1FG6C

Structural implications of drug resistant mutants of hiv-1 protease: high resolution crystal structures of the mutant protease/substrate analog complexes
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRDLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural implications of drug-resistant mutants of HIV-1 protease: high-resolution crystal structures of the mutant protease/substrate analogue complexes.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEASE RETROPEPSIN
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence D
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2000-07-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
C PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1fg6C00
3K5FA 2ZHVA 3HDKA 1BWBA 2XFIA 3G6ZA 4Y3ZA 5BS4A 5J25A 4ZSPA 3LITA 3OTYA 3QVIA 4Q1WA 1HVSA 3OU4A 4BFBA 5P1NA 5P3ZA 5P84A 2AVMA 5P7BA 5P51A 4NPUA 2B60A 5P8GA 2VA7A 3ZL7A 2HM1A 3OUDB 3CYXA 1T7JA 2UXZA 2WF2A 3KYRA 1DW6C 3NDXA 2IKUA 3OXVA 4NJVA 5P3WA 2IGXA 5P34A 4QJ8A 4PZXA 3BVBA 1WBMA 2Q3KA 4I0IA 3OQAA 4HDFA 3NU6A 2JJJA 5P6TA 2QP8A 4Y57A 3OUCA 2O40A 1EBWA 5OZYA 2H6SA 4K8SA 5F00A 3C9XA 4NPTA 4OD9B 4IVTA 4I0GA 4RROA 5P02A 2WEZA 2WHHA 2AVVA 5P62A 4AMTA 3D3TA 3PJ6A 3TTPA 3GI0A 5P6JA 2FNTA 5P55A 4DPFA 4YBIA 4J17A 5DGWA 3TLHA 4Y3YA 5ENKA 3ZKSA 4D8CA 1SMEA 2OHTA 1PPME 3OXWA 5IVRA 4Y4WA 5P8PA 3EM6A 3SACA 3VF3A 1GNMA 3R0YA 5P2ZA 3TOFA 1GVVA 1HIVA 3I6OA 2B42A 5P59A 5P8HA 2BKSA 3BVAA 1HHPA 5OYTA 1D4KA 1PPKE 6APRE 5P8MA 2QU2A 5P5GA 1META 3O9AA 4YD7A 4F75A 4Y6MA 5P3NA 5P1UA 5P74A 5P8VA 3U6AA 3APRE 3LPKA 3QVCA 4FRKA 4OBJA 5P6KA 2NXDA 5OZLA 3UDNA 3NDTA 4RVIA 3QI1A 4H3IA 3NLSA 5P0AA 5P1CA 2ER7E 4Q1YA 4PEPA 2ZHTA 5P43A 4DUSA 4Y5AA 4YDFA 1C6ZA 1EBZA 2HB4A 2P8HA 5P8SA 3FKTA 4Y3DA 1W6HA 5P4RA 3KFPA 5P1YA 1OEXA 2OF0A 3WB5A 3K5GA 3NWQA 2VJ9A 1T6GA 4Y53A 