1FG8C

Structural implications of drug resistant mutants of hiv-1 protease: high resolution crystal structures of the mutant protease/substrate analog complexes
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRDLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural implications of drug-resistant mutants of HIV-1 protease: high-resolution crystal structures of the mutant protease/substrate analogue complexes.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEASE RETROPEPSIN
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence D
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2000-07-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
C PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1fg8C00
3MWSA 4Z2ZA 3I8WA 3K1WA 3ZKNA 3NDUA 5P4YA 1HPXA 1MTRA 3T11A 3G6ZA 4Y3AA 2BPYA 1ZLFA 1PFZA 5OZ5A 4Q1WA 3FNSA 5P25A 4J1CA 3TOHA 4FM8A 2BKSA 3IVIA 3H0BA 5P8SA 1LEEA 5P03A 5KOSA 4MC2A 3NDWA 1D4JA 5P0XA 4YHQA 3L3AA 2PSGA 3D1YA 4APRE 2QZLA 5ISJA 5HD0A 5P13A 5I70A 1EC1A 5P0NA 4DFGA 2G21A 1EEDP 3SA9A 1ZJ7A 2O40A 4Y44A 1PROA 5P1UA 3FV3A 1ZSFA 4EJLA 4J0TA 2ANLA 3K5DA 1QDMA 1GKTA 3PRSA 5P5GA 3EKWA 2PQZA 4FCOA 1SMEA 2QI0A 2OHSA 5OZXA 5P09A 3G70A 2B8LA 2VNNA 2XFJA 4B70A 3PBDA 3BRAA 5P3AA 1AIDA 1ZSRA 4PEPA 5OZDA 1C6ZA 3CICA 4Y3HA 5P3YA 4Y53A 1HSHA 4GZFA 3CKRA 1HVRA 3TOFA 2AZBA 2MIPA 1EBYA 3NUOA 5HU0A 3OUAA 3R2FA 4JP9A 2V00A 3O9LA 1YT9A 5P3DA 4Y45A 4Y3NA 4Y3GA 4PYVA 5T4SA 4TVHA 5P5FA 3DJKA 4CKUA 2ZJNA 4HDFA 1W5VA 4AMTA 5P7CA 3T7PA 3SM1A 5E5KA 1DAZC 2QD8A 1F34A 1C70A 4OD9B 5P4OA 1E5OE 3KMYA 1T6GA 4FL8A 5OYUA 5P01A 3QI1A 5P7YA 3TPRA 1AXAA 3NXEA 4GJBA 5P8LA 4NPUA 3OHHA 3U7SA 4Y4WA 5P8IA 4Y3EA 2QD6A 5OZQA 1HTFA 2ZJKA 5OZ1A 5P8DA 4NKKA 3S43A 5KAOA 2RKFA 3D1ZA 4Y43A 1GVVA 4QJAA 3DM6A 3SM2A 3EKVA 4Y5MA 2JJJA 3L5EA 1M43A 5P2NA 1ME6A 5OZSA 5P14A 2OHNA 