1FFIC

Structural implications of drug resistant mutants of hiv-1 protease: high resolution crystal structures of the mutant protease/substrate analog complexes
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADNTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural implications of drug-resistant mutants of HIV-1 protease: high-resolution crystal structures of the mutant protease/substrate analogue complexes.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEASE RETROPEPSIN
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence D
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2000-07-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
C PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1ffiC00
4OBGA 1EPPE 2WF0A 3BXRA 3WB5A 3SA8A 3KYRA 1F34A 5OZHA 4YCKA 2P83A 3L59A 4Y50A 4A6CA 1BXOA 5KQFA 1MPPA 2AOEA 3ZPSA 4D83A 3QP0A 1G0VA 5DR3A 1D4YA 2RKFA 1LEEA 2NNKA 1EEDP 4DQFA 3HZCA 3R0YA 5P1JA 5P10A 5DR1A 2HPEA 3T7PA 4ZEAA 4YOAA 4GYEA 4YDFA 4Y4TA 5CONA 1RNEA 2IL2A 1Z8CA 4CP7A 1AXAA 5P54A 2IGYA 3O9BA 4Y3WA 4JPCA 5P8UA 1BXQA 1A9MA 3SM2A 3MSLA 1ENTE 2B7ZA 4J0YA 3S45A 3O9DA 4LXAA 4Y5NA 4RVIA 3L3AA 1FEJC 2PH6A 3S43A 5P79A 5P0PA 3EKYA 1ER8E 5P5PA 2QHZA 1BBSA 3ZKIA 5KOSA 3UDYA 2BQVA 5P7DA 4J1HA 4EXHA 1PPME 2B60A 3KM4A 2O4PA 5P03A 1QBUA 1YTGA 1GVVA 1XL2A 1ZSFA 3PLDA 1D4SA 5P0DA 4XX4A 5SY2A 2BKTA 3BUHA 4Y5KA 1FG6C 1CZIE 2AIDA 1HPOA 2WECA 2ZYEA 1APVE 5P42A 5P6OA 2R3TA 2RKGA 5P78A 3PBZA 2NXDA 3MWSA 5P4EA 4Z4XA 1HIVA 3LIXA 4EQJA 5HVPA 3ZKNA 3LZVA 2AZBA 5P5JA 5P0FA 1DIFA 3QN8A 5P4WA 1BAIA 3QS1A 4ZPGA 5P17A 4BELA 2QI4A 4Y48A 3PGIA 5P3RA 2XFIA 4Y54A 3TPJA 2R5QA 3ER5E 1WBMA 4CPWA 1T6GA 5P62A 3DV5A 4XXSA 5P0KA 5P6YA 3KFRA 2G1YA 1FMBA 4GB2A 1K1TA 5C9BA 2I4QA 2QNNA 1NPVA 4LC7A 1AAQA 1FQ7A 2ZGAA 3TPPA 1FQ5A 1APUE 4Q5MA 2QAKA 1LYBA 1HTRB 5P43A 3G70A 