1FB7A

Crystal structure of an in vivo hiv-1 protease mutant in complex with saquinavir: insights into the mechanisms of drug resistance
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQVTLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIVGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLMTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of an in vivo HIV-1 protease mutant in complex with saquinavir: insights into the mechanisms of drug resistance.
pubmed rcsb
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2000-07-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1fb7A00
3VLAA 2ZHSA 4B72A 2G24A 5P39A 4NJVA 1C6ZA 2G26A 4AA8A 1LF4A 1AM5A 3QIHA 4HDBA 2QHYA 3N4LA 5P0PA 3MSJA 5I70A 4QJAA 3ZL7A 5P18A 1GVVA 3NXEA 2XFKA 3OU4B 1IVPA 5P3DA 2HIZA 3TKWA 3OXCA 5KQYA 4DV9A 5P82A 2I4VA 5P6DA 5P26A 4FSEA 5P8BA 1TSQA 1E5OE 5P14A 1CMSA 1HTGA 3UDNA 3LPJA 5OZWA 1YG9A 3NDWA 1XN3A 4I8ZA 3TPRA 4Y4JA 4ZEAA 3T7QA 4RROA 5OZ2A 5P66A 1FQ8A 1M0BA 2PK5A 1SMEA 5P2MA 4Y3TA 1NSOA 1DIFA 1D4IA 2VIYA 1W5YA 1FFIC 4GZFA 5KR0A 5P2YA 4NPTA 4K9HA 4Y4DA 5P4JA 3TH9A 4Z50A 3DUYA 1FF0C 4Q1XA 2V0ZC 5P5XA 2WJOA 5P3LA 1GVUA 3DOXA 5P11A 3H0BA 1F7AA 5P4UA 5P48A 3OU1B 4H3FA 4Y36A 2QNPA 5P38A 5P4IA 4RCDA 3DK1A 4E43A 1YT9A 3URIA 1EBZA 4J17A 4Y3QA 3LINA 4XXSA 5P6ZA 5BS4A 3N3IA 4I11A 5P0HA 5COOA 5DR4A 5P02A 3EKVA 5OZ4A 1G2KA 5P1DA 5P3GA 3BUHA 3SA4A 1SGUA 2ZHUA 2VIZA 5DGWA 5P7PA 4Y57A 1LF3A 1TZSA 4Y5MA 3WB5A 5JODA 4DH6A 3NDUA 5P8PA 2QMDA 1SBGA 2OHPA 3O9AA 4HE9A 2PMAA 1A8KA 4GYEA 1PFZA 3VG1A 2P3BA 5P7OA 1T6EX 1B6LA 5P5WA 5BRYA 2WKZA 5P7GA 3SA3A 5TOLA 5P4XA 2AVVA 5AH8A 3SKFA 4J1KA 3VFBA 4CP7A 5P69A 2WEZA 2A4FA 5OZ5A 5DQ5A 5OZQA 5DQ1A 3EMYA 3QVCA 1SH9A 2BPYA 2OHUA 2VIEA 5DPZA 3VSWA 4Y4UA 2ANLA 1MT7A 4DQHA 5P0EA 2JYSA 1YTIA 4FS4A 5P4LA 5P51A 4QJ9A 