5P5OA 1Z1RA 3HVGA 1LYWB 1PSAA 3LPKA 5HE4A 4Y4EA 4ZLSA 3AIDA 3EM3A 1FMBA 5P2RA 4GYEA 2Z4OA 2QMGA 1BWBA 3MSJA 1A9MA 5ENKA 4Y5KA 2I4QA 3GW5A 5P1FA 1J71A 2AOHA 4NJVA 3LNKA 5OZWA 4QJ7A 3TH9A 4YOAA 4Y3XA 4DJWA 5P60A 3VV8A 3O9CA 3ZL7A 1SDUA 2WECA 1LZQA 5P6AA 2QI4A 3PCZA 4X7IA 4B72A 4B00A 1MRXA 4Z50A 5BS4A 5P54A 3T7QA 5P50A 5OZOA 3OUCA 5P0IA 5P5AA 5P35A 4EHCA 3S2OA 1SGZA 5P1OA 4L7HA 4Y3SA 3INEA 5P2ZA 3FX5A 5P8MA 2F8GA 1BDLA 1MUIA 5P0UA 4GJ6A 3QRSA 3WSJA 1Z8CA 4RCFA 5P0AA 4Y36A 5P0FA 5P4IA 4I8ZA 5P62A 4QJ8A 1HEFE 5P0GA 5HTZA 3UDHA 1CPIA 4EJDA 2ZGAA 3LIQA 4JPEA 5P84A 1META 3FNUA 5P5VA 3UQRA 2QAKA 4EPJA 3DV5A 4HVPA 5P0VA 5P7WA 4J0PA 4GJ5A 5P3WA 2R38A 5AH8A 1IVPA 5P69A 2H6SA 3QBHA 5P4NA 5HE7A 3NR6A 1MVPA 4GIDA 4Y4BA 1APTE 1HTGA 5P6WA 5P7ZA 1HTRB 5OZEA 5P3XA 2AZ9A 2VIJA 2RSPA 3ZKMA 5P5TA 1MSMA 2JJIA 1LF4A 2V13A 3PSYA 1G2KA 1XL5A 4LXKA 5P3PA 4KE1A 1B6LA 1UPJA 3KYRA 5P16A 3L38A 1B6JA 3LIYA 5AH9A 3OXVA 3UQUA 1ODWA 4AUCA 1D4KA 4Y54A 3KF0A 2ZJLA 4B77A 3HD8A 5KQXA 3K4VA 3EL4A 1FB7A 2QNNA 4Y57A 4H3GA 1SGUA 2B7FA 1W50A 3K5FA 3EL9A 4GJ7A 3PM4A 4DJOA 5P0YA 2QCIA 3MXDA 5P6ZA 3KA2A 5P2WA 3APRE 5KQFA 4H3FA 2AVSA 5P6CA 1MESA 3NWQA 4M8XA 4COEA 2O4KA 3QRMA 5P39A 5ISKA 2OHMA 2FLEA 3CIDA 2FGUA 2ZJMA 5EZZA 3NDTA 5P2XA 5P45A 4U7QA 5P4BA 4ZSMA 1MRWA 4DPIA 1OHRA 3OAGA 3SA6A 3OY4A 5P08A 1FQ4A 4LBTA 5P24A 3GI5A 1VIJA 5P6IA 2WF2A 1BDQA 5P5QA 2R43A 1KJ7A 3ZPSA 2ZJHA 1T7IA 4ZE6A 1T7KA 5P56A 3KFSA 5P31A 4HLAA 3VF7A 3L5CA 2ZE1A 5HCOA 4OD9A 2PC0A 1SIVA 2XYFA 5P2AA 5P41A 5P6HA 5P55A 2IENA 1FG8C 4IVSA 4F75A 4OBGA 1EPLE 1G6LA 1XN2A 3PLDA 4A6CA 1GNMA 3DCKA 5OZYA 3INHA 4RZ1A 4R5NA 4Y41A 1AJXA 2CEMA 4F76A 1NSOA 4QJ9A 3EL0A 3CKTA 2NPHA 3NYGA 4QGIA 5P0TA 1K2CA 1HVIA 5JODA 4TRZA 2PH6A 4Y4JA 5P23A 1A30A 2VS2A 4FLGA 3ST5A 1HHPA 5HDUA 3UFNA 4N00A 5P1KA 4DQBA 5JG1A 2QI3A 5P2SA 1GNNA 3PI5A 3SO9A 