1FEJC

Structural implications of drug resistant mutants of hiv-1 protease: high resolution crystal structures of the mutant protease/substrate analog complexes
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLMTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural implications of drug-resistant mutants of HIV-1 protease: high-resolution crystal structures of the mutant protease/substrate analogue complexes.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEASE RETROPEPSIN
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence D
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2000-07-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
C PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1fejC00
1D4HA 2QI7A 4QJ7A 2IGYA 3OUCA 5P19A 2PQZA 1SIPA 3MXDA 4M8YA 4DQGA 4UPJA 3TOGA 2A4FA 1J71A 1HVKA 3SA6A 5P5ZA 3KFNA 5OYRA 4DV9A 2Q5KA 3BHEA 4ZE6A 5P7KA 3OUDB 5P4WA 4Y3WA 1M43A 4EQJA 2Q55A 4GZFA 4Y5AA 5DQ4A 3RTNA 5HDZA 4BFBA 4EP3A 4Y53A 5P5SA 4Y4ZA 1SMRA 3LZUA 2H6TA 5P7AA 3DUYA 5P6RA 3S8IA 2AVQA 1ZPKA 4R8YA 2QCIA 1K2BA 3K1WA 4D89A 3SLZA 2ANLA 1XE6A 2ASIA 4Y5KA 2QI4A 2WEAA 5COPA 4EJLA 3Q5HA 5P6NA 2QP8A 5P2OA 2QZLA 3OUDA 4OBDA 1DIFA 1EBWA 5P4HA 5P70A 3INEA 4K4PA 4PEPA 2R9BA 5C9FA 5HE4A 5P3IA 1W6IA 3UDJA 1AJXA 2VIJA 3OU1B 5P1AA 5P1ZA 1YTIA 2AOHA 4Y5PA 3TPRA 1EC3A 3PM4A 1GVTA 4RVXA 1FQ7A 5OZ7A 1HOSA 2R5PA 3UDQA 3ECGA 5P14A 5OZIA 5P1FA 1IIQA 5DR8A 2JXRA 5OZOA 4MC9A 2QMFA 3ZKXA 4CKUA 5P76A 3KYRA 1EBKC 4I11A 1META 4EWOA 5P7VA 5OZWA 2AZ8A 5P66A 3EC0A 4DJUA 2OHUA 4A6BA 2AQUA 5P4GA 3MSKA 2PWCA 5BRYA 1AVFA 5P52A 5P4OA 1KZKA 5P8HA 3OHFA 4LP9A 1RV7A 5P3OA 3OGQA 5P44A 1N49A 4Y56A 1D4IA 5P67A 1IZEA 1FQ8A 4Q1NA 4J5JA 1SGZA 3C9XA 1BWBA 2FGVA 1KJFA 4HDFA 5P5VA 5P8CA 3U7SA 1MERA 4YBIA 3SA7A 3EMYA 3S43A 5F01A 2PMAA 3LIQA 4RROA 5E5JA 2R38A 1LF4A 5P0IA 