1C6XA

Alternate binding site for the p1-p3 group of a class of potent hiv-1 protease inhibitors as a result of concerted structural change in 80's loop.
Total Genus 14
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
14
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPVVTIKIGGQLMEALIDTGADDTVLEEMDLPGRWKPKIIGGIGGFVKVRQYDQIPIEICGHKVIGTVLVGPTPTNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title An alternate binding site for the P1-P3 group of a class of potent HIV-1 protease inhibitors as a result of concerted structural change in the 80s loop of the protease.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEIN (PROTEASE)
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 14
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.24.-:
pdb deposition date 1999-12-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1c6xA00
4JPEA 3L58A 3UHLA 5TOLA 5OZ9A 2OHMA 3R0WA 2B42A 4YDFA 2FXDA 2AZBA 3IAWA 2B60A 1PSOE 5B18A 2HB2A 5P3CA 6APRE 4YBFA 2UY0A 5P7JA 5P7EA 5P5XA 2XFIA 4GJCA 1EPLE 1W5XA 5P5LA 1LEEA 2NR6A 2PQZA 1OEWA 3T3CA 2R3TA 1G0VA 4DV9A 5P3WA 4RVJA 5IS4A 2Q55A 4Y4BA 1MSMA 5OZPA 4EJLA 3KT2A 3R1GB 4Y3DA 4M8XA 2CENA 1F7AA 5OYVA 3DM6A 2AVOA 5P1BA 1N49A 1APVE 1GNNA 5P6JA 2ZHRA 1ODWA 1WKRA 4B1EA 4RZ1A 1HVJA 5P2EA 3HLOA 5DR4A 5C9BA 4ACUA 4K8SA 2G26A 3VSXA 4PEPA 3OAGA 3EM4A 1PPKE 3HAWA 4GJ5A 3O9FA 5P6UA 5P2OA 3VCMA 3QP0A 5P03A 5P1TA 2PH6A 5P1HA 1HWRA 5P87A 5HU0A 1W5WA 3EM6A 2VIEA 5P3NA 3LPKA 3ZKNA 3TPPA 4ZSPA 5P16A 4DJPA 4JOOA 2I0DA 5P1KA 1IDBA 1PPME 5HCTA 3ZL7A 4I0DA 5OZQA 2VIJA 5P2BA 2ZJNA 4HDBA 5P4NA 4B70A 3EBZA 4H3FA 3BC4A 1RV7A 3OAGB 4R8YA 2I4UA 2AVVA 3R0YA 5UPJA 2WHHA 3SFCA 4XX4A 5P5DA 3RTNA 3S2OA 1ME6A 3ZMGA 3LNKA 3OTYA 4YCKA 4B05A 5P47A 5P6ZA 4J1KA 4RYCA 5P1FA 1QBTA 3TOGA 5P07A 3APPA 5P75A 5P01A 3IXJA 1EBYA 2PSGA 4CKUA 4KB9A 3UTLA 2F80A 3VYEA 1NPVA 