1EBKC

Structural and kinetic analysis of drug resistant mutants of hiv-1 protease
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKQPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural and kinetic analysis of drug resistant mutants of HIV-1 protease.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 19
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence D, E, F
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2000-01-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
C PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1ebkC00
3VF7A 5P5EA 5P22A 4RCEA 3DM6A 1GVTA 3CYWA 5EZZA 3ZPSA 4Y5PA 2IRZA 3GI5A 5P23A 4OBJA 2J9KA 5I3XA 5P64A 5P17A 3CICA 2RKGA 4BELA 4DPIA 4ER2E 3KF0A 3INDA 4Y45A 3INEA 1IBQA 1BDQA 3IXOA 2XYFA 2APRA 1LYWB 5OZ8A 3FNSA 4Y5KA 5ISJA 5P1TA 1RQ9A 5P7EA 5P3EA 4B1DA 1EC1A 2NNPA 3TLHA 4LC7A 5P8HA 5T4SA 5P3QA 2HC0A 5P0AA 3S43B 4J0YA 5P2MA 3SA3A 4ZIPA 5P4NA 4L6BA 3HLOA 2ER0E 4FAEA 2VS2A 4DFGA 3QVCA 3LIYA 4Y37A 4I12A 4ZSQA 4Y4DA 1NSOA 5ISKA 5P1DA 4Y4ZA 8HVPA 1MIQA 4Y4XA 4GJ6A 5P0NA 3NDXA 3NWXA 1K6VA 1G0VA 5P5QA 4F74A 3L5EA 5P3JA 3EMYA 3ZKSA 5P7GA 5P78A 4J1IA 3HD8A 2PYNA 5P6BA 4KE0A 4DV9A 4OBKA 2ER6E 5HE7A 2G1OA 2IL2A 5DQCA 2R38A 4Y50A 5P1ZA 5P2GA 4AA8A 5P5DA 2Z54A 3BUHA 1TSUA 5P6AA 3KFSA 2ZJMA 5P4WA 4RCDA 4B70A 4DJRA 1MT9A 4R5NA 5P2QA 5P4ZA 1K1TA 3OQKA 1YM2A 1HVLA 1UH8A 3Q4BA 4RYCA 5OYVA 1IZHA 2R8NA 1WKRA 4MC2A 4DQGA 4D88A 5I70A 2UXZA 3QAAA 5CLMA 3ZPTA 4OBZA 3BXRA 5P16A 3SA8A 3FV3A 1VIJA 5OZXA 5P2JA 1HPSA 5P8TA 5P8LA 4PHVA 4ACUA 3KFPA 3S45A 4WTUA 4DQEA 3T7PA 1GNOA 5P24A 2CENA 1FEJC 4GJBA 5P89A 2O4LA 1HTRB 4YE3A 5P8KA 5P3WA 3GI0A 3U6AA 1B5FB 2AOHA 2I4DA 2V13A 4HVPA 4DJWA 1E82E 5P4HA 5P58A 3NLSA 5P5HA 2QZKA 3CIDA 3T7QA 5P5SA 2Q54A 5P1PA 4DUSA 5P61A 1HSIA 5OZZA 2V12C 4DJOA 3IN3A 