4FSLA 5P02A 4Y3FA 3UDKA 1E81E 4TRWA 5P4SA 4CPRA 4CPSA 4TVHA 3SM1A 2ZHTA 2AOCA 3SFCA 3ER3E 4YCKA 4I0HA 4OBZA 5P8TA 4EJDA 5OYQA 3VYFA 8HVPA 2ER9E 3WZ8A 3HAWA 5P1NA 5P1VA 3VF3A 5P6FA 2OHRA 1MTBA 4I12A 5P1KA 2VA5A 3S54A 3ST5A 1WBKA 5P00A 4YE3A 1SP5A 1BV7A 5P4KA 1E5OE 3OU3A 4B05A 4DQCA 3GW5A 1KJHA 4FRJA 1EPOE 1B6KA 5OYSA 4OD9B 3QRSA 3OU4B 1ZBGA 1MESA 4Y57A 4ER1E 3QPJA 2QD6A 3GGVA 4HDBA 1IDAA 3JW2A 3NLSA 1EPLE 2I1AA 4GMIA 2IS0A 2ZJNA 1QBTA 5OYWA 7HVPA 1M4HA 1T7IA 3VSWA 2O4KA 5P7QA 1Z1RA 1PFZA 3FNSA 5AH7A 5P8MA 4OBGA 5P3AA 1KJ4A 1XDHA 5P1QA 2BPZA 4ZSPA 3HW1A 4DJYA 5P2XA 1RPIA 4DH6A 3SM2A 3LIZA 5P2DA 2QD7A 5P0QA 2RSPA 5P8KA 4M8XA 3LPIA 3NYGA 3R1GB 3RTMA 4Y3LA 3UQRA 2WF1A 1VIKA 4Y3JA 4Y4EA 1C6ZA 3O9DA 1ZP8A 1ZPAA 5P4RA 3TOHA 5P3UA 3D3TA 5OZLA 5HCTA 2B60A 5DR4A 3DCKA 4PPHA 2ZJKA 3OXXA 3OQAA 5P5YA 1FQ4A 5P0LA 3K5DA 1A8GA 3NUJA 3CKPA 4Q1XA 3L5EA 3GI4A 4EJ8A 4Q1YA 2UXZA 5P7YA 3PSYA 3WZ7A 2BPXA 1FFFC 1YG9A 3KT2A 5P13A 3EL0A 4RYGA 2G1YA 3U6AA 4H3FA 1CMSA 3LINA 1HVLA 5P0BA 3AIDA 1TCWA 3IN3A 4Y3HA 3LPJA 3GI5A 5P22A 4EYRA 1EBZA 4KUPA 5P6HA 2QU3A 1C6YA 1MEUA 2HS1A 1B5FB 1MIQA 1IBQA 2ZJJA 4RRNA 1SBGA 3BUHA 3EKYA 3IVIA 2H6SA 3S53A 3L5FA 5P8EA 5OZ5A 4Y5GA 2RENA 2XFKA 3RTHA 5P86A 2I4VA 3OQDA 3L5DA 1B6JA 3TOFA 5I3YA 1MT7A 3PVKA 5P1BA 4Z2ZA 3VYEA 2VIEA 5HE5A 5P39A 2J9KA 4Y39A 3EKPA 5ISJA 1MUIA 3OXVA 5TOLA 3O9LA 1HPOA 1HRNA 2Z54A 3L5CA 5P6MA 2OHLA 1OEWA 5P3PA 4RYCA 2QD8A 4ACXA 3DK1A 1UPJA 2OF0A 5P6VA 5P40A 5P4YA 3UFNA 5P6DA 3ZPTA 4DI2A 1K6TA 4K9HA 5P2NA 2QAKA 2NNKA 4Z4XA 1EAGA 5P7GA 4I8ZA 5P7BA 5P1SA 3K4VA 5HDVA 2FNSA 3IXOA 1TQFA 1K1TA 2Q11A 2WF4A 5AH6A 2FXDA 3EL9A 1C6XA 1BWAA 4B1DA 4XKXA 3ZPUA 3AUPA 5P2HA 1FFIC 1D4YA 3LIVA 3I7EA 2MIPA 3LHGA 4I10A 2BPYA 3GGAA 2FNTA 5P6XA 2O4NA 3PWRA 1SGUA 3PI5A 3OQ7A 5P0XA 1XS7D 3OAGA 1LF2A 1E80E 5DR0A 2G1RA 5COKA 2J9JA 2FGUA 5EZXA 