1C70A

Alternate binding site for the p1-p3 group of a class of potent hiv-1 protease inhibitors as a result of concerted structural change in 80's loop.
Total Genus 14
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
14
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title An alternate binding site for the P1-P3 group of a class of potent HIV-1 protease inhibitors as a result of concerted structural change in the 80s loop of the protease.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEIN (PROTEASE)
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 14
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.-:
pdb deposition date 1999-12-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1c70A00
1GVWA 5IVQA 2VJ7A 4Y5NA 5P79A 5KR2A 5P32A 1QRPE 4Y3YA 5DQ2A 2RKFA 4OC6B 5P1UA 5JFUA 4Y3EA 3NWXA 3INEA 4YD5A 4Q5MA 4Y3LA 5P1CA 1LYBA 5KR8A 5P17A 5P0GA 5P3TA 4PZWA 1HVLA 3QROA 1YT9A 7UPJA 1AJVA 5P2NA 5P1MA 5P33A 5OYSA 3PBZA 3U71A 2I4UA 1MERA 1MTRA 2VIZA 5P0HA 5P2GA 4LXAA 3VEUA 2G1SA 5P6WA 1YG9A 4Y51A 3DCKA 1K6PA 4QGIA 3KYRA 3OGQA 5OZKA 3Q4BA 3PJ6A 3APPA 2CEMA 5OZ8A 4FSLA 1MESA 4OBDA 2J9KA 3OAGB 3OQDA 3O9EA 1NSOA 1AJXA 5P6VA 4Y3FA 1YM2A 5P59A 4QJ6A 1BV9A 2BBBA 5CLMA 3K4VA 5P81A 2PMAA 5HU1A 3OQKA 1ZSRA 2WF0A 4AZYA 5P66A 3OXVA 3NXNA 3K4VC 1C6YA 2G94A 4LXKA 5P3UA 5P04A 2Z4OA 3NDWA 5APRE 5P11A 2G1OA 2QP8A 3TH9A 3TL9A 5P7EA 5P5EA 3NU3A 4FRKA 4R91A 2VIJA 5P4OA 3RSXA 3SQFA 4Y5EA 3L3AA 5P8JA 6UPJA 5P3OA 3SKFA 3BXSA 4WY1A 2V16C 4JPCA 1B6JA 4ZIPA 5P13A 4B78A 1APVE 4D89A 3S56A 3OUCA 5P6BA 4F74A 1HSHA 3OUBA 1HSIA 4DPFA 5OZ7A 5C9DA 1G2KA 2FDPA 2WEBA 5P08A 5P62A 3URLA 2QAKA 1PPME 4Y4JA 5OYTA 5SY2A 2FMBA 2G1NA 3K5DA 2P8HA 2P3DA 4L7GA 4WTUA 3DV1A 1GVUA 5BWYA 2AZ9A 2QHCA 2PC0A 4I0GA 2I4XA 4FLGA 5DR7A 4FGXA 5P65A 5P5HA 5P5TA 2NMYA 1A30A 1HOSA 5DGWA 3QVCA 2OHSA 3PRSA 5KQZA 2P4JA 4KUPA 1AM5A 3EM3A 5P4TA 5OZSA 