1FFIC

Structural implications of drug resistant mutants of hiv-1 protease: high resolution crystal structures of the mutant protease/substrate analog complexes
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADNTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Structural implications of drug-resistant mutants of HIV-1 protease: high-resolution crystal structures of the mutant protease/substrate analogue complexes.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEASE RETROPEPSIN
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence D
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2000-07-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
C PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1ffiC00
5P4PA 4OBZA 3PWWA 4MC9A 2IGYA 1RPIA 4QJ9A 3EL0A 1BV7A 3ZL7A 3OQFA 4I10A 3DCKA 5P0IA 1EEDP 3T6IA 4JP9A 5P35A 4GJ7A 1MSMA 4MC1A 3LZYA 2PWRA 5P8QA 5DQ5A 5P58A 5ENKA 3QVIA 3SA3A 4BFDA 5P3JA 3D91A 5P3YA 3CYXA 5P7DA 2WEBA 5OYTA 4QLHA 5P8EA 1EPRE 1K2BA 4FM6A 3D1ZA 3R0YA 2BKTA 2HS2A 2Q3KA 5P1OA 5P3AA 4DFGA 5P1KA 1HVKA 4DQBA 3QRMA 3PBZA 1IIQA 5DR3A 5P50A 5P2SA 1QS8A 4RRSA 2OF0A 2ZHUA 3SKGA 1GVVA 4S1GA 1MUIA 5P5DA 3N3IA 5I3XA 5P65A 5P3RA 1EPNE 5OZ4A 5P8OA 3LPJA 2ZE1A 2CEMA 2ZDZA 3NWQA 2R3TA 3NXEA 1TCXA 2ZJKA 2FNSA 5P7MA 4GJ9A 1G35A 5OZCA 1K2CA 1MT8A 1XDHA 1UPJA 1SGZA 5P4XA 1ZSRA 3A2OA 3D1XA 3RVIA 4KUPA 5P2NA 3K5DA 1FQ7A 5P29A 4ACUA 3OUBA 2PSUA 4D8CA 4ZE6A 4ZEAA 3OUAA 4QJ6A 3PMYA 5OZPA 1HIVA 5BS4A 5DR7A 1LS5A 2VA6A 2Q5KA 5P2XA 5P0RA 2HPEA 4Y3XA 4PYVA 1PSNA 2WF2A 3KFRA 3PVKA 3QP0A 3L5EA 2IRZA 1META 3INEA 4R8YA 1BDLA 5P4NA 4Y3LA 3ZLQA 5P7SA 3IAWA 1T7IA 3SACA 5P7BA 3RTMA 1W5VA 3BGBA 3HDKA 5P3SA 1MTBA 4A6CA 1KJFA 5P4SA 2CENA 5P30A 5AGZA 2NXDA 3LIQA 5P4AA 1LYBB 1ER8E 2OHQA 2PMAA 1UH8A 4WY1A 4N00A 4Y47A 3AUPA 2ER7E 3NUOA 4HDBA 4TVHA 3QVCA 5P68A 1HPXA 3UPJA 2I4QA 6FIVA 4B78A 1MESA 4FRJA 3KM4A 1FEJC 4KE1A 2B8LA 5P2LA 1EPME 3HVPA 5P5ZA 5P3CA 1HXBA 4BFBA 1SIVA 4GJ5A 3L5DA 2BB9A 3UFLA 4JECA 4Y54A 3HVGA 1YT9A 1BDQA 3VV7A 2V13A 2QNNA 5P2DA 4XKXA 3ZKQA 