5AH6A 3SABA 3VF7A 1MEUA 2ZHVA 5ENMA 2G20A 3KM4A 1B6MA 3UCBA 5P6XA 5PEPA 2B42A 5P5UA 5P8JA 4CPTA 1B5FA 5OZ1A 5AHCA 4ZSRA 4CKUA 5P53A 5P44A 3C9XA 5P61A 1HPSA 5KR1A 2G21A 3URLA 1ZSRA 4DQCA 2O4NA 4EHCA 2WEBA 4B00A 4EJDA 4X2LA 4CPQA 5ISJA 1LYWA 4J0TA 2NXLA 3U6AA 4MC1A 3S53A 5DR8A 2IQGA 5P1QA 4EP3A 1APTE 1K6CA 1SP5A 3L5CA 1T3RA 1GVTA 2QHCA 4B70A 2ZHRA 1DAZC 2HC0A 5P7EA 3NSHA 5AHBA 2O4PA 2F80A 5P8SA 5P3HA 4H3JA 1SDUA 3BUGA 3EKXA 5P3SA 4TVHA 4QLHA 2QI0A 4RRSA 3GI5A 3K5FA 3L5EA 3INHA 5P22A 3VF5A 4Y3SA 4F74A 4L7JA 4XX3A 5P40A 3OGQA 3PCZA 4Y4ZA 8HVPA 4DJXA 5KR8A 3WSJA 1HTRB 3I7EA 3B7VA 3FNUA 4J1FA 5P41A 1FMXA 1TCXA 2QZXA 5P0FA 5P33A 3PJ6A 4HA5A 4Q1YA 4GJ5A 3PB5A 3L3AA 6UPJA 3VV6A 5JG1A 1RPIA 1IZIA 2NPHA 1ZTZA 1EPNE 4Z4XA 3K1WA 1FEJC 5IVTA 2CEMA 2PSVA 3VUCA 4AZYA 4WTUA 3I8WA 3PMYA 1HXBA 3ZKMA 1W6HA 2QNNA 4CPWA 3GI0A 4OC6B 5P01A 3MWSA 3FKTA 5P7FA 4Y3FA 1HVLA 5P1GA 5P46A 1YM4A 5P7LA 4EYRA 5P8MA 1B6PA 5P1KA 2B8LA 4Y3XA 5P3JA 5T4SA 5OYZA 3HAWA 5P6FA 4J54A 4Y4WA 3OUDA 1FQXA 3NR6A 2AZ9A 5P8QA 2RMPA 2HAHA 2F3KA 3IXKA 3NU6A 2ZJJA 1K2CA 2ZJIA 4ACUA 4K4RA 2P3AA 4FSLA 3G70A 5P1EA 3SA6A 4M8YA 5P7ZA 5HD0A 4DJWA 3NU5A 3IN4A 4U8WA 5P08A 4D85A 5P45A 4Y5KA 4PZXA 2XYEA 5OZVA 2QMPA 5P07A 2NTRA 3K4VA 4KE1A 1D4HA 5P3EA 4LXMA 1HSIA 2AOCA 1U8GA 5P6QA 5P3XA 2P3CA 2FXDA 3UF3A 5P7VA 5P3NA 5P4CA 4NJSA 4HDPA 3SM1A 5P05A 1W6IA 1ZAPA 4D8CA 1B11A 4R95A 5P5IA 5P16A 4DJVA 3T7PA 1FG8C 3KN0A 3LZYA 2ZYEA 5KOQA 3TPJA 5P7RA 1MTBA 2AQUA 4FCOA 5P4EA 2QI1A 2WL0A 3QRVA 2P3DA 4Q1WA 5P3FA 2FDDA 4K4QA 1CZIE 5SZ9A 2G1RA 4Y3GA 5P1TA 1IZHA 3AUPA 5OZUA 3EKYA 1DW6C 5P3QA 3ER3E 5P4AA 5P84A 4F73A 4FRJA 3D1ZA 5P86A 4ER4E 1BVEA 2A1EA 5P68A 5P5GA 4DI2A 5P1YA 3Q70A 4RZ1A 5P5SA 4L1AA 3FNSA 2PSUA 4K8SA 1RL8A 2HB2A 2P4JA 1HOSA 5IVSA 5P0UA 2JJJA 1KJGA 1EBKC 1LYBA 3QRSA 5OZ7A 5P6OA 1HEFE 1UH8A 