2P3BB 5P1KA 1LYWB 5P1AA 5P4AA 5P3IA 5P1VA 5P2SA 3MXDA 2B7FA 5P0WA 1HPXA 5P7FA 2H6SA 5P54A 1FFFC 4OBZB 1HBVA 5P4FA 4Y3JA 5P7BA 5OYZA 1EBKC 4B05A 5DR1A 1FQ6A 5P46A 5OZFA 1YTHA 3EM6A 3ZKQA 3U7SA 5HE5A 3RU1A 5P0MA 5P68A 2V10C 1CZIE 3O9GA 5P4WA 2J9JA 4S1GA 5P4CA 3CKPA 3QN8A 5P6TA 5P7OA 1Z1HA 4J1EA 3L5EA 5P7CA 1BILA 1MT8A 3OU4B 5P0NA 1BWAA 5P8CA 4DV9A 4GJDA 1IVPA 1LEEA 3UQRA 5KAOA 5OZ4A 2BKTA 3MSJA 3PI0A 1MRXA 3TOGA 5P07A 1SBGA 2VIEA 4GZFA 2R8NA 2PH6A 2NMZA 1FGCC 5JODA 4Y3SA 4Y57A 4Y5AA 5P4VA 2V12C 3DK1A 3OOZA 1DP5A 4I8WA 4FRJA 3VYFA 5P7UA 2R43A 4Y5PA 1YTJA 1TW7A 2PYNA 3GI4A 1C70A 4OBGA 3FNSA 3H5BA 2FNTA 4Y4EA 5P60A 2G26A 4DQBA 2I0AA 5P6DA 4NJSA 5P6YA 4I0IA 3SACA 2ZJHA 3D1YA 3IGBA 2IL2A 4I0ZA 4YOBA 3QBFA 3KMXA 4ZPEA 2B60A 4FM8A 3GGAA 2ZJJA 4APEA 5PEPA 3EL4A 3UQWA 3KFPA 1HVIA 3MWSA 1AXAA 3KN0A 1NPAA 2WF2A 4CPWA 2RSPA 2A4FA 2BJUA 4X2LA 2R5PA 4YD3A 3OUDA 3QBHA 3Q6YA 5IE1A 2OHLA 3K5FA 3SLZA 4A6BA 3ZOVA 3BHEA 3Q3TA 3T7XA 3PI5A 3VG1A 5P6AA 4DQEA 1BXOA 1BBSA 8HVPA 1BV7A 2WF3A 5P7MA 3ER5E 5P5NA 1FG8C 4CPXA 5P10A 3KT2A 3URIA 3L5DA 3S43B 1RPIA 4YOAA 2Q3KA 5P6SA 5P3PA 4H3IA 3EC0A 4Y5LA 2WEDA 5DR3A 2ZJLA 2HS1A 5IVTA 5OZCA 4Y3WA 4GYEA 5P5CA 1BDLA 5OYRA 5P48A 5P03A 3DCRA 5P2DA 4WY6A 5P75A 5P6QA 1TCXA 3FNUA 3UDMA 1M43A 4F75A 4J0YA 3T7PA 3NU9A 4Y45A 2I4QA 1EBZA 5P6EA 2BPXA 2B7ZA 2QZLA 3PLLA 5P67A 5P0FA 4CPSA 2QMPA 2RKGA 2O4KA 4D8CA 1FIVA 4FRSA 5P3JA 4HA5A 4GJAA 5P3ZA 4Y37A 2IKOA 4Y3AA 3O9BA 5P71A 1XDHA 5P6HA 2G22A 2ASIA 2XFKA 2Q55A 4J1HA 3K5GA 2P3CA 1LYWA 4N00A 1WKRA 4Y5KA 1T6GA 4U8WA 4Y3RA 2B42A 5P1FA 3LIQA 5P56A 5P5OA 2AZBA 2G69A 5P5RA 3CKRA 4K4RA 2QMDA 5P7PA 5DPZA 3UDHA 4KE1A 3TOHA 5IS4A 2OHMA 1QBSA 4BELA 4EQJA 2JYSA 3QP0A 4HLAA 3SM1A 5P3MA 2WL0A 1CMSA 2UY0A 1T7KA 2ER0E 2IGYA 3OHHA 4U7QA 5P12A 3EXOA 4RVXA 5P72A 4GJBA 5P40A 2OHRA 3ECGA 3OXWA 5OZJA 5P6NA 4CPRA 4QJAA 1BDQA 5P7VA 1QBRA 5P85A 1XL2A 1W5YA 4QJ2A 5HE7A 5P00A 