1C70A

Alternate binding site for the p1-p3 group of a class of potent hiv-1 protease inhibitors as a result of concerted structural change in 80's loop.
Total Genus 14
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
14
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title An alternate binding site for the P1-P3 group of a class of potent HIV-1 protease inhibitors as a result of concerted structural change in the 80s loop of the protease.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords PROTEIN (PROTEASE)
total genus 14
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.-:
pdb deposition date 1999-12-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1c70A00
1FIVA 3DOXA 5KQYA 2OAHA 3TLHA 3TPRA 5DR1A 1FFIC 1HIIA 5OYZA 4FAFA 4I0EA 3VFAA 3EL9A 2OHMA 5P1SA 2ER0E 3SA7A 2VIYA 3LZUA 2Q55A 2FMBA 5P5CA 1F34A 1LV1A 3ZMGA 3QBHA 2G20A 1A9MA 4Y3EA 5P53A 4H3FA 5P42A 4FSEA 4LXKA 5I70A 4JP9A 5P24A 1G2KA 4I0IA 5HU0A 4I0DA 3D20A 3NXNA 2QD6A 4DJUA 4DI2A 4OBZB 5P87A 3OGQA 2Z54A 4PEPA 1U8GA 1HTEA 2I4XA 2BQVA 2ZHUA 5P5QA 3NWXA 3BRAA 1IDBA 3R0YA 2IQGA 1HVCA 4Q1YA 5P8QA 2O4NA 1APWE 1B6JA 4KB9A 4Y36A 3QBFA 5OZ3A 5P6FA 4LHHA 4EQJA 1BWAA 3NSHA 3FSMA 5DQ2A 3ER5E 3URIA 2IGXA 1CPIA 4S1GA 4Y3DA 2H6SA 2VJ7A 4Q1XA 3NUOA 4DPFA 5P4CA 1EPOE 3HAWA 3OOZA 3URLA 4YA8A 4ZIPA 5P5EA 3IXKA 5P4IA 4Y3LA 5P4XA 3GI5A 4E43A 5FIVA 5P7BA 5P1ZA 3FKTA 3OUDA 4DJXA 2Q11A 4Y5KA 3VV6A 2I4UA 4LP9A 5P1WA 4NJSA 1DP5A 1K6TA 1IVQA 3O9IA 4PPHA 5HDUA 4ZPGA 5P52A 1YT9A 3S43A 3VCMA 1SDTA 3LIXA 5P8RA 4M8YA 5P6GA 4CPUA 2APRA 4Y54A 5C9DA 3Q5HA 2PH6A 1BDRA 1FQ8A 5DR8A 5P8GA 5HU1A 1B5FB 2F80A 5P4QA 3BGBA 3INEA 3ST5A 5P12A 2HB2A 4Y3YA 3OU4A 1ZSRA 5P1UA 4Y5MA 2NNKA 3VFBA 1HVIA 4K9HA 5OZ1A 1E80E 4DPIA 2JJJA 1ODWA 5F01A 3NDTA 3RTNA 5P09A 1HVJA 5P47A 5P6TA 1MSMA 3KFPA 2I0AA 1XE6A 5ER2E 