4ZPGA 4J1IA 4XXSA 4Y35A 5P0MA 1XE6A 5P62A 5P67A 5P3LA 1OHRA 3LINA 5KR1A 5P8HA 5P39A 1LYWB 1D4HA 3BRAA 3IN3A 5P5QA 5P5LA 3S7MA 2P3DA 5P1NA 3O9LA 1A8GA 3Q3TA 3OUCA 4L1AB 3HAWA 4WY6A 3FSMA 5P84A 2FMBA 3O9GA 3ZMGA 4DPFA 4L7HA 5P37A 3LPKA 1FQXA 4Z4XA 5KQZA 5P01A 5OZZA 3T7QA 4WTUA 3EC0A 2P3AA 5HDXA 2QNQA 5P3ZA 1LF2A 4LBTA 3NU3A 1PPKE 5OYQA 4I1CA 5P74A 5P5PA 4K8SA 4MC2A 1G0VA 3TOFA 1BXOA 3JVWA 5JFPA 3QS1A 3OADB 4YD4A 2J9JA 5APRE 3JW2A 4LAPA 5P3BA 5P53A 2I1AA 5EZXA 4Y53A 2AVSA 5SY3A 1WBMA 3R4BA 3IVHA 4YCTA 4I8WA 4QJ8A 5P7LA 3IVIA 5P85A 4Y50A 2B7FA 2AOEA 5AHAA 4K4RA 5OZYA 5P4LA 4OD9A 1HPVA 4CPRA 4OBKA 5OZ9A 1TSQA 5OZUA 3UDNA 3QIHA 5P25A 4Y41A 5P0JA 5KOSA 1EAGA 4GJAA 4Y5BA 1N49A 1B6PA 4I0EA 1AZ5A 3QI1A 3ZKNA 1PFZA 4CPXA 2SAMA 1VIJA 3R2FA 2A1EA 4YOBA 1MPPA 2QMGA 2IENA 5P03A 3EKQA 5OZGA 1SIPA 5P12A 3OHHA 3FV3A 2AIDA 3KFPA 2XFKA 5P0BA 1YTJA 2R43A 5P66A 3CYWA 5P36A 4ER2E 5KQYA 1OEXA 5P1HA 1C6ZA 4H3JA 2O4PA 5P6LA 5P4UA 4A4QA 4QGIA 3PMUA 3OK9A 3BVBA 5P6SA 1FF0C 2VIZA 5P52A 4IVSA 4HLAA 2WEAA 5P8NA 5P16A 3TPJA 1XE5A 5P0NA 4L7GA 1EC2A 2VIYA 3O99A 2ASIA 1IZEA 2XYFA 5HDUA 3TOHA 3PLLA 1EBWA 1NPAA 2P4JA 5P5AA 4DQEA 5OZNA 3UDQA 4GJCA 5P45A 2IQGA 5P0KA 2QZLA 2EWYA 1PSAA 2ANLA 5P7TA 2QI3A 5P5JA 3KDCA 4GMIA 3OTSA 4OBHA 3VFAA 2Q15A 2PYMA 2I0DA 1MEUA 4JOOA 1B5FA 3EKVA 4D83A 1APUE 2AZBA 5OZEA 4EJLA 3KMXA 2BPWA 5P1GA 5P8TA 2QD6A 3OGPA 3S54A 1C70A 5P1PA 3MXEA 3KYRA 3OAGA 3VYEA 4Y4XA 5P47A 4Y6MA 4Y4ZA 1NPWA 3UF3A 5P8VA 1AVFA 1EC3A 5DQ4A 1YM2A 3SO9A 1E81E 2BKSA 1BVEA 3WZ6A 4Z22A 5P78A 1TQFA 5HD0A 5OYUA 4ZIPA 4HDPA 5P5TA 4Y45A 4EQJA 5P3EA 2AZ8A 4I0IA 4Y38A 2ZHSA 3LZVA 1D4YA 5KOQA 5P2MA 2WEZA 3BUFA 3IXKA 3WB4A 1FFFC 5BWYA 5P5MA 4J0YA 5P83A 1AM5A 4LXKA 2I4VA 4ER4E 7HVPA 2CEJA 2H6TA 5DQ2A 1ENTE 5SY2A 5P6TA 1Z8CA 2FGVA 5P8PA 3S2OA 5P1QA 5P75A 3ZPSA 5P41A 3PGIA 2QD7A 4HE9A 4I12A 4I0ZA 5P8IA 2FDDA 2OHUA 1F7AA 3S7LA 3URIA 2ZJIA 1K6TA 4YOAA 1AAQA 1FG6C 4DI2A 3FNSA 1BWAA 3GI4A 3PHVA 2HM1A 5P08A 5P2EA 4APRE 5P1AA 5P1LA 5P7QA 3KFNA 1ZLFA 5DR4A 1HOSA 4EPJA 4I0JA 1VIKA 5P7FA 2NR6A 5JFUA 4ZPEA 5OZOA 