1DW6C

Structural and kinetic analysis of drug resistant mutants of hiv-1 protease
Total Genus 18

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLMTQIGATLNF

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
S1 (10-15)TIV1 (5-8)O1 (8-10)S2 (18-24)TIV4 (65-68)S5 (52-66)S7 (84-85)TI1 (25-28)AH1 (87-90)EMPTYS6 (69-77)S3 (32-33)O2 (78-80)TVIII1 (80-83)3H1 (91-93)S4 (42-49)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
publication title Structural and kinetic analysis of drug resistant mutants of HIV-1 protease.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence D
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2000-01-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
C PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1dw6C00
3SA6A 2APRA 5P0QA 4H1EA 3KDCA 1AXAA 3OHHA 2G22A 4Z22A 4GJ6A 1HTEA 2F81A 5P8HA 3U71A 5P3AA 2G21A 1FMXA 3AUPA 4FGXA 5P69A 2B7ZA 3L58A 3R4BA 5OYVA 5P4NA 1NPVA 3QRSA 5P2EA 3QRMA 2NTRA 2AOEA 2QD8A 2RSPA 2UXZA 5OYQA 4DJUA 7HVPA 4Y3ZA 2WJOA 2O4PA 5P1VA 3GGAA 4YD3A 5P68A 2HC0A 4A6BA 5OZNA 4RYCA 5P11A 2WHHA 3QIHA 2NXMA 4Y57A 5OZ1A 1F34A 1HPSA 4FIVA 3K4VC 5P52A 4IVTA 5P4OA 3EMYA 4JECA 5P34A 5P77A 5HDVA 4Y3SA 5C9DA 4R8YA 1TCXA 3EXOA 3OQKA 1OHRA 4ZPFA 4ZEAA 4ZPGA 2V12C 5P2JA 3HVPA 5P5XA 2AZBA 5DGWA 3TKGA 4H3FA 2QHZA 4Y44A 5P1OA 2V11C 4XKXA 4Y3LA 3INEA 4Y5MA 1XN3A 4PPHA 4YDFA 5C9BA 4Y5GA 5OZWA 1DAZC 4Y4WA 2HPEA 5P7LA 3KFPA 1EC1A 2O4LA 4D83A 5P4FA 5P8FA 5P4ZA 3NLSA 3SA9A 3S54A 5P2SA 3UDMA 3EKQA 1QBTA 1HSHA 1MSNA 2B60A 3NU5A 5P5JA 5DQ1A 3KDDA 1SMEA 3NXNA 5P2HA 3U7SA 5P3BA 5P4LA 3UDNA 2Q63A 1SGUA 4D89A 2XYEA 3NR6A 5P16A 4MC2A 4Y50A 1B6KA 3IGBA 4F73A 4NPUA 4WTUA 5AHBA 3LNKA 1MTBA 1LYBA 3K5DA 3DV5A 5OZ9A 5OZ7A 2NPHA 3BC4A 4DJWA 1LYAA 5P7AA 5P7EA 1FQ7A 5P0JA 1MRXA 2P3BB 2O40A 2P8HA 5P0UA 5CLMA 3DV1A 4M8YA 4Y4TA 3EKPA 