3CKTA 2XFJA 4U7VA 5P5DA 3IXJA 3S2OA 4FAEA 4M8XA 4ZPGA 5P2KA 3G6ZA 5P7SA 1BXOA 3S54A 1W50A 4DJYA 4R5NA 5OZ3A 3RTHA 3MXDA 3BXSA 1W5VA 5P6CA 4TVGA 1FQ7A 5P0QA 2PC0A 1UPJA 2Q3KA 3OXVA 1TW7A 5P0SA 3CIDA 1APUE 5P5VA 2JXRA 2O40A 2IKUA 5P17A 5P7QA 1MRXA 4ZSQA 2WEDA 2B8VA 1HSHA 1MVPA 2Z4OA 3IAWA 1RV7A 5P32A 1D4YA 5P27A 2QHZA 3D3TA 2OHTA 3O9FA 1K6PA 2J9JB 3TPPA 3JW2A 3VV7A 5P2EA 5OZEA 1BWBA 1LEEA 2HB3A 1XE6A 5P6WA 3QP0A 4EJLA 3D20A 3Q6YA 2PK6A 3KFNA 2I4QA 3OAGA 5P6UA 5P87A 2G1SA 2NXMA 3UQUA 1RQ9A 2FMBA 3LIYA 2QD7A 3LIQA 2PH6A 3UQPA 1HWRA 5P1HA 3ZKXA 1KJ7A 1A8GA 5OZHA 3ZKGA 1PPME 5OYWA 4PEPA 5P8TA 5P31A 3PGIA 1YX9A 5IVQA 1OEXA 3KMYA 2O4SA 2G22A 5P7NA 1LZQA 3PI0A 4Y4BA 3OK9A 3S43A 2QNQA 2QMGA 2AOFA 1B6JA 1T7KA 4D83A 7HVPA 1VIKA 3O9IA 4QJ6A 2RKFA 4FAFA 2QI6A 3GGXA 5DQCA 5DGUA 3BHEA 2BKTA 4Y3DA 3PHVA 3MSKA 3ZLQA 1EPQE 1XS7D 5P36A 2OHRA 3FIVA 1QBRA 1K6VA 5HU0A 1Z1HA 5OZGA 5KAOA 5P43A 5KOSA 4Y37A 5P6GA 5HE7A 5P8RA 1FKNA 5E5KA 1BV7A 3I25A 5OYYA 3OHHA 5P58A 5P7XA 3FV3A 2WEAA 3HW1A 5P2LA 1XL5A 3ZPSA 2PYMA 1FQ6A 5F01A 4DVFA 4OBFA 5P2AA 5P30A 4GJDA 2VJ9A 4OBZA 2AOIA 3GGUA 3OOTA 2F81A 5P5LA 4YD5A 5KQXA 1TCWA 2UY0A 1K6TA 3QBHA 3G72A 5P0AA 5P13A 5P3MA 4FGXA 1AIDA 4LC7A 1K2BA 3NUJA 5DR0A 2WF0A 1EC3A 5OZTA 5OZSA 2I4XA 5P29A 4RYCA 5P5MA 3QS1A 1BVGA 1Q9PA 3TTPA 4RVXA 5P70A 5P2ZA 3SA7A 3LIZA 3ZKNA 3ZKIA 4DQBA 2CENA 4FE6A 2FNTA 4EPJA 4DJOA 3EC0A 4J0YA 5P6MA 1D4SA 5OZKA 3DV5A 5P0GA 3DM6A 5OZBA 1BILA 2F3EA 3HAUA 4FIVA 3AIDA 3D1YA 4Y9WA 2PWCA 3OQKA 4RCFA 4ZIPA 5P8OA 2G1OA 2FDEA 4RVJA 4GB2A 5P1MA 5P20A 3IN3A 4ZE6A 4GJ8A 2ZJMA 5P06A 5P73A 3QI1A 5P8UA 3F9QA 3TKGA 1EC2A 2PWRA 4APEA 3UDPA 5P76A 5P1ZA 2V16C 6FIVA 5HTZA 1ZBGA 1C70A 2AOEA 4I0IA 4QGIA 5HDXA 2WF3A 4LXKA 5AHAA 5P2IA 5SY2A 1PPLE 3O9GA 5APRE 3UDJA 5I3VA 5P74A 2AODA 4RGHA 2J9KA 4Y6MA 2QMFA 2V12C 