1FF0C

Structural implications of drug resistant mutants of hiv-1 protease: high resolution crystal structures of the mutant protease/substrate analog complexes.
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPIMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Structural implications of drug-resistant mutants of HIV-1 protease: high-resolution crystal structures of the mutant protease/substrate analogue complexes.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEASE RETROPEPSIN
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence D
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2000-07-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
C PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1ff0C00
3TPJA 2FS4A 5COPA 1BAIA 2IGYA 5P1OA 5P01A 5P2BA 3KFNA 4ZPFA 4M8YA 3JW2A 5IVRA 2O4PA 5P3DA 5P6SA 4Y3LA 3SA8A 3TOFA 4Y3RA 1LYBA 2OAHA 3N3IA 1HTRB 3OADA 5DR8A 3NR6A 5E5JA 5P6CA 2Z4OA 4ZSPA 1VIJA 5P7RA 5P8QA 4CPUA 1RV7A 5OZDA 2Q15A 2QD8A 3CKRA 3DV1A 1KZKA 1YTHA 1LZQA 1K2BA 5P1RA 5F01A 2BPYA 1MPPA 2ZHTA 3MXEA 5P2FA 4J5JA 5AH9A 1EPRE 2I4VA 3TKWA 5I3WA 4FRJA 1SP5A 3APRE 5P6PA 4EJLA 3VV8A 3EL9A 5OZXA 4F76A 4MC9A 5P3SA 3TOGA 2R3TA 2FGVA 2OHPA 5P4TA 1APTE 5HVPA 5HTZA 3UPJA 4RVIA 2PK5A 1CPIA 1GKTA 2XFIA 3SA7A 3IVHA 5P3EA 4CPQA 3D1XA 4Y4DA 1FQ4A 3PLLA 4Y43A 4GJAA 5P6LA 3K4VC 3ZPUA 5P7EA 5P08A 3S54A 2QHZA 1MTRA 4FAEA 3S7LA 4AZYA 1A8KA 1B6LA 2WF1A 3HVPA 4Q5MA 5P2OA 1PPKE 3L5EA 4WY1A 3PWRA 5P83A 4Y5LA 4I0IA 5P0KA 2Q3KA 5P3RA 7UPJA 3OOTA 4TRWA 2I1AA 2FMBA 5OYTA 3ECGA 1FQXA 1LYBB 5P4LA 3OADB 3KF0A 5P26A 2WEZA 3INEA 2F80A 3VF3A 3BRAA 4H3GA 2G21A 4GYEA 3UHLA 4FLGA 1MTBA 3LIVA 5AGZA 3EM4A 3OU1A 5P0IA 2P3CA 5P1LA 5HDVA 4Y5EA 4Y3HA 1F34A 3TTPA 2B8LA 2WF2A 1APWE 3ZOVA 5KR1A 4OBHA 2NNKA 1HIIA 5P2ZA 1W51A 3UQUA 1EC1A 1HEGE 3I8WA 5JFUA 3SPKA 4DQCA 