5P6MA 5P1BA 4NJSA 4Y3DA 2F81A 1FB7A 2G21A 4MC6A 3KDDA 1W6HA 1HPOA 2P8HA 1QBRA 2G1YA 3I6OA 1F34A 4Y3HA 5COOA 2BPYA 1WBKA 1BWBA 4RZ1A 5HE7A 5P6XA 2FS4A 3QRVA 5P7JA 2HPFA 4J1KA 5P3IA 1W5WA 5OZ8A 4F73A 1PPLE 4B1CA 3OUDA 1PPME 2I4DA 3ZPUA 1W6IA 5P6DA 5P3KA 5P6BA 3VV8A 5P6GA 1BBSA 5P5XA 4R91A 2AVMA 5P4KA 3QAAA 4FAEA 2NPHA 4TRYA 5P19A 1BXQA 4OBZB 4Y3WA 3NYGA 5OZ2A 4Y3AA 1FG8C 4H3GA 4Q1NA 5P3OA 2I4WA 5KR8A 1HTEA 1GVXA 3OU4A 3T3CA 3B7VA 4AA8A 4Y43A 5P3QA 4AUCA 3KN0A 5P2ZA 4RCEA 3MXDA 3BC4A 5C9BA 5P70A 1B6MA 2G27A 5P6KA 1MTRA 5P4ZA 2OHPA 2Q55A 5P8GA 4B70A 2I4XA 2ZHVA 4DJVA 3NSHA 3NXNA 1HVRA 4Y4WA 1EBZA 3UDKA 3O9BA 1AIDA 4Y5PA 2QMFA 5P61A 3ST5A 5OYXA 3OWNA 5CONA 4LHHA 2QZXA 2AZCA 1SDTA 5P7VA 4I8ZA 5P82A 3TPLA 4Y5CA 5P6OA 2OHLA 3G6ZA 3UDPA 5P6PA 5P5UA 2QI0A 4JPCA 2UXZA 2AOHA 1FKNA 3TKWA 5P0SA 4HA5A 5P6VA 5OZHA 3PJ6A 1SP5A 3NUJA 1GNNA 4FRKA 4F75A 4Y44A 4R93A 1BILA 2IL2A 4I0FA 3UCBA 4YA8A 1M43A 3KA2A 1T6GA 2IS0A 5P34A 2VNMA 2WF3A 3TNEA 2H6SA 2B60A 5SZ9A 2O40A 5P1RA 3Q70A 5P55A 3TPPA 5P2CA 2G20A 1HRNA 2PYNA 5OYZA 2FNTA 5P24A 3IGBA 1TCWA 2WF1A 3KF0A 5P5WA 3NU4A 1LYAA 1EPPE 4GYEA 1MRXA 5P1ZA 5P05A 5P6WA 5OZIA 4DJYA 1A9MA 4DH6A 3EM4A 3OGQA 5AHBA 3INDA 2OHMA 2XFJA 4DUSA 1K1UA 3SPKA 2AOIA 2B7ZA 1XL5A 1QDMA 3PI0A 5P4BA 4RRNA 3QBHA 3U6AA 5P4FA 4Q1WA 4Y3GA 5P1DA 5P4IA 5OZQA 1FFIC 1IZIA 5P6CA 4Y4TA 4J55A 5P2BA 2Q54A 1SH9A 2F80A 4X7IA 4H1EA 2ZGAA 1XS7D 3OY4A 1QRPE 4FM8A 4K4QA 1HSHA 1IBQA 5I3VA 1ZSFA 2AVVA 9HVPA 4I11A 4YHQA 2WHHA 3OXVA 4J0ZA 4OC6B 3NDWA 4HVPA 5P2JA 3QPJA 3SM1A 2ZJMA 2XFIA 3OU1B 2R38A 1A30A 1TZSA 5IE1A 1HXWA 4PEPA 5OYYA 4CKUA 3OQ7A 5KQXA 5P79A 1HPSA 4KE0A 5P04A 3GI0A 2JYSA 2VJ7A 2HB4A 2QI1A 3NWXA 3DOXA 4Y5GA 4NKKA 2Z4OA 5P8CA 2ZJNA 3CKRA 5P7ZA 4J0VA 4EJKA 4TRWA 1LF3A 5P6QA 2UY0A 2G69A 3VSXA 2Z54A 2R8NA 1ZTZA 5OZ1A 1YG9A 4I0HA 1HTFA 2XYEA 5P59A 5P7PA 5P88A 3BHEA 2QHCA 3O9LB 5E5JA 1DW6C 4ZSPA 4Y39A 5KR0A 2WECA 5P3VA 5P2OA 4FLGA 4EP3A 2VJ6A 2RSPA 5AH7A 2JJIA 3APPA 5DPZA 2QU3A 5P8FA 4DJUA 1MT9A 1LYWA 3C9XA 1ZAPA 5P3HA 3ZKIA 4CPWA 3OHFA 4LC7A 2IKOA 5F01A 5P1MA 1DMPA 