1EC1A

Hiv-1 protease in complex with the inhibitor bea409
Total Genus 15
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
15
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Optimization of P1-P3 groups in symmetric and asymmetric HIV-1 protease inhibitors
pubmed doi rcsb
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 15
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2000-01-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1ec1A00
5P5DA 4B1CA 2WF0A 2PC0A 5I3XA 3RSVA 5HU1A 5P6JA 5P1KA 3I8WA 4Y3RA 5COOA 2H6SA 2BQVA 5P1NA 4LAPA 1HSGA 3O9GA 3SA8A 5HE7A 4GJ8A 5OZXA 4QLHA 2B8LA 3QRMA 1FQ7A 2ER6E 3INDA 4B0QA 4GJ9A 5P11A 5OZYA 1C6ZA 4OBDA 5OYZA 4XXSA 5OZUA 2QNPA 2B7FA 5P71A 5I3VA 1K6CA 5P3WA 1APUE 5P4NA 1W6HA 5P1ZA 5DPZA 5P3RA 5P6KA 5OZCA 5OYYA 3PWWA 2WF2A 3DV1A 3WZ6A 1MSMA 2HPEA 5P1RA 2ASIA 4YHQA 3LHGA 4EP3A 2Q55A 5P84A 5OZ0A 5P6NA 1AJXA 5P8GA 4J1EA 1SGZA 2ZHVA 1FLHA 5P6EA 4OBKA 3HW1A 4Y9WA 1C6YA 2UPJA 3KMYA 5P36A 5IVQA 2WEBA 2O40A 5P65A 5P1PA 3PM4A 3QRSA 5P29A 4DJPA 3QBFA 5P2SA 5P01A 3QVIA 3D1ZA 3TOGA 3DJKA 4HE9A 1QBUA 5P6YA 2AOGA 2QI7A 5P5PA 5P0CA 2ZJNA 2BKSA 5P5GA 4LC7A 1G2KA 5P3ZA 3UDNA 3PBDA 3SA9A 1YM2A 3IN4A 3K4VA 4J1IA 1QRPE 4Y43A 5P44A 2R43A 5P8CA 1YTJA 1QDMA 2AVQA 3O9LB 4EJDA 3BXRA 1APVE 1ODYA 3D91A 2EWYA 1AVFA 2B7ZA 2ZJIA 1W51A 3OU1A 4GB2A 5P5OA 5DGWA 5CONA 4ZSQA 3UDMA 5P3FA 3OUDA 2WF3A 1ZLFA 4PZWA 5P7DA 3TPPA 2BKTA 3K5FA 1DP5A 2IRZA 5JODA 2G69A 4PPHA 2B42A 2JJIA 4N00A 4GMIA 4Y3QA 4EJLA 3DOXA 2G24A 2P3BA 3EM6A 5P1TA 3KMXA 2QI6A 3EKXA 2VJ7A 2P4JA 4QJ7A 7HVPA 2Q15A 4HEGA 3OHFA 5P5AA 3LIYA 4HA5A 4TRWA 3O9CA 5P0QA 5COKA 2F8GA 5P13A 1AZ5A 2QMPA 5OZSA 2HS1A 5OYUA 3TOFA 3NDXA 1MRXA 2QAKA 5P4PA 2NXLA 3RVIA 5P1QA 4FM8A 5ENMA 2MIPA 5P8DA 1BAIA 1HEGE 4NJUA 5AH6A 3SAAA 1HVHA 2Q5KA 5P0JA 3S7LA 4ER1E 5TOLA 3NWXA 5P0KA 4Z22A 1A8KA 5DQ4A 1HVSA 4TRYA 1HPOA 4FSEA 5P2WA 1EPQE 4AMTA 3R0WA 3OAGB 5P77A 1HPXA 1BDRA 5P56A 4OC6B 4OBZA 3WSJA 4YD4A 3SA5A 4MC1A 1ZSFA 5AH8A 4ZSPA 2BPYA 