1D4SA

Hiv-1 protease v82f/i84v double mutant/tipranavir complex
Total Genus 14
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
14
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPFNVIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structure-based design of HIV protease inhibitors: sulfonamide-containing 5,6-dihydro-4-hydroxy-2-pyrones as non-peptidic inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEIN (HIV-1 PROTEASE)
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 14
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1999-10-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1d4sA00
2P3DA 3BVBA 3ECGA 4QJAA 1HTGA 5P6PA 3KDDA 2QHYA 5OZAA 3SA9A 4YDFA 4Y5CA 5P2RA 2R3TA 3D3TA 3PWMA 2QZKA 5P76A 5P1QA 3KM4A 5P2FA 3TOHA 1SP5A 2BQVA 5P8CA 1HOSA 4FRSA 1FLHA 4Y3WA 5P4JA 4FRJA 2G26A 5P0PA 3PHVA 3EM6A 2FGVA 1ZPKA 3IXOA 5P8NA 4RRNA 3PMYA 4BFDA 4IVTA 3QP0A 2Q64A 1CZIE 1FQ5A 4OC6A 3S2OA 5P16A 5OYXA 3D20A 5P82A 4ZE6A 1K6CA 4L6BA 4N00A 5P4AA 4DQHA 2VA5A 3LZUA 5P14A 2ZE1A 2VNNA 2WEZA 2QNNA 3HLOA 2Q55A 5P53A 3O9DA 5SY2A 2Z54A 3EBZA 5P1CA 5P2KA 1M4HA 4FGXA 4PHVA 5P6YA 3HVGA 5DR4A 3BUGA 2QI6A 1HEFE 1MRWA 2V0ZC 4NPUA 1IZDA 1MT7A 4I11A 1A8KA 9HVPA 2BPXA 1WBMA 3G70A 2AZBA 5P0SA 2OF0A 1EPPE 3DCKA 3K5FA 3G72A 1ZJ7A 2AOHA 3ER3E 2OHMA 3QN8A 3NU9A 5P7MA 1T6EX 4YOAA 3PCZA 3WB5A 1LF2A 1MT9A 5P0YA 5P56A 1KJ7A 1W5XA 5P01A 5P11A 5HU0A 5P78A 3OXCA 1SMEA 2V12C 1FF0C 1SDVA 4J1KA 5P4YA 4CKUA 4DJWA 3TKGA 5TOLA 5DPZA 5P57A 4FRKA 4Y4GA 5P48A 2JYSA 5P8IA 4NJTA 5P4GA 5P4SA 1LYBA 5IS4A 4J1FA 3MSKA 4DQFA 5P88A 2HB3A 3WZ6A 1OEXA 1QBRA 2NMYA 3NYGA 5P8AA 1EBZA 4LAPA 1WBKA 2IGYA 3NSHA 4YHQA 5P18A 1ODYA 2NR6A 4LC7A 5OZXA 5P1AA 3UQXA 2JJIA 2FNTA 5P42A 3KDBA 2QZLA 2WEDA 5P3PA 3CICA 4FSLA 4AMTA 1XN2A 1MSMA 2SAMA 3U71A 1SDTA 3LIZA 2Q11A 5P58A 