5P1PA 4Y3QA 4PPHA 5P4GA 2I4VA 5P1RA 1HIVA 1M0BA 4GMIA 5P1OA 4TVHA 4QLHA 2AOJA 5OZUA 5T4SA 5P8SA 1EBYA 5P4QA 2VA6A 4Y3TA 3QS1A 5E5JA 3WZ7A 5P4HA 4RZ1A 2IGXA 2NTRA 4AUCA 5P05A 2FXEA 4TVGA 3S54A 3OK9A 1EPNE 4DQCA 2PWRA 1A9MA 4Y38A 1RQ9A 5P7YA 2OHKA 2QU2A 2PSUA 2ZHUA 1VIKA 4XX3A 3DOXA 1SGZA 5P3NA 2PWCA 3NDXA 2B8LA 4APRE 4OBHA 4PHVA 3IVHA 1HWRA 2HPEA 4PZXA 6FIVA 5KQFA 5OZRA 5B18A 1PFZA 4FS4A 3RSVA 2NPHA 5P2UA 5P0YA 3VFAA 1G0VA 5P23A 3ZKMA 3R2FA 4B1CA 5P7QA 3EBZA 4DJUA 3SFCA 4OBFA 1UH8A 1HXBA 3NDTA 2QI3A 1KJ4A 2FNSA 4H3GA 4DQHA 1N49A 4Y4WA 4RGHA 2QI7A 2PK5A 5ER2E 2UPJA 5P0PA 1W5XA 3GW5A 5BRYA 3S43A 1ZAPA 1T3RA 5SXNA 2BB9A 1HIIA 4L6BA 4AA8A 2V00A 2OHPA 4CPQA 4HVPA 2HB4A 4OD9B 4NKKA 5P7NA 4Y35A 5P2OA 5P1DA 5P5PA 1PSNA 5ENKA 5P3YA 5P5SA 1MIQA 3S53A 1W50A 1XE5A 3HAWA 2G24A 4RRSA 4DJXA 5P0VA 5P5JA 1E82E 1SMEA 5P0SA 5P2TA 4HDBA 4K4PA 4I8ZA 5P0DA 5P0QA 1MTBA 2VA5A 3LZYA 5P2YA 4DH6A 5P14A 5P2LA 4BEKA 1K6CA 5P24A 4Y4GA 3IXJA 5P8FA 5P27A 4H3FA 1FB7A 1LYAA 3DV5A 3OY4A 1GVXA 3NLSA 1B11A 3EKWA 1SDVA 5P02A 3RTNA 3AUPA 3BGCA 5P7GA 1VIJA 3RVIA 4Y4BA 4LXMA 3FKTA 1BXQA 1HTGA 4J54A 2OF0A 4GJ5A 1MPPA 2ZJMA 2Q15A 4GJ6A 3GI0A 3ZPUA 2ZJKA 4YBFA 5P5UA 5P25A 1UPJA 1HXWA 1MSMA 5P4XA 5P16A 2BPYA 1FQ4A 1KJGA 5OZPA 3WSJA 5P8PA 1AIDA 4L1AB 5OZ6A 3EM4A 2OHTA 4Y5BA 2G1RA 5P3DA 3SABA 1E5OE 1LF3A 4FE6A 2CENA 3R0WA 3Q70A 3QIHA 1APWE 5P1LA 4YE3A 2QCIA 4I0FA 1META 5P8TA 5OZQA 5P5QA 5P51A 2JJJA 2IEOA 3TTPA 1IIQA 3TLHA 4FM6A 1EAGA 3B7VA 4D88A 4XXSA 2AVOA 2O4PA 4K4QA 4FAEA 3GI5A 4I0EA 5P0BA 5P6MA 3T11A 4YCKA 3UPJA 2FGUA 5OZ2A 5P4MA 4A6CA 2ER7E 1C6XA 5OZHA 4DUSA 5DQ1A 5P0OA 4KE0A 5P7IA 3SA5A 4CPTA 2IRZA 5DQ4A 4HDFA 3UQUA 3L5FA 3LNKA 3JW2A 2MIPA 5P0XA 5HD0A 3ZL7A 4DQGA 5P2IA 2HM1A 3BVBA 2QMGA 5P76A 3AIDA 3LITA 4R93A 6APRE 3OU3A 3EL0A 2I0DA 2RENA 4H3JA 2I4DA 2JE4A 2IQGA 3EMYA 4LBTA 3VV8A 1FMUA 1IVQA 4Q1XA 3S8IA 3EKVA 3KDBA 5AGZA 5P7ZA 5P1QA 4J1KA 