1FFFC

Structural implications of drug resistant mutants of hiv-1 protease : high resolution crystal structures of the mutant protease/substrate analog complexes.
Total Genus 16

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADNTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
S1 (10-15)TIV1 (5-8)O1 (8-10)S2 (18-24)TIV4 (65-68)S5 (52-66)EMPTYS7 (84-85)TI1 (25-28)AH1 (87-90)S3 (31-33)O3 (78-80)TVIII1 (80-83)O2 (36-38)S6 (69-77)3H1 (91-93)S4 (42-49)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
publication title Structural implications of drug-resistant mutants of HIV-1 protease: high-resolution crystal structures of the mutant protease/substrate analogue complexes.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEASE RETROPEPSIN
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence D
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2000-07-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
C PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1fffC00
1C6XA 2AZBA 2G1YA 5OZCA 1XL2A 2P3DA 2O4PA 1FMXA 2JJIA 3HAUA 1MVPA 3L38A 2AVSA 3OOZA 1MT9A 1MPPA 4Y43A 4GJDA 4Y38A 1TW7A 3QN8A 1YT9A 4I0FA 2NXDA 4L1AA 4KUPA 4NJSA 5DQ1A 4D89A 4PZXA 1LYWB 1WBMA 2G1OA 2F3EA 4J55A 4Y48A 3TTPA 5HDVA 3QPJA 5P4UA 1D4KA 2I4DA 6APRE 4RCEA 4DQCA 2BB9A 3L5BA 4DJPA 2Q63A 1F7AA 5P26A 4DJQA 2FS4A 3BRAA 1SH9A 4DJOA 3INEA 1FG6C 5OZAA 5OZ7A 3VSWA 1HHPA 3OQFA 4CPXA 1GVTA 2ANLA 4IVTA 3EKWA 3N4LA 3OQ7A 5P2KA 5P5YA 2FGVA 2QI3A 3URIA 3NR6A 5P0OA 3GGAA 3SA6A 2IS0A 4GJ8A 3UHLA 4DJYA 5P4TA 3HVPA 4H3FA 3ZKXA 2OHKA 5P2FA 5P1AA 1T6GA 1HPOA 4Z2ZA 1BV7A 7HVPA 4RVIA 5P8NA 1EC2A 3ZOVA 5HE7A 3TOFA 4R93A 5P0NA 3GI4A 4JPCA 3VFBA 5P1DA 4ZSPA 2AOEA 4ZSRA 5OZ4A 3T7PA 5OZSA 3PWRA 1BDLA 4Y4TA 4HLAA 4EPJA 1EPOE 2WF4A 4Y3EA 1XE6A 3OU1A 1GVWA 3O9GA 4LHHA 3TOHA 3KDBA 5P7GA 3INDA 1XE5A 2G26A 5CONA 3UDMA 4Z4XA 3S8IA 4CPRA 3KFRA 5P85A 4Y50A 3MSLA 3S7LA 5OYRA 4Y4DA 3QP0A 1HEGE 3VCMA 3F9QA 3PMYA 4HA5A 2WEZA 3G6ZA 3RTMA 1DP5A 5C9DA 4B1DA 3R1GB 1Q9PA 1AVFA 5P6MA 1SBGA 5P4LA 2ER7E 5P8KA 5KAOA 2PQZA 2IDWA 5P1JA 4Y5PA 5P3JA 5P4EA 