5P3NA 5P7MA 3UDNA 1FG8C 1RQ9A 1FFIC 4Y3ZA 5JODA 3L5BA 2AOHA 1IVPA 4Q1YA 1EPNE 1TQFA 4J1FA 5P15A 4ER1E 3VFBA 4ZLSA 1DIFA 3OQKA 1K2CA 2Z54A 4Y4WA 5P7IA 1D4IA 3SA5A 4GJDA 3LNKA 5IE1A 4Y4GA 5P4UA 2I0DA 5I3VA 4DJRA 1CZIE 3WB5A 5P32A 2ZJJA 3Q6YA 3SQFA 3OQAA 5P79A 4EPJA 5OYXA 2RMPA 3ZKNA 4Y9WA 1C6ZA 2XFJA 2QI0A 5P1BA 5P4SA 5P2SA 5P5UA 5OZFA 4F73A 3O99A 1LYWA 2WKZA 5P7AA 5P6WA 5P29A 3CMSA 5OZJA 2EWYA 4GJ9A 2I4XA 5P74A 1TCWA 3OQDA 5P0CA 3K5DA 4Y44A 3QBHA 2H6TA 2OHNA 3WZ8A 1M4HA 1EBZA 2NXLA 5P41A 2PSGA 1HIHA 2QCIA 3OU1B 3NLSA 1MT8A 4K8SA 1A30A 4Q1NA 3SA3A 1MSMA 5P3IA 4S1GA 1BWBA 4OBGA 3EMYA 5P7TA 3EXOA 2BPXA 3S45A 1HVRA 4YDFA 4KE0A 5P4ZA 5P5XA 3HBOA 3UQRA 4Z22A 2IDWA 4RYGA 3UFLA 5P3TA 3QI1A 1YM2A 4B72A 5P5BA 4XKXA 3UDRA 5P39A 5OZGA 2FLEA 1ZPKA 5DQ2A 3HAUA 3TKGA 4Y3WA 5P66A 3VYDA 5P3OA 2O4NA 1SDUA 4Y48A 5P4MA 5HDZA 4Y45A 4NPUA 1AM5A 4B1DA 4D85A 2B60A 5P4EA 5P5PA 3SO9A 4OBKA 5P6MA 2WF0A 1E82E 1LV1A 6APRE 3KDBA 5P19A 4D88A 5C9FA 4XX4A 1HTFA 2Q63A 4RCEA 2XYEA 3LPKA 1ZJ7A 4Y58A 1B6KA 4Z50A 2ZJHA 5P6FA 1LYWB 2ZDZA 1IDAA 3IXKA 2F3EA 5P3BA 2ZYEA 5COOA 3OXXA 5P8UA 5P63A 4TVGA 2QZXA 4ZSQA 2OHRA 2CENA 3D3TA 4JPCA 5P8EA 4YD6A 3OHHA 5OZ3A 5P5JA 5P3MA 3PBDA 3PRSA 1ER8E 1META 5OYVA 4YCTA 1C70A 4I11A 5JG1A 3PWWA 4Y4XA 2IL2A 5P52A 5P7GA 3OOZA 1G0VA 2G94A 3NU9A 5P1FA 3PMYA 1BWAA 3MSJA 4AMTA 1C6XA 5P2HA 3CKTA 5OZSA 5P8DA 4J1EA 5OZUA 1APVE 3ZMGA 5P7SA 3SABA 2O4KA 8HVPA 4Y5KA 3OU3A 3KMXA 1TW7A 2Q5KA 2ASIA 2VJ7A 2AOJA 1GVXA 3UDQA 3NXEA 4ER2E 5OYSA 1FQ5A 1ZLFA 5P69A 1HWRA 2AZ8A 4YDGA 3S43A 1WKRA 4Y3AA 2IQGA 2VIZA 2QI6A 1NSOA 3IAWA 3NXNA 5P04A 5P8TA 5IVTA 5F00A 3TPLA 5OZWA 2IGXA 2PSUA 5P6AA 4GJ6A 1LEEA 1EC0A 4GJ7A 5P70A 2JJJA 2VIEA 5P2MA 4Y3GA 1EBWA 4LP9A 5P1PA 1MSNA 1D4JA 3DCRA 5P4BA 4ZSMA 1D4KA 4FS4A 5P72A 1G35A 5P7VA 3O9LA 5P3VA 4EXGA 5P73A 3OQFA 4RZ1A 5P2NA 5P5IA 5P5QA 2BPZA 