5P5MA 5IS4A 1DPJA 5P3DA 3TPPA 1KJHA 1HOSA 3UDJA 4J1HA 1FB7A 4Z2ZA 5P6ZA 3IXJA 4L6BA 2UXZA 3T6IA 5AH6A 5KR8A 3OUCA 3RTMA 2B60A 5P1TA 4H3IA 1J71A 3K5GA 3FIVA 5P5SA 3SFCA 1IZIA 2R5PA 3QVIA 1EBWA 3INFA 1LZQA 2QZKA 2V11C 4K8SA 2ZHTA 4HA5A 1HSHA 4Y4EA 3EL1A 4OD9A 5P5IA 2VA5A 5P5XA 1ZAPA 5P5FA 3PM4A 2BPWA 1SP5A 5OYWA 1SMEA 1MT8A 1GVWA 5P5RA 5P6OA 3UDMA 4Y4GA 3WB5A 5P67A 5P2HA 2VS2A 5I3VA 2BPVA 1B11A 2XFIA 1D4JA 3CYWA 4YE3A 2R3TA 4Y4BA 4LXAA 5P4NA 3ZOVA 4NJUA 1BXQA 5F00A 5I3XA 4Y4WA 5P36A 4KUPA 3DUYA 5P0UA 5P6WA 1FQ6A 2WF3A 4GJ9A 5P8HA 3L5EA 1SGUA 1ZBGA 1Z1RA 3BVAA 5P39A 4J1FA 2JXRA 5P1MA 2AVOA 4RYGA 4ZSPA 3O9BA 5P8SA 2CEMA 5P3CA 3UFNA 2AOIA 2VKMA 5P2TA 3KA2A 5P17A 4GJ6A 1NPWA 3KFSA 4GJDA 2Q63A 5P37A 3B80A 2F8GA 3OAGB 4Y3HA 2HB3A 1FLHA 3O9CA 3ZKGA 5COOA 1MERA 4L7HA 5P80A 1KZKA 2WF4A 5P6CA 2OHLA 5DGWA 4I10A 4Q1WA 5P5GA 5OZ8A 2ER6E 1XS7D 3U6AA 2V10C 5COKA 2AIDA 4NPUA 4YD6A 2AZCA 5I3WA 1HXWA 3BXSA 5P2WA 5P13A 5P5OA 1HIVA 4DJQA 4XX4A 3UQXA 1HPOA 4Y3JA 4F74A 1VIJA 1VIKA 5P4RA 2WL0A 4GJCA 5HCTA 1HPXA 5HDVA 5P6RA 1LYBB 2Q54A 3SA4A 2PC0A 1TSQA 3GI4A 4F76A 4GJ5A 5JFUA 5P6SA 5SXNA 3WSJA 3O9LB 1XL2A 2OF0A 5PEPA 2WF2A 1MUIA 5HTZA 3ZL7A 2NPHA 2IEOA 3EC0A 2ZYEA 3LZSA 1ZJ7A 4DUSA 3S2OA 1EC0A 2JYSA 2O4LA 3UFLA 1B6LA 2J9JB 5P1QA 5OZOA 3TTPA 5E5KA 3LIVA 4Y41A 5P07A 5P0TA 3PB5A 5P1AA 1HTGA 2P83A 1FMXA 3KDDA 4B78A 4RRSA 4RCDA 2BKSA 1MEUA 5P7SA 2ZHRA 4FL8A 2RSPA 3QI1A 1HWRA 1Z1HA 4Y5BA 3CKRA 4Y4JA 5P5BA 4QJ2A 4R93A 3GW5A 5P4HA 2XYFA 2ZJNA 5P8PA 3DCKA 3QRVA 1MRWA 1D4SA 1TW7A 2VJ6A 1EC3A 4ZPEA 3O9EA 3S85A 2R3WA 3I6OA 4HEGA 5P44A 1NH0A 1BXOA 3SO9A 3OADB 4J1IA 1FGCC 5OYQA 5P2BA 1ZPKA 4I8WA 2Q15A 5P0VA 3O9GA 2FS4A 1AM5A 3ECGA 2Q5KA 4FRSA 3EKVA 1T7KA 3APPA 1AZ5A 1MSNA 4I1CA 3PWRA 5P2YA 3BHEA 3FNUA 1EC2A 4CPRA 4L7GA 3HD8A 2OHQA 3ZKSA 4K4QA 1DMPA 5OZLA 4AA8A 3L5CA 2A1EA 