5P1YA 3KFNA 1ODWA 1MEUA 3OQFA 4FCOA 4EP2A 1AVFA 3UQXA 3NU5A 4M8XA 5C9FA 5P8IA 4F76A 5AHAA 3OGPA 3VV6A 3OU1A 5P31A 2HAHA 4I12A 5P0CA 5OYYA 5P2RA 5BS4A 5P3SA 3BC4A 5OZAA 1Z1RA 1B5FB 3PWMA 3BRAA 4ZLSA 5P2XA 1HEGE 4I0JA 2QZWA 1FG6C 1PSAA 3SA4A 4YBIA 5OZBA 3HZCA 1EBWA 4OC6A 4LL3A 3HW1A 2WJOA 4LAPA 2Q11A 5ER1E 3INDA 2AOHA 2R3TA 1HPSA 5DQCA 2EWYA 5DR8A 2Q5KA 4ACXA 3T3CA 2F3EA 4J5JA 5HDZA 1AAQA 1IDBA 5OZYA 4R92A 2AIDA 4DJVA 4Y9WA 3I6OA 1D4IA 3UF3A 1FMBA 4Y4XA 3G72A 4RROA 5P7KA 5P0EA 2QD7A 3CIBA 2VNNA 4DJQA 4MC9A 3OAGA 3BUGA 3QAAA 3QRVA 1HVCA 2FGVA 5P5KA 1D4HA 4Z22A 3A2OA 3IN3A 5AH7A 1K1TA 5HCOA 4XX4A 4K8SA 5P3VA 5P0IA 3BXRA 5P4BA 5P09A 3CYXA 4Y53A 5P0LA 1J71A 2F81A 3PM4A 4EJLA 2P83A 1IZEA 1K2BA 3ZKNA 3FSMA 5P37A 1MVPA 5P5IA 3O99A 1AZ5A 4RCEA 4D85A 5P52A 2ZHTA 2QD8A 2ZHRA 4B1EA 3S85A 1HVSA 5P2MA 4L1AA 5P39A 1XN2A 5P4NA 5P3RA 1EPPE 5P1SA 4J0VA 5HE4A 5AH6A 5I3WA 5P2CA 4ACUA 5P4ZA 2R38A 4Y3DA 2QNNA 1M4HA 5P15A 5I3VA 2Q63A 3C9XA 2UXZA 5HDVA 2PH8A 2AOCA 5P1BA 5P77A 4Y3MA 4Y3NA 3ER3E 4Y36A 2NXDA 5P82A 3GGVA 1HVRA 3EKYA 3OWNA 4YDFA 2O4SA 4TRYA 1FMXA 1FLHA 5P6XA 3LPJA 4B1DA 1LYBB 1CPIA 3O9HA 3OTYA 4DPIA 2AZCA 3JVWA 1E80E 5AHBA 5P86A 4BFDA 3G70A 2ZE1A 1ZPKA 2WECA 1D4JA 1TSQA 4Q1NA 3URJA 2FIVA 2P3BA 5P4DA 1RL8A 1EC3A 5COPA 2VA7A 5KR1A 4FM7A 3PEPA 4GJ7A 3LIVA 2JJIA 3Q5HA 3VLBA 4OBZA 5P0TA 3GI6A 1MUIA 4EXGA 1DW6C 1EPRE 1D4YA 3IAWA 5OZWA 4QJ9A 4FAFA 1HTRB 1BVGA 3QI1A 4GJ8A 5P3AA 3INHA 5P7HA 3NWQA 4ER4E 3HVPA 4HZTA 3NSHA 1LV1A 1SDTA 1EPOE 4Y41A 3O9LB 1FQXA 3EKPA 3OTSA 1FQ5A 1HRNA 3OU4A 1EEDP 3UDRA 4ER1E 4I1CA 1HVKA 5P8KA 4BFBA 3BVAA 4DQFA 5P7JA 1APUE 1IZIA 2ZHSA 5P1JA 1SH9A 3O9CA 3UDYA 3IXKA 5P4IA 3NU6A 4FRIA 4I10A 1APTE 1B5FA 5P83A 1LS5A 2QK5A 1FQ7A 2VNMA 1SGUA 1RNEA 4Z4XA 1QBUA 1SMRA 3PMUA 1TSUA 4Y47A 1W6HA 5P55A 3WB4A 5P26A 4Y44A 3VUCA 4RCFA 3BUFA 2G21A 5OYUA 3VF3A 5P1IA 1ZBGA 4B77A 5P06A 3OUAA 5P53A 2AOGA 4DVFA 5JFPA 