1ENTE 2XFIA 4I0ZA 1G0VA 4ZSQA 4L7GA 4ZSPA 3OAGA 4FSEA 5OZYA 3PMYA 3R0WA 4DQBA 2VJ7A 5OZQA 1A8KA 5P2RA 5P3LA 3PSUA 3PWRA 2BQVA 5P0ZA 4CMSA 5P3SA 4L6BA 2QZXA 5EZZA 3H0BA 3OQDA 3SKGA 1GVWA 1MEUA 3APPA 4RCFA 3LIYA 3GI4A 3TLHA 4DUSA 3CKRA 3KDBA 1M4HA 1D4JA 2AVMA 3VV6A 4EXGA 5OYYA 2VNMA 5P0XA 3RTNA 4DJQA 1FG6C 3QI1A 2FDDA 5P8BA 3PSGA 3K5CA 5P6MA 4TRYA 4Q1WA 5ISKA 2OHQA 5P35A 5P3CA 5IVRA 5P32A 1MT9A 3OXWA 1SBGA 1Z1HA 3GGXA 5ENKA 2IRZA 1UH8A 3LIZA 5P5FA 4Y6MA 1HXBA 4I0DA 5OYWA 4U8WA 2WEBA 5P5DA 1HVKA 3UDKA 4K9HA 2BPWA 2G1OA 5TOLA 3Q5HA 1IBQA 2AOGA 3O99A 3SA3A 2ZJLA 3KMYA 5P7WA 1XE6A 4I8WA 4FCOA 1APVE 4B1DA 2UPJA 1FF0C 1HPOA 2V00A 5P75A 3NDWA 1FQXA 5HE7A 1RL8A 3ZLQA 1MVPA 5P1PA 3KYRA 5P1QA 2PK5A 2J9JB 2XYFA 1YX9A 4XX4A 1ER8E 1TSQA 1B6LA 4YCTA 4DJVA 5P1FA 3T11A 5OZCA 4MC6A 3L5DA 3UQUA 2WF0A 1HVSA 3LPKA 3NUOA 2ZHUA 2CEJA 2QMPA 3UQXA 2HB3A 3D91A 3SA7A 2P4JA 5AH7A 2V10C 4NKKA 5DQ4A 3LPIA 4D8CA 5P2QA 4S1GA 1HVIA 1SMRA 1ZJ7A 2I4WA 4J1IA 4QLHA 5P8LA 3OU3A 2O4KA 4FLGA 4J0TA 2VIJA 4ER2E 3KFRA 3IN3A 4PZXA 2P83A 5P7JA 3O9LB 1GNOA 5DPZA 3SA5A 1PROA 2BPZA 2VS2A 3KT5A 4R95A 5P5RA 1BV7A 5P4EA 4A4QA 4EQJA 5KQZA 1W50A 1SDTA 1HRNA 3Q70A 2ZJKA 3RTMA 5JFPA 1GVVA 4Y43A 2QNNA 3MXEA 5P05A 2VIEA 2G27A 4YDGA 2FDEA 4LAPA 4LHHA 5P51A 5P5GA 5P5IA 3OHFA 4Y37A 5P3IA 4YOBA 4QJ6A 1D4HA 3TH9A 1LS5A 3TPJA 5P5NA 3ZPSA 5P0AA 2FGVA 4Y3EA 5P8DA 3R0YA 4OBJA 1T6GA 3WZ6A 3L38A 5OYXA 5P7SA 1OD1A 4GIDA 5P15A 2QI7A 5P7UA 5P6QA 3LINA 5KOSA 4I12A 3MWSA 5P1NA 3D3TA 1ZLFA 3VYDA 1APUE 2EWYA 3NU4A 3N4LA 8HVPA 1D4KA 4B72A 5P1XA 4K8SA 5P59A 5P25A 5P5WA 1KJ4A 5P31A 3VCMA 3EKXA 3TNEA 1MTRA 3NDTA 5P1RA 5P44A 2R43A 1HHPA 3GI5A 5P2VA 3FNTA 3VLAA 5P20A 1MIQA 2XFJA 1SIPA 4APRE 5OZXA 5E5JA 4KE0A 1D4IA 2I4VA 5P6UA 5P7TA 5P6WA 2AOIA 5P2AA 2G20A 1NH0A 1IVQA 1EBKC 2IENA 3ZKXA 4DJOA 1WBKA 1T7JA 4EP2A 4GJDA 3ER5E 1LEEA 