1FFFC

Structural implications of drug resistant mutants of hiv-1 protease : high resolution crystal structures of the mutant protease/substrate analog complexes.
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADNTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural implications of drug-resistant mutants of HIV-1 protease: high-resolution crystal structures of the mutant protease/substrate analogue complexes.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEASE RETROPEPSIN
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence D
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2000-07-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
C PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1fffC00
1YM2A 2I4XA 5P3BA 5DR1A 1SP5A 2OF0A 5P3HA 3O9LA 3OHHA 4Y5EA 3NSHA 1HSIA 5P8SA 2OHSA 1TSQA 4ZSMA 3SA6A 5P1VA 2HPEA 3S43A 2PSGA 2FXEA 2UPJA 1DAZC 4DJOA 3SA4A 1K2CA 4J5JA 5P8FA 4RLDA 1M43A 3VLAA 3IGBA 4QJ7A 1DMPA 4WY1A 3VG1A 1BDLA 5P6SA 1OEWA 5P35A 4Z50A 2Q11A 5P16A 1FQ7A 3NXNA 4Y6MA 4CPQA 4AUCA 2V13A 4HE9A 1BWBA 1ZPAA 1HVSA 5P59A 2WF2A 5P0PA 4QJ6A 7UPJA 1GNOA 5P10A 5P74A 4D89A 1K6TA 1W5WA 1NPAA 4FGXA 1W50A 2JJJA 5P7WA 4Y53A 2BPWA 2JE4A 2PSVA 5OZAA 2FNSA 5P4PA 5P8BA 3CYWA 4I0DA 1LYBA 5P4AA 3T7XA 2G21A 3A2OA 3EKXA 3QROA 4LXAA 5PEPA 5P07A 1EPOE 1TCWA 2Q55A 1LF4A 4DI2A 4Q1NA 3KN0A 3KMXA 4FE6A 1K6CA 2PH8A 4K4RA 2NNPA 3PWMA 3UTLA 2V16C 2Q54A 3TH9A 1ME6A 4AA9A 2AQUA 4OBZA 5IVTA 3QIHA 2NMZA 1K6VA 5P78A 3F9QA 3JW2A 3EKQA 4GJ5A 4Y4WA 1T7IA 3Q4BA 3IVIA 5P14A 4F76A 5P19A 5SY2A 4EHCA 1XE5A 3FKTA 2VA5A 3OU1A 3TOFA 1D4LA 2QP8A 2V0ZC 3LITA 5P3KA 5P5HA 3OU4A 1EBZA 4OBGA 3NU6A 5AGZA 5OZ0A 3INDA 3IN4A 4FSEA 4CPRA 5P0NA 4JP9A 4ZSPA 4YA8A 3UFLA 3QVCA 5P3YA 4DH6A 3Q70A 4M8XA 5COPA 3TLHA 5I3VA 4TRYA 3CIBA 5P7EA 3ZKIA 5P27A 4Y3ZA 4Y51A 2QHZA 5P55A 3KF0A 1A8GA 5HVPA 5OZUA 5OZWA 5P1XA 5ENMA 1IZDA 2PYMA 2CEMA 2EWYA 5P3LA 5CLMA 1FG8C 1Z1RA 3NWQA 3IVHA 3GGAA 5DR4A 4KB9A 5P1MA 3ECGA 3URLA 4FSLA 1D4HA 3ZLQA 3NDUA 2ZJJA 5P1WA 4Y4DA 2QI7A 1EBWA 5DR3A 1AIDA 