2WEDA 5TOLA 3ZKNA 1CMSA 2OHTA 3SM2A 2QAKA 1QDMA 4BFDA 3LZVA 3Q3TA 4Y4TA 4HVPA 5P2QA 3NWQA 2G26A 2ZE1A 5P2JA 5P5HA 1HTRB 3NU4A 3OGPA 3JW2A 4Y3TA 5AGZA 3LHGA 1M4HA 3PEPA 1N49A 4R5NA 3OQKA 5P7RA 2BBBA 3I8WA 5P2AA 2PH8A 1OD1A 4X7IA 3T11A 5BRYA 1RPIA 3Q4BA 4A6CA 1MIQA 1W6IA 3DM6A 4XKXA 5P6VA 3T7PA 4J0TA 5P1JA 5T4SA 5OZBA 1APUE 3NYGA 2HPFA 5KQFA 3OHHA 5P03A 1TZSA 3BVBA 4R92A 8HVPA 4Y43A 2FXEA 4K4PA 5P0OA 3R4BA 1GKTA 5P5UA 5P35A 3PMYA 3FNTA 5P8TA 2BPZA 5P3OA 1LYWB 4QJAA 5OZRA 1A94A 3L58A 2RKFA 4OC6A 3IVIA 5P5VA 5P3WA 3I7EA 5P7TA 5SY2A 5P4DA 3IGBA 5OZVA 3QVCA 3VUCA 5OZEA 5P75A 3D1YA 4B00A 1OHRA 1RQ9A 2WECA 4RRNA 1OEWA 5UPJA 4WY6A 2AVSA 5P3IA 5P23A 2BPYA 5P7DA 3UQRA 2PQZA 6FIVA 3CIBA 1M43A 1MT9A 5P0CA 5P6EA 4FM8A 3NU5A 5P3PA 1ZPAA 1HSIA 5P3TA 2PK6A 5P11A 2JE4A 1A30A 3HVPA 2ZGAA 3HAUA 3RU1A 1OEXA 4KE1A 4NJVA 5P8EA 4EPJA 3QIHA 3VYDA 4CPQA 5P48A 5P51A 3SA6A 3OUBA 5P56A 5OZXA 1PSNA 2QK5A 5P3VA 4Y56A 5P0DA 1AVFA 3APRE 5P5ZA 1YTIA 1F7AA 2VJ9A 3GGVA 4YOBA 3FV3A 5P5NA 4DJOA 4BELA 3FX5A 1UH9A 2HB4A 5P4YA 5P7PA 5P58A 4Q1NA 5OZSA 2P3AA 3LINA 3OTYA 3PWMA 4YBIA 5P71A 1W5XA 5P7LA 3UDKA 5JG1A 3G6ZA 5P3BA 2J9KA 4QGIA 2I4QA 4I12A 1YTGA 3K5CA 2G1YA 3PSGA 2QNNA 2VNNA 2IRZA 5P40A 2B42A 2ZJHA 2R5QA 5P6JA 3SAAA 4EJKA 5P16A 3EKQA 5HE7A 5P0HA 5P0QA 3EKYA 4Y5AA 5J25A 3R2FA 4RYCA 2AOJA 2FGUA 3OK9A 3KFNA 1HVHA 4CMSA 3KT5A 3BXRA 4B72A 1TCWA 5P4UA 1APVE 1LF4A 4RVXA 4U8WA 4Y3ZA 2ZJJA 4YCYA 1GNNA 3HBOA 4Y4DA 4H3GA 5P82A 3VLAA 1QRPE 1HHPA 2QI1A 1FKNA 2NXLA 1ODXA 3TPLA 3KMXA 2QD7A 3MXDA 2ZDZA 1GVXA 4DQEA 2NR6A 1HEFE 2QNPA 5OZUA 3TH9A 5P1IA 4A6BA 4EXHA 2FDDA 1LYAA 1CZIE 5P25A 3MSJA 5P83A 4DJRA 2A4FA 2FNTA 5P3UA 1Z8CA 5P3FA 1BAIA 5P8UA 5P61A 5OZGA 3WZ7A 4MC6A 5AHBA 5P45A 3MSKA 4APRE 4ACUA 1BDQA 5P76A 2ER9E 3EL4A 3VSWA 2P3BB 4GJBA 2NMZA 3D91A 2QMFA 3A2OA 5P2MA 3G70A 5P00A 4EJDA 