1C6ZA

Alternate binding site for the p1-p3 group of a class of potent hiv-1 protease inhibitors as a result of concerted structural change in 80's loop.
Total Genus 14
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
14
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPVVTIKIGGQLMEALIDTGADDTVLEEMDLPGRWKPKIIGGIGGFVKVRQYDQIPIEICGHKVIGTVLVGPTPTNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title An alternate binding site for the P1-P3 group of a class of potent HIV-1 protease inhibitors as a result of concerted structural change in the 80s loop of the protease.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEIN (PROTEASE)
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 14
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.24.-:
pdb deposition date 1999-12-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1c6zA00
5SXNA 3HW1A 5OZQA 1C6XA 3PBDA 3EL0A 1OHRA 4BEKA 4J1EA 3H5BA 4YE3A 4GJ7A 1BDLA 2AOEA 2BB9A 3KDCA 4ZPEA 3ST5A 2I4DA 5OZ1A 1D4LA 4Y3MA 2G21A 3OXCA 5P5BA 4ZPGA 3O9LA 4DI2A 3OWNA 3EXOA 1PSNA 1HRNA 3KFNA 1K6PA 1SGUA 3ZPSA 3O9LB 5P1XA 3NU5A 5DQ4A 4DJRA 3QPJA 1AZ5A 4Y5LA 3TKWA 2AZ9A 5P3WA 5HCTA 5P6OA 4MC1A 4Y4BA 4Q5MA 1XDHA 5DGWA 3R2FA 2QNPA 1PROA 1KJGA 3DUYA 4J0ZA 4B77A 3NDTA 1TCXA 1JLDA 3S54A 4HDBA 4Y47A 3CYWA 2HAHA 1EC3A 1WKRA 1MSMA 1HIHA 4I0EA 5P5DA 5P8JA 4UPJA 5P8QA 5P22A 3URLA 4Y3YA 5P7LA 3Q6YA 3PWWA 1HVKA 4RZ1A 4I8WA 3SKFA 4Y5CA 5DPZA 4OD9B 5OZGA 2WF1A 3SA4A 3LPIA 5P5VA 3INDA 3R1GB 5P80A 5P73A 1W6IA 4RCFA 2G1YA 5APRE 5UPJA 5AHAA 4GJ6A 4Y4DA 2ER9E 4NPUA 1GVWA 1EBWA 2VNNA 2CEMA 1EBKC 3DCRA 3SM2A 4EJ8A 5P59A 5ER2E 4FM7A 3SM1A 5P1CA 3O9CA 4B1CA 1W5XA 3C9XA 4J1IA 3IA9A 5JFUA 1K2BA 5JG1A 5P42A 4L1AB 5AH8A 1FQ8A 2OHLA 1FMXA 4Y5PA 2HC0A 4Y3ZA 4GJ5A 2ZJIA 3ZKGA 4CPTA 5P5WA 2QMPA 4FRKA 1AIDA 4J0TA 1GVXA 1SBGA 2FXDA 4RVJA 5ER1E 5P4RA 4KB9A 