1EBKC

Structural and kinetic analysis of drug resistant mutants of hiv-1 protease
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKQPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural and kinetic analysis of drug resistant mutants of HIV-1 protease.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 19
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence D, E, F
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2000-01-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
C PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1ebkC00
4H3IA 3IA9A 3OQKA 4MC6A 1BDQA 3FKTA 4Y36A 2R9BA 1NPVA 4Y53A 1ZSFA 5OZGA 4I0ZA 4KE1A 5P1QA 5P3RA 2F8GA 5P1WA 1BV9A 1N49A 3T7QA 5P8UA 4YCYA 1ODXA 3G72A 3OUDA 2V13A 4OD9A 2XYFA 4HA5A 4Y54A 4B77A 5P8DA 1CZIE 5P16A 2VIYA 5P4AA 4ER1E 1F7AA 2QD6A 1EBYA 5P0UA 1AAQA 3ZLQA 1HTRB 5SY2A 2QI4A 5P4VA 3U71A 3FIVA 5P6IA 3L5EA 5P1XA 3PI5A 2AODA 3AUPA 1RNEA 3EXOA 4TRZA 3SKGA 4Q1NA 5P4HA 2Q63A 5OZJA 1MT9A 5OZPA 5P2GA 4Y5MA 1DPJA 1M43A 4GJDA 4RYCA 3OGQA 4I0IA 1XL5A 4Y4EA 5P6MA 3R2FA 2P3BB 5OZ9A 3NLSA 5P3AA 2AOHA 4EYRA 4BELA 3OXVA 3O9LA 7HVPA 1HTEA 5IVRA 4GZFA 4YDFA 9HVPA 3CIDA 1FQ5A 3LNKA 3NU6A 5P1SA 5P8HA 4Q1WA 4Y4ZA 3ZKGA 2P3DA 5P4GA 5P23A 5P6AA 1C6YA 2G21A 4J0ZA 5P60A 5AH9A 3VG1A 5P5OA 5P0TA 2FIVA 3S54A 2H6SA 3G70A 5B18A 1ENTE 4I11A 5P4XA 5DGUA 2IGYA 1HXBA 4DQEA 4FRKA 5P3OA 5P5SA 3Q3TA 5P0MA 2G69A 5P1YA 3UF3A 5P5CA 2HAHA 4Y5KA 5P8IA 1UH7A 4DJRA 4CPUA 5OYSA 3OOZA 3CYXA 3NU5A 1IZHA 3PSUA 5P24A 4GJ7A 1G0VA 2PWRA 3DCKA 5HDZA 2J9JB 3NR6A 5P2NA 5P2TA 2PK6A 3S45A 3PBZA 1K6CA 3S2OA 1BVEA 2NNKA 3S43B 4Y56A 5P2VA 5ER2E 5P5YA 3NUOA 3OQAA 1SBGA 4Y3YA 1G6LA 5COOA 5P5JA 2WKZA 5P0FA 4Y47A 3B80A 3BUHA 2PMAA 3FNSA 5P12A 2APRA 3LPIA 2FXDA 3TNEA 2OAHA 3K5GA 2V00A 1Z8CA 3TOGA 4DPIA 1W5XA 2ZJHA 1GVVA 1TQFA 5P7PA 5ENKA 1HVIA 1TCWA 4ZSMA 2PH8A 3EL1A 2IS0A 3GGUA 5OYVA 5HVPA 4Y5AA 3OQ7A 4Y6MA 3I7EA 2WF3A 5P7WA 2ZHVA 1YT9A 2XFKA 2IL2A 3UFNA 5DR3A 2VA6A 4EPJA 3NXEA 5P43A 4EJLA 5P6NA 5OZ1A 5KQFA 5P7KA 