4Y37A 3WZ8A 4Y3SA 5P5XA 1FQXA 1EPNE 4I11A 3OADA 5OZCA 1D4IA 5I70A 1GVUA 1BV7A 2QI6A 5P69A 3RTHA 1BILA 2NMYA 3KDCA 3SKFA 5SXNA 2HPFA 5IVQA 1M4HA 5P3UA 5P36A 4JOOA 5P0TA 3CKPA 3FSMA 2BKTA 4TVGA 5P4XA 2WF3A 3OQFA 5P5IA 5HE5A 2AZ8A 2PH8A 2VNNA 1E5OE 5P0EA 5I3XA 3O9GA 3TKWA 1EPME 4Y4BA 4D83A 3LPIA 3NU3A 2BQVA 2IKOA 3S7MA 3HBOA 2I4DA 5P6RA 4J1IA 4B0QA 3EM4A 1Z8CA 3OU1A 4RLDA 5P6VA 3VF7A 2F3KA 3VYFA 5OYZA 1FQ6A 5P3YA 3OXXA 3FNSA 5AHBA 4DV9A 2F3FA 1SGUA 3LIYA 3Q4BA 4H1EA 1LYWB 3ST5A 3EBZA 2P3BB 4GJ7A 1TW7A 4U7VA 2AVOA 5P2CA 3LINA 3T7XA 3G70A 3OUDA 6UPJA 5IS4A 2Q11A 2CENA 3LZUA 3T6IA 3Q6YA 3F9QA 1K6VA 3HD8A 5P6EA 3UDMA 3TPJA 5P1DA 2QD6A 3GGXA 5DQ5A 5P6XA 4Y3QA 3ZKXA 1IDBA 2QMFA 1HPXA 1HPSA 4L7GA 5P60A 5P4CA 2R5PA 1LZQA 2VA6A 5P8FA 2PK5A 3PMUA 3DK1A 5P23A 4J54A 5P7QA 3O9DA 5P4KA 4FM6A 5P7AA 4A6BA 1YM4A 4F76A 3MXDA 3KMXA 3UQPA 5P6IA 5EZZA 5P5KA 4N00A 3UDHA 4OD9A 3SO9A 5OZ8A 1B6KA 1B11A 5P4LA 5P2FA 2BPZA 4DH6A 4Q5MA 5P06A 4EXGA 1QS8A 2F3EA 4EJLA 4HEGA 5P17A 5P1FA 5P28A 1OD1A 5HD0A 3Q5HA 3EL4A 4DVFA 3URIA 2HIZA 1M0BA 1W50A 2V11C 3EKPA 2WEDA 4Y51A 3IVIA 5P5TA 1SGZA 3ER5E 1GNNA 4JP9A 3DOXA 1G6LA 1BVEA 3SM2A 5P2HA 5IVTA 2I4QA 5P24A 2IENA 4B77A 2VNMA 4YDGA 5P5LA 3UTLA 1FG8C 1IZDA 3GGVA 2QI5A 1MEUA 5OZOA 3S7LA 1DP5A 5P3HA 5P2RA 2FS4A 3OQ7A 5P7DA 3ZKQA 5P7PA 2VIYA 4GJ6A 2R3TA 4LP9A 7UPJA 3L5BA 3T11A 3INHA 4B1EA 4NKKA 5HCTA 5P89A 1BV9A 2IRZA 2CEJA 2RKGA 4JECA 4LXKA 4RVJA 5OZBA 5P85A 3APPA 1GVTA 2BPVA 2RENA 3VFBA 3D91A 3IA9A 5P4MA 4QJ2A 4KE0A 4ZLSA 1CPIA 2A4FA 1EPRE 1HSIA 3JW2A 4Y4AA 4J1EA 1EBYA 1BDQA 3M9FA 3G72A 3MXEA 5P1HA 1HTFA 3CKRA 1HBVA 2OHLA 4Y5EA 3SFCA 5P2YA 5P18A 1ZPKA 5AH8A 2VIJA 4UPJA 1G2KA 3ER3E 4YD4A 2ZJIA 4DJVA 4Y3EA 3L5DA 4Y5PA 5P78A 3B7VA 5P2VA 3TOHA 5OZKA 5P1EA 4JPCA 4D85A 4B78A 1DIFA 4Y3WA 3JVWA 2OHPA 3ZPUA 5P6HA 4RRSA 5P3QA 4ZPFA 4J5JA 3L5EA 