1HVHA 3DM6A 4GYEA 4KUPA 5P12A 5P0HA 2HS1A 3IXOA 4Z2ZA 1MUIA 1HVCA 5OZFA 1ODWA 4JPCA 4TVHA 4ER4E 5SZ9A 3MSKA 1B6JA 5P3EA 3TOGA 3QP0A 2ER6E 2Q54A 4KB9A 2CEMA 3PRSA 3EKVA 3PMUA 3TOFA 3LZVA 2HIZA 3VFBA 3SM1A 1D4LA 5P1MA 4Z50A 1XE5A 3UFNA 4OC6B 5P04A 3T3CA 1UH7A 2I4DA 4HLAA 5P50A 1UPJA 5KQYA 1QRPE 3OOTA 3VF3A 4EJLA 3D1YA 4J0YA 1BV9A 4ZPEA 5P2YA 1APTE 4I10A 2QAKA 1ZSRA 1YM4A 1HTGA 1Z1RA 4AUCA 4Y5KA 5P6KA 2QZKA 1LF3A 5HTZA 2R9BA 5HU0A 5P2NA 4BELA 5P7YA 3TOHA 1BBSA 2AOHA 2JJIA 5P0KA 3WZ8A 5APRE 5P0WA 2ZYEA 2FMBA 1IZHA 1BXOA 4Y3MA 5P3GA 5P42A 4APEA 3PWWA 5P0FA 3FX5A 4QJ9A 2QI5A 5P67A 1SGZA 2QI6A 1ZSFA 1K6CA 1ZPKA 4NJVA 4YBFA 1SP5A 2BB9A 5DR4A 4OBDA 3EL0A 5COOA 3O9DA 1FQ6A 1YTJA 3RSVA 3T7PA 1KZKA 1UH9A 3ZL7A 2VA6A 5HDXA 4I0EA 3PCZA 1K2CA 3DOXA 3UCBA 5P49A 3HAUA 5P0DA 5P1GA 3CICA 2P3CA 5HVPA 4PYVA 5P14A 5EZXA 5P4TA 4NJSA 4ZSRA 5P1AA 4L1AB 1C6YA 4COEA 4Y41A 3VUCA 4RLDA 4XX3A 5P39A 3FKTA 3GGUA 4DFGA 4Y4EA 5P7MA 4NJTA 3L59A 5P0CA 5P7ZA 2IGYA 2AVSA 5P4IA 1ZAPA 1EPQE 1D4SA 5P3NA 2G1NA 5KQFA 3RSXA 4DQHA 3DJKA 3S43A 3SLZA 4LBTA 5P2TA 2HB4A 2NR6A 4GJBA 5OZUA 5P6EA 1FLHA 2AOCA 5P3JA 3LIQA 4DQEA 5P1EA 2I0DA 1F7AA 4TRZA 5DQCA 5P5MA 3H5BA 2QI4A 3EKYA 2PWRA 1PPME 2VKMA 5P6ZA 1K1TA 1QBUA 1OEXA 5E5KA 1FKNA 5P8EA 1PPKE 1B5FB 1K6TA 1HPXA 5P81A 4JPEA 4M8XA 4R93A 5P8KA 1EPPE 4L7HA 2ASIA 5P8NA 1GNMA 5P2KA 4I11A 1BWBA 2BPYA 5P1YA 3HAWA 4X2LA 5OZ6A 2H6SA 4OC6A 3HDKA 1HIIA 3OUAA 2XFKA 3QROA 5SY3A 2R8NA 5AH6A 4Y54A 4KE1A 1FFFC 1FQ4A 5HCTA 5I3WA 3WB5A 5P7XA 3D1XA 4DV9A 3OU4B 4LL3A 5AGZA 5P6NA 1A9MA 4DQGA 5OZRA 3T7XA 5P6GA 3CMSA 5KR0A 1PPLE 5KR8A 3EM3A 1FQ5A 2F80A 4YD4A 1FMUA 3HVGA 2F8GA 5P6FA 5P6RA 5P54A 1BDLA 5P4RA 5F00A 5HU1A 5P3XA 2ZJMA 5P7GA 1HPVA 4J1KA 4I0HA 5J25A 2OHPA 5P1BA 1PSAA 1W5VA 1META 4Y4XA 3OUCA 1PSNA 3DK1A 3VFAA 1GVUA 1HIHA 3AIDA 4AA8A 4B0QA 1DIFA 3TKWA 1MRWA 3BUFA 5P74A 