4JP9A 2QAKA 4GB2A 1HRNA 5P7VA 1HEFE 4OC6A 4KUPA 5P1EA 2NTRA 2VIZA 4L7JA 5P8MA 5OZBA 5P41A 3PM4A 4ZSQA 2WF1A 4F74A 4ER2E 4FS4A 1BIMA 5P2CA 3SFCA 1LS5A 1FLHA 4YCTA 5OZDA 3QVCA 4XXSA 2G27A 3OUCA 4GJ8A 4DQBA 3EL0A 3S8IA 4LP9A 1CPIA 1ODYA 3OTYA 4Y5GA 5P11A 3U6AA 3HVPA 2BQVA 4Y37A 3ZKXA 5P2WA 5P5TA 3LIQA 5P35A 1C70A 1HPVA 4CPWA 3BUFA 4DJYA 5P73A 5P42A 2IKUA 4JPCA 1QS8A 5P6UA 1MTRA 1VIKA 2QZXA 5P0HA 3O9DA 4I0GA 4NJTA 3QRVA 2WF4A 4TVGA 3EMYA 3D20A 1EBZA 5P48A 4DI2A 4Y3FA 4FRIA 1C6XA 4QJ7A 4J0PA 4J0YA 3TPLA 2PSVA 4M8YA 2Q54A 4Y4WA 3K4VC 5P67A 4YOBA 3QVIA 3KT2A 1HTFA 1LEEA 4ZPFA 2I4XA 5P2KA 2G1YA 5P84A 5P2ZA 2CEMA 4CKUA 3WB5A 2Q55A 2VKMA 5BWYA 5P8QA 3HW1A 3KMYA 5P6KA 3L5DA 5P6DA 5P3HA 5DR1A 5OZNA 3LZYA 3VLAA 5P22A 4RCFA 1FG8C 4FRJA 4NKKA 4R91A 5P66A 4M8XA 5P82A 3GGVA 1ODWA 3DUYA 5HE4A 5P30A 2OHQA 5P08A 4GJCA 1HSHA 4F73A 1A8KA 3OWNA 5JG1A 3KMXA 4Y38A 5KR8A 3L5BA 3L3AA 3PJ6A 5P3VA 5P5BA 4L1AA 2IRZA 2V16C 4RVXA 1E80E 2RENA 1AZ5A 2F3FA 4J1FA 4DPFA 2FGUA 3KFSA 2R5PA 4Y3DA 4YHQA 3VEUA 4K4PA 3UDMA 1HWRA 2QMDA 5OYUA 2ZDZA 3GI6A 3D1XA 5P0PA 2CEJA 3HBOA 2UY0A 1XL2A 2QMPA 3OU3A 2VA5A 1B6MA 2P83A 2RMPA 5OZRA 1SGUA 4EP2A 3CKRA 2IENA 5P0VA 5P1CA 3ZPTA 5P14A 1GNMA 2MIPA 2QZLA 5P7NA 3NU3A 3IVIA 3GW5A 4OBZB 4RRNA 5EZZA 3EBZA 5KQZA 3S53A 4ZPEA 2OHSA 2R3TA 3FNUA 2PSUA 5AH7A 4Y48A 1AJXA 2BBBA 3SM2A 1FMXA 3SQFA 3HVGA 4J55A 4Y3WA 1FQ7A 4ZSRA 5P1PA 4ER4E 3M9FA 2R43A 3LIVA 5P5MA 5P4FA 1PFZA 5P25A 5P4JA 4EP3A 5P2FA 3FNTA 5P6BA 2UPJA 5DR8A 5P62A 2WJOA 4Y4DA 1HTGA 4ZPGA 2SAMA 3EKWA 4CP7A 1HSGA 3BVBA 5ISKA 2IEOA 2AZCA 2G22A 4EQJA 4QJ8A 1ER8E 5P8BA 3WZ7A 4I1CA 3N4LA 3GI0A 3QI1A 3R0WA 2HS1A 5P7DA 1YM2A 3RTHA 3WSJA 2OHRA 4Y5CA 4WY6A 5P1BA 1D4LA 2QP8A 4X2LA 3EKTA 1HSIA 2AOCA 2VJ6A 3EL9A 1AM5A 3OOTA 5KQYA 1SP5A 1AXAA 5P0XA 3PVKA 1AJVA 1LYBB 1OHRA 1QBTA 1LYAB 3APPA 2AIDA 1K2CA 4B72A 2A4FA 1YX9A 4DQCA 1AVFA 4FAFA 5P76A 5P6ZA 2Q5KA 4Y5PA 4FE6A 1T3RA 5OZ2A 1IBQA 5P56A 2HC0A 2HB4A 5BS4A 4YD5A 5P0CA 5C9BA 5P5HA 5P2DA 4CPQA 1EPRE 3CKTA 4H3GA 1FB7A 3QRSA 