1EC2A

Hiv-1 protease in complex with the inhibitor bea428
Total Genus 15
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
15
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Optimization of P1-P3 groups in symmetric and asymmetric HIV-1 protease inhibitors
pubmed doi rcsb
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 15
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2000-01-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1ec2A00
5P8KA 5OZNA 5P8RA 5J25A 4NPUA 3VSWA 1SH9A 1EBWA 4J0PA 1T7KA 5P51A 1D4JA 4BEKA 4S1GA 5P3MA 3K5CA 3MXDA 5P1VA 5OZBA 5P6YA 3KMYA 4QJ2A 5P36A 5P5VA 4ZPFA 4NJVA 5P5ZA 2ZHSA 2QZWA 4YD7A 2VJ9A 3UDNA 5P4HA 4B1DA 3VF7A 5P6OA 3BUHA 2XFJA 5P1UA 1LZQA 2QU2A 5P5FA 1T6GA 4GJ6A 2A1EA 1ZBGA 3EM4A 3NU3A 5P2IA 4RROA 3QVCA 5P14A 5P1JA 5P2QA 5KQZA 3VLBA 2Q5KA 3FSMA 3PRSA 1FKNA 5P1QA 5OZTA 3SA9A 3BVBA 1ODWA 4CPSA 2G1NA 4Y3LA 3VSXA 2AOFA 3T11A 1MRWA 5P62A 4EQJA 3NR6A 2Q54A 2HB3A 2B8VA 2WHHA 5OZXA 3JVYA 1APVE 5P0BA 4NJSA 3UDQA 1IVQA 1W6IA 5P07A 7UPJA 5DR3A 2FDEA 4FAFA 4ZLSA 4DI2A 1U8GA 4QJAA 5P2SA 5P7LA 1GVVA 3GW5A 5P3GA 1HSGA 5P0HA 2R3TA 1MESA 5OZVA 4JOOA 3SPKA 3QBFA 3R1GB 3MSKA 2OHRA 2F80A 5P80A 5P3VA 9HVPA 4CPUA 2HPFA 1HSIA 2OHMA 3O9EA 2A4FA 5P3AA 3OAGA 5DQ2A 5P4BA 2R43A 4I0DA 4Y47A 4MC6A 3FX5A 3LZUA 3OADA 5P1OA 3VV7A 2IENA 5P2BA 5P7SA 3SM2A 1XN2A 3OHHA 5DR8A 1PSOE 5P69A 4Y35A 1EAGA 2QD6A 4J1CA 1ENTE 1DMPA 5OZHA 5P6XA 4RGHA 4TVHA 4B70A 2FDDA 4FRJA 4CMSA 5P7TA 4YDGA 3L5CA 4RYGA 4ACXA 4ZSQA 3CIBA 1HIVA 4GMIA 2I4XA 3O9LA 3D3TA 4Y3PA 2Q3KA 5DQ1A 4DQBA 3LIQA 3LHGA 4Y4WA 1AIDA 2VIEA 5F00A 5P6EA 3URIA 2Q11A 1QBSA 1EPNE 5P1BA 2OHLA 3OXWA 3UQUA 1SMRA 2IKOA 5P31A 5P6TA 3CKPA 1E80E 5P05A 1E81E 4I8ZA 3OAGB 3T3CA 4QLHA 4Y3TA 1UH8A 3OADB 3HAUA 4CPXA 1EPPE 5P1DA 3PGIA 1EPQE 