3PVKA 5P79A 4Y56A 1C6XA 3O9FA 4I0DA 4J1FA 5P6YA 3SA8A 5P2WA 4ER4E 5C9BA 2FDEA 2OHNA 2R38A 4ZSQA 4H3JA 4EJDA 3GGUA 5P6PA 2QI3A 1BXQA 3VUCA 3QAAA 2O4NA 2Q15A 2B8VA 4Y48A 1UH8A 4OBZB 4DQGA 1AM5A 4BFDA 5T4SA 5DR3A 3VV7A 5P6OA 2HB3A 5HCOA 5P4HA 2EWYA 5P3DA 1BIMA 3LPJA 1HVCA 4R95A 4XXSA 4Y4JA 3VV6A 1LYWA 1EPLE 9HVPA 1IIQA 2P3BA 3UDKA 3FNUA 4FM7A 1BAIA 4ACUA 2UY0A 3INEA 5P5QA 4RCEA 4B1CA 4Y4ZA 1GVXA 5KR0A 2R8NA 5KR1A 3UF3A 5P1JA 1T6EX 5P14A 1XN2A 2WJOA 2WEBA 4R8YA 3LIZA 2JJIA 3KDDA 3S85A 5E5KA 2ER6E 5I3VA 1YX9A 2PH6A 5P0CA 1RL8A 3IGBA 4Z50A 4Y4GA 5P40A 3GI5A 5DGUA 4Y5NA 4GJDA 1ZJ7A 3IXJA 5P6BA 5OZ0A 5OZXA 5DR8A 1W5YA 2HS1A 3ECGA 3BXRA 4J1KA 4OBDA 5OZGA 1HVJA 5OZUA 3UCBA 5P70A 4XKXA 3O9HA 3BUFA 3LIVA 1W5WA 2PQZA 5P5FA 5P2OA 3LNKA 2V13A 1AJVA 1PSAA 5P0DA 5P8UA 2UPJA 3H5BA 2XFJA 2IQGA 4Y5CA 5AH7A 5KAOA 1XL2A 4L7HA 4CP7A 2QD7A 2G1OA 2IEOA 2OHMA 1FFFC 4J1CA 5P65A 5FIVA 5P7RA 3QBHA 2WECA 3VYEA 5HE7A 2R3WA 4ER2E 4FRIA 3HVGA 5P0LA 5P5NA 1MUIA 1VIKA 3O9CA 4E43A 3K5DA 3SKGA 4ZPEA 1FGCC 4I0EA 2H6TA 1LF3A 5P4NA 4GYEA 3VFAA 1TCWA 1K2BA 3ZKMA 2QHZA 3PLDA 3BUGA 1YTGA 4FRJA 4F73A 4DI2A 2QZXA 5P81A 3EM3A 4GJ5A 2P3DA 5JFPA 2QMDA 5P09A 5P52A 1YT9A 4YD6A 5P0XA 1XE6A 5P8RA 2QD8A 3PRSA 5DPZA 3UQXA 1FF0C 3CIBA 5P72A 1BWAA 1ZPAA 5OZEA 3QIHA 2QNPA 1FEJC 5BRYA 5P39A 2G1RA 4RYCA 4Y5BA 5P10A 3NYGA 4FGXA 4OBHA 5P7HA 1G35A 4J0TA 4Z4XA 5P4IA 5P5CA 4Z2ZA 2OHSA 5HDZA 5OZVA 5P4UA 2I4VA 2JXRA 2Z54A 5P8TA 5HDXA 4X7IA 3LHGA 4NJSA 1UH7A 3EKXA 3SA6A 3NUJA 5ISKA 4Y3XA 3K4VC 2O4LA 5P5OA 3INDA 3NU4A 5P5YA 5DR1A 1HVRA 5P7JA 5AHAA 3N3IA 3R4BA 2G24A 1MESA 3I8WA 4Y35A 3VG1A 1AIDA 5P45A 1Z1RA 2WF0A 5P73A 3LZYA 4X2LA 2ANLA 2NNKA 4Y5KA 2FGUA 5I3WA 5P6WA 4YBFA 4TRYA 4TVHA 2G26A 1XL5A 3S56A 4OBZA 5P4OA 4MC1A 2QZWA 5P64A 4U8WA 1HEGE 1APVE 2FGVA 4XX3A 4RCFA 4CPTA 5P11A 4FL8A 3UHLA 3TPPA 4J0PA 5P8NA 5OZ6A 