1FG8C

Structural implications of drug resistant mutants of hiv-1 protease: high resolution crystal structures of the mutant protease/substrate analog complexes
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRDLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Structural implications of drug-resistant mutants of HIV-1 protease: high-resolution crystal structures of the mutant protease/substrate analogue complexes.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEASE RETROPEPSIN
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence D
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2000-07-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
C PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1fg8C00
5P1MA 1MIQA 1MERA 3TPRA 5P1RA 4GJ9A 4KE0A 2QZXA 1SDUA 2ZYEA 5KQFA 3ZPUA 3EL9A 4DJRA 3DUYA 3FV3A 4TVGA 4GJAA 5P8OA 3PLLA 3S7MA 5P88A 3PWMA 4FRIA 5P6XA 5P5AA 3PM4A 3HD8A 4Y3LA 5I3WA 1AIDA 1UH8A 3EBZA 5EZZA 1CMSA 5OYWA 4OBDA 3L5EA 1HSIA 5P49A 5P1VA 5IVQA 2O4KA 5P2JA 1LYWA 4OC6B 1TCXA 3K5FA 4DUSA 5P83A 2OHMA 4L7GA 5P3VA 4OBKA 4EP2A 5P39A 1K1UA 3SA3A 4NJVA 1IDBA 4Y4UA 5KQYA 1Z8CA 3VLBA 4JPCA 3OGQA 4Y38A 3ZOVA 4LAPA 1NSOA 3SPKA 2RSPA 1HSGA 4YD6A 4Y35A 3U6AA 2R5PA 3B7VA 1LF3A 3U71A 2VJ7A 4Y6MA 3WSJA 3LIVA 3UDMA 3IXJA 1EPLE 3VYFA 4I8ZA 5P8CA 4PZWA 5P2NA 5P3NA 3TPLA 5JODA 3OWNA 3D3TA 5P6LA 3Q4BA 5P0WA 1G2KA 2AOJA 4Y5BA 1HBVA 4Y5PA 5P4MA 4NJTA 4M8YA 2PSGA 1M0BA 5E5KA 5P0BA 5P26A 2IENA 4RRSA 1EPQE 5P7ZA 2AOGA 3KA2A 4FIVA 3PMYA 2VIJA 3EM4A 5P5PA 1EBYA 1CZIE 5P17A 5JFUA 3APPA 3LIYA 4DJUA 1IBQA 3SKGA 2R5QA 4Y5AA 5UPJA 5P0CA 1EPOE 1ODXA 1BAIA 5DQ4A 5P6RA 5P8LA 4J1EA 5P2MA 5IE1A 3QVCA 4D89A 1YT9A 3PLDA 3VSWA 3HVPA 5KR0A 4YCTA 5P19A 5P85A 1FQXA 3PEPA 3LZSA 1K2BA 4H1EA 5CLMA 3VV8A 4PHVA 5HE7A 4OD9B 4J1KA 4AUCA 5P3RA 1E81E 3EL5A 4Y43A 3EL0A 