4I11A 1MVPA 2RSPA 2UPJA 3QRMA 4R91A 3NLSA 2V13A 1M43A 3ZPTA 5I3WA 3R0WA 1BWAA 2HB2A 5P58A 3DJKA 4MC6A 1ZLFA 3LIYA 4YD3A 1B6PA 1W50A 4K4QA 4Z50A 4Y53A 1T6EX 5P7GA 2WL0A 4JECA 5P0RA 2HS2A 3BXSA 5P2IA 3S43B 2WEDA 2QI3A 2HM1A 2AOIA 4RLDA 2ZJLA 1LF4A 5OYXA 3OY4A 3VV8A 2BKSA 3T3CA 3SA8A 4Y54A 4R95A 5P5XA 4GB2A 4DQHA 1VIKA 2WF2A 5P1EA 2ER7E 5P7KA 4ACUA 3IXKA 1T7IA 2VNMA 5P4UA 4AUCA 1B5FB 5BS4A 1AJXA 3MSJA 1HHPA 4J0VA 3PMYA 4ZEAA 5P4NA 3GGXA 4B78A 3ZOVA 4B00A 3OTSA 4Y9WA 3T7PA 2A4FA 4TVHA 3TPRA 5P8SA 3NXNA 2PH8A 3PM4A 5P03A 5OZSA 3WZ6A 4Y39A 3N4LA 3CICA 4DH6A 1FGCC 4OC6B 5F00A 2FGVA 1UH9A 5HDZA 3GGUA 5P3NA 3QRVA 4R93A 3HDKA 2VIJA 5P5OA 4CPUA 5IVSA 4HZTA 3BRAA 5P6EA 2O4PA 2P3CA 2G1OA 3PWMA 3RU1A 5P8FA 3INFA 4OBJA 5P7FA 4DPIA 3IXJA 5P8OA 4EP3A 1BV7A 1D4IA 3BGBA 3PB5A 4D8CA 1K6VA 3ZL7A 3TPPA 1BAIA 5P0KA 5P6IA 5P81A 1EPOE 1D4KA 5DR4A 5P4LA 1EBYA 4U8WA 1KZKA 5BRYA 5P38A 2OAHA 4Y3EA 1G2KA 5P75A 4I0GA 4J0YA 4WY1A 5P1MA 2WEBA 1Z1HA 5P49A 5P7NA 2QNQA 3VFAA 3ZPUA 3PI0A 1LYAA 1RL8A 1D4YA 4ZIPA 5P41A 3HAUA 5P8RA 3KT5A 5P0DA 2AOJA 5COPA 2CENA 1MRWA 1LYAB 5P5LA 1LS5A 5CONA 3VG1A 5P0LA 1E80E 1FF0C 2I4QA 3SA6A 1UPJA 5P0IA 5J25A 3TKGA 4Y44A 3CIDA 5P5MA 5P1UA 2PQZA 5P5IA 5P26A 2FIVA 2VA7A 4ZSMA 4K4RA 5P6SA 3OGPA 5P7DA 3O9GA 1A94A 3CKRA 5HE5A 4COEA 3EKQA 4M8XA 4OBZA 4QJ8A 5P8UA 4FAFA 2Q5KA 1FMUA 3Q5HA 5P6QA 3TL9A 3UDMA 1ODXA 4YCKA 3S7MA 4Y3AA 3PHVA 4NJTA 1HOSA 5KR0A 1T7KA 5P4TA 1XN3A 3VUCA 4Y5BA 4GJ9A 4L6BA 5P6TA 5KOQA 2HS1A 3MSLA 1NSOA 5P09A 4LBTA 1LZQA 5P1AA 1LF3A 2XYEA 2AVSA 3K4VA 2NNPA 1YTJA 3OXVA 5OZZA 1K6CA 2BPVA 3PBZA 2IQGA 5P8HA 3KT2A 4LXMA 2SAMA 3NYGA 5P8BA 2NR6A 2HIZA 5P15A 4Y6MA 1CMSA 4D85A 4ZE6A 3OGQA 3KN0A 3PLDA 3KFSA 1WBMA 5P1WA 3GI4A 3QRSA 1E82E 8HVPA 1W5YA 5OYZA 3DV1A 3G70A 5P5HA 2OF0A 5P2SA 1FQ5A 4XXSA 4FSEA 3I2LA 1MEUA 4NJVA 1EPRE 5P6FA 2FNTA 1AJVA 1HVSA 5P4XA 5AH9A 5P1NA 5P5CA 