4I0HA 2QZXA 3IXOA 3L5CA 5P4SA 3NR6A 3OHFA 1B6MA 4J55A 2XYEA 2QI4A 1ER8E 5P45A 3CIDA 3ZKGA 2WKZA 3VFBA 4CMSA 5P78A 4ZSPA 2RMPA 5P5MA 2APRA 1D4LA 2QI1A 5KOSA 2AVMA 2O40A 3PWWA 2QHZA 5C9BA 4Y3GA 5P47A 5HU0A 2R5QA 4JP9A 1GKTA 4J0PA 4MC6A 5OYWA 4NPTA 3HDKA 2QMFA 4EP3A 2F80A 3L59A 4R5NA 4DFGA 3G6ZA 4Y6MA 3L58A 1XL5A 4Y54A 5P2JA 5SY3A 2F8GA 1GNMA 5OZ1A 5P34A 5P2EA 1UH9A 5P6FA 3PGIA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1GVW A;  5IVQ A;  2VJ7 A;  4Y5N A;  5P79 A;  5KR2 A;  5P32 A;  1QRP E;  4Y3Y A;  5DQ2 A;  2RKF A;  4OC6 B;  5P1U A;  5JFU A;  4Y3E A;  3NWX A;  3INE A;  4YD5 A;  4Q5M A;  4Y3L A;  5P1C A;  1LYB A;  5KR8 A;  5P17 A;  5P0G A;  5P3T A;  4PZW A;  1HVL A;  3QRO A;  1YT9 A;  7UPJ A;  1AJV A;  5P2N A;  5P1M A;  5P33 A;  5OYS A;  3PBZ A;  3U71 A;  2I4U A;  1MER A;  1MTR A;  2VIZ A;  5P0H A;  5P2G A;  4LXA A;  3VEU A;  2G1S A;  5P6W A;  1YG9 A;  4Y51 A;  3DCK A;  1K6P A;  4QGI A;  3KYR A;  3OGQ A;  5OZK A;  3Q4B A;  3PJ6 A;  3APP A;  2CEM A;  5OZ8 A;  4FSL A;  1MES A;  4OBD A;  2J9K A;  3OAG B;  3OQD A;  3O9E A;  1NSO A;  1AJX A;  5P6V A;  4Y3F A;  1YM2 A;  5P59 A;  4QJ6 A;  1BV9 A;  2BBB A;  5CLM A;  3K4V A;  5P81 A;  2PMA A;  5HU1 A;  3OQK A;  1ZSR A;  2WF0 A;  4AZY A;  5P66 A;  3OXV A;  3NXN A;  3K4V C;  1C6Y A;  2G94 A;  4LXK A;  5P3U A;  5P04 A;  2Z4O A;  3NDW A;  5APR E;  5P11 A;  2G1O A;  2QP8 A;  3TH9 A;  3TL9 A;  5P7E A;  5P5E A;  3NU3 A;  4FRK A;  4R91 A;  2VIJ A;  5P4O A;  3RSX A;  3SQF A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3PHV A;  1ODX A;  2V11 C;  1T7I A;  4EPJ A;  5P0Z A;  3T7Q A;  1HVJ A;  3VLA A;  1QS8 A;  4DI2 A;  5P19 A;  1RV7 A;  4RCD A;  5SZ9 A;  4DJW A;  2QD6 A;  1LF2 A;  1IZH A;  5P49 A;  4M8Y A;  5HDU A;  3VSW A;  5OZN A;  3BGB A;  4Y4A A;  1W51 A;  3JVY A;  4MC1 A;  3K5C A;  1SIP A;  2NXL A;  5P4Y A;  3OUD B;  2NXM A;  3DUY A;  5P84 A;  2AVV A;  