1DMPA

Structure of hiv-1 protease complex
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
98
Chain Sequence
PQVTLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEIGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Improved cyclic urea inhibitors of the HIV-1 protease: synthesis, potency, resistance profile, human pharmacokinetics and X-ray crystal structure of DMP 450.
pubmed doi rcsb
molecule tags Aspartyl proteinase
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
total genus 16
structure length 98
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1996-11-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1dmpA00
5P8TA 4EJLA 3KMXA 4Y5BA 5P4JA 1HVHA 3K5CA 3FNSA 4I11A 2QMDA 5P43A 1HTEA 4L1AB 1IVQA 5KAOA 5AH9A 3PSGA 2VA7A 2OHMA 1DAZC 4RGHA 4Q1NA 7HVPA 1CPIA 3EKVA 1EPPE 3K1WA 5P4IA 1LV1A 4YDGA 4YOAA 2VIEA 3KT5A 3LIVA 3O9LB 3CKTA 4Y4BA 1MUIA 3C9XA 2UPJA 4ACXA 5P7WA 2FDEA 2J9KA 3S85A 4RVJA 5P09A 2ER6E 3UDMA 1IZIA 5CLMA 2FXEA 5DQ5A 5DR4A 5P5XA 3JW2A 2AZBA 4NKKA 1HHPA 2QHZA 2WJOA 2O4KA 3LHGA 4JP9A 4LXAA 4RRNA 2VNNA 3S7MA 5P1CA 2PSUA 3PCZA 4B1CA 4ZPFA 3OOZA 5P6HA 5P55A 1HTFA 1C6XA 3CKRA 5P2KA 5P4SA 1TCXA 4I0DA 1MRXA 1G6LA 5OYUA 5P49A 3TLHA 5ENMA 1IZEA 4IVSA 4LP9A 4YBIA 3MSLA 3UPJA 2AVMA 3GGUA 5P0BA 3UQXA 3NDWA 5AH8A 3UCBA 1HPXA 3QIHA 1YTIA 4HZTA 4KB9A 4EJDA 5P27A 4Y41A 5P0XA 3VLBA 5OYRA 2ZJJA 2AOCA 2BPWA 1QBSA 1HVIA 5P0QA 1W5XA 5P3AA 1BWBA 4AA9A 3UQPA 4K4RA 5P15A 3BHEA 3UDQA 3UDPA 3IAWA 3UDHA 2V00A 2ZDZA 4Q5MA 2P3AA 3QN8A 4X2LA 4D85A 4Y3MA 3O9BA 3IA9A 1IZDA 5P0NA 4EJKA 4J1KA 4B00A 5P14A 5P25A 3VFBA 4B1DA 2WKZA 5BWYA 3LIZA 5P2FA 2V12C 3DOXA 2AOEA 2P3BA 2G26A 5OYYA 5P58A 3CKPA 3Q3TA 5HE5A 6UPJA 2P3CA 5P4ZA 3OUCA 4ZPGA 1AAQA 4BEKA 1SIPA 2AVOA 3DUYA 2VJ6A 4DVFA 4Y39A 2AVVA 5OYXA 1LYBA 2NNPA 4D83A 5OZKA 1BBSA 1G2KA 