2NTRA 4DQEA 1BVEA 3RSVA 3CYWA 1XL5A 2XFIA 5P4MA 1DW6C 3TL9A 5P3YA 5OYUA 2P4JA 4I8WA 3N4LA 4ER2E 4FIVA 4QJ2A 4NPUA 5OYYA 6UPJA 1IVQA 2HAHA 4RCFA 5OZXA 1LYAA 1IVPA 5OZ1A 2PSUA 1YX9A 3VLAA 2XYEA 3G72A 5P6PA 3EKXA 1XL2A 3MXEA 2V16C 5P2QA 2JE4A 5KR8A 1GNNA 1PPKE 2F81A 2NXDA 3S7MA 5P6GA 1QBUA 1MRWA 5P6AA 5P5OA 5P2IA 3SA4A 4F76A 5P68A 2G26A 2F8GA 3DV5A 2FLEA 3UQPA 4K4RA 5P2JA 2HC0A 2VA6A 4FS4A 4J0TA 4OBKA 3SA8A 2I4XA 5P3JA 2ZHSA 5P6WA 5P23A 3NDWA 2V00A 3GI0A 4FCOA 3RSXA 4CPTA 5P2TA 2FS4A 1SDUA 3R0YA 3DJKA 3TPJA 3ZKIA 1NSOA 1A30A 5P3FA 5SY2A 3BVBA 5DQ2A 5P1MA 5P4AA 4FRKA 3BUFA 3INHA 2IDWA 5P73A 5P75A 2HB4A 5ER2E 2ZJMA 5P8BA 4TRYA 3IVHA 3CMSA 3PCWA 1FLHA 1BDLA 5J25A 3UFLA 4DPIA 1G0VA 1WBMA 5P58A 4EXHA 2ER7E 5P7DA 3UDYA 4OBFA 5P80A 2FDPA 4ZSMA 4B1EA 1HWRA 3LZYA 4NJUA 5P7WA 3INDA 3NU3A 4Y5BA 4ZPFA 2PSVA 4A4QA 2R5QA 3UDMA 3NDTA 4PZWA 4Y5EA 1BDQA 4HEGA 3VYDA 3EBZA 3T3CA 4ZSRA 3APPA 1MSMA 5OZTA 4WY1A 2HIZA 5KQXA 5P3SA 5P0DA 5P5MA 5P8AA 5UPJA 2WF2A 3BXSA 2OHSA 5ER1E 2B7ZA 4Y5NA 4RZ1A 3VLBA 5P2EA 3OADB 4BFDA 3NR6A 2A1EA 1TZSA 4GJAA 2ZHUA 5JFPA 5P64A 5P2AA 1YTJA 4DFGA 1HEGE 2P83A 5IVSA 5OZUA 5P4UA 3MSLA 1BVGA 3PI0A 5IVQA 1UH9A 4RRSA 1LYBA 1LYWB 4RLDA 2OHQA 3S85A 1FEJC 3EL1A 4D85A 5P20A 2P3BA 1APUE 3LITA 5COOA 5P5EA 1APWE 5P3ZA 3L59A 1HSIA 2G21A 4NPTA 5P07A 1QBRA 3T7PA 2NXMA 5IVTA 4MC6A 3OQKA 4NJVA 4Y4DA 5P5HA 5OZ2A 5P60A 5P77A 5P0SA 4I0EA 5P31A 5P0OA 2PYMA 2QMDA 4RCDA 4OC6B 4RCEA 5P4CA 4J1KA 3PB5A 3URIA 1XN3A 2P8HA 2AOEA 1TW7A 5OZ3A 4JP9A 5CONA 2WHHA 2IEOA 1YM2A 1HVSA 3KDDA 4FLGA 2VJ7A 4Y47A 3PJ6A 1OEXA 2WF0A 4L7GA 5P8OA 2PK6A 5P3LA 2CEJA 3NXEA 5P4VA 4YDFA 2WEZA 1LF3A 4CP7A 1AJVA 5P1UA 4Y3AA 3ZPSA 4Y48A 1T7JA 2RMPA 3ZL7A 4J1EA 2CEMA 4DJQA 2QMPA 3KA2A 5P81A 4CPXA 3OU1A 4I0ZA 4NJSA 5OZGA 7UPJA 3L5BA 5P47A 3R4BA 4FRSA 5KOQA 2G27A 4J1HA 3OHHA 1HTFA 2QNPA 1B6LA 3G70A 