1CPIA

Regioselective structural and functional mimicry of peptides. design of hydrolytically stable cyclic peptidomimetic inhibitors of hiv-1 protease
Total Genus 15

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
15
sequence length
99
structure length
97
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPVEIGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGTLNF

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
S1 (10-15)TVIII1 (5-8)O1 (8-10)S2 (18-24)S5 (52-65)S7 (84-85)TI1 (25-28)EMPTYS6 (70-77)S3 (32-33)TVIII2 (80-83)TIV3 (65-69)O2 (78-80)AH1 (87-93)S4 (43-49)Updating...
connected with : NaN
publication title REGIOSELECTIVE STRUCTURAL AND FUNCTIONAL MIMICRY OF PEPTIDES - DESIGN OF HYDROLYTICALLY-STABLE CYCLIC PEPTIDOMIMETIC INHIBITORS OF HIV-1 PROTEASE.
pubmed rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
total genus 15
structure length 97
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1995-10-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1cpiA00
5P20A 4N00A 4BFDA 3T11A 5P7SA 5P0IA 5P48A 5B18A 5P89A 1B6MA 4B05A 2VJ6A 4OBJA 1HPXA 1D4SA 2A4FA 4Y5NA 5P54A 5P87A 3SFCA 2ANLA 2RKFA 1Q9PA 3VYEA 4RCDA 5P0HA 5P4NA 3UDRA 3MSLA 3MSKA 2VNNA 4YD6A 5KR1A 4CPXA 4Y36A 2IS0A 4Y3TA 5P56A 3S56A 5P40A 2R9BA 2F3FA 2FDEA 5P6GA 3WB4A 4Y39A 5P2SA 5HE5A 1TCXA 5P1HA 5P18A 4Y4XA 3ST5A 3PWRA 5UPJA 5P26A 3SA4A 4Y3JA 2ZJIA 2F8GA 4DJRA 1SGZA 5P0XA 2OHMA 4Y6MA 3HBOA 3Q6YA 4K4QA 3OWNA 3QAAA 2ZHUA 4Q5MA 5P2KA 3D1ZA 4CPWA 5P0JA 3IA9A 3KA2A 2XYEA 5P6HA 4FS4A 4DJWA 2PK5A 5P7WA 4CMSA 2FDDA 1MTRA 3O9AA 2NMZA 4J0TA 4HVPA 4XX3A 4RVXA 3ZPUA 3BXSA 1UH9A 1CZIE 3DK1A 1IVQA 1D4HA 4RYGA 4R8YA 1T3RA 3PM4A 5P80A 4YE3A 1OEWA 5P6ZA 4J1EA 4Y3FA 4Y4WA 2A1EA 2FMBA 2WF3A 4ER2E 1A94A 4OBZB 5P3LA 3BGCA 5P46A 5AHBA 1GKTA 4EYRA 3D3TA 3OK9A 4QJAA 2QD6A 1PSOE 2WHHA 3QIHA 5P7CA 3OTSA 4YCYA 3VUCA 1RV7A 5P5YA 2BQVA 