3D20A 3GGAA 3DM6A 3EKPA 1XE5A 3O9DA 1PSOE 3QN8A 2AOIA 4DUSA 5OZNA 1WBMA 5P8BA 1HXBA 1HSHA 2ZHUA 1IBQA 5SY3A 3RSVA 3G6ZA 1AIDA 5P1DA 5OZTA 4RCDA 5P77A 1ODYA 4J1CA 3SA6A 3EKWA 3LZUA 4J54A 1T7IA 2WL0A 5AH8A 3EL0A 2VKMA 5P6TA 3PVKA 5P8JA 3URIA 4DJXA 4J1HA 3QRVA 5P1JA 3NUOA 5P2RA 2HB3A 2NTRA 3S43B 2AVVA 5P57A 5P2CA 5P0GA 5OZVA 5IS4A 5P27A 3RU1A 5P4YA 4K4QA 1HPSA 3RVIA 4K9HA 2HC0A 2VNNA 3O9CA 3H0BA 5P1XA 5P13A 1ZP8A 5P2DA 3OXVA 5PEPA 4YD4A 2F3FA 1M0BA 1FF0C 2HS1A 3LITA 2OF0A 3UQXA 5P7CA 9HVPA 5EZZA 1AAQA 1M43A 1EBKC 5P0BA 5P46A 4PYVA 3SKGA 3O9LB 5P4JA 4RRNA 2QI3A 4B00A 5OZQA 3AIDA 3PSGA 3T11A 4I0HA 2G22A 1TSQA 5P38A 2J9JA 4U7VA 4EYRA 5KOQA 2ZHSA 5P8RA 3NUJA 5OYUA 2WEBA 4ZSRA 1NPAA 1TCXA 1W50A 5HCOA 5P4KA 3VG1A 5P54A 1YTJA 3PLDA 3GI5A 5P17A 5CLMA 3BUHA 4M8XA 1K6TA 4YD5A 1PPME 3LIZA 5P8KA 3SM1A 3FNSA 3UDKA 4YOBA 5P2TA 1UH8A 5P16A 4Y3MA 1NH0A 4Y3SA 5P3CA 1KJ7A 1LYAA 2IEOA 3BGBA 1RL8A 4HDPA 3UCBA 3SAAA 1ME6A 3LINA 2VIJA 5P0JA 1HHPA 4Y5BA 5P45A 4ACUA 5DR3A 5P10A 5P3PA 4I0ZA 2AZCA 5P6UA 2UXZA 4DQEA 4Y3XA 5P3WA 5P25A 3VLBA 5P8PA 3RTMA 2R43A 4R93A 4GZFA 3PJ6A 1W6IA 2NXDA 2OHUA 3TH9A 1KJHA 3CYXA 3HW1A 3O9AA 2CEMA 1KJFA 5P62A 1JLDA 4Y54A 3SA4A 2IKOA 3UDJA 1EC2A 3IGBA 3LIQA 2QK5A 3G72A 5P8SA 5DGWA 5DPZA 2VNMA 5P4FA 4XX3A 3NDWA 5APRE 5P3KA 4Y3JA 2J9JB 1HIVA 4DV9A 3DK1A 4FSEA 4DQGA 2OHQA 2APRA 4L7JA 2QNQA 5P0XA 5KOSA 3URJA 4J0ZA 4J0PA 5P6EA 3URLA 1FQ8A 5AH7A 5KQZA 3CIDA 4RVXA 1OHRA 1MVPA 5P3YA 4QLHA 1A94A 3R0YA 5P7NA 4Y56A 5P87A 2VJ9A 1AZ5A 5OYYA 1DAZC 4KE1A 1EEDP 3NU6A 4R91A 1D4YA 5P03A 1LYAB 5P1EA 4DJUA 4B70A 4ZPEA 5P76A 1HEFE 1B6PA 3QRSA 3ER3E 1IDBA 4ACXA 4RGHA 4Y37A 2OHSA 1HVKA 5P6DA 2P4JA 1XN3A 3FKTA 3LZSA 4R95A 1BXOA 2Q11A 2V12C 4R5NA 3OAGA 2A4FA 3S7MA 4Y38A 5P2YA 4JPEA 5FIVA 1XS7D 5P3LA 4FL8A 1DMPA 5P7BA 1AJXA 2NNPA 1SIPA 1HVLA 5P1QA 2OHTA 1SH9A 2F3KA 