3K5DA 3ZKXA 3GI4A 5OZXA 4RCDA 3SAAA 4QGIA 1EBWA 4Y5AA 5P86A 5OZ6A 1T7JA 5P5FA 3B80A 2I1AA 4F76A 4FS4A 1FQ7A 5EZZA 2AODA 5P2OA 3CYXA 1EBYA 2ZJNA 1HPOA 4DJOA 4H3JA 3I2LA 5P8KA 4GJ6A 5P2JA 4Y3WA 5P6DA 5P1QA 2H6SA 5P3CA 5DR1A 2BPVA 4JOOA 4DH6A 2ZJKA 1BDLA 4TVGA 1HVLA 3FSMA 3S54A 2G1SA 5P6CA 5P2LA 1DIFA 5OZ8A 2G1NA 3BVAA 2HPFA 3BC4A 4GIDA 5P4LA 3PI5A 3PVKA 2QU2A 1MTRA 3VSWA 1F7AA 4EQ0A 1ZSFA 1YTHA 5JFPA 1MRWA 5P3OA 5P7IA 4R5NA 5OZWA 3Q70A 2BPZA 3IVHA 4DJVA 5P0PA 3RSVA 1AJXA 1LF4A 2Q11A 3I6OA 5P3QA 5P00A 5KR1A 3NU6A 4Y5MA 3O9EA 5P48A 5OZ7A 5P40A 3WSJA 5P7PA 4Y4XA 1OD1A 1FB7A 5P8OA 3HD8A 1W50A 2QD8A 3OADA 1K2CA 2QI0A 2G21A 1JLDA 2HPEA 3ZKMA 1APUE 4Y5EA 5P6NA 5KOQA 5SY3A 2ZGAA 4EXGA 2WF1A 5P1TA 3RTMA 4CPXA 4R91A 2I4VA 5P0ZA 1D4IA 1ZSRA 4Y50A 5P6KA 1MSNA 3FIVA 5P29A 5P5NA 4Y5LA 4HDPA 2F81A 3PBDA 3QPJA 2R38A 5P0HA 1K6TA 5P24A 4A6BA 4M8XA 5JODA 1PPKE 3QAAA 1MT7A 5P41A 1MEUA 4OBDA 5OZQA 5I3YA 1AZ5A 5CONA 1B5FA 5P3SA 5P4YA 4YD5A 5EZXA 2P3BB 4RVXA 1HEFE 3KDBA 4Q1YA 5P53A 3K4VC 3PEPA 4R95A 2WF0A 3T7XA 1QS8A 3LIYA 4DUSA 1K1TA 2NNKA 5P3DA 4Q1XA 4Y9WA 5P5HA 4Y4UA 4Y58A 3L5BA 3GGVA 5P54A 1T7KA 4DFGA 5P10A 4Y53A 2I0AA 3UQRA 5C9BA 3PJ6A 1ZJ7A 3WB5A 3PSYA 1Z1HA 1ZBGA 5HCTA 5OZZA 4FLGA 5P77A 2VJ9A 2RENA 3IVIA 2R3WA 3TOGA 4CPTA 1HVSA 5P5UA 3FX5A 3EXOA 3PB5A 1B6PA 2IS0A 3QS1A 5P3NA 2EWYA 5P45A 1NPWA 5HDUA 2QCIA 5ER1E 5OZHA 5P5SA 3INEA 3OUBA 3NYGA 3TPJA 5P3PA 5HE7A 1EPQE 3SM2A 5P3GA 5HD0A 1AXAA 3O9CA 1PSNA 3HBOA 1XN3A 2Q55A 1LYAB 5P7XA 2VIZA 3GI5A 3DCKA 1HSIA 5P4CA 1FLHA 4HVPA 5OZLA 5ISJA 4J1CA 1LYWA 3HVPA 2PYNA 5P2DA 2O4SA 5AH6A 1W5YA 4ER1E 4LAPA 4Y5KA 3OY4A 4J1EA 5P5YA 4OBHA 1ME6A 5P2VA 4MC1A 2QD6A 3S7LA 3NDUA 4OD9B 2HS2A 5P2QA 5HDVA 1HRNA 2ER9E 5P78A 5OYTA 3UDRA 3SA9A 2OHRA 1XE6A 4Y36A 1E80E 1W6HA 2QMPA 3U7SA 5P0EA 4Y4TA 4L1AA 4QJ2A 3MXEA 3OADB 