5P2XA 1M4HA 4YD4A 1TW7A 1SIVA 1XL2A 2V13A 3OUDA 5OZSA 1SBGA 5P2YA 5P6EA 4CPWA 3LIQA 5P4VA 4RVJA 1QBTA 2JYSA 3OQAA 2G1RA 5OYRA 4DI2A 3IN4A 3JVYA 1GVVA 5P6CA 3SKFA 2Q55A 5P1QA 5E5JA 3JW2A 4RCFA 1EEDP 1WBMA 2Z4OA 2QI3A 4LBTA 5OZ2A 5COPA 3S2OA 4Y4WA 4Z4XA 1FGCC 2V16C 2F81A 3CYWA 3GGAA 2NXLA 3TL9A 5P6QA 4YA8A 5HCTA 3C9XA 5P4PA 4JPEA 5P1CA 2VIEA 4APRE 5HE4A 4EJ8A 3DV1A 3AUPA 4X2LA 1HIIA 5OYTA 5P8HA 1G0VA 4GYEA 2AOCA 3NDWA 3UDQA 3WZ6A 4DV9A 1N49A 4DQCA 1G6LA 3AIDA 3OK9A 3EL4A 4YE3A 2B7ZA 4OBFA 4F73A 4B70A 3UFNA 1HVSA 3GI0A 4YOAA 4ZSMA 1IZDA 3GGXA 3S45A 1W50A 4COEA 1EC0A 1FB7A 2Q15A 2ER0E 3SM1A 5P0TA 4XKXA 4ER1E 5P2RA 4CKUA 2F3EA 3SA6A 4TRYA 5P4HA 5P55A 4L1AB 5OZCA 4Y48A 4LC7A 3INHA 2H6TA 2CEMA 3NSHA 4IVSA 1ER8E 1PPKE 4Y5MA 5P08A 5OZEA 3HBOA 5BWYA 3UQPA 1FQ6A 2G22A 2AZCA 2QI5A 3HZCA 1DMPA 1LYAB 2PYMA 1B11A 2BKTA 5OZRA 4FSEA 4DQGA 3SA7A 5P29A 5P8SA 4HVPA 5P5NA 1ZPAA 2P3BB 3GI4A 5P3KA 5HDZA 4F74A 1K1TA 1ENTE 4QJ2A 2IDWA 3CYXA 5P6OA 5OYXA 1GNNA 2F3KA 5JG1A 5P4DA 5P0XA 3NU6A 4IVTA 4LXMA 2B8LA 2BPVA 2I4UA 5P1WA 5P1EA 5P0GA 5P3QA 1XL5A 1CPIA 4RCEA 3Q6YA 2QAKA 3GW5A 3PWRA 3D1YA 4TRZA 1APWE 5P5JA 3OQ7A 2VIYA 5OZJA 5P1XA 3WB5A 3HAUA 3L58A 1ZSRA 4J0ZA 4ZPFA 3K1WA 3PI0A 9HVPA 2XYFA 4BELA 4J0VA 5P6ZA 4OBZB 3FSMA 4GJBA 4YCYA 5P6GA 3PSYA 5F01A 3S8IA 2XFJA 5P0ZA 1EPNE 4B1CA 5DR7A 5AGZA 4I0JA 2AOIA 3O9BA 1W5VA 4R95A 5P6KA 5P8MA 1EC2A 3KMYA 1IDAA 3PBDA 1HVRA 5DPZA 4Y50A 5TOLA 3UHLA 5P8RA 1HTGA 3RVIA 2QZWA 5P5GA 3UDYA 3GGUA 5P38A 4RYGA 4B0QA 5P3WA 3O9HA 4F76A 4WY6A 3K5CA 2B7FA 5I3VA 5P4IA 3OQDA 3BXSA 3I7EA 1AJVA 5BRYA 3OU3A 5AHCA 4BEKA 1A30A 3ZL7A 1W51A 1FMUA 5HTZA 4J55A 5P4BA 2AOHA 3LNKA 4RCDA 2FDPA 5P07A 3SLZA 3IA9A 3Q70A 5P8BA 3ZKNA 4D8CA 4H3FA 3IVIA 4F75A 1SGZA 4GZFA 4DQHA 1BDRA 3RSVA 2CENA 5P59A 2QI0A 3PB5A 2ZHVA 2PK6A 2WECA 3I8WA 3KDBA 1TQFA 4FLGA 5P48A 4Y3NA 4Y5LA 