1EBYA

Hiv-1 protease in complex with the inhibitor bea369
Total Genus 15
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
15
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Optimization of P1-P3 groups in symmetric and asymmetric HIV-1 protease inhibitors
pubmed doi rcsb
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 15
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2000-01-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1ebyA00
3DJKA 3PEPA 2QMDA 3I8WA 5P85A 3UDQA 3OU3A 5P03A 1ER8E 4Y3SA 5P19A 5P2DA 3U6AA 2VJ6A 5P1FA 4A6BA 3G6ZA 5P2HA 3S53A 2BB9A 3B7VA 1G0VA 4Y47A 1FQ8A 3LIZA 4MC9A 4Y3WA 3KFSA 1XN3A 1HVRA 4YE3A 5KQYA 5P44A 1GVVA 4B05A 3SO9A 2OHTA 2HS2A 1YTGA 2I4WA 3OQKA 4LXAA 3WSJA 4COEA 4RVJA 5EZXA 1D4JA 5P5AA 1IVPA 3OTSA 3JVWA 4Y4XA 1FQ5A 4I0DA 5P2BA 1SIVA 4YD6A 1MUIA 5P0VA 2O4KA 1A94A 5P8JA 4LAPA 1RQ9A 4PPHA 2JJJA 5HU1A 5P3DA 4F73A 4ZSPA 7HVPA 4XX4A 5OZ8A 4R93A 1MVPA 4FS4A 2FNTA 2PSUA 3L59A 3PCWA 5APRE 1HVKA 3PSGA 1LV1A 1YTHA 3LPIA 2R3TA 2QI4A 3T7PA 4I0FA 4DJPA 3ER3E 5P8NA 4HEGA 4Y53A 4TVGA 4FSLA 1HVSA 3PWRA 5P4XA 5P55A 5OZGA 3EM4A 5HCOA 4Z2ZA 1ODYA 2V16C 3SA7A 3WZ8A 3I6OA 5P5FA 3IVIA 2HB2A 1MRXA 5P54A 2AOEA 5P2IA 4J0TA 3UHLA 5P7AA 4FRSA 5OZWA 4MC6A 2QI5A 5DR7A 4Y5KA 5P6TA 3O9LA 5DPZA 5JFPA 3PBDA 5OZIA 2AODA 3K4VA 4Y3GA 3SFCA 2WEZA 3NU6A 1ENTE 4HVPA 3K5GA 3D1ZA 5P1SA 3T11A 5P4FA 4GMIA 5HVPA 1IBQA 2IRZA 4EWOA 1W5XA 3EKTA 5KQXA 3O9BA 3D3TA 3OY4A 3NWXA 3CKRA 3BVBA 1IZHA 4QJ6A 1FMUA 4ZPGA 5P23A 1W51A 1HHPA 3EL4A 1M0BA 5P59A 2P8HA 4Y4AA 1HTEA 1PFZA 2QHYA 4NJVA 1B6LA 3VLBA 3KN0A 4NJTA 3UDKA 3FSMA 4M8XA 5KR8A 5OZ3A 1KJHA 2WEBA 1HIVA 2NPHA 3KMYA 5P6LA 9HVPA 3RTNA 5P6IA 5DQ1A 3ZOVA 3CIDA 1QBUA 3RU1A 4FAEA 4TRWA 2OHSA 4LHHA 1GKTA 1T7IA 3IXJA 1ZAPA 2P3BA 5P6SA 5P8SA 3PSYA 1D4SA 4BEKA 3GI6A 5KR1A 1HPVA 5DR0A 2UXZA 4IVSA 5P5RA 5OYVA 2R8NA 1ODWA 3BUGA 5P4ZA 5P1ZA 1SMRA 3SA6A 3DCKA 5OZJA 5P1UA 5P24A 4ZLSA 4OBGA 2PWCA 2HAHA 5P2SA 1Z8CA 1SGUA 1MEUA 5CONA 2VNNA 3KT2A 2A4FA 3HAUA 4Y4WA 