5P5PA 4B00A 1D4YA 3UDYA 1UPJA 4M8YA 5P7VA 3FX5A 4WY6A 3QROA 1B5FB 5IVSA 1DPJA 1NPAA 5P05A 5P2AA 5P6DA 3B80A 3HAWA 5P20A 4Y5GA 3DV1A 2PWRA 4CMSA 2AZ9A 5OZAA 4Y3PA 1XE5A 4Y3MA 3UPJA 5P6CA 1Q9PA 1FIVA 5P6GA 5UPJA 5ER2E 4PHVA 4DQHA 2VKMA 1HTEA 2AQUA 3PWWA 5KQFA 3SPKA 2V00A 4DJQA 2AVSA 2QNNA 1LV1A 5P0FA 3PCWA 4ZSMA 5B18A 1HSHA 1YTHA 3HVPA 1PFZA 5P8KA 5P35A 2AOFA 1KJGA 2ZJLA 3CYWA 4ER1E 1U8GA 2NPHA 2R9BA 4Y44A 4Y9WA 3OQKA 4FRSA 5P1LA 5P68A 5P3VA 5P4DA 3RSXA 5OZJA 1PPLE 3OAGB 3S2OA 1APTE 5OZIA 5P7TA 2PSVA 2RSPA 1HIIA 2O4SA 5P6AA 1HPVA 1ZSFA 5P3KA 1KJHA 5P0OA 2NR6A 5P2TA 2ZGAA 3HLOA 1HWRA 3MSKA 1BXOA 1YTJA 2FNSA 4YE3A 3ZKNA 1EC2A 4FAEA 2WF4A 5C9FA 5P47A 5P49A 2QMPA 4Y3JA 3MSJA 1LF2A 5OZPA 3SABA 4BELA 2JE4A 1C6YA 3MSLA 4LAPA 5P5JA 3TKGA 1MVPA 1ZTZA 3INFA 1ENTE 2P4JA 3D20A 4HVPA 2B8LA 3OXCA 3BGBA 2R5QA 4FSLA 4DPIA 5F01A 5OYWA 3CKTA 5P2NA 5OZHA 5ENMA 5P2XA 4LL3A 3T3CA 2VJ7A 2AODA 4Y3NA 2ZHRA 4DQEA 1ODYA 3HAUA 2AOHA 5IE1A 5DR7A 1ODWA 3OGQA 3KFNA 2V12C 5DQCA 4Y5MA 2R43A 3OQDA 2WKZA 5P54A 5P3BA 3EC0A 3K1WA 3FNTA 4DJWA 4I8WA 4YD3A 3ZPSA 5AH9A 3ZLQA 2OHKA 4Y3RA 2F81A 1B6MA 3VLBA 4RGHA 3SA7A 2HC0A 2HS2A 1MTBA 2WF1A 5P6QA 2BBBA 2RKFA 5P2KA 1QDMA 2OHUA 5APRE 5P3TA 3QRVA 5P44A 4I0ZA 4WTUA 1SBGA 2QCIA 1UH9A 5HU1A 4GIDA 3L58A 2PSGA 5P00A 2G22A 5DR4A 5P5RA 3VF5A 6FIVA 5P5ZA 4J1HA 3WZ6A 2ZJKA 5P57A 4Y5LA 5P4EA 2F80A 3PI0A 1MPPA 2BJUA 2V16C 3KFSA 5P1QA 1CMSA 2I0AA 5KR2A 4FAFA 3Q3TA 2P3CA 3PI5A 3UQUA 5CONA 4GZFA 5P3OA 4M8XA 5P7MA 2V10C 4RVXA 1HTRB 2ZE1A 5P26A 1C70A 4S1GA 1B5FA 3DCKA 5P77A 1NSOA 3PSYA 5OZ3A 5P6NA 3SA4A 3PM4A 5KQYA 4Y4DA 1D4JA 1PROA 4FIVA 4I0HA 1KJFA 4LBTA 5P1VA 3PBDA 3K4VA 5P5DA 5P1PA 2FDDA 1QRPE 4J0ZA 2SAMA 1QBSA 5P0QA 3R1GB 1GKTA 1HXBA 3L5FA 4OBKA 4AZYA 2AZBA 5P46A 1GNOA 3D1ZA 2QU3A 4CPQA 3RTNA 5P1WA 3SA3A 2ZHUA 1N49A 5P3EA 1AVFA 5P8IA 3PBZA 1NPVA 