2WF3A 3MSKA 2VNMA 3G70A 4CKUA 5P1SA 1A94A 1LYWA 5P0AA 2NXDA 5P3JA 2HB3A 1LV1A 2QZXA 1FF0C 4RRNA 4DJXA 5OZ9A 3HAWA 5P0RA 1PPLE 1C6XA 5P64A 5P44A 1HRNA 3QS1A 1KJGA 3R0WA 3GW5A 5P8PA 5P8JA 1EPLE 5OYYA 3EL4A 3O9CA 1D4YA 3LINA 1BXQA 5P6YA 4YCTA 1NPWA 3BUFA 4Y3LA 5P5KA 4Y3QA 4EJDA 1MESA 4FM7A 5P34A 4Y3HA 5DGWA 3PSYA 1E81E 3ST5A 3DUYA 5KR2A 1HVKA 5P4GA 4YDFA 3EM6A 2G22A 3LIYA 5P09A 5P6LA 5JFPA 4YD5A 4YHQA 2HM1A 2G26A 1FG6C 4Y4XA 3PGIA 3K5CA 5P7FA 3IA9A 5P43A 3ER3E 3SAAA 3OOTA 1ODWA 1LZQA 5KAOA 2R5PA 1E80E 2VS2A 2RMPA 5OZDA 5KQFA 2Q15A 5P5ZA 3MXEA 5OZSA 3IXOA 4ER1E 1K2BA 4Z22A 5HE4A 4FRKA 4RCEA 2HPFA 4D83A 4OC6A 5P6QA 4FL8A 2QU2A 5P2ZA 4N00A 2QZLA 1AM5A 3D1XA 4Y4UA 4PEPA 3BXRA 2IGYA 5P0DA 5P3XA 5KQXA 1RPIA 2PQZA 4R93A 2XYEA 2HIZA 4D8CA 5P32A 1EC0A 4B72A 2WEZA 5COOA 1FQ8A 1ZLFA 3I8WA 5P42A 5P89A 4DFGA 1B6LA 3UPJA 4DVFA 2F8GA 5P5UA 5HD0A 1HVLA 5P5IA 1SGZA 5P8HA 1QBUA 3LNKA 5IE1A 1HEFE 1QBSA 5AH6A 2ZJLA 5P0SA 4B0QA 4COEA 4Y4JA 2ZHSA 4EP3A 4Y4ZA 3S45A 2QCIA 5DR8A 5P6JA 5DQCA 2R43A 1U8GA 1NH0A 2G1SA 1BILA 5P5NA 2QD7A 3L38A 1ZTZA 2QU3A 4I11A 5F01A 4BELA 3DCKA 3O9AA 3LIXA 4Y56A 2I0DA 3VSXA 3UDMA 4LC7A 2BBBA 2ZJHA 1EPNE 4F73A 3ZKSA 5P72A 2R38A 3NXEA 5P58A 5P2UA 3RTMA 5AHCA 4Y3XA 1GVVA 3PHVA 2QHYA 1VIJA 1AJVA 3OXWA 4OD9A 5HCTA 1AXAA 2NNKA 3TOHA 4GB2A 3UDKA 1YTGA 4H3IA 2IL2A 5KR0A 1FFIC 3ZPTA 5P4VA 3EKWA 5JODA 3QBHA 4H1EA 5P0LA 5KQZA 4L7JA 2VA6A 4QLHA 1D4IA 2ZDZA 5P0UA 4Y37A 3PRSA 4MC1A 1SMRA 4KUPA 2AVVA 2CEJA 1J71A 3AUPA 5P02A 5P12A 4MC9A 5P8GA 1FGCC 3WZ8A 5P46A 1G6LA 2G69A 1CMSA 3BHEA 4QJAA 1HPXA 1MT8A 3LPKA 1FFFC 4Y4BA 5P1JA 2AZ9A 2V11C 5P1DA 3INEA 1B6JA 1OHRA 3UDRA 2AZ8A 5DQ2A 2QK5A 4KE1A 3NR6A 4RZ1A 4HEGA 5P01A 1FEJC 3OY4A 5AH7A 1FMUA 3MWSA 4F75A 4TRWA 1TSUA 1OD1A 4BEKA 3GI0A 4ZEAA 3UCBA 1RQ9A 2OAHA 3KDBA 5HDVA 3IXKA 3D91A 5P6XA 5P3CA 5P3SA 3BGBA 4QJ9A 3UDQA 3H5BA 2QI1A 2IENA 2OHKA 3C9XA 1WBMA 2FDPA 1HPSA 3URJA 1HVCA 2IGXA 2QI4A 3VV7A 2V12C 4DPFA 1FQ5A 5P70A 1DIFA 1XS7D 4NPTA 5P2HA 5P8NA 4Y3PA 5P7DA 2QD6A 3QRVA 4X2LA 3EKPA 5P2LA 3KFNA 5P7MA 4DPIA 1B5FB 