5OZMA 2WL0A 4LXMA 1HTEA 4DQCA 4J0ZA 3URLA 2WEZA 3OUDA 5IVSA 2VNMA 4YD6A 3K5GA 2V0ZC 5P5WA 3S43B 1XE6A 5P66A 4CPQA 1HBVA 3GI0A 5P10A 5P4SA 4Y5AA 2G1SA 5P3IA 2B42A 4EXGA 5P2KA 2A4FA 5P7DA 3VFAA 5P8CA 2QMPA 5TOLA 4ZIPA 1Q9PA 1HSGA 3HLOA 4R91A 4KB9A 5P2DA 4F73A 1IIQA 2FNTA 5OZTA 5P79A 2PWRA 3KFNA 5P6TA 4H3JA 1AVFA 2QZKA 5P33A 4OBFA 1MTBA 5JFPA 4J1HA 1ENTE 2ER7E 3RTMA 2WEBA 3LIXA 3DV1A 4L6BA 1TQFA 2ZHVA 4GJ9A 3AUPA 5P1LA 3UDQA 2FXDA 5P5IA 5P4RA 1FKNA 5P81A 5P8QA 1FMUA 4DJRA 3PCWA 4HEGA 4Y3YA 5OZRA 5P6LA 5P53A 4CPWA 5P43A 5KR8A 1C6XA 5OZ2A 1APUE 3Q4BA 2I0DA 4U7VA 2BQVA 2O4NA 3U71A 4B1EA 3D20A 3TLHA 4BFBA 5P63A 1IZEA 1UH9A 2PYNA 4I0ZA 5P34A 4CPXA 4J1FA 5P4FA 5P4WA 3UF3A 1EBWA 2G1YA 3QP0A 5OZZA 3VSXA 1DMPA 4ACXA 4I0DA 3EXOA 4Y3LA 4Y4XA 2NXDA 5P8EA 4DJVA 3OU4B 4Y3TA 3R0YA 3MXEA 5P0KA 5P4AA 3SA3A 3TKGA 1HSIA 5HU1A 4J17A 5P8BA 4Y50A 3VV7A 3O9GA 2NNPA 5P4ZA 3EL5A 1NPWA 1EC3A 5ER1E 2PK6A 4EQJA 3WB5A 2OHQA 5P71A 5OZVA 3I25A 4L7GA 3EM6A 4LP9A 1APWE 5F00A 3H5BA 2G1OA 4NJTA 4ZEAA 4D88A 2ZHTA 1LYAB 3S8IA 5OYWA 3DCRA 3O9FA 3NU4A 4Y5CA 5P1RA 1XL2A 1D4IA 4OBZB 5KQZA 3HW1A 4RRNA 1K6TA 2G94A 1KJGA 3ZMGA 2VA5A 5P80A 2I4VA 3SACA 2G24A 4ZSRA 5P3UA 2I4WA 3PWMA 4FSLA 2ZYEA 2AOJA 3PHVA 1HRNA 5P3GA 5IE1A 3GI6A 3ZKXA 2FS4A 3VYFA 1BV9A 2QZXA 4RVXA 3ZKQA 3GGVA 3S7LA 5CLMA 5DQ1A 5P6FA 5P8AA 3UDNA 4YD3A 5OZFA 2UPJA 3UDMA 2APRA 3SABA 3NSHA 4Y5EA 1HWRA 1A94A 1PPLE 1D4LA 5P1YA 5OZNA 4OC6B 2RMPA 5BWYA 1ZTZA 5OZHA 5P73A 1ODYA 4Y35A 1MSNA 1HIHA 3EL1A 5P4QA 3CMSA 1D4YA 1K6CA 3OAGB 3BXRA 3D91A 3LZYA 1K2BA 4CPUA 3KMXA 1IDBA 3KN0A 3PB5A 5P8JA 5P5RA 3S85A 5P4UA 1EC2A 5P8HA 5P2YA 3F9QA 5OZ9A 3PSUA 5P5YA 4R93A 3VYEA 2QZWA 4RCEA 2Q3KA 5HE5A 2QD7A 3VYDA 3VFBA 4PHVA 5P4CA 4R95A 5HVPA 5P2IA 4GB2A 4I0JA 2ER0E 2F3FA 2VIZA 1IBQA 3GGUA 3I2LA 3NU9A 3BGCA 1IVQA 1HVSA 4IVTA 5P1JA 5OZPA 1MERA 5P3KA 2Q64A 