5P1OA 3O9IA 2ER0E 4J1CA 5P77A 3BGCA 4EP3A 2XYFA 1YM4A 2VJ7A 4Y3SA 3NWQA 4CP7A 4OD9A 2FXDA 5P04A 5OYQA 3OTYA 3T7QA 4U8WA 1F7AA 2P3BA 4YBFA 3VFAA 4OBDA 5P27A 5P1ZA 1TSUA 5P47A 5OZKA 4OBGA 3HAWA 1NPWA 3BXRA 3PWRA 4TRYA 1TCWA 3GGUA 3SA8A 3EM4A 1T6GA 3IXKA 5P8GA 1A94A 5C9DA 5P0GA 2OHTA 2R8NA 3OUDB 5P43A 3LPKA 4HZTA 3SACA 1CMSA 4RLDA 5P4VA 5P26A 1UH9A 5B18A 5HU1A 3FX5A 4DPIA 3INDA 5P5OA 1B6LA 3OHHA 3OU4B 3SA6A 1HXBA 5P7WA 3RTHA 3TTPA 5P22A 5P5VA 2ANLA 3UCBA 3ZLQA 4Q1XA 5P41A 1NPAA 4Q1WA 5P0AA 5P6OA 5P8MA 4J1EA 4BELA 5OZ9A 3OXVA 4J5JA 2HC0A 2O4LA 1IZIA 5OZDA 3O9BA 3UF3A 2Q63A 1BAIA 1EPQE 2F3FA 3OQAA 2ZJHA 2AZ9A 4ZSMA 4A6CA 3IGBA 2CEMA 1HVJA 2QD8A 3QAAA 2NXDA 3BXSA 3DV5A 3RSVA 1K6VA 2ER9E 5BWYA 3JVYA 1C6ZA 5P0LA 2NXMA 2AVQA 3CIBA 2B8LA 1YX9A 4F75A 2V11C 3K1WA 4ZIPA 1MSNA 3OADA 2ER6E 1YT9A 4EHCA 3U6AA 5OZZA 5P1GA 1FQ6A 5OZNA 3HAUA 3DUYA 5AHAA 4K4RA 2JXRA 1TQFA 3RU1A 4JOOA 2O4PA 3UQUA 2I0DA 1CPIA 4Y3QA 2NXLA 2UY0A 3GGVA 1FQ8A 5BS4A 5AHBA 4RVJA 2WEAA 2QU2A 2PC0A 3ZKXA 1EC3A 1GKTA 2Z4OA 3UDRA 2AVSA 4HEGA 1LZQA 5P71A 5OZ5A 5P12A 4Y3TA 1AVFA 4LP9A 2F81A 4GJCA 4Y3LA 3NR6A 1BV7A 1K6TA 4Y3YA 1ZAPA 5P7IA 1DAZC 2MIPA 5P6SA 4AZYA 2ZHVA 4HA5A 4FAFA 2FDPA 2NPHA 3D1YA 3OAGB 1FG6C 5ISJA 4PYVA 1BDQA 1SGUA 3K5GA 1W5WA 5IVRA 1D4IA 5P80A 3WSJA 1HPOA 3EKYA 5P3NA 5DR0A 3BVAA 3UDJA 4ER4E 1EAGA 1HVRA 5DR8A 3GGAA 5P0EA 1B6MA 1BXOA 2HS1A 2V16C 3DV1A 3AUPA 4Y53A 3ZKMA 4AA9A 3PLLA 4RROA 3TPPA 3T3CA 3JVWA 5P30A 3MSJA 3TPLA 3L38A 3L59A 1SIVA 4DVFA 4Y5PA 2QHZA 4TVHA 4U7VA 4Y9WA 4Y3XA 4YA8A 4OBFA 4Y56A 2UXZA 3SM1A 3H0BA 2VIEA 5P3GA 4I0JA 1SDUA 5EZXA 3EKXA 5P83A 5T4SA 1M0BA 5P8VA 1KZKA 1YTJA 3PCWA 4L1AB 5P3IA 4RCFA 5HDUA 1HTEA 5OZ0A 5OZ7A 5P3WA 4I0ZA 4B70A 4GYEA 1KJFA 2G21A 1HIVA 3DCRA 4Y3PA 4Y5EA 1OHRA 1UPJA 3BRAA 3OXXA 3UDYA 1PPLE 3ZKGA 5PEPA 2OHSA 3I6OA 2HPFA 