5P2SA 2AVMA 5SXNA 5P4RA 5P8GA 1MIQA 1YM2A 5OYRA 2AOGA 3OTSA 2QZLA 4FLGA 5P7BA 4Y44A 4J1CA 5P5TA 5P2WA 3VSXA 3VYDA 3LIVA 5OZPA 1FMUA 3A2OA 3PSGA 4I10A 5IE1A 2B60A 4IVTA 5DQ2A 2H6SA 2O4KA 5P8KA 4JPEA 3S8IA 3OUCA 4CMSA 2P3BB 2F3FA 4DJPA 4UPJA 4DJUA 5P23A 5P1OA 2G94A 2F8GA 1IVQA 3VYFA 1BDQA 3PBZA 5OZNA 2XYFA 1LYAB 5P4MA 1GVWA 2R38A 3OADA 2FDPA 2ER0E 3SA8A 5P56A 3TOGA 1HPXA 1HVKA 1J71A 3OQDA 5P67A 3LPIA 4FM8A 3GGAA 1META 2AZBA 2ZJLA 5P3VA 3I6OA 5P34A 3OQ7A 2QI7A 1MRWA 1SIPA 5ISKA 3UQWA 3LZSA 4QJ8A 5OZMA 4LL3A 5P8NA 2AIDA 2ZDZA 4RCEA 2RKGA 5DR7A 1B5FB 5DQ4A 4YDGA 3T11A 1QBSA 1BWAA 4Y3YA 4RRNA 5FIVA 4B77A 5P5QA 2FLEA 1DP5A 4EJ8A 1IIQA 2FIVA 3PWWA 3EBZA 3IVHA 4J5JA 2BJUA 3OHFA 3SO9A 3T7XA 2OHKA 4YBIA 3PM4A 5P12A 1DPJA 4R91A 4DJRA 2Z54A 5P5ZA 5P8CA 3BGBA 5P0JA 1CPIA 5ER1E 1BDLA 2VKMA 1LYWB 5P2QA 1ODWA 4OC6A 4FRSA 3PRSA 1D4JA 2QCIA 2WF4A 1NPAA 1ODXA 3U71A 4HVPA 5P0XA 4CPUA 1IDBA 1TQFA 5P0IA 3S85A 3ZKQA 1PSNA 5I3YA 3SLZA 5P8AA 3HD8A 1HVJA 1A9MA 1QDMA 1C6XA 5P0TA 4GJCA 4OBHA 5ER2E 5P3WA 2P8HA 5P3CA 3CICA 3KFPA 4RVIA 3SA9A 3IXOA 3RU1A 5P6TA 5P0WA 1WBKA 3APPA 3CKRA 3PMUA 2Q15A 2ER6E 5P3YA 5AGZA 3K5GA 5P77A 2RENA 3TPLA 3KDCA 4I1CA 4YHQA 4FRKA 3BC4A 1TSUA 3MSLA 3OQFA 5F00A 2G27A 4Z2ZA 2G1YA 4NPUA 4Y56A 4K4PA 5P3KA 1IBQA 2VS2A 2ZJKA 2R3WA 1ZSFA 2R9BA 3KYRA 5P5HA 3UFLA 2Q63A 4EJKA 4Y5CA 5P10A 2HPEA 2AVOA 2BKSA 5P7MA 4Y5AA 5P57A 1D4LA 3S7LA 2PH8A 5P2VA 5OZRA 3UQXA 3KT5A 4DQFA 3DCKA 3EL9A 4RLDA 3NXNA 2R5PA 3WZ6A 5P0DA 4H3IA 2AZCA 3TL9A 1M4HA 5P35A 1FLHA 3WB4A 1Z8CA 4I0DA 4YD3A 2XFIA 3OUDB 3O9HA 1FIVA 5E5JA 5ENKA 3TLHA 4COEA 1BXQA 2QZWA 2HS1A 4PYVA 1N49A 5P59A 1HVRA 1MT8A 4YCKA 3NU3A 2BB9A 1YTHA 3HLOA 4YOAA 4A6BA 2JJIA 2V00A 5OZ9A 3OWNA 3PBDA 4PZWA 5P2CA 1APWE 1SIVA 4J0VA 3GI6A 3OTYA 4L6BA 2I4DA 3UDKA 3LNKA 4I0GA 3ECGA 5OZFA 5P5YA 4BELA 