1FG6C

Structural implications of drug resistant mutants of hiv-1 protease: high resolution crystal structures of the mutant protease/substrate analog complexes
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRDLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural implications of drug-resistant mutants of HIV-1 protease: high-resolution crystal structures of the mutant protease/substrate analogue complexes.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEASE RETROPEPSIN
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence D
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2000-07-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
C PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1fg6C00
1SMRA 5KR0A 4AZYA 5P8KA 1FQXA 5OZPA 5P5MA 3A2OA 4GJ8A 1BVEA 1BV7A 3JW2A 4IVTA 4Y5EA 4R91A 4FRSA 5UPJA 3WZ7A 4WTUA 4FSEA 2VJ7A 3MXEA 3VSXA 5P3GA 3UDQA 1YM2A 3BUHA 3RSXA 4I0HA 5KQXA 2ANLA 2NNKA 4KE1A 1KJGA 1FF0C 5T4SA 4N00A 4Y3PA 3LIVA 2NTRA 4RVJA 5P8AA 1B11A 1DPJA 3FSMA 5P39A 3INFA 1APTE 5P3HA 3EM3A 4WY6A 1G35A 5P7MA 5OZIA 2FDPA 5C9BA 5P0AA 5OZ7A 5P6YA 3KF0A 2FGVA 2V11C 4RCEA 1D4SA 3O9HA 4J17A 4COEA 5OZQA 3FV3A 3NU5A 4Y53A 3M9FA 3EKVA 5P3YA 4D85A 2PQZA 4HLAA 3L3AA 5OZHA 1B5FB 4HEGA 5DQ4A 4Y3LA 4AA9A 1KJHA 5P56A 4RVXA 3URIA 2JXRA 3OU4B 5P2XA 5OYYA 5P4TA 3LIQA 1QRPE 3B80A 3S45A 4Y3ZA 2QZLA 4Y3FA 3LIZA 2VNMA 3PHVA 1PSNA 5P2EA 4I11A 2PSVA 4LP9A 3OK9A 4RCFA 1DAZC 2B42A 5P2MA 5P0GA 4FLGA 2V16C 4QJAA 1MT8A 5ENKA 2R3WA 4ER4E 1XL2A 2AOJA 3T11A 4H3IA 1W5YA 4Y3YA 4BELA 5P88A 3KMYA 3IGBA 1IZDA 1QBRA 5P3LA 5P8QA 2A1EA 3PWRA 5P4VA 5IVRA 4B78A 5P3BA 5P4MA 4BFDA 5P3VA 4NJUA 3Q5HA 3EL5A 3OU1B 2RKGA 5JG1A 2I4UA 5P2AA 3ZL7A 1LYBA 4GIDA 5OZBA 4Y3QA 5OZNA 3U71A 1BDRA 3QVCA 4K4QA 3VSWA 5P49A 3TOGA 5OYRA 5P1QA 3RVIA 5P06A 4D89A 3PM4A 2J9JA 5P60A 2NMZA 