5P8RA 1FMXA 5P2AA 2IEOA 5OZCA 1SMEA 4TRZA 4Y3MA 2P3AA 5P3OA 2NXMA 3QRMA 1T6EX 2Q63A 3PBDA 2ZHRA 4DJQA 5OZ7A 2I0AA 5P06A 5P6UA 5SZ9A 4JPEA 4DJPA 1XN2A 5P5QA 5P1LA 1BDQA 3OUCA 2Q3KA 1AVFA 4RRSA 1C70A 2PC0A 4YE3A 1APWE 5JG1A 5P3DA 1YM4A 1GVWA 2VA7A 2HB2A 5P6NA 3O9HA 5HE5A 5IVSA 5P4UA 3NYGA 4JOOA 5P7QA 3O9IA 5P3ZA 4FAEA 1W5VA 1W6HA 3BGCA 4GYEA 2AODA 2O40A 3N3IA 3O9DA 5P1NA 4Y3RA 3CKPA 1BVGA 3GGVA 4EXGA 5I70A 1HIHA 5P4KA 4EJLA 1EPME 2IQGA 1KZKA 5P7TA 1MRWA 2NTRA 5P0TA 4AMTA 5P7ZA 2VKMA 4R8YA 1F34A 5P65A 4Y3NA 3TPPA 5P3EA 1EPQE 4HLAA 4K4QA 1KJ4A 1APUE 2P3BA 5AH8A 1PROA 2P3CA 4J1EA 5OZKA 5P17A 3OXVA 5P8OA 3QAAA 5P0HA 5P4ZA 3IAWA 3K5DA 5P13A 5P3RA 3EM3A 5OYWA 2VJ7A 3I25A 3CMSA 4Y35A 3NDXA 3L5BA 5P5PA 4AZYA 1W5YA 5ENKA 5P82A 3LIQA 2PK5A 2PWRA 2R9BA 4J0YA 3D1YA 4RVJA 5P54A 5P63A 4PYVA 3KT5A 4Y45A 4ZPEA 5P3QA 5OYSA 2I4DA 3O99A 1PPME 5P6DA 4YOBA 1MSMA 2IRZA 4Y5AA 3OGPA 5P2MA 5P6EA 5C9DA 2Q5KA 4TVGA 3K4VC 4DJVA 2ZHTA 4DJWA 4ACUA 1GVUA 2BPVA 2F80A 2QI3A 2AVQA 5OYVA 5SY3A 1XL5A 2R5QA 3QRSA 2VIZA 5P6RA 5P2SA 1SIPA 2WEDA 2RENA 1GNNA 2CENA 4IVSA 5P40A 2JYSA 4ZE6A 5KOQA 3VLBA 2AOCA 4LXKA 3RU1A 5P6VA 2G24A 2BPZA 5P7AA 5E5KA 3T7PA 4Y3GA 3Q3TA 4FM6A 3ZKMA 1YG9A 4J1KA 3L58A 3PSGA 3OU3A 2IDWA 3CIDA 5P62A 5P87A 1T7KA 3UQUA 4FAFA 3KM4A 3B80A 5DQ4A 1UH9A 5P5GA 3VYDA 1QRPE 4FCOA 2WEBA 4FRIA 1TW7A 4Y39A 3N4LA 5P5CA 1MTBA 4OBKA 4RYGA 2FXDA 3ER5E 4RVIA 4APRE 4B70A 5IVRA 3K5GA 4Q1WA 4B00A 3H0BA 5I3XA 2BB9A 4YD4A 1HXBA 2Z4OA 5P41A 4GIDA 1PSNA 3PVKA 5P60A 1IIQA 5P4QA 3QN8A 3APPA 3UDJA 2XFIA 5HU1A 3GI6A 4A6BA 1ZJ7A 4J1HA 4K8SA 3PCZA 1HEGE 5P67A 2UY0A 2OHRA 3SA5A 2RKFA 3R4BA 1AZ5A 4YCYA 1NPVA 3WB4A 4J1CA 5KR1A 3OTSA 3R0YA 2QI6A 4FRSA 2BJUA 4H3FA 4Q5MA 5P4XA 4FM8A 1AAQA 2QI5A 5P1KA 4S1GA 5BWYA 5P6BA 1G0VA 5OZBA 5P3TA 3PB5A 4I0IA 2ANLA 3SKGA 4I0JA 4NJSA 5AHBA 5P5VA 4HZTA 4DJYA 5P2EA 5P79A 4Y9WA 1HTFA 4H3GA 5P8QA 5OZ5A 4NJTA 2QAKA 3BRAA 2FGUA 3LIZA 4Y3TA 2AVSA 3UQWA 4GJ7A 1HWRA 5P86A 4YBFA 2ZYEA 2PYNA 4DJUA 3LPJA 4PPHA 1UH7A 3HAUA 1GVTA 5OYUA 5KQYA 5P1PA 4D88A 1OEXA 2AZCA 5P08A 