5OZKA 2ANLA 3F9QA 3EC0A 2G69A 3K4VC 4A6CA 2AIDA 2HPEA 4Y5BA 4Y4EA 5P6SA 5P4GA 4OBGA 4EQ0A 1PPKE 3DOXA 4NJTA 3APPA 4YE3A 2V10C 2O4KA 3VV8A 1HVLA 5P8IA 3K4VA 3O9LB 3PWMA 3QVIA 5P0JA 2OHKA 2PSVA 2QMPA 4Y3ZA 3EMYA 5OZMA 4FL8A 4Y5PA 4PZWA 5P70A 3M9FA 3MSLA 5P5PA 4XX3A 3R4BA 4QJ8A 3TPJA 4TRWA 3FNSA 5P7MA 2QD7A 2VJ7A 1FQ8A 2IL2A 2WEBA 5P4NA 5SZ9A 3QP0A 4JPEA 1VIJA 4K8SA 5P28A 3IVIA 1C70A 1YTIA 5P59A 3NWQA 5SXNA 1PPME 5P88A 5P48A 3EL1A 3OY4A 4DJWA 4COEA 4DPFA 5P06A 1B6JA 2QMDA 1W6HA 5JG1A 3NU9A 1QBTA 4Y6MA 2WF1A 3O9CA 1KJFA 1TSQA 2HC0A 5P7PA 2QI7A 4PYVA 1EBYA 4LC7A 4LBTA 1AJXA 1K2CA 3Q6YA 5P49A 5OZLA 3OUDA 1XS7D 3QRSA 5ENMA 3UHLA 1ZP8A 3IXOA 2PK5A 1OHRA 4Y5EA 5P8LA 4ER4E 5P5YA 5P4FA 3G6ZA 2OHTA 1K1UA 3VCMA 2FS4A 5P09A 1SBGA 3QRVA 3DM6A 3FV3A 2QI1A 4B77A 1FGCC 2QI5A 4Y5NA 5P8OA 4OBKA 1F34A 4FIVA 2ZDZA 1NPWA 5P2AA 4LL3A 5P0UA 3WB4A 4GJBA 1HHPA 3LIZA 3EKQA 5P1AA 2F3EA 5P2FA 3S43B 2O40A 5P02A 4HA5A 3BUFA 5P25A 5P3TA 5HTZA 3OUDB 3ZKGA 3NU4A 1KJ4A 3O9AA 3QN8A 1EEDP 5P2OA 5OZ8A 3T7XA 5SY3A 1CMSA 5P1ZA 2WF4A 1Z1HA 5P5WA 1MT7A 1B6MA 3ZOVA 2I4DA 4RZ1A 5P4CA 3L59A 1B5FA 4OBDA 3GI5A 4TVGA 1WKRA 5P0OA 5P10A 3R2FA 4J0TA 5P7FA 2WF0A 3G70A 3PBZA 5P85A 2NXMA 3TPLA 5OZGA 3L3AA 1LEEA 2EWYA 1BIMA 3TPPA 1GNMA 2B42A 2ER9E 4EP3A 3JW2A 3TNEA 3S7MA 4ZEAA 1A94A 1VIKA 1KZKA 5OZUA 2PSUA 4I10A 3KT5A 5P7BA 2IKUA 2AZBA 5P1LA 2G27A 1B11A 5OZ5A 1IZEA 4YD4A 5OZAA 5P0YA 1TCWA 4ZSRA 1HVRA 3S45A 5P3RA 5P0IA 1BAIA 1FG6C 5HCTA 2ASIA 1FB7A 3Q70A 1K6VA 3HAWA 4D85A 4B1CA 4BELA 5P32A 5P5AA 1FQ4A 3HVPA 4CP7A 5P5DA 4EP2A 4XXSA 4I0IA 4WY6A 5P7JA 2ZHVA 4Y3JA 1XN3A 6UPJA 2AOIA 4ZSPA 3LIXA 3CIDA 2G1RA 5P81A 3OQDA 3N4LA 3S85A 2P3BA 5P15A 5P6IA 3DUYA 1YTGA 5P34A 4HDPA 3B80A 2ZJHA 3URJA 1MPPA 4Q1NA 5KR8A 5P2LA 1RV7A 1NSOA 5P4TA 3BVAA 1D4YA 5P1SA 