2ZHRA 3PB5A 3LHGA 2P83A 5P14A 5P0ZA 5P56A 4LL3A 3I7EA 2G24A 4L1AA 3K5GA 4Y4JA 1YX9A 3VCMA 2FIVA 5P0QA 3EKYA 2F3KA 5P7WA 2J9JB 1Z1RA 1KJGA 3OQAA 2RMPA 1PSOE 2QZKA 5P6YA 1HVJA 1QBUA 3VFBA 5P5VA 1YM4A 3QROA 4Y5EA 3O9DA 3OOTA 5P7XA 2ZJLA 3DJKA 4Y58A 2P3BA 1GVWA 3QN8A 1B6KA 4U7QA 4Y4UA 3KDBA 5P4EA 2QHZA 2QP8A 5P2HA 1EBYA 4RVXA 3OADA 5P7KA 3UDJA 4GJ8A 3K5FA 3L38A 1HTGA 4Z2ZA 3EBZA 5P0TA 4AMTA 5P0EA 5COPA 5OZWA 7UPJA 2QHYA 4EYRA 5P10A 5HU1A 4QJ2A 1M0BA 2ER6E 1LZQA 1T6EX 3EL4A 1W5XA 5HVPA 5P48A 5J25A 3BUGA 3LZSA 4H3IA 4J54A 5P15A 5P7EA 1D4LA 1YTIA 3ER3E 5P0PA 3D1YA 3S43B 3UFNA 3CKPA 1MIQA 1BDRA 5OYVA 3GGXA 1FGCC 4Y3RA 5P5SA 1FQ6A 3ZPTA 4HDFA 1DPJA 4KB9A 3G72A 3CKTA 3O9EA 2FDEA 2MIPA 4U7VA 3VYFA 3NDUA 3CIBA 2NXLA 1W51A 5P20A 2O4NA 5AH6A 4DJXA 3UQRA 1K6CA 3HLOA 3OXXA 3LNKA 5IVSA 3BVAA 3KT5A 5SXNA 2PWCA 3SA6A 1ODXA 3S45A 1IDAA 1D4KA 4U8WA 5P7RA 2BPZA 5HCTA 1HIHA 3NDTA 3QRSA 4X2LA 5KQFA 3IA9A 1EBKC 2F3EA 3DUYA 1DIFA 3GW5A 1M4HA 4Q1XA 1FQ4A 2V12C 2QI6A 5P2RA 3INFA 4RYGA 5P2GA 1B5FB 2HAHA 1BV9A 1HHPA 6APRE 1RL8A 5P86A 5DQCA 4CPUA 1CZIE 1BAIA 4J1EA 5P77A 5OZDA 3DK1A 1IZDA 5P1WA 3PI5A 5P8AA 4ZSRA 5P0CA 3TLHA 4ZLSA 3GI5A 4FRSA 2AOFA 5DQ1A 5P0YA 3VF7A 4EWOA 2PQZA 3N4LA 4Y36A 3OXCA 4Y48A 2OHTA 2AOGA 2QCIA 4DQCA 4I0GA 3LIZA 3OU3A 1EPOE 4YD7A 2O4KA 4J5JA 3NU5A 2WL0A 4TRZA 5P87A 5P8LA 4FS4A 4Y5KA 1SMRA 4DJOA 1K6PA 5P1FA 2QI5A 2QMDA 1RNEA 5P4CA 3VLBA 5P4QA 4ACXA 1Z1HA 2BPXA 5ENMA 4B72A 2V11C 3UDYA 4DVFA 3ZOVA 1JLDA 1YTHA 3GGAA 3NDXA 3ZKGA 4EQ0A 1GVTA 3UHLA 2OHNA 2NMYA 1HEFE 5P00A 1APVE 1MRWA 5P1CA 3FIVA 3SLZA 2VS2A 1DP5A 3CMSA 4J17A 4R92A 4F74A 5P8SA 5P4YA 3HD8A 1KZKA 4Y5LA 4Y3EA 3TTPA 3UQUA 4RCFA 1YTGA 4B05A 1FQ8A 1AJXA 2G1RA 4HZTA 2AZ9A 4DJRA 5OZ0A 3EKWA 5OZTA 5P7AA 5OZVA 4FE6A 5P0GA 1TW7A 2O4SA 5P6UA 5P28A 1EPLE 3BXRA 3SFCA 1U8GA 5OYWA 1XL2A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P4P A;  4OBZ A;  3PWW A;  4MC9 A;  2IGY A;  1RPI A;  4QJ9 A;  3EL0 A;  1BV7 A;  3ZL7 A;  3OQF A;  4I10 A;  3DCK A;  5P0I A;  1EED P;  3T6I A;  4JP9 A;  5P35 A;  4GJ7 A;  1MSM A;  4MC1 