1AZ5A 4Y3JA 1ZSFA 5IS4A 2I0AA 1KZKA 4D89A 5P2OA 5P02A 4WY6A 3VUCA 2ZHSA 2NMYA 1ZPKA 1F7AA 2HPFA 4Y3FA 1VIJA 3B80A 4GZFA 3D1YA 2QHCA 4X2LA 1F34A 5P2CA 5P3SA 5P50A 5P0CA 3RTMA 4B72A 4Y5BA 4BELA 3PI5A 2OHLA 4FM6A 5ISKA 2MIPA 3KFNA 4Y3RA 4OBHA 3EXOA 4Y5NA 3RSXA 3OK9A 3L5BA 1HSHA 3NU4A 5P6UA 5P7MA 5P6ZA 3NXNA 4CPTA 3VSWA 4E43A 5I70A 5P5YA 1MSNA 1MRWA 5DR1A 3KMXA 2PWRA 3MSJA 3Q3TA 4ACUA 1WKRA 2P3BB 1AM5A 5P8UA 2ZJJA 5P3AA 3S45A 1EEDP 2H6TA 4Y3PA 1SDTA 3OXVA 1T3RA 3UTLA 5P1MA 3HZCA 5P2MA 3VFBA 4FRIA 5P47A 3U71A 3EL9A 3OQAA 5EZZA 5P65A 3QVIA 3NDWA 5OZQA 2WF0A 5P5HA 4DQBA 2PSGA 3HD8A 5P6BA 1W5YA 3I2LA 3PHVA 2AZBA 5P7YA 1LYAA 3TKGA 5HDVA 2ZJMA 5P3VA 3PMYA 1UH7A 1APVE 5P40A 5P3CA 4ZE6A 4K4PA 3LZUA 5OZ0A 2ZJHA 4J0PA 4EQ0A 3KA2A 5P1JA 1VIKA 5P6HA 4APRE 3VFAA 2AQUA 1OEWA 5SY3A 2BKTA 4R5NA 2QMPA 1Z1RA 1BBSA 2ZDZA 5OZKA 5P3IA 3PRSA 3BVAA 1IZEA 3ZKXA 4NPTA 1QS8A 3ZKGA 5P1EA 3GGVA 3TPJA 2F3KA 2Z4OA 3LHGA 3WB5A 1HVIA 2QI1A 3OUDA 1BAIA 1EC3A 2XFKA 4LXKA 1T7JA 1G6LA 4NJSA 4J1EA 3I25A 1G35A 2QK5A 4IVTA 4L1AA 4GJDA 1HWRA 4FCOA 2AVVA 1MT8A 5P29A 1HTFA 1AJVA 4FSEA 4J1FA 4BFDA 3T7XA 4Y5PA 1LYAB 4Y4ZA 4CP7A 3K1WA 3GI5A 4Y38A 5P05A 3QROA 3TOGA 3OAGA 4FLGA 2QNNA 1BV7A 5P1GA 5P3YA 4ZPFA 3DK1A 3GGXA 2OHPA 5JFUA 3CIBA 4AMTA 1Q9PA 4YD7A 4DJQA 4J1KA 5OZHA 1C6XA 5P4LA 1W6IA 2I4VA 1OD1A 3OHFA 3TLHA 2WF2A 2O4LA 3Q6YA 5P0SA 5P3MA 2RSPA 5OZYA 5P0UA 4LC7A 2RMPA 3FNSA 5P2JA 5P8CA 5IVRA 5P1VA 3BGBA 4Y3AA 3IXOA 4Y3NA 1HRNA 3VV6A 4Y4TA 3INHA 4Y3YA 5P2VA 4PYVA 3PB5A 3OUDB 4YCYA 5P8IA 2ZHVA 2F3FA 3TOFA 4DFGA 3LIVA 1YX9A 4H3IA 2H6SA 5AH7A 2FDEA 1BILA 2VS2A 2OAHA 2VJ9A 3S54A 2QI7A 1K6VA 4Y9WA 1HVJA 5P7XA 6UPJA 2P3AA 3IN4A 5OZEA 2HB3A 3HW1A 4Y39A 2R5QA 1SIPA 3QP0A 3QRSA 5P3PA 3UDRA 3OAGB 5P84A 3OOTA 3IGBA 1OEXA 5P2FA 5P62A 3PWWA 4H3JA 5P38A 3CYWA 4CPSA 3VLAA 1BXOA 6FIVA 4XX3A 5P86A 3H5BA 2V12C 4H1EA 4L7JA 1U8GA 2WHHA 4Q1NA 5P7DA 5P7WA 4JOOA 4I0EA 5P6PA 4L7HA 3A2OA 3TPRA 2P4JA 5OZ2A 1PPME 1HXWA 5P1XA 1TSUA 2I1AA 1BVEA 5COKA 1ZSRA 4APEA 4I0HA 5P67A 