2I4DA 5P37A 4I10A 5P3MA 1LF4A 2P3AA 2V0ZC 2OHRA 1A9MA 5P8GA 4J1CA 4EXHA 3CICA 2NMZA 3KF0A 3N4LA 1EC3A 3OTSA 1M43A 4Y57A 4AZYA 5P6AA 5P01A 4PEPA 1AZ5A 1HVHA 5P1DA 2P3CA 2ZHTA 3D1ZA 3QAAA 5DQCA 5SXNA 2FXEA 4B1EA 2ZDZA 4Y9WA 5P6HA 1IVQA 1XN2A 5KR1A 5ISJA 4K9HA 5OZ3A 5P3JA 1YG9A 1FG6C 5AH6A 3PSUA 2FXDA 1LYWB 3NUJA 5P16A 1HVCA 5P74A 2V11C 3MWSA 5P3PA 4Q1YA 1QBUA 5P76A 3DK1A 5OZMA 3LIZA 5AH8A 1HPSA 5P5RA 3KDCA 5P45A 5P67A 5C9BA 3S54A 3QN8A 5P3OA 3GI6A 5P47A 4R93A 3WB4A 1B6KA 4DJOA 2VA7A 2I4VA 5P1OA 5P7GA 4CPXA 4Q5MA 3OXWA 5P1ZA 2FS4A 1ZAPA 2B42A 2QHZA 5P8IA 3SM2A 5T4SA 5P6SA 3H0BA 2FNSA 4I0IA 1DIFA 2NMYA 2F8GA 5OZLA 3SFCA 4K4RA 3URIA 5F00A 5P7FA 3PWWA 4CMSA 5P5BA 3OU1A 2PSUA 4H3JA 3RTHA 3QRVA 2ER9E 3FKTA 4JOOA 1D4JA 3BVAA 4YBFA 4B05A 5P7KA 4R8YA 5OZHA 3G6ZA 2QHCA 3SA4A 4LHHA 3LZVA 2G24A 4LXAA 4RLDA 1FQ4A 1HPOA 5P3CA 3OOTA 1IZHA 5P5UA 3OUDB 4EP3A 2P4JA 4YD5A 2BPYA 5P2GA 2G94A 1FKNA 5BS4A 2O4LA 2NXMA 2QD7A 1TSUA 1MT8A 5P10A 2PH8A 5DQ2A 5P0OA 3LIXA 2IKOA 1MTBA 1DPJA 5P0KA 3TPJA 3OAGA 1E5OE 4YOBA 4Y3HA 1FEJC 3K5GA 5P4FA 3NLSA 4PZXA 5I3XA 2QCIA 1BBSA 4EPJA 3K4VA 2ZE1A 4DFGA 3LPIA 1AJXA 1RNEA 2VIZA 5P4YA 4HDPA 4DQBA 2R3WA 2UPJA 4Y4AA 5P71A 2G20A 1APVE 4FSLA 5OZIA 5P1AA 4R5NA 4LP9A 4QLHA 5P7MA 5P2FA 5P7LA 3EM6A 2Q64A 5P4WA 4GJDA 4I11A 2A4FA 3T7QA 2PYNA 2JJJA 4HE9A 5P81A 4Y3FA 4DJPA 3KT2A 5P75A 3RSXA 1XN3A 2ZJMA 3VEUA 3HDKA 1K6VA 5P1UA 2RMPA 1KJ4A 3NXEA 3S7LA 2ASIA 4DQEA 5P5YA 5P0VA 1MT9A 5KOSA 1NPWA 5P2IA 3FNUA 1GVUA 5P22A 4JECA 2WF2A 4ER4E 1F34A 5P35A 5IS4A 3T3CA 5P0RA 4J0TA 1BVGA 1LZQA 2IL2A 5P31A 3IVHA 5P61A 4ZE6A 4EQJA 2WF0A 2G1SA 2A1EA 2FGVA 1PROA 5C9FA 5B18A 3N3IA 3VG1A 5P69A 3UDRA 3UQRA 3UFLA 3FNTA 4ZPEA 2XFKA 4CPRA 4XX4A 5OZDA 2NTRA 3K4VC 3OTYA 4Y3SA 4ZPGA 2AVOA 1E80E 1AVFA 2QI4A 4EJDA 3FX5A 5P05A 3ECGA 4Y3WA 5KAOA 3EMYA 2I4WA 2R9BA 4FS4A 3LZYA 