3L5DA 3FKTA 2OHKA 1IDAA 3OUBA 5P4KA 4EYRA 5KR0A 1DW6C 3PVKA 2V16C 4A6BA 1RNEA 5P8PA 4Y5NA 2ER6E 1LS5A 5P17A 5IVQA 3ZLQA 1ZPKA 4RYCA 4DI2A 3D3TA 1T6EX 3LINA 1W5WA 1BXQA 5P7KA 3KT2A 1BIMA 1KJ4A 3PJ6A 3UDRA 5OZCA 4B05A 5P1NA 4XXSA 1DPJA 5PEPA 5P86A 2O4SA 4HZTA 4Y4GA 1W6IA 4GJAA 5P7OA 3OUDB 4Y39A 4LL3A 3PEPA 4K4RA 5P7FA 8HVPA 5DR1A 5OYTA 3PMYA 5P1EA 1E81E 3HZCA 2AOEA 3IXOA 5P83A 5P61A 1HOSA 1GVXA 4GJDA 3QROA 5P8RA 5P02A 2OHLA 5P5EA 2F3EA 2F80A 5P51A 5P11A 5KR2A 4KUPA 4I1CA 5P2EA 5P1SA 4ER4E 1IZIA 2VKMA 5P6VA 1TZSA 3NU3A 5DQCA 4RYGA 4DJUA 2P3DA 4FRIA 1YTJA 2G20A 1NPVA 4WTUA 4EXHA 1EPQE 4YA8A 5P5CA 1ZPAA 2G69A 5P3FA 5EZXA 3OU4A 4F74A 4FM6A 1XE5A 5P0WA 5P3BA 2IKUA 1RL8A 3JW2A 1OEWA 4PZWA 5P3SA 4Y4DA 5P65A 4EP2A 2HB3A 4Y3JA 4E43A 3EMYA 3O9BA 1FGCC 1EBKC 3D1XA 2PSUA 2P3CA 3I6OA 4CMSA 4BFDA 3B7VA 4YBFA 4Y4AA 1RPIA 4YE3A 1IZDA 2WHHA 3GGAA 1LYAA 4CPSA 3OQAA 3GGXA 3O9IA 4J5JA 4Y3PA 4CPRA 5P0HA 1LF2A 3U6AA 4OBZA 3T6IA 3IGBA 5P82A 5P0LA 4YCYA 4JPCA 5P3MA 3OQDA 3IAWA 5P1HA 3WZ8A 5P1PA 2P4JA 3CYXA 2VA6A 1BAIA 3A2OA 5P0MA 1FQXA 3JVWA 3SFCA 1DIFA 4Y3DA 2QI6A 5P3EA 5P67A 3LIZA 5ER2E 4FGXA 3UCBA 5P3RA 5P7EA 2VJ7A 4UPJA 3T7XA 5P7HA 3PI0A 1HIIA 5P77A 3ZKGA 1BWAA 4YDFA 4FS4A 3RSXA 2QP8A 2WEDA 1QBUA 2ASIA 2BPXA 1W6HA 1QBRA 5P5UA 2BKTA 5P2BA 2ZHRA 5OZKA 3OOZA 4Z22A 5P8KA 2QU2A 5P42A 2FDPA 5P5XA 1APVE 2V12C 3UQXA 3OGPA 3S45A 4OC6A 5OZ8A 5C9BA 2R8NA 3BVBA 5P5NA 4R92A 4CPTA 5IVTA 5P3HA 2IKOA 2XYEA 5P8GA 5P6XA 2JYSA 3RTHA 4RRSA 4LC7A 3URJA 1LYBA 1KJFA 2G22A 4B78A 4I12A 5P7PA 1EBZA 1EC0A 3VLBA 5JFUA 1RQ9A 3OTSA 5P26A 3SA8A 4Y3WA 3KM4A 3L5BA 4AZYA 1BILA 3SKFA 4PPHA 5P18A 2F3KA 5I3XA 1HVLA 4D83A 1QS8A 5I3YA 4TVGA 5P6DA 3GI4A 1SIPA 4FE6A 3LIVA 1DP5A 5P36A 3DK1A 3BHEA 3INDA 3VCMA 1PPKE 1D4HA 1B6PA 3JVYA 1FEJC 5DGUA 5P3OA 3L5FA 5P0PA 3UDJA 4I0EA 4Y51A 5P7GA 5P04A 5P1TA 3PMUA 