1EAGA 3SA6A 4DQGA 1HVIA 2NTRA 5P82A 5P5TA 5P83A 2FS4A 4FM7A 4H3FA 1C6YA 1RPIA 3EKQA 3KMXA 5P23A 5P0GA 4Y4GA 3LIZA 4J0VA 4BEKA 2R3TA 4BELA 4DUSA 4EXGA 4ZSQA 3L3AA 2QI1A 3CKTA 1ZP8A 4L1AB 5P8BA 3OUAA 3RTMA 1W5VA 4TRWA 2P8HA 4HLAA 3OXWA 3I8WA 5P4JA 5P02A 5P4CA 5OYSA 5KQFA 5P38A 1LYWB 3BUGA 4NJVA 3VLAA 2O4KA 5P3JA 5P8SA 3FV3A 5P3QA 5I3WA 2APRA 2OHTA 2O40A 2Q54A 4Y44A 5P74A 5P0YA 1XE6A 2VJ9A 3PSUA 3EL5A 1HEFE 2QMPA 2Q11A 2QI4A 2O4LA 5P5AA 1FFIC 4YA8A 5P5SA 5HE4A 5P7NA 5P6AA 1HTEA 2OHQA 3LZSA 3LZYA 2AODA 3K5GA 5OZLA 1YX9A 4FM6A 4MC9A 4RZ1A 2I1AA 3PEPA 1BAIA 2QZKA 4UPJA 5P8AA 2QI0A 5P17A 5P1TA 1EEDP 4YD5A 3JVYA 5E5KA 5P7PA 5P1NA 1OHRA 3T6IA 2ER6E 5HDXA 3PB5A 4RROA 5P7ZA 2V00A 2QU3A 1K6PA 2HC0A 3OUDB 2I4VA 5APRE 3UPJA 1B6KA 3OOZA 1RL8A 4J1KA 2ZJJA 3UDQA 2ZE1A 3IVHA 1MESA 3DV5A 4L7HA 5P78A 2SAMA 3Q70A 7HVPA 3VV6A 1D4LA 4RGHA 5P7JA 3SKGA 4XXSA 4EJ8A 5P6VA 4EJKA 5P7GA 1MTBA 4DJOA 1E5OE 5P79A 3T7QA 4F76A 5P5VA 5P7RA 5OYVA 2Q64A 2FGVA 4DI2A 4A6CA 1W50A 5P64A 5OZTA 5P6UA 3NYGA 3CYXA 3A2OA 5P1YA 4R95A 1HEGE 5AHCA 5P4WA 4GJ6A 2JYSA 1HSIA 5P0DA 4GJ5A 2G24A 3UQWA 4IVTA 5P3OA 2QD8A 3G70A 5P7XA 2XFJA 2P3BB 3OADA 2PYNA 3ZOVA 5P5XA 4NJTA 3IAWA 1QRPE 1DW6C 1E82E 4LP9A 2AZ9A 4F74A 5COKA 5P47A 2G1RA 2RENA 5P8RA 1W5XA 1EC1A 3TH9A 3DJKA 5P00A 3LIYA 3GW5A 5P81A 4WTUA 5P1ZA 5P1QA 4I0FA 4KUPA 1CMSA 5DR1A 5P1DA 5P22A 3GI6A 5ENKA 4APRE 4Y53A 7UPJA 4WY1A 2PSVA 1FQ5A 4HDBA 5P7HA 4F75A 3SA7A 1MUIA 4ACXA 4DPFA 3ZPSA 4RRNA 1ZBGA 2OHRA 4Y37A 5P4AA 3DUYA 5P8KA 1HIIA 4DJUA 3CICA 5DQ5A 4Y56A 1MSMA 2ZHRA 4GJ8A 5HDVA 1KZKA 3I7EA 4CKUA 3SA8A 4QJ6A 1MT9A 1HXWA 3KDCA 1SIPA 5P0QA 5P3CA 2HAHA 3NXNA 1KJGA 5P8DA 3FX5A 1EPOE 1AVFA 4FSLA 4DPIA 3URJA 5P70A 5P7BA 5P69A 5I3XA 5P49A 4Y51A 2WEZA 4L6BA 4JOOA 3QBHA 3NU6A 5P1JA 5P5NA 2FGUA 3BC4A 2Q15A 2F3KA 4A4QA 3UQPA 2WF0A 3ZKQA 2MIPA 4CPQA 2FNSA 4Y41A 4PZXA 3C9XA 5P72A 2ER0E 5KOSA 2QCIA 2QZWA 3CIBA 5P3HA 