5E5KA 1HSGA 4OC6A 5OZRA 3SABA 2AIDA 5P0YA 3OXCA 1FMBA 5P7NA 2AOCA 3DOXA 3O9FA 2OHNA 3NUOA 4YDFA 2VA7A 3BRAA 5AHBA 5P81A 5P5VA 2B42A 2CENA 2ZJKA 2ER0E 4GJ7A 2QU3A 3NLSA 5P1NA 5OZUA 5KR2A 5F01A 4Y5CA 1B6JA 5P53A 5P3RA 4CMSA 1W6HA 5P2TA 1YTIA 3RVIA 3O9DA 1ZP8A 3UQRA 1XL5A 1ZTZA 5BRYA 3LZYA 2QI6A 5P4VA 1K6PA 1QBSA 2JXRA 5P4TA 3LINA 3U7SA 5P4DA 5P37A 5I3XA 1SDUA 5OZ1A 4Y37A 1W5WA 4Y4DA 4HDBA 1HTRB 1HIHA 4Y3XA 5DGUA 4RLDA 3PJ6A 4EYRA 1GNMA 3MXEA 3ZPSA 3ZMGA 2NNPA 3K5CA 5OZ7A 2IL2A 3QS1A 1IZIA 1MIQA 5P0JA 4WY1A 5OZSA 3ST5A 1IDBA 2I4DA 1IIQA 3TOHA 3URIA 2FLEA 3OUCA 1KJ4A 4F74A 4GJ9A 1G2KA 3WZ7A 4RCFA 1C6YA 3IXKA 2ER6E 4OC6B 4B00A 4J1HA 5P56A 4OBJA 5P4KA 5P11A 5OYZA 1ZJ7A 2G21A 2BKSA 2BJUA 4K8SA 3MXDA 3ZKNA 4OBKA 1LYWA 4CPWA 3L3AA 4NPUA 5P7SA 3INFA 4EXHA 1APTE 2Q64A 1HBVA 4Y45A 2VIEA 1FKNA 2NTRA 1QBRA 5P6XA 1K1TA 3KDBA 3EL5A 4DVFA 1XDHA 1EPPE 4B70A 3PCZA 3PI0A 5P3HA 4EP3A 5P7KA 3OGQA 3ZKMA 3KFPA 4EP2A 3EBZA 3VV8A 2ER9E 5P1HA 4EJ8A 5P0IA 3FV3A 1CZIE 1FLHA 3JW2A 3UDYA 5IVQA 5P42A 2APRA 3SAAA 1NPWA 5P8LA 5T4SA 5P34A 1PSOE 2AOIA 4CPUA 2WF4A 5PEPA 1EPME 5P8EA 4Q1XA 1HPOA 5P3BA 2BPXA 5P2WA 3DUYA 5OZNA 2R9BA 5SY2A 3O9AA 3CYXA 1HVLA 5P07A 2AOFA 4QGIA 4J0VA 5P61A 2O4NA 2ZJNA 3M9FA 3QBHA 4OBFA 3SKGA 1HVHA 5P8DA 1LYWB 4ZIPA 2NMZA 5P3UA 1XE6A 3S56A 4I0GA 2G1RA 5P7PA 1E82E 5OZTA 4UPJA 5HDXA 3QIHA 4AUCA 5P80A 5P5SA 5P2NA 1EBZA 1C6ZA 1EPOE 3WZ6A 2VIZA 2XFJA 4J17A 1LYBB 5BWYA 5IVSA 4ER1E 4YA8A 2XYEA 2JJIA 1MTRA 4Y4BA 1EPLE 3QRVA 2HS1A 3OQDA 5P60A 1B5FB 5OZBA 3OXXA 5C9BA 4GYEA 3VF5A 2AOJA 4TRZA 3EMYA 4DV9A 2P3DA 4ACXA 4ZSMA 5KQZA 5P4QA 3EKXA 5OYSA 4NJUA 4EJKA 2V13A 1K2CA 1Z1HA 5P51A 4YD4A 4I1CA 2AVSA 5P4MA 4B77A 4I8ZA 3LIQA 3I7EA 4FRJA 1LF2A 3SA9A 2PK6A 3CKTA 2ZE1A 3IVHA 3Q5HA 2ANLA 2VKMA 2P83A 1DMPA 2HB4A 4J0YA 5P8VA 4TRYA 4CPRA 5P7LA 1QDMA 2B8LA 1XN2A 1D4IA 5P28A 1LF3A 5F00A 1GNNA 4YCKA 2IGYA 1B11A 2BPWA 6APRE 3IAWA 4HDFA 5P33A 5P5MA 5P0XA 5P8BA 4Q1YA 5P77A 3LIYA 5P1OA 2VJ7A 1MSMA 5OYUA 3HVGA 3LPJA 3VV7A 5HCTA 5COPA 