2XFKA 3QRSA 5P1JA 3L5CA 2WF4A 3TKWA 3K4VA 1M43A 2V13A 2HIZA 3GI6A 4YD3A 2PYMA 1XL5A 4DQGA 3O9LB 5OZ4A 5P8OA 1FQXA 1HTFA 5I3XA 3OOTA 5P7QA 5P61A 5E5JA 5P67A 1YTIA 1AIDA 4OBKA 4QJ7A 5P7RA 5P7HA 3NU4A 3R0WA 2VJ6A 2QMPA 4DJXA 5P3JA 3ZPTA 4Z50A 2BBBA 5IE1A 5P5YA 1F34A 2RSPA 2IKUA 4Y44A 3S7MA 2HB4A 5UPJA 4J17A 3WZ7A 3JW2A 1MTRA 2WF1A 3L5FA 1BVEA 5P5PA 2G1YA 3ZKSA 2FDEA 3MXEA 5ER2E 5P4KA 1T3RA 5OZ6A 3URJA 4NPTA 1BBSA 2Q3KA 5P4ZA 4B78A 4ER2E 3KDCA 1GNNA 2G24A 2QD7A 3HD8A 5P5UA 3T11A 1VIKA 5P4RA 4D85A 4KB9A 2NTRA 5P20A 4EWOA 3PLDA 5P6JA 4LHHA 3PJ6A 4IVSA 4Y5BA 4QGIA 4H3GA 3SABA 2AVOA 4J1HA 5IVSA 4DJUA 4YOBA 5P2VA 4JPEA 3Q4BA 5P35A 5P63A 5OZEA 4LL3A 1PSNA 5P3TA 5I3VA 3OUDA 1GNOA 1SBGA 4DJYA 5P4PA 3SKGA 3UDKA 2ZJIA 5C9FA 1BWBA 5P4XA 5P79A 1A8GA 5P0XA 5P3FA 1A9MA 4DV9A 4Y35A 1MIQA 3UDMA 2JE4A 5P28A 5P2XA 4GJ6A 5P0JA 5P5FA 4CPTA 1AZ5A 1APUE 3SPKA 1W6HA 3KFRA 5P60A 4D83A 5P32A 3OGQA 3BC4A 4Y3GA 3URLA 4TRZA 5P00A 4RVXA 5HDVA 3TOGA 2PSUA 1G0VA 1G35A 5P7YA 3OY4A 4BEKA 5P25A 2QK5A 5P2JA 5P4IA 4F73A 4LXMA 4Y3MA 2B7ZA 2R3WA 4WY6A 1TCXA 2FXEA 5P5ZA 3PI5A 2G22A 3T6IA 5P1RA 3UDHA 4GB2A 1W6IA 1BDRA 4H3FA 4Z2ZA 5JG1A 4NJUA 2RKGA 5OZVA 5P3OA 3QVIA 3KT2A 3KFPA 5P2AA 4OBJA 5P0KA 1DP5A 2QI1A 4GJ8A 1D4JA 5P8QA 1BVGA 2O4SA 4GJ9A 1EBKC 4FCOA 1BWAA 3NDTA 3OQFA 3UFLA 2R38A 3LINA 3EXOA 5P3LA 5P7SA 3Q5HA 5KQZA 2O4NA 1EPNE 5P51A 5P0IA 2FIVA 5COKA 5P44A 4YBIA 3PWWA 5P8TA 5P3XA 3PMUA 5P08A 4EP2A 2I4XA 5P6IA 2B42A 2WF3A 2FLEA 2ZHTA 2XYEA 5P0ZA 2WF0A 2OHPA 5DQ4A 5P2SA 3C9XA 1D4KA 1RV7A 4B00A 2H6TA 4ER1E 3UQPA 3SA3A 3GI0A 5OZQA 1EPLE 4Y4JA 4J54A 3OAGA 3L3AA 5P52A 2PH6A 4RCDA 2JJJA 5BRYA 4WTUA 5IVQA 1DPJA 4Y3DA 3D91A 4EJKA 2O4KA 2G20A 2QD6A 5P17A 5P7LA 5F00A 3T7PA 1PROA 5P6DA 4FL8A 4CMSA 5P1UA 2Q15A 5P4DA 1EC1A 2OAHA 3GW5A 3N4LA 5P31A 5P4FA 3INEA 5P10A 3QROA 5P5EA 