4EJKA 3O9DA 3INEA 2QZWA 1LYBB 3OGQA 1BV9A 5P7MA 4Y54A 5P10A 1FFFC 4DVFA 1TSUA 2BPVA 5P48A 5P7GA 1CPIA 3UDQA 5B18A 3H0BA 3S53A 2QD7A 1XL5A 2G27A 4CP7A 1BVGA 3URLA 2PSGA 2QI5A 4Y39A 4EQ0A 2RKFA 2WEDA 3QS1A 3BUFA 3IVIA 5P85A 3OQAA 3S8IA 4GJ5A 3EL0A 3T3CA 3IA9A 5P4SA 3ZKNA 1LF2A 3UQXA 4XX4A 1QS8A 2UXZA 2ZJMA 4TRZA 5P14A 5P0PA 3HBOA 5P1DA 2G1SA 2FXEA 5P89A 4GZFA 3HVPA 1MRWA 2QD6A 4Q1WA 4CMSA 5P8NA 5P70A 1FFIC 5P7LA 2I1AA 1BILA 3OTSA 3HD8A 5P1IA 4H3JA 6FIVA 2V10C 1E82E 2VJ6A 2ZJLA 5P1BA 5P5VA 2NR6A 5OZ4A 5P07A 2AOJA 2A4FA 1ODXA 2AVMA 2G1RA 4YBIA 5P63A 1T6GA 3PCZA 3ZKMA 3APPA 3KDDA 3TPJA 4FE6A 5P60A 5P8KA 2G94A 3SM1A 1XE6A 4J0YA 3ZPTA 3ZL7A 1G0VA 3SKFA 2VIEA 5P8QA 5P55A 4LL3A 4J0TA 1AJVA 4Y4DA 4I0FA 3TH9A 2ZDZA 2R38A 4FCOA 2XFKA 4J0PA 2PYMA 3FIVA 4DV9A 1META 1RL8A 3PVKA 1BDQA 4JPEA 3G6ZA 4B70A 3PRSA 4YE3A 3URIA 2ZHTA 3LPJA 2I4QA 5ENKA 5OZQA 2AIDA 3SA3A 3QROA 4Y4AA 1ODWA 1EC2A 2HIZA 5P16A 4L1AA 2V16C 5P5NA 2WKZA 5P6HA 4E43A 4D85A 3TKGA 5P54A 4A4QA 4KUPA 4CPTA 1AIDA 1XE5A 1XL2A 4DJWA 1EC3A 1ZPAA 1W5XA 5P1WA 4Y3TA 2Q63A 1YG9A 3OU1B 5P6ZA 4AA9A 1ER8E 2PMAA 5P7QA 4Y37A 2BPXA 3OQKA 5KQXA 3KFPA 1SMEA 4Y57A 2IDWA 2OHSA 2VA5A 2Z54A 3FV3A 5P7JA 4RYCA 1NSOA 1K2CA 5P6XA 5P2MA 4J1FA 1HPSA 5P76A 4Y4XA 3S43A 5P59A 4DQCA 5P32A 1SH9A 1HHPA 3S54A 5CLMA 1PPLE 4ZLSA 3BXSA 3INHA 4J1HA 2IS0A 4PHVA 2VIYA 5P4AA 2I4VA 4OD9B 2J9KA 5P3VA 4D88A 1MIQA 2QZXA 1F7AA 1FGCC 5P6WA 3L58A 4Y4GA 1FQ5A 3PMYA 3OY4A 3UDPA 4I1CA 2OHQA 1EPME 5IVRA 3EKPA 4DJUA 1TCXA 1G35A 3EM3A 2ZE1A 5OYRA 4B00A 1NH0A 2QI0A 3LNKA 3T7QA 4YOBA 4JPCA 1W5VA 4HVPA 4Y5AA 2G20A 5JFUA 1HIHA 4B72A 4Y47A 3OTYA 5OZ3A 4Y3JA 2I4UA 5P0GA 3G72A 5P0RA 5P2HA 2QCIA 5OZ2A 4HDBA 1HVCA 4WTUA 5OZAA 3FNTA 1TZSA 5P8VA 3RTMA 2I4XA 1RPIA 2NXDA 4NPTA 5IS4A 3SLZA 5P26A 3LZUA 5OZWA 1HSIA 5KQFA 1WKRA 3T7PA 3U7SA 2IGXA 5C9DA 1HVLA 4Y4EA 2Q3KA 5P40A 1HVRA 4Y51A 3JVWA 1LF4A 3GGXA 2R5QA 3GGVA 4FM7A 5APRE 4Y56A 3R2FA 2NPHA 4MC2A 4I0GA 2FDDA 4RYGA 1GVXA 3CICA 3DK1A 2FS4A 1ZP8A 5P35A 5KR0A 