1EEDP 5P39A 1KJ4A 3NWQA 4XKXA 5P44A 4B1EA 5P09A 4I8ZA 2IRZA 3SA4A 3IXOA 4I0IA 5P30A 2Q3KA 4YCKA 5P60A 3VV7A 5DR1A 5P6ZA 5P14A 1OEXA 1META 2QNQA 1KJFA 5P6RA 2AOCA 5P6QA 4EJLA 2NMZA 1B6MA 1RL8A 3OGPA 3NDXA 4ZE6A 4S1GA 4Y4WA 5AHAA 4MC1A 1HTEA 3NDUA 1B5FA 5P5VA 1A8KA 4X7IA 5P3ZA 3VUCA 5DR3A 3K5DA 3WZ6A 5P8BA 5P2UA 5P1UA 5P7ZA 2OAHA 3EXOA 3CYXA 5P3OA 1HSGA 1TZSA 2AZ9A 4BELA 2AVOA 1A9MA 5P1WA 2O4NA 4HVPA 3OUDB 2VJ9A 2ZHTA 4N00A 4EP2A 1FQ7A 2BPVA 5P1TA 5P7TA 1DIFA 2R38A 2QI4A 3BHEA 5P22A 5I3WA 5P1KA 1SGZA 1ER8E 2QMFA 5P0CA 2O40A 5CLMA 4DJVA 4A6CA 3NYGA 2J9JB 4OC6A 1IVPA 5DQ4A 3IN4A 5ISKA 1D4HA 1WKRA 4XXSA 5P5XA 3CKTA 4M8XA 4NKKA 2VJ7A 4IVSA 1FQ6A 3IXJA 2AOFA 4CPTA 2P3BA 2HB4A 2I4UA 5P89A 2QD6A 5OZ0A 4YHQA 5P3KA 4Y5LA 5HE4A 5P8AA 1EPQE 1OEWA 3DV1A 3JVWA 3UQWA 5P8VA 4L7JA 4EXGA 4Y3XA 1EPNE 4YD3A 1HVCA 2IKOA 3LZYA 4YBFA 3UDPA 3OAGB 4Y3FA 2OHQA 3D91A 3GGXA 1DAZC 5P7FA 1RV7A 3PMUA 3LPIA 4FRKA 1IBQA 5FIVA 1APVE 4M8YA 5ENMA 2G1SA 1BDRA 4Y54A 4F75A 5P5FA 1HSIA 3WZ7A 4EJDA 1QS8A 5P0ZA 5OZ2A 5P61A 5P5OA 3UFNA 1BWAA 2RKGA 2HPFA 5AH9A 4J17A 3KFSA 1K6PA 2PSUA 4APRE 5OZWA 4GJ5A 3OQAA 5P8RA 5P1HA 5JODA 3CICA 3H5BA 4FS4A 2A1EA 4LBTA 5P13A 5P3CA 1BVGA 1C6ZA 1OHRA 4FL8A 2BPZA 5P41A 3LINA 1BXQA 5P3SA 3EKPA 1EC1A 5P7WA 5P4RA 5C9FA 5P3AA 4DJRA 3OGQA 1MERA 1LF2A 5UPJA 4ER1E 4YDFA 4YOBA 1B6KA 2Z4OA 2OF0A 5P7UA 4Y3YA 4Y5MA 5P34A 3PWMA 3HDKA 3NWXA 4U8WA 5P12A 2HB3A 4LC7A 4QJAA 5SXNA 2ASIA 4AMTA 1WBKA 3PBDA 1SDVA 4Y4UA 1FLHA 1BILA 3ER3E 3LPKA 4NPTA 5OZUA 3K4VC 3CYWA 3KMYA 3DK1A 1GVUA 2P3AA 1B11A 1HTGA 2IENA 5P82A 1W5VA 1LYAB 1IZEA 3EL5A 4A6BA 4B1CA 5P8CA 3HD8A 5P2TA 4FLGA 3SQFA 2R8NA 2SAMA 4OBGA 5P2JA 4GMIA 5P63A 3ZPUA 4DPIA 1HEFE 4QJ8A 5BRYA 2R5PA 4J54A 2AQUA 2AVVA 1EC0A 3OQKA 5P03A 4RRSA 3JVYA 3QROA 3MSKA 5P0MA 4AA9A 3O9FA 3TPJA 1SGUA 4ZIPA 4XX3A 3O9CA 3QRMA 3FX5A 2FXDA 1C70A 3IVHA 5P3IA 3PGIA 5P80A 3I7EA 5P71A 2O4KA 1BAIA 2R3WA 5COOA 4Z22A 5P3MA 4AZYA 5OYTA 2AVQA 2HS2A 1E80E 5TOLA 3TNEA 1AXAA 4J0VA 2WF1A 2RSPA 5P5CA 1D4YA 5COPA 5DQCA 1K2CA 1JLDA 4Y3GA 5P15A 4Y4AA 5AH7A 5P2EA 3LIVA 2BQVA 4DVFA 5P68A 5AH6A 5P81A 4Y5KA 1KJGA 5OZKA 