2FLEA 1HWRA 3TOFA 4HLAA 5OYYA 3UQUA 4H1EA 1K1UA 4XX4A 4DFGA 4DPFA 2O40A 6APRE 3APPA 2FXEA 1FQ6A 5P08A 5P1BA 2I4VA 5P1DA 1N49A 5P83A 1W5VA 5HDVA 3OU3A 5P0OA 3S2OA 1FKNA 1HIIA 4OBGA 2OHTA 1MESA 3TPJA 1HTRB 1NPWA 3H0BA 2O4KA 4YD4A 2PC0A 4Y37A 2RENA 5OZRA 5OZYA 1QRPE 4OBFA 4TVGA 3ZKIA 4CPWA 4F76A 2F8GA 5P0QA 4BFDA 4Y5KA 2FNSA 1D4HA 5OZAA 4PZWA 2AOGA 5P31A 3DOXA 3ER5E 5P2RA 2I0AA 5P8GA 3UQPA 4R8YA 4Y50A 5P10A 2HB4A 4Y58A 5P57A 2QMDA 3SPKA 5P2KA 5ISJA 5TOLA 2I4XA 4RYGA 4GJAA 5P16A 5P0SA 5HE4A 2QHCA 5OYVA 4Y51A 1M4HA 3S85A 1DMPA 3KDBA 2IRZA 3UHLA 4J55A 2V0ZC 3BVAA 5P3IA 4XKXA 3ECGA 1DW6C 4Y3QA 4I0JA 4F75A 5COKA 4Y3GA 1E5OE 5P0WA 5P07A 2BPWA 1B6LA 3OU1A 5P3XA 5P8DA 1LF2A 1XE5A 3EM6A 1HPXA 4QJAA 4RVIA 1TW7A 1HTGA 4Y5AA 4I8ZA 5P3YA 5P6VA 5P3GA 5P72A 3LITA 1APUE 5DR7A 5P56A 1FG8C 4ER1E 5C9DA 2R43A 3KA2A 5P6PA 3OAGA 1BWBA 3UF3A 5P45A 1HVJA 4TRWA 4I1CA 4FSLA 5P5RA 2NNKA 2PSUA 2P3BA 3HLOA 1K1TA 2I4WA 1C70A 2IS0A 3SABA 3QIHA 1YTGA 4AA9A 1RQ9A 3FV3A 5OZ7A 2ZHTA 2ZYEA 2VIZA 5P7PA 3VYDA 3PJ6A 5P6AA 5P7BA 5OYTA 2A1EA 5P37A 3SA7A 2QZKA 4Y3WA 4Y56A 5IS4A 5OYWA 3UDYA 5P2CA 3UDJA 5P71A 1QBSA 1BIMA 3LIZA 4FLGA 5KOSA 3NR6A 4L7HA 2JJJA 4L7JA 3OADA 7HVPA 2B8LA 2Q3KA 2VKMA 5P3FA 5P67A 2FMBA 3OADB 1TCWA 3VSWA 5KQYA 1OEXA 5P78A 2WEAA 3LPJA 5P2DA 4CKUA 4OBDA 5P4OA 1HPSA 5ISKA 2NMYA 2ER0E 3M9FA 6FIVA 2AIDA 3IVHA 1BXOA 1FB7A 3K1WA 3RTNA 2ASIA 1TSUA 4RCEA 1B11A 2PSGA 3OHFA 5P85A 3WZ7A 3PSYA 5SY3A 2WF0A 5P64A 3DK1A 4Y5MA 1SDUA 1YM4A 5HD0A 2ZJMA 2QHYA 4CPXA 4NPTA 5P5FA 2J9JA 1QDMA 1FQXA 4S1GA 5P3PA 5OZXA 1HXBA 3O99A 4FRIA 1FFIC 2IEOA 1LYBA 5P6RA 1KJ7A 2IENA 2R9BA 5OZ2A 3IGBA 5P77A 1NPVA 5HDUA 4Y4GA 1LYBB 3B80A 3OU4A 5F01A 3PLLA 5P06A 3FNUA 3EM3A 5P5PA 2JXRA 3KDDA 4ZLSA 3QN8A 2F3KA 3QROA 1RPIA 3OU4B 1HVRA 4EJDA 2G1NA 5P7HA 3QI1A 2HB3A 4RYCA 4TRYA 3DCKA 2XFKA 1G6LA 3OQDA 4YOAA 5P33A 1ZJ7A 2P83A 5OYSA 