1GNMA 3H5BA 5P53A 5OZFA 3BVBA 1EAGA 1VIKA 3INFA 1FFFC 4LL3A 1ZBGA 1EPRE 3O99A 5P3LA 5P7NA 2IGYA 3OQFA 1A94A 1HVIA 2IQGA 5P6TA 5DR0A 1BV7A 2BJUA 4FE6A 2J9JA 1LEEA 5P6NA 3O9LA 5P60A 3O9IA 2WHHA 3LPKA 4OBJA 5P5DA 1YTIA 2V10C 1GVWA 1ODWA 3VF7A 1T7JA 2VNMA 3DV5A 2AZ8A 5P1BA 4I8WA 5P09A 5KOQA 3LZUA 5OZKA 3BXRA 2WEBA 3HLOA 1MRXA 3ZKGA 5P3SA 5P3ZA 4L6BA 1MEUA 1ZSFA 5P0SA 3PCWA 2QU2A 4YCKA 5P8VA 2HC0A 3PVKA 4N00A 5OYSA 4YDGA 2ZJNA 5CONA 2OHSA 1B5FA 3S85A 5P7TA 2HPFA 4QGIA 2P8HA 5P8FA 5P2VA 4Y39A 3QRSA 4DPFA 5HD0A 5P13A 3INDA 4J1IA 1APUE 5ISKA 4EXGA 2FMBA 4FM8A 5P04A 4EWOA 2ZJLA 2Q11A 5P0EA 4D88A 3BC4A 3ZKQA 5P7QA 5KR8A 3APRE 3KYRA 3TLHA 7HVPA 2AVVA 3ER3E 2QI6A 1FG8C 1B6JA 3OY4A 4S1GA 3M9FA 3NU3A 1HSHA 3O9GA 3EKWA 3ZLQA 2B60A 3UCBA 2HB3A 2QU3A 1Q9PA 3O9FA 3CKPA 3KN0A 3URLA 5P3HA 5P6DA 4J1FA 1BWBA 5P4EA 4YHQA 2ZGAA 5OZYA 5KQXA 3NU5A 1RL8A 5P87A 4Y3TA 3O9AA 2SAMA 5P5IA 1RQ9A 1MTRA 5P82A 2AVMA 4Y3QA 5FIVA 5HCOA 2I1AA 1LYBA 5P5KA 4YD7A 4Y3MA 5OZAA 5P58A 4Y36A 5P8QA 4A6CA 3OXCA 3OADA 3O9DA 5P06A 2OF0A 4J5JA 4Y4BA 5P41A 1NH0A 4Y47A 2FNTA 3LPJA 5HU1A 1EPME 5P7BA 1B6MA 5P5OA 1AM5A 2ZJKA 1HEGE 5P30A 3F9QA 4J54A 5P7HA 5P4RA 3EC0A 4GJCA 1YM4A 5P8AA 3D1XA 1UPJA 5P02A 4RRNA 2VJ6A 1IVPA 3OUBA 5P3FA 3L59A 4Y4TA 3CIBA 1ZP8A 3NR6A 3VYEA 4R92A 1D4LA 1HWRA 2CEJA 1RPIA 4D83A 3NDUA 1UH9A 1FMXA 4YDFA 3BHEA 2WEDA 1C6YA 5P6IA 5P5XA 5P7WA 3SAAA 3KFNA 5P40A 5P7CA 5P1IA 2WEAA 5P3XA 4BFBA 5P2UA 5P6FA 1KZKA 1HOSA 4DH6A 2QNQA 1MSNA 2R43A 3PMUA 4MC9A 1IIQA 3UTLA 5P66A 3UDPA 3SO9A 3B80A 3NUOA 3I25A 5P51A 3NDTA 5P20A 2BQVA 4Y5GA 1OD1A 1E82E 4B78A 1HIHA 3KFRA 5P8NA 3OU4A 3QRMA 5P6UA 3T7PA 3QROA 3S43A 4K8SA 5OZTA 2PSVA 3G70A 4TVHA 4ACXA 1EBWA 5P7DA 3L3AA 1HVJA 4FAEA 2NNPA 1MUIA 1K6CA 1KJFA 1W6IA 1YTJA 1BDQA 2PH6A 3OU1B 3PGIA 4HZTA 1A8KA 5P8TA 3I6OA 4R91A 5P27A 1K6PA 5P4GA 1D4KA 3TOFA 4TRWA 