5P46A 5P5ZA 5P84A 1BDLA 3TNEA 1HRNA 1ZLFA 4Y4GA 1MVPA 3KMXA 2QMDA 3L5DA 3L59A 1HVHA 4L7GA 3ZOVA 3VLBA 2F3KA 1NPAA 2Q5KA 5P43A 4Y56A 3QBHA 5P24A 3G72A 3CMSA 4U7VA 3BXSA 4HZTA 5P61A 1B6JA 1EEDP 1HVSA 1PPKE 2R5QA 3VG1A 3OTSA 4NPTA 4FAEA 4XX3A 5SY2A 5P1EA 3GGXA 1EPRE 3O9DA 4RYGA 5P44A 1A9MA 4GJBA 5P6PA 3OAGB 5P5AA 5I70A 4EP2A 4LBTA 3EC0A 4FRKA 5P0UA 4OBZB 3ZPSA 5P3XA 4J0VA 4RROA 4YCTA 4J55A 5DQCA 3NLSA 5P2CA 4Z4XA 5P8JA 1DIFA 5P4YA 1PROA 3S2OA 1GNMA 2QK5A 1FFIC 4YD6A 5P40A 2QAKA 4FRIA 7UPJA 5P41A 2HB4A 2ER9E 3S54A 2BPXA 4Y3RA 1MSMA 1MEUA 2B60A 3DCRA 5P8BA 4Y4ZA 4RGHA 1EC1A 3EKXA 4S1GA 4AA8A 2JJJA 2G27A 5P45A 4WY1A 4Y35A 1XDHA 3OUBA 1E5OE 1K2CA 4DFGA 1D4YA 1RNEA 3UDYA 5P1RA 1DMPA 1MPPA 5P71A 2FIVA 4FM7A 1FG6C 4Y5NA 3T7XA 3NR6A 3TPPA 2AOFA 4I0DA 5P7BA 4Y3WA 3UFLA 3BRAA 3IVHA 3GI4A 3S7LA 3DUYA 5P8GA 1FEJC 5HVPA 4QJ9A 1SGUA 4Y5KA 2O4SA 5P03A 4OBFA 2AZBA 1HIIA 5P25A 3KFRA 4Y4AA 4YD4A 4J1CA 5HD0A 3OQAA 5P2JA 4RYCA 4Y3EA 4E43A 1TQFA 1FQ6A 5P26A 2R8NA 1ZBGA 3PBZA 1T6GA 2VS2A 5P00A 2ZYEA 4DV9A 3ZKXA 2XFKA 5P2ZA 2IEOA 5P2KA 1BAIA 3QI1A 3JVYA 5KQFA 3F9QA 4Y3HA 3UDMA 3UTLA 2I0AA 3KN0A 3TH9A 5P1LA 5KOQA 5P37A 4J0YA 5FIVA 5P35A 5P6UA 1LF2A 1NPVA 2R9BA 1Q9PA 5P36A 1FLHA 3CYWA 5P1SA 3VF7A 2IENA 4Y39A 4Q1XA 3KFSA 2QHYA 4EJ8A 1HVCA 2ER7E 3CKTA 4OC6A 1YTJA 2VIYA 5P4NA 5P6XA 2PMAA 5P13A 4M8YA 1EC3A 4LL3A 3OXWA 5P27A 3EM6A 5P77A 1E81E 5HDXA 3ST5A 5DGUA 5OZXA 4X7IA 3Q6YA 3Q3TA 4J5JA 4DQGA 5OZ5A 3JVWA 1DP5A 1LEEA 4DJYA 1Z1RA 5CLMA 5P86A 3IAWA 2PSUA 2QZWA 3LZUA 1FMUA 3CYXA 3SM1A 1QDMA 5P8CA 4Y5CA 5P2VA 5OZRA 2B8LA 4LC7A 5P0BA 3T7PA 2I4QA 3B7VA 1BWBA 2XYFA 4DJXA 3CIDA 3EKQA 3QP0A 5DQ1A 5P4UA 4I8WA 1WBMA 4J1HA 5P2BA 3VF5A 5P2GA 4J1KA 2H6SA 2QD6A 2WF4A 3LITA 1B6MA 4ACUA 3DJKA 4MC6A 4K8SA 1PSAA 2R3TA 3D1ZA 5AHBA 2AQUA 3FNUA 3HAWA 1MESA 2HS2A 1HTFA 3ZKIA 2QU2A 4EP3A 3TTPA 