5P7VA 7UPJA 5P7XA 2Z4OA 2G1RA 5P6CA 3OUBA 2BPXA 5P3RA 3HAWA 3S45A 5AH7A 4DJPA 5P4MA 2R3WA 3VF5A 1KJ4A 3HVPA 1G0VA 2QI4A 5P88A 5P0HA 2ZHUA 2QD8A 4YD5A 4MC2A 1XN2A 2QU2A 3KM4A 3SAAA 3FIVA 5P8VA 9HVPA 4EJKA 3U7SA 5P0NA 1EAGA 5P23A 5HTZA 1MUIA 5CLMA 3G6ZA 2G69A 3IN4A 5P1LA 4GIDA 4D88A 3SA3A 5P36A 1ODYA 2ZGAA 5OZHA 4DQCA 2PK5A 4AMTA 4KE1A 2IGXA 4YOBA 3OOTA 1GVTA 3LZUA 1IDAA 1MTBA 2PWCA 4GZFA 5P3VA 3EL9A 5P50A 3MSKA 2XYFA 1IZEA 1Z8CA 4FGXA 5P8KA 3D1XA 1HTEA 3VSXA 4AZYA 3D20A 2Z54A 1ZPKA 1BXQA 1PPME 4Y3LA 1HPVA 2EWYA 2AOHA 3D1ZA 3QBFA 5KQZA 4KUPA 5P2FA 5P4KA 5P2QA 5PEPA 4CPQA 5COOA 4RRNA 3KYRA 1HBVA 1U8GA 3L5BA 3RSXA 5P0PA 2V12C 5AHCA 5P1PA 5P52A 3JVYA 3TOGA 5P4DA 4BFBA 5OZ0A 1FQ7A 5P40A 3LZVA 3WZ8A 3LINA 4Y48A 4WY6A 4YBFA 2AOFA 1EPNE 5P4HA 5P0JA 2IKOA 4A6CA 3NWXA 5P6DA 5P4PA 4Q1XA 1EPLE 3EL4A 4EPJA 5P6ZA 2ANLA 4LC7A 3GI0A 4F74A 5P39A 4TRZA 1XL2A 3UDQA 2WF3A 5P30A 4RGHA 5P3HA 5P1ZA 5P3ZA 3L3AA 5P2XA 1IBQA 5JODA 3KFPA 1F34A 3SACA 5OZBA 5BWYA 4ZSPA 1FEJC 1IDBA 5OZ8A 1MSNA 1F7AA 5P5SA 1B6MA 4I0FA 3WSJA 2QZWA 1ZTZA 3NWQA 1HEGE 2B42A 4ER2E 4FIVA 3VYFA 2WHHA 5P5ZA 5OZKA 3EKVA 1HXWA 1UH8A 2QI6A 3DM6A 5P32A 3BUHA 2WKZA 4DUSA 5P5JA 5OZWA 3T7XA 3IN3A 4I0ZA 4K9HA 2O4NA 2WEZA 3PWRA 3PEPA 5P44A 5P48A 2P4JA 1UH7A 2OHQA 3BUFA 4Y43A 5OZDA 5DQCA 5P8EA 4HE9A 4H3FA 3S53A 5P0XA 5P68A 1KJHA 2H6SA 3NU4A 5P1IA 5P89A 5P3EA 2R8NA 3INHA 4Y3JA 2AZCA 3OUCA 1E81E 5P6YA 3IAWA 1EPME 5P4YA 3ZLQA 3OHHA 2RKFA 2AVMA 1YTHA 1ZSRA 2VA5A 3CYXA 2ZHVA 2QI1A 4GJDA 1BVGA 3PGIA 1DIFA 2RKGA 3OK9A 5OZPA 3HBOA 5P5QA 5P82A 4DQFA 1KJFA 3QVCA 3CKPA 2JJIA 5P2HA 3L5FA 1A30A 4DQGA 4QLHA 2HPEA 4NJUA 4OBZB 1YX9A 4N00A 1BDRA 2QI7A 2B8VA 5C9BA 3NDWA 1GKTA 5P2YA 4GJCA 5KQXA 3WB4A 3L5CA 4QJ7A 5DR3A 2OHUA 2QD6A 5P14A 4J54A 1MT8A 1IZIA 5P1FA 2QU3A 1GVUA 4LAPA 3UTLA 3WB5A 4DJVA 2UY0A 1PPLE 1GVVA 5ENMA 5P3UA 5E5KA 1IZDA 4HDFA 1HVHA 3IVIA 