5ER1E 5P68A 5HDXA 5KR8A 2QMFA 3NU9A 4Y36A 2AOEA 1LS5A 5P6GA 3D3TA 3SA9A 1UH8A 1SDVA 5P48A 5P4WA 3APRE 1MUIA 2JXRA 4FRJA 3UDYA 1HOSA 3NLSA 5P8EA 4J0PA 1B5FA 2F3KA 5P4BA 1G35A 5P1CA 3Q5HA 3SLZA 2BKSA 4OBFA 3SFCA 5P5WA 1T7JA 3R1GB 2R3WA 1EPRE 4BFDA 2ZE1A 3VSWA 2QMDA 3KDDA 5P7CA 5AH9A 5ISJA 2I4UA 3SM1A 4DQBA 3SA8A 1MTRA 4B1DA 3AIDA 5P1ZA 2OHTA 4R95A 4ZLSA 3S7LA 2A1EA 2O4NA 1ZAPA 2QMGA 1K6PA 5P2OA 5DPZA 1MERA 2PH6A 3FSMA 5P8AA 2NPHA 1HSHA 4ZSRA 5P49A 5P4MA 5T4SA 5P3GA 1LYBB 3SPKA 3PMUA 5J25A 4PZWA 2ZHVA 5OZ3A 5P0GA 4Y57A 1HIVA 3VF7A 3KA2A 2IKUA 1BV7A 1ER8E 3DJKA 1SGUA 3PCWA 5P2KA 2RSPA 1YTJA 3OADB 2B7ZA 1TZSA 4Q1XA 5P3AA 2JJIA 5P1YA 3VYFA 3BVBA 3DK1A 4LHHA 4NJUA 1FQ4A 1IVPA 4I0EA 5P2DA 5ER2E 3VFBA 3OK9A 3KMYA 2ZJNA 4YCKA 2QNNA 1HVJA 1RV7A 2G94A 2P4JA 4Y5CA 3LZSA 2G1RA 1DP5A 5OZIA 4B1EA 4Y3JA 1ZPKA 8HVPA 1MT9A 4ACXA 5P57A 2XFJA 5P7UA 4GJBA 4J54A 5P5XA 3NDWA 2J9KA 4Y4EA 2XYFA 1HTRB 1PSOE 3PLLA 2O4PA 4DQHA 2WHHA 4I0GA 1T3RA 2B42A 3EC0A 5P53A 3NU5A 3SQFA 5OYQA 4U7QA 3ZPSA 3RVIA 2VJ9A 5P05A 3U7SA 1MVPA 3R2FA 3T11A 2ZJMA 5P0BA 1T6GA 3OWNA 3ZL7A 1A9MA 1FQXA 5P7PA 5P1RA 1FKNA 1WBKA 2I1AA 5P29A 2QNQA 3K4VA 1BXOA 3SM2A 3HLOA 5P7VA 2XFKA 5P4RA 2R8NA 2IS0A 3JVWA 5OZ8A 6UPJA 5P7SA 3SABA 3EBZA 1GKTA 4Y4GA 5OZPA 5P7IA 3DCRA 2I4QA 4HA5A 1HSGA 2NXLA 4B05A 4U7VA 5OZTA 6FIVA 5P7BA 5P4HA 1BDRA 2FDEA 5P3NA 3PEPA 1MEUA 5P0OA 5P4OA 4CPUA 4L1AB 4JPCA 3GI5A 4FLGA 5P0XA 2WEAA 4DUSA 3TL9A 5P0VA 5OZYA 3NDTA 2AOFA 2HB4A 4Q1YA 5P1UA 1EEDP 5P4EA 3WZ7A 3PWRA 2ZHUA 4GMIA 1FB7A 1HIIA 5P50A 5P0WA 3OXXA 5OZOA 2OHLA 4XX4A 3INFA 4L6BA 1JLDA 5P5TA 5P3WA 2NMYA 3NU4A 4MC6A 3QBFA 3WZ6A 4RCDA 4Y3EA 3KDCA 3ZPUA 3RSVA 2QMPA 3VV8A 1BIMA 4GJ6A 1HPOA 1BVEA 2ER6E 5OZVA 5B18A 3UQPA 4RROA 5P7HA 3NWXA 1BBSA 2V00A 3LPIA 5DR7A 2PK6A 2AVOA 5P75A 3S7MA 4Z2ZA 4RCFA 4EP2A 3OQ7A 1BV9A 1SDUA 2ZGAA 3G6ZA 5OZQA 5P0IA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1YM2 A;  2I4X A;  5P3B A;  5DR1 A;  1SP5 A;  2OF0 A;  5P3H A;  3O9L A;  3OHH A;  4Y5E A;  3NSH A;  1HSI A;  5P8S A;  2OHS A;  1TSQ A;  4ZSM A;  