2P83A 3RTNA 5P4XA 3O9BA 5P2BA 2Q3KA 4ZSPA 3OQFA 2RSPA 5P19A 1XS7D 3QP0A 4RRSA 5OZVA 4KE1A 5P5BA 3KT2A 2QHZA 5P4VA 3D1XA 5EZXA 4Q1NA 3VF3A 5BWYA 4YD3A 2HM1A 3TOGA 5P03A 5P27A 2IGYA 5P2EA 5AH6A 1YM2A 3NDXA 2JJJA 3SAAA 4OBDA 4EPJA 2QU2A 3SACA 1LYAA 3WZ7A 2G1NA 5OZXA 3AUPA 1GNNA 1ER8E 2B42A 1DPJA 3IXJA 4K8SA 1HVHA 5AH8A 5P2WA 5P3MA 5P4IA 3PVKA 4HDPA 5P3WA 4GJAA 4JECA 5P14A 3MXEA 2JE4A 4R93A 2AZ8A 5P8VA 2BPXA 2V11C 3OU3A 3INHA 1EPNE 4JP9A 4RVJA 5OZMA 5P3GA 5P51A 4HDFA 3URLA 5SY2A 5P8EA 3OU1B 5P0PA 3BVAA 3IGBA 4Q1YA 1D4JA 4EP2A 1APUE 5P2TA 1HTFA 1HTRB 3OY4A 4YCTA 5P0VA 3HD8A 4YCKA 3QS1A 4Y4DA 5P3VA 5P7MA 3LZUA 6FIVA 2ER9E 4ZPGA 1XDHA 5P4YA 2QD7A 1RQ9A 4K4PA 1E81E 3K4VA 4I0ZA 1EC2A 1F34A 3LNKA 1BWAA 4M8XA 5DQCA 2BB9A 2F80A 5OZOA 2G20A 3GI4A 5P6JA 4I1CA 1NSOA 5JG1A 2ZJNA 5P6SA 1ODXA 5P7EA 4ZLSA 1HVRA 5AGZA 5P7AA 1AIDA 3N3IA 4DJYA 3VF7A 5F01A 3VG1A 5P6LA 5DGUA 1IVPA 3BGBA 5P0EA 5P2MA 4FIVA 4FAEA 2QHCA 2G69A 4DJXA 3TPPA 4Y50A 5P09A 4GJ9A 5P04A 3L38A 3OQDA 5OZIA 5P3IA 3KFNA 2AVMA 4YD4A 2J9JB 1BDRA 1VIJA 1HBVA 1TW7A 4FAFA 5SZ9A 4Y3YA 4J1CA 1XL5A 4J0PA 3S43B 1ZJ7A 3ER3E 4Z2ZA 4ZPFA 2CENA 5P36A 5P53A 5P6TA 3TTPA 5OZJA 5P0AA 5BRYA 5P0SA 2HB2A 4HEGA 3EKYA 1KJ4A 5DQ1A 5BS4A 5C9BA 1XE5A 3EL9A 5HDUA 5P7TA 1FG6C 2QK5A 5COPA 4LXAA 5P1FA 3SQFA 1HSGA 5C9FA 3FKTA 4CPSA 2WL0A 4Y4BA 5OZNA 3APPA 4DVFA 5P5EA 5DQ4A 3FIVA 1GVUA 1FMBA 2G22A 1HWRA 2H6TA 3TOHA 5P7VA 5P68A 5DR7A 5OZ2A 5P4BA 5T4SA 3OXVA 4EWOA 3O9DA 4OD9B 1B6PA 4QLHA 5P1SA 2ZJKA 2ZJHA 4Y54A 2QP8A 5P12A 3O9LB 3PMYA 1META 1U8GA 3Q4BA 2QNQA 3OUDA 4EHCA 5P7LA 5P2CA 1HPOA 3QRSA 5DR4A 1HVCA 5P6NA 1FF0C 4HA5A 3GGXA 3DOXA 3LPKA 4U7VA 1SDVA 5P3UA 3O99A 5P0MA 1HVKA 4NPUA 2PYMA 5P1LA 3SKFA 5IVRA 5HTZA 3WSJA 3WZ8A 4U7QA 1ZLFA 1QDMA 5OZBA 2ZGAA 1BBSA 2Z54A 1FKNA 1B11A 3PCZA 3NDWA 3VFAA 3KT5A 5P88A 4H3IA 3TL9A 3O9HA 4Y43A 3RU1A 2P4JA 5E5JA 5P6DA 5OZFA 5P3RA 5OZRA 1FQ6A 1EPLE 