2P3BA 5P2VA 2QMDA 2QMFA 4HEGA 1FMXA 2IKUA 4HDBA 4X2LA 4DJQA 5P51A 5ISJA 1ZBGA 5OZAA 4A6BA 5P2UA 5P88A 3LPJA 4Y4ZA 1AXAA 1PSNA 1Q9PA 4R8YA 5P5LA 1EPPE 3PI5A 2G1YA 2HIZA 2QZKA 3MSLA 5P8MA 5EZXA 4B1EA 3VUCA 3ZL7A 1YM4A 5P0OA 3TPPA 5P75A 1EAGA 1LF2A 5P5SA 5P3GA 3GI4A 4J0VA 3TOHA 5P1HA 5P0SA 3OY4A 2QD7A 1IZDA 3U7SA 4AA8A 3OXCA 5P34A 1LF3A 1ZSRA 2JXRA 1ENTE 5P09A 5P7JA 4D89A 4K4RA 4YCYA 4FM6A 1BVEA 3D91A 4BELA 5P5ZA 4Y3YA 4L7GA 5P0TA 1XL2A 3DOXA 3K4VA 2QMGA 3EL4A 3APPA 3OAGB 4OBJA 5DQ5A 3HD8A 5P3HA 3S53A 5P4OA 3WZ6A 3BHEA 5P0DA 5P5WA 3QRMA 1MERA 1FKNA 3I25A 5P1SA 5P82A 3OU4A 2P3BB 3QVCA 1EBYA 4TRYA 3PI0A 4GJCA 1D4LA 3SM2A 4U7QA 3U71A 3C9XA 2AOCA 2WF4A 2G1RA 1K6CA 1B6MA 5P3FA 2J9KA 1HPXA 4Y5AA 5P7HA 5OZ1A 1VIKA 3HVGA 3OWNA 5E5KA 3SLZA 4TVHA 3KMYA 5P11A 3VYEA 1UH9A 1IVQA 4EP2A 3PGIA 5ENKA 2JYSA 4CKUA 4LC7A 1YX9A 3IA9A 3BC4A 3OXWA 1XDHA 3PWMA 4Z2ZA 1RNEA 3QROA 5P0FA 4COEA 4L1AA 3QIHA 5OYWA 1MRXA 5P5YA 1MEUA 3GGUA 5P55A 5AHAA 3UQPA 2BKTA 2SAMA 5P85A 2O4LA 4J17A 1MT7A 5P0NA 4Y4TA 1GNNA 2B7FA 4J55A 1E80E 1EPME 1K1TA 4PEPA 1Z1RA 3KA2A 4MC1A 4GB2A 4NKKA 4DI2A 4N00A 5P8OA 4FAFA 3FV3A 3HLOA 2V0ZC 2QI5A 3CICA 5P14A 2FNSA 2F81A 1BDRA 3EM3A 5OZOA 4RYCA 3TNEA 3OU4B 2V00A 4EJKA 1ODXA 2UPJA 1FG6C 3HDKA 3AUPA 1EPLE 2OHLA 3R1GB 5C9BA 4DQHA 3VF5A 1HTEA 5P49A 3UQWA 2QU2A 3CKPA 5SZ9A 3MSKA 2G27A 2FNTA 2ZJMA 4DJOA 5P1ZA 5P1VA 2AVQA 3Q4BA 4KB9A 1G2KA 1FMUA 2ZJKA 5OZ6A 5P7OA 4PHVA 5P1WA 3UTLA 3MWSA 3IN4A 4L1AB 3I7EA 5P84A 4YE3A 5P4CA 1W5XA 4BFBA 1HSGA 2NPHA 5IVQA 1XE6A 3BXRA 5OZ5A 1MRWA 5HU0A 4J1IA 1GVVA 5P6IA 5P7KA 3BGCA 5P78A 4ZEAA 2ZE1A 1HVIA 3OHFA 3S8IA 2PK6A 4AA9A 1HSIA 2R5QA 3ZKGA 3O9EA 4FGXA 4DQFA 4RROA 3GGXA 4YBFA 4IVTA 2NMZA 3L38A 3KM4A 5P35A 5OZ2A 2ZGAA 2PH6A 2XYFA 5P4IA 5P71A 5P06A 2FDPA 5OZ0A 3VYFA 5P65A 3S56A 2WEDA 2R8NA 3EC0A 2IS0A 3FSMA 4YA8A 1C6YA 5P3JA 4I0DA 