4I0EA 4DJRA 5P56A 1SGZA 3UCBA 5OYSA 5P12A 2ER0E 1HIHA 1YM4A 3OU4A 5P1RA 5P7GA 3DCRA 4K9HA 1HVSA 3RSXA 4Y4DA 5P1YA 5P1FA 3EBZA 4D8CA 1HVCA 2VIJA 4X2LA 5P27A 3PCWA 1C6ZA 5P5GA 5P6DA 3AUPA 2ER6E 3ZKQA 5P87A 4B1EA 4RCFA 5P0WA 2V16C 5P29A 5P0KA 2H6SA 5OZ3A 1AXAA 2NXLA 5OYZA 3FNTA 3BGCA 4ACUA 4YBFA 1LYAB 3NU6A 3NXEA 1DP5A 4K4RA 5OYTA 3LINA 4KUPA 3DK1A 3O9FA 5OZIA 5P2NA 4DJXA 3G72A 3OXCA 1FF0C 3ZKNA 2V13A 4DUSA 2FNTA 2IEOA 4DJVA 1D4HA 5OZEA 5ENKA 5OZFA 4HEGA 3TH9A 2OHPA 3ER5E 3NLSA 1MSNA 5P2XA 3OU4B 3OUCA 4Y5LA 5P7OA 5P60A 1PFZA 1XE5A 2P3CA 2G26A 2ZGAA 2RENA 3ER3E 4OBZB 4DJOA 5OZCA 5P0VA 5P4WA 2NNPA 1XL5A 3LNKA 3RU1A 5P44A 3ST5A 3VYDA 3SFCA 3L5EA 5P3FA 4YCYA 2O4PA 3WB5A 3SO9A 3KDBA 5P74A 5P0MA 4APEA 3QS1A 2BKTA 4Y4XA 5P1CA 2VIYA 5P1EA 1GKTA 4Y4GA 4F75A 4GB2A 5SY2A 3LIYA 5P2JA 5P6KA 4AA9A 3SAAA 4Y5GA 1FMUA 5P5BA 4QJ9A 3OWNA 2FGVA 2QHYA 4LXAA 5P37A 2AOEA 4H3JA 5P8EA 3D1YA 4EXHA 2QAKA 1BVGA 1GVWA 1J71A 3TTPA 4H3GA 1G2KA 5DQCA 5P55A 1DPJA 1META 4NKKA 2VA7A 4B00A 5P8DA 4DJUA 3VG1A 2IGYA 5OZYA 2QNNA 1KJ7A 3VUCA 4K4QA 4EYRA 4RCEA 3GGAA 3MXEA 2I0AA 3SACA 4B72A 3UDPA 1OEWA 5P4PA 4DQHA 5AH9A 4Y3NA 4Y43A 4I0HA 1G35A 2VNMA 4FAEA 2QI4A 1EPOE 5P86A 1RNEA 2O4NA 3HVGA 1UPJA 2I1AA 5OZ2A 4J1FA 1ZSRA 5OYQA 3HDKA 4Y54A 2P4JA 4Y41A 5P3KA 5P0NA 5OYVA 2QMFA 5COKA 1ZJ7A 1HPOA 5P4LA 5P73A 4ER2E 4M8YA 3OQ7A 5P1NA 2NMYA 3ZKXA 1K6PA 1YX9A 5P5LA 5P6JA 4OD9A 4DJYA 4Y4AA 1XL2A 2BBBA 4U7QA 3S7LA 2PWRA 3IVHA 3OQKA 5P2VA 4DH6A 4EJKA 2F3KA 4BFDA 5OZQA 2HM1A 4Z50A 1M43A 5P65A 4Y4ZA 2F8GA 3OOTA 2G21A 3BXRA 5P8GA 3OOZA 5P79A 5DR4A 4Y38A 3I6OA 3PBDA 3O9BA 1TSUA 5P1IA 4AMTA 3SA6A 3BGBA 1HWRA 3T7QA 5P4YA 4LXKA 1FFIC 5P6WA 3NUOA 5P8SA 5P38A 5P18A 3EXOA 1W50A 2F3FA 2AVQA 4DPIA 3OGPA 2HB4A 5OYRA 5P3QA 4Y51A 3UDMA 2QK5A 4I1CA 4L6BA 4L7GA 5IVSA 