3VV7A 4J1IA 2ZHRA 1APVE 3RVIA 5P6EA 4FAEA 4Y43A 7UPJA 3D1XA 2B7FA 3LITA 5P11A 3ZKIA 1KJFA 5P8JA 1FGCC 3KM4A 5P1MA 5P88A 1DW6C 4ZSRA 1EBZA 5P8EA 3SA5A 2I4DA 3NWQA 4COEA 4DQFA 2QMFA 3LPJA 4Y3TA 3NDTA 5J25A 5E5JA 3L58A 5P5WA 2VS2A 1TCWA 2FNSA 2QNPA 5P1GA 4D8CA 2WEAA 3UQUA 1FG8C 3PWWA 4I8WA 4I10A 4LC7A 2ZHVA 2G27A 3M9FA 3EM4A 2Q64A 5P6TA 3FNUA 3CMSA 5P2WA 1B5FB 5P4VA 2CENA 1UH7A 5ER2E 5P3HA 8HVPA 5DQ1A 5OZRA 3TPLA 4RYCA 2Q63A 2ZJMA 1EPLE 5P6XA 3PHVA 1UPJA 3O9HA 5P1YA 2QHYA 2WECA 2V13A 3AIDA 5P81A 4PPHA 1OHRA 4DJYA 2Z4OA 5P84A 2FDDA 5BS4A 3UDJA 3OXVA 5AHCA 2H6TA 5P2BA 5P5LA 3TL9A 5IVRA 3AUPA 3H0BA 1DMPA 3T11A 1APTE 2ASIA 2HM1A 5SZ9A 2Q15A 3OXXA 5P4BA 5P7RA 4R8YA 5P4OA 2ZYEA 5P13A 4Y3NA 3URLA 1W5VA 5P4MA 5P7MA 1SDVA 3SPKA 3INFA 2R5PA 2RKGA 5FIVA 1WBKA 2G69A 2QZLA 5P4EA 4ER2E 6FIVA 1SGUA 4Y4GA 3EL1A 2VJ7A 1ZPAA 2R43A 2BQVA 5P1NA 5P2MA 4OBGA 4RVIA 4EYRA 4OBFA 5HE4A 1LYWB 5P5MA 2XFIA 3O9GA 3NU4A 5P0SA 1PSAA 5P7TA 1F34A 5P47A 5P83A 1AJVA 1C70A 5P1FA 5OZMA 3IN4A 5AGZA 2PSVA 4S1GA 1GNNA 4AUCA 5HCOA 3IXOA 2AOFA 2FS4A 1B11A 5OYQA 1B6KA 1D4YA 4YCYA 3TPRA 2QZXA 3L5DA 3PRSA 4WTUA 1AVFA 2WEZA 1IDBA 5P4PA 5P7GA 2PQZA 5P4FA 1EC1A 5DGWA 1BVGA 2WHHA 2J9JB 4LXKA 5PEPA 2BBBA 3PLLA 3TH9A 4CPRA 4Y5NA 4DV9A 4A6CA 3Q6YA 2IGYA 1SMRA 1XL2A 2ZHUA 4RCFA 4XX3A 5P0WA 4GJCA 3I25A 1BVEA 4Q1WA 5P2UA 3OQDA 3SA4A 1HIIA 1BXQA 2IRZA 2QZWA 4LBTA 1LS5A 4ER4E 1FQ4A 1MVPA 5P3WA 3LPIA 3NLSA 4OBJA 5P3YA 2XFKA 3PMUA 5P38A 3OU4B 1YM2A 5P35A 5P2SA 5KR8A 2ER7E 3OTYA 4CMSA 1LZQA 3O9DA 1NSOA 4I0FA 1MIQA 2VIJA 3ECGA 5P7EA 1M43A 5P0OA 1RQ9A 4QJ9A 5P44A 1B6JA 3A2OA 4J17A 5OZUA 4Z4XA 2FGVA 4I8ZA 5OZ0A 5HDZA 1VIJA 4Y3PA 5P8AA 1SGZA 4FIVA 1ODXA 3VYEA 5P6SA 1BXOA 5P6LA 3ZPTA 1HSGA 1SIVA 1IDAA 1EEDP 3CYWA 3NU3A 2IL2A 3WB4A 3BUGA 5KQYA 3S53A 5P6PA 1D4KA 5HDXA 1ZAPA 3OWNA 5P0JA 1IZHA 2MIPA 