5P8RA 3PWWA 4Y6MA 5P4ZA 3L38A 3L58A 3QS1A 2BBBA 1XE5A 4HVPA 5DR3A 1HVRA 2G24A 5HU1A 3UQUA 3D1ZA 4Y4TA 5JFUA 2Z4OA 2R8NA 2ZGAA 2HM1A 3HAUA 5P3GA 5P54A 3IAWA 3BC4A 1EPPE 3VV7A 1A9MA 4U8WA 2OAHA 3O9CA 3UQXA 2WEBA 1ZLFA 5P5RA 1ME6A 5P0UA 4XX4A 1TSUA 4QJ6A 5OZ6A 4Y3EA 2OHTA 3FSMA 3OGPA 4H3IA 5KAOA 2FDEA 5KR2A 4Y43A 5P1GA 2QI1A 3PLDA 4GJ9A 2PH6A 3UDPA 5OZEA 3GGXA 5ISKA 5P2MA 3BRAA 3ER5E 4Y41A 5HTZA 1FIVA 1ODWA 1FMXA 2PWRA 3FNUA 5HVPA 5P7FA 3EKVA 4PHVA 5OZ4A 4COEA 1XN2A 3BGBA 3O9GA 5OYVA 1B6PA 3OTYA 4QLHA 4Y3RA 4QJ9A 4FSEA 4AZYA 3B7VA 4DQHA 5AHBA 5P7TA 2QZKA 4J17A 1TSQA 4Z22A 4I0FA 3HBOA 2I4UA 3G6ZA 4L7HA 5P87A 5P72A 2QNQA 2Q15A 5P0ZA 5P1DA 5P3MA 1HIHA 3PBDA 2UY0A 3NDUA 4N00A 5P5WA 1YTHA 5P6YA 5P5BA 2VNNA 5OZKA 5P6BA 5P8DA 5OZ0A 3PMYA 1BIMA 1FG8C 1GNOA 4OD9A 3OU4A 1SIVA 5P85A 4B0QA 2VIZA 5P51A 2QI6A 3JVWA 1D4SA 4GJCA 1IZDA 3KT5A 5I3XA 5KOSA 3NSHA 2B42A 2I0DA 4AMTA 5P3RA 3I8WA 3LNKA 5P5IA 3CICA 1MSNA 1CPIA 4B78A 2FMBA 5P69A 5P4NA 2AZBA 5P2YA 5P8SA 2QMGA 4Y4XA 5P6OA 1HXBA 5OZBA 3DCRA 4R95A 5CLMA 1NH0A 4DJRA 4L7JA 4DJOA 5P0JA 3JVYA 3OOTA 3N3IA 4WY6A 5P49A 3D20A 5DGWA 5P65A 4B70A 2HB3A 5P4PA 3BXRA 3A2OA 3D1XA 5OZ8A 5OZMA 1F34A 1EPRE 4HZTA 5P03A 3QRVA 4Y4JA 1ODYA 2AZCA 1UH8A 3PWMA 4Y3XA 5P62A 5P71A 2NMZA 2AIDA 3Q6YA 3TTPA 3VG1A 5OZSA 5KR1A 1AZ5A 5DGUA 5P0FA 3PHVA 5P33A 4CPUA 5P82A 1YM4A 3MWSA 2F3FA 3VV6A 5P17A 3IGBA 5BWYA 3DM6A 1EPNE 1D4JA 4Y3PA 4Y4BA 3O9HA 3VCMA 4B00A 1W51A 4J0ZA 5F00A 4EPJA 1IDBA 3SA3A 3KM4A 5P32A 3QBFA 1HVJA 4Y44A 5P1CA 5P2UA 2QHYA 5P5TA 5OZPA 1QBSA 4PYVA 4F75A 5P35A 3EKQA 4YCTA 3UCBA 3K5FA 3NUOA 1GVVA 3K5CA 4LXMA 3BGCA 5P16A 5APRE 5P7RA 1G6LA 3KN0A 2G1OA 1B5FA 5P7EA 1HTEA 5P01A 3UQWA 1ZSRA 5P37A 3EL4A 5P3NA 3NU5A 5P1YA 3EM3A 4Y3ZA 4I0DA 5P3HA 4Y3SA 3RVIA 2FDDA 1HPVA 2ZE1A 2V11C 5OZ9A 5P3BA 2BPVA 3VF5A 5OZFA 4MC1A 2Q3KA 3TNEA 4GJ6A 