3UDRA 4DQGA 5P1WA 5EZZA 4Y5BA 3U7SA 4GJ9A 4Y48A 3ER5E 5P63A 2VA6A 4J1HA 3O9LA 3Q3TA 3RSXA 2UXZA 1AZ5A 6APRE 4L7HA 3ST5A 2B7FA 4APRE 4EQJA 3INEA 5P6AA 1VIJA 4B0QA 3BVBA 4J0PA 3R4BA 2ER9E 1MERA 1LS5A 4YDFA 4OBJA 1Z1RA 5P5PA 5P4QA 1ER8E 3GW5A 3QBFA 2OHSA 3TNEA 5P4BA 4NJTA 4L1AB 1LV1A 4DUSA 5P7TA 5P2UA 5P3IA 2AOHA 4GJ6A 2QI4A 5P4TA 4LHHA 4ZPFA 4MC2A 1HIHA 4D89A 2QP8A 4YBFA 4Y39A 4DQEA 5P0KA 4EWOA 3EKWA 2AVQA 3URJA 4MC6A 5I3XA 5P7UA 5P0OA 1FQ4A 4N00A 4NKKA 1D4KA 1AAQA 2NR6A 1T6GA 3LZVA 5P15A 3LPKA 5P2DA 4YOBA 1KJHA 2IEOA 4CPSA 1HIVA 5P1RA 3CYXA 2NMZA 3EKPA 3VYEA 4ACXA 5P4GA 4R8YA 1M43A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3VLA A;  2ZHS A;  4B72 A;  2G24 A;  5P39 A;  4NJV A;  1C6Z A;  2G26 A;  4AA8 A;  1LF4 A;  1AM5 A;  3QIH A;  4HDB A;  2QHY A;  3N4L A;  5P0P A;  3MSJ A;  5I70 A;  4QJA A;  3ZL7 A;  5P18 A;  1GVV A;  3NXE A;  2XFK A;  3OU4 B;  1IVP A;  5P3D A;  2HIZ A;  3TKW A;  3OXC A;  5KQY A;  4DV9 A;  5P82 A;  2I4V A;  5P6D A;  5P26 A;  4FSE A;  5P8B A;  1TSQ A;  1E5O E;  5P14 A;  1CMS A;  1HTG A;  3UDN A;  3LPJ A;  5OZW A;  1YG9 A;  3NDW A;  1XN3 A;  4I8Z A;  3TPR A;  4Y4J A;  4ZEA A;  3T7Q A;  4RRO A;  5OZ2 A;  5P66 A;  1FQ8 A;  1M0B A;  2PK5 A;  1SME A;  5P2M A;  4Y3T A;  1NSO A;  1DIF A;  1D4I A;  2VIY A;  1W5Y A;  1FFI C;  4GZF A;  5KR0 A;  5P2Y A;  4NPT A;  4K9H A;  4Y4D A;  5P4J A;  3TH9 A;  4Z50 A;  3DUY A;  1FF0 C;  4Q1X A;  2V0Z C;  5P5X A;  2WJO A;  5P3L A;  1GVU A;  3DOX A;  5P11 A;  3H0B A;  1F7A A;  5P4U A;  5P48 A;  3OU1 B;  4H3F A;  4Y36 A;  2QNP A;  5P38 A;  5P4I A;  4RCD A;  3DK1 A;  4E43 A;  1YT9 A;  3URI A;  1EBZ A;  4J17 A;  4Y3Q A;  3LIN A;  4XXS A;  5P6Z A;  5BS4 A;  3N3I A;  4I11 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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