3LPKA 5P84A 5P02A 5COPA 5P7ZA 2G1RA 5P18A 5P54A 3QP0A 5OZFA 5HE5A 2QI6A 2AZ8A 1GNOA 6APRE 2PSVA 3SKGA 3OUAA 3PMUA 4Y51A 4Q5MA 5P73A 5P1KA 3HDKA 5P2OA 5P86A 5P1BA 5P5WA 2P4JA 5DQ4A 4OBZA 4Y3QA 1XN3A 1KJ7A 5P2UA 1ODYA 1SIPA 2WEAA 4CPSA 3LNKA 1E82E 3KFRA 3KYRA 2HIZA 2QNQA 1NSOA 4I0GA 1FMBA 4TRZA 2F81A 3B7VA 3OWNA 4I0FA 4Y4UA 2ASIA 3ZPTA 5I3YA 5P01A 3DV1A 5KQXA 2PK5A 4BEKA 2NNPA 3PLDA 4HZTA 3UDYA 4EXGA 2JJIA 4B77A 3IVHA 5P0YA 5P6XA 1W5WA 5P4OA 4L1AB 4D85A 2QI3A 2O4SA 4FAEA 1ME6A 4AA9A 2MIPA 4XXSA 1HXBA 4Y3SA 5P0ZA 5KR2A 3OQFA 4FRIA 4OBDA 5P0PA 2FGVA 4FRJA 3SA9A 5P3NA 3EKPA 1C6XA 3TOGA 3OU1B 3NDUA 3S45A 2RKGA 2F3FA 5P2FA 5SZ9A 1NPVA 4B05A 5KR0A 4RROA 3SM1A 4Y44A 3PJ6A 3SQFA 5CONA 2IL2A 5EZZA 2QZXA 4I0JA 5P0XA 1BVEA 4RCFA 1G35A 4Y5PA 5P43A 1XL5A 5HVPA 3EKTA 1W5VA 2OHNA 5OZ6A 2OHPA 5P2RA 4J0VA 5P7AA 2P3CA 4ZSRA 3EXOA 2R43A 5P5AA 3K5DA 1B5FA 1SIVA 5P2LA 1AAQA 3CMSA 5IVSA 4H1EA 4J1KA 3EBZA 2WF1A 3L59A 5AHCA 1MT7A 5P1OA 5P7KA 3S8IA 2VIZA 3UDQA 1K6PA 3EL5A 4K4RA 5P4MA 4YDFA 2QU3A 1KJGA 3BUHA 5P7QA 5P10A 5OZTA 2SAMA 4FSLA 4GJAA 1NPAA 2NXMA 5KOSA 3EL0A 2G1NA 3IAWA 1K2BA 1SH9A 4GJ8A 2ZJKA 3ZKIA 1XE5A 2Q3KA 3LIQA 3PSUA 3N3IA 5P78A 1W50A 5IVRA 2QI7A 5P2NA 4ER2E 2G94A 3WZ6A 1EBKC 4Y5EA 4Z22A 5DR4A 3ER3E 2WJOA 3BUGA 4YD7A 5P7JA 9HVPA 2RMPA 1ZSFA 3VG1A 1YG9A 5OZPA 5P60A 4OBJA 2QCIA 5P7CA 5P7FA 1EBYA 1HPSA 5OZMA 3KT2A 3NDXA 4GB2A 4D88A 1EPRE 4COEA 2AZ9A 2I4WA 3KN0A 3OXVA 1IBQA 4GZFA 3OTSA 4ZSQA 5P6MA 3S7MA 4DFGA 3RVIA 3OQ7A 5P6BA 5P4WA 4Y38A 5P19A 1GVVA 1LF2A 4L7JA 3PSYA 3TOHA 2NXDA 5C9BA 1K1TA 1HTFA 5P1LA 3NU6A 3AIDA 5P7NA 5P6UA 3G72A 1HPVA 5P3JA 4J1CA 4Y5LA 3ZKXA 2WEBA 5P88A 5P3ZA 1AIDA 4Y6MA 4B1DA 5P8BA 5P8FA 2WKZA 4LC7A 1SBGA 4Y3FA 3D1ZA 4FRKA 3S54A 4YCKA 5P3MA 5P6KA 2Q64A 5P28A 5P72A 5APRE 3OAGA 3QROA 2VIJA 1B6KA 3QPJA 5OZJA 3UDPA 4MC2A 4MC1A 2QMGA 