2WF4A 4OBHA 3HAWA 5P6MA 2HS1A 4Y3RA 4A6BA 3UDHA 5OZUA 5P3BA 1EPPE 1XS7D 4I12A 1DAZC 4Y4JA 5P2CA 5APRE 5P5WA 4Y3PA 3PSGA 5P4XA 3VCMA 4Y56A 5DR3A 5OZ7A 5P6JA 5P42A 3PBZA 3T7XA 5P12A 3K5DA 3BRAA 3TH9A 1BILA 1B6PA 3KFSA 2NR6A 1SMEA 1K2CA 2BPWA 3UF3A 4U7QA 1HPVA 3BUGA 5P8UA 4KE1A 4Y5EA 3EKTA 5ENMA 3PCZA 8HVPA 3OAGB 5P64A 3OQKA 1Z1RA 1IZEA 5DR4A 3KDDA 2MIPA 5OZZA 1FIVA 2UXZA 1NPAA 1MSMA 1BVEA 4HA5A 5P0UA 3ST5A 1A8GA 4ZEAA 1C6ZA 2BPXA 5P7JA 1G35A 5P4LA 1ZLFA 4NPTA 5P6YA 2IEOA 2JE4A 4QJ9A 5P5CA 3OUAA 5P32A 1BV9A 2NXDA 3LITA 3NXNA 5P0AA 3R4BA 3TPPA 5P7IA 5P2ZA 3NYGA 4I0DA 4Y4XA 3L5FA 5JFPA 1ZPKA 1AXAA 2WEZA 5AH9A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P1M A;  1MIQ A;  1MER A;  3TPR A;  5P1R A;  4GJ9 A;  4KE0 A;  2QZX A;  1SDU A;  2ZYE A;  5KQF A;  3ZPU A;  3EL9 A;  4DJR A;  3DUY A;  3FV3 A;  4TVG A;  4GJA A;  5P8O A;  3PLL A;  3S7M A;  5P88 A;  3PWM A;  4FRI A;  5P6X A;  5P5A A;  3PM4 A;  3HD8 A;  4Y3L A;  5I3W A;  1AID A;  1UH8 A;  3EBZ A;  5EZZ A;  1CMS A;  5OYW A;  4OBD A;  3L5E A;  1HSI A;  5P49 A;  5P1V A;  5IVQ A;  2O4K A;  5P2J A;  1LYW A;  4OC6 B;  1TCX A;  3K5F A;  4DUS A;  5P83 A;  2OHM A;  4L7G A;  5P3V A;  4OBK A;  4EP2 A;  5P39 A;  1K1U A;  3SA3 A;  4NJV A;  1IDB A;  4Y4U A;  5KQY A;  1Z8C A;  3VLB A;  4JPC A;  3OGQ A;  4Y38 A;  3ZOV A;  4LAP A;  1NSO A;  3SPK A;  2RSP A;  1HSG A;  4YD6 A;  4Y35 A;  3U6A A;  2R5P A;  3B7V A;  1LF3 A;  3U71 A;  2VJ7 A;  4Y6M A;  3WSJ A;  3LIV A;  3UDM A;  3IXJ A;  1EPL E;  3VYF A;  4I8Z A;  5P8C A;  4PZW A;  5P2N A;  5P3N A;  3TPL A;  5JOD A;  3OWN A;  3D3T A;  5P6L A;  3Q4B A;  5P0W A;  1G2K A;  2AOJ A;  4Y5B A;  1HBV A;  4Y5P A;  5P4M A;  4NJT A;  4M8Y A;  2PSG A;  1M0B A;  5E5K A;  5P0B A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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