4A6BA 3HBOA 2IENA 1FFFC 1LYBB 2WL0A 3OQAA 5P7IA 1FIVA 2PSVA 5P66A 5P7NA 5P3DA 5P5WA 3FNUA 3O9HA 3MXDA 2QZLA 5OZWA 3LPJA 5P0TA 4GJ6A 1EPOE 2IRZA 3BUFA 4FSLA 4B1CA 2Q11A 5P74A 5P2AA 1ODWA 5P4VA 4Y4BA 5P5QA 1BV7A 5P4UA 4YBIA 2I0DA 5HE4A 5DQ4A 4KE1A 5PEPA 5P6NA 5TOLA 4CMSA 2WF4A 3S85A 4Z2ZA 2I4VA 4Y4XA 2B8LA 4BFBA 5ER2E 3K5DA 2H6TA 4R8YA 1MVPA 4RCDA 1MT9A 4OBZB 2V16C 3NWXA 3I8WA 4QGIA 3EM4A 3LZUA 3FSMA 1B6LA 1YT9A 2Q64A 2R9BA 3C9XA 2O4KA 5P8JA 5P3FA 3QROA 5P61A 1SDTA 4GJ8A 2FXEA 5P23A 3D1XA 4Y3YA 4Y45A 3RVIA 5P1UA 1ODYA 2FGUA 1RPIA 1GNMA 3O9IA 5P6FA 5P3LA 5P7AA 5P8OA 1IZHA 1HSIA 3VV6A 2XFKA 4OBHA 3EKPA 1HOSA 5P4TA 3LIVA 3ZKSA 3VV8A 1G35A 1SDVA 3T7QA 2I4UA 1HVIA 4YD3A 1PROA 3DJKA 1BDQA 2BPWA 3KFPA 3MSJA 4FM6A 6FIVA 3QBFA 5P7ZA 2ASIA 5P1HA 2ZJLA 2NR6A 5P2UA 2PYNA 2R43A 1QRPE 1HXWA 1T7JA 3TOGA 4B0QA 3PWWA 3SABA 5KR1A 4TRZA 2ZJIA 1HSGA 1LYAA 5P12A 4Y38A 5OYUA 2PWCA 5OZJA 2B8VA 4K4RA 5P3HA 2QHCA 2AVVA 5ISJA 3L5EA 5P87A 5JODA 4I0EA 2ZHVA 3IVHA 4ZPEA 4LHHA 5EZZA 5P41A 3T11A 4F75A 5P5XA 5F01A 1QS8A 5OZ3A 5I3VA 5JFUA 4FRKA 1DMPA 5P69A 3PSUA 4GJ7A 4Y4EA 3I2LA 3UDMA 5P8FA 4U7QA 5HU0A 4FSEA 1IDAA 3OWNA 5P7TA 5OYSA 4D8CA 3KF0A 4GJ5A 5OZBA 3H5BA 3NU5A 5HU1A 4GMIA 3O9CA 5P3YA 5P3XA 5P53A 1E82E 1ME6A 1MSMA 1K6TA 3SM1A 2QK5A 4YOBA 3T6IA 3NU9A 5P65A 5DGUA 4Y3DA 4Y3RA 4Y3HA 3ZKMA 5P5SA 1MT8A 4HEGA 1XE5A 2Q3KA 3D1ZA 5P29A 2WF2A 1SBGA 4B05A 2RENA 2AOCA 5P04A 4BEKA 1GKTA 7HVPA 1T7IA 2F80A 5P6LA 3FIVA 3ZPTA 2I1AA 1RV7A 4J0ZA 2P3BA 1SDUA 5I70A 4QJ9A 5OYRA 1FKNA 2O40A 1HVHA 1GVTA 2OHNA 5P1CA 3U6AA 5P3EA 5DR0A 4J1IA 4YD5A 3QAAA 1OEXA 4DJOA 3JVYA 3L5FA 1W51A 3LZYA 5P68A 5P86A 1EBWA 2G27A 2BPVA 5P6QA 5IVTA 5P0BA 5P11A 1UH8A 1AM5A 2B7FA 2HPFA 5P2OA 4Y36A 1EC0A 2QI7A 3NU6A 5P7XA 2QMGA 5OZLA 1K2BA 2SAMA 3PRSA 4I0HA 5P64A 4ZSQA 3CYXA 5P8RA 3ZL7A 5P5GA 3HLOA 4K9HA 5P3TA 3RTMA 