3LPIA 3FV3A 2V00A 1EPME 3OQFA 3UQRA 5P8TA 5P67A 2FMBA 5P5IA 2ZDZA 4Y48A 5P89A 3UQXA 5P4YA 3UFLA 3ZKQA 3JW2A 4RCDA 1B6KA 2NMYA 1FMXA 4LXAA 5P3HA 1ODYA 5P2WA 1TZSA 1IVQA 4XX3A 3KMYA 1YTHA 5P4WA 1SBGA 3MXDA 1MT8A 3UDHA 3ZKIA 2OHRA 4MC9A 4Y3QA 4APEA 1XL2A 4WY1A 5P0GA 3SKGA 5P80A 1DPJA 5P39A 4RLDA 5P8FA 3Q6YA 5P8KA 5DQ5A 3LIXA 5P76A 2ER7E 2AOGA 2AQUA 1FIVA 5P44A 3TLHA 3GI0A 1B6LA 5P7RA 4DJOA 3R2FA 5P5OA 5P3YA 4U7QA 5P4LA 3IXOA 3WB5A 5P7NA 3FNSA 5P28A 5P4XA 1MT7A 4L7JA 4RRSA 1SDTA 5I3WA 5P29A 2QD6A 4Y5PA 1MSNA 1KJ7A 2P3BA 3N4LA 5C9FA 2XYEA 5P0SA 5COPA 5KQFA 3I7EA 5P6OA 3KA2A 5OZRA 3NUJA 1FF0C 4EHCA 2PSUA 1HPSA 5OZWA 3GGVA 3TPLA 4Y35A 1HEFE 3KF0A 2G1RA 5AH7A 3Q4BA 2QZLA 1SP5A 3PM4A 2IEOA 3CIDA 4ZLSA 5DR1A 4I0EA 5P2KA 3INFA 2IQGA 5DGUA 4N00A 5P2UA 4ER2E 3BXRA 5P1IA 3PB5A 4F73A 3PWMA 4Y50A 5OYWA 2P3BB 1LF4A 3VG1A 4I0IA 4NJVA 2HB3A 1MUIA 1GVXA 4U7VA 3OQAA 1HVRA 5HU1A 5OYXA 2QI6A 2AODA 5P0JA 5P54A 2FNTA 1LYBA 3ZPSA 1FQ6A 4PZXA 5P1CA 3U7SA 4ZPGA 5P84A 4Y5MA 2PK6A 3VV6A 2QK5A 3L5BA 3T6IA 4TRZA 5DGWA 3OQ7A 4NJTA 5P45A 2ZJJA 3D20A 5P7TA 4U8WA 5DQCA 2WEZA 5P55A 4Q1XA 1BDRA 4ZEAA 5P2JA 4Y47A 2IKUA 3MXEA 4LAPA 2VJ7A 4JP9A 3IN3A 5P3FA 3BVBA 4FL8A 5P7WA 1YM2A 4M8YA 5P5VA 5OZ6A 2FS4A 3BXSA 2NXMA 4Y5BA 3BGCA 2O4NA 1HXWA 3LIZA 5P7OA 3CYXA 3CKPA 4QJ2A 4Y5NA 1KJ4A 5P6HA 1FQXA 2B7ZA 1Z1RA 4E43A 2OHKA 5P8SA 1UH7A 2R43A 4EQJA 5OYQA 2WECA 5COKA 5P0AA 4ZIPA 5P6CA 2B8LA 5P6FA 4IVSA 1FQ8A 1EPNE 5DQ1A 1XS7D 3RTHA 6FIVA 2AOHA 2IS0A 4CPXA 2BPZA 5P42A 5P0WA 3QVIA 5P4OA 1HTFA 1AJXA 5P8JA 4FAEA 3VSWA 2NNKA 3R4BA 2V12C 4UPJA 3S53A 5P70A 2WL0A 3OUAA 2G1SA 5P1AA 4FIVA 5P34A 3BHEA 2HC0A 3PMUA 5P2ZA 2QMPA 4OD9B 1PROA 1Z1HA 4NJUA 3NYGA 5P2TA 4OBFA 4OBZB 2G1YA 5P3UA 3FX5A 5P3RA 3HDKA 5P4ZA 4RCFA 5HE4A 4B00A 2QU3A 4CP7A 1BV7A 4GZFA 5AGZA 5P1SA 5P6GA 5P0XA 5CONA 3VV8A 1BDQA 4Y4EA 2ZJHA 4DJUA 3O9IA 3EL4A 4Z50A 2AZCA 