1HSGA 3HVGA 3MSLA 4YD5A 5HE4A 5P63A 4Y4AA 5P7MA 2I4VA 7UPJA 2BPXA 3GGAA 3QN8A 5P0FA 4Y3WA 1MVPA 5P20A 1GNMA 5P3SA 1EPQE 3WB4A 3UDRA 5P41A 1SGZA 2FNSA 3UQUA 3NXEA 1HVRA 2IS0A 3M9FA 2FXDA 4FGXA 5P49A 1ZTZA 5P70A 5P1PA 2AOEA 5P32A 5JFPA 1GVTA 5OZQA 1LYBA 3K1WA 3OXCA 4TVGA 4D83A 4JOOA 3BC4A 3O9LA 4J0YA 5P8KA 3EMYA 3O9HA 5P1CA 1K1UA 5P46A 2G1OA 2G22A 1K2CA 1Q9PA 4Z4XA 4HDBA 5P6PA 3H0BA 5P74A 3EM4A 4D8CA 3L3AA 2PYMA 4GMIA 1PPKE 5P8OA 1SDVA 5KQZA 5P29A 4YBFA 3D3TA 4Y3AA 5P1YA 5P8MA 3VSXA 1E5OE 5P4SA 2J9JA 5OZ5A 1TQFA 5OZ7A 4J0ZA 3LZYA 5P3QA 5P3AA 2FLEA 5HDXA 1A8KA 5P3GA 1FQXA 2IGYA 1MESA 1B6PA 1META 4HDPA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1FIV A;  3DOX A;  5KQY A;  2OAH A;  3TLH A;  3TPR A;  5DR1 A;  1FFI C;  1HII A;  5OYZ A;  4FAF A;  4I0E A;  3VFA A;  3EL9 A;  2OHM A;  5P1S A;  2ER0 E;  3SA7 A;  2VIY A;  3LZU A;  2Q55 A;  2FMB A;  5P5C A;  1F34 A;  1LV1 A;  3ZMG A;  3QBH A;  2G20 A;  1A9M A;  4Y3E A;  5P53 A;  4H3F A;  5P42 A;  4FSE A;  4LXK A;  5I70 A;  4JP9 A;  5P24 A;  1G2K A;  4I0I A;  5HU0 A;  4I0D A;  3D20 A;  3NXN A;  2QD6 A;  4DJU A;  4DI2 A;  4OBZ B;  5P87 A;  3OGQ A;  2Z54 A;  4PEP A;  1U8G A;  1HTE A;  2I4X A;  2BQV A;  2ZHU A;  5P5Q A;  3NWX A;  3BRA A;  1IDB A;  3R0Y A;  2IQG A;  1HVC A;  4Q1Y A;  5P8Q A;  2O4N A;  1APW E;  1B6J A;  4KB9 A;  4Y36 A;  3QBF A;  5OZ3 A;  5P6F A;  4LHH A;  4EQJ A;  1BWA A;  3NSH A;  3FSM A;  5DQ2 A;  3ER5 E;  3URI A;  2IGX A;  1CPI A;  4S1G A;  4Y3D A;  2H6S A;  2VJ7 A;  4Q1X A;  3NUO A;  4DPF A;  5P4C A;  1EPO E;  3HAW A;  3OOZ A;  3URL A;  4YA8 A;  4ZIP A;  5P5E A;  3IXK A;  5P4I A;  4Y3L A;  5P4X A;  3GI5 A;  4E43 A;  5FIV A;  5P7B A;  5P1Z A;  3FKT A;  3OUD A;  4DJX A;  2Q11 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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