2XYEA 3IXJA 3SABA 3JW2A 4CPXA 4EXHA 2ANLA 3UQWA 4I10A 5JG1A 4ACUA 3QVCA 4RGHA 4S1GA 5DR3A 1N49A 3N4LA 5P8LA 5F00A 1EC1A 1HBVA 1ZPKA 4Y3DA 4HZTA 3D1XA 1D4JA 4FS4A 4F75A 5P38A 5P8BA 4Y5CA 4Y5MA 2WJOA 4FL8A 5P52A 1K6TA 1LS5A 1DAZC 2ZJKA 3CYWA 5OZIA 1KJ4A 2QI3A 3FNSA 1B11A 4ZPEA 3G70A 5P4BA 5P0OA 3SQFA 4CPWA 4ZE6A 3UQPA 5OZDA 1ENTE 5P87A 2PK5A 3K5GA 3KFRA 5P2AA 5P2RA 4A6CA 3TTPA 3ZPSA 1B6PA 5P58A 5HCTA 1XN2A 4L1AB 3SO9A 1HOSA 2OF0A 4EXGA 2JE4A 3B80A 2HC0A 5P8RA 4BEKA 4PYVA 3K5DA 3O9BA 5P4QA 2PH8A 1FF0C 2HS2A 3KDBA 1HRNA 4GJ6A 3NXEA 5P3KA 1D4SA 5P3TA 3EKQA 5UPJA 4FRSA 4ZIPA 1KJ7A 2Q11A 5SXNA 1Z1RA 1W50A 3UDHA 3GW5A 3HDKA 5P4FA 1PPKE 4ER2E 5P04A 5COPA 1A9MA 5P43A 3S43B 2O4NA 1ZBGA 3UFLA 3NDTA 1Q9PA 2NNPA 4RCFA 1YM4A 5OZFA 3BVAA 3I25A 5P4MA 4YD7A 5E5JA 5P1FA 1NPWA 3CYXA 5KOSA 3HVGA 4Y48A 2V13A 3VSXA 2QNNA 5P4UA 4QJ9A 4M8YA 5OZZA 1M4HA 4D8CA 1OEXA 4NKKA 5P50A 2NTRA 3PWRA 3U71A 5OZNA 5OZRA 2Q54A 4OBJA 4IVSA 4LBTA 3NWQA 4FIVA 3VYDA 2FXDA 3CKPA 5SY2A 4GYEA 1K6VA 3EXOA 1IBQA 3UDJA 3T7XA 5P5CA 4FM6A 5P81A 1M43A 3NU3A 3DCRA 4B05A 5P3HA 5P25A 2G21A 3ST5A 3L5DA 4Y5BA 5P4VA 3LZVA 1E81E 5P5JA 1EPOE 3KT5A 4Y5KA 1DPJA 3FNUA 5SY3A 1HVIA 4Y4ZA 2OHTA 5BWYA 3D3TA 5P33A 2QK5A 5OZEA 3UPJA 5P3IA 5P86A 5P3CA 4L7HA 1G6LA 5P66A 3EM4A 3LIXA 4K4QA 4Y3HA 4I8WA 5P8JA 2JXRA 5ISKA 1FQXA 3L38A 1RQ9A 3OU3A 1UH9A 4EYRA 1FEJC 3DCKA 2P8HA 1GNMA 4DJQA 3OHHA 2AZCA 5P06A 3Q70A 5P7BA 1FQ8A 3PI0A 3SA4A 3QAAA 9HVPA 4Y3AA 5AHBA 4DJRA 3T11A 3UQRA 4Y44A 1OD1A 3WZ7A 5DQ1A 1BWBA 5P0TA 3MXDA 4APEA 1DIFA 1Z8CA 2A1EA 2QMDA 2PH6A 4D89A 1W5WA 3IGBA 3FSMA 2QNQA 5P8PA 1EBWA 5OZ8A 3RTNA 3Q5HA 2ZHSA 2R9BA 1HXWA 1PSNA 3EL9A 3ZKQA 3APRE 1MESA 4R95A 3A2OA 4YBFA 5KQZA 3WB5A 3OXCA 2P3DA 4Y3FA 3UF3A 3LIZA 1SGUA 5P4CA 1YTHA 1LYAA 2CEMA 3OU4A 1FMBA 5C9FA 2AODA 2NMYA 1WBKA 3VF7A 2VS2A 2ZHRA 1AXAA 5DR0A 4RCDA 5P1EA 3LPKA 3U6AA 4A6BA 5P6SA 4XX3A 2PK6A 2HB4A 3TKWA 2VA6A 1U8GA 3OQDA 3B7VA 2G22A 5P7YA 2PSUA 3NR6A 4Q5MA 1PSOE 3LZYA 2AOIA 5IE1A 1YTGA 1VIKA 2J9JA 