P66A 3S85A 3LPKA 3RSXA 2R3TA 2F3KA 2NXDA 4KB9A 5HU1A 3OGQA 1K6CA 2NNKA 5DGUA 1K6PA 1EC3A 1ZTZA 4Y3EA 3HAUA 5JODA 5P60A 4Z22A 2OHLA 1QBSA 2R9BA 4DQHA 3PLDA 1AM5A 2AOJA 2R5QA 5P6RA 5P3HA 5P6SA 2RMPA 4EHCA 2IL2A 3I6OA 2QP8A 5P0QA 3ZKGA 1G35A 3LIQA 2FDPA 4Y3PA 3SA6A 4Y5PA 4K8SA 1E81E 2O4LA 5P0IA 5P4NA 4ZEAA 4DVFA 1UH7A 5OZWA 3EM3A 4JPCA 4R92A 4LXKA 5P2DA 5P0KA 5P78A 1HVLA 2O4PA 5P7QA 3PWWA 5TOLA 1HPOA 2NR6A 5P2JA 3LPJA 3ZKIA 4B00A 2G69A 3QVCA 2SAMA 3SM2A 1MT8A 3OQKA 4GJBA 5P3EA 3EKYA 5DQ2A 5OYYA 3OOTA 5P3AA 5OYZA 4XKXA 5P7LA 4Y3JA 3EBZA 5P30A 3NXNA 1EPLE 5P1EA 5P26A 4FLGA 4Y3NA 5OYQA 2VKMA 5DR1A 4KE1A 1QBRA 5P86A 1LF3A 4Y5NA 1DPJA 4NJVA 4Y5GA 5P8KA 5P2BA 4OBJA 4PEPA 5P7IA 5P53A 5P0EA 2G1RA 4RRNA 1HRNA 3CYWA 5P87A 2P4JA 4J1EA 4I12A 1XS7D 1HVRA 3UDNA 3QI1A 4AMTA 5CONA 5T4SA 3ST5A 1CPIA 2OHQA 3VV6A 1MT9A 5P6YA 4X7IA 3KFRA 1ODYA 4J0PA 5P3SA 3RSVA 5OZHA 5OZBA 1ZP8A 1BXQA 4L7HA 2AVOA 5P7AA 2J9JA 5ISKA 4OBHA 2HPEA 2Q11A 4Y38A 3ECGA 5P7GA 5DQCA 2QHZA 1AAQA 4Z2ZA 5P47A 5P1GA 4DJVA 1IZDA 4DJWA 4Y5LA 2VA5A 2Q15A 3OXVA 2AOCA 3B80A 2WECA 2B42A 4FS4A 3INFA 2NXMA 2ER6E 5HTZA 4DPFA 1LYWA 2Z54A 5C9BA 1MRXA 1GKTA 1W6HA 4Y5CA 1W5VA 3VCMA 4ZSMA 3U7SA 1B11A 1RV7A 4Y3XA 3CICA 4CPQA 1DP5A 5P0OA 5P4YA 5P0YA 3SA7A 5P2WA 2AOHA 3L5CA 4Q1XA 4BFDA 1FB7A 3WB4A 1AJVA 1C6ZA 3CMSA 3NU6A 5ER1E 3TNEA 1Z8CA 5P4OA 5HD0A 4FM8A 3UPJA 5P43A 5P1LA 5P4QA 2HAHA 4QJ2A 3O9CA 2QZWA 2HPFA 3PWMA 4ER2E 3G70A 3OQDA 4LL3A 3SA9A 2WEZA 4Y6MA 5BRYA 4YD6A 5P4IA 3PI5A 1UPJA 4M8YA 2XFKA 4CP7A 2ER9E 4APEA 4ZIPA 1HTGA 3R0WA 3IN3A 2BJUA 1WKRA 4RCDA 4Y3WA 5HU0A 5P55A 4RGHA 1IIQA 3T7XA 5DR7A 3UQXA 3Q3TA 2P3DA 2A1EA 4Y37A 4CPXA 3VV8A 4EJ8A 3UFNA 3ZMGA 5P4LA 3L58A 4RZ1A 1EPRE 3I2LA 4L7GA 5P58A 3T6IA 4Y4JA 4ZSRA 5HCOA 1EBWA 4H3IA 5P8NA 3O9LB 4JPEA 3OADB 3SM1A 3K1WA 3SA5A 5P8CA 1G2KA 5DQ1A 3BXRA 5P12A 1XN3A 3OXWA 5P8PA 3ZKMA 1IVQA 3PM4A 3QS1A 1DIFA 4RCFA 5P3FA 3HAWA 3NDTA 5P69A 3BUFA 3NU5A 3EL0A 5P4HA 5P5GA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4FRS A;  5P4E A;  2EWY A;  5P5Y A;  1LF4 A;  1SMR A;  5P2M A;  5OZ7 A;  5HDZ A;  3T11 A;  5P1J A;  4YD4 A;  3IA9 A;  1T7K A;  2G1Y A;  3FSM A;  3NU3 A;  5P2N A;  2IDW A;  1NSO A;  2FDE A;  4DJO A;  1A9M A;  4DJR A;  4MC6 A;  1KJF A;  1B6K A;  4N00 A;  2I1A A;  2I4U A;  4RVJ A;  3H5B A;  2OAH A;  3IAW A;  1UH8 A;  3FNU A;  5KR8 A;  3LZS A;  1FQ8 A;  3OUC A;  4K4R A;  2WJO A;  6APR E;  2UXZ A;  4GJ7 A;  4GJ6 A;  2G26 A;  5OZO A;  4NKK A;  3RTH A;  4DJQ A;  4B72 A;  3MSJ A;  4BEK A;  3KMX A;  5P2X A;  1MSN A;  1FG8 C;  5P1K A;  5OZZ A;  5P4W A;  4Y5A A;  3NYG A;  1MRW A;  4FM6 A;  3LIY A;  5P1O A;  5P1P A;  5IVQ A;  5P5J A;  5P8F A;  1HXB A;  2AVV A;  2REN A;  1XN2 A;  3S8I A;  3VLB A;  5P13 A;  5P3P A;  3S43 B;  3B7V A;  1GVT A;  3U6A A;  4KUP A;  3L5D A;  5OZV A;  2XYF A;  5P7T A;  2OF0 A;  4B1D A;  4LHH A;  2QAK A;  3O9L A;  1HHP A;  3OAD A;  4J55 A;  5COO A;  5P40 A;  1VIJ A;  5P7C A;  5IVR A;  3PRS A;  1HPV A;  1K6T A;  4H1E A;  3TPR A;  1N49 A;  3GI4 A;  5P75 A;  5P3R A;  5P19 A;  5P3O A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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