4ZLSA 1A8KA 5P38A 1LF4A 3OQ7A 5P06A 4R91A 7UPJA 1B6JA 1EBZA 4N00A 2Z4OA 5OZAA 5OYXA 3NSHA 4F73A 5P88A 2Q55A 4J1EA 4Y3MA 3FNSA 3FX5A 5COPA 5P7SA 5P51A 4OC6A 5P8QA 5I3YA 2J9JB 3CKTA 1APTE 3U71A 4YDGA 2UY0A 1MTBA 5P7FA 4OC6B 3IN3A 1Q9PA 3AIDA 5SZ9A 3O9LB 3D1YA 4YD7A 3IN4A 5OYVA 1XDHA 1NSOA 4R5NA 5OZNA 3LIYA 5P8VA 3OUBA 5P49A 5P8IA 1LZQA 2BKSA 5P2QA 4LL3A 5UPJA 1AJVA 2R38A 2G94A 4Y3PA 4I0GA 1DAZC 2O4NA 8HVPA 1EC1A 1KJFA 2FGVA 4GJCA 3DK1A 4B00A 1ZP8A 4OD9B 2HB3A 3SPKA 1LV1A 2ER6E 2WF3A 3R1GB 3OQFA 1CPIA 1SP5A 5DR4A 2HIZA 3OK9A 2ZJMA 3NLSA 5P85A 4NPUA 4DV9A 1TCWA 4J1FA 4NJVA 3KT2A 4U8WA 2PSGA 1NPAA 1C6XA 4AMTA 5P0QA 4NJUA 1SMRA 3EL4A 1D4JA 4NPTA 4ER4E 3UQPA 3ZLQA 3PVKA 3HDKA 2VJ6A 5P14A 2VA7A 5I3WA 2NXLA 4J5JA 2VS2A 1Z1RA 3BGCA 5P6IA 2WJOA 2QI5A 3Q5HA 5P2NA 2PK6A 5P7QA 3URLA 4EJ8A 4J0VA 2I0AA 5OYYA 5COKA 4J1CA 4FAEA 1IDBA 3Q4BA 4L7HA 5P39A 5P4SA 3OUAA 4Y39A 5P05A 3SAAA 3LHGA 1EPQE 2FLEA 4OBDA 4FAFA 4Y5CA 2ER0E 1PPLE 2NNPA 4RRNA 1T7KA 5AHAA 5P37A 1TCXA 1HXBA 5P7UA 2NMZA 5P1SA 1ODXA 1W5YA 3NDXA 5P7KA 2HB4A 4H3FA 5C9DA 1ZPKA 5P1DA 5P3QA 3QVCA 3VSWA 3PEPA 2A1EA 1SMEA 3I25A 5P57A 2Q63A 4FM8A 4PPHA 3KA2A 3D91A 3WZ7A 5AH8A 5P2DA 5P7RA 5P2HA 4FE6A 2Q54A 3PJ6A 3SFCA 4I8WA 3QRSA 2JJIA 2FXDA 2FNSA 4Y3TA 3HVPA 5OZCA 3NUJA 1FQ8A 1XL5A 4Y3FA 1AVFA 5OZFA 2OHRA 1EPLE 5AHBA 2JYSA 2WEBA 3SO9A 2QP8A 4DH6A 4J0TA 5P48A 5P1IA 1XE6A 2QU3A 5P18A 3OUCA 5P5VA 1GNOA 1YX9A 3ZOVA 1YG9A 3L58A 4JPEA 3NU4A 3S7LA 1EPRE 1QBTA 5P75A 3O9AA 5P6CA 4FRJA 5P7PA 1D4LA 2JE4A 1META 2AVSA 3WB4A 3JVWA 4HDBA 1LF3A 3TKGA 4DJXA 1C6YA 1SIPA 2PH8A 5P50A 5P0CA 5P2XA 2IQGA 5P6SA 4EXGA 1IBQA 3NDWA 1D4KA 2O4LA 2ZHSA 4DQEA 1W5XA 3OADB 5JFPA 5OZ5A 5P24A 4EP2A 5HCTA 4S1GA 5IE1A 4GJDA 4Y5LA 2FDEA 2QI6A 4Y3AA 4DQCA 2QI3A 4EJLA 5OZXA 2PC0A 5KQZA 4Y56A 5P6KA 1W6HA 5P5RA 4I0DA 2V11C 3OXWA 5P16A 5OZSA 3EL5A 4ZE6A 