3OTYA 2IKUA 5P3FA 4GJBA 4Y3LA 3QN8A 3GI4A 4OBDA 4D8CA 2WF3A 3T7QA 4YOBA 3MSKA 4Y3QA 1HOSA 1M4HA 5P79A 2QNQA 2ZGAA 3O9EA 1YG9A 4X7IA 5P31A 2ZHTA 5P57A 5ENMA 1EPNE 1RL8A 3L5FA 3APPA 3NSHA 5P1YA 5P36A 4QJAA 3GI0A 1BWAA 1HEFE 2QAKA 2PC0A 1TZSA 5P6YA 3EM6A 4I0IA 2O4PA 3UQXA 3L58A 4DH6A 5P7FA 5KOQA 1KJGA 4YD5A 4Q1WA 3FNUA 2PMAA 5P35A 5P5IA 5P3KA 3LZVA 3O9CA 5P41A 5P22A 4RGHA 5P5DA 5P1RA 5OZFA 3ECGA 5P1LA 4Y3EA 5P78A 2B8VA 1FQXA 3DV5A 3SA3A 4J5JA 5P27A 3OADB 3R2FA 4AA8A 1DPJA 3OUAA 2HM1A 1HVCA 1HTGA 2G1YA 5P8HA 2OHKA 3LPKA 3TTPA 1A30A 4J0ZA 2G24A 4Y54A 2WEAA 5P5TA 2QZXA 2OHRA 5P0MA 3S7LA 3QAAA 2J9KA 3URLA 3SQFA 2NNKA 1EPQE 1UH9A 2R3WA 1CPIA 3Q70A 5E5JA 1ZBGA 5P8RA 5OZAA 2IKOA 4R91A 1TCWA 4U7VA 5OZPA 5P3EA 5P63A 4Y3TA 2NXMA 2NR6A 2FDPA 3DCRA 5P73A 2G27A 4DJUA 5HDZA 5P1AA 2BBBA 4QJ7A 5P66A 4ER2E 1D4KA 5P46A 5P3NA 5P64A 3ZL7A 4B1CA 5P6JA 2FNSA 3N4LA 5P7CA 2ER7E 3SA8A 4JP9A 5P6NA 3WB4A 3PMUA 2FIVA 2OHMA 5P20A 1EPRE 1OHRA 3BUHA 4TVHA 1EC0A 4DJXA 4A4QA 5DQ2A 3UQUA 5P4EA 2J9JA 3K5DA 5P5NA 4Y41A 5P3TA 1GVXA 3O9GA 2BPVA 3VYDA 4LXMA 1BVGA 5P6KA 4Y4GA 3KDCA 2NXDA 1HEGE 4QLHA 3OQ7A 4R92A 4Z50A 5OZXA 2PSVA 1XL2A 3QPJA 4K4QA 1FGCC 4LP9A 1T6GA 4QJ8A 2QNPA 1EBYA 3UDMA 3EKWA 4FAFA 4Y3HA 5P43A 5P3OA 2R43A 5P8QA 4Z22A 1FEJC 3UF3A 1SDVA 5P76A 5B18A 1HPXA 3SM2A 5P5EA 2G22A 5P5KA 2QZWA 1JLDA 5P5JA 2JE4A 4HLAA 5FIVA 1YM4A 5P01A 1NPAA 5P3ZA 4Y36A 3BXSA 4YDGA 3MSLA 5CLMA 1PSAA 2SAMA 1FIVA 3OU1A 5AH6A 4GJCA 5C9DA 3D20A 1YT9A 1EBWA 1EAGA 3TPLA 2QZLA 5DR8A 4NKKA 2WECA 2F81A 5IE1A 2VIYA 3GW5A 1FMXA 1AVFA 4Y4UA 2UPJA 5DR3A 3UCBA 1LF4A 2QD6A 3NYGA 4EPJA 5P39A 2I4UA 3DV1A 5P4RA 1LS5A 4L7GA 5HE4A 1RNEA 2J9JB 5P0ZA 5SXNA 3AIDA 1CMSA 4AA9A 3L5EA 1SGZA 2IEOA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3DJK A;  3PEP A;  2QMD A;  3I8W A;  5P85 A;  3UDQ A;  3OU3 A;  5P03 A;  1ER8 E;  4Y3S A;  5P19 A;  5P2D A;  3U6A A;  2VJ6 A;  5P1F A;  4A6B A;  3G6Z A;  5P2H A;  3S53 A;  2BB9 A;  3B7V A;  1G0V A;  4Y47 A;  1FQ8 A;  3LIZ A;  4MC9 A;  4Y3W