3PCWA 4PPHA 2WHHA 2I0AA 3OADB 1LV1A 1W6HA 6FIVA 4XX4A 5P5UA 3ZKQA 4Y36A 5C9BA 4OBZB 3QRSA 2PH6A 5P38A 2BBBA 2I4VA 2ER9E 4FM6A 4GYEA 5OZRA 4DV9A 1XS7D 3ZMGA 3CMSA 1PPME 4Y3PA 5P5MA 4ZLSA 4FM7A 1FIVA 2APRA 4ZPFA 5P1CA 2VS2A 1RPIA 4HDFA 4H3GA 1ZP8A 5OZFA 4Y3HA 3LIYA 2B42A 1Z8CA 2VA7A 3IA9A 2NNPA 2P4JA 1Z1RA 2FNSA 5P5LA 3LZVA 3S85A 2VJ6A 1GNNA 5OZ8A 3IN3A 1HBVA 2NR6A 5P6VA 3PEPA 4DQBA 1MTRA 1RNEA 3QBFA 3T3CA 4KE1A 4Y4EA 3PRSA 5P7EA 3D20A 3LNKA 4MC2A 5EZXA 3PLLA 5T4SA 3VLAA 5P6YA 4EWOA 5P4DA 3URJA 1PSOE 4ZPEA 2G94A 3H0BA 3VG1A 2QI1A 4K9HA 3UQXA 5HDZA 1ZPAA 4RCDA 1OD1A 4CPUA 1UH8A 2G1NA 1HTRB 3ZKGA 1IDBA 1HVKA 5P3HA 5P24A 4ACXA 3K5CA 5HTZA 5P8JA 2V10C 4Y3RA 2PK5A 4FGXA 1ZLFA 5P5ZA 1FFIC 2QCIA 1BVEA 3PBZA 2G22A 5P7JA 5P2RA 4DQGA 2IGXA 3OHFA 5P4XA 3MSJA 5P2NA 5P8HA 3IGBA 1TQFA 5P19A 5P6BA 5I3YA 5OZ6A 5OYSA 3BXRA 4GZFA 3KT2A 2FXEA 1MRWA 1GVVA 3GW5A 5P0VA 2FLEA 1EBKC 1G2KA 1AIDA 5P05A 1KJ7A 2QI5A 1QBUA 2PSGA 3EC0A 5P86A 5OZJA 3NU5A 2R9BA 2AOJA 4Y3QA 4Y57A 4FIVA 3PHVA 5OZDA 4Q1XA 1MSNA 1W50A 5AGZA 2QI7A 1SIPA 2CEMA 3OXWA 1T7IA 1FMBA 1B6PA 5P2WA 3SA5A 5P5PA 3BVAA 5P49A 1NSOA 2HPEA 5P6LA 2QU3A 3HBOA 1LYBB 4WY6A 1LYWA 1SMEA 5OZNA 4HDPA 3ZKMA 3SFCA 3ER5E 3L5DA 5P28A 4CPSA 1HSHA 4B0QA 5P2SA 5OYVA 5P8LA 3Q3TA 5IVSA 3ECGA 2WEAA 5P6PA 3MWSA 1HVJA 5F00A 1A30A 5HCOA 5P5RA 5P6HA 5P29A 5P50A 4RLDA 2V0ZC 5P4CA 3INFA 4J0ZA 3DCRA 2PH8A 4L7GA 5DR4A 2UXZA 3OQDA 3Q70A 4YE3A 3SKGA 2P3CA 5P0RA 2P83A 4CMSA 4Y3MA 4R95A 3NLSA 5P6CA 5P5EA 5P0XA 4YD5A 3I8WA 4EJ8A 5P56A 5OYYA 1QBSA 3IAWA 3VYDA 5P3VA 2AODA 2G1RA 5APRE 3KM4A 3WZ8A 1DMPA 4EXHA 4J1HA 3SO9A 5E5JA 1HWRA 5P1VA 5P53A 3URLA 1HVIA 3LHGA 4F74A 2FIVA 1J71A 2I4WA 4AUCA 5P54A 5P74A 5P3WA 3QIHA 2QI6A 2PK6A 3O9DA 3BGCA 3BUHA 5P1OA 3AUPA 4J1CA 3SLZA 2VIEA 4FRSA 3LZSA 1VIJA 4J5JA 5P4MA 5P7KA 4APEA 2QP8A 3NSHA 5P7NA 1MSMA 1MESA 4I1CA 5P4FA 5P5IA 3R2FA 1YTIA 5P3TA 3S54A 4GIDA 3KDCA 5F01A 5P7RA 2HS1A 5JFPA 5P0PA 4I0HA 4Y41A 5P51A 5HDXA 3EBZA 1MEUA 3APRE 1K2BA 3MXEA 5P5GA 1PPLE 2G27A 3L59A 2Z54A 2B8VA 4TRZA 3SABA 4ZEAA 5P8EA 1CPIA 3DM6A 4J0YA 2ZYEA 3VV6A 5P04A 1NPAA 3KMXA 3BUFA 2ZJHA 