5P67A 4CPTA 5P84A 4K8SA 1FB7A 4K4QA 4XKXA 2OHMA 1W50A 2FMBA 1LF2A 4I8ZA 2APRA 5OZVA 5P5FA 2I4WA 1AIDA 3G72A 4HE9A 1VIKA 5EZXA 3RSXA 1FG8C 3T7XA 3URJA 4NJSA 1HIIA 2ZDZA 3EL1A 5P20A 5P07A 5P3SA 2AOIA 5OZ6A 4F74A 5P3WA 4APEA 4CPQA 4Y3EA 3TPRA 4PHVA 1YTIA 4OBZA 1HSHA 3VF5A 3MSKA 1RQ9A 3SA6A 1MIQA 5P5HA 2G1SA 4L1AB 4Q1XA 4ER2E 2AOJA 3O9GA 1B6PA 1IVPA 4ZSMA 5P0MA 5P44A 3INFA 2BJUA 5DQ5A 5P8TA 3QRVA 2B42A 4TVGA 3HAWA 4DJPA 1OHRA 2IKUA 2QHYA 1LS5A 5P08A 5P3GA 4CPSA 3GGUA 5P1OA 3EKTA 1TZSA 5KOQA 2JJJA 1FLHA 1IVQA 5COOA 2VA5A 2MIPA 1HTGA 2VKMA 5OZEA 3TL9A 3NDUA 5P5KA 2V10C 3NUOA 2AOFA 5P7YA 2G1OA 5P0IA 3VLAA 3PSYA 5P5TA 3TTPA 2OAHA 5OZ8A 4HDPA 1HVJA 4Y4GA 5P8DA 3L5BA 1IZDA 3DM6A 1C6ZA 5P56A 5P4DA 2P4JA 5T4SA 2AVOA 3OAGB 1E81E 5P6AA 5P1RA 3EM6A 5P01A 5P4ZA 2FDPA 5P60A 4FGXA 1M43A 5AH7A 3WZ6A 1SGZA 1B6MA 1ZPAA 2OHKA 4ACUA 4AZYA 3RTHA 1ZSRA 4CPXA 1G2KA 2OHSA 4H3JA 5P6GA 2R8NA 3KT5A 5KR8A 3G6ZA 3PI5A 2BB9A 5P7BA 4YD4A 2G1RA 5F00A 2AODA 5P02A 2ANLA 3UDRA 5OZ1A 1K6CA 1BV9A 2P3AA 5P6JA 1A30A 1EBKC 4Y3QA 4Y3GA 5OZ4A 1EPME 1PSNA 1MT7A 3CIBA 4Y57A 3BC4A 2AZ8A 3OU1B 3PMYA 4QLHA 5P0UA 3DOXA 4L7JA 2WEZA 3VFAA 5OYQA 3BUGA 2F81A 1AZ5A 3S7MA 2PWRA 1VIJA 1TSQA 4Y4AA 3KDDA 1HIHA 3OU3A 4Y58A 5P6XA 3IXKA 5P52A 3R4BA 3EKWA 5OYWA 4R95A 3IGBA 2FS4A 3HVGA 4PZWA 1B11A 4HA5A 4I12A 3NXEA 3D20A 5P8MA 5P7JA 3UDJA 3K5GA 2G24A 4L7GA 2PQZA 3PWMA 5P2LA 1B5FB 3UFLA 5HDVA 4LAPA 3TOFA 1EC2A 5P6ZA 1SGUA 4J17A 2P8HA 1BDLA 2ZHTA 3KDCA 4ZSRA 5P33A 5P8KA 5P2BA 5P0YA 4Y5AA 3UDNA 5P55A 5OYZA 3GGAA 5OZGA 1BILA 3URIA 5P3ZA 2OHUA 3INEA 5P6HA 5P6RA 4I1CA 3VG1A 2PYMA 4LXKA 4B77A 2G20A 3CMSA 2OHQA 4I10A 4YCTA 1GNNA 3GI4A 1TSUA 3I6OA 5OZ0A 3FV3A 4J55A 1G6LA 5P45A 1HTFA 2VIYA 4Y6MA 5HCOA 5OZIA 5P1YA 5P0ZA 5P6PA 4AA9A 5P32A 3LZSA 4YHQA 4J54A 1W6IA 5P7GA 4I0JA 2FDDA 3IAWA 2CEMA 5P4JA 5OZDA 5P47A 5OZ7A 