1TSQA 3Q70A 1BAIA 2QI1A 1ZLFA 3UQWA 1DMPA 2QU2A 5OZTA 2SAMA 5ENKA 3QRVA 5P7DA 4EJ8A 2JJIA 2QHYA 3RSVA 3O9CA 2P3AA 1FMBA 3PSUA 3H5BA 5P46A 3D91A 3NDWA 4LP9A 2IL2A 3WZ8A 2I1AA 5P7HA 5HDXA 3DCRA 5P2DA 5P3OA 5P1WA 4GMIA 1XL5A 3U71A 1YX9A 2OHPA 5P78A 4R92A 3SO9A 3VLBA 2ZJKA 2QNNA 5OZ0A 5P5UA 5OZBA 5DPZA 3QIHA 4J0PA 3K5DA 2AOFA 3JVWA 4AUCA 2UXZA 2FDPA 2R5QA 4Y5LA 4GJ8A 4J0VA 3SA9A 4WY6A 2Q15A 4EQ0A 5P4RA 5SZ9A 5P64A 4DQGA 4IVTA 2QD7A 3OHHA 4DQCA 4I8ZA 1QBRA 3TKGA 3RTMA 5P2AA 3T7QA 1META 3RU1A 2AZ8A 1ZSRA 5HVPA 3IGBA 4HDPA 3UQPA 3LZSA 5P77A 2P8HA 2BJUA 3M9FA 1QBSA 2Z54A 4D89A 3PVKA 2QI5A 4Y39A 5DR3A 2VIYA 4D83A 2ZE1A 5P1GA 3EKWA 5P36A 5P4HA 3URIA 2JE4A 4DJXA 1HXBA 5P6DA 4DQHA 3EL9A 5P02A 3NLSA 3IVHA 4DQFA 1UH9A 4EJKA 5P14A 3OOTA 3KT5A 3DOXA 4AMTA 1MERA 2O40A 4B77A 1XN2A 2V0ZC 5P59A 1A8GA 1T7IA 5P3LA 3NU9A 1EAGA 1BXQA 4Y5GA 2HB4A 4HLAA 1XE6A 2QI3A 2OHNA 5IVRA 1IBQA 2WF0A 3LIVA 5P40A 1K1TA 5P0DA 1K2CA 4GYEA 2G1OA 1PSNA 5P8RA 1HVLA 3GI6A 4Y3ZA 3GGXA 3FNTA 5ER1E 4I0GA 5P8BA 5P6TA 4ZE6A 3L38A 3SM1A 5P6SA 3EL5A 4R91A 1FGCC 2O4LA 1D4YA 1OD1A 3RVIA 2V11C 4DFGA 5P2YA 4EP3A 3VF7A 3OQKA 1LYAA 4Y3RA 4RCEA 3LHGA 1ZAPA 3GW5A 4GB2A 3PSGA 5P5PA 5P5FA 1MT9A 1IVPA 5P3MA 3ZKSA 3S85A 5P1PA 3LINA 1D4SA 5HDZA 1HVHA 5OZIA 2RSPA 4YOBA 2VJ9A 5OZNA 1EPOE 5KOSA 2QZKA 3RSXA 5P5BA 3NR6A 1EBZA 4OBJA 5P4SA 4PPHA 4Z22A 1MTRA 4RVXA 2ZJIA 2WJOA 3DCKA 4Y5CA 3PI5A 1EPQE 5P5JA 2OAHA 4R93A 3PSYA 3OWNA 1M0BA 1LYAB 1EC1A 3NSHA 1AXAA 1HPXA 4J0ZA 5E5KA 5P4UA 1C6YA 4CPWA 5P62A 4Y3WA 3OXCA 3OY4A 5P06A 2BBBA 1E80E 4KUPA 5IVSA 2JYSA 5I70A 1GVVA 4Y3EA 2R8NA 2VA7A 2Q54A 5P3VA 4QJAA 1MESA 5P5GA 4CPQA 5P8IA 4J1EA 5P56A 1W6IA 5P4QA 3VEUA 3QAAA 3KDBA 5P4KA 5P85A 1SDVA 3TH9A 3EKPA 1B5FA 1IDAA 3TKWA 4FRIA 2QNQA 4AA9A 2ANLA 4F75A 5P6KA 5P8GA 3CICA 5P6EA 2OHQA 3HVGA 5P2RA 3HZCA 4Y36A 5P3TA 4I0FA 1FEJC 4F74A 2P4JA 1M4HA 4OBHA 