3I7E A;  5P4L A;  3VYE A;  1ME6 A;  5P7A A;  3SO9 A;  3D1Z A;  3M9F A;  2VJ9 A;  1EC0 A;  1T7J A;  2ZJI A;  3TPL A;  5P4P A;  2B8V A;  3UDK A;  3CKT A;  4YD4 A;  4AMT A;  1EPM E;  3O9L A;  1WBK A;  5P41 A;  3FIV A;  1NPW A;  1HPO A;  5P3K A;  4KB9 A;  2VIY A;  3TKW A;  2ZHV A;  1ENT E;  3DM6 A;  3OXX A;  4B00 A;  4Y4U A;  3INF A;  2JXR A;  3SPK A;  3D91 A;  3TNE A;  2AOD A;  5KOQ A;  3ZKS A;  1JLD A;  3APR E;  3PCZ A;  3PWR A;  5P6O A;  4ZE6 A;  4GID A;  5P3G A;  2FDD A;  5P8V A;  4R95 A;  5P35 A;  5P64 A;  1ZTZ A;  2FLE A;  1ZJ7 A;  1NH0 A;  4Y4D A;  1YX9 A;  4Z2Z A;  2VS2 A;  4YD7 A;  1LZQ A;  2WEA A;  5J25 A;  1EC1 A;  5P36 A;  2AOF A;  5P3X A;  5HTZ A; 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 2G20 A;  3R0Y A;  2A1E A;  5P88 A;  2AZ8 A;  5IVS A;  5P44 A;  2FXD A;  5P0J A;  5P01 A;  4ZSR A;  5OZM A;  2QI5 A;  3MSK A;  5P0A A;  3PSY A;  3QRS A;  1C6Z A;  1ZP8 A;  4K9H A;  5P5G A;  1FF0 C;  4RRN A;  5P3H A;  3ZMG A;  1BAI A;  4YHQ A;  2SAM A;  3KDC A;  3NUJ A;  5P2B A;  5P5L A;  2QHY A;  5P6K A;  3EKQ A;  1YM4 A;  2NR6 A;  4HDP A;  5P1N A;  3FV3 A;  2G27 A;  5P5F A;  3PMY A;  3QRM A;  3UQP A;  3UFL A;  2FDE A;  1QDM A;  5OZT A;  5P38 A;  3NUO A;  1BIM A;  5P8G A;  2PK6 A;  3EKT A;  5EZX A;  1IZD A;  3S7L A;  1WBM A;  3O9F A;  4ZPG A;  3CMS A;  3LIY A;  2QNQ A;  4R8Y A;  3CYW A;  4TRW A;  5P3E A;  5F00 A;  3OAD A;  5P3C A;  3L38 A;  1A8G A;  4ZEA A;  2IDW A;  1U8G A;  5P2Z A;  3LZV A;  4J1F A;  2BPV A;  2QZK A;  1K6T A;  5P50 A;  3EL1 A;  3KFS A;  3PBD A;  4RYC A;  4LHH A;  5P8O A;  5E5K A;  3UCB A;  5P7R A;  3T6I A;  2Q54 A;  3SA3 A;  1EPL E;  2ZJN A;  3O9D A;  1KJ7 A;  4Y4T A;  3WZ8 A;  4HEG A;  3CIC A;  2ANL A;  1A94 A;  3LHG A;  3VF7 A;  2Z54 A;  3LIX A;  3PVK A;  1XN3 A;  5P2Q A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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