1VIKA 5AH7A 5P0ZA 5P75A 2H6TA 5P2QA 1UH7A 5P4EA 2UY0A 5KR1A 5P3CA 3QVIA 3RU1A 4Q5MA 1NPAA 4FIVA 1FF0C 5SY2A 1K1TA 5P6JA 5P0EA 4L1AB 2IGYA 1SDTA 4HA5A 2HB4A 5P7RA 3UHLA 5P2HA 2ZHSA 3DOXA 5P2VA 1BDRA 5P7VA 5OYRA 3UFLA 2FXEA 3L59A 5P5HA 3FIVA 4ZSPA 5DGWA 5C9DA 9HVPA 4DJYA 3VV6A 1HIVA 2JE4A 1MT9A 2OHPA 3OHFA 3RVIA 3TL9A 5P1BA 3O99A 4FRSA 1GVWA 3IN3A 5P89A 5P2MA 5P59A 4HDPA 3SPKA 3L58A 1A8GA 4Q1YA 5OZGA 5P5KA 1MEUA 5OYXA 2QI7A 2AOFA 2QNPA 2A1EA 1JLDA 2Q11A 3TPJA 1YG9A 5P7BA 1SDVA 2AODA 5OZ0A 5AHAA 2HAHA 3OU1A 4Y37A 2NTRA 1WBMA 5P5BA 3QVCA 4I0IA 3WB4A 5UPJA 2J9KA 1HVHA 3I7EA 4Y5PA 2OHTA 5OZ4A 1BV7A 1HVCA 3UDPA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3MWS A;  4Z2Z A;  3I8W A;  3K1W A;  3ZKN A;  3NDU A;  5P4Y A;  1HPX A;  1MTR A;  3T11 A;  3G6Z A;  4Y3A A;  2BPY A;  1ZLF A;  1PFZ A;  5OZ5 A;  4Q1W A;  3FNS A;  5P25 A;  4J1C A;  3TOH A;  4FM8 A;  2BKS A;  3IVI A;  3H0B A;  5P8S A;  1LEE A;  5P03 A;  5KOS A;  4MC2 A;  3NDW A;  1D4J A;  5P0X A;  4YHQ A;  3L3A A;  2PSG A;  3D1Y A;  4APR E;  2QZL A;  5ISJ A;  5HD0 A;  5P13 A;  5I70 A;  1EC1 A;  5P0N A;  4DFG A;  2G21 A;  1EED P;  3SA9 A;  1ZJ7 A;  2O40 A;  4Y44 A;  1PRO A;  5P1U A;  3FV3 A;  1ZSF A;  4EJL A;  4J0T A;  2ANL A;  3K5D A;  1QDM A;  1GKT A;  3PRS A;  5P5G A;  3EKW A;  2PQZ A;  4FCO A;  1SME A;  2QI0 A;  2OHS A;  5OZX A;  5P09 A;  3G70 A;  2B8L A;  2VNN A;  2XFJ A;  4B70 A;  3PBD A;  3BRA A;  5P3A A;  1AID A;  1ZSR A;  4PEP A;  5OZD A;  1C6Z A;  3CIC A;  4Y3H A;  5P3Y A;  4Y53 A;  1HSH A;  4GZF A;  3CKR A;  1HVR A;  3TOF A;  2AZB A;  2MIP A;  1EBY A;  3NUO A;  5HU0 A;  3OUA A;  3R2F A;  4JP9 A;  2V00 A;  3O9L A;  1YT9 A;  5P3D A;  4Y45 A;  4Y3N A;  4Y3G A;  4PYV A;  5T4S A;  4TVH A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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