5P58A 2IKOA 1WBMA 3K5CA 2J9KA 2PC0A 3UDPA 3FKTA 4Y44A 5P25A 3BVAA 5P83A 2FLEA 1EC3A 1EBWA 5P7KA 4YOAA 5HTZA 4FM6A 4A4QA 3G72A 4YHQA 5P57A 5P1RA 3OU4B 2BPYA 2Q63A 3HVPA 5J25A 2CEJA 1FQ5A 3S7MA 5OZKA 1G6LA 3FSMA 1B5FB 3EKTA 5P4GA 4EP2A 2PK5A 2HAHA 5JFUA 3ZKMA 3BRAA 2AVMA 1AAQA 1GNOA 1W6HA 4Y3MA 5P0KA 3NU4A 3LIYA 1NPAA 3NUOA 5P6NA 1BWBA 3GGUA 4Y3YA 3PBZA 3B7VA 5F00A 3QI1A 3UDQA 2WF2A 4Q1WA 4Y5AA 3ZOVA 5P0VA 5P1ZA 4EYRA 5P2FA 5OZLA 5P0CA 2BKTA 3WZ6A 4Y3XA 2OHTA 5JODA 5P5MA 4L7GA 2P3DA 3LZVA 5P37A 8HVPA 3PJ6A 1K6PA 1B6PA 4QJ9A 5OZGA 5OZUA 3OQDA 5OZVA 4LXMA 1BVEA 3O9LA 2IGXA 4BFDA 1LF2A 5BRYA 1VIKA 5P86A 4J1FA 5P74A 5P7IA 2VS2A 3O9DA 1XN3A 5JG1A 2Q3KA 3BUFA 3UPJA 1K1UA 4Y3FA 4K4RA 5P4PA 3LZUA 4DPIA 4YBIA 2VJ6A 5HDVA 4Y4JA 2OHUA 5P5KA 4CPRA 4XXSA 1TQFA 1D4IA 1HPOA 3DUYA 5OZAA 2V13A 5OZ1A 4MC1A 3SPKA 2I4XA 1GNMA 3KN0A 5EZZA 5P8VA 2VKMA 5ER2E 2G20A 3L5CA 3EM3A 1FQ7A 4J55A 4NPUA 4J54A 3O9LB 5AH9A 1SGUA 2P3CA 3ECGA 4FM8A 3NWXA 1DW6C 2QI4A 5P43A 3OGPA 4I0ZA 5P7VA 3SACA 2O4PA 4YD4A 4RRNA 5P8QA 1M43A 4I12A 2ER6E 3L5DA 2HS1A 5KQZA 3TL9A 2HM1A 5AHCA 1TW7A 4GIDA 2BPVA 1PFZA 3PRSA 4Y4ZA 1TCXA 4OBKA 5P2MA 1GVWA 5P68A 2RENA 5COOA 4Z2ZA 2ZHSA 3SM2A 4B78A 4CPSA 4D85A 3SA4A 4FRSA 3I25A 2UPJA 4Y3JA 3OU1A 5P26A 1G2KA 5P5WA 5P0YA 3I6OA 2NXLA 1K2BA 4QLHA 1CMSA 2G24A 5P5RA 2NTRA 5OZ2A 4QJ7A 5P3GA 4OD9A 5OYRA 4OBZA 2PYMA 1J71A 1UPJA 4J0YA 3NU6A 3OUBA 1OEXA 4LL3A 4OBGA 5OZ8A 5P11A 2RMPA 1HIHA 5P2LA 2ZYEA 4A6BA 4I8WA 3T7PA 4PZWA 3NDXA 4B0QA 1B6MA 1HBVA 3ST5A 1E5OE 3EXOA 3QBFA 3O9AA 3CYWA 3K4VC 2QHCA 4JECA 4MC6A 4H3IA 3T11A 1MRXA 5P0MA 5KR2A 3OU1B 1NPWA 2PYNA 4Y4DA 1T7JA 1VIJA 3OUDB 5P5CA 4DI2A 4FSLA 2G22A 1FG8C 3QN8A 3NDTA 1SDUA 5P81A 5P63A 1FB7A 3EKVA 3QROA 5P27A 5P60A 5P5SA 3OHFA 3PHVA 5P7MA 5P72A 5KR1A 3PI0A 2PWCA 2PSVA 3F9QA 2XFJA 4DUSA 5OYZA 3PMYA 5BS4A 3EL0A 1LS5A 1ENTE 3URLA 5P8MA 5P6LA 5P0UA 