3O9EA 3T6IA 5HD0A 3O9BA 5P1LA 3SACA 2Q55A 2G1YA 3F9QA 5P6OA 2B42A 3NWXA 3Q6YA 1T3RA 1E82E 4AMTA 3S7MA 4Y4AA 1IIQA 4I0FA 1MSMA 5P8IA 4XXSA 4Y3RA 5P3HA 1TCWA 4HZTA 3LZUA 4B05A 2PMAA 5P0MA 5P1SA 5P8JA 4R92A 1XL5A 4FRSA 3OADB 3S53A 1BDQA 5P3TA 4L1AA 4D88A 2R5PA 2AVQA 1M0BA 5P53A 5OYRA 3SPKA 3NDXA 5P2DA 4YA8A 3LITA 5UPJA 4OBKA 3UPJA 1ODYA 3QN8A 2I0AA 2ZJNA 1W6HA 4RGHA 1EPME 2AOFA 1LYWB 4HDFA 1ZTZA 4BEKA 4LP9A 4A6CA 5OYSA 3NU9A 3ZOVA 4EYRA 5P0LA 4Q1NA 3OGPA 5OZTA 4Y4GA 5P8AA 2ZHSA 5P19A 4CPXA 5KR1A 1K6PA 2RMPA 2WEDA 3OTSA 5BWYA 2B7FA 2CENA 5KOQA 1BVGA 4CPSA 2F3FA 1EBYA 5P3VA 5OZ5A 3EL1A 4I8ZA 3UDYA 3U6AA 2FDPA 1SIVA 4J17A 1KJ7A 2BPXA 4RCEA 2BBBA 3UHLA 5COPA 3VSWA 2ZJJA 2NMZA 1HTRB 5I3VA 1KJFA 5P4MA 5OZEA 1HSIA 1EPOE 1Q9PA 5OZ3A 4EP3A 3I7EA 3NU6A 4QJ8A 4PEPA 5P09A 5IVSA 5P5BA 1EC0A 3TTPA 5P24A 4DQCA 2VIZA 3OY4A 1DPJA 5P2MA 5P7VA 4Y4ZA 5P5KA 5SXNA 5P56A 6UPJA 3FNUA 5P13A 3PJ6A 3UDRA 1QBSA 1HXWA 1YT9A 4Y3FA 4DJYA 2BPVA 2WEAA 3QBFA 1G6LA 2Z4OA 5OZ0A 4YD7A 3O9AA 2ANLA 3EKWA 3NWQA 2PSUA 3R1GB 5P1KA 3ZPTA 1NPWA 5P1JA 4CKUA 3UQRA 4J1EA 5P7BA 1EPLE 2NNKA 3PB5A 4OBFA 4GJCA 2QNPA 4OD9B 3BUGA 2OHMA 3DUYA 5P43A 4GMIA 2Q64A 4CPQA 5DQ5A 2F3KA 1TSUA 1FQ8A 3NXEA 2IKOA 4H3GA 5P30A 4RCDA 4RROA 3R2FA 1A94A 3PGIA 5HDZA 4PHVA 1D4YA 2P3BA 4J1CA 3OXCA 5P0IA 3ZKNA 2G94A 1YG9A 3BXSA 3FIVA 5OYTA 2ER9E 5P03A 2V13A 4BFBA 3PBDA 5C9FA 5P0BA 2I4UA 4B1CA 5P0PA 5P6XA 3PM4A 5P4JA 5HE5A 5P0OA 5P64A 5P4AA 2BJUA 4EJKA 5P4YA 4Y38A 3EM6A 3LHGA 2QI3A 1W5YA 4ACXA 2PQZA 5P5VA 1HEFE 4Y51A 3ST5A 3UFLA 5OZBA 1AAQA 5I3XA 2I4QA 2QD6A 2JYSA 5P79A 5P78A 3OQ7A 1PFZA 5P84A 4BFDA 5P0NA 5P6SA 2QU2A 4J1FA 3CIBA 2OF0A 5P06A 3S85A 2R38A 1C6ZA 2ZHTA 1XL2A 5P37A 3VV7A 5PEPA 3NYGA 1TW7A 4FM8A 4FS4A 5P27A 4Y47A 1AJXA 2O4SA 3QAAA 5P6BA 2P3AA 4EHCA 5P3PA 3INFA 1BILA 1IZIA 4K4RA 5DR0A 1IZDA 3HW1A 3OXVA 4YD6A 2OHNA 4QJ2A 