3SA6 A;  5P1V A;  2HPE A;  3S43 A;  2PSG A;  2FXE A;  2UPJ A;  1DAZ C;  4DJO A;  3SA4 A;  1K2C A;  4J5J A;  5P8F A;  4RLD A;  1M43 A;  3VLA A;  3IGB A;  4QJ7 A;  1DMP A;  4WY1 A;  3VG1 A;  1BDL A;  5P6S A;  1OEW A;  5P35 A;  4Z50 A;  2Q11 A;  5P16 A;  1FQ7 A;  3NXN A;  4Y6M A;  4CPQ A;  4AUC A;  2V13 A;  4HE9 A;  1BWB A;  1ZPA A;  1HVS A;  5P59 A;  2WF2 A;  5P0P A;  4QJ6 A;  7UPJ A;  1GNO A;  5P10 A;  5P74 A;  4D89 A;  1K6T A;  1W5W A;  1NPA A;  4FGX A;  1W50 A;  2JJJ A;  5P7W A;  4Y53 A;  2BPW A;  2JE4 A;  2PSV A;  5OZA A;  2FNS A;  5P4P A;  5P8B A;  3CYW A;  4I0D A;  1LYB A;  5P4A A;  3T7X A;  2G21 A;  3A2O A;  3EKX A;  3QRO A;  4LXA A;  5PEP A;  5P07 A;  1EPO E;  1TCW A;  2Q55 A;  1LF4 A;  4DI2 A;  4Q1N A;  3KN0 A;  3KMX A;  4FE6 A;  1K6C A;  2PH8 A;  4K4R A;  2NNP A;  3PWM A;  3UTL A;  2V16 C;  2Q54 A;  3TH9 A;  1ME6 A;  4AA9 A;  2AQU A;  4OBZ A;  5IVT A;  3QIH A;  2NMZ A;  1K6V A;  5P78 A;  3F9Q A;  3JW2 A;  3EKQ A;  4GJ5 A;  4Y4W A;  1T7I A;  3Q4B A;  3IVI A;  5P14 A;  4F76 A;  5P19 A;  5SY2 A;  4EHC A;  1XE5 A;  3FKT A;  2VA5 A;  3OU1 A;  3TOF A;  1D4L A;  2QP8 A;  2V0Z C;  3LIT A;  5P3K A;  5P5H A;  3OU4 A;  1EBZ A;  4OBG A;  3NU6 A;  5AGZ A;  5OZ0 A;  3IND A;  3IN4 A;  4FSE A;  4CPR A;  5P0N A;  4JP9 A;  4ZSP A;  4YA8 A;  3UFL A;  3QVC A;  5P3Y A;  4DH6 A;  3Q70 A;  4M8X A;  5COP A;  3TLH A;  5I3V A;  4TRY A;  3CIB A;  5P7E A;  3ZKI A;  5P27 A;  4Y3Z A;  4Y51 A;  2QHZ A;  5P55 A;  3KF0 A;  1A8G A;  5HVP A;  5OZU A;  5OZW A;  5P1X A;  5ENM A;  1IZD A;  2PYM A;  2CEM A;  2EWY A;  5P3L A;  5CLM A;  1FG8 C;  1Z1R A;  3NWQ A;  3IVH A;  3GGA A;  5DR4 A;  4KB9 A;  5P1M A;  3ECG A;  3URL A;  4FSL A;  1D4H A;  3ZLQ A;  3NDU A;  2ZJJ A;  5P1W A;  4Y4D A;  2QI7 A;  1EBW A;  5DR3 A;  1AID A;  2WF3 A;  3MSK A;  2VNM A;  3G70 A;  4CKU A;  5P1S A;  1A94 A;  1LYW A;  5P0A A;  2NXD A;  5P3J A;  2HB3 A;  1LV1 A;  2QZX A;  1FF0 C;  4RRN A;  4DJX A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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