5P4VA 3S54A 3OTSA 2O4SA 5P6MA 2Q11A 1PPLE 3H0BA 5P20A 5P69A 4ER1E 5P0OA 2A4FA 5P1LA 5OZHA 2I0AA 5P8NA 1HIIA 3PGIA 5P49A 5P22A 5P19A 3OGQA 4B72A 2QI7A 2ZHUA 2O4KA 4Y3SA 2QCIA 5OYYA 5P0PA 1IZEA 4YD7A 4RGHA 1D4KA 5P52A 2IENA 3D3TA 4Y37A 5P33A 3MSJA 1EPPE 1HIVA 1FLHA 4Z4XA 1KZKA 2HPFA 1AJVA 3UDNA 4DJYA 1MVPA 2WEAA 4D8CA 1B11A 2NXDA 5KQYA 2WEDA 4Y6MA 1NH0A 2NNPA 5P3ZA 3HBOA 3IN4A 2OHLA 1W5VA 4R95A 3HD8A 2B8VA 4LBTA 2HS2A 4Y53A 3L59A 2G69A 4PYVA 2P83A 2BKSA 4CMSA 3INHA 1LV1A 4TRYA 2FNSA 1BWAA 2EWYA 2F3FA 1HSGA 3SQFA 4WTUA 4D88A 3BUHA 2MIPA 3MSLA 1BDLA 3ER5E 4DVFA 1U8GA 2QAKA 4Y56A 3NXNA 3QS1A 4J5JA 5P48A 3OXWA 3D1ZA 3QBHA 5DQ2A 4OC6A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4JPE A;  3L58 A;  3UHL A;  5TOL A;  5OZ9 A;  2OHM A;  3R0W A;  2B42 A;  4YDF A;  2FXD A;  2AZB A;  3IAW A;  2B60 A;  1PSO E;  5B18 A;  2HB2 A;  5P3C A;  6APR E;  4YBF A;  2UY0 A;  5P7J A;  5P7E A;  5P5X A;  2XFI A;  4GJC A;  1EPL E;  1W5X A;  5P5L A;  1LEE A;  2NR6 A;  2PQZ A;  1OEW A;  3T3C A;  2R3T A;  1G0V A;  4DV9 A;  5P3W A;  4RVJ A;  5IS4 A;  2Q55 A;  4Y4B A;  1MSM A;  5OZP A;  4EJL A;  3KT2 A;  3R1G B;  4Y3D A;  4M8X A;  2CEN A;  1F7A A;  5OYV A;  3DM6 A;  2AVO A;  5P1B A;  1N49 A;  1APV E;  1GNN A;  5P6J A;  2ZHR A;  1ODW A;  1WKR A;  4B1E A;  4RZ1 A;  1HVJ A;  5P2E A;  3HLO A;  5DR4 A;  5C9B A;  4ACU A;  4K8S A;  2G26 A;  3VSX A;  4PEP A;  3OAG A;  3EM4 A;  1PPK E;  3HAW A;  4GJ5 A;  3O9F A;  5P6U A;  5P2O A;  3VCM A;  3QP0 A;  5P03 A;  5P1T A;  2PH6 A;  5P1H A;  1HWR A;  5P87 A;  5HU0 A;  1W5W A;  3EM6 A;  2VIE A;  5P3N A;  3LPK A;  3ZKN A;  3TPP A;  4ZSP A;  5P16 A;  4DJP A;  4JOO A;  2I0D A;  5P1K A;  1IDB A;  1PPM E;  5HCT A;  3ZL7 A;  4I0D A;  5OZQ A;  2VIJ A;  5P2B A;  2ZJN A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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