3S7LA 4R5NA 3M9FA 3L5CA 4MC6A 5P0ZA 1YTGA 2I0AA 5P3FA 2EWYA 3CKRA 2OHNA 4D8CA 2IDWA 3HAUA 1ME6A 2OHSA 3SM2A 2FXEA 2WF1A 3OQ7A 3EKWA 4Y45A 4Y4TA 3ZL7A 2IL2A 5P52A 1QBRA 3L5DA 4AA8A 1AAQA 5P16A 4CPUA 2NR6A 2Z4OA 5OYRA 3APRE 4M8YA 5KR8A 4PPHA 1LYBB 2G21A 3NUOA 2FLEA 5P7QA 5OZCA 3BXRA 2CEJA 1IZEA 3ECGA 4EQ0A 3L5EA 5P2RA 4H3GA 3NSHA 4Y3HA 5P85A 3PI0A 4Z50A 3KMYA 5P0NA 2JJIA 5OYTA 4B70A 5IVQA 1PROA 3SA5A 2V16C 3KFRA 5P73A 1UH7A 4Y3XA 5P76A 2OF0A 4Y5BA 2QI6A 3SO9A 1EBYA 5DQ2A 3UF3A 2IKOA 2ZHTA 4Y5AA 5HVPA 5P3NA 2AOEA 3DCKA 4LC7A 1WBMA 3NR6A 3ZKGA 3D1YA 1BWBA 5P2UA 1D4YA 5HD0A 3RTHA 4Y48A 3D91A 5P3SA 3WZ6A 1MERA 3OU4A 3NU4A 1Z1RA 1DP5A 4RYCA 5P8JA 1YG9A 4FRJA 1BVGA 3KDDA 2HB4A 3OUBA 2OAHA 2AVOA 1FEJC 4LL3A 4ZSMA 4R92A 5P5ZA 3O9GA 5OZ8A 2PMAA 5AHAA 3PHVA 5P2GA 1T7IA 3FNTA 5P33A 5P1XA 5P4SA 4Y3EA 4GZFA 2VA6A 5FIVA 1EBWA 3VYDA 5P6IA 1APWE 3QRVA 1GNMA 4B1DA 5DR3A 5IS4A 5P25A 3BVBA 3EM4A 1NPVA 2ER7E 5P0BA 1Z8CA 1APTE 5P8PA 3BRAA 1QBTA 1NPWA 1BVEA 3UHLA 1YTIA 1BIMA 3WB5A 3L5BA 3VV7A 4DFGA 4YD7A 2R43A 2VIEA 4FE6A 4U8WA 4YOAA 5OZYA 4LAPA 3EBZA 3RSXA 1GVTA 5OZ6A 5P3KA 3VEUA 2AVVA 1BXQA 1W5YA 4GMIA 4XX4A 5P5UA 1EBKC 5KOQA 4WY6A 4I0DA 1YM4A 1LEEA 2VA5A 4S1GA 5P50A 1UH8A 5P3BA 1HVSA 3PSYA 3TKGA 5P42A 3NU9A 2QNNA 4ZIPA 3FNUA 5P7OA 1EPRE 5P3ZA 3F9QA 5P77A 5P65A 4J55A 3IXOA 1K2BA 5P8FA 3OTYA 5P1WA 2QMDA 4DQBA 3DM6A 1EPQE 4OBFA 3AIDA 3OGQA 1A30A 4KB9A 1T7KA 2UPJA 4ACUA 1FMXA 4MC2A 4Y5PA 1FLHA 4GJ7A 4Y47A 5P8LA 2IEOA 5P1OA 4Y5KA 4OBGA 5CLMA 4RCFA 1K6CA 4OC6B 4FCOA 4ZEAA 1K2CA 5OZ0A 5P7DA 1FQ4A 2NMYA 3H0BA 5JFPA 3INDA 1FQ8A 2V12C 3QVCA 5OZ3A 2NXLA 1FMUA 3LINA 5P06A 5OYWA 5HE7A 4GJCA 1TZSA 5P1MA 1PPKE 4H1EA 1W6HA 5P6KA 3S7MA 3EKXA 2ASIA 4I10A 4AA9A 1C6ZA 1HPSA 2R5QA 1AM5A 3PLLA 1AJXA 3JW2A 1SMEA 2QZXA 4I0EA 5P6YA 5OZSA 3QN8A 1SDTA 2V13A 4I0GA 5P5IA 3JVWA 4ZE6A 4D88A 3S85A 1HPVA 2HIZA 2P3DA 5P31A 3UDJA 1A8GA 5HCOA 1IZDA 5P1IA 