2B7FA 1F34A 1E82E 5P2GA 1AXAA 5P4TA 3VCMA 2BPWA 1A94A 4QJAA 4ZIPA 3AUPA 4TRWA 2O4PA 5P01A 2OHQA 5P4QA 4EQJA 5P38A 2G21A 4KB9A 2XFKA 4ZE6A 5OZMA 3D1YA 1WBKA 3DCRA 3UQRA 5ER1E 3OAGA 1SDUA 4MC2A 2NTRA 2G69A 5JFUA 1DAZC 1QBRA 1BBSA 4OC6B 2QZLA 5HDVA 5P0PA 1FQ5A 2IGYA 4EP3A 2BPYA 3I2LA 4Z22A 4D88A 5P2IA 1J71A 3O9BA 3VYDA 1IBQA 1SP5A 5P82A 4ZSRA 5COKA 3SA5A 1IVPA 3FIVA 2PK6A 5P7KA 5P61A 2AOJA 5OZTA 4EYRA 3QBFA 5DQ2A 5P1GA 3U7SA 3LZSA 5P0IA 1APWE 3EL5A 4DJRA 5OZFA 1GVWA 3ZOVA 1HPOA 5P6LA 3EL0A 5CLMA 4L1AB 5DQ4A 4R92A 3UFNA 1FQ8A 3PWRA 3QP0A 1AJXA 3NWXA 2G1NA 5P22A 1MT7A 2AZCA 2OAHA 5SZ9A 4EJKA 3WSJA 3RU1A 1SDVA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3K5F A;  2ZHV A;  3HDK A;  1BWB A;  2XFI A;  3G6Z A;  4Y3Z A;  5BS4 A;  5J25 A;  4ZSP A;  3LIT A;  3OTY A;  3QVI A;  4Q1W A;  1HVS A;  3OU4 A;  4BFB A;  5P1N A;  5P3Z A;  5P84 A;  2AVM A;  5P7B A;  5P51 A;  4NPU A;  2B60 A;  5P8G A;  2VA7 A;  3ZL7 A;  2HM1 A;  3OUD B;  3CYX A;  1T7J A;  2UXZ A;  2WF2 A;  3KYR A;  1DW6 C;  3NDX A;  2IKU A;  3OXV A;  4NJV A;  5P3W A;  2IGX A;  5P34 A;  4QJ8 A;  4PZX A;  3BVB A;  1WBM A;  2Q3K A;  4I0I A;  3OQA A;  4HDF A;  3NU6 A;  2JJJ A;  5P6T A;  2QP8 A;  4Y57 A;  3OUC A;  2O40 A;  1EBW A;  5OZY A;  2H6S A;  4K8S A;  5F00 A;  3C9X A;  4NPT A;  4OD9 B;  4IVT A;  4I0G A;  4RRO A;  5P02 A;  2WEZ A;  2WHH A;  2AVV A;  5P62 A;  4AMT A;  3D3T A;  3PJ6 A;  3TTP A;  3GI0 A;  5P6J A;  2FNT A;  5P55 A;  4DPF A;  4YBI A;  4J17 A;  5DGW A;  3TLH A;  4Y3Y A;  5ENK A;  3ZKS A;  4D8C A;  1SME A;  2OHT A;  1PPM E;  3OXW A;  5IVR A;  4Y4W A;  5P8P A;  3EM6 A;  3SAC A;  3VF3 A;  1GNM A;  3R0Y A;  5P2Z A;  3TOF A;  1GVV A;  1HIV A;  3I6O A;  2B42 A;  5P59 A;  5P8H A;  2BKS A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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