5P68A 5P38A 3ER5E 5OZ8A 4EJ8A 3MXEA 5P74A 3SKFA 5P3KA 5P3DA 5OZIA 5P2SA 1YTGA 3H0BA 1GNNA 5P86A 2F3EA 2VS2A 5P37A 1AIDA 5P77A 2P3CA 1BAIA 5AHAA 5P6LA 4H1EA 5P85A 2ZJLA 2I1AA 5P1DA 1BBSA 2AZBA 2Q11A 4LL3A 3O99A 5P5XA 2ZHUA 2QHYA 5HCOA 3QBFA 1A9MA 5P4IA 2AOFA 1DIFA 3UCBA 1BXQA 5P39A 1HOSA 2PYNA 4EHCA 5JFUA 5P05A 2B7FA 3PBDA 5OZ4A 5P0GA 5FIVA 3QP0A 3PWRA 1EAGA 5P7TA 1FFFC 3O9AA 3UDHA 3MSLA 5P5NA 3VF3A 5OZKA 3VYEA 2HIZA 3O9LB 3QAAA 2P4JA 1E5OE 5P8RA 5P2MA 5P4WA 3SABA 4DQHA 5P1UA 2A1EA 2QMFA 2WF0A 5P8NA 1LV1A 5P6TA 5P4SA 4J5JA 3SO9A 1T7JA 5SZ9A 4Z2ZA 1YTJA 4PZWA 3PEPA 5P7LA 3O9HA 4Y41A 2QHCA 4BFDA 5P3IA 5P51A 3I8WA 1HBVA 2WF2A 3S56A 3VYFA 1LF4A 1B6LA 1ZSRA 2IDWA 4RLDA 5P89A 5HD0A 1MIQA 4RCDA 3KT5A 5P1TA 3HDKA 2QNNA 1TCXA 5P8KA 5P78A 2HB3A 4EQ0A 4YD6A 3SA6A 2PC0A 3O9CA 2VNNA 2RKFA 4UPJA 2ER0E 3ZL7A 4PYVA 3PWMA 2ER9E 4FCOA 1KJFA 4XX3A 4Z50A 4Y3TA 2G26A 2ASIA 2HS2A 1MSMA 3CYWA 1K2BA 5P09A 4B1CA 3RU1A 3UDNA 1EEDP 2AOGA 1EC3A 4GJBA 5P8OA 2NPHA 5P5DA 1KJGA 2PH6A 1DMPA 5T4SA 3LIYA 4Q1YA 1PROA 2G94A 5HDVA 5IVTA 2BKTA 4U8WA 2P3BA 2ZE1A 2ZJKA 1ZPAA 1RQ9A 1FEJC 2V12C 4YDGA 3ZPSA 4K9HA 3NXNA 2NMZA 3U7SA 5P7EA 4JECA 2QI6A 1D4YA 3KFNA 3BGBA 3BC4A 5P20A 5P46A 4JOOA 1BWAA 1MRXA 5KR2A 4Y5BA 2H6TA 3DCRA 1FG6C 3CMSA 3R0YA 1E81E 3KFRA 4EJKA 6UPJA 4HE9A 4Y4BA 5I3YA 1Z1RA 4L7HA 4J54A 3EM4A 4Y58A 1K1TA 1XDHA 3VV6A 4RROA 3HD8A 3BXSA 1PPKE 4CPRA 2OF0A 5P7RA 5P52A 5P2JA 2R8NA 1G35A 2ZHSA 5P4TA 1G2KA 1YTIA 3Q6YA 4DQFA 1TSUA 1ZJ7A 5TOLA 4RGHA 5P8AA 5C9DA 4FRSA 1SGZA 4CPSA 2I0DA 3S43A 2G1SA 5F00A 2F81A 5P4LA 3WZ8A 3NDWA 4F75A 3ZKMA 1MTBA 4R95A 3URLA 2ZYEA 4AZYA 4Z4XA 1HPOA 6FIVA 4PHVA 3T7PA 4FGXA 1APUE 1YTHA 5P69A 5P8TA 5P5WA 2O4PA 4Q1XA 5P4RA 4FL8A 5HU1A 3NU4A 1WBKA 3D91A 3UHLA 4OBGA 3ZKNA 3SA8A 3QN8A 1ZP8A 1BV7A 5OZAA 5P6JA 2RKGA 4PEPA 5P0ZA 4I10A 3SACA 3PRSA 4LBTA 5P3JA 1UH8A 3I6OA 1DP5A 3CICA 1BDLA 5P1ZA 1APWE 4LXMA 4J1EA 4YBIA 4J0VA 5P0SA 4B70A 1A94A 4Y4GA 1NPWA 4IVSA 3UDQA 1ZLFA 3IXJA 3PMYA 4CMSA 2FDPA 5P2LA 3UFLA 1FMBA 4EXGA 3GGAA 2BJUA 