3OQAA 4DJRA 3G72A 1NPAA 3WB4A 2J9JA 2ZE1A 3PBZA 2PYNA 2Q5KA 3BXRA 5P0EA 3Q3TA 5P60A 5P5AA 3N3IA 1HOSA 3GGVA 3KFSA 4H3JA 1AVFA 2PSVA 6FIVA 5P76A 3UDQA 3URIA 3PHVA 1BXQA 5P0RA 3QS1A 3QVCA 4ZLSA 1IDAA 4J0ZA 5P6IA 4CPWA 4N00A 4FL8A 5P3YA 1YTIA 3DCRA 2BKTA 5P0GA 1SDVA 4QJAA 2AIDA 5IVTA 3MSJA 5P4KA 3LZYA 3ECGA 4Y4UA 4GB2A 3O9IA 5AHAA 1QDMA 3CYXA 3O9LA 2R5QA 1SDUA 3KT2A 2QHYA 3PLLA 5P2ZA 5P01A 2FXDA 2HAHA 5OZDA 4RVJA 5P38A 5P5SA 5P36A 4LXKA 3ZKQA 3VG1A 5OZLA 5P58A 2V16C 5P1IA 3TL9A 4I1CA 3LPJA 5P85A 4Y4JA 4DI2A 4DVFA 4DJPA 3QVIA 1B6MA 2Z54A 3BVAA 3SO9A 2JE4A 4Y3GA 1CMSA 1WKRA 2ZHVA 3KA2A 5OZJA 1EC2A 5DR7A 5OZOA 1HSGA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3SA6 A;  2APR A;  5P0Q A;  4H1E A;  3KDC A;  1AXA A;  3OHH A;  2G22 A;  4Z22 A;  4GJ6 A;  1HTE A;  2F81 A;  5P8H A;  3U71 A;  5P3A A;  2G21 A;  1FMX A;  3AUP A;  4FGX A;  5P69 A;  2B7Z A;  3L58 A;  3R4B A;  5OYV A;  5P4N A;  1NPV A;  3QRS A;  5P2E A;  3QRM A;  2NTR A;  2AOE A;  2QD8 A;  2RSP A;  2UXZ A;  5OYQ A;  4DJU A;  7HVP A;  4Y3Z A;  2WJO A;  2O4P A;  5P1V A;  3GGA A;  4YD3 A;  5P68 A;  2HC0 A;  4A6B A;  5OZN A;  4RYC A;  5P11 A;  2WHH A;  3QIH A;  2NXM A;  4Y57 A;  5OZ1 A;  1F34 A;  1HPS A;  4FIV A;  3K4V C;  5P52 A;  4IVT A;  5P4O A;  3EMY A;  4JEC A;  5P34 A;  5P77 A;  5HDV A;  4Y3S A;  5C9D A;  4R8Y A;  1TCX A;  3EXO A;  3OQK A;  1OHR A;  4ZPF A;  4ZEA A;  4ZPG A;  2V12 C;  5P2J A;  3HVP A;  5P5X A;  2AZB A;  5DGW A;  3TKG A;  4H3F A;  2QHZ A;  4Y44 A;  5P1O A;  2V11 C;  4XKX A;  4Y3L A;  3INE A;  4Y5M A;  1XN3 A;  4PPH A;  4YDF A;  5C9B A;  4Y5G A;  5OZW A;  1DAZ C;  4Y4W A;  2HPE A;  5P7L A;  3KFP A;  1EC1 A;  2O4L A;  4D83 A;  5P4F A;  5P8F A;  5P4Z A;  3NLS A;  3SA9 A;  3S54 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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