2F3FA 5P34A 3ZKNA 1HTGA 1LS5A 1C6YA 4LXAA 2WEDA 1OEWA 1AJXA 5HDVA 2AVMA 4K4PA 5P2OA 5P4QA 3OQDA 2Q3KA 5P5XA 5OYVA 5P5HA 4B0QA 2HAHA 5OZDA 2Q11A 5OZLA 2Q63A 1XN2A 5DR3A 5P2FA 5P7UA 4J1EA 4J0TA 3UDJA 1BIMA 4L1AB 3NU3A 4JECA 2Q54A 3NUOA 3PSYA 3PVKA 3QPJA 4L7HA 2WEZA 4FRJA 5KQYA 2HPFA 2G94A 2R5PA 1YM4A 3SKGA 3NDWA 5IVTA 5DR0A 5P6WA 5P1ZA 3RU1A 5P1GA 2JJIA 1A8GA 4H1EA 3SKFA 5P1IA 2O4PA 3EM4A 4RVIA 4Y5AA 4FCOA 1A30A 5P1WA 1KZKA 5P48A 2Z54A 3O9GA 1B6PA 5P6JA 2HB3A 1VIKA 4U8WA 3OHFA 4OBDA 3O9BA 4YCKA 1MERA 1SH9A 5P09A 3L38A 5P8NA 3VFBA 5C9FA 5P4DA 5P0QA 3GI0A 2R38A 1YX9A 3OOZA 3RTHA 4ZPEA 2ZDZA 1D4HA 4EJKA 2RMPA 4GJAA 5P4HA 2QCIA 4Y3AA 1LYBB 1YTHA 3S43A 2A4FA 5P0CA 1FMXA 5OZ0A 5PEPA 2O40A 5OZ4A 5DQ5A 3EMYA 3ZKSA 4ZSPA 5P0MA 3BC4A 3NUJA 3NU4A 4EQ0A 4CMSA 5P0DA 1ZSFA 5P38A 5KAOA 1HEGE 4D83A 2QI4A 2F80A 2B7FA 3GI6A 5P2QA 3T7QA 1IVPA 1D4LA 1MUIA 5P52A 3SFCA 6UPJA 4B77A 5P55A 2HIZA 3VYDA 5OYSA 5P1JA 1DW6C 3VV8A 2HB2A 4Y4XA 5I3YA 1HIHA 4J0PA 5P3CA 5P7YA 5P7WA 3UPJA 1AAQA 1K6TA 4OBJA 5EZZA 3SACA 3LPIA 1SBGA 3L5FA 3UDNA 5P0YA 1ODWA 5HTZA 1ODYA 4EYRA 2WF0A 3LZSA 2QHCA 3S56A 5P2NA 5P5SA 4ZSQA 2HC0A 3GI5A 4LXMA 4B1CA 1BILA 3WZ6A 2Z4OA 4ZE6A 3UQPA 2QMGA 5IVSA 5P83A 3SO9A 1RPIA 1KJ4A 5P6FA 4YOAA 2QZKA 1BWAA 5P4JA 1K6PA 3DV1A 5HDUA 4I0JA 4JPEA 2QNPA 2OHMA 5P08A 2NXLA 1XS7D 2ZHVA 4HA5A 5P7QA 1HXBA 3QAAA 4ZPFA 5P5PA 2ZJMA 3LIXA 4FE6A 5P8UA 2QD8A 2WHHA 2OHSA 4KUPA 4OD9A 4YDGA 5P4AA 3OQKA 2AOIA 2WEAA 5P6BA 3INDA 2APRA 1SDVA 5P19A 2UPJA 4YD7A 1HSGA 5COKA 3HZCA 1BVGA 5P0OA 4Y37A 5HU0A 2F3EA 5P72A 3I2LA 4B72A 4PZWA 2P3BB 4Y3DA 2ER0E 5P5OA 5P17A 3NXNA 2EWYA 3SA4A 5OYXA 4NJVA 5P8TA 2IDWA 5P4ZA 5P6IA 4DJWA 5P2RA 1FQ5A 4GMIA 3FIVA 5P7EA 5OZ9A 4DVFA 4FS4A 5I3WA 5P0TA 5P68A 1Z1HA 4EPJA 5JODA 4Y43A 2NNPA 3EL0A 5AH8A 4GYEA 4XX4A 5DQ2A 5P3NA 4OBKA 4IVSA 3L58A 1TCWA 3BGCA 4R93A 2NR6A 