2IENA 1IZEA 4L7JA 5P7TA 5P3PA 4U7QA 4QJ6A 5P15A 2NMZA 4Q1XA 3ER3E 3NUOA 1FMXA 4RLDA 1FB7A 5P4OA 3VEUA 1IZDA 4Y38A 4EHCA 5I3WA 2OAHA 4M8XA 3MWSA 1MPPA 2P3AA 2BB9A 5P23A 3AUPA 5P0EA 3GI0A 5P7FA 1B6JA 3RSXA 5P37A 5P19A 3ZOVA 3EKWA 4Y3MA 3OOZA 5P6MA 2RKGA 1MT9A 3LITA 5P00A 5P05A 3UHLA 5EZXA 4Y3YA 5P09A 2H6TA 1PPME 2OHNA 3H5BA 2VNMA 5P0BA 3SPKA 4Y6MA 1APTE 1D4HA 2R3TA 1D4LA 2WEZA 2FDPA 1BWAA 5KQYA 1GNNA 1DW6C 2CEJA 2Q64A 2VNNA 2QHZA 5P30A 3DUYA 8HVPA 5P57A 1NPAA 4K4RA 5KR1A 2VIJA 5P67A 1E80E 4Q1YA 5P2VA 5P3SA 1B6LA 5DR7A 5P0HA 3ZMGA 4Z50A 4J0VA 5P12A 5P31A 3I7EA 4B1DA 4JOOA 3R0YA 5DGUA 5P5HA 4AZYA 2VKMA 6UPJA 5P8AA 5P8SA 2OHMA 2B60A 1D4IA 1T7IA 4J54A 5P2YA 2AVSA 1T6EX 4ZPGA 1HTFA 1WBMA 4QJAA 3R1GB 5OYVA 1MEUA 2F81A 4Y5PA 1EBZA 2BPWA 5J25A 1SMRA 3CMSA 3OUDB 1XN3A 5P2XA 1EBKC 1JLDA 3FX5A 4FRIA 2F80A 2QD8A 5P41A 3LPIA 2P3BB 4H3IA 2FDEA 3UFNA 5P4EA 5P5EA 4LHHA 5P5LA 2XFJA 5P61A 2B8VA 1IZHA 1MSNA 1HIIA 3PBZA 3KT2A 5P2TA 4HDFA 5P5RA 4Y3SA 4YOAA 3EKVA 5P7EA 5P8MA 5P3QA 4RVJA 3UDKA 4Y3NA 5P7KA 4B78A 2VA7A 3L5CA 3JVYA 1APWE 1BV7A 3INFA 5P2NA 1Z1HA 1EPPE 4LXMA 3KFNA 4B1EA 1MERA 4RRSA 3TLHA 5P2DA 3EL1A 1IDAA 5PEPA 3CKTA 3ZPUA 2QP8A 3NDUA 4Y3XA 3OU4B 5P0VA 4OBZB 5P7ZA 1BVEA 3DV5A 1CMSA 4GJAA 5OYQA 2JJJA 2QHCA 5P6AA 3TPRA 3OK9A 4I0JA 2AOEA 4J1CA 4Y3LA 3GI5A 4JP9A 3PHVA 2ZYEA 3QIHA 5P6VA 2AZ9A 5HDXA 4GJCA 5P88A 1EBYA 3S85A 4RCEA 5P7WA 2I4WA 2AVVA 5P6IA 3IXKA 4R93A 2P83A 5DR8A 5P8HA 5OZHA 5P6CA 2J9JB 3O9LA 5OYXA 2P3CA 4DQEA 1TW7A 3PSYA 2PSVA 4J5JA 5P1OA 3SFCA 1IVQA 3K5CA 5P4IA 5I3YA 2XFIA 1VIJA 5P7OA 3VFAA 4Y4UA 1FQ4A 1LZQA 4YDFA 5P18A 2FGUA 3KM4A 4FRKA 5ER1E 2FNSA 2QHYA 5P2GA 2F3KA 2IKUA 3BC4A 4NPUA 2G1OA 3PCWA 5HVPA 5P4KA 4YD5A 2AVOA 5P0WA 2O4SA 5P0UA 2VIZA 3BVBA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P5D A;  4B1C A;  2WF0 A;  2PC0 A;  5I3X A;  3RSV A;  5HU1 A;  5P6J A;  5P1K A;  3I8W A;  4Y3R A;  5COO A;  2H6S A;  2BQV A;  5P1N A;  4LAP A;  1HSG A;  3O9G A;  3SA8 A;  5HE7 A;  4GJ8 A;  5OZX A;  