4ZLSA 5KAOA 5P6BA 4Y4UA 4K4QA 4Q1YA 5AH8A 3EL5A 2OHKA 1SIPA 4Y41A 5P1DA 4GJ5A 4FRIA 3TPJA 1K2CA 1K6PA 1HEGE 3VUCA 2AOFA 5OYSA 3VV6A 2I4QA 4KE1A 2ZJMA 1MTBA 3NDXA 1GVUA 1AXAA 2QZXA 3EKQA 4Y47A 5P4WA 1FKNA 1ME6A 3NWXA 4L1AA 3SFCA 4I0EA 4GZFA 4AUCA 2G1NA 1LYWA 6FIVA 3ER5E 5AGZA 5P3CA 1YM2A 3HW1A 1LYAA 1E81E 3UPJA 4F74A 4CPSA 2UPJA 1AJVA 5OYWA 5HTZA 2V10C 3O9AA 4I0FA 1A30A 5P38A 4A4QA 5P8UA 2PQZA 1FMBA 1EPRE 1HPXA 3F9QA 2CEJA 2G27A 3LIQA 2B7FA 5OZFA 2HB2A 3O9LA 5P7JA 1QBSA 4ZPFA 4K4PA 1RQ9A 3N3IA 4MC1A 4ZSRA 4ACUA 3Q6YA 3S56A 2ZGAA 4Y48A 2I4DA 4DFGA 5P05A 5P5HA 1HSGA 4ZPEA 1QRPE 1KJHA 3BUFA 5KQFA 2APRA 3CYXA 5P5JA 1K1UA 2AOEA 3S8IA 1MEUA 5HD0A 2CENA 2VNMA 3O9FA 5P0DA 3TH9A 1IIQA 4AA8A 3VLBA 2G69A 4ZSPA 4I0HA 5P6QA 5AH9A 5P59A 3LPJA 2RMPA 4RYGA 5P33A 2OHQA 2QZWA 1T7KA 5P6WA 2QI4A 3VF7A 5P1TA 2OHNA 3IVHA 2AIDA 5P6ZA 5P6LA 3NU3A 1PSAA 1OEWA 1FFFC 3R2FA 5P6MA 5P2HA 4KE0A 3S7LA 3QPJA 5P46A 3IXJA 5OZRA 5P8RA 3FNUA 5P15A 5P6NA 2IRZA 5P34A 3EL0A 4YCTA 4FAEA 5SXNA 1K1TA 2I4VA 4OBZA 4Z22A 2PMAA 3VV8A 1FFIC 2AVMA 2VIYA 5OZUA 5P8EA 5OZMA 5OZBA 2BB9A 5P1XA 5AH6A 3H5BA 4Y45A 4RYCA 4B1CA 5KR1A 4Y3HA 5P2WA 4H3JA 1QS8A 1FGCC 2OHRA 3QRVA 5P4CA 3LIXA 3UDQA 1MVPA 1TZSA 1IDAA 5P0MA 2ZHRA 2HS2A 1PPKE 5HVPA 2PSVA 1MRXA 4I1CA 5P1NA 1HVLA 4TRWA 2Q5KA 4XX4A 3S85A 3M9FA 1XE5A 4QLHA 4EXGA 2IKOA 5ENKA 5HE5A 1IZEA 4Y6MA 1UH8A 4L7GA 3OUAA 5P1PA 2FMBA 1EBWA 1AM5A 1D4YA 4Y57A 4Y3AA 3LIYA 5P1EA 3CYWA 1META 4FSEA 4L7HA 3DJKA 5P5QA 3I8WA 5P7OA 2ZHUA 3SLZA 5P5MA 5P2TA 4Y38A 4Y4BA 3O99A 5HE4A 3VF3A 3L5BA 5P8JA 4MC9A 4A6BA 1JLDA 3OHFA 4GJDA 4RCEA 1HSHA 4ZEAA 5P0WA 3EL4A 4HLAA 4EJLA 4PEPA 5P2QA 1KJGA 5P5IA 5HCTA 3FNTA 2PK6A 3URIA 5P1SA 1C6XA 1MUIA 2NNKA 4ZPGA 8HVPA 3OUCA 4I0IA 1LYWB 4JPCA 4EJ8A 2QP8A 3IN3A 1LYAB 1WKRA 1HSIA 2QMGA 5OZIA 1APVE 3NDWA 1W5VA 4JECA 5P03A 