A;  3LZY A;  2PWR A;  5P8Q A;  5DQ5 A;  5P58 A;  5ENK A;  3QVI A;  3SA3 A;  4BFD A;  5P3J A;  3D91 A;  5P3Y A;  3CYX A;  5P7D A;  2WEB A;  5OYT A;  4QLH A;  5P8E A;  1EPR E;  1K2B A;  4FM6 A;  3D1Z A;  3R0Y A;  2BKT A;  2HS2 A;  2Q3K A;  5P1O A;  5P3A A;  4DFG A;  5P1K A;  1HVK A;  4DQB A;  3QRM A;  3PBZ A;  1IIQ A;  5DR3 A;  5P50 A;  5P2S A;  1QS8 A;  4RRS A;  2OF0 A;  2ZHU A;  3SKG A;  1GVV A;  4S1G A;  1MUI A;  5P5D A;  3N3I A;  5I3X A;  5P65 A;  5P3R A;  1EPN E;  5OZ4 A;  5P8O A;  3LPJ A;  2ZE1 A;  2CEM A;  2ZDZ A;  3NWQ A;  2R3T A;  3NXE A;  1TCX A;  2ZJK A;  2FNS A;  5P7M A;  4GJ9 A;  1G35 A;  5OZC A;  1K2C A;  1MT8 A;  1XDH A;  1UPJ A;  1SGZ A;  5P4X A;  1ZSR A;  3A2O A;  3D1X A;  3RVI A;  4KUP A;  5P2N A;  3K5D A;  1FQ7 A;  5P29 A;  4ACU A;  3OUB A;  2PSU A;  4D8C A;  4ZE6 A;  4ZEA A;  3OUA A;  4QJ6 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2ER9 E;  5P2W A;  3DM6 A;  4HEG A;  4B77 A;  2WJO A;  3L58 A;  4ZSQ A;  4GB2 A;  1C6Y A;  3APR E;  3OQD A;  5OZM A;  1AJV A;  2Q11 A;  2PK5 A;  2F3F A;  3SAB A;  4EJ8 A;  2QI4 A;  5IVR A;  5P1X A;  6UPJ A;  3Q6Y A;  1LF4 A;  4JPE A;  5P5E A;  5P81 A;  1RV7 A;  4PZW A;  5P4M A;  3QBF A;  3EL5 A;  5P89 A;  4RVI A;  3S43 A;  4ZSM A;  1GKT A;  5P4R A;  4FGX A;  1HVC A;  4J1F A;  4Y3Y A;  3UDH A;  5P5K A;  4GJD A;  4B0Q A;  2G22 A;  3EM6 A;  5P1E A;  2B42 A;  4Y3M A;  3DCR A;  4FL8 A;  1D4S A;  3SA8 A;  4NJU A;  1LEE A;  5P8J A;  5P8R A;  1W5Y A;  4YBF A;  2NTR A;  1HTR B;  2PSV A;  1CPI A;  2FDP A;  4B00 A;  4Y3T A;  1PRO A;  2Q63 A;  1QBS A;  5P42 A;  2VIE A;  2AOD A;  3PSU A;  1K6V A;  1T7J A;  4ER1 E;  1HVS A;  3BGC A;  5P7H A;  1FQ5 A;  3OAG B;  1TSU A;  5P31 A;  3UDR A;  4DV9 A;  5P3N A;  1D4J A;  4QJ7 A;  3GGV A;  4Y4G A;  4FSE A;  4DQF A;  4Y4D A;  5P06 A;  4L7J A;  3H0B A;  3T7P A;  3O9I A;  2WF4 A;  1A8K A;  4PZX A;  5P4V A;  5P6I A;  2VNN A;  5P0X A;  3RTN A;  3D20 A;  2VKM A;  4J1C A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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