4J0PA 5P15A 1N49A 1PSOE 2AOGA 3NXNA 4GJ9A 4FM7A 5P0LA 1TW7A 1NPWA 5P81A 3O99A 1BWBA 3K4VC 1HRNA 2VNNA 4K4PA 5P4IA 3OXXA 4DJVA 3BRAA 5OZPA 3LITA 4QJ8A 5P4OA 4MC9A 2J9JA 3M9FA 4CPUA 3UQRA 1HHPA 4YE3A 4JECA 3VLBA 4Y4DA 1FQ4A 5P6BA 2QU2A 3O9LA 5P1AA 3SA5A 1E5OE 5P5ZA 4EPJA 5P1NA 3OXCA 2WEAA 1MERA 3EBZA 4H3GA 5CLMA 3BXSA 4HLAA 1XN2A 4EHCA 5ENMA 4DVFA 3HD8A 2G69A 4ZIPA 2NMYA 3KMYA 4DJUA 5P3KA 2QCIA 3R0WA 4PYVA 4LP9A 1KZKA 2RMPA 5P0AA 5APRE 4FL8A 4PZXA 5IS4A 2VIEA 2NPHA 5P1QA 1HVLA 4I0FA 4OD9A 5HDXA 4Y53A 2BPYA 4MC2A 5KR0A 4X7IA 5P59A 5P4CA 3EL9A 3LINA 4ER1E 1K6PA 3K4VA 4LXMA 2JXRA 3BVBA 2NXMA 3TKWA 5HE7A 3INDA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4OBG A;  1EPP E;  2WF0 A;  3BXR A;  3WB5 A;  3SA8 A;  3KYR A;  1F34 A;  5OZH A;  4YCK A;  2P83 A;  3L59 A;  4Y50 A;  4A6C A;  1BXO A;  5KQF A;  1MPP A;  2AOE A;  3ZPS A;  4D83 A;  3QP0 A;  1G0V A;  5DR3 A;  1D4Y A;  2RKF A;  1LEE A;  2NNK A;  1EED P;  4DQF A;  3HZC A;  3R0Y A;  5P1J A;  5P10 A;  5DR1 A;  2HPE A;  3T7P A;  4ZEA A;  4YOA A;  4GYE A;  4YDF A;  4Y4T A;  5CON A;  1RNE A;  2IL2 A;  1Z8C A;  4CP7 A;  1AXA A;  5P54 A;  2IGY A;  3O9B A;  4Y3W A;  4JPC A;  5P8U A;  1BXQ A;  1A9M A;  3SM2 A;  3MSL A;  1ENT E;  2B7Z A;  4J0Y A;  3S45 A;  3O9D A;  4LXA A;  4Y5N A;  4RVI A;  3L3A A;  1FEJ C;  2PH6 A;  3S43 A;  5P79 A;  5P0P A;  3EKY A;  1ER8 E;  5P5P A;  2QHZ A;  1BBS A;  3ZKI A;  5KOS A;  3UDY A;  2BQV A;  5P7D A;  4J1H A;  4EXH A;  1PPM E;  2B60 A;  3KM4 A;  2O4P A;  5P03 A;  1QBU A;  1YTG A;  1GVV A;  1XL2 A;  1ZSF A;  3PLD A;  1D4S A;  5P0D A;  4XX4 A;  5SY2 A;  2BKT A;  3BUH A;  4Y5K A;  1FG6 C;  1CZI E;  2AID A;  1HPO A;  2WEC A;  2ZYE A;  1APV E;  5P42 A;  5P6O A;  2R3T A;  2RKG A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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