3WB5A 3VFAA 5P6JA 1KJ7A 1ER8E 3KFPA 4ZIPA 2R43A 1Z8CA 1FF0C 1EPME 1OHRA 5P5FA 3O9BA 3L3AA 5C9DA 5P46A 3FKTA 1BDRA 4EJKA 4B72A 1BXQA 4Y4UA 5P8LA 4B1CA 2NR6A 5P06A 2AVSA 1SMEA 5OZHA 4LBTA 5P0TA 1LEEA 1RL8A 5P2CA 4ZSQA 2G69A 3MSJA 2OHMA 3QVCA 4TRZA 5OZJA 3HD8A 1FKNA 5P0YA 4A6CA 4LC7A 3KF0A 3PBZA 4ACUA 2BB9A 2I4WA 2O4SA 3LZSA 5P2WA 4APRE 3I25A 2IENA 4Y35A 5P1WA 2V12C 1MT8A 1MVPA 5P56A 1FG6C 3TLHA 3UDHA 5P3TA 5P3WA 4DPFA 2VKMA 5AHCA 2PH8A 1QDMA 4R5NA 2R3TA 1GVWA 4XX3A 3NU9A 4R93A 3FIVA 4DQFA 4J0VA 3PMUA 3I6OA 1B6MA 1HVCA 2BQVA 5DQCA 1K6CA 3QROA 1PROA 1HPXA 5P27A 3TH9A 1HVHA 5P5KA 3K4VC 4GJ7A 3VSXA 4X7IA 5P74A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1D4H A;  2QI7 A;  4QJ7 A;  2IGY A;  3OUC A;  5P19 A;  2PQZ A;  1SIP A;  3MXD A;  4M8Y A;  4DQG A;  4UPJ A;  3TOG A;  2A4F A;  1J71 A;  1HVK A;  3SA6 A;  5P5Z A;  3KFN A;  5OYR A;  4DV9 A;  2Q5K A;  3BHE A;  4ZE6 A;  5P7K A;  3OUD B;  5P4W A;  4Y3W A;  1M43 A;  4EQJ A;  2Q55 A;  4GZF A;  4Y5A A;  5DQ4 A;  3RTN A;  5HDZ A;  4BFB A;  4EP3 A;  4Y53 A;  5P5S A;  4Y4Z A;  1SMR A;  3LZU A;  2H6T A;  5P7A A;  3DUY A;  5P6R A;  3S8I A;  2AVQ A;  1ZPK A;  4R8Y A;  2QCI A;  1K2B A;  3K1W A;  4D89 A;  3SLZ A;  2ANL A;  1XE6 A;  2ASI A;  4Y5K A;  2QI4 A;  2WEA A;  5COP A;  4EJL A;  3Q5H A;  5P6N A;  2QP8 A;  5P2O A;  2QZL A;  3OUD A;  4OBD A;  1DIF A;  1EBW A;  5P4H A;  5P70 A;  3INE A;  4K4P A;  4PEP A;  2R9B A;  5C9F A;  5HE4 A;  5P3I A;  1W6I A;  3UDJ A;  1AJX A;  2VIJ A;  3OU1 B;  5P1A A;  5P1Z A;  1YTI A;  2AOH A;  4Y5P A;  3TPR A;  1EC3 A;  3PM4 A;  1GVT A;  4RVX A;  1FQ7 A;  5OZ7 A;  1HOS A;  2R5P A;  3UDQ A;  3ECG A;  5P14 A;  5OZI A;  5P1F A;  1IIQ A;  5DR8 A;  2JXR A;  5OZO A;  4MC9 A;  2QMF A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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