3BVBA 2BKTA 4Y5NA 4B0QA 5OZ2A 1MT7A 4NJTA 2QP8A 2VKMA 3UQPA 5AH9A 5OZYA 4RVIA 3OHFA 3VEUA 5AHBA 2AZ9A 5P3AA 2AOCA 5HU1A 2I0DA 5P5TA 4GZFA 5P4PA 3EM4A 3LIZA 3S7MA 4B05A 4YHQA 5P47A 4D89A 1HVIA 1QBUA 1GNMA 1AM5A 2ZHVA 2AODA 2WEBA 3G6ZA 4Y51A 4IVTA 3SQFA 1IZDA 4Y54A 2QU3A 3QROA 4R92A 3DV5A 5P62A 5P49A 3S43A 4OD9A 3BUFA 1A8GA 3NUJA 5P3LA 4J17A 3R4BA 5P70A 3IA9A 1EPRE 5P5NA 4FM8A 3NXEA 2WEDA 5P4MA 5P6OA 1ZLFA 1SGZA 3M9FA 5P2KA 1HPOA 5P5YA 5DGUA 4FRSA 3OADB 1T3RA 4DI2A 5P1FA 5OZOA 1T7JA 1XN3A 1MEUA 3GGAA 4DJUA 4CPXA 1ODXA 2ZGAA 3K4VA 5P0JA 3VLAA 5IS4A 5P3CA 3OXVA 2PH6A 1HTGA 1GNNA 1GVWA 3UQRA 4EJ8A 4NPUA 5OZBA 3TKWA 4OBHA 4TRYA 1IIQA 1DPJA 4CPQA 3S85A 3I7EA 5P1KA 3TPJA 5P12A 5C9BA 2P3DA 3R0YA 3ZKIA 2G94A 2I4XA 4Q1NA 3MSKA 5P4OA 4Y4JA 2HM1A 1BWAA 1SIVA 1QS8A 4HEGA 4I11A 3T3CA 1RL8A 2WF4A 5P3MA 3OTSA 5OZKA 3CKPA 1GVXA 1PSOE 4YCKA 5P50A 5SXNA 4B72A 5P40A 1YG9A 4F73A 2VJ6A 1EPPE 5P4XA 5P0YA 1TSQA 1D4LA 1ER8E 5P7RA 3K5GA 2JJIA 1K6TA 4H3FA 4Y5MA 1FFFC 4Y6MA 4YA8A 5BS4A 3NXNA 4TVGA 4ZSMA 3U7SA 5P2UA 5P0PA 1EAGA 2PWRA 1HVKA 3EKVA 2HPEA 5P7LA 5P1NA 4HLAA 3HVPA 1D4JA 4YDFA 5P8EA 1BBSA 2VNNA 4Y3DA 2JXRA 3O9DA 2V0ZC 5P59A 5P4GA 5P38A 4XX4A 2Q11A 1RV7A 4K4PA 3FIVA 1EC2A 5P83A 5P86A 3R2FA 5OZFA 3VV7A 4L1AB 5P7ZA 5ER2E 4FCOA 4FSLA 2O4PA 5P18A 4J55A 5P2ZA 5P7HA 3OQ7A 1PFZA 3JVYA 3TNEA 4IVSA 1FMUA 4Q1XA 3SABA 2QD6A 3EKWA 4RLDA 3LIVA 5P7IA 5P09A 3RSVA 3QRSA 1FMBA 3GGXA 1TCWA 3VV8A 3OUDB 3O9HA 4Y3HA 4Y39A 5P3HA 4Y53A 5P51A 5P7KA 2WF0A 5OZ5A 1FG8C 4I0ZA 5P8FA 1FB7A 1HVSA 2G1YA 4FE6A 1Z1RA 1DP5A 1CPIA 2QI6A 3DCKA 3OXCA 4PYVA 3QPJA 4Z2ZA 4JOOA 2CEMA 1HEFE 2PSUA 4S1GA 3QBFA 3O9AA 3OQFA 3K4VC 5JFPA 1EC3A 5P3NA 3SA5A 3HAUA 3LITA 5I3YA 2V11C 4B1EA 2G1NA 5P63A 4Y3FA 3NDTA 1EBKC 3BC4A 5P2RA 1HBVA 1XS7D 3IVHA 4N00A 4JP9A 3QIHA 5KQXA 2BB9A 3OQAA 