5P8MA 4Q1YA 3K5GA 5P7OA 2VJ9A 5P02A 4EWOA 5P3ZA 5P1DA 1AZ5A 3UQRA 3KDBA 4TRYA 4Y3XA 4Y5GA 4RCDA 5P7PA 1CMSA 2ZGAA 2AOHA 2WL0A 2RSPA 1HOSA 5TOLA 1QS8A 1LYAA 5P62A 5KR8A 7HVPA 3VEUA 2FNTA 2NXMA 1HHPA 5P1FA 1TZSA 3FNTA 1PPLE 5OZJA 3IA9A 6APRE 3INEA 5P6NA 5P6DA 3ZKGA 2ZHTA 3IN3A 5OZKA 1T6EX 1YT9A 4J1FA 5P3IA 5P0KA 2VNNA 4B1EA 1UH9A 1HVKA 5P8IA 4Y57A 3O9LB 2AODA 4HE9A 3OUDA 2PYMA 3OXCA 1W6IA 4Y38A 1BV9A 4Y41A 5P7FA 5P0XA 4Y50A 3VFAA 5P31A 3UQWA 2BJUA 3Q4BA 2ASIA 5OZWA 4M8XA 5P7AA 4TRWA 3OQ7A 3EKTA 4TVGA 4KB9A 5HDZA 5P0JA 5P1UA 2QI1A 5P50A 2IL2A 3FKTA 4Y4DA 4DPIA 3URJA 3HW1A 3ER3E 5OZUA 5DR7A 2VJ6A 3ZLQA 5P5DA 5P1MA 1ZTZA 1RQ9A 3NSHA 4Y3GA 1D4IA 5P76A 2ZHUA 2VKMA 2XFIA 4B70A 1FG8C 2ZHRA 5AH7A 2I4XA 1MRXA 2AVOA 2G1OA 5P64A 2IGYA 1FQ7A 5P5VA 5OZTA 5P7JA 1EBYA 2QD7A 3NWQA 4NJSA 4F75A 1WKRA 3PCWA 3PSGA 4ZLSA 2BKTA 3OGQA 4HDFA 4I0EA 3PRSA 1F7AA 1IZEA 2OHKA 2ZHSA 5P85A 2CEMA 2OHRA 1ODXA 3L5BA 4DJPA 2JYSA 1RL8A 4FGXA 5SZ9A 1UH8A 2V10C 1HVLA 3R4BA 2BPVA 5P5RA 1MT7A 5P5GA 3BVBA 3OHHA 5P3DA 2NXDA 3UDHA 1IZHA 3PCZA 5P67A 3BGBA 5OYUA 3L5CA 5P5CA 5P5LA 5P4PA 2AOGA 2V13A 4ER2E 2HS1A 5OZEA 5ER1E 2WF1A 5P04A 2O4NA 1SDUA 1ER8E 3PLDA 2QZXA 1IBQA 3Q70A 3GGAA 3BXRA 2QNQA 3PMUA 5SXNA 3EKYA 5OZZA 5AHAA 1WBKA 2QI3A 4Z50A 1NSOA 5IE1A 2OHPA 1FQ4A 5P51A 1EBWA 2QI7A 4ER1E 3TL9A 1FQ8A 3R1GB 3U6AA 2IKUA 1ENTE 5P57A 3S8IA 5HE5A 3PMYA 4YHQA 1AVFA 4CPTA 4Q1WA 4EHCA 5COPA 3S43B 5OZ6A 4I12A 1TCXA 5COOA 5C9DA 3QS1A 3ZMGA 1VIJA 2ZJIA 1QBSA 4DQCA 2OHQA 2PH6A 2V00A 5P8FA 5HU1A 3SA5A 1APUE 2AVSA 1EBZA 3K5DA 4Y5PA 5P89A 1OEXA 4Q1NA 3TLHA 5AHCA 1YG9A 2AOEA 5OZOA 2IRZA 5P07A 4Y36A 2XYEA 5IVQA 1W5WA 1FGCC 3HD8A 4TVHA 4H3GA 1XL5A 3OAGA 2FS4A 3H0BA 5P4FA 4B1DA 4OBZA 4YD5A 3I7EA 5DGWA 2I4VA 5ER2E 3HBOA 2VA6A 2P83A 5P5UA 1B6LA 1IZIA 4CPQA 2NMYA 3R0YA 2G1NA 4QJ6A 4Y3NA 2O4LA 3LZYA 4RRNA 1EPME 