4Y3PA 3Q3TA 1E80E 4Y3MA 5P7YA 2G1YA 3UFNA 4LXMA 2QI7A 5P4TA 4I0HA 5P62A 1G0VA 3LIXA 3INFA 3UTLA 3HLOA 5P5GA 2J9JA 4J1HA 3QRMA 2G27A 2P3AA 1IZIA 3OXXA 3NDTA 5P2IA 2BPYA 4DQCA 3OAGB 1DAZC 1K6VA 5P0LA 5P1RA 5P6CA 4DH6A 3NXEA 5P11A 3GGVA 1SH9A 3QBFA 2PWCA 3S43A 1FFFC 5P5HA 2ZHSA 4AUCA 2CEMA 1XN3A 5P8CA 5P30A 5P1PA 1LS5A 3U6AA 1C70A 5P6XA 4FRKA 5ENMA 5P8OA 3FNSA 4TVGA 4CP7A 4Y5EA 3DV1A 3R1GB 4Y5MA 1EC3A 5OZPA 1SIVA 1HOSA 2VS2A 3PMUA 5OYUA 2G1OA 5P63A 5P4ZA 5OZ9A 1SP5A 2ZHVA 3VSWA 2VIZA 4Y3SA 2WJOA 2NNKA 5COOA 4EJDA 5P6PA 4Y57A 2F3EA 1QS8A 2OHUA 5P1CA 3LZVA 5HCTA 4YBIA 3EXOA 1TQFA 5KQXA 2RMPA 5P8TA 3T7XA 5P15A 4FM8A 3BUHA 2R38A 5P5QA 5P3TA 1GVXA 4OD9A 3O9FA 4Y3AA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P20 A;  4N00 A;  4BFD A;  3T11 A;  5P7S A;  5P0I A;  5P48 A;  5B18 A;  5P89 A;  1B6M A;  4B05 A;  2VJ6 A;  4OBJ A;  1HPX A;  1D4S A;  2A4F A;  4Y5N A;  5P54 A;  5P87 A;  3SFC A;  2ANL A;  2RKF A;  1Q9P A;  3VYE A;  4RCD A;  5P0H A;  5P4N A;  3UDR A;  3MSL A;  3MSK A;  2VNN A;  4YD6 A;  5KR1 A;  4CPX A;  4Y36 A;  2IS0 A;  4Y3T A;  5P56 A;  3S56 A;  5P40 A;  2R9B A;  2F3F A;  2FDE A;  5P6G A;  3WB4 A;  4Y39 A;  5P2S A;  5HE5 A;  1TCX A;  5P1H A;  5P18 A;  4Y4X A;  3ST5 A;  3PWR A;  5UPJ A;  5P26 A;  3SA4 A;  4Y3J A;  2ZJI A;  2F8G A;  4DJR A;  1SGZ A;  5P0X A;  2OHM A;  4Y6M A;  3HBO A;  3Q6Y A;  4K4Q A;  3OWN A;  3QAA A;  2ZHU A;  4Q5M A;  5P2K A;  3D1Z A;  4CPW A;  5P0J A;  3IA9 A;  3KA2 A;  2XYE A;  5P6H A;  4FS4 A;  4DJW A;  2PK5 A;  5P7W A;  4CMS A;  2FDD A;  1MTR A;  3O9A A;  2NMZ A;  4J0T A;  4HVP A;  4XX3 A;  4RVX A;  3ZPU A;  3BXS A;  1UH9 A;  1CZI E;  3DK1 A;  1IVQ A;  1D4H A;  4RYG A;  4R8Y A;  1T3R A;  3PM4 A;  5P80 A;  4YE3 A;  1OEW A;  5P6Z A;  4J1E A;  4Y3F A;  4Y4W A;  2A1E A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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