5AGZA 2B60A 3OK9A 3R1GB 4F76A 3EXOA 3OOTA 5P77A 1NPAA 5P5IA 3VSXA 2O4NA 1AZ5A 3BVAA 4YD6A 1B6MA 3PWMA 4AMTA 5DR1A 3SA4A 2ZYEA 4Y4WA 4JPCA 5TOLA 4LAPA 1IZIA 1BDRA 3D1ZA 5P7DA 2IKUA 2QNQA 3IAWA 2PWCA 2OF0A 4ZPFA 5P4SA 1JLDA 4I0IA 4I8WA 5OZQA 5P01A 2QZWA 4DJQA 4Y5BA 2BPYA 3L58A 4PEPA 5P1HA 1HXBA 2NR6A 3EL5A 1AAQA 4GJCA 1ZTZA 1XE5A 4Y3LA 1W50A 4L7HA 4R95A 3PBDA 5P7BA 5KAOA 2P3AA 4H3GA 5P0EA 3IGBA 1PPKE 3PLDA 5KR8A 4J0ZA 1IVPA 5P42A 3NWQA 5P69A 5KOSA 3UDHA 2Q64A 3PWWA 4DQCA 2AQUA 2BPVA 1LF2A 1B6PA 2PC0A 2FGUA 5P85A 5JODA 5P4JA 1IDBA 4OC6B 5P13A 1TW7A 1B6KA 3D91A 5P0CA 3LINA 2R43A 5OZJA 5P8VA 4RRNA 2AOJA 5P0UA 4NPTA 5HDXA 5DPZA 4ZEAA 3UDMA 2PMAA 4EXGA 3HDKA 3Q3TA 3URIA 3K5DA 3ZMGA 1RPIA 3K5CA 5P5MA 5P5PA 2BQVA 4TRZA 3OHHA 3SA7A 1MPPA 5P0OA 4Y9WA 5P25A 5P8UA 2RMPA 5P07A 5COPA 2AOIA 5ER1E 3S56A 3NUOA 5KR0A 3UDJA 1FQ6A 4L1AA 3AIDA 3D20A 1MESA 5P2VA 2JYSA 2ZHUA 3GW5A 4K4RA 3MXEA 4I8ZA 4K9HA 4XX3A 4YD3A 1ZBGA 3UF3A 5OZTA 5P0TA 4DJXA 1C6ZA 3N3IA 3RTMA 2O40A 1KJ4A 1XE6A 3OUAA 2PSGA 2QAKA 1WBKA 5P43A 5P60A 3BGBA 3BGCA 3LPJA 5P5ZA 5P5XA 1PPME 1FF0C 5P14A 3DK1A 3ZLQA 5KOQA 1Q9PA 1MSNA 5P0SA 5P66A 4XKXA 4YD4A 3DOXA 3CMSA 3PSUA 2ZHRA 5P80A 4CPSA 3VV6A 3D1XA 5HDUA 5OZSA 5P2CA 3SAAA 2QU2A 4DQHA 5P1QA 1OEWA 3OU4B 5C9FA 4Y47A 4Y38A 4GJ7A 4EJDA 2Q5KA 1FFIC 2WF1A 5P4QA 4Y3NA 1HTFA 2I4WA 2G21A 3HZCA 2FDEA 5P74A 5P5RA 2A4FA 5UPJA 1SDTA 5DR3A 2F3EA 4APRE 3CKRA 3D1YA 1ZAPA 4RVJA 5P52A 3CKTA 5APRE 2VIJA 1UH7A 3WZ6A 4HDFA 5P1JA 4Y3PA 1G35A 4I10A 4I0FA 2VIZA 2F81A 5AH8A 2AOFA 4A6BA 5P1BA 5P8IA 3S2OA 1B6JA 3OXWA 4JECA 3RTNA 2G1SA 3OAGA 5SY2A 5OZ0A 4YCYA 3Q70A 3UDYA 3GI4A 3SM1A 3ZKQA 5P6PA 1M0BA 1K6PA 4HDBA 1HIHA 3ER5E 3VFAA 5P7QA 3G72A 5P5VA 3NU4A 4UPJA 4FIVA 4ZSPA 4ZE6A 5P6WA 4J1FA 1W5VA 2F80A 3I25A 3ECGA 5HD0A 4H1EA 5B18A 4YCTA 2PH8A 3OU1A 