2RMPA 3UDYA 4QJ2A 1HOSA 3UQPA 4OBKA 5P2CA 3S43B 4CP7A 4OBFA 2QU2A 5P8TA 3O9LB 1CZIE 5DR0A 2BKTA 5DR8A 3NXEA 2F3KA 5P0KA 4FAEA 2FGUA 4EYRA 3FNSA 1ZAPA 5P4VA 2WKZA 3ZL7A 5IE1A 1IIQA 1FEJC 5P70A 3NU9A 5KOSA 2PWCA 1W5YA 2NTRA 5KR8A 4YCYA 4EHCA 2QMGA 3EMYA 4NJTA 4FAFA 4YD7A 2R5QA 2V13A 3OHHA 5P3DA 1NH0A 4I0ZA 5P8OA 5P75A 2CENA 1D4LA 5P46A 3NU3A 4J1IA 1G6LA 5P0LA 3SKFA 2G21A 1TCXA 2ZJJA 5P8DA 3GI0A 3UQRA 3OOTA 2G24A 3WSJA 4I10A 1LZQA 3T6IA 3ZKIA 5P6IA 5P7XA 3TH9A 2QZKA 2IL2A 5P3LA 2I1AA 4DJUA 4BFBA 5P5BA 4DQFA 1SDUA 5OZ1A 1MIQA 3TL9A 1K6CA 4B00A 3ZKSA 2J9JA 1QBRA 1BV9A 3GI5A 3L58A 5P4PA 3SPKA 3NU6A 2WJOA 5OZVA 2RKFA 1K1UA 4UPJA 5P1RA 3U6AA 4DH6A 3S45A 3VF7A 3T11A 4Y9WA 2OHTA 5P6FA 3C9XA 3VYFA 3UCBA 4Y58A 3RU1A 1YG9A 4B77A 1BDQA 5P3RA 3G72A 1Z1HA 3PCZA 1MT7A 3IXKA 5HU1A 4FRJA 3OAGA 3T7QA 4DQEA 3TLHA 3CKRA 3UQUA 1IZHA 3SA9A 5IVTA 2IEOA 5P76A 5P1SA 2F80A 5OZLA 1DW6C 1T7KA 1XL5A 4Y5GA 2R43A 2HC0A 2PYMA 1ODWA 1HVRA 1SMRA 5P78A 1D4JA 1FG8C 5P43A 3OUAA 5OZHA 3LPJA 4I11A 1AAQA 5P3QA 5P0WA 4F76A 3TPRA 5SY2A 3JW2A 4R8YA 4RGHA 5P2OA 4ZSMA 3L5CA 5ISJA 1GKTA 4RVXA 4HE9A 3K4VA 2A4FA 5P5WA 5P8UA 4Y4GA 5P10A 5P7AA 5KOQA 2Q11A 1HPVA 2V11C 3FSMA 5KQFA 2HB2A 3AIDA 3O99A 5P6AA 2VIZA 3ZPSA 2QD7A 3EM6A 3DOXA 4YBIA 1LF3A 3HVGA 5P7CA 3WB4A 3B7VA 3UTLA 3NUJA 2NNKA 4JP9A 3L5FA 5P1QA 5HVPA 2HM1A 5OZIA 2FNTA 5P25A 5P4AA 5P0HA 4K4RA 2B7FA 3QS1A 5P3XA 3OTYA 5P01A 1B6JA 1YM4A 3R0YA 5DGUA 2NXLA 4GJ7A 2EWYA 5OZGA 3BGBA 3OXVA 3PJ6A 5DR7A 3QI1A 1LYAA 1ODXA 2NMYA 5P2YA 3FIVA 5P2AA 4K8SA 5P2LA 2O4SA 4Y4XA 3LIXA 9HVPA 1IZDA 1FQ5A 3QBHA 5P6KA 4EJKA 1YTJA 5P07A 2VNNA 1ZBGA 5P42A 5KR0A 4PZWA 4DJXA 5P18A 3NXNA 2PWRA 1AJVA 1ZSFA 2XFKA 4FM8A 1GNOA 5P73A 3NU4A 2OHSA 4Q5MA 4R92A 5P3BA 1GVXA 5AHCA 1N49A 2NPHA 5P17A 1APWE 3UF3A 3TKGA 3PWWA 1TSUA 3VFAA 5P37A 3EM3A 4L7HA 2OHLA 1M0BA 1MT8A 5P84A 5P65A 5P83A 4DQHA 4Y4BA 4BFDA 2QMDA 4OD9B 5P2ZA 5P4BA 2ZHVA 5BS4A 4YA8A 3OWNA 3OU4B 1A94A 1BWBA 3PB5A 4LXAA 1E5OE 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1C6X A;  2AZB A;  2G1Y A;  5OZC A;  1XL2 A;  2P3D A;  2O4P A;  1FMX A;  2JJI A;  3HAU A;  