5P7XA 2BBBA 4B05A 2QNNA 1SDTA 3HVPA 3BUGA 3TKWA 4Q5MA 3DV5A 5J25A 3K1WA 2I4DA 2MIPA 2G22A 5P8RA 3ECGA 5SY3A 1MSNA 1HEFE 4RLDA 5DPZA 4XXSA 5P7LA 4Y48A 2BPWA 4LXKA 1ZP8A 3DK1A 2I0DA 5P42A 4Y4BA 5KQZA 3NYGA 5CONA 5P30A 3MSJA 5I3XA 4YBFA 5P8LA 3DM6A 5P6EA 4CPWA 5P6QA 5OYTA 1META 1MTBA 3HLOA 1D4JA 3OQFA 1HIVA 1A8KA 3SA6A 5P3SA 4DH6A 2ZJLA 1LYWA 2AOCA 1GVXA 1ZPAA 5P1CA 4AUCA 4FL8A 3WSJA 5HE4A 1SP5A 3APRE 5BS4A 2OF0A 2AVQA 5P5FA 1AJVA 3DCKA 1SIVA 5OZ2A 5AGZA 1UPJA 5P33A 1FMBA 2O4KA 4Y4WA 2FXDA 4Y6MA 5P0ZA 1ZJ7A 1YTIA 4DQEA 5P74A 1GVWA 2P4JA 2P3DA 5OZVA 1C6ZA 3UF3A 2UY0A 3T6IA 4DQBA 3QIHA 3U7SA 2CEJA 2ZE1A 3KA2A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1SMR A;  5KR0 A;  4AZY A;  5P8K A;  1FQX A;  5OZP A;  5P5M A;  3A2O A;  4GJ8 A;  1BVE A;  1BV7 A;  3JW2 A;  4IVT A;  4Y5E A;  4R91 A;  4FRS A;  5UPJ A;  3WZ7 A;  4WTU A;  4FSE A;  2VJ7 A;  3MXE A;  3VSX A;  5P3G A;  3UDQ A;  1YM2 A;  3BUH A;  3RSX A;  4I0H A;  5KQX A;  2ANL A;  2NNK A;  4KE1 A;  1KJG A;  1FF0 C;  5T4S A;  4N00 A;  4Y3P A;  3LIV A;  2NTR A;  4RVJ A;  5P8A A;  1B11 A;  1DPJ A;  3FSM A;  5P39 A;  3INF A;  1APT E;  5P3H A;  3EM3 A;  4WY6 A;  1G35 A;  5P7M A;  5OZI A;  2FDP A;  5C9B A;  5P0A A;  5OZ7 A;  5P6Y A;  3KF0 A;  2FGV A;  2V11 C;  4RCE A;  1D4S A;  3O9H A;  4J17 A;  4COE A;  5OZQ A;  3FV3 A;  3NU5 A;  4Y53 A;  3M9F A;  3EKV A;  5P3Y A;  4D85 A;  2PQZ A;  4HLA A;  3L3A A;  5OZH A;  1B5F B;  4HEG A;  5DQ4 A;  4Y3L A;  4AA9 A;  1KJH A;  5P56 A;  4RVX A;  3URI A;  2JXR A;  3OU4 B;  5P2X A;  5OYY A;  5P4T A;  3LIQ A;  1QRP E;  3B80 A;  3S45 A;  4Y3Z A;  2QZL A;  4Y3F A;  3LIZ A;  2VNM A;  3PHV A;  1PSN A;  5P2E A;  4I11 A;  2PSV A;  4LP9 A;  3OK9 A;  4RCF A;  1DAZ C;  2B42 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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