5P6KA 5P5UA 1EPOE 5P1UA 2IGYA 1GVVA 5P46A 4J0PA 5P41A 5P4LA 4COEA 5P3XA 4FLGA 1YTGA 2FXDA 4Y48A 5P04A 3NU3A 1HTEA 4DPFA 1MUIA 1U8GA 1HEGE 1BIMA 4EXHA 4Y36A 3MSJA 1ENTE 1HWRA 4B1CA 1ODWA 1T7IA 3CIBA 5P3FA 3TPRA 5P1EA 3OWNA 4OC6A 5KQYA 3LHGA 5SZ9A 5P2NA 3PJ6A 6UPJA 1IVQA 4Y4GA 1FQ4A 3APRE 3INHA 5KQZA 1LYWA 5P8GA 1B6LA 5P4CA 4YBIA 5P6MA 2R3WA 5P5AA 4R93A 4I0GA 4DJPA 5DQ4A 4Y3XA 4K8SA 5P6YA 3PI5A 2QK5A 3PEPA 5P2HA 3RSXA 3UTLA 5P3YA 2QZXA 3QVIA 3KT2A 2F3KA 5KQFA 3TH9A 5P1CA 4FAFA 1FLHA 3O9CA 4Y3TA 2G22A 1C6YA 3PSGA 1W51A 1BWBA 5ENMA 5P5FA 5P32A 2AVVA 1ZSFA 4FGXA 4EJLA 1APUE 1HHPA 1B11A 5P1LA 2ZHTA 1SBGA 2ZJNA 3IXJA 3UDKA 3KT5A 4YDGA 3L5FA 4CKUA 1QDMA 5P7WA 1LYAB 4A4QA 1YM4A 1META 3ZKGA 3D3TA 3LZUA 4LXAA 5P6RA 3DV1A 2HS1A 2R5PA 4GYEA 3S54A 4Y3RA 3SKFA 3S7LA 2Q55A 3TOHA 3BHEA 1K1UA 5COKA 5P48A 2IGXA 5P8JA 2FDDA 3H0BA 4TRWA 4QJ8A 4PPHA 5P3KA 2R3TA 3OUCA 7HVPA 1FIVA 4F75A 5JG1A 2V00A 2I0AA 2AVOA 3LPKA 3OXXA 4Z50A 1F7AA 1W5YA 2B8LA 2OHMA 5P5CA 4NJSA 1E81E 5P2DA 1BV9A 3L3AA 4HDPA 3WB5A 4Y3EA 4FRKA 5P2XA 3FNUA 5P11A 3SLZA 2CEJA 5P65A 1ODYA 5IVTA 1W6HA 2MIPA 4Y3QA 2QZLA 3OY4A 2B7FA 4ER4E 5P4IA 3DJKA 4Y5EA 2HB4A 2VIEA 4Z4XA 1RNEA 5AH6A 3O9BA 3QBHA 2QI7A 4R91A 4EQ0A 5P0XA 2A1EA 4GIDA 5P3DA 5P5WA 4ER1E 5P28A 4DVFA 4OBFA 2BPWA 1FQ7A 2P3CA 1T7KA 5DR8A 2AVMA 3O9GA 1QBRA 5OYZA 3LZYA 3DCRA 5SY3A 5OYUA 1SDVA 2VA5A 1APVE 1BAIA 1DAZC 1QRPE 1FQXA 3EKTA 3IN4A 2IQGA 2PK5A 5CONA 4ACXA 1BILA 2NTRA 1B5FA 4EP3A 5P4BA 1ZPAA 3EL1A 4WY1A 5P34A 2XFIA 5OZHA 2QHZA 5P0QA 1ZSRA 4U8WA 3PSYA 4QJ6A 5P7UA 5P2OA 4RGHA 3VYEA 3ZL7A 2P8HA 5P6EA 3N4LA 5KR1A 1MERA 4Y4UA 2G1RA 2G69A 5P3VA 3L59A 5P6HA 4DQBA 4ZPGA 1KJFA 4RCFA 1HIVA 5P2LA 3PI0A 5IE1A 3EC0A 1G6LA 1YTJA 1MRXA 2WHHA 1GKTA 5P4UA 5OZ7A 3NDUA 5P7TA 1M4HA 3SKGA 3KA2A 5P3RA 3RVIA 1SH9A 2ER9E 1LZQA 5OYYA 