4QLH A;  2B8L A;  3QRM A;  1FQ7 A;  2ER6 E;  3IND A;  4B0Q A;  4GJ9 A;  5P11 A;  5OZY A;  1C6Z A;  4OBD A;  5OYZ A;  4XXS A;  5OZU A;  2QNP A;  2B7F A;  5P71 A;  5I3V A;  1K6C A;  5P3W A;  1APU E;  5P4N A;  1W6H A;  5P1Z A;  5DPZ A;  5P3R A;  5P6K A;  5OZC A;  5OYY A;  3PWW A;  2WF2 A;  3DV1 A;  3WZ6 A;  1MSM A;  2HPE A;  5P1R A;  2ASI A;  4YHQ A;  3LHG A;  4EP3 A;  2Q55 A;  5P84 A;  5OZ0 A;  5P6N A;  1AJX A;  5P8G A;  4J1E A;  1SGZ A;  2ZHV A;  1FLH A;  5P6E A;  4OBK A;  3HW1 A;  4Y9W A;  1C6Y A;  2UPJ A;  3KMY A;  5P36 A;  5IVQ A;  2WEB A;  2O40 A;  5P65 A;  5P1P A;  3PM4 A;  3QRS A;  5P29 A;  4DJP A;  3QBF A;  5P2S A;  5P01 A;  3QVI A;  3D1Z A;  3TOG A;  3DJK A;  4HE9 A;  1QBU A;  5P6Y A;  2AOG A;  2QI7 A;  5P5P A;  5P0C A;  2ZJN A;  2BKS A;  5P5G A;  4LC7 A;  1G2K A;  5P3Z A;  3UDN A;  3PBD A;  3SA9 A;  1YM2 A;  3IN4 A;  3K4V A;  4J1I A;  1QRP E;  4Y43 A;  5P44 A;  2R43 A;  5P8C A;  1YTJ A;  1QDM A;  2AVQ A;  3O9L B;  4EJD A;  3BXR A;  1APV E;  1ODY A;  3D91 A;  2EWY A;  1AVF A;  2B7Z A;  2ZJI A;  1W51 A;  3OU1 A;  4GB2 A;  5P5O A;  5DGW A;  5CON A;  4ZSQ A;  3UDM A;  5P3F A;  3OUD A;  2WF3 A;  1ZLF A;  4PZW A;  5P7D A;  3TPP A;  2BKT A;  3K5F A;  1DP5 A;  2IRZ A;  5JOD A;  2G69 A;  4PPH A;  2B42 A;  2JJI A;  4N00 A;  4GMI A;  4Y3Q A;  4EJL A;  3DOX A;  2G24 A;  2P3B A;  3EM6 A;  5P1T A;  3KMX A;  2QI6 A;  3EKX A;  2VJ7 A;  2P4J A;  4QJ7 A;  7HVP A;  2Q15 A;  4HEG A;  3OHF A;  5P5A A;  3LIY A;  4HA5 A;  4TRW A;  3O9C A;  5P0Q A;  5COK A;  2F8G A;  5P13 A;  1AZ5 A;  2QMP A;  5OZS A;  2HS1 A;  5OYU A;  3TOF A;  3NDX A;  1MRX A;  2QAK A;  5P4P A;  2NXL A;  3RVI A;  5P1Q A;  4FM8 A;  5ENM A;  2MIP A;  5P8D A;  1BAI A;  1HEG E;  4NJU A;  5AH6 A;  3SAA A;  1HVH A;  2Q5K A;  5P0J A;  3S7L A;  4ER1 E;  5TOL A;  3NWX A;  5P0K A;  4Z22 A;  1A8K A;  5DQ4 A;  1HVS A;  4TRY A;  1HPO A;  4FSE A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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