5P13A 5P43A 3NYGA 2FDPA 5P4VA 5P4RA 5P0AA 1SGUA 3D1ZA 4OBHA 4OD9B 4YHQA 4FM7A 2ZJIA 1XE6A 3NU5A 4J1IA 3DJKA 3URLA 3IXKA 4FM8A 5KAOA 3BC4A 3NXNA 3BXSA 5P3LA 6APRE 1B6LA 3I2LA 3K5GA 1UH7A 2P3DA 2I0DA 5P76A 5P4SA 5ISJA 4J1EA 5KR1A 2ZHUA 5COOA 2Z4OA 1YM2A 4MC1A 4LP9A 4GJ8A 2FXDA 5P5QA 3UFNA 5P0ZA 3HBOA 2BJUA 2AODA 2BQVA 3DCKA 1LYBB 2B8LA 3INHA 4L7HA 4B0QA 5P22A 1T7IA 2WECA 1B6KA 2AOGA 2ZJJA 3LZVA 3OU3A 2NPHA 5I3XA 5HDUA 3OXVA 3WSJA 3EM6A 3GGVA 2HS1A 3OTSA 1HVIA 1QRPE 4K4PA 4R92A 5OZZA 2IRZA 2CENA 2FNSA 4DQFA 2PQZA 5P6RA 3PMUA 3VYEA 5P6MA 1D4KA 5P63A 4Y3FA 4H3FA 2PC0A 1IVPA 2WF3A 1HXWA 5P1MA 1HIIA 3UDHA 3SQFA 4OBJA 5OZWA 1WBMA 5P4KA 4B78A 4AA8A 3EKYA 5HDVA 1PSAA 4CPWA 3R0YA 5P7ZA 3CKRA 5P46A 5P84A 5KR2A 1FMXA 3NUJA 1G0VA 5P4AA 3H5BA 1G6LA 3I7EA 3EKTA 5P0PA 2PH8A 4OC6B 6FIVA 4HDBA 2BPXA 3TL9A 3LITA 5P4UA 3SKFA 5IVQA 1WBKA 5P3EA 3PLLA 1GVUA 4A4QA 5EZXA 5P7WA 3GGXA 3IGBA 3QRMA 1IZHA 1GNOA 2I4WA 3S43A 4YBIA 5DPZA 4FGXA 5OZOA 3EKXA 4D89A 5P6VA 2VS2A 3OU1A 5P71A 2VJ6A 1DIFA 5P2MA 4EJ8A 1ZAPA 1FMBA 2QI6A 5P4DA 2G1SA 2NNKA 2WL0A 1HVKA 5P72A 2QZXA 5P3PA 5P6ZA 5P2UA 5P7CA 4E43A 3NDTA 4Y48A 5P3NA 5TOLA 4EJLA 1FLHA 1EC3A 2AQUA 4Y4TA 1M0BA 2G1YA 1HTFA 5IS4A 2OHUA 1HPSA 5P2EA 2IDWA 5P6NA 3LZSA 5AHBA 1DAZC 5P8CA 3I8WA 5P3CA 3INFA 2OAHA 3NDWA 1Z8CA 3QPJA 5P3UA 3KM4A 2NTRA 3OU1B 1BWAA 4ZSMA 3TOFA 1OEXA 1ZSFA 1SMEA 5P0LA 3NWXA 3S56A 1D4SA 2AZ9A 5P53A 5P7IA 4Y3WA 5JFPA 4Q1WA 4Y3YA 5KQXA 1APWE 1W5YA 4XX4A 3KDCA 4KB9A 3L58A 2VKMA 3O9DA 4L1AB 1D4IA 2AZ8A 1ZLFA 4Y50A 4Y5CA 2F81A 5P3JA 3CMSA 3OUBA 4QJ7A 5P6QA 1BV9A 2QHCA 5E5KA 3RTHA 3PSYA 5ER2E 2I4UA 2VA6A 3IN3A 5T4SA 4D88A 5P66A 3SLZA 2R3WA 4PEPA 2RSPA 5AH8A 3ZPSA 4Y4UA 4OBFA 3SA5A 2V11C 5P47A 3TLHA 4Y3EA 2UXZA 3PCZA 5P40A 1MERA 5P0EA 5P5OA 1NPAA 1RQ9A 4JP9A 1DW6C 