4K4QA 3PM4A 4LP9A 4MC1A 1BDLA 2Q63A 2NPHA 1LS5A 1HXWA 3RU1A 4D83A 5OYQA 1NPVA 1D4KA 1TQFA 1SMRA 2B7ZA 3AUPA 2JJJA 5HDZA 5P6GA 3URLA 3NYGA 3OOZA 1QBTA 2VA7A 5P31A 3DUYA 3ZKNA 1N49A 5P6XA 3WZ7A 5OYSA 3CYXA 2ZDZA 5P8QA 3SO9A 3O99A 4AUCA 4FRIA 5P56A 1TZSA 1MVPA 4PZWA 3VLBA 1HPXA 3K5FA 4GMIA 5P30A 2B42A 4Y4EA 4B77A 2OHLA 3HW1A 1G2KA 1PPLE 5P1GA 5P72A 5P81A 3OADA 1APTE 3L5DA 5P2YA 2QCIA 1AXAA 4EJKA 4FRJA 2FNSA 3SFCA 2Z4OA 2ZJJA 3SPKA 3FKTA 2OHQA 2G20A 2SAMA 5FIVA 3JW2A 5P1OA 4RROA 2H6TA 2V16C 2JE4A 3KN0A 4EPJA 2AOGA 1K2BA 5P88A 3VCMA 3MSLA 1HPVA 1MRWA 3UQUA 5PEPA 5P8DA 3H5BA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3VF7 A;  5P5E A;  5P22 A;  4RCE A;  3DM6 A;  1GVT A;  3CYW A;  5EZZ A;  3ZPS A;  4Y5P A;  2IRZ A;  3GI5 A;  5P23 A;  4OBJ A;  2J9K A;  5I3X A;  5P64 A;  5P17 A;  3CIC A;  2RKG A;  4BEL A;  4DPI A;  4ER2 E;  3KF0 A;  3IND A;  4Y45 A;  3INE A;  1IBQ A;  1BDQ A;  3IXO A;  2XYF A;  2APR A;  1LYW B;  5OZ8 A;  3FNS A;  4Y5K A;  5ISJ A;  5P1T A;  1RQ9 A;  5P7E A;  5P3E A;  4B1D A;  1EC1 A;  2NNP A;  3TLH A;  4LC7 A;  5P8H A;  5T4S A;  5P3Q A;  2HC0 A;  5P0A A;  3S43 B;  4J0Y A;  5P2M A;  3SA3 A;  4ZIP A;  5P4N A;  4L6B A;  3HLO A;  2ER0 E;  4FAE A;  2VS2 A;  4DFG A;  3QVC A;  3LIY A;  4Y37 A;  4I12 A;  4ZSQ A;  4Y4D A;  1NSO A;  5ISK A;  5P1D A;  4Y4Z A;  8HVP A;  1MIQ A;  4Y4X A;  4GJ6 A;  5P0N A;  3NDX A;  3NWX A;  1K6V A;  1G0V A;  5P5Q A;  4F74 A;  3L5E A;  5P3J A;  3EMY A;  3ZKS A;  5P7G A;  5P78 A;  4J1I A;  3HD8 A;  2PYN A;  5P6B A;  4KE0 A;  4DV9 A;  4OBK A;  2ER6 E;  5HE7 A;  2G1O A;  2IL2 A;  5DQC A;  2R38 A;  4Y50 A;  5P1Z A;  5P2G A;  4AA8 A;  5P5D A;  2Z54 A;  3BUH A;  1TSU A;  5P6A A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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