5P7XA 2QD6A 1T6GA 3K5GA 3WZ7A 5P7PA 5OZPA 4BEKA 5P43A 1YTIA 3L3AA 2PMAA 4DPFA 4QJ2A 1IZIA 5P0UA 4D83A 5P6BA 5P2GA 1QBSA 2ER7E 3L5CA 4GJ8A 5HE5A 5P4PA 4RRSA 1HPOA 1T7KA 4OBZA 5P7ZA 3UDMA 2CEJA 3LIYA 1UH7A 3Q3TA 1QBUA 5HD0A 1QDMA 4CPXA 1WBKA 2ZHRA 2AIDA 2NMYA 1GVWA 2G1NA 5P0LA 4Y6MA 2AODA 2ANLA 3VCMA 4DFGA 3KN0A 3S85A 3KDCA 2VS2A 1N49A 4F74A 5P22A 1W5WA 3PCZA 4HLAA 1XL5A 1AJVA 4LHHA 5ER1E 5P68A 1CMSA 2BKSA 1TZSA 2HAHA 5P0YA 3T7QA 5P5KA 4B1CA 5P8CA 1T6EX 5P1KA 3NDUA 4I12A 3VV7A 3SA9A 4GMIA 2G24A 2H6SA 5P44A 4CMSA 4UPJA 1LS5A 2ER9E 4WTUA 5P4AA 4DJWA 2QNPA 2Q55A 3M9FA 1TSUA 1GVTA 1KJGA 2G1OA 4EHCA 1W6HA 4DJVA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3TPJ A;  2FS4 A;  5COP A;  1BAI A;  2IGY A;  5P1O A;  5P01 A;  5P2B A;  3KFN A;  4ZPF A;  4M8Y A;  3JW2 A;  5IVR A;  2O4P A;  5P3D A;  5P6S A;  4Y3L A;  3SA8 A;  3TOF A;  4Y3R A;  1LYB A;  2OAH A;  3N3I A;  1HTR B;  3OAD A;  5DR8 A;  3NR6 A;  5E5J A;  5P6C A;  2Z4O A;  4ZSP A;  1VIJ A;  5P7R A;  5P8Q A;  4CPU A;  1RV7 A;  5OZD A;  2Q15 A;  2QD8 A;  3CKR A;  3DV1 A;  1KZK A;  1YTH A;  1LZQ A;  1K2B A;  5P1R A;  5F01 A;  2BPY A;  1MPP A;  2ZHT A;  3MXE A;  5P2F A;  4J5J A;  5AH9 A;  1EPR E;  2I4V A;  3TKW A;  5I3W A;  4FRJ A;  1SP5 A;  3APR E;  5P6P A;  4EJL A;  3VV8 A;  3EL9 A;  5OZX A;  4F76 A;  4MC9 A;  5P3S A;  3TOG A;  2R3T A;  2FGV A;  2OHP A;  5P4T A;  1APT E;  5HVP A;  5HTZ A;  3UPJ A;  4RVI A;  2PK5 A;  1CPI A;  1GKT A;  2XFI A;  3SA7 A;  3IVH A;  5P3E A;  4CPQ A;  3D1X A;  4Y4D A;  1FQ4 A;  3PLL A;  4Y43 A;  4GJA A;  5P6L A;  3K4V C;  3ZPU A;  5P7E A;  5P08 A;  3S54 A;  2QHZ A;  1MTR A;  4FAE A;  3S7L A;  4AZY A;  1A8K A;  1B6L A;  2WF1 A;  3HVP A;  4Q5M A;  5P2O A;  1PPK E;  3L5E A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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