3UDKA 3NU3A 1XE6A 1QS8A 1AXAA 2ZDZA 4FE6A 3TPLA 3GI5A 3ZKSA 1EC1A 2O4LA 4EWOA 3QAAA 2BJUA 5OZLA 1YG9A 2WF4A 4D83A 4IVSA 1PSOE 2QMGA 3FNSA 3S8IA 4Y4EA 4A4QA 5P1QA 4QJ6A 4EXGA 1QBTA 3BVBA 1A9MA 3MWSA 4Z2ZA 5P62A 3QP0A 2QD7A 1EBZA 2NXMA 5KAOA 3RVIA 5P0VA 3S7LA 5IVRA 1T7JA 5P3JA 4EQJA 2JYSA 3GGAA 4B05A 3EC0A 3K5CA 3I8WA 5P5TA 3SQFA 4APEA 4EP2A 3T6IA 1C6ZA 5P7MA 2BPYA 5OZ4A 4DJYA 3A2OA 2NMZA 3UCBA 2R38A 5P4VA 3NDUA 5I70A 2Q63A 3NDXA 5P3SA 3NU9A 5P2WA 2I4UA 5HDXA 5P2EA 3FSMA 3OQAA 4PPHA 1SDVA 5P0ZA 3EKWA 5P0AA 4I10A 5P0MA 5P7YA 5P8PA 3GW5A 5OZOA 1G35A 4I0HA 3ZKQA 2PK6A 5P84A 2F80A 3S56A 4Q1NA 5DQ2A 5P02A 1FQ4A 2FDPA 4ZPFA 1ZSFA 3CIBA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5SXN A;  3HW1 A;  5OZQ A;  1C6X A;  3PBD A;  3EL0 A;  1OHR A;  4BEK A;  4J1E A;  3H5B A;  4YE3 A;  4GJ7 A;  1BDL A;  2AOE A;  2BB9 A;  3KDC A;  4ZPE A;  3ST5 A;  2I4D A;  5OZ1 A;  1D4L A;  4Y3M A;  2G21 A;  3OXC A;  5P5B A;  4ZPG A;  3O9L A;  4DI2 A;  3OWN A;  3EXO A;  1PSN A;  1HRN A;  3KFN A;  1K6P A;  1SGU A;  3ZPS A;  3O9L B;  5P1X A;  3NU5 A;  5DQ4 A;  4DJR A;  3QPJ A;  1AZ5 A;  4Y5L A;  3TKW A;  2AZ9 A;  5P3W A;  5HCT A;  5P6O A;  4MC1 A;  4Y4B A;  4Q5M A;  1XDH A;  5DGW A;  3R2F A;  2QNP A;  1PRO A;  1KJG A;  3DUY A;  4J0Z A;  4B77 A;  3NDT A;  1TCX A;  1JLD A;  3S54 A;  4HDB A;  4Y47 A;  3CYW A;  2HAH A;  1EC3 A;  1WKR A;  1MSM A;  1HIH A;  4I0E A;  5P5D A;  5P8J A;  4UPJ A;  5P8Q A;  5P22 A;  3URL A;  4Y3Y A;  5P7L A;  3Q6Y A;  3PWW A;  1HVK A;  4RZ1 A;  4I8W A;  3SKF A;  4Y5C A;  5DPZ A;  4OD9 B;  5OZG A;  2WF1 A;  3SA4 A;  3LPI A;  5P5V A;  3IND A;  3R1G B;  5P80 A;  5P73 A;  1W6I A;  4RCF A;  2G1Y A;  5APR E;  5UPJ A;  5AHA A;  4GJ6 A;  4Y4D A;  2ER9 E;  4NPU A;  1GVW A;  1EBW A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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