4DJVA 3UDPA 1HVSA 2NMZA 3HZCA 5P7BA 2J9JB 3CKTA 4EYRA 2QNQA 5P7TA 4PPHA 2ZHSA 4FIVA 2P3AA 5P3HA 5P7AA 4R8YA 3VYFA 1C6YA 5OZWA 3PB5A 1U8GA 3LPIA 1LV1A 5OZ2A 2QI3A 5JFUA 3APRE 3CKPA 1IZHA 4LXKA 3UQWA 4I12A 5P5KA 2RENA 3EC0A 5P5SA 5P0RA 5P6CA 3LNKA 4I10A 5HDXA 4HDPA 5P8FA 3MWSA 1FQ4A 1XN3A 4X2LA 3S54A 4Y51A 3GI5A 1G6LA 1VIJA 4JP9A 5P7UA 5P68A 1IVPA 1FIVA 3PSUA 4R93A 5P5XA 3PEPA 3OU3A 5P4MA 4YE3A 4Y5LA 5KR2A 3HDKA 4Y5GA 2VS2A 4YD5A 4I0GA 4Y58A 1B6KA 5P7DA 7HVPA 4J0YA 4FS4A 3PVKA 5P5BA 4DJRA 5P0UA 4EQJA 2OHUA 4DH6A 3NU5A 5SY3A 5P4EA 3SM2A 4H3IA 3UFNA 5P3BA 2HPEA 2ZJLA 4B1DA 5ER1E 3OK9A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2P3D A;  3BVB A;  3ECG A;  4QJA A;  1HTG A;  5P6P A;  3KDD A;  2QHY A;  5OZA A;  3SA9 A;  4YDF A;  4Y5C A;  5P2R A;  2R3T A;  3D3T A;  3PWM A;  2QZK A;  5P76 A;  5P1Q A;  3KM4 A;  5P2F A;  3TOH A;  1SP5 A;  2BQV A;  5P8C A;  1HOS A;  4FRS A;  1FLH A;  4Y3W A;  5P4J A;  4FRJ A;  2G26 A;  5P0P A;  3PHV A;  3EM6 A;  2FGV A;  1ZPK A;  3IXO A;  5P8N A;  4RRN A;  3PMY A;  4BFD A;  4IVT A;  3QP0 A;  2Q64 A;  1CZI E;  1FQ5 A;  4OC6 A;  3S2O A;  5P16 A;  5OYX A;  3D20 A;  5P82 A;  4ZE6 A;  1K6C A;  4L6B A;  4N00 A;  5P4A A;  4DQH A;  2VA5 A;  3LZU A;  5P14 A;  2ZE1 A;  2VNN A;  2WEZ A;  2QNN A;  3HLO A;  2Q55 A;  5P53 A;  3O9D A;  5SY2 A;  2Z54 A;  3EBZ A;  5P1C A;  5P2K A;  1M4H A;  4FGX A;  4PHV A;  5P6Y A;  3HVG A;  5DR4 A;  3BUG A;  2QI6 A;  1HEF E;  1MRW A;  2V0Z C;  4NPU A;  1IZD A;  1MT7 A;  4I11 A;  1A8K A;  9HVP A;  2BPX A;  1WBM A;  3G70 A;  2AZB A;  5P0S A;  2OF0 A;  1EPP E;  3DCK A;  3K5F A;  3G72 A;  1ZJ7 A;  2AOH A;  3ER3 E;  2OHM A;  3QN8 A;  3NU9 A;  5P7M A;  1T6E X;  4YOA A;  3PCZ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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