5P6AA 1BWBA 3D20A 1ZPKA 5P5CA 2I4VA 1APUE 4Q1XA 1PPLE 5P30A 5P6LA 2ZHRA 5P6HA 4RYCA 4YOAA 4Y4BA 2PH6A 2WKZA 4GJ9A 5P52A 3OQAA 1QDMA 4Z4XA 3PHVA 1TCXA 1LV1A 5OZJA 1ODXA 5OYYA 3UDJA 3VEUA 3KFRA 5P4EA 4DQGA 1LYAA 5P17A 2BB9A 3PEPA 2AOHA 3FNUA 5P3SA 3PSGA 5C9BA 5AGZA 5KQFA 5P7XA 4GJCA 5P5XA 5P2RA 1MSMA 1LF4A 5B18A 3PB5A 1FQ6A 4J55A 8HVPA 3INDA 2V12C 5P5UA 3D91A 5DR0A 4Y44A 4JECA 1HXBA 2OF0A 1MVPA 5P4OA 2G20A 3OK9A 3QI1A 1EC1A 3QROA 1ME6A 4Y3RA 5P41A 1APTE 2OHQA 5P2HA 4GJ7A 4F74A 3ZMGA 3L5DA 5P7UA 4OBZA 5P4MA 3ZL7A 3Q3TA 1YG9A 3RTNA 1IZDA 1T3RA 2FIVA 5HE4A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P8K A;  5OZN A;  5P8R A;  5J25 A;  4NPU A;  3VSW A;  1SH9 A;  1EBW A;  4J0P A;  1T7K A;  5P51 A;  1D4J A;  4BEK A;  4S1G A;  5P3M A;  3K5C A;  3MXD A;  5P1V A;  5OZB A;  5P6Y A;  3KMY A;  4QJ2 A;  5P36 A;  5P5V A;  4ZPF A;  4NJV A;  5P5Z A;  2ZHS A;  2QZW A;  4YD7 A;  2VJ9 A;  3UDN A;  5P4H A;  4B1D A;  3VF7 A;  5P6O A;  3BUH A;  2XFJ A;  5P1U A;  1LZQ A;  2QU2 A;  5P5F A;  1T6G A;  4GJ6 A;  2A1E A;  1ZBG A;  3EM4 A;  3NU3 A;  5P2I A;  4RRO A;  3QVC A;  5P14 A;  5P1J A;  5P2Q A;  5KQZ A;  3VLB A;  2Q5K A;  3FSM A;  3PRS A;  1FKN A;  5P1Q A;  5OZT A;  3SA9 A;  3BVB A;  1ODW A;  4CPS A;  2G1N A;  4Y3L A;  3VSX A;  2AOF A;  3T11 A;  1MRW A;  5P62 A;  4EQJ A;  3NR6 A;  2Q54 A;  2HB3 A;  2B8V A;  2WHH A;  5OZX A;  3JVY A;  1APV E;  5P0B A;  4NJS A;  3UDQ A;  1IVQ A;  1W6I A;  5P07 A;  7UPJ A;  5DR3 A;  2FDE A;  4FAF A;  4ZLS A;  4DI2 A;  1U8G A;  4QJA A;  5P2S A;  5P7L A;  1GVV A;  3GW5 A;  5P3G A;  1HSG A;  5P0H A;  2R3T A;  1MES A;  5OZV A;  4JOO A;  3SPK A;  3QBF A;  3R1G B;  3MSK A;  2OHR A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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