4KUPA 1E81E 5I70A 5P2NA 1E5OE 5P6QA 3VV8A 3MXDA 5P75A 3SM1A 2ZHTA 3IXKA 3S43B 4ZSMA 4Z22A 3K5GA 5P6IA 2A4FA 4EQJA 3ER5E 4ZSQA 3WZ7A 4CPWA 4I12A 2HS1A 1EPNE 3Q4BA 4PZWA 2FLEA 1GVVA 2B60A 1IBQA 2PK5A 4FM7A 1GKTA 5P02A 5ENKA 4H3GA 4J54A 5P19A 4YE3A 3D3TA 5P4DA 1HVRA 3TTPA 3NWXA 2BPYA 5P3TA 5OYVA 5P7ZA 4RYGA 3UTLA 4DJWA 4HDFA 5P1AA 5P07A 5I3XA 1META 5C9FA 2BPXA 5P61A 4FSLA 5P32A 5DQ4A 3GGXA 2BKSA 3FNTA 5P2EA 4BFDA 5P76A 2Q54A 4ACUA 3LINA 3NR6A 1HWRA 5P8QA 5P4NA 3N4LA 4Y5GA 5P2TA 5P3ZA 3SKGA 2BJUA 1N49A 4DQGA 1QRPE 5P8RA 1BWAA 4F73A 4JECA 5P5KA 2FGUA 3L38A 5P7OA 5P7HA 1D4LA 4I0EA 5TOLA 5P1DA 4HA5A 3PSUA 1A30A 1ER8E 5P0TA 5P1RA 4Y47A 2HC0A 3VEUA 1LYAA 2PYMA 5P4KA 3UFNA 4YD4A 2APRA 4U8WA 3UQWA 5P7CA 3TKWA 5P33A 1SDTA 2P83A 4B0QA 2G22A 4ZE6A 5P89A 5OZFA 3WZ8A 5P51A 4R93A 4PEPA 3EL0A 2HB2A 1PSOE 2AOGA 4OBZA 5F00A 4Y3YA 4Y4JA 3B7VA 4OD9A 5P7FA 4LHHA 1EC0A 4HLAA 2WEDA 2PMAA 4GJDA 1OEWA 2G1YA 3EKPA 3T7QA 4DQHA 3SA8A 1BILA 2B42A 5P1PA 2AZ9A 3VCMA 3EM6A 5P7SA 4NJUA 1QBTA 2PWRA 5P1VA 4BFBA 3N3IA 3G72A 3QROA 5JFUA 4XX4A 5P6VA 4CPUA 5OYSA 4HEGA 4ZSPA 1A94A 4Y3QA 4Y3HA 4K8SA 3UDNA 5P5EA 2JXRA 2RSPA 5P7LA 5P7VA 3OAGA 5DR0A 5P59A 1UH9A 2AZ8A 3ER3E 2JJJA 2F3KA 5P4XA 4J0ZA 1EPRE 4Y35A 4GJBA 3SKFA 2OHPA 2P3DA 2VNMA 5IVSA 4ZLSA 5P2CA 4H3IA 5P0IA 5P67A 2WF4A 1BDRA 5P4AA 3PI0A 3EKQA 2A1EA 2ZE1A 5P2IA 1K6CA 3CIBA 5P8FA 2G20A 3BUFA 5P5BA 1FKNA 1HVCA 3O9IA 5P5GA 1HIHA 5P16A 2QAKA 4DPIA 1ZP8A 2O40A 5SXNA 5C9DA 1IVPA 5KQZA 2HIZA 1D4HA 5P68A 3HAUA 1HXBA 4XXSA 5P0RA 1YTGA 1RV7A 2PWCA 3UFLA 4I1CA 1TZSA 1EAGA 4GJ9A 4BELA 1ODYA 1HTRB 3I7EA 1D4SA 2R5QA 3APPA 4JPCA 4L6BA 4JPEA 4TVHA 3QI1A 5P4HA 2QK5A 2AZCA 4I0HA 1EC3A 5P1HA 2NXMA 3TNEA 3L5FA 5P0LA 4GJ8A 1KJ4A 4KE0A 2OHUA 2JJIA 4J0VA 2RMPA 1HXWA 2FDPA 4U7QA 4F75A 1MTBA 3INDA 3ZOVA 5P46A 4CPSA 4CP7A 1FMBA 1MSMA 5KQFA 