A;  3KFS A;  1XN3 A;  1HVR A;  4YE3 A;  5KQY A;  5P44 A;  1GVV A;  4B05 A;  3SO9 A;  2OHT A;  2HS2 A;  1YTG A;  2I4W A;  3OQK A;  4LXA A;  3WSJ A;  4COE A;  4RVJ A;  5EZX A;  1D4J A;  5P5A A;  1IVP A;  3OTS A;  3JVW A;  4Y4X A;  1FQ5 A;  4I0D A;  5P2B A;  1SIV A;  4YD6 A;  1MUI A;  5P0V A;  2O4K A;  1A94 A;  5P8J A;  4LAP A;  1RQ9 A;  4PPH A;  2JJJ A;  5HU1 A;  5P3D A;  4F73 A;  4ZSP A;  7HVP A;  4XX4 A;  5OZ8 A;  4R93 A;  1MVP A;  4FS4 A;  2FNT A;  2PSU A;  3L59 A;  3PCW A;  5APR E;  1HVK A;  3PSG A;  1LV1 A;  1YTH A;  3LPI A;  2R3T A;  2QI4 A;  3T7P A;  4I0F A;  4DJP A;  3ER3 E;  5P8N A;  4HEG A;  4Y53 A;  4TVG A;  4FSL A;  1HVS A;  3PWR A;  5P4X A;  5P55 A;  5OZG A;  3EM4 A;  5HCO A;  4Z2Z A;  1ODY A;  2V16 C;  3SA7 A;  3WZ8 A;  3I6O A;  5P5F A;  3IVI A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3FIV A;  3UDN A;  5OZ4 A;  2IGX A;  2A1E A;  5P0D A;  4DJW A;  4Y57 A;  5P0T A;  2ZHR A;  2Q3K A;  3MWS A;  5P2R A;  2XFI A;  3CKP A;  4JPC A;  3NDT A;  1WBK A;  5P7H A;  4DPF A;  5OYQ A;  2FGV A;  2G1N A;  2ZHU A;  5P8P A;  3BUF A;  4FL8 A;  5P16 A;  5P74 A;  5P0E A;  3PLD A;  4Y35 A;  4DJR A;  3JVY A;  2PK5 A;  4HA5 A;  1XS7 D;  1MER A;  5P6A A;  5P83 A;  4ZSR A;  3EKQ A;  3OUB A;  2QCI A;  3R0Y A;  4Y51 A;  5OZ5 A;  5P17 A;  4HDP A;  4MC1 A;  5P1Q A;  5P1W A;  2WJO A;  3EC0 A;  1HXB A;  4KUP A;  4GB2 A;  5HTZ A;  5KQF A;  4DQG A;  5P13 A;  3SKF A;  1B6P A;  4L6B A;  3EL1 A;  5DQC A;  1K6T A;  2OF0 A;  1AID A;  5P5Z A;  3INE A;  4Y3Z A;  4Y48 A;  2Q55 A;  5OZD A;  4ZEA A;  3RSV A;  4M8Y A;  5OYX A;  4CPX A;  2AOG A;  2PQZ A;  2UY0 A;  3RTH A;  5P7J A;  1M43 A;  5P4I A;  1E80 E;  3SLZ A;  1HSI A;  4D83 A;  5HDU A;  3NWQ A;  3TNE A;  5P6R A;  5P88 A;  5P18 A;  3HBO A;  3VSX A;  2Q11 A;  3NU3 A;  1EC2 A;  5P7Z A;  4J1C A;  3PBZ A;  2QD7 A;  3OWN A;  2VIJ A;  1FQ6 A;  1RPI A;  2RKG A;  2P3C A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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