2G20A 4DJPA 3HLOA 2AOIA 5OZOA 1FGCC 1FFIC 4Y57A 5I3WA 4Y3JA 3EKXA 3LPJA 4Y3PA 2ZJJA 4B0QA 5P34A 5P0YA 5BRYA 1T7KA 3KYRA 2ANLA 5HTZA 2AOJA 4I0EA 5IE1A 3K5DA 2CENA 1HXWA 3EL4A 3HZCA 3LZUA 3VUCA 2QI3A 3BGCA 5P1RA 1D4SA 5OYZA 1DW6C 5OZ5A 3OADB 5P2XA 5P17A 5P0DA 5OZVA 1LYWA 5OZ7A 1XN2A 1EPNE 5P4CA 4B78A 3TOFA 3ECGA 3D1ZA 4Y4XA 4L1AB 3OXCA 1U8GA 5P8LA 3URJA 3KA2A 1ZAPA 1K6TA 3D1YA 5P0AA 3JVYA 2NNPA 1IVPA 4OBHA 2PQZA 5P02A 2PYMA 2B8LA 4I8WA 1MUIA 5P2AA 2QU2A 2NMYA 5DQ2A 3KM4A 1XE6A 2ER6E 3T11A 3OU4B 1FQ8A 2IQGA 1UPJA 1OEWA 2IGXA 4QJ9A 4A6BA 4CPTA 2PK5A 5JFPA 2NR6A 5P4YA 4RCEA 2BB9A 3IGBA 5P6RA 2XYEA 4ZSPA 2QHZA 4DV9A 5KR1A 5IVSA 3PB5A 1PSOE 3UPJA 5P0OA 1IZDA 3LPKA 1A8GA 2I4QA 4NPTA 1LZQA 2HB2A 4HZTA 3CIBA 5P06A 2VJ9A 1HIHA 1ME6A 4YA8A 5P64A 2VA7A 5P58A 2IKOA 5P6OA 5P15A 4Y3XA 2I4UA 2B60A 1MEUA 1BXOA 5P4NA 5P6SA 5DPZA 5KOQA 4FM7A 2P3AA 4LAPA 2QI7A 5P45A 1B11A 4YD3A 1T7IA 3FV3A 2BPZA 3OAGB 4R8YA 2AVMA 1NPAA 4I12A 2I4DA 5P7IA 4B00A 2QMGA 5OZSA 3UTLA 2VIJA 3RSXA 3VF5A 2BKSA 3OU1A 5P3WA 5P71A 4KE0A 5P0KA 3WB4A 4J1IA 3EC0A 3IN4A 3BHEA 2R5QA 4OBDA 5P5ZA 3IN3A 4KB9A 1HVLA 5F01A 5P72A 5P7XA 2ZHRA 3O9EA 5P5KA 4LC7A 4NJUA 5P7ZA 5P3PA 5P59A 5P3GA 4R93A 3KN0A 5J25A 5OYWA 3OQDA 2AZ9A 5EZXA 5P4EA 4PPHA 5P2IA 3APRE 2OHUA 1SIPA 5OYQA 4OBJA 1OD1A 5COKA 1GKTA 4EWOA 4I8ZA 3INFA 1IDBA 3SM1A 3DM6A 3SA9A 4DFGA 5P3ZA 2HPFA 1EPPE 3L59A 1FQ4A 5OZTA 4ZE6A 4DH6A 4I0JA 1BVGA 4EJDA 4I0FA 4LXAA 4S1GA 3KDBA 3S85A 1GVUA 3LZVA 5KAOA 5DQ4A 2JE4A 5P6EA 5E5KA 1FIVA 3ZKIA 5P8JA 3PMUA 5OYYA 1IDAA 1SDTA 3OUAA 4OBKA 1DAZC 1A30A 3NUJA 2WEAA 3PCWA 5P7JA 1MT8A 3EKYA 5P5QA 5P2YA 2HPEA 3H5BA 3TTPA 1WKRA 4Y4AA 3RVIA 1CMSA 5P3YA 3O9IA 1W6HA 5P40A 3OXWA 3INDA 5P18A 4YD7A 1LF3A 4GMIA 5P03A 3K5FA 2Q64A 3NDTA 5OZLA 1QBRA 5OZZA 4Y3EA 3TPRA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4H3I A;  3IA9 A;  3OQK A;  4MC6 A;  1BDQ A;  3FKT A;  4Y36 A;  2R9B A;  1NPV A;  4Y53 A;  1ZSF A;  5OZG A;  4I0Z A;  4KE1 A;  5P1Q A;  5P3R A;  2F8G A;  5P1W A;  1BV9 A;  1N49 