4TRYA 5DQCA 4PHVA 4Y6MA 5OZ5A 4DQCA 4UPJA 5P7DA 5P5QA 2QD7A 2AVQA 4GJAA 3T6IA 4OBZB 4KE1A 5P64A 3G70A 3PWRA 2PK6A 3SA7A 2ZJLA 1FIVA 4CPQA 2IENA 1MPPA 2ZJHA 5P1SA 4Y48A 2V16C 2QI7A 2NXLA 1PPLE 2OHNA 3EL5A 4QJ6A 4FM6A 4GZFA 3OGPA 5P0YA 3DV1A 4K9HA 4J55A 2J9JA 5IVQA 3NUOA 4Y4EA 1MERA 5P6RA 1Z1RA 1FF0C 4GJ7A 5P0KA 4FGXA 3O9AA 3ZKNA 1PROA 4NPTA 1D4JA 2R3TA 4Y57A 4EHCA 1U8GA 4QJ8A 5SY2A 1M0BA 1TSUA 5P87A 3S45A 2UY0A 3OXCA 3PBZA 3O9FA 5OZIA 5BRYA 3OAGB 3QRMA 4EWOA 3L5CA 4Y45A 1SBGA 3EMYA 4EP2A 3D1YA 2AOIA 2BKTA 5P06A 2I4UA 5I3VA 2OF0A 1PPME 3OTSA 3OU4A 4X7IA 2PSGA 1W6IA 5P50A 1HOSA 4GB2A 2B7ZA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P8T A;  4EJL A;  3KMX A;  4Y5B A;  5P4J A;  1HVH A;  3K5C A;  3FNS A;  4I11 A;  2QMD A;  5P43 A;  1HTE A;  4L1A B;  1IVQ A;  5KAO A;  5AH9 A;  3PSG A;  2VA7 A;  2OHM A;  1DAZ C;  4RGH A;  4Q1N A;  7HVP A;  1CPI A;  3EKV A;  1EPP E;  3K1W A;  5P4I A;  1LV1 A;  4YDG A;  4YOA A;  2VIE A;  3KT5 A;  3LIV A;  3O9L B;  3CKT A;  4Y4B A;  1MUI A;  3C9X A;  2UPJ A;  4ACX A;  5P7W A;  2FDE A;  2J9K A;  3S85 A;  4RVJ A;  5P09 A;  2ER6 E;  3UDM A;  1IZI A;  5CLM A;  2FXE A;  5DQ5 A;  5DR4 A;  5P5X A;  3JW2 A;  2AZB A;  4NKK A;  1HHP A;  2QHZ A;  2WJO A;  2O4K A;  3LHG A;  4JP9 A;  4LXA A;  4RRN A;  2VNN A;  3S7M A;  5P1C A;  2PSU A;  3PCZ A;  4B1C A;  4ZPF A;  3OOZ A;  5P6H A;  5P55 A;  1HTF A;  1C6X A;  3CKR A;  5P2K A;  5P4S A;  1TCX A;  4I0D A;  1MRX A;  1G6L A;  5OYU A;  5P49 A;  3TLH A;  5ENM A;  1IZE A;  4IVS A;  4LP9 A;  4YBI A;  3MSL A;  3UPJ A;  2AVM A;  3GGU A;  5P0B A;  3UQX A;  3NDW A;  5AH8 A;  3UCB A;  1HPX A;  3QIH A;  1YTI A;  4HZT A;  4KB9 A;  4EJD A;  5P27 A;  4Y41 A;  5P0X A;  3VLB A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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