1MVP A;  3L38 A;  2AVS A;  3OOZ A;  1MT9 A;  1MPP A;  4Y43 A;  4GJD A;  4Y38 A;  1TW7 A;  3QN8 A;  1YT9 A;  4I0F A;  2NXD A;  4L1A A;  4KUP A;  4NJS A;  5DQ1 A;  4D89 A;  4PZX A;  1LYW B;  1WBM A;  2G1O A;  2F3E A;  4J55 A;  4Y48 A;  3TTP A;  5HDV A;  3QPJ A;  5P4U A;  1D4K A;  2I4D A;  6APR E;  4RCE A;  4DQC A;  2BB9 A;  3L5B A;  4DJP A;  2Q63 A;  1F7A A;  5P26 A;  4DJQ A;  2FS4 A;  3BRA A;  1SH9 A;  4DJO A;  3INE A;  1FG6 C;  5OZA A;  5OZ7 A;  3VSW A;  1HHP A;  3OQF A;  4CPX A;  1GVT A;  2ANL A;  4IVT A;  3EKW A;  3N4L A;  3OQ7 A;  5P2K A;  5P5Y A;  2FGV A;  2QI3 A;  3URI A;  3NR6 A;  5P0O A;  3GGA A;  3SA6 A;  2IS0 A;  4GJ8 A;  3UHL A;  4DJY A;  5P4T A;  3HVP A;  4H3F A;  3ZKX A;  2OHK A;  5P2F A;  5P1A A;  1T6G A;  1HPO A;  4Z2Z A;  1BV7 A;  7HVP A;  4RVI A;  5P8N A;  1EC2 A;  3ZOV A;  5HE7 A;  3TOF A;  4R93 A;  5P0N A;  3GI4 A;  4JPC A;  3VFB A;  5P1D A;  4ZSP A;  2AOE A;  4ZSR A;  5OZ4 A;  3T7P A;  5OZS A;  3PWR A;  1BDL A;  4Y4T A;  4HLA A;  4EPJ A;  1EPO E;  2WF4 A;  4Y3E A;  1XE6 A;  3OU1 A;  1GVW A;  3O9G A;  4LHH A;  3TOH A;  3KDB A;  5P7G A;  3IND A;  1XE5 A;  2G26 A;  5CON A;  3UDM A;  4Z4X A;  3S8I A;  4CPR A;  3KFR A;  5P85 A;  4Y50 A;  3MSL A;  3S7L A;  5OYR A;  4Y4D A;  3QP0 A;  1HEG E;  3VCM A;  3F9Q A;  3PMY A;  4HA5 A;  2WEZ A;  3G6Z A;  3RTM A;  1DP5 A;  5C9D A;  4B1D A;  3R1G B;  1Q9P A;  1AVF A;  5P6M A;  1SBG A;  5P4L A;  2ER7 E;  5P8K A;  5KAO A;  2PQZ A;  2IDW A;  5P1J A;  4Y5P A;  5P3J A;  5P4E A;  1EED P;  5P39 A;  1KJ4 A;  3NWQ A;  4XKX A;  5P44 A;  4B1E A;  5P09 A;  4I8Z A;  2IRZ A;  3SA4 A;  3IXO A;  4I0I A;  5P30 A;  2Q3K A;  4YCK A;  5P60 A;  3VV7 A;  5DR1 A;  5P6Z A;  5P14 A;  1OEX A;  1MET A;  2QNQ A;  1KJF A;  5P6R A;  2AOC A;  5P6Q A;  4EJL A;  2NMZ A;  1B6M A;  1RL8 A;  3OGP A;  3NDX A;  4ZE6 A;  4S1G A;  4Y4W A;  5AHA A;  4MC1 A;  1HTE A;  3NDU A;  1B5F A;  5P5V A;  1A8K A;  4X7I A;  5P3Z A;  3VUC A;  5DR3 A;  3K5D A;  3WZ6 A;  5P8B A;  5P2U A;  5P1U A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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