A;  3T7Q A;  5P8U A;  4YCY A;  1ODX A;  3G72 A;  3OUD A;  2V13 A;  4OD9 A;  2XYF A;  4HA5 A;  4Y54 A;  4B77 A;  5P8D A;  1CZI E;  5P16 A;  2VIY A;  5P4A A;  4ER1 E;  1F7A A;  2QD6 A;  1EBY A;  5P0U A;  1AAQ A;  3ZLQ A;  1HTR B;  5SY2 A;  2QI4 A;  5P4V A;  3U71 A;  3FIV A;  5P6I A;  3L5E A;  5P1X A;  3PI5 A;  2AOD A;  3AUP A;  1RNE A;  3EXO A;  4TRZ A;  3SKG A;  4Q1N A;  5P4H A;  2Q63 A;  5OZJ A;  1MT9 A;  5OZP A;  5P2G A;  4Y5M A;  1DPJ A;  1M43 A;  4GJD A;  4RYC A;  3OGQ A;  4I0I A;  1XL5 A;  4Y4E A;  5P6M A;  3R2F A;  2P3B B;  5OZ9 A;  3NLS A;  5P3A A;  2AOH A;  4EYR A;  4BEL A;  3OXV A;  3O9L A;  7HVP A;  1HTE A;  5IVR A;  4GZF A;  4YDF A;  9HVP A;  3CID A;  1FQ5 A;  3LNK A;  3NU6 A;  5P1S A;  5P8H A;  4Q1W A;  4Y4Z A;  3ZKG A;  2P3D A;  5P4G A;  5P23 A;  5P6A A;  1C6Y A;  2G21 A;  4J0Z A;  5P60 A;  5AH9 A;  3VG1 A;  5P5O A;  5P0T A;  2FIV A;  3S54 A;  2H6S A;  3G70 A;  5B18 A;  1ENT E;  4I11 A;  5P4X A;  5DGU A;  2IGY A;  1HXB A;  4DQE A;  4FRK A;  5P3O A;  5P5S A;  3Q3T A;  5P0M A;  2G69 A;  5P1Y A;  3UF3 A;  5P5C A;  2HAH A;  4Y5K A;  5P8I A;  1UH7 A;  4DJR A;  4CPU A;  5OYS A;  3OOZ A;  3CYX A;  3NU5 A;  1IZH A;  3PSU A;  5P24 A;  4GJ7 A;  1G0V A;  2PWR A;  3DCK A;  5HDZ A;  2J9J B;  3NR6 A;  5P2N A;  5P2T A;  2PK6 A;  3S45 A;  3PBZ A;  1K6C A;  3S2O A;  1BVE A;  2NNK A;  3S43 B;  4Y56 A;  5P2V A;  5ER2 E;  5P5Y A;  3NUO A;  3OQA A;  1SBG A;  4Y3Y A;  1G6L A;  5COO A;  5P5J A;  2WKZ A;  5P0F A;  4Y47 A;  3B80 A;  3BUH A;  2PMA A;  3FNS A;  5P12 A;  2APR A;  3LPI A;  2FXD A;  3TNE A;  2OAH A;  3K5G A;  2V00 A;  1Z8C A;  3TOG A;  4DPI A;  1W5X A;  2ZJH A;  1GVV A;  1TQF A;  5P7P A;  5ENK A;  1HVI A;  1TCW A;  4ZSM A;  2PH8 A;  3EL1 A;  2IS0 A;  3GGU A;  5OYV A;  5HVP A;  4Y5A A;  3OQ7 A;  4Y6M A;  3I7E A;  2WF3 A;  5P7W A;  2ZHV A;  1YT9 A;  2XFK A;  2IL2 A;  3UFN A;  5DR3 A;  2VA6 A;  4EPJ A;  3NXE A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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